The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
105
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structure length |
105
|
Chain Sequence |
GAMEDKVDAIREAIARNPQEIFQYVRLSQVKRDDKVLGYRVSPGKDPVLFESIGLQDGDMAVALNGLDLTDPNVMNTLFQSMNEMTEMSLTVERDGQQHDVYIQF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Functional Studies of EpsC, a Crucial Component of the Type 2 Secretion System from Vibrio cholerae.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
General secretion pathway protein C
|
| molecule tags |
Protein transport, membrane protein
|
| source organism |
Vibrio cholerae
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| total genus |
26
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| structure length |
105
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| sequence length |
105
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-08-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2F5Y A; 2H3M A; 1OBY A; 2KPK A; 2L4S A; 1WHA A; 5D13 A; 1KY9 A; 1T2M A; 4HOP B; 2PZD A; 2KOH A; 1ZUB A; 2OZF A; 4JOK A; 3CBX A; 3QIK A; 3ID1 A; 2I0I A; 2LA8 A; 1K32 A; 4EDJ A; 1WHD A; 4K6Y A; 5G1E A; 2KPL A; 3GGE A; 4NXR A; 1QAV B; 2CSS A; 3KZE A; 2DC2 A; 2FE5 A; 1GM1 A; 4E3B A; 3JXT A; 4REY A; 2KBS A; 5G1D A; 2R3Y A; 2AWW A; 2DKR A; 2EJY A; 2OMJ A; 3NFL A; 2M0V A; 4Q2P A; 4GHN A; 2P3W A; 3GJ9 A; 2M0T A; 4LMM A; 1X8S A; 1UEP A; 2D8I A; 4UU5 A; 2KRG A; 3B76 A; 4E34 A; 2QKU A; 1VCW A; 3GDV A; 3STJ A; 2BYG A; 4NMQ A; 3CYY A; 2DLS A; 1KWA A; 2EDP A; 2M0U A; 4NMT A; 3L4F D; 1MFL A; 2EAQ A; 2WL7 A; 2W7R A; 4Q6S A; 1X5N A; 2AWU A; 3K1R A; 2HGA A; 3LNX A; 3CBZ A; 2K20 A; 3OTP A; 1BE9 A; 4WYT A; 5HFD A; 3DJ1 A; 4Q3H A; 1WJL A; 2LOB A; 2CS5 A; 1Q3O A; 3QO6 A; 2JIN A; 2EV8 A; 3R68 A; 2M0Z A; 1WH1 A; 2D92 A; 2PKT A; 1BFE A; 2JRE A; 1X5R A; 1N6F A; 1X5Q A; 3CH8 A; 4AMH A; 1U37 A; 2D90 A; 1FC7 A; 1UJD A; 3I18 A; 4JOF A; 3PV5 A; 5HJ1 A; 2FN5 A; 5B6L A; 2AWX A; 2MHO A; 1Z87 A; 3O5N A; 1N7E A; 1U39 A; 2EDZ A; 2I4S A; 5E22 A; 1L6O A; 3KHF A; 2H3L A; 2Q9V A; 4JOP A; 4Q2Q A; 4NMR A; 1Y7N A; 4K78 A; 3TMH A; 2YT7 A; 3OU0 A; 4NMS A; 2KOM A; 3DOR A; 3HPK A; 2ZPL A; 3O46 A; 4IC6 A; 3MH6 A; 4K76 A; 1WIF A; 2REY A; 2JIL A; 4JOH A; 4PQW A; 4JL7 A; 5HEB A; 2I0L A; 4Z8J A; 2EXG A; 2OGP A; 3PDZ A; 2KJD A; 1Y8T A; 2X7Z A; 2KYL A; 4OAJ A; 1R6J A; 2IWN A; 4P0C A; 4NMV A; 4P2A B; 3CC0 A; 4NMO A; 3GCO A; 4H11 A; 1WF8 A; 1FCF A; 3EGG C; 1OZI A; 5HFF A; 1TE0 A; 2GZV A; 2CSJ A; 1UEQ A; 2RRM A; 2IWQ A; 2DM8 A; 2EGO A; 3HPM A; 3E17 A; 5F67 A; 3SHU A; 1V5L A; 2L97 A; 1VB7 A; 2QG1 A; 1UJU A; 1FC9 A; 3DJ3 A; 2Z9I A; 2FNE A; 5EYZ A; 3QDO A; 1MC7 A; 3MH4 A; 2KQF A; 3K50 A; 2L4T A; 3TSZ A; 1V1T A; 4YDP A; 3HVQ C; 3GCN A; 2G5M B; 1WF7 A; 5HET A; 2MX6 A; 2VSV A; 3FY5 A; 2KL1 A; 1UJV A; 5F3X A; 4Q2N A; 1QLC A; 2DAZ A; 5H3J A; 3TSW A; 2I6V A; 3DIW A; 4NNM A; 2KAW A; 2LC7 A; 2EHR A; 4NXQ A; 3VQF A; 2QKT A; 1SOZ A; 1I92 A; 2YT8 A; 2AIN A; 3KZD A; 1N6E A; 5E21 A; 4HOP A; 3GDS A; 2W4F A; 3BPU A; 3EGH C; 3QGL A; 1P1E A; 2LC6 A; 2JIK A; 2KJK A; 4L8N A; 2HE4 A; 2ZPM A; 1WFV A; 4GVD A; 3ID4 A; 5DTH A; 2E7K A; 2V90 A; 3QJM A; 1QAV A; 3K82 A; 2YTW A; 5A2P A; 1UEZ A; 3PV2 A; 2M10 A; 4NMP A; 3ID3 A; 3SUZ A; 2DMZ A; 2JWE A; 4K72 A; 5HFE A; 4JOG A; 1N7T A; 1Q3P A; 2PNT A; 5E6P B; 5JXB A; 2PKU A; 1WI4 A; 4YYX A; 2VZ5 A; 1NTE A; 1TQ3 A; 5HED A; 1W9E A; 2IWO A; 1X45 A; 3CS0 A; 2ENO A; 1ZOK A; 5FB8 C; 2EGK A; 1YBO A; 1WG6 A; 3WKM A; 2EEI A; 4RI0 A; 3RL7 A; 1UHP A; 4GVC A; 2KA9 A; 5EZ0 A; 1TP5 A; 1UEW A; 3RLE A; 3WKL A; 1LCY A; 2I04 A; 3R0H A; 2VSP A; 1UFX A; 4MPA A; 1N99 A; 3CBY A; 4NNL A; 5HF1 A; 4E35 A; 2OSG A; 1UIT A; 5HDY A; 3SFJ A; 3NFK A; 2DLU A; 3LNY A; 3DJA A; 2KJP A; 1V5Q A; 3PS4 A; 2VRF A; 1TP3 A; 1I16 A; 2G2L A; 2H2C A; 2OQS A; 4OEP A; 4F8K A; 1NF3 C; 1N6D A; 4G69 A; 1V62 A; 1N7F A; 2RCZ A; 4JOJ A; 4Q2O A; 2Q3G A; 4Z33 A; 2KG2 A; 1OBX A; 4OEO A; 3RL8 A; 4KFW A; 4O06 A; 1M5Z A; 1IHJ A; 5FHT A; 2FCF A; 4K75 A; 2EDV A; 1Q7X A; 2EEH A; 2JOA A; 4N6X A; 2QT5 A; 5HFB A; 4XHV A; 2YUY A; 1FC6 A; 1V6B A; 3SHW A; 2OCS A; 3SOE A; 5I7Z A; 2H2B A; 1GQ4 A; 1IU2 A; 1RGW A; 3ID2 A; 3VQG A; 2OS6 A; 1W9Q A; 2HE2 A; 1UM1 A; 2IWP A; 2V1W A; 3GDU A; 1QAU A; 3QJN A; 2I1N A; 1MFG A; 3TSV A; 1VJ6 A; 1WI2 A; 1UM7 A; 4UU6 A; 2QBW A; 1X6D A; 4Q6H A; 3ZRT A; 3R69 A; 1RZX A; 1WFG A; 2LUI A; 3I4W A; 1GQ5 A; 1RGR A; 3QE1 A; 2DJT A; 2M3M A; 1B8Q A; 5HF4 A; 2F0A A; 2EEJ A; 1SOT A; 2YUB A; 2JXO A; 1IU0 A; 4JOR A; 2VWR A; 2QKV A; 2KOJ A; 4WYU A; 2UZC A; 5E11 A; 1Z86 A; 2OPG A; 2KV8 A; 1KEF A; 4JOE A; 1OBZ A; 1UF1 A; 1PDR A; 2O2T A; 3PDV A; 1D5G A; 2PDZ A; 1P1D A; 5E1Y A; 1G9O A; 3I1E A; 3AXA A; 2PA1 A; 1W9O A; 2VPH A; 3PV4 A; 3MH7 A; 1XZ9 A; 4NXP A; 1U3B A; 4KFV A; 1VA8 A; 2EGN A; 2DB5 A; 5GND A; 5HFC A; 2Z17 A; 4FGM A; 1U38 A; 2K1Z A; 1RY4 A; 3GSL A; 2EEG A; 5HEY A; 3NGH A; 2R4H A; 1VAE A; 4R2Z A; 5GLJ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F5Y A; 2H3M A; 1OBY A; 2KPK A; 2L4S A; 1WHA A; 5D13 A; 1KY9 A; 1T2M A; 4HOP B; 2PZD A; 2KOH A; 1ZUB A; 2OZF A; 4JOK A; 3CBX A; 3QIK A; 3ID1 A; 2I0I A; 2LA8 A; 1K32 A; 4EDJ A; 1WHD A; 4K6Y A; 5G1E A; 2KPL A; 3GGE A; 4NXR A; 1QAV B; 2CSS A; 3KZE A; 2DC2 A; 2FE5 A; 1GM1 A; 4E3B A; 3JXT A; 4REY A; 2KBS A; 5G1D A; 2R3Y A; 2AWW A; 2DKR A; 2EJY A; 2OMJ A; 3NFL A; 2M0V A; 4Q2P A; 4GHN A; 2P3W A; 3GJ9 A; 2M0T A; 4LMM A; 1X8S A; 3KDK A; 1UEP A; 4JJ3 A; 2D8I A; 4UU5 A; 2KRG A; 3B76 A; 4E34 A; 2QKU A; 1VCW A; 3GDV A; 3STJ A; 2BYG A; 4NMQ A; 3CYY A; 2DLS A; 1KWA A; 2EDP A; 2M0U A; 4NMT A; 3L4F D; 1MFL A; 2EAQ A; 2WL7 A; 2W7R A; 4Q6S A; 1X5N A; 2AWU A; 3K1R A; 2HGA A; 3LNX A; 3CBZ A; 2K20 A; 3OTP A; 1BE9 A; 4WYT A; 5HFD A; 3DJ1 A; 4Q3H A; 1WJL A; 2LOB A; 2CS5 A; 3KDG A; 1Q3O A; 3QO6 A; 2JIN A; 2EV8 A; 3R68 A; 2M0Z A; 1WH1 A; 2D92 A; 2PKT A; 1BFE A; 2JRE A; 1X5R A; 1N6F A; 1X5Q A; 3CH8 A; 4AMH A; 1U37 A; 2D90 A; 1FC7 A; 1UJD A; 3I18 A; 4JOF A; 3PV5 A; 5HJ1 A; 2FN5 A; 5B6L A; 2AWX A; 2MHO A; 1Z87 A; 3O5N A; 1N7E A; 1U39 A; 2EDZ A; 2I4S A; 5E22 A; 1L6O A; 3KHF A; 2H3L A; 2Q9V A; 4JOP A; 4Q2Q A; 4NMR A; 1Y7N A; 4K78 A; 3TMH A; 2YT7 A; 3OU0 A; 4NMS A; 2KOM A; 3DOR A; 3HPK A; 2ZPL A; 3O46 A; 4IC6 A; 3MH6 A; 4K76 A; 1WIF A; 2REY A; 2JIL A; 4JOH A; 4PQW A; 4JL7 A; 5HEB A; 2I0L A; 4Z8J A; 2EXG A; 2OGP A; 3PDZ A; 2KJD A; 1Y8T A; 2X7Z A; 2KYL A; 4OAJ A; 1R6J A; 2IWN A; 4P0C A; 4NMV A; 4P2A B; 5IL9 A; 3CC0 A; 4NMO A; 3GCO A; 4H11 A; 1WF8 A; 1FCF A; 3EGG C; 1OZI A; 5HFF A; 1TE0 A; 2GZV A; 2CSJ A; 1UEQ A; 2RRM A; 2IWQ A; 2DM8 A; 2GEF A; 2EGO A; 3HPM A; 3E17 A; 5F67 A; 3SHU A; 1V5L A; 2L97 A; 1VB7 A; 2QG1 A; 2JSN A; 1UJU A; 1FC9 A; 3DJ3 A; 2Z9I A; 2FNE A; 5EYZ A; 3QDO A; 5B42 A; 1MC7 A; 3MH4 A; 2KQF A; 3K50 A; 2L4T A; 3TSZ A; 1V1T A; 4YDP A; 3HVQ C; 3GCN A; 2G5M B; 1WF7 A; 5HET A; 2MX6 A; 2VSV A; 3FY5 A; 2KL1 A; 1UJV A; 1X9Z A; 5F3X A; 4Q2N A; 1QLC A; 2DAZ A; 5H3J A; 3TSW A; 2I6V A; 3DIW A; 4NNM A; 2KAW A; 2LC7 A; 2EHR A; 4NXQ A; 3VQF A; 2QKT A; 1SOZ A; 1I92 A; 2YT8 A; 2AIN A; 3KZD A; 1N6E A; 5E21 A; 4HOP A; 3GDS A; 2W4F A; 3BPU A; 3EGH C; 3QGL A; 1P1E A; 2LC6 A; 2JIK A; 2KJK A; 4L8N A; 2HE4 A; 2ZPM A; 1WFV A; 4GVD A; 3ID4 A; 5DTH A; 2E7K A; 2V90 A; 3QJM A; 1QAV A; 3K82 A; 2YTW A; 5A2P A; 1UEZ A; 3PV2 A; 2M10 A; 4NMP A; 3ID3 A; 3SUZ A; 2DMZ A; 2JWE A; 4K72 A; 5HFE A; 4JOG A; 1N7T A; 1Q3P A; 2PNT A; 5E6P B; 5JXB A; 2PKU A; 1WI4 A; 4YYX A; 2VZ5 A; 1NTE A; 3NCV A; 1TQ3 A; 5HED A; 1W9E A; 2IWO A; 1X45 A; 3CS0 A; 4FLN A; 2ENO A; 1ZOK A; 5FB8 C; 2EGK A; 1YBO A; 1WG6 A; 3WKM A; 2EEI A; 4RI0 A; 3RL7 A; 1UHP A; 4GVC A; 2KA9 A; 5EZ0 A; 1TP5 A; 1UEW A; 3RLE A; 3WKL A; 1LCY A; 2I04 A; 3R0H A; 2VSP A; 1UFX A; 4MPA A; 1N99 A; 3CBY A; 4NNL A; 5HF1 A; 4E35 A; 2OSG A; 1UIT A; 5HDY A; 3SFJ A; 3NFK A; 2DLU A; 3GAB A; 3LNY A; 3DJA A; 2KJP A; 1V5Q A; 3PS4 A; 2VRF A; 1TP3 A; 1I16 A; 2G2L A; 2H2C A; 2OQS A; 4OEP A; 4F8K A; 1NF3 C; 1N6D A; 4G69 A; 1V62 A; 1N7F A; 2RCZ A; 4JOJ A; 4Q2O A; 2Q3G A; 4Z33 A; 2KG2 A; 1OBX A; 4OEO A; 3RL8 A; 4KFW A; 4O06 A; 1M5Z A; 1IHJ A; 5FHT A; 2FCF A; 4K75 A; 2EDV A; 1Q7X A; 2EEH A; 2JOA A; 4N6X A; 2QT5 A; 5HFB A; 4XHV A; 2YUY A; 1FC6 A; 1V6B A; 3SHW A; 2OCS A; 3SOE A; 5I7Z A; 2H2B A; 1GQ4 A; 1IU2 A; 1RGW A; 3ID2 A; 3VQG A; 2OS6 A; 1W9Q A; 2HE2 A; 1UM1 A; 2IWP A; 2V1W A; 3GDU A; 1QAU A; 3QJN A; 2I1N A; 1MFG A; 3TSV A; 1VJ6 A; 1WI2 A; 1UM7 A; 4UU6 A; 2QBW A; 1X6D A; 4Q6H A; 3ZRT A; 3R69 A; 1RZX A; 1WFG A; 4JJ0 A; 2LUI A; 3I4W A; 1GQ5 A; 1RGR A; 3QE1 A; 5ILB A; 2DJT A; 2M3M A; 1B8Q A; 5HF4 A; 2F0A A; 2EEJ A; 1SOT A; 2YUB A; 2JXO A; 1IU0 A; 4JOR A; 2VWR A; 2QKV A; 2KOJ A; 4WYU A; 2UZC A; 5E11 A; 1Z86 A; 2OPG A; 2KV8 A; 1KEF A; 4JOE A; 1OBZ A; 1UF1 A; 1PDR A; 2O2T A; 3PDV A; 1D5G A; 2PDZ A; 1P1D A; 5E1Y A; 1G9O A; 3I1E A; 3AXA A; 2PA1 A; 1W9O A; 2VPH A; 3PV4 A; 3MH7 A; 1XZ9 A; 4NXP A; 1U3B A; 4KFV A; 1VA8 A; 2EGN A; 2DB5 A; 5GND A; 5HFC A; 2Z17 A; 4FGM A; 1U38 A; 2K1Z A; 1RY4 A; 3GSL A; 2EEG A; 5HEY A; 3NGH A; 2R4H A; 1VAE A; 4R2Z A; 5GLJ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2F5Y A; 2H3M A; 1OBY A; 2KPK A; 2L4S A; 1WHA A; 5D13 A; 1KY9 A; 1T2M A; 4HOP B; 2PZD A; 2KOH A; 1ZUB A; 2OZF A; 4JOK A; 3CBX A; 3QIK A; 3ID1 A; 2I0I A; 2LA8 A; 1K32 A; 4EDJ A; 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2ZPL A; 3O46 A; 4IC6 A; 3MH6 A; 4K76 A; 1WIF A; 2REY A; 2JIL A; 4JOH A; 4PQW A; 4JL7 A; 5HEB A; 2I0L A; 4Z8J A; 2EXG A; 2OGP A; 3PDZ A; 2KJD A; 1Y8T A; 2X7Z A; 2KYL A; 4OAJ A; 1R6J A; 2IWN A; 4P0C A; 4NMV A; 4P2A B; 5IL9 A; 3CC0 A; 4NMO A; 3GCO A; 4H11 A; 1WF8 A; 1FCF A; 3EGG C; 1OZI A; 5HFF A; 1TE0 A; 2GZV A; 2CSJ A; 1UEQ A; 2RRM A; 2IWQ A; 2DM8 A; 2GEF A; 2EGO A; 3HPM A; 3E17 A; 5F67 A; 3SHU A; 1V5L A; 2L97 A; 1VB7 A; 2QG1 A; 2JSN A; 1UJU A; 1FC9 A; 3DJ3 A; 2Z9I A; 2FNE A; 5EYZ A; 3QDO A; 5B42 A; 1MC7 A; 3MH4 A; 2KQF A; 3K50 A; 2L4T A; 3TSZ A; 1V1T A; 4YDP A; 3HVQ C; 3GCN A; 2G5M B; 1WF7 A; 5HET A; 2MX6 A; 2VSV A; 3FY5 A; 2KL1 A; 1UJV A; 1X9Z A; 5F3X A; 4Q2N A; 1QLC A; 2DAZ A; 5H3J A; 3TSW A; 2I6V A; 3DIW A; 4NNM A; 2KAW A; 2LC7 A; 2EHR A; 4NXQ A; 3VQF A; 2QKT A; 1SOZ A; 1I92 A; 2YT8 A; 2AIN A; 3KZD A; 1N6E A; 5E21 A; 4HOP A; 3GDS A; 2W4F A; 3BPU A; 3EGH C; 3QGL A; 1P1E A; 2LC6 A; 2JIK A; 2KJK A; 4L8N A; 2HE4 A; 2ZPM A; 1WFV A; 4GVD A; 3ID4 A; 5DTH A; 2E7K A; 2V90 A; 3QJM A; 1QAV A; 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