4D8KA

Crystal structure of a sh3-sh2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (lck) from homo sapiens at 2.36 a resolution
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
NLVIALHSYEPSHDGDLGFEKGEQLRILEQSGEWWKAQSLTTGQEGFIPFNFVAKANSLEPEPWFFKNLSRKDAERQLLAPGNTHGSFLIRESESTAGSFSLSVRDFDQNQGEVVKHYKIRNLDNGGFYISPRITFPGLHELVRHYTNASDGLCTRLSRPCQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Tyrosine-protein kinase Lck
publication title Crystal structure of a SH3-SH2 domains of a lymphocyte-specific protein tyrosine kinase (LCK) from Homo sapiens at 2.36 A resolution
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 32
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00018 SH3_1 SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.40 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 Domains 4d8kA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4d8kA02
2KT8A 1PRLC 2K7AB 1NM7A 1AWWA 3C0CA 1D4TA 1Y57A 1NG2A 4JGHA 2KEAA 1K4US 1PICA 2RNAA 2PLEA 4DGPA 2LNWA 3EAZA 1A1CA 4E68A 2LJ3A 3BKBA 4F14A 1BHHA 2RPNA 3SHWA 1A1AA 2L2PA 4HVVA 1MV3A 1O4AA 1T0HA 2CSQA 3LH5A 1ZUUA 1P13A 3VS6A 2EKXA 1BG1A 1FU5A 4H1OA 2O2OA 2CSIA 2CUDA 2GE9A 1VYVA 1KA7A 2RQVA 3K2MA 3VRYA 1GL5A 4JZ3A 2K79A 5GJVB 3VS5A 3FJ5A 4CC3A 1O4BA 4GPLB 4EIHA 2IZVA 5IBSA 2HDXA 2GTOA 3VS4A 1ZX6A 2PNBA 1QADA 2RMXA 4GWFA 2J06A 3PVQA 2MK2A 1JYUA 2E5KA 2A36A 3NPFA 1VYTA 1QWFA 1ZFPE 1Z3KA 2LJ1A 3OB1B 1Y0MA 3VS1A 2CT4A 2HUWA 1TCEA 2PNIA 2GQIA 2ED1A 3HHMB 3VRPA 2K6DA 1SHAA 4X1VA 1GRIA 5HKWA 2MCNA 4K2RA 1ZSGA 4M4ZA 3UF4A 2DL3A 3MXYA 4OHDA 1CSZA 1V1CA 1LUKA 5DC4A 2YUNA 2RQUA 1FBZA 3BUNB 2DF6A 2M51A 1FHSA 3BUOB 5IBMA 2SRCA 3QWXX 1IJRA 2O88A 3TSWA 3H41A 2DVJA 1KC2A 1LCJA 1UGVA 2EPDA 3VRNA 4OHLA 1ZUYA 2EYVA 4NWFA 1H3HA 3U23A 1SHFA 1O4CA 4E6RA 1CWDL 2C0OA 1MV0B 1MUZA 2KXDA 3UA6A 3IMJA 5DC9A 2HMHA 2D0NA 3I5RA 2PLDA 1SEMA 2DL5A 4OMMA 3PLFB 1YVHA 1Z9QA 2YSQA 1UHFA 2YUOA 1LKLA 1O49A 1B07A 1PRMC 1QG1E 2J05A 1O48A 3H0IA 1CSYA 2L3QA 1WFWA 1WIEA 1O46A 4DGXA 1XOVA 2O9VA 4FL2A 4OMLA 4RUGA 2HSPA 3VRQA 2G6FX 1RQQC 2AZVA 4AFSC 1NRVA 2JYQA 4RTTA 1SRLA 4L1BB 2ROTA 2K2MA 1UJYA 4RTYA 3QWYA 3NMZC 1OEBA 3JV3A 1H92A 1JQQA 1M3AA 4WCIA 2HCKA 1YCSB 1BHHB 1UHCA 1AB2A 1RLQC 3OVEA 1ABQA 2MRKA 2DM0A 1CWEA 3EG3A 1D1ZA 1R1QA 2OQ1A 1QKXA 4JJDA 4KRTA 1O4KA 2JTEA 1O42A 1WQUA 1BK2A 2PNAA 1AOUF 2FO0A 2FCIA 1UFFA 1A0NB 1SPKA 2AKLA 2FRWA 1KIKA 4EY0A 2K79B 5DF6A 1NLPC 5FWBA 2MIOA 3R6NA 1X2QA 2JM9A 2RQRA 1O4EA 3PE0A 1BM2A 1WDXA 2F2WA 3NGPA 4RTVA 1SHDA 5EC7A 3S8OA 5KAZA 2DBMA 2DRKA 2LQNA 2EKHA 3VS0A 2CR4A 1AWXA 5I22A 2F2XA 1O4HA 1UUSA 1N5ZA 4RTXA 2CDTA 1FU6A 1TZEE 5IXFA 1AZEA 1W6XA 2KT1A 4F5AA 3BUWB 2DM1A 1YWPA 1M3BA 2KRMA 5HKYA 1NYGA 2M0YA 1GHUA 3PJPA 2EL8A 1RLPC 4JJBA 4U1PA 2D1XA 3RNJA 1E7OA 1LUNA 4IIMA 2DL4A 1X2KA 4RTZA 2D8JA 2EGAA 2KYBA 5BO4A 4J9IA 3IQLA 5DC0B 1B3QA 2ROLA 4F16A 4DEXA 1X6GA 2XMFA 4A4BA 2A28A 4X6SA 2YU7A 2KYMA 3CD3A 3OP0A 3SEMA 1G2BA 2DL8A 1FMKA 3M0TA 2RF0A 3ZL7C 1O4PA 2EU0A 3C7IA 5EHPA 1PWTA 1AWJA 4LUEA 2GGRA 3EGUA 1RI9A 3I9QA 2KE9A 4GLMA 4A63B 4OHHA 2EYZA 1M3CA 3HCKA 4OHEA 2FG0A 1M27C 2EYXA 2KNBB 1JYQA 3BUXB 3N84A 3ZNIA 4JE4A 1HCTB 1SSHA 2F2VA 2RN8A 2VVKA 3BUMB 2YUQA 1NEGA 2FPDA 4P9VA 5D0JA 1BLJA 2AOAA 4A4CA 3THKA 1CJ1A 2MQIA 2FPEA 4ROJA 4AG1C 1KA6A 2ENMA 1UDLA 2EGCA 1CSKA 2BZXA 5IXBA 3REBB 2DJQA 2IUGA 2Y3AB 2JT4A 4AFQC 1OOTA 1A07A 1PNJA 1O4RA 2RQTA 2BBUA 3PVLA 3H0HA 1ARKA 4FL3A 1Y1UA 5EG3B 2JS0A 1JU5C 4LNPA 1SHBA 2RSYA 1IS0A 3M7FA 5EHRA 2DNUA 1LUMA 1XA6A 1UJ0A 1EFNA 1WA7A 2AKKA 2JXBA 2FPFA 2LZ6B 4ZNXA 5I6VA 1LUIA 4OMPA 3PQZA 1UURA 1AOJA 1GCQC 1YWOA 4ORZA 4Z8AA 1AYBA 3PFVA 2GNCA 3IN7A 4JZ4A 2LCTA 1S1NA 4RTWA 1X6BA 4F17A 5EELA 4J9BA 4IIOA 3EHQA 2B86A 1W1FA 1GFCA 2FRYA 1OO4A 1K0XA 1YNZA 1AVZC 2KRSA 2IUIA 2EVRA 2ABLA 3VRRA 3VS2A 2GTJA 2EBPA 5GJWB 2SEMA 1JWOA 2Y1MA 1GCPA 1PKTA 2D8HA 1UG1A 4P9ZA 3VGOA 4FSSA 3WA4A 3M0UA 4D8KA 2ETZA 3S9KA 3HIZB 4OHIA 1AYAA 1HD3A 4Y92A 1TUDA 2NWMA 2RQWA 1WYXA 1RUWA 3GBQA 5AXIA 5HKZA 1WI7A 2MRJA 1BKMA 1X69A 4R0KA 3O5ZA 4Z89A 1U5SA 2DA9A 4CC4B 1X0NA 1I1JA 1KSWA 2EGEA 2OJ2A 1K0SA 1RPYA 2DILA 3TKZA 1T3LA 2J7IA 1J3TA 1AOTF 2OI3A 1QKWA 1W70A 1OO3A 2KROA 2DLYA 4HXJA 1TG0A 1NLOC 4DEYA 3CBLA 2EO6A 1A1BA 1PHTA 2RVFA 2EYYA 1A09A 5FW9A 1O45A 3TSZA 4JPBW 2CI8A 2AK5A 3VS7A 1AYDA 2FEIA 4LN2A 3EHRA 4AFZC 2H5KA 2L3SA 1UUEA 2H8HA 1LKKA 2AZSA 2BTTA 1T3SA 1O4IA 1MILA 4J9CA 1X27A 1ZUKA 3GQIB 4U17A 1UTIA 4XZ0A 3S8NA 2CS0A 3T04A 1O4LA 4RTUA 2BZYA 5ECAA 2VKNA 3GXWA 2LP5A 1GBRA 4F59A 2C0TA 2VWFA 4XZ1A 2CUBA 1JEGA 1WXTA 3MXCA 3KFVA 1QLYA 1BF5A 4AG2C 2CIAA 1NEBA 2JMAA 2EOBA 1U3OA 2DLPA 1BMBA 2ED0A 1HCSB 2RMOA 2BZ8A 2GSBA 2JS2A 5CDWA 1M8MA 3UATA 2KGTA 1UECA 2AOBA 3VRZA 2EW3A 2KBTA 1QCFA 4OMNA 2C0IA 1NZVA 4OMQA 3OV1A 2CH4A 3ULRB 3I35A 2DE0X 2W0ZA 4HVWA 2LCSA 4LUDA 1O41A 2L3TA 2MC1A 2LX7A 2DMOA 3GXXA 1BHFA 4F5BA 3CXLA 2OAWA 2J6OA 3NHNA 1B47A 2B3OA 2DYBA 1BB9A 1JO8A 2JW4A 2V1RA 1E6HA 2PTKA 5IHIA 1WXBA 2CBLA 2C9WA 2DCRA 2CH4W 3UA7A 2XP1A 1Z9ZA 2AUGA 1T0JA 2QMSA 4GBQA 1VA7A 2CRHA 3TVTA 5AULA 1VYUA 1NYFA 4D8DA 5GJHA 5IH2A 1FYNA 1E6GA 1QWEA 4NWGA 2YSXA 2NUZA 2QDLA 4EIKA 1H9OA 2DBKA 5J3XA 2O9SA 3M0RA 2P4RA 1CKAA 1AD5A 3PSJA 3VS3A 1IO6A 1A08A 1M30A 2ECDA 2KK6A 2SHPA 1R1PA 1WXUA 2H46E 1AEYA 1RJAA 4QSYA 2K7AA 2HEQA 3S8LA 1YP5A 1HJDA 3PSKA 1NZLA 1FBVA 1UE9A 3EACA 1K76A 1AYCA 3MAZA 2PZ1A 2L0AA 2YUPA 2LNXA 1F1WA 4GL9E 2K3BA 5FWCA 2K9GA 2Y1NA 4K45A 3IMDA 1BFJA 4QT7A 3KFJA 1K1ZA 2X3WD 4JJCA 1GFDA 1O4NA 4TZIA 1G83A 3PS5A 2JMCA 1JXOA 1MW4A 1O4GA 1BFIA 1HSQA 2ECZA 4Z88A 1K9AA 3EG1A 4J9DA 3TL0A 1SHGA 4ESRA 1O4QA 1O4FA 2V1QA 5IHNA 2EYWA 1SPSA 3I5SA 2J6FA 1GBQA 3IN8A 3OB2B 5GJIA 4H34A 5HCKA 1SPRA 2HDAA 1FYRA 1OPKA 1M27A 1O4OA 1ABOA 1D4WA 4K11A 2JM8A 3VROA 4E93A 2EQIA 3CQTA 2A08A 3M0QA 2RORA 1KFZA 1WLPB 4HCKA 1PKSA 2DRMA 3RBBB 1X43A 1JXMA 1ZLMA 2LNHB 3EG0A 1OPLA 2W10A 3EG2A 1BKLA 4JEGA 2OZOA 2LMJA 2MOXA 4J9FA 3H0FA 4LE9A 1R1SA 2A37A 2L6KA 2DL7A 2I0NA 1YN8A 1A81A 4J9GA 3N8MA 5EEQA 2J6KA 5IHKA 2CT3A 1H8KA 3A98A 1JU5A 1I3ZA 2L3PA 1A1EA 1JYRA 2HBWA 2O31A 4J9HA 1TUCA 1GCQA 1YVLA 1I07A 1BLKA 2DLZA 3M0PA 1CKBA 5L23A 3REAB 1O43A 1X6CA 1F2FA 1KJWA 2CI9A 2YT6A 3UYOA 3US4A 2IIMA 5I11A 3CWGA 3M0SA 1I0CA 4OMOA 1O4MA 1O4JA 2L4KA 4AFUC 1M61A 2IUHA 1AZGB 2KNOA 1AWOA 4HVUA 1LCKA 4J9EA 2X3XD 1O44A 2CREA 2EO3A 2VIFA 2GBQA 4K44A 2HDVA 4WWQA 1BBZA 2KXCA 2KR3A 1WX6A 2LQWA 3N7YA 2ESWA 1O47A 1ZBJA 1U06A 2LJ0A 2DX0A 1BU1A 4CC2A 2KRNA 1OV3A 4FBNA 2DX1A 1O4DA 1SKJA 2YDLA 1SRMA 4CC7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PRLC 3GF5A 1NM7A 1AWWA 2LNWA 1A1CA 2LJ3A 4A4GA 1BHHA 3SHWA 1A1AA 1T0HA 3H6ZA 3X20B 3LH5A 2XDDA 2GCXA 1BG1A 2CSIA 2CUDA 4PJOG 3RKWA 3M4GA 4DBRA 1VQ4Q 2A3LA 4JZ3A 2K79A 3VS5A 1IHWA 4CC3A 1JJ2A 4IKFA 2XHCA 2FZGB 3RKXA 3A5ZB 2E65A 5CO7A 4XAXB 1Q81R 1JYUA 3JSCA 2DVEA 3E2UA 5CR2A 2K4YA 2CT4A 2HUWA 2VV5A 3VYGA 2PNIA 4ME7A 2LNVA 1M2VA 4XU0A 4CI0C 1YJNQ 5HKWA 4GLKA 3MXYA 4OHDA 1VQKA 4E7HA 5DC4A 3C94A 2RQUA 4JLGA 2DF6A 1YJ9Q 4VUBA 2JZ2A 1BIAA 2MPXC 1TTHB 2O88A 3TSWA 2EWNA 2BE9B 1OQKA 1LCJA 4WF2A 2EPDA 1G3TA 1VQ6T 2O4XA 2G3RA 5KCOA 3U23A 3QSUA 1VQ4A 2DTHA 3AHUA 1SEMA 4BD3A 3A8MB 3QZ9B 1QVGP 3RERA 2QQAA 3PLFB 4FYVB 2YSQA 2COWA 3OYIA 3PT9A 3LLRA 1LKLA 3CCJT 1PRMC 1JRIA 4M7DD 2J05A 3H9NA 3JCMd 1CSYA 3RKYA 2YWWA 1WIEA 1ZBXA 1YJNA 1XOVA 2O9VA 4OMLA 3CCUQ 2PUKB 4AFSC 4RTTA 4DBFA 3OY9A 1YJWQ 5GANh 2RHYA 1TXQA 3KUFA 1OEBA 1YJ9A 3V7RA 1H92A 4JLIA 4FW2A 1UHCA 1RLQC 5GAMh 1RAIB 2MRKA 2DM0A 1LPLA 3UDCA 1MNDA 2XD0A 3L2RA 4JJDA 1WQUA 2E6NA 1AOUF 3Q1JA 2CP3A 2FCIA 2NLUA 1WHKA 1TUGB 2RQRA 3C95A 3CC7Q 1BM2A 2F2WA 3NGPA 1B34A 4HCBA 1YIJT 5DLQE 5KAZA 3S8OA 3DB3A 3LGLA 1ZSZB 5I22A 2F2XA 4LD9K 4KGXB 1WJQA 2CDTA 2YHTA 1RAEB 3GNFB 5KE3A 2P84A 1WHJA 5HKYA 3VU3C 1VQNQ 5CIUA 1IXDA 3CCUA 1VQ8Q 4HT9A 4RTZA 1VQ5Q 3JB9G 2KYBA 1YJWA 5BO4A 1BCOA 3PIOA 3V8JA 5DC0B 2OTJQ 2K5IA 3KXTA 4DEXA 1X6GA 2A28A 1YI2T 3BFMA 3OP0A 2XI9A 1QVGS 3ZL7C 4E2FB 1K9MR 5EHPA 2DYIA 1WZOA 5J3BA 1VQ4T 3GOXA 4A63B 2EYZA 4OHEA 1RADB 1M27C 2QXFA 1HCTB 2YLBA 2VVKA 3CC7A 1IGUA 1MHNA 2RI5A 2AOAA 3THKA 4AG1C 2ENMA 1D0XA 1JJ2P 1CSKA 4O6JA 2RK2A 2IUGA 2Y3AB 1UGRB 4AFQC 1O4RA 4FL3A 3H0HA 1YJNT 1W4SA 3CEYA 2C06A 1SHBA 5LJ3h 2KK4A 5EHRA 2YRCA 5D6XA 1VQ9Q 2GF7A 1WA7A 1VQNA 1Q86C 1LUIA 2K3YA 1VQ8A 3PGGA 1Y96A 1Q7YC 3EAEA 3JCMQ 1NBEB 1V29B 1VQ5A 4M77D 2OTJA 3CCQQ 1K73R 4KBMB 5FRMA 4IIOA 2ZZDA 3EHQA 2B86A 4PJLA 4EMHA 4J6YA 3M59A 3VRRA 3VS2A 1X75C 4M78F 3OS2A 2FZKB 2D8HA 2L3RA 1UG1A 4M7DE 3VGOA 4FSSA 4M78C 3WA4A 3HIZB 1HD3A 1TUDA 4L6V5 4F7UE 4XQ3A 1R0CB 3ZFJA 1X01A 1M5Q1 5GMKi 2HBPA 1BKMA 1X69A 3C12A 3O5ZA 3EGDA 2EQKA 4CC4B 3CCUT 1X0NA 1MNEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2KT8 A;  1PRL C;  2K7A B;  1NM7 A;  1AWW A;  3C0C A;  1D4T A;  1Y57 A;  1NG2 A;  4JGH A;  2KEA A;  1K4U S;  1PIC A;  2RNA A;  2PLE A;  4DGP A;  2LNW A;  3EAZ A;  1A1C A;  4E68 A;  2LJ3 A;  3BKB A;  4F14 A;  1BHH A;  2RPN A;  3SHW A;  1A1A A;  2L2P A;  4HVV A;  1MV3 A;  1O4A A;  1T0H A;  2CSQ A;  3LH5 A;  1ZUU A;  1P13 A;  3VS6 A;  2EKX A;  1BG1 A;  1FU5 A;  4H1O A;  2O2O A;  2CSI A;  2CUD A;  2GE9 A;  1VYV A;  1KA7 A;  2RQV A;  3K2M A;  3VRY A;  1GL5 A;  4JZ3 A;  2K79 A;  5GJV B;  3VS5 A;  3FJ5 A;  4CC3 A;  1O4B A;  4GPL B;  4EIH A;  2IZV A;  5IBS A;  2HDX A;  2GTO A;  3VS4 A;  1ZX6 A;  2PNB A;  1QAD A;  2RMX A;  4GWF A;  2J06 A;  3PVQ A;  2MK2 A;  1JYU A;  2E5K A;  2A36 A;  3NPF A;  1VYT A;  1QWF A;  1ZFP E;  1Z3K A;  2LJ1 A;  3OB1 B;  1Y0M A;  3VS1 A;  2CT4 A;  2HUW A;  1TCE A;  2PNI A;  2GQI A;  2ED1 A;  3HHM B;  3VRP A;  2K6D A;  1SHA A;  4X1V A;  1GRI A;  5HKW A;  2MCN A;  4K2R A;  1ZSG A;  4M4Z A;  3UF4 A;  2DL3 A;  3MXY A;  4OHD A;  1CSZ A;  1V1C A;  1LUK A;  5DC4 A;  2YUN A;  2RQU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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