2WMF | Genus

Total Genus 206

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	206
sequence length	555
structure length	555
Chain Sequence	VQMRTTINNESPLLLSPLYGNDNGNGLWWGNTLKGAWEAIPEDVKPYAAIELHPAKVCKPTSCIPRDTKELREWYVKMLEEAQSLNIPVFLVIMSAGERNTVPPEWLDEQFQKYSVLKGVLNIENYWIYNNQLAPHSAKYLEVCAKYGAHFIWHDHEKWFWETIMNDPTFFEASQKYHKNLVLATKNTPIRDDAGTDSIVSGFWLSGLCDNWGSSTDTWKWWEKHYTNTFETGRARDMRSYASEPESMIAMEMMNVYTGGGTVYNFECAAYTFMTNDVPTPAFTKGIIPFFRHAIQNPAPSKEEVVNRTKAVFWNGEGRISSLNGFYQGLYSNDETMPLYNNGRYHILPVIHEKIDKEKISSIFPNAKILTKNSEELSSKVNYLNSLYPKLYEGDGYAQRVGNSWYIYNSNANINKNQQVMLPMYTNNTKSLSLDLTPHTYAVVKENPNNLHILLNNYRTDKTAMWALSGNFDASKSWKKEELELANWISKNYSINPVDNDFRTTTLTLSGHTGHKPQINISGDKNHYTYTENWDENTHVYTITVNHNGMVEMSI

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases. pubmed doi rcsb
molecule keywords	FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptococcus pneumoniae
total genus	206
structure length	555
sequence length	555
ec nomenclature
pdb deposition date	2009-06-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF08306	Glyco_hydro_98M	Glycosyl hydrolase family 98

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.60.220.10	Mainly Beta	Sandwich	Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3	Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal	2wmfA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wmfA01
3.30.2330.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	arginine biosynthesis bifunctional protein fold	family 98 glycoside hydrolase	2wmfA02

3ZR5A 4PMDA 1TE1A 1AQHA 1BAGA 3GTNA 5D9MA 3AMCA 4IPLA 1DWJM 4TTUA 2OWXA 3NIYA 5DEZA 4MADA 5JBDA 1J0NA 1J0MA 4FK9A 3ARUA 3T0AA 4R5EA 3RO8A 4JL2A 1HKJA 1C82A 1U2YA 1W3YA 4X0NA 3D3AA 1TG7A 4E8CA 3IAQA 2EPOA 3AXIA 1RP8A 2F61A 1DP0A 3WFLA 7CGTA 5GNXA 1O7AA 5FKYA 3WD1A 1CNVA 2A3AA 3VIFA 1CGUA 2BV9A 4YN5A 2YL9A 1XYFA 4ZE5A 4BQ4A 3CUHA 3WKZA 2CNCA 1V6UA 1HIZA 1JZ8A 4BF7A 4PTMA 3KL5A 1WAWA 1W9XA 2YJQA 1LJYA 4UQCA 3WDIA 1HMWA 4D6EA 4AMCA 4DM2A 2VMFA 1VJSA 3GXFA 1IT0A 3WIJA 1CDGA 5E0CA 2CEQA 3WUFA 5KZ6A 2BRVX 3MKKA 4JZ5A 3VD3A 5D9OA 3VGEA 4LXFA 2YIHA 4JFVA 3CPUA 3ZJ6A 3K4DA 4CGTA 1OD0A 1HM2A 3UEQA 1C92A 1M01A 2GVYA 3WMCA 4Z2IA 4BA0A 3WBEA 1XSIA 4U2ZA 2G3NA 5BXSA 1H5VA 2OLHA 3HU7A 4JIEA 2VOTA 4PSPA 4QLKA 1UUQA 1W2VA 3OG2A 1H11A 1JZ7A 3VDHA 1E5NA 1NP0A 1UQZA 4H8HA 1FP8A 2ZUVA 3FAWA 3SCTA 1E43A 1G94A 2WMIB 1PZ2A 1FA2A 4MNLA 2VR5A 1I1XA 3W81A 3IJ7A 4YHEA 3T2OA 3AJ7A 2A3EA 3CZLA 1G5AA 3K8MA 5F7UA 3AHVA 3UERA 3TOPA 2XYLA 3BAXA 2ZICA 4ATWA 1G1YA 1V6XA 4D6HA 4BQ2A 1UKPA 4OKDA 1VFFA 1VEMA 3MMWA 3ARZA 1KXVA 1E4LA 2GDUA 1S46A 2GJRA 2J77A 2VT0A 3BMVA 1JFHA 2VUYA 4D6FA 3VD9A 1J0KA 4J27A 1BYAA 1PX3A 2QHAA 3RM9A 2FH6A 1G0CA 1UG6A 1MXDA 2W4XA 1RP9A 2J7CA 2G4FA 1UWIA 1KQZA 1OM0A 1US3A 1HJQA 1UKSA 2JEPA 2CERA 1HN0A 1V02A 4JFSA 1ZBVA 3MUAA 2VVNA 5D4YA 3A4AA 2XGBA 4PUEA 1MFUA 3QOKA 1QNQA 4AD0A 2WCGA 2VZTA 3MANA 3WF0A 5FL0A 1KGUA 1LLOA 2D3LA 4H04A 3WF1A 2OSXA 1N7NA 2RGMA 3TONA 4ZENA 2BY1A 4UQDA 1KBKA 2VX6A 2XM1A 5D9PA 2BY3A 1JD9A 1VFOA 2XFRA 1E6XM 1LWHA 2PWGA 1I75A 4CCEA 1I8QA 2WVTA 2DQXA 4MAZA 3KL0A 4AEFA 4X9YA 2E4TA 1JAKA 4CUCA 3PZ9A 1W3KA 3CBWA 3PBGA 5A6LA 4W7UA 2BVYA 1V3MA 1ZJBA 4WSKA 3PTQA 2HVMA 1TUXA 1JDDA 3KZSA 5A2AA 4E2OA 1JXJA 1HKKA 1LQ0A 3LPFA 3NSXA 1XH1A 1ISXA 1GORA 2RGLA 4DWSA 4A3YA 4XB3A 5A6MA 1J0ZA 2XG9A 2XTKA 3SUSA 3OB8A 3BMWA 2J8GA 1OJOA 1X1NA 3WD3A 2Y2WA 3SCVA 2IUZA 1N7PA 1QNPA 1BYBA 3GNPA 2VI0A 1GOQA 2O9RA 3CLWA 1A3HA 3EDFA 2Y5EA 5ABEA 3W82A 1C8QA 3F5JA 1H2JA 1ZB5A 3IK2A 5DF0A 2EPLX 1XD1A 4W7VA 5CPSA 1QOXA 1E55A 1V6VA 3DYMA 4IISA 1LXKA 2DIEA 5CSUA 1DWAM 1WZMA 3THDA 2J7GA 2WMFA 4WJXA 1E15A 1OSEA 3WL1A 2WSPA 4MB4A 1WKYA 4FLSA 3MUY1 1E3XA 1CIUA 2D1ZA 1B3ZA 1KR0A 2W61A 3MUZ1 4AIOA 5IFTA 1CENA 3KEHA 1U30A 1J18A 3W27A 2O9PA 1CLVA 4UFLA 3EDEA 4H7VA 5FOOA 3MSDA 3DHPA 4AZCA 1UQYA 3BSGA 3VGHA 4MJ2A 2WVVA 4UQBA 1QI2A 2J78A 2OYKA 4OBSA 1UKOA 1XSJA 4PRWA 2WCAA 1TFVA 1XSKA 1HL9A 4AD1A 3CO4A 2GJPA 4MJ4A 3WSUA 1L8NA 3AMLA 2PWFA 2ZOXA 3E1F1 2E0PA 5A2CA 2VZUA 4A4AA 2E3ZA 1HJUA 1CGTA 4OOUA 1FHLA 1CGWA 1CPUA 5A6SA 3MMUA 3PZNA 3QHNA 4W5ZA 3VUPA 2YKKA 2ZX8A 1EXPA 1B3YA 3HN3A 3WNOA 3AHXA 1C3FA 3SIMA 2CBUA 4CN6A 4W8LA 2WMGA 3G6LA 5I23A 1HJVA 3SEPA 1V0NA 1GPFA 2XM2A 2DSKA 3IANA 2GJXB 5I6SA 2GSJA 2XFYA 4J3UA 3VIGA 4J28A 3M07A 4RE3A 4ZXOA 6CGTA 3T09A 1KR1A 1J0JA 1IV8A 4UOZA 3AISA 4UFJA 1GW1A 1V6YA 2D2OA 4BQ5A 4PEEA 3TP4A 5KEZA 2MANA 1PIGA 1GONA 2J7DA 4M81A 2B31A 4AY1A 3ALFA 5IHSA 3CZEA 2W66A 3VX0A 1US2A 1CXIA 3QOMA 1CYGA 1H0IA 4H8UA 3A6OA 4W84A 2PWHA 1J12A 4CVUA 2WDAA 4RL3A 5I79A 4ZEPA 4J3SA 3SURA 3AQUA 1H09A 2X09A 5DFAA 4AZ6A 1XHGA 4MDOA 1UA7A 4WIWA 1V03A 4QFUA 1XH0A 3AIEA 1UD2A 4M56A 1Q6FA 1UD5A 3GXDA 2YL6A 2BVDA 4PMQA 3SUUA 2DIJA 1ESWA 1BQCA 1RWFA 2QPSA 4Y7EA 4N0RA 4D72A 1JZ6A 1NH6A 4B9ZA 3FY1A 4D6CA 3CHFA 4UFHA 4AIEA 4AWEA 1GCYA 3I3BA 1CXHA 5EBAA 1HN1A 1UD3A 1VBRA 3NSMA 1UWUA 3L4XA 3B9DA 4JHZA 1J0IA 3W38A 4W5UA 3D5HA 4HOWA 4CKQA 3NJ3A 3BC9A 4GPNA 1VENA 1ISYA 2WVSA 3B9AA 1X1IA 1KXTA 1E4MM 4W85A 2DH3A 3BLKA 4Z2JA 3ZJKA 2ZXDA 4J3TA 4HMDA 1ZBWA 4ZXLA 2D3NA 2QMKA 3SUTA 1D2KA 1LXMA 1QPKA 4H2CA 5FD0A 4MB1A 4M82A 4NSBA 4RE4A 6A3HA 1VFMA 2ZXBA 1B3WA 1R85A 1EDGA 4IPNB 1ITCA 4L4OA 4JAWA 1QI3A 1LL7A 1XCXA 1MW0A 5JIWA 4HOZA 5CXPA 3WH7A 5ABGA 1DWIM 5AC4A 2CHNA 1JD7A 4PMZA 5DT7A 1E56A 2XUCA 2JALA 1CGVA 2XFFA 3SCSA 3OGVA 4P8VA 3WQ5A 3CUFA 3VDAA 1V0MA 3CUJA 4GZEA 4OJYA 4AYSA 1NWTA 1J01A 1MQRA 1BLIA 2EQDA 5FIPA 4UQEA 5EFFA 1OIFA 3A3HA 1JYXA 3I3DA 1GZJA 2WCOA 2GFTA 2QLYA 3IAPA 1VEPA 4W87A 1KCLA 4DUVA 2WMJA 3IJ8A 1UWQA 4TTGA 1WNOA 1V08A 2XVGA 3N1AA 4ATDA 1E6QM 1UR1A 4DUXA 1E0WA 3CMGA 4AISA 1E6PA 3VIOA 5FCZA 2XPKA 3AOFA 1UR0A 3AIVA 1MW3A 2ZX9A 5CGTA 3T2QA 2G8ZA 1JNDA 2EXOA 1FH7A 2G41A 1QHPA 1QBBA 3GDBA 3VILA 1ISVA 2GK1B 1R86A 1AQ0A 3ARVA 2WC7A 3II1A 3WY1A 1PX4A 2DT1A 4P7LA 3VM5A 5CPQA 2QF8A 3TTOA 2YA1A 3PZTA 4FF5A 3VNYA 5A8PA 3ZQ9A 1V3KA 5CQ1A 2J47A 3BCDA 3OZPA 3CZJA 1Z32X 4GZJA 3B9EA 5E6ZA 1WDRA 1EIBA 5E70A 3U5UA 2YA2A 4M24A 2WHKA 2HISA 3L4VA 3CMJA 1BYDA 1FH8A 3WF4A 2ZUSA 4KRUA 5A8OA 4DWSC 5ABFB 1C91A 2V3DA 1UHVA 4ACZA 4AZGA 3ECQA 4HPHA 2WHJA 5A6JA 4Q22A 2WZHA 4FLRA 3SUWA 3CZGA 3BSHA 1NQ6A 4F8XA 2NT0A 3EMCA 3WL0A 1DWFM 3WMSA 3CUIA 3L2LA 2WPGA 1ISZA 1YHTA 3WH8A 4EE9A 2DPEA 3RM8A 3KE0A 1GQLA 4PBGA 2XIBA 3AYSA 2OYLA 4J7RA 4D6JA 3MV01 3PZUA 4P7NA 2XJ7A 5CLTA 1B30A 4D6IA 4V27A 4CD7A 3RJXA 1CGXA 4AZCB 3AXHA 2Z1SA 2XHYA 4F79A 3AXXA 1UR8A 2VC9A 4B3KA 2PB1A 1Q6DA 1BPLB 1P6WA 4QLJA 3J7HA 4PMNA 4M80A 2DSVA 1LL4A 2OYMA 1QNRA 2J8FA 3O2LA 2WHLA 3WDRA 3WNKA 1PEZA 2WYSA 2YL5A 4KMQA 3SCNA 5A69A 3NDYA 3W29A 3AMDA 1CXKA 1QI4A 1RWAA 3S6TA 3WN6A 3SCRA 2XWEA 4CD4A 1FFRA 1R87A 3AROA 3K46A 4P7RA 4HOXA 1VEOA 2PC8A 3APGA 1EA9C 5BROA 5BYWA 2CETA 1W9DM 3W24A 4PMXA 1QNSA 1H0GA 5IXEA 1WZLA 2DSZA 1BVNP 4GI9A 5I24A 1CEOA 1W1PA 2YBUA 4XZWA 4D1JA 1V02E 1AQMA 1RWHA 4LX4A 3VU2A 2ZUNA 1HXJA 3VTRA 3SUVA 1GOOA 4EANA 2OSWA 2IXUA 1J10A 1ZJAA 3CHCA 3DYPA 4P8XA 1JYVA 2VRKA 1HNYA 3W0KA 2Y8KA 3LPGA 3T0BA 2YDRA 1XC6A 3ARTA 3A4XA 4J3VA 3SCUA 1GVYA 1FH9A 3AHZA 5D9NA 3OLGA 1MW1A 3W6LA 1XV8A 5CLWA 2E9MA 3ARQA 4W86A 1OINA 4JCMA 2X8RA 1V3LA 4UQ9A 4AXNA 1N7RA 2ESCA 4U33A 2W62A 2AOSA 1X6NA 3ALGA 2VTFA 1UR4A 1MYRA 3W53A 3ARWA 2EPNA 4X0VA 5A6BD 5I2UA 4AZBA 4M8UA 1L0PA 1PX8A 3U5YA 4WKFA 4QLLA 4GO9A 2JIEA 3DYOA 3WNLA 1KFWA 3CUGA 1HVQA 2V5CA 3BH4A 3SCPA 1NWSA 1DWGM 3WEOA 3POHA 2GUYA 4PMOA 3RILA 4B3LA 4HTYA 1ZBKA 4U5KA 4UZUA 4CU6A 4JFTA 1UKTA 1D3CA 1ZL1A 2CITA 5E0FA 1F9GA 4W8AA 1J0HA 1B3XA 4TVDA 3GYCA 1UH4A 2G3IA 2YDSA 2X03A 3N11A 2WWDA 1MFVA 2JFEX 3GM8A 5BXPA 1KWGA 1GOWA 1WCGA 2TAAA 4GXPA 1OT2A 1BVZA 1JDAA 4HMEA 3EDDA 4GZIA 1DEDA 4UZSA 1MW2A 1QNOA 2O92A 1HJWA 3VGGA 1BSIA 2BHZA 1JI1A 2ZIDA 3AS1A 4BQ3A 5FL1A 5LYRA 1E1EA 3WQVA 4JKMA 1C8XA 1J9YA 1TCMA 1M53A 1XYZA 1CWYA 1VIWA 4LYPA 2J25A 4HZ7A 1R7OA 1B90A 3ZT7A 1FOBA 1JZ5A 2E9LA 1BFNA 5IHRA 4BZYA 3B8SA 5AYIA 4DUWA 3VIJA 2ZE0A 1V3JA 4URIA 2WMIA 2YLLA 4W7WA 4CU8A 2W5FA 2VNCA 3VX1A 1EHAA 1E6ZA 3ZM8A 4AZ7A 4AIUA 5AYBA 1U33A 1RWGA 2E8YA 4A3HA 1D7FA 2AAAA 4CN4A 1G01A 2VX5A 2FHCA 1X6LA 3BXWA 5BXTA 1ODZA 3BGAA 1UKQA 1WE5A 3RCNA 2BFGA 3N13A 2WZIA 2E24A 1BG4A 4C7FA 3WQ6A 4P8WA 5HDRA 4QDMA 1IZKA 2J4GA 3WF3A 3NSNA 3PZVA 2ZUTA 1GOKA 3HMCA 3N15A 4WF7A 3SCWA 1GVIA 2VX4A 3UG5A 1E0XA 1FP9A 3GXIA 4KGLA 4TX6A 1R8LA 3CGTA 5CG0A 1JZ4A 1CB8A 1JI2A 3AS0A 3M6DA 4NRRA 4NZCA 1SMDA 1OD8A 3VD7A 4CCDA 1UH3A 2XSAA 3AZRA 2BNJA 1EH9A 1W3LA 3KWXA 4AZHA 4JHOA 1JZ3A 4E8DA 4B15A 1ODUA 1E1FA 2JE8A 4NRSA 4B9YA 2XVKA 4PTWA 3KL3A 3RMEA 2UY5A 4MB3A 3ZIZA 5A2BA 4P7QA 2X0HA 4ACZB 4GO8A 1C7TA 1E71M 1KCKA 1VRXA 3VVGA 4UQAA 1GUVA 1QBAA 4KWUA 2D0GA 2WC4A 4UFKA 1W91A 3F5KA 3OLIA 1N7OA 3UR7A 3QGVA 4JL1A 3FN9A 3LPOA 2O9OA 2VZOA 4UTFA 7A3HA 1G9HA 5M17A 1HX0A 5HBFA 4TVUA 3W37A 1V3HA 1TA3A 1OJNA 4Z2KA 3T08A 5I0DA 4XV0A 5A6BA 3THCA 4GI6A 1OIMA 4AD4A 3UCQA 3OA5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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