The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
GPRESKLSKQEGQNYGFFLRIEKDTDGHLIRVIEEGSPAEKAGLLDGDRVLRINGVFVDKEEHAQVVELVRKSGNSVTLLVLDGDSYEKAVKNQVDLKELDQEAKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
In vitro and in vivo analysis of the binding of the C terminus of the HDL receptor scavenger receptor class B, type I (SR-BI), to the PDZ1 domain of its adaptor protein PDZK1.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Signaling protein
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| source organism |
Mus musculus
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| molecule keywords |
PDZ domain-containing protein 1
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| total genus |
30
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| structure length |
106
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| sequence length |
106
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-06-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17820 | PDZ_6 | PDZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1W9Q A; 1WJL A; 4Q2Q A; 1N6D A; 1R6J A; 2HE4 A; 5HF4 A; 5FB8 C; 1BFE A; 1V5Q A; 1V6B A; 1BE9 A; 2LUI A; 4Q2O A; 2KRG A; 2PZD A; 4LMM A; 2DC2 A; 4NMT A; 2X7Z A; 2K1Z A; 1WG6 A; 2DMZ A; 4KFW A; 3EGH C; 1L6O A; 1B8Q A; 2CSJ A; 1UFX A; 3QO6 A; 2L4T A; 2REY A; 3DOR A; 5H3J A; 2EEJ A; 2ENO A; 3O46 A; 3PV2 A; 2W4F A; 5FHT A; 2EGK A; 3GSL A; 2KL1 A; 1WF7 A; 2KPL A; 4NMV A; 2OCS A; 2MHO A; 3ID1 A; 4OEO A; 1NTE A; 2H3L A; 1UM7 A; 5HFD A; 1Q7X A; 1LCY A; 5HDY A; 1V1T A; 2EEH A; 4K6Y A; 3E17 A; 1WIF A; 1Q3P A; 3HVQ C; 3LNY A; 3AXA A; 1W9O A; 3TMH A; 1MFL A; 1SOT A; 4NMP A; 2KOM A; 3NFK A; 1IU2 A; 1V5L A; 1QLC A; 1T2M A; 2PA1 A; 1WI4 A; 2I4S A; 3K50 A; 1X5R A; 1GM1 A; 1VAE A; 4IC6 A; 2M3M A; 2DAZ A; 1M5Z A; 2EEI A; 5A2P A; 2Q3G A; 2EV8 A; 2L97 A; 2QKV A; 1VCW A; 2I04 A; 4O06 A; 3PS4 A; 2YTW A; 5E6P B; 3GDS A; 1UEP A; 1Y8T A; 3I1E A; 4Q2N A; 5HFB A; 3MH6 A; 2JIL A; 2EDP A; 1UHP A; 1WFG A; 3K82 A; 4Z33 A; 2QKT A; 3B76 A; 2OPG A; 4Q6H A; 2WL7 A; 1QAU A; 3BPU A; 2KBS A; 4NMQ A; 5F67 A; 2I0L A; 2I6V A; 4NNL A; 1UIT A; 1P1E A; 4NXR A; 3TSZ A; 5GND A; 2P3W A; 2LC7 A; 5DTH A; 2EAQ A; 2YUY A; 2G5M B; 1WHA A; 2UZC A; 5HEY A; 2D92 A; 4Q6S A; 3GDU A; 2AWW A; 3NGH A; 2VSV A; 3DIW A; 4K75 A; 4UU5 A; 1I16 A; 1TE0 A; 2KAW A; 1D5G A; 1KEF A; 2DKR A; 3ID4 A; 2D8I A; 2M0T A; 5G1D A; 3WKM A; 3SUZ A; 2K20 A; 2KQF A; 2M10 A; 3KZD A; 3QE1 A; 3TSW A; 2F5Y A; 3HPK A; 5EYZ A; 2G2L A; 2PKT A; 2KOH A; 3QJM A; 4YYX A; 4JOE A; 3MH7 A; 1U38 A; 1TP5 A; 3RLE A; 4UU6 A; 2RCZ A; 1WFV A; 5JXB A; 1UM1 A; 1RZX A; 1RGW A; 3HPM A; 1UJD A; 3ID3 A; 3R69 A; 2KJK A; 1K32 A; 3ZRT A; 3GJ9 A; 1QAV B; 3SFJ A; 1FC9 A; 2D90 A; 4XHV A; 1WH1 A; 3PV5 A; 1SOZ A; 1TQ3 A; 4L8N A; 1FC6 A; 2EHR A; 3RL8 A; 4KFV A; 3DJ1 A; 4WYU A; 5E1Y A; 2YT8 A; 4RI0 A; 1UEQ A; 4FGM A; 4GVD A; 1X6D A; 4PQW A; 5HJ1 A; 3MH4 A; 1UJV A; 4NXQ A; 5B6L A; 2KPK A; 1W9E A; 2OMJ A; 4K76 A; 3VQF A; 3PDZ A; 4EDJ A; 3QIK A; 2JIK A; 4JL7 A; 3CH8 A; 4Q3H A; 2QG1 A; 1ZOK A; 2KJP A; 2EDZ A; 2L4S A; 1IHJ A; 4OEP A; 2Z9I A; 2VSP A; 3CC0 A; 4JOP A; 5E11 A; 2KA9 A; 4F8K A; 3SHW A; 3KHF A; 2CSS A; 2QT5 A; 2R4H A; 5I7Z A; 5HF1 A; 2EGO A; 2QKU A; 3GCN A; 1Z86 A; 2FCF A; 2OZF A; 4GVC A; 3VQG A; 1GQ4 A; 3PDV A; 3DJA A; 2I0I A; 5HFF A; 3SOE A; 2DLU A; 5D13 A; 3CBZ A; 3GDV A; 1N99 A; 2PNT A; 1UEW A; 5HEB A; 2EXG A; 1GQ5 A; 2M0U A; 2KOJ A; 1FCF A; 4K72 A; 2H2B A; 3OU0 A; 2EEG A; 2Z17 A; 1I92 A; 2LOB A; 3I18 A; 2OSG A; 3K1R A; 2BYG A; 4JOR A; 2H2C A; 2FNE A; 1PDR A; 2VWR A; 3GCO A; 3QDO A; 3WKL A; 1VA8 A; 4K78 A; 1WHD A; 4JOJ A; 3LNX A; 2KJD A; 4R2Z A; 5HFE A; 2W7R A; 4HOP B; 4REY A; 2JOA A; 2EJY A; 1RGR A; 2HGA A; 5G1E A; 2CS5 A; 4WYT A; 3RL7 A; 2H3M A; 2PDZ A; 3CBX A; 4P2A B; 4JOF A; 2GZV A; 3CS0 A; 1OBX A; 2MX6 A; 4N6X A; 3R68 A; 2JWE A; 2PKU A; 1MC7 A; 1VB7 A; 2OGP A; 3TSV A; 2JIN A; 2IWO A; 4NXP A; 3OTP A; 1KY9 A; 2JRE A; 2QBW A; 2EGN A; 5HET A; 1XZ9 A; 1UF1 A; 3PV4 A; 2VZ5 A; 5EZ0 A; 1OBY A; 2F0A A; 4JOK A; 1FC7 A; 1WI2 A; 2O2T A; 3L4F D; 4NMR A; 4E3B A; 1MFG A; 2VPH A; 2KG2 A; 3NFL A; 4JOG A; 1N7E A; 1QAV A; 4G69 A; 1U37 A; 2DM8 A; 2DJT A; 1Z87 A; 1WF8 A; 2KYL A; 4P0C A; 1TP3 A; 1N6E A; 1X45 A; 2AWX A; 2DB5 A; 4NNM A; 4Z8J A; 1IU0 A; 2OS6 A; 1YBO A; 2FE5 A; 3KZE A; 1OBZ A; 1N7T A; 1U39 A; 1VJ6 A; 1G9O A; 2Q9V A; 4NMS A; 2VRF A; 2LC6 A; 1X5Q A; 4Q2P A; 3QGL A; 2AWU A; 1UEZ A; 3QJN A; 4E35 A; 2RRM A; 2KV8 A; 4JOH A; 3CYY A; 3ID2 A; 1NF3 C; 2R3Y A; 5HFC A; 1X5N A; 2EDV A; 3GGE A; 5GLJ A; 1Q3O A; 2IWN A; 2V90 A; 2M0V A; 1Y7N A; 2FN5 A; 3R0H A; 5E21 A; 2ZPM A; 1X8S A; 3I4W A; 5F3X A; 3CBY A; 4MPA A; 3FY5 A; 4E34 A; 2YUB A; 2LA8 A; 4NMO A; 1U3B A; 2HE2 A; 3EGG C; 3STJ A; 2JXO A; 1N7F A; 1N6F A; 2AIN A; 4OAJ A; 2I1N A; 2M0Z A; 3JXT A; 4GHN A; 2IWQ A; 3SHU A; 2OQS A; 1ZUB A; 4YDP A; 4H11 A; 2E7K A; 1UJU A; 3O5N A; 2DLS A; 1P1D A; 5E22 A; 2YT7 A; 1OZI A; 1RY4 A; 4HOP A; 5HED A; 4AMH A; 2V1W A; 2IWP A; 1KWA A; 2ZPL A; 3DJ3 A; 1V62 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1W9Q A; 1WJL A; 4Q2Q A; 1N6D A; 1R6J A; 2HE4 A; 5HF4 A; 5FB8 C; 1BFE A; 1V5Q A; 1V6B A; 1BE9 A; 2LUI A; 4Q2O A; 2KRG A; 2PZD A; 4LMM A; 2DC2 A; 4NMT A; 2X7Z A; 2K1Z A; 1WG6 A; 2DMZ A; 4KFW A; 3EGH C; 1L6O A; 1B8Q A; 2CSJ A; 1UFX A; 3QO6 A; 2L4T A; 2REY A; 3DOR A; 5H3J A; 2EEJ A; 2ENO A; 3O46 A; 3PV2 A; 2W4F A; 5FHT A; 2EGK A; 3GSL A; 2KL1 A; 1WF7 A; 2KPL A; 4NMV A; 2OCS A; 2MHO A; 3ID1 A; 4OEO A; 1NTE A; 2H3L A; 1UM7 A; 5HFD A; 1Q7X A; 1LCY A; 5HDY A; 1V1T A; 2EEH A; 4K6Y A; 3E17 A; 1WIF A; 1Q3P A; 3HVQ C; 3LNY A; 3AXA A; 1W9O A; 3TMH A; 1MFL A; 1SOT A; 4NMP A; 2KOM A; 3NFK A; 1IU2 A; 1V5L A; 1QLC A; 1T2M A; 2PA1 A; 1WI4 A; 2I4S A; 3K50 A; 1X5R A; 1GM1 A; 1VAE A; 4IC6 A; 2M3M A; 2DAZ A; 1M5Z A; 2EEI A; 5A2P A; 2Q3G A; 2EV8 A; 2L97 A; 2QKV A; 1VCW A; 2I04 A; 4O06 A; 3PS4 A; 2YTW A; 5E6P B; 3GDS A; 1UEP A; 1Y8T A; 3I1E A; 4Q2N A; 5HFB A; 3MH6 A; 2JIL A; 2EDP A; 1UHP A; 1WFG A; 3K82 A; 4Z33 A; 2QKT A; 3B76 A; 2OPG A; 4Q6H A; 2WL7 A; 1QAU A; 3BPU A; 2KBS A; 4NMQ A; 5F67 A; 2I0L A; 2I6V A; 4NNL A; 1UIT A; 1P1E A; 4NXR A; 3TSZ A; 5GND A; 2P3W A; 4JJ0 A; 2LC7 A; 5DTH A; 2EAQ A; 2YUY A; 2G5M B; 1WHA A; 2UZC A; 3GAB A; 5HEY A; 2D92 A; 4Q6S A; 3GDU A; 2AWW A; 3NGH A; 2VSV A; 3DIW A; 4K75 A; 4UU5 A; 1I16 A; 3NCV A; 1TE0 A; 2KAW A; 1D5G A; 1KEF A; 2DKR A; 3ID4 A; 2D8I A; 1X9Z A; 2M0T A; 5G1D A; 3WKM A; 3SUZ A; 2K20 A; 2KQF A; 2M10 A; 3KZD A; 3QE1 A; 3TSW A; 2F5Y A; 3HPK A; 5EYZ A; 2G2L A; 2PKT A; 2KOH A; 3QJM A; 4YYX A; 4JOE A; 3MH7 A; 1U38 A; 1TP5 A; 3RLE A; 4UU6 A; 2RCZ A; 1WFV A; 5JXB A; 1UM1 A; 1RZX A; 1RGW A; 3HPM A; 1UJD A; 3ID3 A; 3R69 A; 2KJK A; 1K32 A; 3ZRT A; 3GJ9 A; 1QAV B; 3SFJ A; 1FC9 A; 2D90 A; 4XHV A; 1WH1 A; 3PV5 A; 1SOZ A; 1TQ3 A; 4L8N A; 1FC6 A; 2EHR A; 3RL8 A; 4KFV A; 3DJ1 A; 4WYU A; 5E1Y A; 2YT8 A; 4RI0 A; 1UEQ A; 4FGM A; 4GVD A; 1X6D A; 4PQW A; 5HJ1 A; 3MH4 A; 1UJV A; 4NXQ A; 5B6L A; 2KPK A; 5B42 A; 1W9E A; 2OMJ A; 4K76 A; 3VQF A; 3PDZ A; 4EDJ A; 3QIK A; 2JIK A; 4JL7 A; 3CH8 A; 4Q3H A; 2QG1 A; 1ZOK A; 2KJP A; 2EDZ A; 2L4S A; 1IHJ A; 4OEP A; 2Z9I A; 2VSP A; 3CC0 A; 4JOP A; 5E11 A; 2KA9 A; 4F8K A; 3SHW A; 3KHF A; 2CSS A; 2QT5 A; 2R4H A; 5I7Z A; 5HF1 A; 2EGO A; 2QKU A; 3GCN A; 1Z86 A; 2FCF A; 2OZF A; 4GVC A; 3VQG A; 1GQ4 A; 3PDV A; 3DJA A; 2I0I A; 5HFF A; 3SOE A; 2DLU A; 5D13 A; 3CBZ A; 3GDV A; 1N99 A; 2PNT A; 1UEW A; 5HEB A; 2EXG A; 1GQ5 A; 2M0U A; 2KOJ A; 1FCF A; 4K72 A; 2H2B A; 3OU0 A; 2EEG A; 2Z17 A; 1I92 A; 2LOB A; 3I18 A; 2OSG A; 3K1R A; 2BYG A; 4JOR A; 2H2C A; 2FNE A; 1PDR A; 2VWR A; 3GCO A; 3QDO A; 3WKL A; 1VA8 A; 4K78 A; 1WHD A; 4JOJ A; 3LNX A; 2KJD A; 4R2Z A; 5HFE A; 2W7R A; 4HOP B; 4REY A; 2JOA A; 2EJY A; 1RGR A; 2HGA A; 5G1E A; 2CS5 A; 4WYT A; 3RL7 A; 2H3M A; 2PDZ A; 3CBX A; 4P2A B; 4JOF A; 2GZV A; 3CS0 A; 1OBX A; 2MX6 A; 4N6X A; 3R68 A; 2JWE A; 2PKU A; 1MC7 A; 1VB7 A; 2GEF A; 2OGP A; 3TSV A; 2JIN A; 2IWO A; 4NXP A; 3OTP A; 1KY9 A; 2JRE A; 2QBW A; 2EGN A; 5HET A; 1XZ9 A; 5ILB A; 1UF1 A; 3PV4 A; 2VZ5 A; 4FLN A; 5EZ0 A; 1OBY A; 2F0A A; 4JOK A; 1FC7 A; 1WI2 A; 2O2T A; 3L4F D; 4NMR A; 4E3B A; 1MFG A; 2VPH A; 2KG2 A; 3NFL A; 4JOG A; 1N7E A; 1QAV A; 4G69 A; 1U37 A; 2DM8 A; 2DJT A; 1Z87 A; 3KDK A; 1WF8 A; 2KYL A; 4P0C A; 1TP3 A; 1N6E A; 1X45 A; 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