3QWXX

Ced-2 1-174
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
171
structure length
171
Chain Sequence
NGFDPFEWRSFYFPGMSREEAHKLLGEPQVSIGTFLMRDSSRPGEYSLTVREADEGNAVCHYLIERGEPKEDGTAAAGVKIANQSFPDIPALLNHFKMRVLTEASLLAAYKKPIIEVVVGTFKFTGERETDLPFEQGERLEILSKTNQDWWEARNALGTTGLVPANYVQIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Signaling protein
molecule keywords Cell death abnormality protein 2
publication title Crystal structure of the cell corpse engulfment protein CED-2 in Caenorhabditis elegans.
pubmed doi rcsb
source organism Caenorhabditis elegans
total genus 37
structure length 171
sequence length 171
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00017 SH2 SH2 domain
X PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 3qwxX02
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 3qwxX01
1SHFA 4ROJA 1NYFA 1SSHA 1O4LA 1JYUA 1XA6A 3IQLA 3REBB 1Z9QA 1JXOA 3VS0A 3TL0A 2JYQA 3EHQA 1A81A 3JV3A 2K7AA 2P4RA 2W0ZA 1O4MA 1CSYA 2CH4A 2KROA 4OMOA 2CR4A 2J06A 2EGEA 2ENMA 2VIFA 2DMOA 2KRNA 2YUPA 1KIKA 3RBBB 1O42A 2BZXA 2C0IA 4CC2A 1UURA 1X69A 1EFNA 2FPFA 1AEYA 1M3CA 1XOVA 2A08A 2JM9A 1R1PA 3PSJA 4HCKA 4F5BA 4RTZA 2EOBA 2HDXA 3S8NA 2W10A 2F2XA 1Z3KA 3HCKA 4CC3A 1O4PA 1O45A 1A1AA 3EG1A 2KNBB 1AZEA 2L0AA 3VRRA 2L3PA 4HVWA 3VS7A 5IXFA 5L23A 2OZOA 1RLQC 4D8DA 1E7OA 1O48A 3M0UA 1O47A 2K2MA 1I07A 1X2KA 3I5SA 1UJYA 2EGCA 4JE4A 1Z9ZA 2CS0A 2YDLA 3N7YA 2LP5A 5EHPA 1JYQA 1SPRA 2EYXA 2BBUA 4CC7A 2PNIA 3BUWB 2PTKA 5IHNA 2LJ1A 1MV0B 2CT3A 3VRYA 2RQUA 2SRCA 3RNJA 1BK2A 4J9CA 5CDWA 4A63B 4K45A 4TZIA 2JMAA 2H46E 2SHPA 2IZVA 4WCIA 4DGPA 1X6BA 1AB2A 2A37A 4EIKA 1KC2A 2K3BA 1A0NB 1YVLA 2J05A 3M0SA 4OMQA 1WFWA 5I22A 4A4CA 1KA7A 2GQIA 2NWMA 3ZNIA 2KK6A 2AK5A 2LX7A 2EYZA 4JJBA 2CT4A 4DEYA 2LMJA 1WDXA 2IIMA 2O2OA 2V1QA 1N5ZA 1FYRA 2L3QA 1M8MA 2EW3A 4JZ3A 2FPEA 3IN8A 1CKAA 2FO0A 4U17A 1ABQA 2HUWA 1ZUYA 2DVJA 1R1QA 1YCSB 2CSQA 1BG1A 1BHHB 3SEMA 3VS2A 1KJWA 2RN8A 4CC4B 3VS4A 2HDAA 4AG2C 1OEBA 4OMLA 2GSBA 1A08A 2AZVA 1O4OA 1AD5A 1OO4A 1P13A 2CUDA 2EU0A 3VRQA 1BMBA 2LZ6B 1GHUA 2B86A 1RUWA 1BHHA 2AUGA 1X2QA 1JO8A 1OV3A 4NWGA 2VVKA 3TKZA 2DILA 1GRIA 3A98A 5D0JA 1KSWA 2J6KA 3MXCA 1G2BA 1AWJA 4XZ0A 1M30A 5DC0B 2HCKA 2PLDA 3GXXA 3CQTA 1JU5A 2DM0A 1AOJA 2L3SA 1D4TA 2KT1A 2EBPA 1ZSGA 3OB2B 2EVRA 4H1OA 4OMNA 2Y1MA 2H5KA 2AOAA 2KRMA 5AULA 2AOBA 1ZBJA 1B07A 4J9BA 2D8JA 2HMHA 1HSQA 1UJ0A 3UA7A 5FW9A 2CRHA 1H92A 2Y3AB 2C0TA 2ED0A 1AWXA 2HEQA 2RPNA 1AOUF 3IMJA 2J6OA 4RTVA 1ZX6A 2ROLA 4J9IA 1WI7A 3EG3A 1O4QA 2GNCA 1SRMA 2D0NA 5J3XA 1WA7A 4AFZC 4AG1C 2PLEA 1M3AA 1NEBA 2LCTA 4M4ZA 4F5AA 2GTJA 1LUNA 4QSYA 2YSXA 1AVZC 5I11A 2CBLA 2KRSA 3ZL7C 5FWBA 2LNHB 1SHAA 2HDVA 3GBQA 2MC1A 2M0YA 5I6VA 1JXMA 4FSSA 1GFCA 1M61A 3H0HA 2FRWA 2DX1A 2XP1A 3C0CA 2A36A 2L4KA 5KAZA 4IIMA 2DL8A 2MK2A 2CI9A 3GXWA 3PQZA 3MXYA 1LKKA 1YVHA 5IHIA 1VYVA 2L2PA 1BKLA 4AFQC 1RI9A 4LN2A 3C7IA 4ZNXA 2A28A 4HXJA 2DBMA 2DBKA 1NZLA 4EIHA 2XMFA 1FYNA 4FL2A 1ABOA 1MILA 2RORA 1JQQA 2GTOA 1NM7A 3WA4A 4AFSC 2AKKA 2J7IA 4JZ4A 2CIAA 2LQNA 1O4BA 3TVTA 3QWXX 3FJ5A 1X6CA 3VROA 5IXBA 4Y92A 2HSPA 4RTYA 2KR3A 2OI3A 3PFVA 4OHHA 1KFZA 3UYOA 4Z89A 4H34A 2PZ1A 2DCRA 4KRTA 1T3SA 3S9KA 1TUCA 2YUNA 2EYVA 2ETZA 2E5KA 1TUDA 2DX0A 4D8KA 1WXUA 2O9VA 2RQTA 1AOTF 2EGAA 1MUZA 1IS0A 4A4BA 1PNJA 1TG0A 4F16A 1BHFA 5AXIA 1SEMA 2VWFA 1GCQA 2K79B 1VYTA 3U23A 1LCKA 3I5RA 3PE0A 1PWTA 3IN7A 1K0SA 2GGRA 2CH4W 1OPLA 1SRLA 3BUNB 3N8MA 1KA6A 1PRMC 5ECAA 3THKA 1NLOC 5GJIA 5GJHA 1RPYA 1YN8A 4J9HA 2DF6A 3H0FA 5GJVB 1X0NA 1UFFA 1U5SA 1YP5A 1ZUUA 3M0RA 3BKBA 1FHSA 1CKBA 1FBZA 1BBZA 1VA7A 4E68A 3CWGA 5EG3B 1BLJA 2RSYA 4U1PA 1BFIA 3HIZB 1O4EA 4JPBW 4LE9A 4J9FA 1O4CA 4OHLA 2YSQA 2EYWA 3BUOB 1F1WA 2DE0X 5EELA 3EAZA 1SHDA 1LCJA 2DM1A 1QKWA 1YWPA 4XZ1A 1IO6A 2DL7A 1O4GA 1M3BA 1PHTA 3NGPA 4HVVA 4E93A 1MV3A 1JU5C 1AWWA 2RQVA 1BKMA 2DLZA 3PVLA 1K9AA 4GL9E 3VS5A 1ARKA 2QDLA 3M0QA 1UHFA 4J9DA 4X1VA 1PRLC 2KT8A 2RF0A 1UDLA 4LUDA 2Y1NA 4JEGA 3REAB 2X3XD 2LQWA 2KEAA 5HKWA 3EACA 1HCTB 1O49A 1O4NA 1I0CA 2L6KA 1Y57A 3NMZC 4IIOA 2FG0A 1CWEA 1LUIA 4FL3A 2JS0A 3QWYA 2O31A 4WWQA 1OO3A 4E6RA 4JJDA 2KXDA 2MOXA 3TSZA 1O4DA 1UG1A 3IMDA 4GWFA 4Z8AA 3S8LA 2ECZA 1PKTA 3UATA 2KGTA 2DA9A 1CJ1A 1CWDL 1F2FA 4ORZA 1GBQA 2K9GA 2EKXA 3PS5A 2MQIA 3HHMB 1T0JA 1AZGB 2I0NA 5BO4A 2G6FX 1SHGA 1QLYA 4GPLB 1A1BA 1O44A 1E6HA 2EYYA 3LH5A 4JGHA 2F2WA 2JMCA 2MCNA 1PICA 2ABLA 4OHDA 4RTTA 3M0TA 2IUHA 3SHWA 1PKSA 1WX6A 2ESWA 1UUEA 3UA6A 5HCKA 1OPKA 1WXTA 2L3TA 3KFVA 1D4WA 1ZUKA 5IBSA 1S1NA 4GBQA 4RUGA 1SKJA 1O4AA 2K7AB 3VRNA 1M27A 1Y0MA 2V1RA 1ZFPE 2VKNA 3M0PA 1GCPA 1WIEA 5IHKA 3BUMB 1E6GA 3OP0A 3EG2A 3PSKA 1BLKA 1YWOA 2JTEA 2LJ0A 1J3TA 4K11A 2AZSA 1GBRA 2ECDA 2KNOA 2PNAA 1FMKA 2RQWA 1H8KA 4FBNA 1NEGA 1WYXA 4Z88A 1HJDA 1LUKA 1O4FA 1QCFA 2KYMA 5EEQA 1AWOA 5IBMA 4LNPA 1U3OA 1X27A 5DC4A 3I9QA 5DF6A 3R6NA 3TSWA 1X6GA 1YNZA 1B3QA 2KBTA 2DLYA 2FEIA 1D1ZA 5FWCA 4DEXA 4K2RA 1UTIA 1WXBA 2NUZA 1AYCA 2CDTA 2KYBA 2EL8A 3CXLA 3OVEA 1A1EA 1JYRA 2JT4A 2DRMA 4L1BB 1T3LA 4F59A 1NLPC 2D8HA 2EKHA 3O5ZA 3PVQA 2EO6A 2RNAA 1GCQC 1ZLMA 2MRJA 1QKXA 2EQIA 4RTWA 1JEGA 3NPFA 2RQRA 4R0KA 1RJAA 1BF5A 3OV1A 1AYDA 4OHEA 1T0HA 1A07A 1A1CA 2JM8A 2BTTA 3EGUA 3NHNA 1UHCA 3VS6A 2ROTA 2KXCA 1K76A 1U06A 5GJWB 1TZEE 2O88A 5DC9A 2DLPA 1QWEA 1B47A 2SEMA 5HKZA 1I3ZA 2JXBA 2K79A 1O43A 2RMOA 2LCSA 1H3HA 2C0OA 2JS2A 2CI8A 2DL4A 1GFDA 1FU6A 3T04A 1SPSA 1O4IA 2DL5A 3EHRA 2ED1A 3I35A 1CSKA 2JW4A 1SPKA 2F2VA 4OMPA 3ULRB 3VS3A 1BFJA 1O4KA 2EO3A 4J9EA 1MW4A 2DJQA 3H0IA 2QMSA 3VGOA 1GL5A 2CREA 1JWOA 1V1CA 4RTXA 1QWFA 1VYUA 2FPDA 5IH2A 1A09A 1K1ZA 3KFJA 2DRKA 1FBVA 4QT7A 3N84A 3H41A 1LUMA 3PLFB 3VS1A 1O41A 1G83A 2IUIA 4NWFA 2BZYA 5EHRA 2K6DA 4K44A 1BM2A 2X3WD 4LUEA 3UF4A 1LKLA 4X6SA 5EC7A 3CD3A 2H8HA 1AYBA 2B3OA 2J6FA 2YUOA 1TCEA 2OQ1A 1FU5A 1R1SA 1W70A 3BUXB 2C9WA 2MRKA 2EPDA 1W6XA 2M51A 4ESRA 2KE9A 1AYAA 1WLPB 1HCSB 1OOTA 1K0XA 1H9OA 2FRYA 2RVFA 2IUGA 1QG1E 2FCIA 1NRVA 1O4JA 1O46A 1UGVA 1O4HA 5HKYA 4OMMA 2OAWA 2AKLA 3US4A 2PNBA 1HD3A 3K2MA 4DGXA 4GLMA 3VRZA 1UUSA 2GE9A 2CUBA 4J9GA 3PJPA 4P9VA 2D1XA 3OB1B 2LJ3A 3VRPA 2HBWA 1BB9A 1X43A 1RQQC 2DNUA 1W1FA 1K4US 4OHIA 1NYGA 2O9SA 1QADA 4RTUA 3M7FA 3MAZA 3CBLA 2GBQA 1RLPC 1NG2A 2CSIA 1UE9A 4AFUC 2DYBA 2LNXA 4F14A 2RMXA 4HVUA 2OJ2A 1SHBA 2DL3A 2LNWA 1IJRA 4F17A 1BU1A 4EY0A 1UECA 2BZ8A 2MIOA 1WQUA 1M27C 3EG0A 4P9ZA 4JJCA 1I1JA 2YT6A 3S8OA 1NZVA 1Y1UA 3GQIB 2YUQA 1O4RA 2YU7A 1CSZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QA4A 2Y4YA 1Q82R 4RCBA 3A8MB 1H3ZA 4N0AA 1KQ2A 3IQLA 1JXOA 3VS0A 3OYIA 1A81A 2K7AA 2P4RA 4XQ3A 3CCLA 2VIFA 2DMOA 4F7UF 3VV0A 1EFNA 1K8AU 3EGXA 3RDVA 3RMQA 2F2XA 3HCKA 1O4PA 1A1AA 5KYYA 1G3TA 2AT1B 2L3PA 3Q1JA 5CK9A 3VS7A 3E1SA 1O47A 3JCMb 3KXTA 2EIFA 1VQ9T 1I07A 1Q7YU 3CBMA 4A4FA 4JE4A 3N7YA 5EHPA 2EYXA 2PNIA 3OS0A 1TUGB 2MPXC 3VRYA 1YJWQ 3CCVT 2SRCA 2K2VA 3RNJA 1BK2A 1KQSA 5CDWA 4TZIA 1UGRB 2JMAA 1X6OA 4DGPA 1ZBXA 2E3HA 4EIKA 2O01E 3TEEA 3OA6A 1KA7A 2E3IA 4BDZA 2LX7A 3WVDB 2EKOA 2IVWA 2CT4A 1MMGA 2LMJA 2O2OA 3OYAA 3LGLA 4JZ3A 3RKXA 5AT1B 4KGXB 2FO0A 1JB0E 2HUWA 3HP9A 4L59A 2OTJA 1VQ7A 3JCMJ 1VQ4A 1P13A 2CUDA 9ATCB 2LZ6B 1BHHA 1OU9A 3C12A 1YI2T 5L8RE 1KD1U 4QQ6A 3GIBA 5IT9E 5I2SA 4XZ0A 2RB6A 4MDXA 2DK3A 1U1SA 2BE9B 3CCRT 2EBPA 2EVRA 2EQJA 4H1OA 2HQHA 2Y1MA 1Y07A 2DZ9A 1QVGA 2XD0A 1WPYA 3QJYA 2AOBA 2ZPIB 2D8JA 2YHTA 2HMHA 4MDWA 2Y3AB 2CP3A 4IUQA 4QQGA 4JRPA 3VYHB 3SDZA 4J8OA 2HEQA 3M53A 1BCMA 4KH1B 1S72T 1VQLQ 1JJ2P 1YIJT 2ROLA 4F7UE 2D0NA 2QQAA 1I5LA 1Y71A 1M3AA 2LCTA 1WJQA 4FT4A 4QVZA 1LUNA 5I11A 1P92A 1G3YA 3MJXA 5FWBA 2EQUA 3QXEB 2MC1A 2LCCA 3JCMc 3EH1A 2XP1A 1EZZB 4Z02A 1WHMA 4ZGEB 1LKKA 3JCMQ 2KK4A 4LN2A 2A28A 1W2BP 1N9RA 4XU0A 4EIHA 1FYNA 2CP6A 2GTOA 3FLGA 4HT8A 3JB9F 1MGQA 1MNEA 4FIBA 2DXTA 1KHCA 3FJ5A 3ZFJA 2OI3A 4OHHA 1KFZA 5CKFA 3UYOA 1T3SA 4RMOA 4XTUA 2E65A 1WXUA 2O9VA 1AOTF 4UC4A 2MI6A 5DLOA 4E7ZA 4F16A 3OS2A 1LCKA 1KQ1A 1PWTA 5FRNA 2CH4W 1LJOA 1OPLA 3LX7A 1KA6A 2E41A 5GJIA 5GJHA 4JJNK 2PQWA 3PMTA 3M0RA 2DERA 2RHIA 4PJOD 3BKBA 1FHSA 2E5QA 1VA7A 2JTMA 2JUFA 1RAEB 3CWGA 1BLJA 1Q86C 4LE9A 1VQ6A 4C0GA 1O4CA 5C0MA 4OHLA 2QTXA 2JN0A 1R0CB 2DE0X 5EELA 2L5QA 1SHDA 2DM1A 3VUBA 1QKWA 4XZ1A 3N5BB 2Y90A 3QJ6A 1MV3A 1JU5C 1AWWA 1BKMA 3QSUA 3PVLA 5D6WA 4GL9E 3QBYA 3KBGA 3M0QA 1N9SA 4X1VA 1PC0A 4E7SA 2RF0A 3M54A 4LUDA 4QVDA 2CP0A 2QQBA 3R6OA 3NMZC 2EWNA 2FG0A 4PJOG 4FL3A 4JRKA 1OO3A 3JB9H 1LNXA 1O4DA 3IMDA 3TSZA 2K3YA 3CCVQ 1CWDL 1GXIE 2PVDB 1BI2A 3G71T 1T0JA 1QLYA 1A1BA 3DKMA 2JMCA 3RUXA 3F70A 5KH6A 2ABLA 2IUHA 3MPUB 1ZA1B 4X34A 2MWOA 4VUBA 5HKCA 3X20B 1IB8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1R1S A;  1W70 A;  3BUX B;  2C9W A;  2MRK A;  2EPD A;  1W6X A;  2M51 A;  4ESR A;  2KE9 A;  1AYA A;  1WLP B;  1HCS B;  1OOT A;  1K0X A;  1H9O A;  2FRY A;  2RVF A;  2IUG A;  1QG1 E;  2FCI A;  1NRV A;  1O4J A;  1O46 A;  1UGV A;  1O4H A;  5HKY A;  4OMM A;  2OAW A;  2AKL A;  3US4 A;  2PNB A;  1HD3 A;  3K2M A;  4DGX A;  4GLM A;  3VRZ A;  1UUS A;  2GE9 A;  2CUB A;  4J9G A;  3PJP A;  4P9V A;  2D1X A;  3OB1 B;  2LJ3 A;  3VRP A;  2HBW A;  1BB9 A;  1X43 A;  1RQQ C;  2DNU A;  1W1F A;  1K4U S;  4OHI A;  1NYG A;  2O9S A;  1QAD A;  4RTU A;  3M7F A;  3MAZ A;  3CBL A;  2GBQ A;  1RLP C;  1NG2 A;  2CSI A;  1UE9 A;  4AFU C;  2DYB A;  2LNX A;  4F14 A;  2RMX A;  4HVU A;  2OJ2 A;  1SHB A;  2DL3 A;  2LNW A;  1IJR A;  4F17 A;  1BU1 A;  4EY0 A;  1UEC A;  2BZ8 A;  2MIO A;  1WQU A;  1M27 C;  3EG0 A;  4P9Z A;  4JJC A;  1I1J A;  2YT6 A;  3S8O A;  1NZV A;  1Y1U A;  3GQI B;  2YUQ A;  1O4R A;  2YU7 A;  1CSZ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1SHF A;  4ROJ A;  1NYF A;  1SSH A;  1O4L A;  1JYU A;  1XA6 A;  3IQL A;  3REB B;  1Z9Q A;  1JXO A;  3VS0 A;  3TL0 A;  2JYQ A;  3EHQ A;  1A81 A;  3JV3 A;  2K7A A;  2P4R A;  2W0Z A;  1O4M A;  1CSY A;  2CH4 A;  2KRO A;  4OMO A;  2CR4 A;  2J06 A;  2EGE A;  2ENM A;  2VIF A;  2DMO A;  2KRN A;  2YUP A;  1KIK A;  3RBB B;  1O42 A;  2BZX A;  2C0I A;  4CC2 A;  1UUR A;  1X69 A;  1EFN A;  2FPF A;  1AEY A;  1M3C A;  1XOV A;  2A08 A;  2JM9 A;  1R1P A;  3PSJ A;  4HCK A;  4F5B A;  4RTZ A;  2EOB A;  2HDX A;  3S8N A;  2W10 A;  2F2X A;  1Z3K A;  3HCK A;  4CC3 A;  1O4P A;  1O45 A;  1A1A A;  3EG1 A;  2KNB B;  1AZE A;  2L0A A;  3VRR A;  2L3P A;  4HVW A;  3VS7 A;  5IXF A;  5L23 A;  2OZO A;  1RLQ C;  4D8D A;  1E7O A;  1O48 A;  3M0U A;  1O47 A;  2K2M A;  1I07 A;  1X2K A;  3I5S A;  1UJY A;  2EGC A;  4JE4 A;  1Z9Z A;  2CS0 A;  2YDL A;  3N7Y A;  2LP5 A;  5EHP A;  1JYQ A;  1SPR A;  2EYX A;  2BBU A;  4CC7 A;  2PNI A;  3BUW B;  2PTK A;  5IHN A;  2LJ1 A;  1MV0 B;  2CT3 A;  3VRY A;  2RQU A;  2SRC A;  3RNJ A;  1BK2 A;  4J9C A; 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