The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
261
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sequence length |
742
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structure length |
742
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Chain Sequence |
ADPYDALRRRWLGITLGTGYDPAAEPYASRLAETGERAREHRATMAPTPTSLWPGHPFDPPAGITFAYGRLWTMTEAYVQEGTGATGDPALLADILRGLDHLSATVYHPATTRYGNWWEWQIGSPRLLMDITAALYDHLGADRVAAACAAVDHFVPDAMLGAYTGTSTGANRVDLCRSVALRGVLGRAPAKIALARDALSPVFPYVTKGDGLYADGSFVQHTWVAYSGTYGQVMLDGLGRLFTLLAGSEWEVTDPGRQLVLDSVEHAYAPLIHDGLVMDTVNGRAISRGYLKSDDLHVMRSDHFHGQQLIAAMAVLAGGASNAERERWHARIKGWIERDTVTPVLTAPQFPVADLTRLHAIADAPGEAAPEPVGHHLFAAMDRAVHRRPAFTAGLAMASDRIAHYECGNGENPRGWHTGAGMLTWWANGTRADQYTDWFWPTVDWYRLPGTTVSTKRLADRAGGEWGAPKPDVRWVGGATDGEYAAVGQHLKGLGSTLEARKSWFFLDDAVVCLGAGITCADGVPVETVVDNRNLGEGGTQALVRGRHWAHLEGHGGWIVPGGALRTLREDRTGAWSDINTTSTTERRTRRWQTLWLDHGTDPAGADYVYTVMPGASRAALARRAADRHWLTVLANDDRRQAVSVPSLGLTAANFWQAGTAGPLTTTAGASVLVRRRGRTATLRVSEPPRTGEALEIVWDHPVGAVLRADETVEILATGRRLHLRVTPGVVCTTHECEVTLS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structures of a Family 8 Polysaccharide Lyase Reveal Open and Highly Occluded Substrate-Binding Cleft Conformations.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PUTATIVE SECRETED LYASE
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| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Streptomyces violaceoruber
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| total genus |
261
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| structure length |
742
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| sequence length |
742
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| ec nomenclature |
ec
4.2.2.1: Hyaluronate lyase. |
| pdb deposition date | 2009-03-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02278 | Lyase_8 | Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain |
| A | PF02884 | Lyase_8_C | Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain |
| A | PF08124 | Lyase_8_N | Polysaccharide lyase family 8, N terminal alpha-helical domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Chondroitin AC/alginate lyase | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 | Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OBA A; 1LXM A; 1NSV A; 1SNZ A; 4OZV A; 2WMJ A; 3VSM A; 4D6J A; 1K1X A; 3VD5 A; 4D71 A; 3T08 A; 1UG9 A; 2FUT A; 2WW1 A; 1OJO A; 4F13 A; 1NS8 A; 1JYV A; 3VSN A; 1NSX A; 4BZE A; 1NSS A; 5JMD A; 1JOV A; 3CZJ A; 4OJZ A; 3Q1N A; 3T0B A; 4AQ0 A; 1NS0 A; 3K25 A; 2WW3 A; 1HMW A; 1MN0 A; 2WVY A; 1MMX A; 3WFA A; 1X1H A; 4MMH A; 1PX4 A; 2WMI B; 1HV6 A; 1X1J A; 5E1Q A; 2WVX B; 1RWF A; 1LXK A; 2CIS A; 2WVX A; 4RNL A; 3VD3 A; 1TXK A; 3E80 A; 4D6H A; 1DP0 A; 1HMU A; 1RWA A; 3NJX A; 1LF9 A; 3T2P A; 2WCO A; 1L7J A; 1PX3 A; 2WW2 A; 2WDA A; 2JKA A; 3MUY 1; 4DUV A; 1ULV A; 2FUQ A; 4D6C A; 1JZ3 A; 1NSM A; 4BZF A; 2D73 A; 1NSU A; 3DYP A; 3NNB A; 3VD9 A; 3T0D A; 1HN1 A; 2WVZ A; 2E24 A; 5JMF A; 1JYW A; 1N7N A; 1NS2 A; 2BRW A; 1Z45 A; 3DYM A; 4DUW A; 3NRE A; 4D6D A; 3VDA A; 1NSZ A; 4MMI A; 1YQ2 A; 2HTB A; 2XSG A; 4D6F A; 2WMI A; 1OJN A; 1X1I A; 1RWG A; 1JZ7 A; 3IAP A; 3NFV A; 1L7K A; 1I8Q A; 2XHN A; 1W3Y A; 1F4H A; 2WMG A; 3MUZ 1; 3DEC A; 3ECQ A; 4BZG A; 3E1F 1; 1NS4 A; 3IAQ A; 1MMU A; 1NKG A; 1SO0 A; 1F4A A; 1HM2 A; 2WMF A; 1N7R A; 1OJM A; 3MV1 1; 3T2O A; 2Q1F A; 1K1W A; 3T09 A; 1RWC A; 1N7P A; 4D6I A; 1OJP A; 1LUR A; 1YGA A; 3I3E A; 2WW0 A; 3A24 A; 2BRV X; 4E1Y A; 4F10 A; 1JYX A; 3AFL A; 2JKE A; 3J7H A; 4TTG A; 3MV0 1; 1N7Q A; 2CIQ A; 2WMK A; 4OK4 A; 3MWX A; 1HM3 A; 1J0M A; 3T0A A; 4NEI A; 3T2Q A; 1NS7 A; 4BZH A; 3VDC A; 1C82 A; 2WZS A; 3I3B A; 1LOH A; 3IMH A; 1JZ6 A; 3NJV A; 2HTA A; 2JKP A; 1RW9 A; 3DYO A; 1JZ4 A; 4D6G A; 4FNV A; 1JYN A; 1F9G A; 3VD4 A; 3E7J A; 1QAZ A; 1RWH A; 1N7O A; 1JZ2 A; 4D72 A; 3OS7 A; 1NSR A; 3VDB A; 4OK2 A; 1MMY A; 2E22 A; 3OB8 A; 4OZW A; 3BGA A; 2WMH A; 1MMZ A; 3A0O A; 2BRP A; 1LF6 A; 1F1S A; 2CIR A; 3DCD A; 1JZ8 A; 2ZQ0 A; 1J0N A; 5A1A A; 1JZ5 A; 1HN0 A; 4D6E A; 2X03 A; 1K1Y A; 2ZXQ A; 3I3D A; 1CB8 A; 3SEP A; 3VD7 A; 4DUX A; 1EGU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1AYX A; 1LXM A; 3BUP A; 1FBO A; 4D6J A; 3WIQ A; 1V5C A; 2WW1 A; 4FJQ A; 3EU8 A; 4ZH1 A; 4F13 A; 3Q7A B; 3VSN A; 3W7T A; 3X42 A; 1JOV A; 2B39 A; 4MBG B; 3ALA A; 4OJZ A; 4K3A A; 1W6G A; 4QT9 A; 3M76 A; 4ZH5 A; 1NS0 A; 1MN0 A; 3Q73 B; 2WVY A; 5IK9 A; 2JF4 A; 3RJ3 A; 1IQX A; 2CWV A; 1HV6 A; 2SQC A; 1O1T B; 1PS3 A; 2F1B A; 2NVP A; 4D6H A; 1RJO A; 1DP0 A; 2E2V A; 1H37 A; 1LF9 A; 4WVC A; 3T2P A; 3W7W A; 1V7V A; 1XWQ A; 3BS6 A; 2F7O A; 1RQ5 A; 2H6H B; 1ULV A; 4TF4 A; 5IL8 A; 3S4C A; 3UD1 A; 4D6C A; 3SX1 A; 1JZ3 A; 3KN4 A; 1C3D A; 3QR8 A; 1NSU A; 3T0D A; 3AFJ A; 1HN1 A; 3DX3 A; 2WVZ A; 3VW5 A; 1JYW A; 3QXF A; 1KFG A; 1N9E A; 2ZBL A; 1UI7 A; 3M02 A; 1H12 A; 3HXD B; 2V3N A; 4CJ1 A; 2OQE A; 4D6D A; 1NSZ A; 5MEH A; 1TQV A; 2XSG A; 3WUX A; 1IVU A; 1FT1 B; 3SXX A; 3M01 A; 1OJN A; 1OAC A; 2D1W A; 2H6F B; 4C1S A; 1JZ7 A; 5IKH A; 3KQ4 A; 4ZG8 A; 2VN4 A; 1GA2 A; 4CE7 A; 1JRQ A; 3DX1 A; 5M7Y A; 3DDG A; 3BLC A; 3G4F A; 1W3Y A; 1VD5 A; 1F4H A; 3C72 B; 1X81 B; 4WU0 A; 5JPN B; 3QSP A; 4M76 A; 1IU7 A; 1WMP A; 3ECQ A; 1SQC A; 4ZRP A; 3EUV B; 1F4A A; 1HM2 A; 3PYB A; 2D5J A; 3QPF A; 4GTR B; 1OJM A; 1W6J A; 4DI5 A; 5KKB A; 3BUI A; 3D4Y A; 3RX5 A; 4TXT A; 5CD2 A; 1IA6 A; 4XUV A; 1UI8 A; 4KFD A; 1RWC A; 2FV0 A; 3KSQ B; 1QWU A; 1YGA A; 3I3E A; 3A24 A; 2BRV X; 3M72 A; 4E1Y A; 1JYX A; 4AYP A; 2DRR A; 2V8I A; 1TF4 A; 3HIG A; 3BVV A; 2CIQ A; 4OK4 A; 4KTP A; 3MWX A; 1J0M A; 2OOV C; 4BOK A; 2WY7 A; 1CLC A; 5ILI A; 2BB6 A; 1C82 A; 1LOH A; 2V8J A; 5FO8 B; 1JZ6 A; 1KWF A; 2A73 B; 1KSC A; 4AYR A; 3QFZ A; 2NOJ A; 2HTA A; 1TNZ B; 3QFY A; 4RNQ A; 2JKP A; 2OKX A; 3NJV A; 1IS9 A; 1F9D A; 2CFK A; 3ANI A; 4GTT B; 2E2T A; 1JCR B; 2CWU A; 3OS7 A; 4V1S A; 1NSR A; 3VDB A; 1L1Y A; 4OK2 A; 4OZW A; 3BGA A; 5ILD A; 2WMH A; 4FXG B; 1LF6 A; 3A0O A; 2BRP A; 2G0D A; 1MMZ A; 3CU7 A; 2CIR A; 2XN2 A; 1QAL A; 1J0N A; 1N94 B; 3DCD A; 5A1A A; 4JJJ A; 1JZ5 A; 1KSD A; 3E30 B; 1CB8 A; 3W7S A; 1NKG A; 2WYI A; 5DGR A; 3BUD A; 3NBB A; 1SNZ A; 4AYO A; 2XQW A; 1O7D D; 1LD8 B; 2BB5 A; 1K1X A; 4D71 A; 2FUT A; 1DYU A; 5CA3 A; 1QAK A; 1N4Q B; 1HXA A; 1N95 B; 1QQF A; 1OJO A; 1JYV A; 1H3C A; 1NSX A; 3CZN A; 4BZE A; 4FUS A; 5JMD A; 2GOX A; 4D1I A; 2FBA A; 3CZJ A; 3Q1N A; 3REN A; 1AV4 A; 1N24 A; 2G02 A; 4KFE A; 4FNT A; 3CZS A; 3RX8 A; 2OQE C; 1GHQ A; 1N4R B; 1TN6 B; 1TNY B; 1O6H A; 2J5C A; 2F7Q A; 1D6U A; 3M77 A; 3WFA A; 2OW7 A; 4MMH A; 3Q7F B; 1DL2 A; 1PX4 A; 2WMI B; 2V3P A; 5DHK A; 1D8D B; 1NC5 A; 2AHG A; 2EAB A; 3M7C A; 2XN0 A; 1RWF A; 2XWB B; 1LXK A; 3HXE B; 2CIS A; 4D4A A; 3N0F A; 2ALW A; 4EHM B; 4ONT A; 4EL8 A; 1HMU A; 3NJX A; 2C10 A; 2B4F A; 4D4D A; 1KS8 A; 2KXS A; 2WDA A; 2JKA A; 2WW2 A; 4DUV A; 1O6R A; 4BZF A; 1N22 A; 3DYP A; 3HXB B; 4J5T A; 1GLM A; 1GAI A; 3EJU A; 4YDO B; 3D52 A; 1WZZ A; 4CJ0 A; 3KII A; 1O1S B; 4Z4L A; 1N7N A; 2BRW A; 3D50 A; 4FNR A; 1QWN A; 1X9D A; 2WY8 A; 3QWT A; 3VDA A; 4EV5 A; 4MMI A; 1MZC B; 1N20 A; 3E73 A; 2WGQ A; 2CG0 A; 1GAH A; 3RX7 A; 5KBP A; 5IL3 A; 1R76 A; 1TNB B; 3M00 A; 5ILJ A; 1S64 B; 1QBQ B; 2CWT A; 1G6I A; 1RWG A; 3HII A; 5GW7 A; 5M7I A; 3X3Y A; 3PYA A; 4WVB A; 2WMG A; 3MUZ 1; 1N4P B; 3P5R A; 4BZG A; 1O79 A; 1N21 A; 1UT9 A; 4D4B A; 2WMF A; 1TNO B; 3MV1 1; 1HZF A; 4V1R A; 2Q1F A; 1S63 B; 3NBJ A; 1IVV A; 3TY1 A; 2FUZ A; 3PZ2 B; 1H3B A; 3DST B; 4D6I A; 1OJP A; 5IM1 A; 2RDY A; 2VN7 A; 2BBC A; 1PU4 A; 2ZIR B; 1V7W A; 3AFL A; 1LD7 B; 2ONG A; 1W6C A; 3BVT A; 3M78 A; 3MV0 1; 1N7Q A; 2WMK A; 3BLB A; 2WYH A; 3SFX B; 3T2Q A; 2AHF A; 1G9G A; 3I3B A; 2ZL8 A; 3SAE A; 4K35 A; 1TQS A; 1H39 A; 3EQA A; 3DYO A; 1JZ4 A; 4YDE B; 4D6G A; 1JCS B; 3E34 B; 1W4N A; 1JYN A; 3VD4 A; 3E7J A; 1RWH A; 3DSU B; 5CZL A; 3BVW A; 1QSJ A; 2XN1 A; 3WKG A; 3T33 A; 1JZ8 A; 4GTP B; 2YFO A; 2ZQ0 A; 3MPH A; 2ZXQ A; 3SEP A; 3DSS B; 3D4Z A; 1EGU A; 3SDT A; 3OBA A; 2EAE A; 1D8E B; 4Q2B A; 1HX9 A; 3SDQ A; 1KZP B; 3PZ1 B; 2WMJ A; 2EAD A; 1XW2 A; 3ANK A; 4GAX A; 1UG9 A; 4DOE A; 2WIN B; 3WKH A; 3PMM A; 2A8Z A; 5JPM B; 2AFA A; 1NS8 A; 3DX0 A; 3W7X A; 3D3I A; 4FNS A; 1FBW A; 1NSS A; 3CIH A; 2ONH A; 1KRE A; 4YCR A; 1HXK A; 3WIR A; 3K25 A; 1HMW A; 3EZ8 A; 4GL3 A; 1XWT A; 3Q75 B; 2YIK A; 4EV2 A; 1WU5 A; 1X1H A; 3EJR A; 1HWW A; 2RI8 A; 3AMO A; 2QNO A; 3M71 A; 3Q79 B; 5E1Q A; 3WKI A; 2WVX B; 3HXF B; 1FO3 A; 3DRA B; 5ILY A; 4D4C A; 5AGD A; 3DDF A; 3QG0 A; 4RNL A; 1NL4 B; 2WO0 A; 4DLQ A; 1RWA A; 2IEJ B; 4D8O A; 2PNC A; 3W7U A; 5ILZ A; 2W0Q A; 4ZRQ A; 2WCO A; 4GTO B; 3RSY A; 3EJP A; 1LTX B; 1L7J A; 5EAU A; 1PX3 A; 2DRS A; 3MUY 1; 3KSL B; 2D73 A; 3VD9 A; 1FMI A; 2CQT A; 3E6U A; 1GSZ A; 4L0G A; 3X17 A; 2WOH A; 1FCE A; 3S4D A; 2P0V A; 2F7P A; 5JMF A; 3GLY A; 1HXC A; 3S4B A; 1NS2 A; 2R2L B; 2CFW A; 1SII A; 1Z45 A; 3DYM A; 1KKT A; 3DSW B; 4DUW A; 3HI7 A; 4L6X A; 1FAE A; 1W5Z A; 1YQ2 A; 2HTB A; 2JJB A; 1N4S B; 4D6F A; 1R34 A; 4GTS B; 1TN8 B; 3LOY A; 1HXG A; 2I07 B; 5ILH A; 1X1I A; 1H13 A; 4GTM B; 1WU4 A; 3ON6 A; 3IAP A; 3P5P A; 1L7K A; 2EAC A; 1AGM A; 1WMN A; 1G87 A; 1SA5 B; 2PN5 A; 3PZ3 B; 2WII B; 5IK6 A; 1RKY A; 3EJS A; 1NS4 A; 3IAQ A; 1MMU A; 1IVW A; 1SO0 A; 1TQW A; 3KBT C; 3CV5 A; 3KLS A; 2H6G B; 3BVU A; 2DRQ A; 2Z07 A; 2KXR A; 4Q88 A; 1DCE B; 3E37 B; 3N0G A; 1NXC A; 1K1W A; 3T0U A; 3QT3 A; 4UFC A; 1N7P A; 1LUR A; 1F9O A; 4KFF A; 3HXC B; 2OW6 A; 4F10 A; 1A2V A; 1N9A B; 2JKE A; 3E32 B; 2E2U A; 3J7H A; 1SPU A; 4TTG A; 4BTW A; 3W5N A; 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