4D6FA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the type 1 blood group a-tetrasaccharide (e558a, x01 mutant)
Total Genus 215
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
215
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTASYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNVGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus 215
structure length 586
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6fA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6fA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6fA02
1H0IA 4RE2A 5JBFA 4FLQA 1OGSA 2D0HA 2VRKA 4GZJA 1UQYA 1E15A 1LJYA 3AI0A 1HKMA 4WIWA 1CZ1A 2VMFA 2QLYA 1VENA 3AHYA 4M82A 3QOMA 1HM3A 1ZBWA 1HJWA 2VL4A 1EIBA 1G0CA 1W9XA 2PB1A 2XTKA 1F1SA 4JAWA 1GZJA 1PBGA 3VD4A 4QAWA 2FHFA 3CZJA 4UNIA 3SUSA 1WDPA 5ABFB 3ARVA 4PMZA 4BQ2A 1BTCA 3B9DA 4OZOA 4OUEA 1LG1A 4XZBA 4H8VA 1N82A 4HA4A 1HJSA 1PZ2A 2EPNA 4XUYA 1UKOA 4L4OA 3VTRA 3LPOA 3I3BA 3ZM8A 4M81A 4TX8A 2GJXB 4HTYA 4PCTA 1C91A 5BROA 3GNRA 4E4PA 3I3EA 2Y5EA 3WQ4A 4CN6A 2EEXA 3N12A 3VIKA 1E71M 3KWXA 2A3AA 4Q22A 4W7WA 3CIVA 2ZUWA 1EA9C 4B3KA 4DUWA 5FCZA 4PMUA 3TTYA 1NWTA 2V3FA 1V3JA 3KEHA 2VRJA 1GJWA 2YL5A 3GXIA 5AY7A 3APGA 2IUZA 2F2HA 3FHQA 1GVYA 5E0CA 1D7FA 5LYRA 3VGBA 4PMOA 1UR0A 1XV8A 4IPNB 3BXWA 3O6AA 2GK1B 4CU7A 1TVNA 1E4LA 4Z2JA 1VB9A 4J3XA 2O9PA 1OIFA 3ARRA 4D72A 1NP0A 3PZ9A 1DHKA 8CGTA 1BG4A 2PWFA 1BAGA 2XSAA 1PAMA 2CHNA 5GPRA 3NSXA 5DMYA 3HU7A 4HMCA 1AQMA 3AMGA 2WK2A 3T0DA 2QMJA 4MB5A 4MDOA 3RCNA 4NF7A 2BVYA 3M7SA 3PZVA 2DSVA 2XJ7A 2J25A 4PMDA 4W5ZA 3W82A 1KWGA 3CTTA 2XUCA 4ZE5A 4ZE4A 3WD2A 2X0YA 3AIWA 1DP0A 2DT1A 1LL7A 4AWEA 3MV01 1IV8A 5CGTA 3GTNA 3WNNA 3POCA 4J3VA 1GQKA 7TAAA 3RM8A 4EANA 1EDQA 1RWCA 2WC7A 1W2VA 2D0GA 4K68A 4OIFA 3WFZA 1MW2A 2NT0A 4GPNA 2D2OA 3LPGA 2WYSA 2W63A 4P7OA 1M53A 3SCNA 1QNPA 2NT1A 2EXOA 4CGTA 2WANA 2YL8A 4IUGA 2OSXA 4WF7A 3OIHA 2PWEA 3W24A 1ZJBA 2BHZA 4B16A 1BYDA 4P8XA 4WJXA 5A2CA 3CMJA 1XCXA 2XM1A 2XVLA 4JL2A 4MPKA 5A6JA 3IANA 3KZSA 4CU8A 4J7RA 1LWJA 3VNYA 1E0WA 6TAAA 1CNVA 2D23A 2DH3A 2PF0A 1OD8A 2XWEA 4ACZB 1LXKA 1E6SM 2YJQA 3ZJ8A 4PMVA 1I1WA 2WSKA 1JZ7A 3UETA 1OJPA 3SCUA 4U3AA 4NRRA 4QFUA 2ZX5A 1JFHA 2E22A 2EQDA 2J74A 1UKSA 2WCAA 3RM4A 3GYCA 1CXLA 1MQPA 2DSZA 2ZXAA 4NRSA 2PWHA 2OSYA 1CGXA 3PZOA 5C70A 4GO9A 5CPQA 1MQRA 4HU8A 4HMDA 2Y24A 2DIEA 3NDZA 2XGIA 1E5JA 1TR1A 3VDHA 4LYQA 2VJXA 4U31A 5E6ZA 2XVPA 3U5YA 5ABGA 3A4AA 4W93A 2VX7A 1RWAA 3BMWA 4P7NA 2J7HA 3F5JA 5HPOA 2WMKA 4GQQA 2XSBA 4H8UA 2XG9A 4JL1A 2V5DA 5BRPA 2CERA 1YHTA 1FP8A 1H41A 4CUCA 2RGLA 4PMNA 2CBJA 1GOWA 4BF7A 5GNZA 1CGWA 4Y7EA 2WWCA 4LYPA 1XH1A 1EDTA 2ZWZA 3HJEA 3NYDA 4AY1A 5CLWA 4E8DA 3W37A 3AHXA 1JNEA 1V3KA 1LQ0A 1XH0A 4P7QA 2WB5A 4X0NA 2EPMX 1HN0A 1MFVA 1UKPA 1EGZA 3BC9A 3WY1A 4UQDA 4AIUA 2VUYA 2HISA 1HJXA 1QI5A 1TCMA 2J7EA 3BAXA 4P8VA 3PZNA 1NWSA 5EFFA 2W62A 1SYTA 4TXEA 3UG3A 2PC8A 5I78A 1OCQA 2X0HA 3ECQA 2BNJA 1OB0A 1KCKA 2J7CA 1TE1A 3POHA 5E09A 3VIFA 4MDPA 2J79A 4PMXA 3ZSTA 1KWKA 1J0HA 1CENA 1F9GA 3WBEA 2JIWA 3EMZA 3NSMA 1W9DM 2A3EA 1VEOA 3ARUA 3WIJA 1NP2A 1V3HA 4KRTA 4W8LA 1WDRA 4UQEA 2V3DA 3HN3A 2UY2A 3BH4A 4AXNA 2UY5A 4KGJA 1EQCA 5I23A 4BQ4A 2VI0A 1Q6CA 3VOCA 3MUIA 4QDMA 3EYPA 4FLSA 5JBDA 2BS9A 2OWCA 1HVQA 4V28A 1OJNA 4W5UA 2ZE0A 1LWHA 1FFRA 4MNLA 2ZWYA 4KH2A 4BQ3A 1VFMA 3OLEA 3OGVA 4J27A 3OZOA 1UWSA 1CXEA 1ODUA 2E9BA 1BVZA 2A3BA 2QPUA 1S46A 2VZSA 3NDYA 3WEMA 1QW8A 1W91A 3OBAA 1CGVA 3PN8A 3CZEA 3WF0A 4U2ZA 2PI6A 3WD1A 5BCAA 2VVSA 4M29A 2FGZA 3GDBA 3WDQA 2VOTA 2C0HA 1KXTA 3VD9A 5A3HA 2OLHA 4AIEA 2CCRA 1OJOA 2GDVA 1HX0A 1V0NA 4UOQA 5CGMA 4Z2KA 4H41A 4QCEA 4GI8A 3MUAA 3U57A 1BF2A 3GH5A 2GJRA 4MJ4A 4JFWA 3VIHA 1KXHA 4BCEA 5A6BA 2XFYA 3BSHA 1QI3A 1ISZA 4Z2GA 1WZAA 5I6SA 1CPUA 3MSGA 1KR1A 1BVNP 3RM9A 3ARXA 3W26A 4J3WA 2WHJA 4DM1A 5BRQA 1R7OA 2ZUNA 1SMDA 1KGUA 4CVUA 3UCQA 1FA2A 1HMWA 9CGTA 2D20A 1E0VA 2VCCA 3AIUA 1QI2A 4WSKA 4AD1A 1CYGA 4M24A 4HPGA 3GXMA 5A8PA 1HM2A 1W1PA 3L4WA 2XM2A 4AEEA 4GI6A 2UY4A 3RJXA 5A8MA 1U33A 2OYMA 3L4VA 4W86A 1C93A 3CMGA 3ARSA 1QHPA 4IPLA 1WO2A 2YL6A 3VGEA 1JDCA 1JL8A 3CO4A 1UHVA 3WDJA 2ZXDA 3ARPA 1JD9A 1EO5A 1HXJA 3O9NA 3ARWA 1KGXA 3LPFA 4URIA 3CZKA 2D3NA 4JFVA 3A3HA 1J0NA 2PBOA 3N18A 1QHOA 4MNKA 5I79A 2E8YA 4LGXA 3MU7A 4TVDA 3IAPA 1QHZA 2ZX6A 3O2LA 3W0KA 6A3HA 2PWDA 2E9LA 2AAAA 3PZTA 1GUVA 1MWOA 1NWRA 1BQCA 5BWFA 1H3GA 3BCDA 2WWDA 3EMCA 1V03A 2AMGA 1XYZA 3PZMA 2FH6A 2IXUA 3FNDA 2UY3A 1GHRA 1FH7A 4JFUA 4ACYA 1CEOA 1QBAA 1PJ9A 2J62A 1HJQA 2WZHA 3KL5A 1OM0A 1CDGA 2FH8A 1WE5A 5A2AA 1AQHA 2V38A 4D6EA 2FHCA 2Y2WA 1H0GA 1C8YA 1E6RA 2G41A 2W61A 3A4XA 2WMFA 1RWGA 3T0BA 2G3JA 1ISYA 3UG5A 2D24A 1PZ3A 2X05A 2BRWA 2JEPA 3CLWA 2CYGA 3N15A 4UFLA 1GOMA 4QLJA 2E24A 2C7FA 4GINA 2MANA 1VRXA 4EAMA 3SCOA 2CBVA 3OGSA 4U5KA 4PSPA 3THCA 4DM2A 1I75A 1JF5A 1UYQA 2J78A 4QLLA 3AMCA 5I0DA 4DWSA 1VJZA 1V0MA 3AXIA 1CIUA 4BS0A 2YA2A 4F79A 3U7BA 2DDXA 4YPJA 1WKYA 4MNJA 4AISA 4AZCA 1WNOA 1V6YA 3AMDA 3N11A 2W5FA 3WH7A 1J0JA 3NUKA 1ZBKA 1WPCA 2C8NA 1H5VA 4OKDA 1G5AA 4HOXA 1G01A 2CHOA 4AC1X 2WCGA 4LPCA 3WDPP 2VR4A 1F4HA 5AYIA 4QLKA 3BAJA 1C3FA 1B3ZA 1ESWA 1VF8A 4AZHA 4OOZA 1E70M 4J28A 3NCOA 3B9AA 1JG9A 4JIEA 2XFFA 3EDJA 3CZLA 4GIAA 2Y8KA 5EFDA 1GOIA 4PMYA 4ZXLA 2WLZA 2QV4A 3A4WA 3GBEA 3DYOA 4MB3A 1W9PA 1E9LA 1MW3A 2WHMA 2YDSA 1GOKA 1U2YA 1J0KA 2PWGA 1SFSA 4JCLA 2G3IA 3CUGA 2WAGA 1KCLA 3BLPX 1X1NA 2CKRA 4FF5A 1HL8A 3VPLA 3VGHA 2DSUA 3CUHA 3SEPA 4OJYA 2EPOA 2BFGA 2F61A 2GJPA 3W6LA 3S2CA 4H04A 1K6AA 3SCSA 4AYSA 1Y7VA 1G94A 2XHYA 4AD4A 4CKQA 1HJVA 2GDUA 4C7FA 1ZBCA 4V2XA 3SCPA 1UR1A 1XRVA 2DIJA 2CBIA 4KGLA 4HOWA 1HF6A 2V3EA 3AYRA 2WPGA 3VD7A 4H7VA 3MMDA 1GNXA 4EE9A 1WAWA 4FLOA 4JFTA 5DF0A 3G6MA 3VIPA 1E40A 3PHAA 1LL6A 2QHAA 2VCAA 3AS0A 5ABEA 4CN4A 3WUFA 1TVPA 2GVYA 1OT2A 3ARYA 3CUIA 1OIMA 2XVNA 2BVDA 1WDQA 4Q7NA 1QNQA 5C71A 3WEZA 1UWUA 4B15A 1V3MA 4MTVA 3CH9A 5IHRA 1N7QA 1SR0A 4U5IA 2XPKA 4W8BA 3WKZA 3B9EA 3GZAA 5D8WA 4TOQA 1WCGA 1ZS2A 1RD6A 1CGUA 2XVGA 3VD3A 1LLOA 2GUYA 2ZOXA 3VINA 1UR2A 2YL9A 4CU6A 1V0KA 2WSPA 1MVYA 4AZBA 2FDMA 3DECA 3II1A 1KQZA 3ARQA 1KXQA 4MJ2A 1E0XA 4DWSC 3W38A 3DC0A 2VCBA 3UESA 1WZMA 1B3XA 1CLVA 5D9PA 2WMIB 4D71A 1UKTA 4WLCA 2BHYA 2J8GA 4OBRA 4D6IA 2O92A 1XCWA 4AW7A 4F66A 1UD2A 3BAWA 1UA3A 3ALFA 3VM5A 1UH2A 4B9ZA 5BYWA 3QGVA 2UWFA 2YA1A 1UG6A 2WKLA 4R27A 1TZ7A 1RP8A 3TOPA 3L4TA 3VIGA 1ZBVA 3VMNA 1F4AA 1HIZA 1JZ4A 1G9HA 2D0FA 4AD2A 2DT0A 1R8LA 1C7SA 4PRWA 1BPLB 2YBTA 1SMAA 1QNRA 3BLKA 1TFVA 1G1YA 3ZJ7A 4UFIA 1GVIA 3VDCA 4MAVA 1JZ5A 3K4AA 1CXIA 2E40A 3WN6A 3WH6A 3AJ7A 2WCSA 3W29A 2Z1SA 1CGYA 2BY0A 1OD0A 1GQLA 1TUXA 5CLTA 4J3UA 1W3HA 1BFNA 5CPSA 5AC5A 4B3LA 5F7UA 2D22A 2DEPA 5GQBA 4TTGA 4M1RA 4MB1A 4P8UA 4EK7A 3QHNA 2VNCA 2CESA 3GNPA 1E56A 4AZ7A 4U2YA 3TA9A 3BSGA 1TMQA 4CD5A 3WQVA 4HP5A 3RILA 1J01A 3S6TA 4FLRA 1CXHA 4JHOA 4H2CA 2XGBA 3WH8A 2EJ1A 4X9YA 1QW9A 5BXTA 4LXFA 3VDAA 1ISXA 1VBRA 1B30A 3UERA 3OA5A 1VBUA 4DUXA 3GXDA 3LPPA 3SCWA 2D3LA 4TVCA 1W3JA 1J11A 1DWHM 5HDRA 2E4TA 1HL9A 1WZKA 1V0LA 1QI0A 4ZENA 5FL0A 3WL1A 1FHLA 1QPKA 1W9VA 1B3WA 2Z1KA 1PX3A 2JEQA 4JZ5A 2NSXA 1VFFA 4BQ5A 1XC6A 2CKSA 7CGTA 3HMCA 1C7TA 5E9AA 3QHMA 3AHTA 1UWTA 1Z32X 4L4PA 3PZUA 2G3NA 3MSDA 5I77A 1NARA 3WUBA 3T2PA 3IK2A 1ISVA 3L4YA 1GOQA 1UD6A 3AROA 1RH9A 4MAZA 2DQXA 3PZQA 2WC3A 4W7UA 3SUTA 2E0PA 5A95A 5A8NA 1PX8A 4BZYA 2WMGA 3WD4A 1UH4A 1C92A 2J75A 3ZT6A 5D4YA 2WBKA 5A8OA 5CSUA 3SURA 2WDAA 4PTMA 3OGRA 4CD4A 2CEQA 1CB8A 2FGLA 3VDBA 2CBUA 1R86A 4W87A 1E5NA 2WHKA 1N7RA 4LX4A 1OSEA 4TUFA 4DWSB 1PX4A 3VD5A 1JF6A 2VO5A 5I24A 3WD0A 1JAKA 2WVUA 3U5UA 1HMUA 4W85A 1V02E 2ESCA 3AHVA 3JUGA 4PN2A 3VO0A 2EPKX 1Q6GA 1LG2A 1NQ6A 5GNXA 4AZCB 1H11A 5A6AA 4CCDA 3SCRA 2OYLA 2VC9A 2BRVX 3TTSA 2YKKA 1DWIM 5IXEA 1HP5A 3AXXA 1H2JA 1HN1A 1LL4A 3WUEA 1RP9A 1X1JA 3QHOA 3VGDA 1GONA 4AZGA 4MNMA 5FKYA 3PZIA 3WF4A 2Q8XA 1XSIA 3CHDA 3WH5A 1O6IA 3PZGA 4C7DA 4F8XA 2WMIA 1P6WA 4JCMA 4UZSA 4JFSA 1X1HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1H0I A;  4RE2 A;  5JBF A;  4FLQ A;  1OGS A;  2D0H A;  2VRK A;  4GZJ A;  1UQY A;  1E15 A;  1LJY A;  3AI0 A;  1HKM A;  4WIW A;  1CZ1 A;  2VMF A;  2QLY A;  1VEN A;  3AHY A;  4M82 A;  3QOM A;  1HM3 A;  1ZBW A;  1HJW A;  2VL4 A;  1EIB A;  1G0C A;  1W9X A;  2PB1 A;  2XTK A;  1F1S A;  4JAW A;  1GZJ A;  1PBG A;  3VD4 A;  4QAW A;  2FHF A;  3CZJ A;  4UNI A;  3SUS A;  1WDP A;  5ABF B;  3ARV A;  4PMZ A;  4BQ2 A;  1BTC A;  3B9D A;  4OZO A;  4OUE A;  1LG1 A;  4XZB A;  4H8V A;  1N82 A;  4HA4 A;  1HJS A;  1PZ2 A;  2EPN A;  4XUY A;  1UKO A;  4L4O A;  3VTR A;  3LPO A;  3I3B A;  3ZM8 A;  4M81 A;  4TX8 A;  2GJX B;  4HTY A;  4PCT A;  1C91 A;  5BRO A;  3GNR A;  4E4P A;  3I3E A;  2Y5E A;  3WQ4 A;  4CN6 A;  2EEX A;  3N12 A;  3VIK A;  1E71 M;  3KWX A;  2A3A A;  4Q22 A;  4W7W A;  3CIV A;  2ZUW A;  1EA9 C;  4B3K A;  4DUW A;  5FCZ A;  4PMU A;  3TTY A;  1NWT A;  2V3F A;  1V3J A;  3KEH A;  2VRJ A;  1GJW A;  2YL5 A;  3GXI A;  5AY7 A;  3APG A;  2IUZ A;  2F2H A;  3FHQ A;  1GVY A;  5E0C A;  1D7F A;  5LYR A;  3VGB A;  4PMO A;  1UR0 A;  1XV8 A;  4IPN B;  3BXW A;  3O6A A;  2GK1 B;  4CU7 A;  1TVN A;  1E4L A;  4Z2J A;  1VB9 A;  4J3X A;  2O9P A;  1OIF A;  3ARR A;  4D72 A;  1NP0 A;  3PZ9 A;  1DHK A;  8CGT A;  1BG4 A;  2PWF A;  1BAG A;  2XSA A;  1PAM A;  2CHN A;  5GPR A;  3NSX A;  5DMY A;  3HU7 A;  4HMC A;  1AQM A;  3AMG A;  2WK2 A;  3T0D A;  2QMJ A;  4MB5 A;  4MDO A;  3RCN A;  4NF7 A;  2BVY A;  3M7S A;  3PZV A;  2DSV A;  2XJ7 A;  2J25 A;  4PMD A;  4W5Z A;  3W82 A;  1KWG A;  3CTT A;  2XUC A;  4ZE5 A;  4ZE4 A;  3WD2 A;  2X0Y A;  3AIW A;  1DP0 A;  2DT1 A;  1LL7 A;  4AWE A;  3MV0 1;  1IV8 A;  5CGT A;  3GTN A;  3WNN A;  3POC A;  4J3V A;  1GQK A;  7TAA A;  3RM8 A;  4EAN A;  1EDQ A;  1RWC A;  2WC7 A;  1W2V A;  2D0G A;  4K68 A;  4OIF A;  3WFZ A;  1MW2 A;  2NT0 A;  4GPN A;  2D2O A;  3LPG A;  2WYS A;  2W63 A;  4P7O A;  1M53 A;  3SCN A;  1QNP A;  2NT1 A;  2EXO A;  4CGT A;  2WAN A;  2YL8 A;  4IUG A;  2OSX A;  4WF7 A;  3OIH A;  2PWE A;  3W24 A;  1ZJB A;  2BHZ A;  4B16 A;  1BYD A;  4P8X A;  4WJX A;  5A2C A;  3CMJ A;  1XCX A;  2XM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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