The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
|
sequence length |
92
|
structure length |
92
|
Chain Sequence |
VRPVVGEIAANSIAAEAQIAPGTELKAVDGIETPDWDAVRLQMVDKIGDESTTITVAPFGSDQRRDVKLDLRHWAFEPDKEDPVSSLGIRPR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure analysis of PDZ-domain A
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Regulator of sigma E protease
|
| total genus |
22
|
| structure length |
92
|
| sequence length |
92
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.24.-: |
| pdb deposition date | 2008-07-17 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PDZ A; 2VWR A; 3DJA A; 2VSP A; 5HFD A; 1VB7 A; 2ZPL A; 3RL8 A; 1FC9 A; 4K76 A; 2LC7 A; 2PKU A; 3MH6 A; 2M3M A; 2M0Z A; 3PV5 A; 1U37 A; 1WF7 A; 4E34 A; 1RZX A; 3ZRT A; 1QAV B; 3TSW A; 3GCN A; 5H3J A; 1UJV A; 1SOT A; 1V6B A; 2PA1 A; 1Q3P A; 4YYX A; 1VAE A; 3ID3 A; 1R6J A; 2M0T A; 1VCW A; 2JIL A; 2L4S A; 5B6L A; 1WIF A; 1UM7 A; 4NNM A; 2VRF A; 4K72 A; 4UU5 A; 4Q2Q A; 3I18 A; 2DKR A; 3BPU A; 2AWU A; 5F3X A; 5G1D A; 2HE2 A; 4EDJ A; 4WYT A; 1RY4 A; 1IU2 A; 3GDU A; 5HED A; 2IWP A; 5EZ0 A; 2QKV A; 2QG1 A; 2KBS A; 4AMH A; 2LA8 A; 3TSV A; 3OU0 A; 2LOB A; 2V90 A; 2X7Z A; 2W4F A; 1TP3 A; 1OBY A; 1T2M A; 2OS6 A; 1NF3 C; 1YBO A; 2REY A; 5F67 A; 2G5M B; 4NMT A; 2EAQ A; 1V62 A; 1IU0 A; 2EGN A; 1WFV A; 2EGO A; 1KY9 A; 5HEY A; 3KZD A; 5HFE A; 3EGH C; 3K50 A; 1Q3O A; 1QAV A; 2DAZ A; 4P0C A; 1MC7 A; 1WJL A; 5HJ1 A; 1V5Q A; 2E7K A; 3QJN A; 2KOH A; 5HF4 A; 4NMQ A; 2KOJ A; 1GQ5 A; 4LMM A; 3VQF A; 4NMR A; 4OAJ A; 4NXQ A; 2GZV A; 1N7T A; 5HEB A; 2Q3G A; 5FB8 C; 1UEP A; 3CH8 A; 5DTH A; 2AWX A; 2JIK A; 3PV4 A; 2LC6 A; 4NXP A; 2VSV A; 5E21 A; 3HPK A; 2JRE A; 4Q2O A; 3GDS A; 2H3M A; 2KAW A; 3QDO A; 2FCF A; 2KYL A; 2OGP A; 1N6F A; 2M10 A; 2I0I A; 4FGM A; 3AXA A; 3R0H A; 5JXB A; 2YUY A; 3NFK A; 4Q3H A; 4REY A; 2MHO A; 1GQ4 A; 1VA8 A; 2KA9 A; 1P1D A; 2EV8 A; 1FC7 A; 2F0A A; 2DC2 A; 3I4W A; 5HDY A; 4OEO A; 4XHV A; 1QAU A; 1N7F A; 2RRM A; 1V5L A; 3PV2 A; 1M5Z A; 2KPK A; 2AWW A; 5GND A; 1OBX A; 1X5R A; 1P1E A; 4JOE A; 2KV8 A; 2OSG A; 2EDV A; 1U3B A; 3ID2 A; 2JXO A; 1GM1 A; 2H3L A; 3B76 A; 3HPM A; 3WKM A; 2HE4 A; 2YT8 A; 1W9O A; 3FY5 A; 4F8K A; 2Z17 A; 1N6E A; 2D8I A; 2G2L A; 3WKL A; 2VZ5 A; 3EGG C; 4O06 A; 2I6V A; 1Y8T A; 4HOP B; 1Z86 A; 5HFC A; 2PNT A; 2QBW A; 1Q7X A; 2VPH A; 2JWE A; 3QE1 A; 4OEP A; 1MFG A; 4JOH A; 3DJ1 A; 1IHJ A; 2DB5 A; 3CC0 A; 2BYG A; 1UEZ A; 4P2A B; 2DLS A; 2IWQ A; 4NMO A; 5E11 A; 1B8Q A; 4Z8J A; 2FN5 A; 2I0L A; 1XZ9 A; 2I4S A; 2YUB A; 2ZPM A; 3DIW A; 1VJ6 A; 3PDV A; 1N7E A; 2WL7 A; 2I1N A; 5A2P A; 3O46 A; 3R69 A; 1WH1 A; 2L97 A; 3PS4 A; 4NXR A; 2K1Z A; 2L4T A; 2W7R A; 2DLU A; 3LNX A; 1ZOK A; 5I7Z A; 4R2Z A; 3RL7 A; 2EEG A; 3DJ3 A; 2P3W A; 5HF1 A; 3NGH A; 5G1E A; 1L6O A; 2EEI A; 3KZE A; 2FE5 A; 4NMV A; 2D90 A; 1UJD A; 2EGK A; 4K78 A; 2PKT A; 1I16 A; 4K6Y A; 1W9Q A; 4K75 A; 3NFL A; 1BFE A; 4GVC A; 1SOZ A; 2PZD A; 1UJU A; 4MPA A; 2LUI A; 5FHT A; 4HOP A; 1U39 A; 1K32 A; 1X5Q A; 3MH4 A; 2CSS A; 1WHA A; 4JOK A; 1D5G A; 1X5N A; 2YTW A; 1X45 A; 4Z33 A; 2R3Y A; 3SHU A; 1OZI A; 3QO6 A; 1QLC A; 3GSL A; 3RLE A; 1W9E A; 2EDP A; 1WG6 A; 3QIK A; 5HFF A; 4JOF A; 2JIN A; 1KEF A; 1UHP A; 2EHR A; 5E6P B; 2KL1 A; 2H2C A; 3E17 A; 2H2B A; 2EJY A; 1BE9 A; 2ENO A; 3CBX A; 2DM8 A; 3TSZ A; 2V1W A; 4KFW A; 1X6D A; 3ID4 A; 3O5N A; 1U38 A; 1UEQ A; 5E22 A; 5HET A; 1ZUB A; 2KRG A; 1FC6 A; 2DMZ A; 1MFL A; 2F5Y A; 4GHN A; 5HFB A; 1RGW A; 3MH7 A; 1N6D A; 2EEJ A; 2KQF A; 1TP5 A; 2DJT A; 4WYU A; 3R68 A; 1TQ3 A; 2KJP A; 2OZF A; 2KOM A; 4E3B A; 1WI4 A; 1NTE A; 4KFV A; 4H11 A; 4JOR A; 2UZC A; 1UFX A; 2OPG A; 2M0U A; 3CS0 A; 2KG2 A; 5GLJ A; 2YT7 A; 2JOA A; 1WF8 A; 5D13 A; 3OTP A; 3VQG A; 4L8N A; 2Z9I A; 4E35 A; 3CBZ A; 5EYZ A; 3CBY A; 3SUZ A; 4IC6 A; 2EEH A; 2CS5 A; 3DOR A; 3SOE A; 2I04 A; 4NMS A; 1RGR A; 3K1R A; 2FNE A; 1KWA A; 2HGA A; 2M0V A; 4RI0 A; 3HVQ C; 3LNY A; 2QKU A; 3K82 A; 4NNL A; 4GVD A; 1N99 A; 2KJK A; 4YDP A; 1LCY A; 1UIT A; 3CYY A; 1UEW A; 2MX6 A; 1UF1 A; 3GDV A; 4JOJ A; 4Q6H A; 3I1E A; 1V1T A; 2OCS A; 2KPL A; 3SHW A; 3STJ A; 2RCZ A; 3GCO A; 2EDZ A; 4Q6S A; 2O2T A; 4UU6 A; 1UM1 A; 4Q2N A; 3GJ9 A; 3GGE A; 2Q9V A; 1WFG A; 1X8S A; 2EXG A; 1Y7N A; 1Z87 A; 3TMH A; 1TE0 A; 4NMP A; 1PDR A; 2R4H A; 1OBZ A; 1G9O A; 2IWN A; 3L4F D; 5E1Y A; 2KJD A; 2OQS A; 2IWO A; 1FCF A; 2D92 A; 1I92 A; 2CSJ A; 2PDZ A; 3JXT A; 4JL7 A; 2QT5 A; 1WI2 A; 4N6X A; 3QGL A; 2K20 A; 3ID1 A; 4G69 A; 3SFJ A; 2AIN A; 4JOG A; 4Q2P A; 4JOP A; 1WHD A; 4PQW A; 3QJM A; 2QKT A; 2OMJ A; 3KHF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3PDZ A; 2VWR A; 3DJA A; 2VSP A; 5HFD A; 1VB7 A; 2ZPL A; 3RL8 A; 1FC9 A; 4K76 A; 2LC7 A; 2PKU A; 3MH6 A; 2M3M A; 2M0Z A; 3PV5 A; 1U37 A; 1WF7 A; 4E34 A; 1RZX A; 3ZRT A; 1QAV B; 3TSW A; 3GCN A; 5H3J A; 1UJV A; 1SOT A; 1V6B A; 2PA1 A; 1Q3P A; 4YYX A; 1VAE A; 3ID3 A; 1R6J A; 2M0T A; 1VCW A; 2JIL A; 2L4S A; 5B6L A; 1WIF A; 1UM7 A; 5ILB A; 4NNM A; 5IL9 A; 2VRF A; 4K72 A; 4UU5 A; 4Q2Q A; 3I18 A; 2DKR A; 3BPU A; 2AWU A; 5F3X A; 5G1D A; 2HE2 A; 4EDJ A; 4WYT A; 1RY4 A; 1IU2 A; 3GDU A; 5HED A; 2IWP A; 5EZ0 A; 2QKV A; 2QG1 A; 2KBS A; 4AMH A; 2LA8 A; 3TSV A; 3OU0 A; 2LOB A; 2V90 A; 2X7Z A; 2W4F A; 1TP3 A; 1OBY A; 1T2M A; 2OS6 A; 1NF3 C; 1YBO A; 2REY A; 5F67 A; 2G5M B; 4NMT A; 2EAQ A; 1V62 A; 1IU0 A; 2EGN A; 1WFV A; 2EGO A; 1KY9 A; 1X9Z A; 5HEY A; 3KZD A; 5HFE A; 3EGH C; 3K50 A; 1Q3O A; 1QAV A; 2DAZ A; 4P0C A; 1MC7 A; 1WJL A; 5HJ1 A; 1V5Q A; 2E7K A; 3QJN A; 2KOH A; 5HF4 A; 4NMQ A; 2KOJ A; 1GQ5 A; 4LMM A; 3VQF A; 4NMR A; 4OAJ A; 4NXQ A; 2GZV A; 1N7T A; 5HEB A; 2Q3G A; 2JSN A; 5FB8 C; 1UEP A; 3CH8 A; 5DTH A; 2AWX A; 2JIK A; 3PV4 A; 2LC6 A; 4NXP A; 2VSV A; 5E21 A; 3HPK A; 2JRE A; 4Q2O A; 3GDS A; 2H3M A; 4JJ3 A; 2KAW A; 3QDO A; 2FCF A; 2KYL A; 2OGP A; 1N6F A; 2M10 A; 2I0I A; 4FGM A; 3AXA A; 3R0H A; 5JXB A; 2YUY A; 3NFK A; 4Q3H A; 4REY A; 2MHO A; 1GQ4 A; 1VA8 A; 2KA9 A; 1P1D A; 2EV8 A; 1FC7 A; 2F0A A; 2DC2 A; 3I4W A; 5HDY A; 4OEO A; 4XHV A; 1QAU A; 1N7F A; 2RRM A; 1V5L A; 3PV2 A; 1M5Z A; 2KPK A; 2AWW A; 5GND A; 1OBX A; 1X5R A; 1P1E A; 4JOE A; 2KV8 A; 2OSG A; 2EDV A; 1U3B A; 3ID2 A; 2JXO A; 1GM1 A; 2H3L A; 3B76 A; 3HPM A; 3WKM A; 2HE4 A; 2YT8 A; 1W9O A; 3FY5 A; 4F8K A; 2Z17 A; 1N6E A; 2D8I A; 2G2L A; 3WKL A; 2VZ5 A; 3EGG C; 4O06 A; 2I6V A; 1Y8T A; 4HOP B; 1Z86 A; 5HFC A; 2PNT A; 2QBW A; 1Q7X A; 2VPH A; 2JWE A; 3QE1 A; 4OEP A; 3NCV A; 1MFG A; 4JOH A; 3DJ1 A; 1IHJ A; 2DB5 A; 3CC0 A; 2BYG A; 1UEZ A; 4P2A B; 2DLS A; 2IWQ A; 4NMO A; 5E11 A; 1B8Q A; 4Z8J A; 2FN5 A; 2I0L A; 1XZ9 A; 2I4S A; 2YUB A; 2ZPM A; 3DIW A; 1VJ6 A; 3PDV A; 1N7E A; 2WL7 A; 2I1N A; 5A2P A; 3O46 A; 3R69 A; 1WH1 A; 2L97 A; 3PS4 A; 4NXR A; 2K1Z A; 2L4T A; 2W7R A; 2DLU A; 3LNX A; 1ZOK A; 5I7Z A; 4R2Z A; 3RL7 A; 2EEG A; 3DJ3 A; 2P3W A; 5HF1 A; 3NGH A; 5G1E A; 1L6O A; 2EEI A; 3KZE A; 2FE5 A; 4NMV A; 2D90 A; 1UJD A; 2EGK A; 4K78 A; 2PKT A; 1I16 A; 4K6Y A; 1W9Q A; 4K75 A; 3NFL A; 1BFE A; 4GVC A; 1SOZ A; 2PZD A; 1UJU A; 4MPA A; 2LUI A; 5FHT A; 4HOP A; 1U39 A; 1K32 A; 1X5Q A; 3MH4 A; 2CSS A; 1WHA A; 4JOK A; 3KDK A; 1X5N A; 1D5G A; 2GEF A; 2YTW A; 1X45 A; 4Z33 A; 2R3Y A; 3GAB A; 3SHU A; 1OZI A; 3QO6 A; 1QLC A; 3GSL A; 3RLE A; 1W9E A; 2EDP A; 1WG6 A; 3QIK A; 5HFF A; 4JOF A; 2JIN A; 1KEF A; 1UHP A; 2EHR A; 5E6P B; 2KL1 A; 2H2C A; 3E17 A; 2H2B A; 2EJY A; 1BE9 A; 2ENO A; 3CBX A; 2DM8 A; 3TSZ A; 2V1W A; 4KFW A; 1X6D A; 3ID4 A; 3O5N A; 1U38 A; 1UEQ A; 3KDG A; 5E22 A; 5HET A; 1ZUB A; 2KRG A; 1FC6 A; 2DMZ A; 1MFL A; 2F5Y A; 4GHN A; 5HFB A; 1RGW A; 3MH7 A; 1N6D A; 2EEJ A; 2KQF A; 1TP5 A; 2DJT A; 4WYU A; 3R68 A; 1TQ3 A; 2KJP A; 2OZF A; 2KOM A; 4E3B A; 1WI4 A; 1NTE A; 4KFV A; 4H11 A; 4JOR A; 2UZC A; 1UFX A; 2OPG A; 2M0U A; 3CS0 A; 2KG2 A; 5GLJ A; 2YT7 A; 2JOA A; 1WF8 A; 5D13 A; 3OTP A; 3VQG A; 4L8N A; 2Z9I A; 4E35 A; 3CBZ A; 5EYZ A; 3CBY A; 3SUZ A; 4IC6 A; 2EEH A; 2CS5 A; 3DOR A; 3SOE A; 2I04 A; 4NMS A; 1RGR A; 3K1R A; 2FNE A; 1KWA A; 2HGA A; 2M0V A; 4RI0 A; 3HVQ C; 3LNY A; 2QKU A; 3K82 A; 4NNL A; 4GVD A; 1N99 A; 2KJK A; 4YDP A; 1LCY A; 1UIT A; 5B42 A; 3CYY A; 1UEW A; 2MX6 A; 1UF1 A; 3GDV A; 4JOJ A; 4Q6H A; 3I1E A; 1V1T A; 2OCS A; 2KPL A; 3SHW A; 3STJ A; 2RCZ A; 3GCO A; 2EDZ A; 4Q6S A; 2O2T A; 4UU6 A; 1UM1 A; 4Q2N A; 3GJ9 A; 3GGE A; 2Q9V A; 1WFG A; 1X8S A; 2EXG A; 1Y7N A; 1Z87 A; 3TMH A; 1TE0 A; 4NMP A; 1PDR A; 2R4H A; 1OBZ A; 1G9O A; 2IWN A; 3L4F D; 5E1Y A; 4JJ0 A; 2KJD A; 2OQS A; 2IWO A; 1FCF A; 2D92 A; 1I92 A; 2CSJ A; 2PDZ A; 3JXT A; 4JL7 A; 2QT5 A; 1WI2 A; 4N6X A; 3QGL A; 2K20 A; 4FLN A; 3ID1 A; 4G69 A; 3SFJ A; 2AIN A; 4JOG A; 4Q2P A; 4JOP A; 1WHD A; 4PQW A; 3QJM A; 2QKT A; 2OMJ A; 3KHF A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3PDZ A; 2VWR A; 3DJA A; 2VSP A; 5HFD A; 1VB7 A; 2ZPL A; 3RL8 A; 1FC9 A; 4K76 A; 2LC7 A; 2PKU A; 3MH6 A; 2M3M A; 2M0Z A; 3PV5 A; 1U37 A; 1WF7 A; 4E34 A; 1RZX A; 3ZRT A; 1QAV B; 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4FGM A; 3AXA A; 3R0H A; 5JXB A; 2YUY A; 3NFK A; 4Q3H A; 4REY A; 2MHO A; 1GQ4 A; 1VA8 A; 2KA9 A; 1P1D A; 2EV8 A; 1FC7 A; 2F0A A; 2DC2 A; 3I4W A; 5HDY A; 4OEO A; 4XHV A; 1QAU A; 1N7F A; 2RRM A; 1V5L A; 3PV2 A; 1M5Z A; 2KPK A; 2AWW A; 5GND A; 1OBX A; 1X5R A; 1P1E A; 4JOE A; 2KV8 A; 2OSG A; 2EDV A; 1U3B A; 3ID2 A; 2JXO A; 1GM1 A; 2H3L A; 3B76 A; 3HPM A; 3WKM A; 2HE4 A; 2YT8 A; 1W9O A; 3FY5 A; 4F8K A; 2Z17 A; 1N6E A; 2D8I A; 2G2L A; 3WKL A; 2VZ5 A; 3EGG C; 4O06 A; 2I6V A; 1Y8T A; 4HOP B; 1Z86 A; 5HFC A; 2PNT A; 2QBW A; 1Q7X A; 2VPH A; 2JWE A; 3QE1 A; 4OEP A; 3NCV A; 1MFG A; 4JOH A; 3DJ1 A; 1IHJ A; 2DB5 A; 3CC0 A; 2BYG A; 1UEZ A; 4P2A B; 2DLS A; 2IWQ A; 4NMO A; 5E11 A; 1B8Q A; 4Z8J A; 2FN5 A; 2I0L A; 1XZ9 A; 2I4S A; 2YUB A; 2ZPM A; 3DIW A; 1VJ6 A; 3PDV A; 1N7E A; 2WL7 A; 2I1N A; 5A2P A; 3O46 A; 3R69 A; 1WH1 A; 2L97 A; 3PS4 A; 4NXR A; 2K1Z A; 2L4T A; 2W7R A; 2DLU A; 3LNX A; 1ZOK A; 5I7Z A; 4R2Z A; 3RL7 A; 2EEG A; 3DJ3 A; 2P3W A; 5HF1 A; 3NGH A; 5G1E A; 1L6O A; 2EEI A; 3KZE A; 2FE5 A; 4NMV A; 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