4D6CA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98)(l19 mutant)
Total Genus 222
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
222
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYHTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTESYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 222
structure length 586
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6cA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6cA02
2QPSA 3L4VA 4V2XA 2ZXDA 2J74A 3N17A 4W7WA 4CU7A 1M53A 4EE9A 4PTXA 3AISA 3GXDA 4BZYA 1V08A 3MV01 1WO2A 3ARYA 1JXJA 3LPOA 5LA1A 3BMVA 1ZBWA 4B3KA 1AQ0A 3CHFA 4AZ5A 2O9TA 1RWGA 1GORA 4W86A 4MAZA 4JZ5A 1GOIA 1OJPA 4W5ZA 3TP4A 3GH4A 3PHAA 1HN0A 1M01A 2Y8KA 1Q4NX 3KEHA 1C91A 3BAWA 4M81A 3VGEA 3ZSSA 1ESWA 3AXHA 3AMDA 4DUXA 3U5YA 1ISWA 4AD5A 3OGRA 2YL8A 1I8QA 1E4NA 5BRPA 3DHUA 2GJXB 4C7GA 2EJ1A 1VAHA 3AOFA 2VX4A 1J0HA 4NSBA 3BMWA 2UY5A 3VIOA 4UQ9A 1WDSA 1D3CA 3WEMA 4UQBA 6A3HA 1W3HA 3PZNA 4PTWA 3VIIA 1JZ6A 1E0XA 1D2KA 2BRVX 5A8PA 3BLKA 1G5AA 4WKAA 1UHVA 2PWEA 4BS0A 3BAKA 4XB3A 3GTNA 2XGBA 2VTFA 5A8NA 3ZT5A 1OINA 4PMYA 5DFAA 4AIOA 3O9NA 1V6XA 2JE8A 2QPUA 2BRPA 4IUGA 4CN4A 1FP9A 3E1F1 3M46A 3WNNA 3WFLA 2DIEA 2XVGA 3T2OA 4PMRA 4DUWA 1EA9C 2A3EA 1RWAA 5M03A 1F4HA 2EO7A 2WMIA 1MWOA 4W8BA 2WANA 4RE3A 3AHVA 1LJYA 1I1XA 2WWCA 3I3EA 4FLOA 2GJXA 3W38A 4D6JA 1EQCA 1GCYA 3AS2A 4D6HA 4CCDA 2YBTA 4MNMA 1BYDA 1SMAA 5IFPA 1J0IA 1J0MA 2V3DA 3WF2A 4LX4A 1W91A 4F8XA 3S2CA 1LXMA 5A6BA 4UOJA 3WNPA 1OIMA 3U5UA 2XPKA 4U3CA 1UUQA 1WPCA 1J0ZA 1QW8A 4AIUA 4J3VA 1FA2A 2DDXA 3BSGA 3QHMA 1LLOA 1QI3A 4PBGA 2DH3A 4CD7A 3AIQA 1LOHA 3RPMA 5CJ5A 2WZIA 3WBAA 4Z2KA 1VJZA 5D9PA 3L4UA 1JYNA 4Z2LA 4GINA 3NSNA 1R7AA 3AIVA 4HOWA 1FHDA 2XTKA 4A4AA 1QI5A 2JIWA 2ZUTA 4YHEA 2D1ZA 4ZENA 2Y8VA 2YL9A 3WDPP 3WEZA 1HL8A 1WNOA 2XVPA 1UD5A 4AD1A 5A6BD 2QMJA 3W53A 1UKQA 3UERA 4MB3A 1UD6A 6TAAA 2QLYA 3WBEA 4AYSA 4U3AA 3I3DA 4TTGA 2J77A 2G3JA 1BYAA 2O9RA 1H1NA 3SCRA 4DWSA 1J0YA 4OKDA 4AZGA 1AVAA 2CBVA 2DT1A 3UETA 2YDRA 1V02A 1CGVA 2XHYA 1GW1A 1E6ZA 1U33A 3F5JA 5A6JA 2NT0A 1E1EA 1LF1A 3K8LA 3S6TA 1F4AA 1HJSA 1E6RA 2FGLA 1JI1A 4BA0A 4X0VA 3CLWA 2GJRA 4YHGA 4NF7A 4AZBA 2VZSA 4HZ6A 1K6AA 1VENA 1IV8A 3UEQA 1GONA 3MU7A 3AMCA 4JAWA 1VRXA 2OWCA 3LPFA 3F5LA 4Z2GA 3MS8A 3WMSA 1FH7A 4HZ8A 3MUIA 3WD4A 1E15A 3SCWA 5DEZA 1BQCA 3WUBA 6CGTA 3AXXA 2G41A 2ZXBA 1J18A 4UQAA 1KR0A 4TX6A 1B90A 1G9HA 1WZAA 1QNOA 4DWSD 1J0KA 1BYBA 3W27A 2DIJA 1SR0A 2J25A 1KWKA 2NW0A 3W29A 3AMKA 3UCQA 1RP9A 3JUGA 5E9AA 4E8DA 4FLRA 3VO0A 1V0LA 3PZTA 3GXMA 4N0RA 2WMKA 4CVUA 3L2MA 3TONA 5A8OA 5M5DA 3VILA 1JNDA 1ZU8A 1UYQA 3KZSA 4OJYA 4JFSA 2E9LA 4M80A 3UR8A 2RGLA 3AS1A 2ZX8A 1NWSA 2UY3A 4U5KA 1CXIA 4HPGA 4BQ2A 2WMJA 2BY3A 1UQZA 4CD8A 2XWDA 3B9DA 4JFVA 4U2ZA 3TTYA 4W87A 3RM4A 3VDHA 5E6ZA 3W28A 3ARQA 1HKMA 5CG0A 3K1DA 2E40A 1PAMA 1G94A 2W91A 4S3KA 1N7RA 1CECA 1J0JA 1H0IA 2BNJA 1BTCA 3VX0A 4PSRA 1FH9A 2VRJA 3WEOA 4H41A 3VMOA 4A3HA 3VUPA 2ZWYA 1VIWA 3BAXA 3GYCA 3VD7A 1TUXA 1HJVA 1B3XA 1QHZA 3AIBA 4FF5A 3OLGA 4KMQA 4JCLA 3OGVA 3SCQA 3VNYA 3T2PA 4AD0A 4OOUA 1VFOA 5KEZA 3APGA 1HT6A 1BYCA 2VNCA 3EDFA 4AC1X 1UA3A 2J75A 3FAXA 5TD4A 1QI4A 4CD4A 4MB1A 3SUSA 5AY7A 4AZCB 1E55A 3VOCA 1WZKA 5ABHA 2WPGA 3CTTA 4TVDA 4BF7A 1E4IA 4PMDA 4AD2A 1CXLA 2Z1SA 4LQ1A 5I77A 2BXZA 5CLTA 2WLZA 3ARWA 1W3YA 5ECUA 3G6LA 2JFEX 5ABFA 4H04A 1N7QA 1BAGA 3VGBA 2X03A 1FHLA 3QOMA 2W66A 3ZMRA 1OD8A 4W8AA 4BQ3A 1E56A 2J7GA 1B30A 5EMYA 1H0GA 4W93A 1E0VA 3ZR6A 3W37A 1VB9A 1VBRA 5HXMA 3WH7A 1H09A 4EKJA 1BG4A 3UG5A 4GZIA 2JF7A 2J7CA 3SUVA 3CZJA 4E4PA 2J47A 2BVTA 1UA7A 1E6XM 5FOOA 3ARTA 4CD6A 3G6MA 3FAWA 4AZCA 2CKSA 3W6MA 1VFFA 2QMKA 5BYWA 1E6QM 1U30A 3T09A 3WH5A 3MANA 4DUVA 1ODZA 4ZE5A 1VJSA 4JFUA 1BVNP 3ARXA 3WQ5A 2G3NA 2VCBA 3F4VA 1C8YA 1MFVA 1QVBA 3TTQA 1W3KA 1DWJM 3F5KA 3L4XA 4QFUA 3UG4A 2YLLA 3PBGA 2WDAA 4RL3A 4N42A 4OZOA 4FMVA 4D6EA 1E73M 5ABEA 1LL6A 1B31A 3MSDA 1W2PA 1E6PA 1F9GA 2WCOA 3ZSTA 2G3MA 2XWEA 3GH5A 5A6AA 1JIBA 2D3NA 1SMDA 1DTUA 3PTMA 3GDBA 5JIPA 3SCPA 4MNKA 4AY1A 3RO8A 3QHOA 3WDQA 4J7RA 4FK9A 5BXSA 1C7TA 1KBKA 1GOQA 2VQUA 3VIJA 2E8YA 1QNQA 3WSUA 2WSKA 4HA1A 4JL1A 3SCSA 2CITA 5FCZA 4V27A 1X1JA 2DSZA 2XFYA 2YL5A 1KXVA 2OSYA 3HU7A 4ML4A 1WZLA 1H4PA 2UY4A 3ZT7A 3CMGA 1OJNA 3FN9A 3WQ8A 3QHNA 3WL0A 4GXPA 1HVXA 3CZEA 4L4PA 3N18A 1ODUA 4D6FA 4TVCA 3CZLA 2CBIA 3SURA 3VX1A 1Z32X 3WN6A 1A47A 1I75A 3AHYA 4PMNA 1HXJA 4QAWA 4OIFA 4ZXLA 2A3AA 5BXTA 2Y24A 3ZO9A 4GO9A 5I23A 1XYZA 3NDYA 1IZJA 2YA1A 1CGXA 1DWHM 5A6KA 1TZ7A 1EDGA 2D3LA 2YKKA 2G3IA 5LA2A 1V3LA 2WNWA 2ZX7A 1V3KA 1OWQA 1J01A 1B3WA 2FH8A 2VX7A 2C7FA 1BLIA 2XGIA 1MQQA 1J12A 3QGVA 2VMFA 4AWEA 1UWUA 4Q22A 4IPNB 3BAJA 3BC9A 2DGAA 2OYMA 4URIA 4PMOA 4AD3A 2C8NA 2WVSA 4H7VA 2J79A 3ARZA 3MMUA 3IK2A 2DQXA 3AS3A 1ZS2A 1QNRA 2VL4A 2YJQA 2UWFA 4M82A 5A6LA 1LL4A 2EBNA 1DWGM 4D1IA 3IJ9A 7TAAA 1RWCA 3UR7A 1TMQA 3VD4A 1JZ3A 4F66A 3SCTA 4MPKA 1JYXA 1ZBKA 1VEOA 2G4FA 2XG9A 4W85A 3VM7A 2DT0A 3AYSA 4EAMA 5ABGA 4P8VA 4UZSA 3OGSA 4PTVA 2WMHA 2D22A 4WIWA 2D0FA 3DECA 5E70A 4TX8A 3HMCA 1PZ2A 1GHSA 5A8QA 4Q7NA 3VIHA 1JDAA 4M8UA 1QHOA 4HMEA 3CUHA 2WMIB 1O7AA 1PX3A 1Q6DA 1HF6A 1UKPA 4XZBA 1EGUA 4TOQA 2ZUMA 2EQDA 3WQ6A 4W7VA 3BCDA 4PCSA 4R5EA 3ZQ9A 2GK1A 1EIBA 4UOQA 3RMEA 1DHKA 3KE0A 4WF7A 3AICA 5A94A 2OWXA 2G8ZA 2J78A 1ITCA 1QNSA 3MO4A 3A6OA 1JI2A 1WZMA 3NSXA 1JNEA 1Q6GA 2PWDA 1V0KA 1LXKA 1MW3A 1BVZA 1XSJA 3NIYA 4B15A 4HPHA 1CGTA 1AQHA 2PWHA 2PB1A 3DC0A 2D0HA 2WXDM 1LQ0A 2J8FA 3VMNA 1JZ5A 4NRRA 5BCAA 2B31A 2WCGA 2OYLA 3OLIA 3OA5A 3A4WA 4PMXA 3EYPA 3WDHA 2W62A 3OZPA 4JHZA 1JL8A 4W89A 1O6IA 5FD0A 4CVWA 2XVLA 1W1YA 3OB8A 4JFTA 2E0PA 3ALFA 3WNKA 1EOMA 3N9KA 3ALGA 3M7SA 1VEMA 2J7DA 2UY2A 1TVPA 3CZKA 1MXGA 4JFWA 4P8XA 4W5UA 4L4OA 1W9PA 2D2OA 5I5RA 1UQYA 4F9JA 4XZWA 2ZOXA 1FFRA 2X1IA 3GNPA 3PTQA 4W8LA 2XUCA 3OBAA 4D1JA 1CIUA 5JBFA 1JDDA 3FW6A 4DWSB 4P7NA 1RWFA 1B3VA 5FKYA 2CESA 8CGTA 1JDCA 2GVYA 3WNMA 3W25A 2TAAA 5DO8A 5A2BA 1OSEA 3L4ZA 3NDZA 3L4WA 1V0MA 3A3HA 5HPOA 1CLVA 4ACYA 5AC4A 3WUFA 3NJ3A 2YLAA 1XCWA 3WDRA 4MB5A 2BXYA 1XSIA 2F2HA 4J28A 3D5HA 5CSYA 2E4TA 4MDPA 2F61A 4FLSA 1W1VA 2CYGA 3BSHA 3AQUA 1JZ2A 1X1HA 3FNDA 5DT5A 1HKIA 1C93A 1RWHA 2WC4A 1A3HA 1PX8A 2V5CA 2VR4A 1KGXA 3VDCA 1EDQA 1OCQA 4PMUA 1W1PA 2HVMA 1JF6A 1DEDA 2CBUA 1UWQA 1GQLA 4LGXA 3OLDA 3ZJ7A 4P7LA 1MQPA 2WZEA 4PEEA 1V6UA 2VURA 1H3GA 3WUGA 1ISXA 5DMYA 5EB8A 1UH3A 3WQ4A 1HP4A 2E3ZA 5GNZA 4GO8A 1ZB5A 1QBBA 3K4AA 1E5NA 1YQ2A 1BF2A 1H41A 2CIPA 1W9VA 1LWJA 3WF1A 1JZ4A 1B3ZA 1UR0A 4CCEA 2E9BA 4GPNA 3VINA 2ZUNA 5D9NA 4IPLA 5IHRA 3OIHA 9CGTA 2WYSA 5D9MA 2VZVA 3EBVA 3ARPA 3WD1A 1M7XA 2WKGA 1E6SM 1TE1A 4GZJA 3N15A 1GJUA 4H2CA 1V03A 3AZSA 1BPLB 1EDTA 2Q8XA 4RE4A 3VGDA 4P8UA 2ZUUA 1GOMA 4D6IA 1X6LA 1E1FA 4B9ZA 1HKKA 1W2VA 3WL1A 2W61A 3RILA 2WCAA 4XUYA 1R86A 3MUY1 4Z2JA 1EOKA 2BHUA 1GOWA 3SCVA 5CLWA 1J0NA 3IAPA 4K68A 3SUUA 3O2LA 2CBJA 1W3JA 1OT2A 5I2UA 3EMCA 3WF4A 1XH2A 4PUEA 2VRKA 4P7QA 5A2CA 3VIMA 4D71A 2YIHA 1C8XA 1BG9A 3POHA 4HMDA 1BHGA 1UKTA 1J11A 3PZUA 5HDRA 3WMCA 1KFWA 1G01A 1JD9A 1GOOA 3DHPA 4J3TA 1QI0A 3MSGA 5HOSA 3HJEA 4UFLA 4X9YA 1X1NA 5A69A 3CZ8A 2WVTA 4HTYA 5E0CA 3PZGA 4UCFA 5ABFB 2WW5A 4M1RA 4AZ7A 1G1YA 5CQ1A 3CUJA 1HN1A 3NUKA 4CCCA 3KL5A 2EPNA 4AZ6A 1NM9A 2WMFA 1GQIA 3NCOA 1VF8A 1XYFA 2FHBA 3VIFA 5CXPA 3CZGA 1UZ1A 2VR5A 1BGGA 3THCA 2XM1A 5IFTA 1W32A 1P6WA 3U7BA 3L4YA 3MUZ1 3ZIZA 1C3FA 1UKOA 4HMCA 5KZ6A 5CSUA 2DSUA 2VQTA 3CGTA 1CGYA 4M29A 3D3AA 3NYDA 3MMDA 2XFRA 4BQ4A 3IAQA 1XRVA 1US2A 1X6NA 1XSKA 3RM9A 1CNVA 5I79A 4B9YA 4PRWA 2O92A 4UFIA 1QHPA 3ZOAA 7CGTA 3K46A 1N7PA 1CZ1A 3ARRA 4D6CA 4U33A 3IJ8A 3AI0A 1UR1A 2CPUA 2XVKA 1JFHA 1E0WA 1HM2A 1GHRA 4H8VA 5C70A 1GVYA 4PN2A 4PUDA 1QI2A 3CO4A 4HU8A 1HJQA 3O6AA 3EDEA 4KGJA 1D7FA 1GQKA 3SIMA 3ECQA 2QHAA 1HKJA 2VCAA 1UR9A 2XIIA 2V3GA 2CERA 2Y5EA 4WSKA 2EPMX 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QPS A;  3L4V A;  4V2X A;  2ZXD A;  2J74 A;  3N17 A;  4W7W A;  4CU7 A;  1M53 A;  4EE9 A;  4PTX A;  3AIS A;  3GXD A;  4BZY A;  1V08 A;  3MV0 1;  1WO2 A;  3ARY A;  1JXJ A;  3LPO A;  5LA1 A;  3BMV A;  1ZBW A;  4B3K A;  1AQ0 A;  3CHF A;  4AZ5 A;  2O9T A;  1RWG A;  1GOR A;  4W86 A;  4MAZ A;  4JZ5 A;  1GOI A;  1OJP A;  4W5Z A;  3TP4 A;  3GH4 A;  3PHA A;  1HN0 A;  1M01 A;  2Y8K A;  1Q4N X;  3KEH A;  1C91 A;  3BAW A;  4M81 A;  3VGE A;  3ZSS A;  1ESW A;  3AXH A;  3AMD A;  4DUX A;  3U5Y A;  1ISW A;  4AD5 A;  3OGR A;  2YL8 A;  1I8Q A;  1E4N A;  5BRP A;  3DHU A;  2GJX B;  4C7G A;  2EJ1 A;  1VAH A;  3AOF A;  2VX4 A;  1J0H A;  4NSB A;  3BMW A;  2UY5 A;  3VIO A;  4UQ9 A;  1WDS A;  1D3C A;  3WEM A;  4UQB A;  6A3H A;  1W3H A;  3PZN A;  4PTW A;  3VII A;  1JZ6 A;  1E0X A;  1D2K A;  2BRV X;  5A8P A;  3BLK A;  1G5A A;  4WKA A;  1UHV A;  2PWE A;  4BS0 A;  3BAK A;  4XB3 A;  3GTN A;  2XGB A;  2VTF A;  5A8N A;  3ZT5 A;  1OIN A;  4PMY A;  5DFA A;  4AIO A;  3O9N A;  1V6X A;  2JE8 A;  2QPU A;  2BRP A;  4IUG A;  4CN4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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