The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
202
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structure length |
202
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Chain Sequence |
VEIPGGGTEGYHVLRVQENSPGHRAGLEPFFDFIVSINGSRLNKDNDTLKDLLKANVEKPVKMLIYSSKTLELRETSVTPSNLWGGQGLLGVSIRFCSFDGANENVWHVLEVESNSPAALAGLRPHSDYIIGADTVMNESEDLFSLIETHEAKPLKLYVYNTDTDNCREVIITPNSAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPTRPFE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Membrane-tethering GRASP Domain Reveals a Unique PDZ Ligand Interaction That Mediates Golgi Biogenesis.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Golgi reassembly-stacking protein 2
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| molecule tags |
Membrane protein
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
50
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| structure length |
202
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| sequence length |
202
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04495 | GRASP55_65 | GRASP55/65 PDZ-like domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain | ||
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GDU A; 2M0T A; 4H11 A; 3VQF A; 3MH6 A; 3QO6 A; 4GVC A; 1KWA A; 2RCZ A; 4AMH A; 2EEG A; 1QAV B; 1Q3O A; 1WI4 A; 2YT7 A; 1VCW A; 2E7K A; 3EGH C; 4L8N A; 2DMZ A; 2YT8 A; 2EDZ A; 3CS0 A; 4YYX A; 4EDJ A; 4P0C A; 5B6L A; 3ID3 A; 3CBZ A; 4XHV A; 2RRM A; 2O2T A; 2D92 A; 2QBW A; 1XZ9 A; 1R6J A; 4GHN A; 3MH7 A; 1UF1 A; 1N6E A; 3FY5 A; 1YBO A; 3K50 A; 1GQ5 A; 1OZI A; 2REY A; 1Z87 A; 2DM8 A; 3GSL A; 3KZE A; 1ZOK A; 3R69 A; 2QKU A; 4K6Y A; 3GCO A; 1IU0 A; 4UU6 A; 3TSV A; 2I04 A; 4NMO A; 1I92 A; 4RI0 A; 3WKM A; 2PNT A; 4Z33 A; 5HFC A; 2PKT A; 4P2A B; 2YUY A; 2K20 A; 3STJ A; 1N7T A; 2I1N A; 2F5Y A; 4JOG A; 4MPA A; 1OBX A; 5HED A; 2KA9 A; 2D90 A; 2L4S A; 1UIT A; 3QJM A; 3I1E A; 1B8Q A; 3KZD A; 5E22 A; 5GLJ A; 1SOZ A; 2Z9I A; 2EHR A; 2IWP A; 2MHO A; 2QKV A; 4YDP A; 1LCY A; 4IC6 A; 5F3X A; 4NMT A; 3AXA A; 3ID1 A; 1Q7X A; 2DAZ A; 2W7R A; 4Q2N A; 3SHW A; 2BYG A; 3RLE A; 3QDO A; 3KHF A; 1N7F A; 1GM1 A; 3CYY A; 5F67 A; 5JXB A; 5GND A; 1D5G A; 3I18 A; 4JOJ A; 2ZPM A; 2ZPL A; 3RL7 A; 1ZUB A; 2QKT A; 1V1T A; 1VB7 A; 3PV4 A; 2JIK A; 2KJP A; 2AWU A; 2KBS A; 5EZ0 A; 3PDZ A; 5HF1 A; 1QAU A; 2EXG A; 2V90 A; 2OS6 A; 3MH4 A; 1X8S A; 1UFX A; 3NFK A; 5E21 A; 4Q3H A; 1TE0 A; 2Q9V A; 5H3J A; 3QE1 A; 5FB8 C; 2I4S A; 1WHD A; 3GGE A; 4NNM A; 2GZV A; 1WG6 A; 4NXQ A; 2F0A A; 4NMP A; 2CSJ A; 3LNX A; 1UEQ A; 2L97 A; 2UZC A; 3O46 A; 1K32 A; 4Z8J A; 2L4T A; 2EEH A; 1GQ4 A; 3TSW A; 4FGM A; 5E1Y A; 4E35 A; 1X5R A; 2KG2 A; 4JOF A; 1FCF A; 1W9Q A; 1MC7 A; 2LC7 A; 3ID2 A; 1NTE A; 2M0V A; 2OQS A; 4R2Z A; 5I7Z A; 2KOJ A; 4GVD A; 1M5Z A; 4HOP A; 3I4W A; 4K78 A; 5HFD A; 2QG1 A; 1VJ6 A; 4N6X A; 3HPM A; 4JOH A; 2HE4 A; 1V6B A; 2M0Z A; 2K1Z A; 2LC6 A; 3QIK A; 2EGK A; 4OEP A; 3VQG A; 3NFL A; 4OEO A; 2D8I A; 1I16 A; 2H2C A; 1WFG A; 4NNL A; 3DJ3 A; 5EYZ A; 3OU0 A; 4E34 A; 4REY A; 1N6D A; 1SOT A; 2PA1 A; 3O5N A; 2DJT A; 2YTW A; 1WHA A; 3GCN A; 4NMQ A; 4Q2Q A; 2HE2 A; 1FC6 A; 2JRE A; 2W4F A; 2ENO A; 3TMH A; 2OZF A; 1L6O A; 3HPK A; 1FC7 A; 3CH8 A; 3EGG C; 4O06 A; 1T2M A; 1N6F A; 2DKR A; 1MFG A; 1QLC A; 2M3M A; 4JOK A; 1VAE A; 3GDS A; 1U38 A; 2HGA A; 2LUI A; 2KAW A; 5DTH A; 3K1R A; 3B76 A; 3SFJ A; 5FHT A; 1U3B A; 1U39 A; 3SOE A; 3CC0 A; 2KJK A; 4LMM A; 3DJ1 A; 4JOE A; 2CSS A; 1RY4 A; 2EDP A; 1WFV A; 2FNE A; 2VRF A; 3PS4 A; 1IHJ A; 2I6V A; 2M10 A; 3HVQ C; 4NMR A; 3QJN A; 4NXP A; 1P1D A; 1UM7 A; 1UEZ A; 2OCS A; 1RGR A; 1UJV A; 2H3L A; 5HFF A; 3SHU A; 1X5Q A; 1W9E A; 2JIL A; 2KOM A; 2JIN A; 4KFV A; 3JXT A; 1WH1 A; 1V62 A; 2VSV A; 1UEW A; 1X45 A; 4OAJ A; 4Q6S A; 5HDY A; 2VSP A; 1WIF A; 4UU5 A; 2KL1 A; 2PDZ A; 2DLS A; 2WL7 A; 1MFL A; 4Q2O A; 3DOR A; 2FCF A; 2EAQ A; 2Z17 A; 2CS5 A; 2R4H A; 4K76 A; 1OBY A; 2LOB A; 3OTP A; 1QAV A; 2M0U A; 4WYT A; 4NMV A; 3E17 A; 2EDV A; 3GDV A; 4NXR A; 2EGN A; 2R3Y A; 2OGP A; 4KFW A; 1X6D A; 5G1D A; 1N7E A; 1UHP A; 4K75 A; 2IWQ A; 2YUB A; 2I0I A; 1Y7N A; 2AWW A; 3NGH A; 2P3W A; 3L4F D; 5A2P A; 2DC2 A; 4HOP B; 2VWR A; 2QT5 A; 1UEP A; 1TP5 A; 2PZD A; 1N99 A; 1UM1 A; 4E3B A; 3K82 A; 3PV2 A; 1TP3 A; 2Q3G A; 5HJ1 A; 4JOP A; 2LA8 A; 1UJU A; 1G9O A; 1Q3P A; 3PDV A; 3R68 A; 1WI2 A; 1IU2 A; 1WF7 A; 3WKL A; 2JXO A; 5HFE A; 2DLU A; 2KJD A; 4JL7 A; 1RGW A; 2AIN A; 2JWE A; 2FE5 A; 3CBX A; 1P1E A; 1V5Q A; 1WF8 A; 2I0L A; 1OBZ A; 4WYU A; 1W9O A; 2V1W A; 2OMJ A; 4G69 A; 2JOA A; 4Q2P A; 2H3M A; 3R0H A; 2PKU A; 1RZX A; 2EEJ A; 4F8K A; 2KPL A; 1X5N A; 1KY9 A; 2KPK A; 4Q6H A; 1PDR A; 3CBY A; 3SUZ A; 3TSZ A; 3RL8 A; 3DIW A; 5HEY A; 2MX6 A; 2EEI A; 2KQF A; 5G1E A; 5E11 A; 4JOR A; 2X7Z A; 1UJD A; 3GJ9 A; 3QGL A; 2KRG A; 4K72 A; 4PQW A; 2KOH A; 5E6P B; 1Z86 A; 2EJY A; 1BE9 A; 1V5L A; 2DB5 A; 2OPG A; 1BFE A; 2VZ5 A; 1Y8T A; 1U37 A; 2EV8 A; 3ID4 A; 5HEB A; 2H2B A; 1FC9 A; 1VA8 A; 5HET A; 3ZRT A; 1NF3 C; 5D13 A; 3LNY A; 5HFB A; 3BPU A; 2G2L A; 2FN5 A; 1WJL A; 2OSG A; 3PV5 A; 2IWO A; 2KV8 A; 2AWX A; 1TQ3 A; 2EGO A; 4NMS A; 5HF4 A; 2G5M B; 2IWN A; 1KEF A; 2VPH A; 2KYL A; 3DJA A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3GDU A; 2M0T A; 4H11 A; 3VQF A; 3MH6 A; 3QO6 A; 4GVC A; 1KWA A; 2RCZ A; 4AMH A; 2EEG A; 1QAV B; 1Q3O A; 1WI4 A; 2YT7 A; 1VCW A; 1X9Z A; 2E7K A; 3EGH C; 4L8N A; 2DMZ A; 2YT8 A; 2EDZ A; 3CS0 A; 4YYX A; 3KDG A; 4EDJ A; 4P0C A; 5B6L A; 3ID3 A; 3CBZ A; 4XHV A; 2RRM A; 2O2T A; 2D92 A; 2QBW A; 1XZ9 A; 1R6J A; 4GHN A; 3MH7 A; 1UF1 A; 1N6E A; 3FY5 A; 1YBO A; 3K50 A; 1GQ5 A; 1OZI A; 2REY A; 1Z87 A; 2DM8 A; 3GSL A; 3KZE A; 1ZOK A; 3R69 A; 2QKU A; 4K6Y A; 3GCO A; 1IU0 A; 4UU6 A; 3TSV A; 2I04 A; 4NMO A; 1I92 A; 4RI0 A; 3WKM A; 2PNT A; 4Z33 A; 5HFC A; 4JJ3 A; 2PKT A; 4P2A B; 3GAB A; 2YUY A; 2K20 A; 3STJ A; 1N7T A; 2I1N A; 2F5Y A; 4JOG A; 4MPA A; 1OBX A; 5HED A; 2KA9 A; 2D90 A; 2L4S A; 1UIT A; 3QJM A; 3I1E A; 1B8Q A; 3KZD A; 5E22 A; 5GLJ A; 1SOZ A; 2Z9I A; 2EHR A; 2IWP A; 2MHO A; 2QKV A; 4YDP A; 1LCY A; 4IC6 A; 5F3X A; 4NMT A; 3AXA A; 3ID1 A; 1Q7X A; 2DAZ A; 2W7R A; 4Q2N A; 3SHW A; 2BYG A; 3RLE A; 3QDO A; 3KHF A; 1N7F A; 1GM1 A; 3CYY A; 5F67 A; 5JXB A; 5GND A; 1D5G A; 3I18 A; 4JOJ A; 2ZPM A; 2ZPL A; 3RL7 A; 1ZUB A; 2QKT A; 1V1T A; 1VB7 A; 3PV4 A; 2JIK A; 2KJP A; 3KDK A; 2AWU A; 2KBS A; 5EZ0 A; 3PDZ A; 5HF1 A; 1QAU A; 2EXG A; 2V90 A; 2OS6 A; 3MH4 A; 1X8S A; 1UFX A; 3NFK A; 5E21 A; 4Q3H A; 1TE0 A; 2Q9V A; 5H3J A; 3QE1 A; 5FB8 C; 2GEF A; 2I4S A; 1WHD A; 3GGE A; 4NNM A; 2GZV A; 1WG6 A; 4NXQ A; 2F0A A; 4NMP A; 2CSJ A; 3LNX A; 1UEQ A; 2L97 A; 2UZC A; 3O46 A; 1K32 A; 4Z8J A; 2L4T A; 2EEH A; 1GQ4 A; 3TSW A; 4FGM A; 5E1Y A; 4E35 A; 1X5R A; 2KG2 A; 4JOF A; 1FCF A; 1W9Q A; 1MC7 A; 2LC7 A; 3ID2 A; 1NTE A; 2M0V A; 2OQS A; 4R2Z A; 4JJ0 A; 5I7Z A; 2KOJ A; 4GVD A; 1M5Z A; 4HOP A; 3I4W A; 4K78 A; 5HFD A; 2QG1 A; 1VJ6 A; 4N6X A; 3HPM A; 4JOH A; 2HE4 A; 1V6B A; 2M0Z A; 2K1Z A; 2LC6 A; 3QIK A; 2EGK A; 4OEP A; 3VQG A; 3NFL A; 4OEO A; 2D8I A; 1I16 A; 2H2C A; 1WFG A; 4NNL A; 3DJ3 A; 5EYZ A; 3OU0 A; 4E34 A; 4REY A; 1N6D A; 1SOT A; 2PA1 A; 3O5N A; 2DJT A; 2YTW A; 1WHA A; 4FLN A; 3GCN A; 4NMQ A; 4Q2Q A; 2HE2 A; 1FC6 A; 2JRE A; 2W4F A; 2ENO A; 3TMH A; 2OZF A; 1L6O A; 3HPK A; 1FC7 A; 3CH8 A; 3EGG C; 4O06 A; 1T2M A; 1N6F A; 2DKR A; 1MFG A; 1QLC A; 2M3M A; 4JOK A; 1VAE A; 3GDS A; 1U38 A; 2HGA A; 2LUI A; 2KAW A; 5DTH A; 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