The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
222
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structure length |
202
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Chain Sequence |
HTSLPVRVIGVDYGSKTVTLESIVKNTEIDYPTFHDVPFMVNGGGTGRISFPIKAGDIGVVVFSSSGTLIQPCGLYPACFIPKIATATDSSEEVDSEKVIISNNKQTYASFDPNGNISVYNTQGMKIDMTPNSIVLTDAGGGKLTLQGGTMTYKGGTVNLNGLTITPDGRMTDSGGIGLHTHTHPVRGVETGGSTVTSDKPN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Bacteriophage phi92
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| publication title |
Phage pierces the host cell membrane with the iron-loaded spike.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
gene product 138
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| total genus |
27
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| structure length |
202
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| sequence length |
222
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-11-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF18352 | Gp138_N | Phage protein Gp138 N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Gp5 N-terminal domain | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 | Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3QR8 A; 2P5Z X; 3PQI A; 4MTK A; 4UHV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M3Y B; 2LXJ A; 1KAB A; 3S1Q H; 1WCM H; 3EFX D; 4PG3 A; 2CQO A; 1AE2 A; 2HCC A; 2WMH A; 1NTG A; 3C3L A; 2L15 A; 1Q12 A; 1X3G A; 1F9P A; 5EBC A; 2WMI B; 2HDM A; 4DF7 A; 4A3K G; 3KLS X; 4IUR A; 2B3G A; 2EYO A; 3OW7 A; 3L7Z C; 4KHZ A; 4DR7 Q; 4BA1 I; 1VQ7 A; 5IGD A; 3AFQ A; 1BVS A; 1B9M A; 3DM1 A; 3TP7 A; 5JEA G; 2SDF A; 1SND A; 5LMN W; 5IOC A; 2B63 H; 4DR6 L; 3RZO B; 3RLN A; 1NNX A; 1P8L A; 3OOC A; 2A69 D; 4GLX A; 1RHP A; 1DOK A; 2FFK B; 1SBB B; 4DAM A; 3STB D; 3T51 B; 3S2D B; 3S15 B; 4LFB L; 2NTT A; 3I91 A; 2C9O A; 3RLF A; 2Z4H A; 1BBU A; 3T53 B; 2D5D A; 2B2U C; 2JSO A; 2WMF A; 3X3N A; 2FIN B; 4JBW A; 1AP0 A; 3CC2 A; 4JPB W; 1EY0 A; 2SEB D; 1D1I A; 2M2L A; 3VYR A; 3H3V I; 4NMZ A; 1NAP A; 1K8G A; 4IFD G; 1MJC A; 4ILW A; 4A3B H; 4IUT A; 3I72 A; 3V2T A; 1JQY D; 1VQI A; 2QA4 A; 2A6H C; 2KOL A; 4WFN 3; 3PO3 B; 3ND8 A; 2JA9 A; 3AU7 A; 2K5D A; 1XTC D; 4V0B A; 4RGT A; 1F1S A; 4H44 C; 3MEF A; 4RCN A; 4Z9C B; 1PFS A; 3FKI H; 1O7Z A; 1S5D D; 4A3D B; 1LOH A; 2SOB A; 5GQO A; 3I4L A; 1YNJ C; 2K32 A; 4CHT B; 4IOA A; 2PZU A; 1DCZ A; 4D6G A; 1B3Q A; 5JEA J; 4AYB B; 3RMH A; 4DR7 L; 3CPF A; 2MO1 A; 2QW7 A; 1A3V A; 5CV7 A; 1EYA A; 4UP7 A; 2C35 B; 3BVM A; 4D6F A; 1G2S A; 1DJR D; 3IAY A; 3PCO B; 1LO5 D; 5CC4 A; 2R92 B; 2MJ8 A; 5C3X A; 2QEX A; 3K0Y A; 1ENA A; 4GN4 B; 3CAM A; 1E7Z A; 2NVT H; 1QVC A; 3FMC A; 1S5B D; 1QOH A; 1CQV A; 3I2Z A; 4DV1 Q; 1JWS D; 1FGB D; 5C5L A; 2IX1 A; 4OWW B; 1PYW D; 2ZTD A; 3J81 j; 1HQM C; 2AQ2 B; 5A35 A; 1KHI A; 1I3Q B; 2Z4I A; 3MXN A; 2EYH A; 2Q8R E; 3K58 A; 1B8A A; 3DWA A; 2ZM6 Q; 2EDG A; 2Y0S B; 4A3B G; 4JBK A; 5KNC A; 2PMZ B; 4EGV A; 4JYA Q; 3PUV A; 1SLJ A; 3H15 A; 3J7A F; 2B2W C; 3KLR A; 3C2P A; 2NVY H; 5CV9 A; 1ILQ A; 3K7A H; 1WI5 A; 3GTG B; 1Q82 C; 1VF5 C; 2X03 A; 4WJW A; 1L0X B; 4FXD A; 2KQ3 A; 4GS3 A; 1TWC B; 3F2D A; 2AKW B; 3CCR A; 2B29 A; 4LFC Q; 4CGY B; 1KLU D; 3BVZ A; 1IYV A; 1Y8O B; 1YI2 A; 4WJ3 M; 1CT1 D; 1A62 A; 1E0B A; 4TVA B; 1SMY C; 1UAP A; 5JJI A; 4R8I A; 1UEB A; 1I4P A; 2B39 A; 2PMZ E; 4J1M A; 1BKB A; 1NR2 A; 1EZ6 A; 4A3M B; 4DV1 L; 1PHJ A; 2R7Z H; 1KNE A; 1YNN C; 1HPC A; 1ET6 A; 2CW0 C; 2VL6 A; 1V1O A; 2KXR A; 1ESR A; 4ZKB B; 3S1N B; 4MZ9 A; 1L1O A; 3HOV B; 2F0D A; 4HJ7 A; 1GUN A; 4X65 Q; 3PUX A; 1X3P A; 1IW7 C; 1AZQ A; 4GLA C; 3M9B A; 2ZM6 L; 4JI0 Q; 1FL0 A; 1IBL Q; 3UE0 A; 3CW2 C; 4CKB A; 4NP5 A; 3MXU A; 4YIJ A; 4DV2 Q; 2NYZ D; 5CV6 A; 3J80 i; 1VQM A; 1K0S A; 5DAU A; 4DUZ Q; 3A55 A; 2BOS A; 1EY6 A; 2A8V A; 3S17 H; 5FO8 B; 1RWF A; 1XNR Q; 1F2Y A; 5IYB H; 2B2Y A; 1F9S A; 3SHL A; 3KLW A; 3JAM L; 3J81 i; 1A15 A; 1LXK A; 2JP1 A; 3HP3 A; 3LGJ A; 1X9N A; 1PRT B; 2HQL A; 3VR5 A; 4HR7 B; 2E8G A; 3U4V A; 2RCN A; 1X54 A; 3SE0 A; 1TWH H; 4A3C G; 1EOT A; 3I4M G; 2K04 A; 4H13 C; 1CA6 A; 2WFW A; 1K83 H; 2DJF C; 1RIP A; 1K28 A; 3RUZ A; 1EY5 A; 4C3I H; 2K03 A; 3MWY W; 4DXF A; 1TWA H; 2OQ0 A; 3A5U A; 2R7Z G; 2JA6 B; 3HOY H; 2WKC A; 4FYD A; 4A3E H; 4A3G G; 4OO1 I; 5JJZ A; 2QEJ C; 4C3J H; 4FF3 A; 1PZK D; 5IYC H; 4X65 L; 1A6X A; 3U9O A; 1WTR A; 1ESF A; 4EX5 A; 4JI0 L; 2YYZ A; 1IBL L; 1OXV A; 3I4O A; 5T1G A; 4GKK Q; 2MFI A; 4DV2 L; 3AQQ A; 5GAG C; 3GTQ H; 4I7A A; 3TN2 A; 1JJC B; 1FVI A; 2D0P A; 1VQ4 A; 2NB0 A; 4DUZ L; 5KRU A; 3NWT A; 5CR3 A; 3FPP A; 1SR3 A; 4RGM A; 2PQA B; 4QIW B; 1STH A; 2EJG C; 1XNR L; 4MTK A; 3E6Z X; 2F0S A; 1VQD A; 3CC7 A; 2DUD A; 4A76 A; 1J6Q A; 1VQA A; 1U0L A; 2D62 A; 2R93 H; 1SYB A; 1JOR A; 1HTL D; 3R8B A; 3UDG A; 1AFP A; 1VDZ A; 1XYI A; 3KUP A; 2N8N A; 2AQ1 B; 1PRT C; 1V8Q A; 3NUC A; 4PV1 C; 1V1Q A; 2LY7 A; 1DXM A; 3W1G A; 1GHJ A; 3DMU A; 1Q46 A; 2E74 C; 2JA7 H; 1IL2 A; 4PZ7 A; 5C3E G; 4HJ9 A; 4HID A; 1AE3 A; 1EYG A; 4IZ8 A; 5FLX L; 1HNX Q; 4D72 A; 3TEH B; 4C3I G; 4DNT B; 4CDD C; 3U7V A; 3I70 A; 1U9R A; 3SK4 A; 5M9O A; 4XXE A; 1LTS D; 1LUZ A; 2I46 A; 3NBI A; 4HAE A; 1KAW A; 2NZH A; 3CQZ B; 4DGZ A; 1FYC A; 3H0G B; 4JOI A; 1LT3 D; 4RAU C; 5IYC G; 2JN4 A; 5J1Z A; 1VQE A; 4GKK L; 4RWS C; 4DAY A; 5ISR A; 1TU2 B; 2R7D A; 1ASY A; 4LF7 Q; 1LTR D; 3BDO A; 5GRO A; 5KND A; 3I7F A; 4L8J A; 2XTI A; 5F2D A; 4RFB A; 1CHQ D; 1WOC A; 1S40 A; 1H9S A; 2A1A A; 1E24 A; 1N7P A; 1WVL A; 4OO1 H; 1SNC A; 4MN3 A; 3EN2 A; 2BCO A; 4LUV A; 1RKN A; 3H09 A; 4Y7N H; 2A19 A; 5IYD H; 3PQI A; 5M5Y H; 1U4L A; 1I8Q A; 1X6O A; 2R93 G; 2EYM A; 4FXK C; 1JC7 A; 3QWN A; 1D5M C; 3HKS A; 4JG2 A; 1CSQ A; 1TQO A; 4GZY C; 2ATW A; 1VQB A; 1CM9 A; 1PA6 A; 2ASB A; 2YTX A; 3D4D A; 5BN5 A; 4WJ4 A; 3V05 A; 4FVM A; 1S4Z A; 1CKN B; 4KJO A; 5FLM H; 3S1M H; 2F3V A; 2KUM A; 2YU9 B; 3QO2 A; 1XMQ Q; 2VY3 A; 3KDF B; 2EZV A; 1BOS A; 5IT9 E; 1HNX L; 1RL2 A; 3S2D H; 1D1K A; 2Z8L A; 3SK5 A; 1B7Y B; 2ZJP A; 1ENC A; 3S15 H; 2GVA A; 1PH5 A; 1SNQ A; 1J5E Q; 1AEX A; 4DR3 Q; 1PMR A; 2SNM A; 5G3L F; 1JOO A; 2F0U A; 2AQ3 B; 3E9I A; 3K80 C; 4NDX A; 3CHB D; 4LF7 L; 1HNW Q; 1PVO A; 3S9W A; 4AQY Q; 1PTO B; 2XWB B; 3VYS A; 4XT1 B; 4JI6 Q; 1X3Q A; 3S1R B; 4ME5 A; 1I94 Q; 5C44 B; 1EFI D; 1P16 A; 2J7Z A; 4IPG A; 4L5S A; 1VF7 A; 5DNF A; 1WTV A; 3FDT A; 1SE3 A; 5M3M H; 2B8F A; 1JJ2 A; 4B3R Q; 3K8A A; 5IP9 H; 1SRU A; 4GNX A; 4XQQ A; 4A3D H; 1AZP A; 3GP7 A; 1H9M A; 4GKJ Q; 1WJJ A; 1IL8 A; 4TQU S; 3PGZ A; 3TSS A; 1F2Z A; 2R3Z A; 5KYL A; 1B1Z A; 3HKZ B; 4CDC C; 3NBH B; 1XMQ L; 1KRT A; 3UI2 A; 1UE6 A; 4RKB A; 3FP9 A; 3WOF A; 3TP8 A; 3VR4 A; 3NWS A; 4QF4 A; 1BCP B; 4DLO A; 2XGT A; 4KY7 A; 1JB7 A; 3ZYY X; 5K5P A; 4JBJ A; 1J5E L; 4CJ0 B; 1EQT A; 5COY A; 1J9O A; 2M9V A; 4OL7 A; 3Q8D A; 2NVX H; 2IT1 A; 3F59 A; 1QE6 A; 2PNH A; 1CKM A; 4DR3 L; 3VA7 A; 5JVG 3; 3BDC A; 1YZ6 A; 1NMF A; 1FGU A; 2WAQ B; 3AFP A; 3NEN A; 3EIV A; 1HNW L; 2DNC A; 4DKA C; 4AQY L; 4KMU C; 3NHH A; 4IFD I; 1PTO C; 1QNK A; 4RGN A; 2JA8 B; 4JI6 L; 1EFW A; 2A68 C; 4A3F B; 2RSO A; 1X1J A; 1KLG D; 4FP5 D; 3J81 E; 1I94 L; 2F4V Q; 3IFT A; 1O7Y A; 3SVM A; 2VUM H; 3T1Y Q; 1YHA A; 1VQJ A; 1E2W A; 4OHJ A; 1NY4 A; 2CWA A; 5DM7 3; 2DGY A; 3PO3 G; 3GTG H; 1MD2 D; 4ZKC B; 2F0F A; 5NUC A; 2EYJ A; 3L3O C; 2PZT A; 3G6E A; 1SRO A; 2N55 A; 2FHT A; 1PH9 A; 5FJ8 H; 1O80 A; 1KTK A; 2B2V A; 2E5L Q; 1TWC H; 4NXN Q; 4A3D G; 4GKJ L; 3KYH C; 3HOZ B; 2H1E A; 4A93 B; 3DEP A; 1YEZ A; 1G2T A; 4K6D A; 2IW3 A; 4RHR A; 4AYB G; 3TS2 A; 2EPB A; 3NTI A; 4P71 A; 4XTC S; 4LK1 C; 2XVS A; 5E1F A; 1BBW A; 1Y69 U; 2R92 G; 1BCP C; 2E22 A; 2OF1 A; 1K8O A; 4JW0 A; 1JT8 A; 1WTX A; 1V9P A; 4A3M H; 3MAQ A; 3DUZ A; 4BA2 I; 3AEV A; 4K0K Q; 1J0M A; 4A3K H; 4ZCK A; 1SFO B; 2VXW A; 1W6K A; 2L12 A; 2IWH A; 5IGE A; 5M5W H; 3D3R A; 4DV0 Q; 4ZUI A; 1HR0 W; 4M1U B; 5IWA Q; 5M3F G; 2CQA A; 4O2D A; 1KAA A; 3CCV A; 3S2H B; 4NB3 A; 2H4O A; 4QUC A; 1EEI D; 4OWX B; 2F4V L; 4DV7 Q; 3FPU B; 4PMC A; 4PMW A; 4R4Q A; 3GTL H; 4OEM B; 5I2X A; 3T1Y L; 3D0F A; 2VZA A; 1ZKO A; 4K8J A; 3QIA A; 2IX0 A; 1X56 A; 1HNZ L; 1BQQ T; 3J80 c; 1O78 A; 3TME A; 1SXT A; 1GUO A; 4IFD H; 1FNU A; 3W5O A; 2KEC A; 1Q1E A; 5M5X B; 3MEH A; 2Z9H A; 4NXN L; 3ULJ A; 2E5L L; 1KRS A; 1B53 A; 3TRZ A; 1LLR D; 2L1B A; 3MFG A; 2F3I A; 4IOC A; 4MIU A; 2E2I B; 1MIU A; 2O2L D; 4DR4 Q; 4JC0 A; 3SK6 A; 2IL8 A; 4HIM A; 4DFA A; 3K7U C; 3K5L A; 1DOM A; 3ULP A; 2UUB Q; 3PUY A; 2F0Q A; 2UUC Q; 4K0K L; 2VS1 A; 1BR9 A; 4X3S A; 4A3M G; 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2KJX A; 4YY3 Q; 3K0X A; 4JI5 Q; 3A56 A; 3TZD A; 1YNJ D; 2WB1 E; 3M4Q A; 4DUY L; 1IKL A; 3CMA A; 1HM2 A; 2F0G A; 3GTP B; 2YTV A; 3I4N B; 1EEF D; 2NVQ B; 1Q8K A; 4RG1 A; 2EY1 A; 2VW9 A; 1N32 Q; 1PFB A; 3CCE A; 4U67 3; 4IFD J; 3ERS X; 5M3F B; 1EQQ A; 2L9H A; 1PYB A; 3RD4 A; 4G4K A; 2KEE A; 1JR0 D; 1TS5 A; 2Z6K C; 1VQC A; 1WTH A; 4IPD A; 3MFY A; 1G51 A; 1D5Z C; 5I9P A; 3HRZ C; 3M7G A; 1M1K C; 4K2L A; 4KJN A; 3OTO Q; 5C4J H; 3E3X A; 3UE1 A; 1DM0 B; 5IGG A; 2YU9 H; 1OXX K; 4EQ5 A; 2WAC A; 4DR2 Q; 1YJN A; 5LL6 S; 1L1O C; 5IGC A; 1SYC A; 4O42 A; 3BJU A; 1DZ1 A; 5DEH A; 1STY A; 2BA1 A; 1MSG A; 4LMQ D; 2MPM A; 1WYD A; 2NZ1 D; 1B44 D; 5FOB B; 2EQS A; 2HIX A; 2Q2T A; 2AWO A; 3UDF A; 4A3C H; 3I4M H; 5T1I A; 3K6O A; 2GVB A; 3RN5 A; 2L0C A; 1U4P A; 5DLQ E; 1TY0 A; 1KD1 C; 4YY3 L; 3O13 A; 3ZJY C; 3H0G G; 1LT6 D; 4KY6 A; 4JI5 L; 3NQI A; 1PTO H; 2BH8 A; 4HJ8 A; 2HDL A; 1XTD A; 1A63 A; 3KJP A; 5IT9 L; 1YJW A; 3A7A B; 3GTO B; 4A3G H; 2OQK A; 1N32 L; 3RZD B; 1I4Q A; 5HGQ A; 5C44 H; 1SMY D; 4R1J A; 4LFA Q; 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