The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
161
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sequence length |
495
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structure length |
494
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Chain Sequence |
RNLRDLLAPWVPDAPSRALREMTLDSRVAAAGDLFVAVVGHQADGRRYIPQAIAQGVAAIIAEAKDEATDGEIREMHGVPVIYLSQLNERLSALAGRFYHEPSDNLRLVGVTGTNGKTTTTQLLAQWSQLLGEISAVMGTVGNGLLGKVIPTENTTGSAVDVQHELAGLVDQGATFCAMEVSSHGLVQHRVAALKFAASVFTNLSRDHLDYHGDMEHYEAAWLLYSEHHCGQAIINADDEVGRRWLAKLPDAVAVSMEDHINPNCHGRWLKATEVNYHDSGATIRFSSSWGDGEIESHLMGAFNVSNLLLALATLLALGYPLADLLKTAARLQPVCGRMEVFTAPGKPTVVVDYAHTPDALEKALQAARLHCAGKLWCVFGCGGDRDKGKRPLMGAIAEEFADVAVVTDDNPRTEEPRAIINDILAGMLDAGHAKVMEGRAEAVTCAVMQAKENDVVLVAGKGHEDYQIVGNQRLDYSDRVTVARLLGVIARSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Udp-N-Acetylmuramoyl-L-Alanyl-D-Glutamate: Meso-Diaminopimelate Ligase from Escherichia Coli
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
UDP-N-ACETYLMURAMOYLALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE
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| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
161
|
| structure length |
494
|
| sequence length |
495
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
6.3.2.13: UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate--2,6-diaminopimelate ligase. |
| pdb deposition date | 2000-09-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01225 | Mur_ligase | Mur ligase family, catalytic domain |
| A | PF02875 | Mur_ligase_C | Mur ligase family, glutamate ligase domain |
| A | PF08245 | Mur_ligase_M | Mur ligase middle domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | Mur-like, catalytic domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 | MurE/MurF, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A | Mur ligase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CVL A; 3N2A A; 2IU9 A; 1E8C A; 1UAG A; 2VOR A; 4IHG A; 3PMO A; 2Y68 A; 3MVN A; 2AM1 A; 2F00 A; 3QCZ A; 2UUO A; 2XPC A; 1E0D A; 4E75 A; 2GC6 A; 2WJP A; 4CVK A; 3PYZ A; 1JBV A; 1JBW A; 1P3D A; 4IHH A; 1J6U A; 3ZM6 A; 4QF5 A; 2GCA A; 1W78 A; 3EAG A; 1GG4 A; 2UUP A; 3ZM5 A; 2JFF A; 2GCB A; 3ZL8 A; 1GQQ A; 2WTZ A; 2Y1O A; 5A5E A; 4ZIY A; 1FGS A; 2UAG A; 3LK7 A; 1P31 A; 1EEH A; 2IUA A; 2JFH A; 4HV4 A; 2JFG A; 5A5F A; 4BUB A; 4BUC A; 1O5Z A; 4C12 A; 3EH0 A; 1W7K A; 3UAG A; 2XJA A; 3NRS A; 3HN7 A; 4C13 A; 1GQY A; 2VOS A; 4IHF A; 2GC5 A; 4QDI A; 2VTD A; 2Y66 A; 4E79 A; 4UAG A; 4CVM A; 2Y67 A; 2IU8 A; 2X5O A; 2AM2 A; 2VTE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KD6 A; 4TVV A; 3UQD A; 2CFV A; 3SME A; 2YXU A; 3N2A A; 3QCH A; 1D5R A; 1E8C A; 3QAI A; 2B4O A; 4BJO A; 2QEP A; 2ZMM A; 4NX8 A; 3UQ9 A; 1ONY A; 2VAR A; 3QCM A; 1Q1M A; 2NT2 A; 1T49 A; 3ZM2 A; 3MOW A; 4IHG A; 3S4O A; 5KAA A; 2AX3 A; 4D3P A; 4K8C A; 1Q6S A; 1G1G A; 1T4J A; 3H2X A; 3QCN A; 3RZ2 A; 3IQ0 A; 1OHD A; 2CNG A; 1E0D A; 2GP0 A; 2PKK A; 5BYC A; 3EWM A; 4E69 A; 4RH9 A; 2AJR A; 2PKN A; 1UA4 A; 3RRF A; 4XCK A; 2B3O A; 3NBW A; 3WSG A; 2QCV A; 4LC4 A; 1RKD A; 3QCF A; 4RHG A; 5K9W A; 3V0D A; 2JG5 A; 2VEY A; 4D3Q A; 2F6Z A; 3KTN A; 2I6A A; 4IHH A; 4JNB A; 2HNP A; 3NME A; 2I6B A; 1W78 A; 1NO6 A; 2C4E A; 1TZ3 A; 5CM5 A; 4DGX A; 2YXT A; 2AA0 A; 1X24 A; 2OC3 A; 4U7X A; 3RTA A; 4WTY A; 2H03 A; 4K8P A; 5IBS A; 3N0A A; 3PS5 A; 3ZM5 A; 2QBR A; 3GXG A; 1PH0 A; 1WCH A; 2VEX A; 1RFT A; 2WTZ A; 2AWD A; 3RO1 A; 4ZI4 A; 2QCT A; 3ZM3 A; 4E8Y A; 4LBX A; 1FPZ A; 1XXV A; 3EZZ A; 1Q6T A; 2DDM A; 1RXD A; 2I4E A; 2HW1 A; 1KYH A; 1GQT A; 2CNI A; 1WAX A; 1YGJ A; 3VAS A; 1C88 A; 1Q6P A; 5BX1 A; 4H34 A; 2CNE A; 2JFH A; 3QKP A; 1MKP A; 1LIO A; 2R0B A; 2I6J A; 4J51 A; 3BLU A; 3GXH A; 2OUD A; 1LHR A; 4AZ1 A; 4C5M A; 5B6A A; 1RK2 A; 3RTG A; 3L2B A; 3DRW A; 1PTU A; 4YR8 B; 4NND A; 2FV7 A; 2YDU A; 3RSG A; 3IKH A; 2F6T A; 3QCB A; 2BGE A; 3RQ2 A; 1W7K A; 3UAG A; 2ABS A; 2I42 A; 1JF7 A; 2PSZ A; 2IOJ A; 3ZM0 A; 2RBC A; 3PZS A; 4XF7 A; 4C5N A; 5M43 A; 4C13 A; 1M3G A; 5F0Z A; 2GWO A; 1YGK A; 1C87 A; 4JKU A; 3RPZ A; 1KAV A; 5EHP A; 5BYF A; 3RTB A; 3F41 A; 1JLN A; 3FHY A; 4QDI A; 2VTD A; 3HJ6 A; 4CVM A; 3WSD A; 1A5Y A; 2P6X A; 3K5W A; 5BZZ A; 4ERC A; 4S0G A; 2IU8 A; 2I1Y A; 2I5X A; 4GRZ A; 3OLR A; 2AM2 A; 2B4U A; 2VTE A; 1ZCL A; 1G7F A; 2DDO A; 4YAA A; 2PI7 A; 3QCE A; 4OHL A; 2NLK A; 3LHX A; 5EHR A; 3NCA A; 4JJP A; 1OEO X; 1V1A A; 3HYO A; 1XBO A; 3QCI A; 1RKS A; 3QCD A; 2CM2 A; 2B07 A; 2J16 B; 3O4S A; 4OHH A; 4C5K A; 3LJ8 A; 3S3K A; 1JXH A; 4KYR A; 5BZX A; 5BYE A; 3NM1 A; 4ICZ A; 2YYB A; 3QCZ A; 3RO4 A; 2NWH A; 1OEU A; 2UUO A; 3CQD A; 4XF6 A; 2AHS A; 3AWG A; 3ZM1 A; 4E75 A; 3RTD A; 1OES A; 2I75 A; 4CVK A; 3NL5 A; 2CNH A; 2C49 A; 2E0T A; 4WU3 A; 5AWX A; 3NM3 A; 2QDM A; 1LII A; 2DCN A; 4JMK A; 3AWE A; 5LXQ B; 3ZM6 A; 3CWE A; 1T48 A; 4QF5 A; 2HB1 A; 2AB8 A; 2GCA A; 3RT9 A; 3BF5 A; 5IBM A; 3RQ5 A; 4Y2E A; 1QXK A; 5K24 A; 2UUP A; 3NBV A; 4WJM A; 3WSI A; 3V0I A; 4EN4 A; 3UQE A; 1DGM A; 2GCB A; 2F6V A; 4UBE A; 1GQQ A; 3HIC A; 3S4E A; 1I9T A; 3RSF A; 1YPT A; 1V19 A; 3F9B A; 4Y14 A; 4B8S A; 2QBQ A; 4JBC A; 1FGS A; 2I4G A; 2J16 A; 1ECV A; 1R6H A; 1P31 A; 1NWL A; 3NL3 A; 5K25 A; 4S1H A; 3O4T A; 4Z6B A; 1LIK A; 1U2X A; 3V0J A; 2A8B A; 3B7O A; 1PA1 A; 3RS9 A; 1V1S A; 4HV4 A; 3RRJ A; 4QUM A; 4WU2 A; 4QBE A; 1YTW A; 4KAD A; 5GTJ A; 4EBU A; 2JFG A; 3HPD A; 3RU3 A; 1TD2 A; 1XM2 A; 4RDD A; 2B49 A; 1L8G A; 3ZS7 A; 3A5J A; 1ESJ A; 2OZ5 A; 3QCK A; 5KAD A; 3WSE A; 1G7G A; 2IMG A; 3V0E A; 3S3E A; 5KA8 A; 3EH0 A; 4IKC A; 5KA0 A; 2XJA A; 1G4U S; 2H4G A; 4XDA A; 4EUM A; 4GE5 A; 5KAB A; 1J4X A; 2A3K A; 3PL2 A; 1EEN A; 4JMJ A; 3S3F A; 1Q6M A; 1FQ1 A; 1EKQ A; 5KA2 A; 4B8R A; 1PTT A; 2BZL A; 4IHF A; 2GC5 A; 1YGR A; 2M3V A; 2Y2F A; 1YWF A; 2CMB A; 3MBJ A; 4K8K A; 2I4H A; 3B3L A; 2I3U A; 5EY7 A; 4CVL A; 5K23 A; 1LQF A; 1UAG A; 1Q6N A; 5F11 A; 4KI9 A; 2VOR A; 5CGA A; 1YFO A; 1KAK A; 3S3H A; 1PXH A; 1ZCK A; 2CM7 A; 3RSQ A; 1OHE A; 2HCM A; 4OHE A; 1ONZ A; 1V3A A; 3FHX A; 1L2L A; 4QBW A; 4N09 A; 4R0T A; 2AM1 A; 2HC1 A; 2F02 A; 4PYH A; 2CM8 A; 4NYH A; 4K93 A; 3RS8 A; 2BV5 A; 1G1H A; 2Q05 A; 4RKK A; 2PA5 A; 3QA2 A; 2C46 A; 2GC6 A; 2WJP A; 2RF6 A; 5MMZ B; 1RFU A; 1C3Q A; 2CNF A; 1JXI A; 3BGK A; 3A5K A; 1YHJ A; 4GE6 A; 1TYY A; 2MBC A; 4YL5 A; 3PYZ A; 4OHD A; 4R30 A; 1LAR A; 1RFV A; 2H02 A; 5KA7 A; 3U96 A; 2B4S A; 1J6U A; 3Q1Y A; 3D9C A; 4DC3 A; 5KA9 A; 3RQQ A; 4HJQ A; 1WYE A; 4I8N A; 1VI9 A; 1SUG A; 2G59 A; 1G4W R; 3F9A A; 3EAG A; 5C41 A; 3O5X A; 1GG4 A; 2FJN A; 1KNX A; 2F6W A; 1XRI A; 5HDE A; 4K9I A; 2JFF A; 1ZC0 A; 3RPH A; 2I6I A; 3I36 A; 3IE7 A; 2NTA A; 4OHI A; 3RSS A; 1U25 A; 1NMO A; 1YZ4 A; 4WOH A; 1GFY A; 2Y1O A; 3EAX A; 3MOZ A; 3OTX A; 3RQ6 A; 4ZIY A; 1VM7 A; 3RQ8 A; 2UAG A; 1QZ0 A; 3BM8 A; 3UBO A; 3D44 A; 4NWF A; 2QHP A; 3H49 A; 4X8F A; 3GO7 A; 4C5J A; 3IBQ A; 3B1O A; 3I80 A; 4GRY A; 4O1L A; 4QAP A; 4K8T A; 1AAX A; 1XXP A; 2C7S A; 3ZMQ A; 2A9Y A; 3F99 A; 3NL2 A; 4E8W A; 3L31 A; 3AWF A; 3MBH A; 2G6Z A; 3GO6 A; 4YWR A; 3Q92 A; 2F6F A; 2DXP A; 3EU0 A; 5TQI A; 3RRE A; 2PT0 A; 4BUB A; 1ZZW A; 5CGE A; 1P15 A; 4BUC A; 2CM3 A; 2VEW A; 2F71 A; 1GC5 A; 3D1O A; 4MBB A; 4C12 A; 3O4U A; 4S1M A; 2BGD A; 1NZ7 A; 3RQH A; 3H74 A; 5COJ A; 2Q47 A; 2GJT A; 1C85 A; 1LYV A; 3HN7 A; 2OOQ A; 4QUN A; 3NC9 A; 3CM3 A; 1GWZ A; 3O3L A; 1LHP A; 4GS0 A; 1BZC A; 2F6Y A; 3BRH A; 1EEO A; 3RGO A; 1LIJ A; 3UMO A; 5C40 A; 2HQQ A; 4NWG A; 2Y66 A; 4ZN5 A; 4KAL A; 1C84 A; 2P4D A; 2FJM A; 4LCA A; 2QBS A; 3LOO A; 2A9Z A; 1YGU A; 2R3E A; 4RH5 A; 3WSH A; 3B1Q A; 2X5O A; 3IH0 A; 3W4S A; 3UQ6 A; 2F46 A; 3ZV2 A; 4H1O A; 1OEM X; 3RQX A; 3V0F A; 2B4P A; 3K9E A; 3RU2 A; 4EOH A; 1VK4 A; 2IU9 A; 1FPR A; 2QBP A; 1RKA A; 3I3Y A; 1WRM A; 2HNQ A; 5BYD A; 2ESB A; 5KA1 A; 2CMC A; 3QCG A; 4S1I B; 3D1Q A; 2XTB A; 2PQ5 A; 3F81 A; 4E8Z A; 1ESQ A; 2HVL A; 5K9V A; 5TRW A; 3PMO A; 2Y68 A; 3MMJ A; 3MVN A; 4RI4 A; 2F00 A; 3KEU A; 3D42 A; 1U26 A; 1OHC A; 5J8R A; 3LJS A; 2F7K A; 1EKK A; 1YTN A; 2XPC A; 2NZ6 A; 4BPC A; 2F70 A; 4HJP A; 1VHR A; 3GBU A; 3RY7 A; 3EMU A; 3OMH A; 2I6O A; 2SHP A; 3EB1 A; 3ZMP A; 4ZRT A; 3NL6 A; 2HLZ A; 4DU5 A; 5C3Y A; 3LKI A; 3RTC A; 2QCJ A; 4KAN A; 1JBV A; 1JBW A; 1OEV A; 2FH7 A; 1P3D A; 2NT7 A; 1BZJ A; 2I3R A; 2I6M A; 4KBE A; 1G1F A; 2Q5R A; 3RRB A; 5C3Z A; 5KA4 A; 4R0S A; 4KAH A; 3DZV A; 2CMA A; 3NC2 A; 3IN1 A; 1UB0 A; 1U24 A; 4B04 A; 2QDP A; 1NNY A; 1NMP A; 1TZ6 A; 4GM6 A; 3ZL8 A; 5KA3 A; 2QDC A; 5A5E A; 2HC2 A; 2I6P A; 2PKM A; 4HRF A; 3EEQ A; 2NV5 A; 3SR9 A; 3RTE A; 2ABQ A; 4S1I A; 4K9C A; 1BX4 A; 3N1C A; 4LBG A; 2FYW A; 3D1H A; 3I7Z A; 3QCJ A; 3LK7 A; 3VAQ A; 3WSF A; 4RI5 A; 3RGQ A; 4PVG A; 2AFB A; 1C83 A; 1PTY A; 2Y96 A; 4GWF A; 4IWM A; 3BLT A; 4O1G A; 1EEH A; 2IUA A; 1PTV A; 4GFV A; 4QAH A; 5BUG A; 3KZH A; 4GFU A; 2WGP A; 4D3R A; 1V1B A; 4C5L A; 5I6V A; 2JJD A; 3RM5 A; 1C86 A; 1OET A; 3M4U A; 4PVV A; 2I5B A; 3UMP A; 1RPM A; 5A5F A; 2DDW A; 2AZR A; 2AJP A; 3JUL A; 5EYN A; 1I9S A; 2H04 A; 1O5Z A; 4DGP A; 5K22 A; 1I57 A; 3B1P A; 1YTS A; 2VEU A; 2VEV A; 2ZN7 A; 3B1R A; 4N08 A; 3NRS A; 3QKQ A; 2R3B A; 2V78 A; 1Q6J A; 1L8K A; 1YN9 A; 2H4V A; 3V0G A; 1PYN A; 2JG1 A; 1BZH A; 2PBN A; 3QCC A; 3RT7 A; 1GQY A; 1PA9 A; 2VOS A; 4JKS A; 2J17 A; 3B1N A; 2CJZ A; 5KAC A; 2BIJ A; 4IWG A; 4E3A A; 4E79 A; 4UAG A; 3QCL A; 2Y67 A; 2HY3 A; 1NWE A; 3V0H A; 2PKF A; 2HXP A; 4E84 A; 4KYQ A; 1KO7 A; 4GE2 A; 2H4K A; 2JGV A; 1NL9 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4CVL A; 3N2A A; 2IU9 A; 1E8C A; 1UAG A; 2VOR A; 4IHG A; 3PMO A; 2Y68 A; 3MVN A; 2AM1 A; 2F00 A; 3QCZ A; 2UUO A; 2XPC A; 1E0D A; 4E75 A; 2GC6 A; 2WJP A; 4CVK A; 3PYZ A; 1JBV A; 1JBW A; 1P3D A; 4IHH A; 1J6U A; 3ZM6 A; 4QF5 A; 2GCA A; 1W78 A; 3EAG A; 1GG4 A; 2UUP A; 3ZM5 A; 2JFF A; 2GCB A; 3ZL8 A; 1GQQ A; 2WTZ A; 2Y1O A; 5A5E A; 4ZIY A; 1FGS A; 2UAG A; 3LK7 A; 1P31 A; 1EEH A; 2IUA A; 2JFH A; 4HV4 A; 2JFG A; 5A5F A; 4BUB A; 4BUC A; 1O5Z A; 4C12 A; 3EH0 A; 1W7K A; 3UAG A; 2XJA A; 3NRS A; 3HN7 A; 4C13 A; 1GQY A; 2VOS A; 4IHF A; 2GC5 A; 4QDI A; 2VTD A; 2Y66 A; 4E79 A; 4UAG A; 4CVM A; 2Y67 A; 2IU8 A; 2X5O A; 2AM2 A; 2VTE A;
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