4D6GA

Crystal structure of a family 98 glycoside hydrolase catalytic module (sp3gh98) in complex with the blood group a-trisaccharide (l19 mutant)
Total Genus 224
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
224
sequence length
587
structure length
587
Chain Sequence
EVDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYHTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTESYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNSGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKEKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTDKLKESVSSSRIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHFLEHT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Towards Efficient Enzymes for the Generation of Universal Blood Through Structure-Guided Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSIDE HYDROLASE
total genus 224
structure length 587
sequence length 587
ec nomenclature ec 3.2.1.102: Blood-group-substance endo-1,4-beta-galactosidase.
pdb deposition date 2014-11-11
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 4d6gA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4d6gA01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 4d6gA02
3PN8A 2CKRA 3UERA 2YL8A 1X1IA 3T2PA 2ZUUA 4PMVA 2J78A 2W62A 3G6MA 1ISXA 2D3NA 1HJUA 3NSNA 4KWUA 4J3VA 4HMCA 2XM2A 3OGSA 3CMJA 4HZ7A 1E6PA 1EOMA 4FK9A 2D0FA 1J0MA 1UYQA 1UZ4A 2ZX9A 3SCOA 3CUJA 4JFUA 1WP6A 4CVWA 1GOMA 2XVKA 4GKLA 2WB5A 4JL1A 5CPTA 4EANA 2VCCA 2J8FA 3DHUA 5JBDA 1C7TA 4KGJA 3AIQA 2BHYA 4AMCA 2WM0A 1EO7A 3PZQA 1NOWA 2Z1KA 3THDA 3WD4A 1SFSA 1EH9A 2CNCA 2VZTA 3VMOA 4QDMA 4F9DA 1PX8A 2CEQA 2XTKA 3BXWA 3K4AA 3O9NA 2EPOA 1JYNA 3D5HA 3U57A 1XH2A 4MJ4A 4XUYA 1VB9A 3BSGA 1AQMA 3WF0A 1ITXA 1EA9C 2BVTA 3AS2A 4MNJA 5C70A 2Y24A 3DYPA 2XIBA 3NYDA 1HP4A 1OIMA 3ZJ7A 1G0CA 2BRPA 4YPJA 2C0HA 3ZOAA 2DSUA 3AIEA 3AXXA 2DPEA 2VUYA 3CHFA 4AZBA 2ZUSA 3CZJA 1EQCA 2DT0A 4U5KA 2QLYA 1HMUA 2ZUNA 1ZL1A 2G3NA 2NT0A 4A4AA 3AIRA 4ACZB 2ZIDA 5HPCA 1G5AA 2X05A 2VURA 3GTNA 3WNMA 1VFMA 5CPSA 4CUCA 1ZB5A 2D20A 2YIHA 1OT2A 2VCBA 2WPGA 3SCUA 3EMQA 3W53A 3GM8A 3A4AA 4JKKA 5KZ6A 3KZSA 1HJVA 1H09A 3CZEA 3UCQA 2F8QA 1QBAA 2XGBA 1CGVA 1HJSA 2AOSA 3POHA 2GK1A 3GYCA 4QLLA 3PZGA 3WQVA 3MU7A 2JEQA 1WZKA 3VIPA 1H0GA 2VOTA 4R27A 3AIVA 3VIOA 4UQDA 3WQ4A 1M53A 1UD3A 3PZ9A 2UY5A 3WDQA 1GPFA 3AFBA 3HU7A 1CGTA 2WMFA 1UKOA 3CBWA 1MFVA 5KEZA 3MUAA 3BAXA 2Q8XA 1V6VA 4W5ZA 1OIFA 5GNYA 1XCWA 1VBRA 1XH0A 3SCWA 1HJWA 1CIUA 1OB0A 1B3YA 1JF6A 1PPIA 1VRXA 1WB0A 3VGFA 1HKKA 2EPNA 4CD8A 5IXEA 3VD7A 1TVNA 5E6YA 2FHBA 3MSGA 2J7CA 4QCEA 2RGLA 2DIEA 5ECUA 1CECA 4N0RA 5A94A 3SCNA 4J28A 2ESCA 4PEEA 2YL9A 3ARQA 3W0KA 4GI6A 4UOQA 2PC8A 2ZXQA 2J79A 4IUGA 4DM1A 1FH9A 2D0GA 5BWFA 1WAWA 1ODZA 3BCFA 1JXKA 1CEOA 1W3HA 5A8MA 4EE9A 4HOZA 3WQ5A 2XHYA 1QNSA 4L4OA 5D9PA 2JF6A 1UHVA 1JAKA 1HL9A 1JNDA 2YBTA 4AISA 2VCAA 5CLTA 4MB4A 3WUGA 1TG7A 1C8YA 2YOCA 2WVVA 3CZLA 3CO4A 5A8PA 5IFPA 2D24A 2XSAA 5GPRA 1IV8A 5D9MA 1E6NA 1MYRA 4DUXA 3SEPA 2J7BA 1AQ0A 3VIMA 3NJ3A 2ZWYA 3WSUA 4H8VA 4FLQA 3HJEA 1BG4A 1XHGA 1B9ZA 2PWFA 1E4NA 4U2YA 1UH4A 3AHXA 3UG5A 2OLHA 4M1RA 1JZ6A 1E6QM 1DEDA 2UY2A 1BF2A 2DEPA 2WC3A 2XJ7A 3MV11 4U5IA 3VINA 5E0CA 3AHYA 3SCVA 1QI4A 4BCEA 3W28A 1LG2A 4AZHA 4TVDA 2DGAA 3VGBA 5CLWA 3WY1A 3ARWA 3CUIA 1MQRA 1XCXA 2Y2WA 1TA3A 3WENA 3AQUA 4OOZA 4J3TA 4PRWA 1JD9A 2X03A 3WH9A 1B30A 1V0MA 1HN0A 4C7GA 2OSWA 3WL0A 2OYKA 1VEPA 3CTTA 2XVNA 3CLWA 3TA9A 1HL8A 4GINA 2WHMA 4UQBA 2WBKA 3OIHA 4UOZA 1SR0A 1OGSA 4QLJA 4MNMA 4DWSA 5A6SA 3KL5A 1FP8A 4PBGA 5EBAA 1AMYA 3UEQA 4HMDA 2W91A 3PTMA 1UWUA 2BNJA 3VNZA 3N18A 1BG9A 1CXLA 1MW3A 5JUVA 3RO8A 3VGDA 5JBEA 3FXYA 3VMPA 3U5UA 1UR9A 1JF5A 1HKIA 1W3KA 3ALGA 2WLYA 1JGIA 2WMGA 3BC9A 1OWQA 4CN4A 2E22A 2WWCA 1SMAA 4EKJA 3SCQA 1JD7A 3WF2A 1DWAM 4TUFA 3W27A 2V38A 2IXVA 3GBEA 1C8QA 2WVSA 5IHRA 3WUBA 3WNLA 4F9JA 1KXTA 1CWYA 1GW1A 2V3GA 1K9TA 4AD3A 1B3XA 1V3LA 1RWAA 1H4PA 5EMYA 2J25A 2XGIA 2XPKA 1C3FA 4TVCA 3WFZA 1FOBA 4GIAA 5A2BA 2O9TA 3I3DA 4RE2A 4JCMA 2W4XA 5DT7A 2PI6A 1UQYA 1KXQA 4DWSD 1RD6A 1GHRA 1R7AA 3L4XA 5DEZA 1H41A 2WCSA 1XYZA 3PZMA 1GORA 4L4PA 2UY4A 1F1SA 3KL3A 5A6MA 3MMWA 3SIMA 3CHCA 1QNRA 2EXOA 4HPGA 3VIFA 4JZ5A 1UD5A 4GZIA 4WJXA 2E8YA 5AC5A 1JZ7A 4D6CA 1CBGA 1W1PA 2A3CA 1JIBA 2DSVA 4B16A 3WD3A 1JAEA 2XSBA 4GQQA 2D2OA 9CGTA 4LQ1A 2GJPA 5ABFA 5I0DA 1JZ8A 3ZO9A 4A3HA 1XSJA 3QHNA 2E9BA 4W86A 2PF0A 2VRQA 3S2CA 4URIA 3M46A 1W2VA 1B3WA 2W92A 2XFFA 1VJZA 1E5JA 1X1NA 1V3IA 3SURA 3WUFA 5LYRA 2BRWA 1UR1A 3SCRA 1CNVA 2EQDA 3CZGA 3WMSA 4D1JA 1E1EA 1R85A 2UY3A 3N13A 1OGBA 4PMQA 2Z1SA 4ZE5A 4ML4A 4PMNA 2F2HA 2WMKA 2VX5A 4Z2HA 1SYTA 4D6IA 4HZ6A 1PAMA 2WCOA 3EBVA 3AHVA 1R87A 2WMIA 1GVIA 1B3ZA 2WMJA 4PTXA 5HPOA 2VZUA 4J27A 4GI8A 5BXPA 1TFVA 3L2LA 1W1YA 4JHOA 1X6LA 3QHOA 4UFIA 2WZHA 2WC4A 3VDHA 1LJYA 2YKKA 4AIEA 1I1WA 4Y7EA 1CTNA 4AYSA 1KFWA 1C90A 1ESWA 2O9OA 1JFXA 4MDOA 5A95A 1KGWA 2CHOA 3VUPA 2X1IA 5C8BB 2PBOA 1N82A 3QOKA 1JYXA 2WW5A 1J0JA 2NT1A 3CZKA 1D2KA 1JG9A 1HVQA 3GH7A 4W87A 3F5LA 3VM7A 2AMGA 1HM3A 1C8XA 3W29A 4BF7A 2J62A 3IJ7A 4P8XA 3WDJA 2CITA 3SUVA 1E0VA 1M01A 1OT1A 4AZCB 1JFHA 1UWIA 3GXMA 1NWSA 2XVGA 4MB1A 2W61A 3W38A 4BS0A 5CZKA 1QHOA 1L8NA 1BPLB 2CESA 3AJ7A 3VGGA 5F7UA 1GOOA 1MW2A 1J11A 3IK2A 4B15A 1V08A 3VDCA 5I78A 4MPKA 1X1JA 3ALFA 3ZR6A 1F4AA 3WD2A 4ZXOA 4Q7NA 5FKYA 3APGA 1A47A 2WKGA 3D3AA 4U3AA 1M7XA 3FHAA 2BS9A 4TX6A 4UQCA 1KGXA 2X2YA 4CGTA 1XRVA 1CYGA 1UWQA 1TE1A 3K4DA 5GNXA 3VIKA 4AZ7A 3B9AA 4HU0A 4M29A 3WF1A 5CSUA 1E4MM 3ARUA 1K6AA 6CGTA 1U33A 1KB3A 2BXYA 3GNOA 4B9ZA 1UR4A 5DO8A 2XG9A 3FNDA 1E6XM 2D1ZA 3EDKA 1BFNA 2YA1A 1PIFA 3BCDA 3VD3A 4B9YA 1ZU8A 1CDGA 3FAXA 3VTRA 2GK1B 1ISWA 1ISYA 1UUQA 4P8WA 2ZXAA 3JUGA 1KQYA 2J75A 2ZUWA 4YHEA 3F4VA 1R8LA 2J8GA 3WD0A 5IFTA 1UD6A 4KGLA 1GZJA 1IZJA 2A3AA 1PZ3A 4MB5A 2YA2A 2Y8VA 1J12A 2DT3A 3AS1A 3BAYA 4OBSA 3AMLA 4KMQA 1KGUA 1HKMA 4H8HA 2HVMA 2OSYA 1NWTA 4M8UA 3WH8A 2G3MA 3KEHA 1Q6DA 1GJUA 1TZ7A 3UETA 2EPMX 2PBGA 1VFFA 2O9PA 3WN6A 1RW9A 3EDFA 2CETA 3QOMA 1FHDA 1BYCA 1VFOA 2VL4A 4CN6A 3ARTA 3T0AA 3FN9A 2WMHA 4LGXA 2CBIA 3I3BA 4V2XA 2D22A 5FD0A 5D9OA 5A1AA 1W2PA 1FA2A 3IAQA 2EO7A 4TOQA 1J10A 2GJRA 2XFYA 4KRTA 3T08A 4OBRA 1G01A 5I77A 3HMCA 1HM2A 4AXNA 1E9LA 1DWHM 1V0NA 1VJSA 2BHUA 4UQ9A 1E40A 3ARVA 2FDMA 4RE3A 1EDQA 1R86A 3WH7A 4PTVA 2WVVB 2V3DA 4BQ3A 3EMZA 4UZSA 1FH8A 2BVDA 5CJ5A 3VILA 1C82A 1Z32X 1RH9A 3KE0A 2YLAA 1EDTA 2E8ZA 2MANA 3PZIA 2YLLA 1VFUA 5M5DA 1GOWA 4ATDA 1H5VA 2OSXA 2G3IA 3AIBA 4AW7A 2X8RA 1B2YA 3OB8A 2OWWA 1M03A 3VIGA 4CN1A 2WSPA 4S3KA 4CU8A 4PYSA 4JCLA 3B8SA 3GNRA 3WNPA 1GCYA 1H49A 2WHLA 3BMVA 1JDAA 3MANA 4W7WA 3RILA 3ZSSA 3KWXA 4DWSC 1V03A 1BHGA 3WDPP 4CU6A 4Z2GA 1WO2A 3CUFA 3GXDA 4MNLA 5M17A 4AEEA 2CHNA 3PTKA 4CVUA 3U7BA 5A3HA 4FLSA 1RWGA 1PZ2A 1WPCA 1GHSA 1QHPA 2CBVA 2VRKA 1R7OA 3RM8A 2BFGA 3DC0A 1V6XA 2VZOA 4CD4A 1PBGA 3MUIA 2YDQA 2WYSA 4MAVA 4YN5A 2GJXB 2XVLA 2UWFA 1BVZA 4E8CA 1WDSA 3ARSA 1QI3A 3MKKA 4V28A 1C93A 4QAWA 1HN1A 2XVPA 3UG4A 3OA5A 3WBEA 5BRQA 1E4LA 4PTWA 4JAWA 1TR1A 2FH6A 1LLOA 2VC9A 3CHEA 3OLIA 1HKJA 3W24A 4J3WA 3BAJA 3BLPX 3IJ8A 1QI0A 2WSKA 1E3ZA 1QNOA 4GO9A 1WNOA 1N7OA 1FFQA 1PIGA 3W82A 2GDVA 2QF8A 3N11A 4WIWA 3A3HA 3VNYA 4ATWA 4JKMA 2VZSA 2PWHA 1J18A 1UH2A 5CQ1A 4E2OA 4JIEA 2WBGA 4J7RA 3CGTA 5DF0A 2HISA 3B9DA 1HIZA 6TAAA 1WDQA 3WQWA 4W7UA 2V3FA 4UCFA 2D3LA 5A2CA 3L4TA 3HN3A 5BXRA 4JFSA 1ECEA 2ZX8A 2NSXA 4C7FA 3E1F1 3RJXA 3VX1A 3MV01 1KWKA 1PJ9A 1N7PA 1BGAA 3MSDA 4NF7A 4AZ6A 4BA0A 4LYRA 1O6IA 1J0NA 5A2AA 4NRRA 1B90A 4HU8A 3W26A 3RDKA 4FF5A 4X0VA 2WHJA 3GBDA 2RGMA 4D6EA 2VX6A 4W89A 4W8AA 1K9DA 3K8MA 4XB3A 2CBJA 1RWCA 1CGUA 1XV8A 1F9GA 1I75A 4FMVA 1WDRA 4Q22A 5BXSA 1SMDA 3A4XA 2A3EA 1JI2A 5ABFB 2ZXDA 1OJOA 1RWFA 2E40A 2JALA 2QPUA 1DWJM 1GOIA 5DT5A 4WKHA 2O92A 2YDRA 3AMGA 5E9AA 1EO5A 1W3JA 1QBBA 1GQJA 4MTVA 4LPCA 1B31A 1V3MA 4M24A 2GSJA 1EGUA 1UA3A 4H04A 2CERA 2VR5A 2E3ZA 5I24A 4U2ZA 1NOFA 5A6LA 1UR8A 5A6BA 4ZE4A 3BLKA 1KBKA 5I5RA 1KQZA 1CXFA 3VGHA 2W67A 1LWHA 2A3BA 2J7FA 4CKQA 1N7QA 3BAIA 5BXTA 5A6KA 4GQRA 1I1XA 1QW8A 4PN2A 4V27A 2G8ZA 3WEZA 1RWHA 1VAHA 2ZOXA 1DHKA 3WF3A 2W5FA 4QLKA 4UFMA 2XWEA 3DECA 1TUXA 4HOXA 3AIUA 1ZBKA 1GQLA 5ABHA 1P6WA 2GVYA 3WNKA 2YA0A 2WK2A 4BQ5A 3L4VA 2XYLA 2EBNA 2CBUA 4M80A 1BYDA 3A4WA 3T0BA 4HPHA 1MXGA 2A3HA 1J0YA 5AY7A 2CIPA 3WD1A 3RJYA 4UNIA 4JFTA 1Y7VA 5A6BD 2VT0A 1W91A 4UQAA 5AYBA 1DTUA 3VDAA 2OWXA 3OLDA 1OJNA 1E6SM 7A3HA 1F4HA 2Q1FA 1GUVA 1C91A 3BSHA 3OG2A 3S6TA 3TTOA 5FCZA 2Y4SA 1NWUA 4BQ2A 1WDPA 4CU7A 4PSRA 1XSKA 1CXHA 3EYPA 1W3YA 2ZXBA 2OYLA 1UH3A 5GNZA 4GZEA 3PZUA 4X0NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PN8 A;  2CKR A;  3UER A;  2YL8 A;  1X1I A;  3T2P A;  2ZUU A;  4PMV A;  2J78 A;  2W62 A;  3G6M A;  1ISX A;  2D3N A;  1HJU A;  3NSN A;  4KWU A;  4J3V A;  4HMC A;  2XM2 A;  3OGS A;  3CMJ A;  4HZ7 A;  1E6P A;  1EOM A;  4FK9 A;  2D0F A;  1J0M A;  1UYQ A;  1UZ4 A;  2ZX9 A;  3SCO A;  3CUJ A;  4JFU A;  1WP6 A;  4CVW A;  1GOM A;  2XVK A;  4GKL A;  2WB5 A;  4JL1 A;  5CPT A;  4EAN A;  2VCC A;  2J8F A;  3DHU A;  5JBD A;  1C7T A;  4KGJ A;  3AIQ A;  2BHY A;  4AMC A;  2WM0 A;  1EO7 A;  3PZQ A;  1NOW A;  2Z1K A;  3THD A;  3WD4 A;  1SFS A;  1EH9 A;  2CNC A;  2VZT A;  3VMO A;  4QDM A;  4F9D A;  1PX8 A;  2CEQ A;  2XTK A;  3BXW A;  3K4A A;  3O9N A;  2EPO A;  1JYN A;  3D5H A;  3U57 A;  1XH2 A;  4MJ4 A;  4XUY A;  1VB9 A;  3BSG A;  1AQM A;  3WF0 A;  1ITX A;  1EA9 C;  2BVT A;  3AS2 A;  4MNJ A;  5C70 A;  2Y24 A;  3DYP A;  2XIB A;  3NYD A;  1HP4 A;  1OIM A;  3ZJ7 A;  1G0C A;  2BRP A;  4YPJ A;  2C0H A;  3ZOA A;  2DSU A;  3AIE A;  3AXX A;  2DPE A;  2VUY A;  3CHF A;  4AZB A;  2ZUS A;  3CZJ A;  1EQC A;  2DT0 A;  4U5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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