The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
105
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sequence length |
369
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structure length |
341
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Chain Sequence |
LLDIALKGLKRTLPQLEQMDGNSLRPLRSLMTNLQNLNKQLNDYVTTLTNIQVGVARFSQWEVERWVDASTHELTQAVKKIHVIAKELKNVTAELEKIPQTMSGPTLGLARFAVSSIPINQQTQVKLSDGMPVPVNTLTFDGKPVALAGSYPKNTPDALEAHMKMLLEKECSCLVVLTSEDQMQAKQLPPYFRGSYTFGEVHTNSQKVSSASQGEAIDQYNMQLSCGEKRYTIPVLHVKNWPDHQPLPSTDQLEYLADRVKNSNQNGAPGRSSSDKHLPMIHCLGGVGRTGTMAAALVLKDNPHSNLEQVRADFRDSRNNRMLEDASQFVQLKAMQAQLLM
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Modulation of host signaling by a bacterial mimic: structure of the Salmonella effector SptP bound to Rac1.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE SPTP
|
| molecule tags |
Signaling protein
|
| source organism |
Salmonella typhimurium
|
| total genus |
105
|
| structure length |
341
|
| sequence length |
369
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| ec nomenclature |
ec
3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase. |
| pdb deposition date | 2000-10-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| R | PF00102 | Y_phosphatase | Protein-tyrosine phosphatase |
| R | PF03545 | YopE | Yersinia virulence determinant (YopE) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Virulence factor YopE uncharacterised domain | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A | Protein tyrosine phosphatase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1ONZ A; 4GE2 A; 5I6V A; 3H2X A; 4YAA A; 2WGP A; 1PTY A; 3QCG A; 3PS5 A; 5KA3 A; 2OOQ A; 3QKP A; 1FPR A; 1OEV A; 3ZMQ A; 3OMH A; 2F6Z A; 1JF7 A; 3CWE A; 1OHC A; 1LYV A; 3QCH A; 5K25 A; 2F46 A; 3U96 A; 1HE1 A; 3BLT A; 1YTS A; 4RDD A; 4Z6B A; 1PH0 A; 2FJM A; 1PTU A; 2B4S A; 5K9W A; 5KA0 A; 4OHD A; 2A8B A; 4RI4 A; 1YWF A; 3N0A A; 2I6O A; 2I75 A; 4NX8 A; 5BUG A; 4JMK A; 2QDC A; 4B04 A; 2RF6 A; 2M3V A; 2ZMM A; 4ERC A; 2MBC A; 1ZCL A; 4BJO A; 1YGU A; 4H34 A; 2QDM A; 3ZM3 A; 2GP0 A; 2G6Z A; 2BGD A; 2B49 A; 2I3R A; 4GS0 A; 4D3P A; 2QCT A; 2HVL A; 5J8R A; 2HNP A; 2PBN A; 3ZM0 A; 4GE6 A; 1X24 A; 3AWE A; 1YFO A; 4QUM A; 2NLK A; 1T49 A; 1C87 A; 1EEO A; 3QCF A; 4I8N A; 2HC1 A; 3O4T A; 1RXD A; 2I5X A; 2NTA A; 1WCH A; 2F6F A; 2PT0 A; 2H4V A; 3I80 A; 4QBE A; 1JLN A; 4R0S A; 2OUD A; 4J51 A; 3ZMP A; 4KI9 A; 4NWG A; 2J16 A; 1OET A; 2C46 A; 2VEY A; 1XXV A; 5IBS A; 4R30 A; 2GJT A; 4QBW A; 4HRF A; 1C84 A; 4OHH A; 2CNE A; 2F6V A; 3A5K A; 3S3K A; 2OZ5 A; 1PA9 A; 1QZ0 A; 1LQF A; 3EMU A; 3V0J A; 2P6X A; 3QCD A; 2CNH A; 5K9V A; 3RGQ A; 1G4U S; 1L8K A; 4TVV A; 3S4O A; 2F71 A; 2QDP A; 3ZV2 A; 1HY5 A; 3I36 A; 3QCJ A; 4DGX A; 2I6P A; 1OHD A; 2GWO A; 2H04 A; 1YZ4 A; 2F6W A; 1I9T A; 4GE5 A; 2BIJ A; 1Q6P A; 1D5R A; 1NO6 A; 3OLR A; 3S3H A; 2H4G A; 2AZR A; 1R6H A; 2H4K A; 1KAV A; 1VHR A; 2VEU A; 2PI7 A; 2F6Y A; 1Q6M A; 2ESB A; 2CNG A; 3GXH A; 4QAP A; 1G1H A; 2CJZ A; 2Q05 A; 5KA2 A; 4GRZ A; 2NZ6 A; 3S3E A; 1Q6N A; 3V0G A; 3D44 A; 3F9B A; 4D3Q A; 2NT2 A; 5BX1 A; 2B4U A; 1GFY A; 2HB1 A; 3RO1 A; 3LJ8 A; 2QBR A; 3A5J A; 2I4E A; 4AZ1 A; 2QBS A; 3QCI A; 1BZJ A; 3O4S A; 1A5Y A; 1AAX A; 5LXQ B; 1FQ1 A; 2CNI A; 3M4U A; 3ZM2 A; 3O5X A; 4NND A; 2I6I A; 3SR9 A; 1R4T A; 3EAX A; 2VEW A; 2P4D A; 2HY3 A; 3QKQ A; 1XXP A; 2I6M A; 4ZN5 A; 2QBQ A; 1ONY A; 1G7F A; 2NT7 A; 3O4U A; 3CM3 A; 1YTN A; 3BLU A; 2CM8 A; 4DGP A; 1Q6T A; 2HC2 A; 5KA9 A; 5KAA A; 3F9A A; 1C83 A; 5IBM A; 4KYR A; 5EHP A; 2F6T A; 1L8G A; 4RHG A; 2H03 A; 3AWF A; 2J16 B; 4H1O A; 3MOZ A; 3F99 A; 4RH9 A; 2IMG A; 2ZN7 A; 2OC3 A; 2F70 A; 1I9S A; 3RGO A; 2Y96 A; 2C7S A; 4HJP A; 5GTJ A; 2R0B A; 1BZC A; 4PYH A; 3D1O A; 4YR8 B; 2NV5 A; 3MMJ A; 2CMB A; 2PQ5 A; 1GWZ A; 3S4E A; 1FPZ A; 3F41 A; 5K22 A; 3QCK A; 3EZZ A; 2YDU A; 5M43 A; 3SME A; 2FJN A; 2J17 A; 2QBP A; 2HNQ A; 1V3A A; 2QCJ A; 3ZM1 A; 3O3L A; 3S3F A; 2H02 A; 1G1G A; 2CMA A; 4HJQ A; 2BZL A; 1YGR A; 3NME A; 2FH7 A; 2BV5 A; 4WU2 A; 1M3G A; 3D9C A; 4GFV A; 1U25 A; 3V0E A; 3MOW A; 1RPM A; 2Y2F A; 4RKK A; 4KYQ A; 4BPC A; 2HXP A; 1XRI A; 2AHS A; 1T48 A; 5HDE A; 1ZC0 A; 1NZ7 A; 4QAH A; 1G4W R; 2I42 A; 2I1Y A; 3RZ2 A; 1NWL A; 1OES A; 1OEO X; 1OEM X; 1U26 A; 2I3U A; 4JNB A; 2Q47 A; 4S0G A; 1PA1 A; 1PTV A; 3QCN A; 4GFU A; 3B7O A; 2JJD A; 2CMC A; 2I6J A; 5K24 A; 1P15 A; 1PYN A; 2B4O A; 3QCM A; 4GRY A; 3EB1 A; 1KAK A; 1WRM A; 4IKC A; 3D1Q A; 1YN9 A; 4Y2E A; 4WU3 A; 1U24 A; 1NNY A; 5KA4 A; 4ZI4 A; 3GXG A; 1HE9 A; 4ZRT A; 1YPT A; 2VEV A; 3I7Z A; 3V0I A; 1SUG A; 5KAC A; 1EEN A; 1Q6S A; 3AWG A; 1BZH A; 4NYH A; 4MBB A; 4JMJ A; 4JBC A; 4WOH A; 1C86 A; 1J4X A; 2B3O A; 5KA7 A; 1XBO A; 1WAX A; 3F81 A; 2CM2 A; 4OHI A; 1I57 A; 5EHR A; 1PTT A; 3D1H A; 3BRH A; 1QXK A; 4R0T A; 1LAR A; 2DXP A; 4RI5 A; 1ZCK A; 3QCB A; 3EU0 A; 5KAB A; 4WTY A; 3BM8 A; 4RH5 A; 4ICZ A; 1NWE A; 2A3K A; 1OEU A; 2E0T A; 4PVG A; 2HCM A; 1C85 A; 1Q6J A; 2CFV A; 4D3R A; 2B07 A; 1ECV A; 2QEP A; 5BZZ A; 3D42 A; 1G1F A; 2CM7 A; 5KA8 A; 2I4G A; 2CM3 A; 2BGE A; 3QCL A; 5MMZ B; 1OHE A; 1YTW A; 1PXH A; 1XM2 A; 2CNF A; 4GWF A; 1G7G A; 2PSZ A; 4OHE A; 1NL9 A; 2VEX A; 1Q1M A; 3QCE A; 2I4H A; 1C88 A; 1ZZW A; 5KAD A; 1MKP A; 2PA5 A; 4NWF A; 4QUN A; 2B4P A; 1T4J A; 5K23 A; 5AWX A; 3V0D A; 3V0H A; 3QCC A; 2SHP A; 5KA1 A; 4OHL A; 3V0F A; 2G59 A; 5BZX A; 4Y14 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XLO A; 1C03 A; 4YAA A; 2M4E A; 1WGW A; 2HSQ A; 5JP7 A; 2MYS A; 2XLD A; 3ZMQ A; 1YYX A; 1JF7 A; 3DAG A; 2VCB A; 2HJM A; 3ZC4 A; 3L8I A; 3O10 A; 1YTS A; 1M56 C; 4RDD A; 5E33 A; 3NRS A; 5L3Q A; 2LD6 A; 4OHD A; 2CCY A; 1A7V A; 4EHP A; 5BUO A; 2G62 A; 1RJ9 A; 5KYN A; 4IGG A; 4KBL A; 4DJ9 A; 2WVO A; 2QDC A; 3OWT A; 3G4X A; 2R7X A; 2M3V A; 2Y68 A; 4ERC A; 1JPJ A; 2V26 A; 3B71 A; 4H34 A; 1JPN A; 3NMI A; 2BGD A; 1FMW A; 3U2L A; 4KI2 A; 4BG0 A; 2P1A A; 3C7J A; 2HVL A; 2H8A A; 2HNP A; 3ZM0 A; 2IXN A; 1YFO A; 4JRZ A; 2R7U A; 3AWE A; 1NBB A; 2NLK A; 2O9X A; 4JIO A; 4I8N A; 3S84 A; 2ZPA A; 1WOL A; 1U0B B; 4MS2 A; 3EH2 A; 4ZIY A; 3T9O A; 4EIY A; 5A69 A; 2KQ9 A; 5JLI A; 2XLM A; 4MTO A; 4CJG A; 4EBJ A; 4CIH A; 2OUD A; 4KI9 A; 2J16 A; 4OIP F; 1LVK A; 4E7Z A; 1OET A; 3EFO A; 2OJE D; 3C8Z A; 4AE4 A; 2UUO A; 3ZDL A; 1FTS A; 4HRF A; 4DBR A; 2FAP B; 1SMY F; 4ONS A; 2F6V A; 3AOU A; 4MTF A; 3NMJ A; 1E0D A; 2UAG A; 2JFH A; 3V0J A; 4JEB A; 2P6X A; 3KKB A; 1YVI A; 3K66 A; 5K9V A; 3LAY A; 3Q6M A; 2QDP A; 3I36 A; 1OHD A; 2OEV A; 5A5E A; 2H04 A; 1A41 A; 3ZWI A; 1YZ4 A; 2IXP A; 1QZX A; 5DS4 A; 3UGP A; 4O6M A; 1Q6P A; 2WL8 A; 3EGD B; 2HMQ A; 2B0H A; 3KYI A; 1OW6 A; 2Y3B A; 3AQC A; 5B3S C; 4JEA A; 3W8I A; 2V3C C; 1Q6M A; 2JD3 A; 4U9D A; 1E2X A; 2CNG A; 4ZLD A; 4QAP A; 3U2M A; 4U9E A; 5KA2 A; 4PR9 A; 3IQC A; 2NZ6 A; 3S3E A; 1Q6N A; 3D44 A; 1H7I A; 4XQ1 A; 1ZHX A; 4JW1 A; 3BRJ A; 2NT2 A; 3N24 A; 3EZI A; 2VCA A; 3ZL8 A; 1NSG B; 3A5J A; 2I4E A; 1E86 A; 2A6H F; 2XJA A; 1H6G A; 4YL1 A; 4N4W A; 3S29 A; 3DAF A; 1I5N A; 4BJ5 C; 2H7O A; 1V55 C; 1A5Y A; 2LK4 A; 3ZSU A; 3AGU A; 1CGN A; 2ZD9 A; 2F00 A; 4HE8 D; 3O5X A; 4QI0 A; 1OCR C; 2HY3 A; 3QKQ A; 3R7C A; 1MMD A; 2IM8 A; 1NZE A; 2OQM A; 2I6M A; 1OR3 A; 4YK5 A; 3O4U A; 1YTN A; 3PDM P; 4BUC A; 1E8C A; 3B9Q A; 1Q6T A; 2PBE A; 2HC2 A; 3ZTM A; 5KA9 A; 3G50 A; 1C17 M; 2GFH A; 3QMK A; 3MOZ A; 3C8G D; 2ZN7 A; 4HFK B; 2VB6 A; 4PAC A; 1J8Y F; 3HN7 A; 4CBE A; 2XLV A; 3HJC A; 1BZC A; 3KH2 A; 5DS6 A; 3EJN A; 2NV5 A; 1HW2 A; 3HNL A; 5KYX A; 1FR0 A; 1FPZ A; 4OD4 A; 3PHF 2; 4G7Z F; 2EPK X; 2NSG A; 3SME A; 1YDI A; 4MQ9 F; 4A2N B; 2YLI A; 2CGE A; 4LDK A; 1SR2 A; 2Q3T A; 3ABK C; 1V3A A; 4DRJ B; 4NQF A; 2CMA A; 5KYY A; 2BV5 A; 4CS7 A; 2VTE A; 3D9C A; 4ANJ A; 2Y1O A; 3MOW A; 3G4Z A; 1RPM A; 5HV9 A; 1XRI A; 3TJ5 A; 5HDE A; 1NZ7 A; 5KYU A; 4XPY A; 2A0B A; 2KYH A; 3GEE A; 3GEH A; 1Z63 A; 1OEO X; 4YJW A; 1U26 A; 1Q0M A; 3MLG A; 5E2Q A; 1ORJ A; 2J7P A; 4GFU A; 2QLA A; 1CPR A; 2I6J A; 1D0Y A; 5K24 A; 4ULV A; 3DMD A; 1A0B A; 2EIN C; 5DS5 A; 4P9T A; 4Y2E A; 3LNM B; 2IXM A; 1U24 A; 3FAP B; 1G5Z A; 4BJ5 A; 1OKK D; 4W8P A; 1HE9 A; 5L0G A; 3DE8 A; 2EIL C; 1YPT A; 2ZXW C; 4HV4 A; 1Z6A A; 3AG1 C; 1SUG A; 4JCZ A; 4CVL A; 2R7S A; 3AWG A; 4JMJ A; 1T5O A; 4WOH A; 4CSA C; 1WAX A; 2P0N A; 3MYF A; 2Q9A A; 3MX3 A; 4OHI A; 2JFG A; 2J46 A; 2CDQ A; 3LLI A; 3X1O A; 4DBQ A; 1LAR A; 3WG7 C; 3EGX A; 3EU0 A; 3WOD F; 3EFO B; 3U3F A; 3BM8 A; 4RH5 A; 1VLT A; 4AE4 B; 4ICZ A; 1OR2 A; 2HUJ A; 4X0R A; 2HCM A; 2OKU A; 3TUL A; 3SP1 A; 1GQA A; 4QDI A; 3GM3 A; 1M57 C; 2A0U A; 2JPU A; 3DKA A; 2QEP A; 5FCL A; 1PD1 A; 1TFK B; 1OHE A; 1PXH A; 1W7K A; 3SEO A; 2CNF A; 5F5F A; 4O6N A; 3U8V A; 1WTY A; 1C88 A; 3ATP A; 3DM9 B; 2WB7 A; 1JOG A; 1HMO A; 2XM0 A; 4NTF A; 2OG2 A; 5T1D B; 4RD9 A; 3LS0 A; 5EK0 A; 4BJ6 C; 5BQI A; 1MMG A; 4PJL A; 4G7H F; 2A68 F; 3V0H A; 4JTC B; 3C8G A; 3EGD A; 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3L1M A; 4XEK A; 2AZR A; 4HFF B; 1R6H A; 2GCA A; 5KYU B; 1VOM A; 2H4K A; 4DRH B; 2VEU A; 2F6Y A; 1WN0 A; 1S05 A; 3IHU A; 2GC6 A; 4N6H A; 2Q05 A; 2JX0 A; 1ZYR F; 1K04 A; 2OU6 A; 3V0G A; 4NY3 A; 2ZXO A; 3FVY A; 4YT8 A; 2YL7 A; 4YN0 B; 5BX1 A; 2B4U A; 1PD0 A; 2LP4 A; 4AX2 A; 4K7B A; 2RSE B; 2LFD A; 5A6K A; 2HB1 A; 3RO1 A; 4E18 A; 3LJ8 A; 2YKZ A; 4PFP A; 1OCC C; 4JCH A; 1UAG A; 4RBN A; 3QCI A; 3ECS A; 2C04 A; 1V74 B; 3JYY A; 2XLW A; 3FDQ A; 1AAX A; 1WAS A; 3ZM2 A; 1H9G A; 4U5B E; 2I6I A; 3MBG A; 2YHS A; 1R4T A; 3EAX A; 1O87 A; 2PP4 A; 1OCZ C; 5A6B A; 2KW3 C; 3KPH A; 2XRH A; 4XWJ A; 3C63 A; 2QBQ A; 3ZQV A; 4IAO A; 3C62 A; 4FES A; 4NCQ A; 1CGO A; 3VM6 A; 3EGX B; 3GOR A; 3WHN A; 5L0I A; 5FZT A; 1Y4C A; 5CIV A; 5IBM A; 4L6R A; 3SNH A; 4KYR A; 3RIP A; 2IYL D; 4C7O B; 2R7O A; 1L8G A; 4RHG A; 2H03 A; 2YZS A; 3AWF A; 2LSE A; 4H1O A; 3F99 A; 1BZ4 A; 4RH9 A; 3UR3 C; 2TMV P; 2OC3 A; 4LLE A; 3RGO A; 2Y96 A; 2Y66 A; 1MNE A; 2R0B A; 5A5F A; 1ZHW A; 2R7Q A; 4WAB A; 1LE4 A; 2CMB A; 3CQZ A; 4OD5 A; 4CDA A; 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