2WMIB

Crystal structure of the catalytic module of a family 98 glycoside hydrolase from streptococcus pneumoniae sp3-bs71 in complex with the a-trisaccharide blood group antigen.
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
571
Chain Sequence
VDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTENYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNNGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKSKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
total genus 212
structure length 571
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 2wmiB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wmiB01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 2wmiB02
3CHCA 3MV01 4WKAA 3L4VA 3N1AA 5D4YA 3ZSSA 1SR0A 3MSGA 5CLTA 4CCCA 4HA1A 1ZBKA 1NARA 4GI6A 2GFTA 4EK7A 2ZXAA 1R85A 4W7WA 3ZJKA 3KL0A 1EH9A 1HKIA 4UCFA 1OSEA 3AIEA 2WKGA 1MFVA 2E24A 2OYMA 3UCQA 1JZ8A 4S3JA 1UZ1A 3ARRA 1M03A 1Y7VA 3D5HA 2DPEA 2UY2A 1OT2A 4GPNA 4WF7A 2PWHA 4YHEA 2WHMA 2A3EA 1GOWA 2J7EA 3WDHA 4F8XA 3AS0A 1E4MM 1BHGA 3LMYA 1GPFA 4ZXLA 1DP0A 3VILA 5JBEA 3GXFA 4W85A 4HA3A 1MXDA 2JE8A 2J7BA 1J10A 1UH2A 2E40A 2BRWA 2PWEA 1LF1A 3WQWA 4W84A 3VIOA 3IJ7A 4LGXA 4W88A 2F2HA 4J28A 5GNZA 4ATDA 8CGTA 3F5KA 3EMZA 1SMDA 1HVXA 3FNDA 4F9DA 4D1IA 2BXZA 4IISA 4M81A 3UESA 4P8VA 3PZNA 3CTTA 1BLIA 1G5AA 4ML4A 3NIYA 4HTYA 2WHKA 2ZX8A 4MNMA 1B31A 2VX6A 1KQYA 5BCAA 2VQTA 3OB8A 1BAGA 4M82A 1CYGA 1W9PA 1UKQA 1QW9A 1J0NA 2G3NA 1G01A 2XGIA 2ZWYA 5AYBA 2JIWA 4YPJA 4HA4A 3W81A 2FHFA 2E22A 1V3KA 3B9DA 3QHOA 3A3HA 2G3JA 1ZJAA 1W3JA 2ZX9A 1W9VA 1JDDA 3GH7A 5HBFA 3ZT7A 1H11A 1UYQA 2Z1SA 4JFVA 2O9TA 3FN9A 1X6NA 3QR3A 3WEOA 3VX0A 5A94A 3KL3A 4PMVA 4M1RA 3VM7A 3VIMA 5D9OA 3VD9A 3EYPA 1K9FA 2CBJA 4UTFA 1RH9A 1DWHM 4LPCA 2XSAA 1BYAA 4TTGA 3N12A 1EQPA 2QPUA 3CZLA 3WBAA 3VM5A 2AAAA 2WW5A 1UQZA 5GNXA 3AMCA 3W6MA 3WDIA 2WCOA 4ACYA 2G8ZA 3S2CA 4MTVA 1W3KA 4WSKA 3VO0A 1HXJA 3L2LA 4KGLA 3IAPA 1I75A 3OA5A 1VRXA 4PSRA 4U5IA 4PMNA 2J7HA 3WF3A 4WJXA 4Q22A 1NWTA 5FKYA 3FAWA 1ZJBA 1HVQA 2E9BA 3TP4A 2J7FA 4KWUA 1XD1A 1EDGA 3BCDA 3O2LA 4H2CA 3K8KA 4AMCA 5IHRA 1HX0A 1QW8A 3VGDA 1YHTA 2YL8A 2FDMA 1E4IA 5M03A 5DEZA 1PAMA 4GIAA 4QLJA 1HM3A 2EQDA 3VINA 1LXMA 3EDJA 5CQ1A 3AIRA 1VJZA 2J7GA 3AROA 3WQ5A 1CEOA 2MANA 1QNRA 1HJXA 3UR8A 1HF6A 5I0DA 1NWSA 2D3LA 4E4PA 4W8LA 1C7TA 1N7NA 4D6GA 1QNQA 5HXMA 3VIKA 1CTNA 4PYSA 1B0IA 1C92A 3AXXA 1PEZA 3SUSA 3K4AA 1GQJA 7TAAA 2BY0A 1JI2A 1Q6DA 4DWSA 5A6AA 3SCUA 5I5RA 2EPMX 1JFXA 1IZJA 1C7SA 1LWHA 1JI1A 4CCEA 3VNZA 4U3AA 5EFDA 1MW0A 2VRJA 5I2UA 4CVWA 2V5DA 1Q6EA 4AD5A 1H0GA 2E0PA 2G3MA 3WD3A 2WC7A 1JDCA 2V3EA 3O6AA 4Z2KA 4KRTA 1TMQA 1DWAM 3UG3A 2OSXA 2GK1A 1OIMA 4M29A 1M04A 1BG9A 2YLLA 1E6NA 2WMHA 3EBVA 1W1PA 3WMBA 4M24A 4XUYA 3I3DA 4QLKA 1J11A 1JF5A 1BYDA 4AY1A 3MMDA 3PZVA 2GJXA 4PRWA 3OG2A 4GI9A 2PWDA 1W3YA 1ZBWA 2XGBA 1HL8A 3DYPA 3ALGA 1OJNA 3CZKA 3W82A 1W91A 2DIEA 1CWYA 3VOCA 2ZUMA 3KZSA 1XYFA 1R7OA 3WDPP 3ZJ8A 3MMUA 3N04A 1OD8A 4QDMA 4W89A 4JAWA 4HPHA 3WEMA 4CD5A 2Q1FA 3IJ9A 5CGMA 1CGUA 4HMCA 1DWFM 4MB5A 1JDAA 2JALA 4HOXA 1SMAA 3JUGA 4C7FA 1MXGA 1NP2A 3OGRA 4NZCA 3CIVA 3WF1A 1US3A 2TAAA 5A6JA 3KL5A 2QPSA 3J7HA 2JEPA 3HJEA 1D7FA 1CXLA 1LJYA 1E5NA 5I23A 5HPCA 3BMWA 2IXVA 1WE5A 1CIUA 1H0IA 4X0NA 1V0LA 3BC9A 1V6VA 4MB3A 1PIFA 3W28A 1E0WA 1H1NA 1V6WA 4FK9A 2WWCA 1OB0A 2WCSA 4GZJA 5D9PA 1ZU8A 2YJQA 4M8UA 4AZCB 3CUIA 3ZMRA 1HKKA 4PTVA 3BH4A 2X05A 2E8YA 3AS1A 5C70A 3VU2A 5BXTA 3UERA 3AHTA 4D72A 1K9DA 1NOFA 3AHVA 4AZBA 5E70A 1VFOA 1C3FA 3W0KA 4ACZA 3VPLA 2PWGA 1B3VA 1VBRA 4AYSA 3I3BA 2CHOA 5TD4A 5A2CA 3PZIA 3I3EA 2J25A 1UHVA 5A6KA 4AEFA 1AMYA 5CGTA 2WMGA 3AIVA 3TA9A 1QI5A 1N7QA 2WK2A 4OOZA 3EDFA 3F4VA 1L0PA 2D20A 4YHGA 1PBGA 2BY3A 1Q6GA 2QHAA 4GQRA 1EDQA 3PBGA 1V0MA 3M07A 4NRRA 5IHSA 2WCGA 2BVTA 2DH2A 2VMFA 2OWCA 2V3GA 4HOZA 1LWJA 1HKJA 3PN8A 3VX1A 1FFRA 5D9NA 1GOQA 5JUVA 4JL2A 5AC4A 2XVNA 1JXKA 1H49A 3CZGA 3LPFA 2ZUVA 1LG2A 3CBWA 1H2JA 2EO7A 1XCWA 2O92A 1CNVA 1V3JA 1R7AA 5E09A 1CGTA 4JZ5A 3WH5A 2DT1A 4HP5A 1CGXA 2F8QA 2FHCA 6CGTA 1KR0A 1VFFA 3MUAA 2C7FA 4ZFMA 4E2OA 2FH6A 4B3KA 4OJYA 3WKZA 1O7AA 4MNKA 3OLDA 3RIKA 4AD4A 4EE9A 4JFSA 3RJXA 1IV8A 1XGZA 1WZLA 4ACZB 1AQMA 4W7UA 1UR2A 4IPLA 2J78A 1HL9A 4UZSA 4P7QA 4UQAA 4GKLA 1EHAA 3POHA 3N17A 3OIHA 1LOHA 2EXOA 1NP0A 3AYSA 5A3HA 1GQKA 4UOJA 1C93A 2NT0A 4BQ5A 2X03A 1WNOA 3PTQA 2BV9A 3T08A 4P8XA 2FGLA 2XFYA 1OWQA 2WANA 2EEXA 2WHLA 5I24A 5M17A 4QCEA 4PMQA 1CECA 1OGSA 4P7RA 3ZQ9A 2YA2A 1JZ2A 1D2KA 4BQ3A 2J47A 4J3TA 4FLQA 2PB1A 1RWGA 1PX3A 4XX6A 2PBGA 2WCAA 1J9YA 2V3DA 1WB0A 3MANA 3TTOA 3PZQA 5BRQA 3VDHA 3GNPA 3SCRA 4CD4A 3MMWA 4B9YA 5LA0A 1E40A 4D6DA 3ZJ6A 3VGFA 2A3CA 4C7GA 4IM4A 1HNYA 2J4GA 2V38A 2X8RA 1E70M 2BY1A 4RE2A 3WNNA 1X6LA 3MO4A 2DSUA 1XCXA 3VIGA 1WKYA 4R5EA 1FP9A 4Z2IA 4UFLA 2CHNA 3W6LA 1E6XM 3MUIA 3WELA 3VIFA 1E43A 1EIBA 2OSYA 1CXHA 3APGA 1VJSA 1W3LA 4B3LA 4E8CA 1FA2A 2YKKA 4J3SA 2PC8A 1EOKA 2YL5A 1TVNA 1GOMA 2X0YA 4XZWA 2XVPA 1UR4A 3S6TA 4V2XA 3WNLA 2E8ZA 3SCSA 2VO5A 2J79A 4UFHA 3RMEA 5CPQA 1HJUA 4D71A 5CZKA 1OD0A 2WZIA 1LQ0A 4UOQA 3EDDA 2XVLA 3UG5A 1KWGA 2W66A 1CXIA 3GBEA 4HZ7A 3BAJA 2BXYA 4AIEA 2A3HA 3L4TA 3WFLA 2A3BA 1QI2A 1HIZA 2J77A 2ZX7A 1BVNP 1BVZA 3PZTA 1GOKA 3WUBA 1V02E 3GYCA 1E9LA 1BF2A 5FOOA 5I6SA 4CD6A 5IFPA 4CD8A 4XZBA 3AYRA 3MV11 3NCOA 5A8MA 3II1A 4AD2A 4XV0A 3VIIA 3WQ4A 3ZR6A 1V3IA 1GJWA 1J18A 4D6FA 2OYLA 3PZOA 4AD3A 1GQIA 2V3FA 4CN4A 3SCVA 2ZUNA 1K9TA 3DYMA 4AZ7A 2JFEX 3ZIZA 2ZUUA 3RM8A 1D3CA 3WMSA 1U33A 2OWXA 1WCGA 4A4AA 4MADA 3B8SA 2WVVB 4FLSA 2CBUA 2C8NA 4DM2A 1HJWA 1UD8A 1KBKA 2XFFA 3PTKA 3WH6A 9CGTA 1JIBA 5FIPA 1VFMA 2W63A 4U5KA 2YDRA 1GNXA 4PMDA 1HJVA 5A2AA 2VR4A 2VX4A 4A3YA 1CPUA 3K1DA 1V3HA 1VEMA 4H04A 3ARPA 3EDEA 1MWOA 4ATLA 1JG9A 2XVGA 1UH3A 5HNNA 3NSNA 2CKSA 1UR0A 1V6XA 5CPTA 1JYXA 1OJMA 4KH2A 3N18A 4W86A 1N7PA 1X1JA 1KXHA 3KWXA 2X09A 4J3XA 1J0MA 3SUUA 3RDKA 5A2BA 2WSPA 3RPMA 2WKLA 1KBBA 2GDUA 1ZBCA 3ECQA 2VCBA 1E73M 5ECUA 3AISA 4EKJA 5A6LA 1I8QA 3AS3A 4Z2JA 2VRQA 1UWIA 2YA0A 4N0RA 1CXEA 2Y4SA 3ZO9A 4UQ9A 2BHYA 2VZTA 1W1VA 1KQZA 4LX4A 1VB9A 1J0JA 3AZTA 3WQ8A 2J74A 3FHQA 1I1XA 4MDPA 3T2PA 1FP8A 3L4YA 1QBAA 4Z2LA 1NM9A 2VZUA 2ZXQA 4W93A 3WD2A 1TVPA 3A47A 3AXHA 3BLPX 1E3ZA 3EMCA 2ESCA 3AHZA 5KEZA 5E6ZA 2JEQA 1PIGA 4GINA 4W87A 2WBGA 1JZ6A 2XWDA 3U5UA 4HZ6A 4NRSA 2O9RA 1F4HA 3WF0A 2PF0A 1Z32X 1W9XA 1BQCA 4H8VA 2E4TA 2CKRA 4LYQA 4B16A 5EFFA 5A8OA 1GCYA 2E9LA 4D6CA 1TR1A 2E3ZA 1V02A 3D3AA 1EOMA 2WVSA 1JD9A 4W5UA 3CUJA 3ZSTA 4U31A 1ISYA 1XSJA 3AHXA 4WIWA 1QHZA 1HMWA 1FH9A 1XC6A 3QOKA 5GPRA 4AZ5A 1V08A 1WO2A 4AEEA 5FL0A 2D24A 1X1HA 2WC3A 3AZRA 2GVYA 3B9AA 1E55A 3W38A 5C71A 5LA1A 4FMVA 1E4NA 4LYPA 1B3YA 2UY4A 2Y8KA 1WPCA 2Y8VA 5HDRA 3TTQA 1HN1A 1CGVA 1V6YA 3ARXA 1H09A 4JHOA 1AVAA 1K6AA 3SEPA 3F5JA 2QLYA 2ZXBA 1WZAA 4PUEA 2VCCA 3W24A 1A47A 4CUCA 1MFUA 1UUQA 3CHDA 3PZ9A 4TOQA 3FHAA 2VX5A 5ABHA 2WAGA 2VRKA 2NW0A 5CSYA 3L4ZA 2CETA 2VZOA 4W8BA 1OM0A 4AZCA 5DT5A 2QMKA 4UQCA 4HMDA 4PSPA 3PZUA 1E0XA 2QF8A 2GJRA 3VIJA 3DECA 2WHJA 1LXKA 4J3UA 1E6QM 7A3HA 1VIWA 1LG1A 3GH5A 1MQQA 1UWTA 4EAMA 4J7RA 3WUGA 2GSJA 3A4AA 2WXDM 1CXFA 3BAWA 2G41A 3WD1A 2D0HA 3LPGA 1CLXA 1NQ6A 2D3NA 4L4OA 3W37A 1KFWA 3U7VA 3GNOA 1WAWA 4XB3A 2CBVA 4Q7NA 1J12A 4TVUA 4MNLA 4MJ2A 1MYRA 1OT1A 4RE3A 1LL4A 1JZ5A 2PI6A 3AIUA 1W1TA 3SUVA 3NUKA 2WZEA 2WM0A 2Y2WA 4PBGA 1XSKA 1GVIA 2CITA 2F61A 4V27A 1W2VA 3GNRA 4BCEA 3MUZ1 4M80A 1J0YA 3PZGA 5I3DA 4FLRA 2W61A 1EHNA 4KMQA 3VVGA 3L4XA 3AS2A 4CD7A 3CUFA 1QHOA 1G94A 4NSBA 3SCTA 1J0KA 2OLHA 5CXPA 2BVDA 4W5ZA 4DUWA 4WKFA 4ZE5A 1X1IA 4AWEA 3M6DA 2YBTA 5HPOA 3GXIA 4GQQA 2GUYA 1HMUA 2DSZA 2NT1A 2FHBA 1G1YA 2HISA 2QMJA 2XVKA 2OYKA 1HP4A 1JFHA 3IJ8A 3VDBA 3SCOA 1CB8A 1HN0A 2WZHA 4AZGA 2DEPA 2W92A 4ZENA 1RWAA 2WMFA 4W7VA 5E6YA 3VDCA 1GONA 2XJ7A 2VVNA 3CMGA 4H8UA 1XHGA 3WFZA 3BLKA 1HP5A 3AFBA 4AZIA 1VF8A 3AICA 5ABEA 2DSVA 5CPSA 1RPKA 4KRUA 4PTMA 4FLOA 4DUXA 3VMOA 2DQXA 1HJQA 3GH4A 4HU0A 4PMRA 3SCQA 3BSGA 5CG0A 1JL8A 1GHRA 1FFQA 1E1EA 1UR8A 1W2PA 1S46A 4PTWA 2O9OA 4JFTA 2VR5A 3FY1A 1QPKA 2Q8XA 2WC4A 3ZJ7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CHC A;  3MV0 1;  4WKA A;  3L4V A;  3N1A A;  5D4Y A;  3ZSS A;  1SR0 A;  3MSG A;  5CLT A;  4CCC A;  4HA1 A;  1ZBK A;  1NAR A;  4GI6 A;  2GFT A;  4EK7 A;  2ZXA A;  1R85 A;  4W7W A;  3ZJK A;  3KL0 A;  1EH9 A;  1HKI A;  4UCF A;  1OSE A;  3AIE A;  2WKG A;  1MFV A;  2E24 A;  2OYM A;  3UCQ A;  1JZ8 A;  4S3J A;  1UZ1 A;  3ARR A;  1M03 A;  1Y7V A;  3D5H A;  2DPE A;  2UY2 A;  1OT2 A;  4GPN A;  4WF7 A;  2PWH A;  4YHE A;  2WHM A;  2A3E A;  1GOW A;  2J7E A;  3WDH A;  4F8X A;  3AS0 A;  1E4M M;  1BHG A;  3LMY A;  1GPF A;  4ZXL A;  1DP0 A;  3VIL A;  5JBE A;  3GXF A;  4W85 A;  4HA3 A;  1MXD A;  2JE8 A;  2J7B A;  1J10 A;  1UH2 A;  2E40 A;  2BRW A;  2PWE A;  1LF1 A;  3WQW A;  4W84 A;  3VIO A;  3IJ7 A;  4LGX A;  4W88 A;  2F2H A;  4J28 A;  5GNZ A;  4ATD A;  8CGT A;  3F5K A;  3EMZ A;  1SMD A;  1HVX A;  3FND A;  4F9D A;  4D1I A;  2BXZ A;  4IIS A;  4M81 A;  3UES A;  4P8V A;  3PZN A;  3CTT A;  1BLI A;  1G5A A;  4ML4 A;  3NIY A;  4HTY A;  2WHK A;  2ZX8 A;  4MNM A;  1B31 A;  2VX6 A;  1KQY A;  5BCA A;  2VQT A;  3OB8 A;  1BAG A;  4M82 A;  1CYG A;  1W9P A;  1UKQ A;  1QW9 A;  1J0N A;  2G3N A;  1G01 A;  2XGI A;  2ZWY A;  5AYB A;  2JIW A;  4YPJ A;  4HA4 A;  3W81 A;  2FHF A;  2E22 A;  1V3K A;  3B9D A;  3QHO A;  3A3H A;  2G3J A;  1ZJA A;  1W3J A;  2ZX9 A;  1W9V A;  1JDD A;  3GH7 A;  5HBF A;  3ZT7 A;  1H11 A;  1UYQ A;  2Z1S A;  4JFV A;  2O9T A;  3FN9 A;  1X6N A;  3QR3 A;  3WEO A;  3VX0 A;  5A94 A;  3KL3 A;  4PMV A;  4M1R A;  3VM7 A;  3VIM A;  5D9O A;  3VD9 A;  3EYP A;  1K9F A;  2CBJ A;  4UTF A;  1RH9 A;  1DWH M;  4LPC A;  2XSA A;  1BYA A;  4TTG A;  3N12 A;  1EQP A;  2QPU A;  3CZL A;  3WBA A;  3VM5 A;  2AAA A;  2WW5 A;  1UQZ A;  5GNX A;  3AMC A;  3W6M A;  3WDI A;  2WCO A;  4ACY A;  2G8Z A;  3S2C A;  4MTV A;  1W3K A;  4WSK A;  3VO0 A;  1HXJ A;  3L2L A;  4KGL A;  3IAP A;  1I75 A;  3OA5 A;  1VRX A;  4PSR A;  4U5I A;  4PMN A;  2J7H A;  3WF3 A;  4WJX A;  4Q22 A;  1NWT A;  5FKY A;  3FAW A;  1ZJB A;  1HVQ A;  2E9B A;  3TP4 A;  2J7F A;  4KWU A;  1XD1 A;  1EDG A;  3BCD A;  3O2L A;  4H2C A;  3K8K A;  4AMC A;  5IHR A;  1HX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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