3U7VA

The structure of a putative beta-galactosidase from caulobacter crescentus cb15.
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
517
structure length
517
Chain Sequence
DAAMPQLVTKDGRHALMVDGAPFLMLAAQVNNSSAWPSQMAKVWPAIEKVGANTVQVPIAWEQIEPVEGQFDFSYLDLLLEQARERKVRLVLLWFGTWKNSSPSYAPEWVKLDDKRFPRLIKDDGERSYSMSPLAKSTLDADRKAFVALMTHLKAKDAAQKTVIMVQVENETGTYGSVRDFGPAAQKVFNGPAPATLVKAVGAKPGTWSQAFGKDADEFFHAWHIGRFVDQVAAGGKAVYPLPMYVNAALRDPIKPGDPKTYSAGGPTDNVIGVWQAAAPSIDLIAPDIYMKESVKYEAVLGHYARPNNALFVAETGNDPAYARYVFSTLGKQGIGWSPFGMDYTGYGNYPLGAAKVDEALIEVFAANYRLLAPMARELARLSFEGKVWGGAEPDDRAAQTTTMGDWTVSLRYGKWQFGASDWTWLKDRPPGPQGPEGGGLVAQLSPNEFLVTGRNVRVEFGRATADGKPMMMARVEEGHFENGQWVFDRLWNGDQTDYGLNFTGGSQILRVKLATY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Caulobacter crescentus
publication title The structure of a putative Beta-galactosidase from Caulobacter crescentus CB15.
rcsb
molecule keywords Beta-galactosidase
total genus 159
structure length 517
sequence length 517
ec nomenclature ec 3.2.1.23: Beta-galactosidase.
pdb deposition date 2011-10-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02449 Glyco_hydro_42 Beta-galactosidase
A PF18120 DUF5597 Domain of unknown function (DUF5597)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.20 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 putative beta-Galactosidase from caulobacter crescentus 3u7vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3u7vA01
1E15A 3WQ4A 1UR1A 4PYSA 3OLIA 4M29A 1BSIA 3I3BA 5D9OA 5JBDA 4P7NA 3A4WA 2QV4A 1EA9C 3WUFA 2PBGA 3GXFA 4BS0A 2WMIA 1V3HA 2XVKA 2VR4A 4YHEA 1CDGA 4CCCA 2X05A 3AMLA 4QFUA 2VZSA 1XH2A 1JDCA 1PIFA 2IXUA 1JNDA 4LYPA 3IAQA 3BAWA 5AYBA 2VRQA 3ZR5A 3VGEA 4OJYA 4DUVA 2VX4A 1OSEA 3L4XA 3MUZ1 3NIYA 3G6MA 1XC6A 2CNCA 3A3HA 2XSAA 3UERA 3MANA 4PMZA 1UZ1A 5IXEA 3EDEA 2BY2A 3GH4A 1DWGM 3VPLA 3VMPA 4UFKA 1KGUA 1HKIA 4QP0A 1W1PA 4GO8A 3W82A 4CCDA 1JZ5A 1E56A 5LYRA 1DTUA 4OUEA 1UKSA 4W93A 2FDMA 3OG2A 4UQCA 2E8ZA 4QCFA 5HPCA 2FHCA 5A69A 2VZUA 3VUPA 3BGAA 4J3XA 4KMQA 2YL8A 3ARSA 4CVUA 1UH2A 2YBUA 3K8LA 4AD1A 4UTFA 1FH8A 4R27A 4P8WA 5M17A 1OM0A 2BNJA 4BQ4A 2GSJA 5A6BD 3PZQA 3N1AA 1V3MA 1DWFM 2VT0A 2WC3A 1UYQA 4R5EA 2JF6A 1NWUA 2A3BA 4D6JA 2JE8A 1KXTA 5BXSA 2J8GA 1RD6A 1HJSA 4LPCA 2FGZA 3GZAA 3OLGA 2ZWYA 4TUFA 3ZJ7A 1H49A 1J0ZA 2YKKA 5CPSA 1CXIA 3CZ8A 3LMYA 3GBDA 4IISA 2UY4A 2G3MA 1SMDA 2ZX7A 4UCFA 3VVGA 1UOKA 1HKJA 1W9DM 3BSGA 5CSUA 3WH6A 2ZX6A 2CKSA 4AZ7A 3RM4A 2Y2WA 3FHAA 4J3VA 1JZ3A 1IZJA 1IV8A 2VX6A 1HP5A 1GQJA 3VX1A 3EMQA 3VIJA 1U33A 3ZT6A 1UH3A 2D2OA 3VGFA 3W0KA 1E4LA 1JG9A 1LL7A 4HMEA 6TAAA 3ZT7A 2CHNA 1BTCA 5A2CA 1JYNA 5I78A 3TTSA 1J0IA 1WPCA 2YL6A 1XCXA 1WNOA 2YL5A 2QHAA 3GXIA 4AEEA 5HOSA 1XSIA 2J7CA 3HJEA 2XYLA 1AQ0A 1AMYA 1VJSA 8A3HA 5AYIA 2ZXBA 4CGTA 1DEDA 5A8OA 5A6JA 2YIHA 4P7LA 4AD4A 1W1VA 2CBIA 1MFVA 3AIVA 3GBEA 4HOZA 1J11A 4PMUA 1NQ6A 3CMGA 2XFFA 4AD0A 3BC9A 2WVVA 1W1YA 1GONA 4M81A 1BYBA 5AY7A 1BFNA 3VM5A 1UKTA 1FFQA 4ZEPA 4Z2KA 1ZJAA 3B9AA 4W84A 3SCVA 1UWUA 2BVTA 4CD5A 2X2YA 5D9NA 1UWIA 2VOTA 1OD8A 4FMVA 2DT0A 3ZOAA 1VFMA 3TONA 3A4XA 2F61A 1B3VA 3MMWA 3WL1A 2JEQA 1LL4A 1HL9A 4Z2LA 1TVNA 2FHFA 2XFRA 3VX0A 1W3KA 1ITCA 4HA1A 4AXNA 1QOXA 3CZLA 4GZEA 2YA0A 2AOSA 5E6YA 3HN3A 1EHNA 2CPUA 5I0DA 1KBBA 3AISA 4UFIA 5IHSA 4EK7A 4XX6A 2A3CA 2WKGA 5EB8A 4L4OA 3OB8A 4HOWA 3WF2A 1H5VA 1GVIA 2XG9A 1JXJA 2YJQA 1E0XA 1CXKA 1UD8A 2WVSA 1JDAA 4W8LA 1JI2A 2G4FA 1JI1A 2XSBA 2YDQA 3WF1A 3NSMA 1NOFA 1O7AA 1E6QM 1HL8A 1V6YA 5CLWA 1QNOA 3CBWA 4ZE4A 1ZU8A 5LA1A 3MV01 3AJ7A 3RILA 5ABHA 5ABEA 1CWYA 2GDVA 3T09A 1ITXA 3RCNA 2WK2A 1J18A 4WJXA 1R7AA 2ZE0A 2ZIDA 2J78A 4PTXA 4P8VA 2WLYA 4DWSC 2QLYA 1WE5A 4FLRA 3SIMA 1GORA 4UFHA 1GOKA 3NSXA 3NCOA 3SCPA 3VILA 3GNOA 1PEZA 2YLLA 3AS3A 4M24A 4CUCA 1G5AA 4D6DA 5A6LA 1PIGA 2DIJA 2A3AA 2XIBA 3AYRA 3RJXA 5BRPA 1ZB5A 3ARQA 2A3HA 1E4NA 3EBVA 3N04A 3WD2A 1OGBA 4DUXA 1B31A 4MDOA 1UHVA 3WKZA 2O9TA 2OYKA 1DWJM 4NSBA 5EFFA 1ODZA 1KCLA 4NRRA 4CN6A 1EH9A 1NWTA 2D24A 4A4AA 1QI0A 1BYAA 3L4ZA 3BCDA 4M82A 3W6MA 5A6BA 1Y7VA 2WKLA 3W4RA 1UR0A 2DSZA 2Y4SA 4JAWA 3NJ3A 2D1ZA 3PZTA 3W25A 1W9XA 2Y8VA 3VNYA 3W26A 4E2OA 1JAEA 1UWQA 1UH4A 4E8DA 1TZ7A 2EEXA 4AW7A 3VD9A 5A8QA 2BXYA 1W3HA 4HZ8A 1LLOA 3AFBA 3ZJ8A 1CIUA 4KGJA 3BAYA 4W7VA 3ZO9A 4UQBA 3WF3A 2ZX8A 1CTNA 2AAAA 2O92A 4PTMA 1CZ1A 1TG7A 4CD6A 1F4AA 1MW0A 2BV9A 3F4VA 2XVPA 5ABFB 1WDQA 4UQ9A 2CIPA 5DFAA 2DSKA 1IZKA 1R7OA 4TOQA 4QAWA 2D0HA 2W61A 4WIWA 3RPMA 1D3CA 1HJWA 3K1DA 3AI0A 4L4PA 2VVNA 2XVLA 2EPNA 4W7WA 4HZ6A 3VIGA 2ZOXA 2V5DA 3WL0A 2CERA 1LG1A 5A6KA 2BHYA 6A3HA 3ARVA 4DUWA 1GHSA 2D22A 4E4PA 4U2ZA 1HKKA 3PHAA 3ZM8A 3WMSA 1UQZA 2BS9A 1MXGA 2FGLA 1OWQA 5CQ1A 3GXMA 4XZWA 4W5ZA 3AXIA 1OGSA 4PMRA 3WD1A 9CGTA 2G3IA 3W6LA 4P7RA 1E3XA 3WD3A 4S3KA 2VURA 3VKKA 4JCMA 2CBUA 5I5RA 1V0NA 3SURA 1TA3B 1MW1A 3ZMRA 2WYSA 1QBAA 3SCSA 1V3KA 4H8HA 5DMYA 3B9EA 3AZRA 3CZEA 3AXHA 5JBFA 2WLZA 3SEPA 1GZJA 4TXEA 1O6IA 2VI0A 5BROA 4B9YA 2PBOA 3UG4A 1M03A 5ECUA 2CESA 1HX0A 3M07A 4GPNA 1PBGA 3OGRA 1V0KA 4KRTA 5M5DA 1XHGA 3AXXA 2J74A 2VO5A 3NYDA 2OSYA 4KH2A 5CSYA 1WP6A 3WBEA 3B9DA 4F9DA 4JZ5A 3ARXA 3WQ8A 3CHCA 1B2YA 2XJ7A 3MO4A 1Q6EA 2WW5A 3KE0A 4GKLA 4U5KA 1NOWA 3SCRA 1NM9A 2VR5A 3DYMA 1CGTA 4P7QA 1CGYA 2RGLA 3EMCA 4MB1A 2BY1A 2RGMA 3B8SA 3CUGA 2QMJA 1CGXA 5M03A 3W81A 1FHLA 3PTMA 3QHMA 3OZOA 3RM8A 3PZIA 5CJ5A 3CLWA 2DSUA 2XTKA 4PMYA 5FL1A 1JIBA 4ML4A 4BQ2A 1HXJA 2WSKA 1E6ZA 4UQDA 4UOQA 1JDDA 3ALGA 4MJ2A 4HOXA 1VEMA 3IAPA 1WZAA 2W5FA 4J27A 1GW1A 5D8WA 3ZR6A 4U3CA 1A3HA 3OA5A 1UD3A 4Z2HA 3CUIA 4X0VA 4PEEA 4W85A 4PMDA 4WKHA 1BQCA 1WZKA 2WANA 2WAGA 1W9VA 4NZCA 4OIFA 3N11A 3D5HA 2WCSA 4Q7NA 4F66A 3O6AA 1EDQA 1TMQA 1M7XA 2WHJA 3CZJA 1YQ2A 5BXRA 2GJRA 2PWGA 1V08A 4TTUA 2A3EA 2ZX9A 3LPFA 1ZBWA 2CITA 2XPKA 3GYCA 4CU7A 5JIPA 4QCEA 3T2QA 4AZCB 3JUGA 3SCQA 1FH9A 4AIUA 3GNRA 1E43A 5GPRA 2IUZA 1C7TA 1L0PA 2ZWZA 1UD6A 3CO4A 4NI3A 3WIJA 4MB4A 1E9LA 2V3FA 4FF5A 5CXPA 3W27A 3KWXA 3UR7A 2WZEA 1ECEA 4LQ1A 4AY1A 1W9BM 2YLAA 4HMDA 2NW0A 1BAGA 1J10A 5I3DA 2EXOA 1H41A 3AHYA 1RP8A 3FN9A 4IPLA 2Y8KA 4UQAA 2WC7A 1FA2A 4AZGA 4JIEA 1GNXA 3AMDA 1H2JA 1ZBKA 1K9DA 1SFSA 1E6PA 4JFSA 1LWJA 3I3EA 3L4YA 3RM9A 4D6IA 1UD4A 4H41A 1JD7A 3UR8A 4XUYA 1LWHA 4WKFA 1E55A 4ACZB 1E6RA 5A8NA 3VIIA 2J7HA 1UWTA 4QLLA 3GM8A 5FIPA 3F5LA 1XH1A 5E09A 4PTWA 4TVCA 3BAKA 3ZQ9A 3QHNA 3AHTA 3WH5A 4AD2A 1U30A 2DIEA 4P8UA 3SCNA 3WBAA 1B9ZA 3ARYA 1ZBCA 2ZX5A 1KGXA 3PZ9A 4AIEA 1CLVA 1M01A 5AC5A 3CIVA 3WN6A 5EFDA 3SCOA 5M3WA 3VD3A 4H8UA 2YBTA 4JKLA 4Z2GA 4PCTA 2GJPA 1HVQA 4B3LA 2WVTA 2PC8A 2OYLA 4D6CA 1XYFA 4J7RA 4C7DA 3U5UA 3ARPA 5ABFA 4W8BA 3WQ5A 4M80A 4MADA 2J75A 1ZJBA 3WUEA 1U2YA 3AS1A 4F79A 3WDRA 3WUGA 1V6XA 3ZT5A 5BRQA 2HVMA 3MV11 5I2UA 1QW9A 2QF8A 1MQRA 3VIKA 1KXQA 3AQUA 3PTQA 1V6WA 3BSHA 2YDSA 2W4XA 1GOMA 1V0LA 1WCGA 2UY2A 3WNNA 1DWIM 3FHQA 3A4AA 1CENA 1HN1A 5C71A 5C8BB 1DHKA 3AIUA 3N17A 2X09A 5A6AA 1JXKA 4RE3A 3ZJKA 1LL6A 4OOUA 1PJ9A 1QNSA 1FFRA 1LG2A 1QVBA 4P7OA 4ZENA 4MJ4A 1TA3A 4JHOA 1KR0A 1EDGA 1XGZA 3A47A 3DHPA 4D6FA 4ACYA 2E0PA 4Z2IA 2EO7A 1MW3A 1VBUA 2ZUNA 4PSRA 3F5KA 3SUUA 3FY1A 4YPJA 1N82A 1UKPA 3ZJ6A 4RE2A 1OIFA 1EOMA 4X0NA 2F2HA 2XFYA 2WHMA 1ZS2A 1ZL1A 2OWCA 1C8YA 5I79A 4E8CA 2DQXA 4XZBA 1MQQA 2XGIA 1C92A 3DYPA 3EDKA 1KGWA 4KRUA 1V3IA 3WDIA 2WVUA 3WMCA 4MAZA 5CGMA 3WY1A 2VX5A 4BZYA 1NWSA 3ARUA 2WMKA 1TCMA 3IJ9A 1KXVA 3ZSSA 4EANA 2OWWA 1BG9A 3PZVA 1OT1A 1J9YA 2D23A 3VD7A 4C7FA 3CUFA 1MWOA 3UESA 2W63A 3IJ7A 3IK2A 3CHFA 1E0WA 5FKYA 3DYOA 4QLKA 1RH9A 5BWFA 1K9EA 4GINA 5C70A 1WO2A 1L8NA 2UY5A 2IXVA 2VJXA 2E8YA 2EPKX 2WZIA 1E4IA 2VTFA 3TTQA 2YL9A 1UA7A 3K46A 3K4DA 1GJWA 4FLQA 1FOBA 3WNKA 2DEPA 1B3YA 1ISXA 5BCAA 5BXPA 3L2MA 1FP9A 4CU8A 3AHZA 4DM2A 3G6LA 3U5YA 4MAVA 2BHUA 1C90A 1W2VA 2BY0A 1W3JA 3T0BA 2JFEX 1XCWA 4H04A 1V6UA 1E1FA 3VM7A 4FLOA 3UG5A 4HPGA 4AD3A 1CXLA 5HNNA 4ZXLA 1AQHA 1Q6FA 1JYXA 1BGGA 2VRJA 3POCA 2VL4A 4JKMA 2J25A 4F8XA 2PWHA 4J3TA 3RIKA 1WKYA 2TAAA 1HJUA 3GH5A 5CLTA 2ZUUA 2PB1A 1PAMA 3EDFA 2E3ZA 4IUGA 4AZCA 3ALFA 3WNMA 3LPGA 3EMZA 3WQWA 1V3LA 1CEOA 4LXFA 5ABGA 2J7DA 1C8XA 4JFUA 3SCUA 4B16A 2J7EA 2PWEA 3ARZA 4RL3A 3MSGA 2Y24A 3AZTA 4D6EA 5CZKA 1C3FA 1UD2A 3AS2A 1VF8A 2VUYA 1EDTA 5GNXA 1MYRA 3FAXA 3M6DA 2V38A 2EJ1A 4LX4A 1V0MA 1V02E 2OSWA 4GIAA 3POHA 4JHZA 1E6NA 4PTVA 2ZUSA 1XRVA 2EPMX 1PZ2A 1SMAA 3WQVA 2GDUA 4Z2JA 4GQRA 4UFJA 4ACZA 5LA0A 3APGA 1W9PA 3AIQA 3WF4A 1ISYA 3RDKA 1HJXA 3I3DA 1UD5A 1CNVA 1VB9A 1OGGA 1OD0A 4D6GA 2WMJA 2J47A 1R85A 4UZSA 5D9MA 3WDQA 4AEFA 1US3A 2UY3A 4W5UA 3ECQA 1GPFA 1GHRA 4U2YA 3MS8A 2NT0A 1JF5A 4W89A 1KBKA 5DO8A 4GQQA 6CGTA 1OBAA 2V3GA 1VFOA 1V02A 3CMJA 4HA4A 1WAWA 1JFHA 3N9KA 3BLPX 1QNRA 3QHOA 3S2CA 2VQTA 3J7HA 3T2PA 1BPLB 4U31A 5DT5A 3PZMA 2WNWA 2WC4A 1H0GA 1KCKA 1D7FA 2WWCA 1J0JA 4MNJA 2BHZA 3PZGA 4X9YA 2CKRA 3WUBA 2CBJA 4TVUA 4HA3A 4MDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E15 A;  3WQ4 A;  1UR1 A;  4PYS A;  3OLI A;  4M29 A;  1BSI A;  3I3B A;  5D9O A;  5JBD A;  4P7N A;  3A4W A;  2QV4 A;  1EA9 C;  3WUF A;  2PBG A;  3GXF A;  4BS0 A;  2WMI A;  1V3H A;  2XVK A;  2VR4 A;  4YHE A;  1CDG A;  4CCC A;  2X05 A;  3AML A;  4QFU A;  2VZS A;  1XH2 A;  1JDC A;  1PIF A;  2IXU A;  1JND A;  4LYP A;  3IAQ A;  3BAW A;  5AYB A;  2VRQ A;  3ZR5 A;  3VGE A;  4OJY A;  4DUV A;  2VX4 A;  1OSE A;  3L4X A;  3MUZ 1;  3NIY A;  3G6M A;  1XC6 A;  2CNC A;  3A3H A;  2XSA A;  3UER A;  3MAN A;  4PMZ A;  1UZ1 A;  5IXE A;  3EDE A;  2BY2 A;  3GH4 A;  1DWG M;  3VPL A;  3VMP A;  4UFK A;  1KGU A;  1HKI A;  4QP0 A;  1W1P A;  4GO8 A;  3W82 A;  4CCD A;  1JZ5 A;  1E56 A;  5LYR A;  1DTU A;  4OUE A;  1UKS A;  4W93 A;  2FDM A;  3OG2 A;  4UQC A;  2E8Z A;  4QCF A;  5HPC A;  2FHC A;  5A69 A;  2VZU A;  3VUP A;  3BGA A;  4J3X A;  4KMQ A;  2YL8 A;  3ARS A;  4CVU A;  1UH2 A;  2YBU A;  3K8L A;  4AD1 A;  4UTF A;  1FH8 A;  4R27 A;  4P8W A;  5M17 A;  1OM0 A;  2BNJ A;  4BQ4 A;  2GSJ A;  5A6B D;  3PZQ A;  3N1A A;  1V3M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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