The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
107
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sequence length |
468
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structure length |
463
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Chain Sequence |
HDASFLNAVVKVYCTHTAPDYSLPWQKQRQFTSTGSAFMIGDGKLLTNAHCVEHDTQVKVKRRGDDRKYVAKVLVRGVDCDIALLSVESEDFWKGAEPLRLGHLPRLQDSVTVVGYPLGGDTISVTKGVVSRIEVTSYAHGSSDLLGIQIDAAINPGNSGGPAFNDQGECIGVAFQVYENIGYVIPTTVVSHFLTDYERNGKYTGYPCLGVLLQKLENPALRECLKVPTNEGVLVRRVEPTSDASKVLKEGDVIVSFDDLHVGCEGTVPFRSSERIAFRYLISQKFAGDIAEIGIIRAGEHKKVQVVLRPRVHLVPYHIDGGQPSYIIVAGLVFTPLSEPLIEEECEDTIGLKLLTKARYSVARFRGEQIVILSQVLANEVNIGYEDMNNQQVLKFNGIPIRNIHHLAHLIDMCKDKYLVFEFEDNYVAVLEREASNSASLCILKDYGIPSERSADLLEPYVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of Arabidopsis deg2 protein reveals an internal PDZ ligand locking the hexameric resting state.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Arabidopsis thaliana
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| molecule keywords |
Protease Do-like 2, chloroplastic
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| total genus |
107
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| structure length |
463
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| sequence length |
468
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2012-06-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00089 | Trypsin | Trypsin |
| A | PF13180 | PDZ_2 | PDZ domain |
| A | PF17815 | PDZ_3 | PDZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5IL9 A; 5ILB A; 4FLN A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DJ1 A; 1U39 A; 2DAZ A; 2HE4 A; 2KOH A; 3K82 A; 2KYL A; 4NMP A; 1W9Q A; 2Z17 A; 4RI0 A; 1WI2 A; 2BYG A; 1UEQ A; 2EEG A; 4H11 A; 1FC9 A; 1WJL A; 2FN5 A; 3CC0 A; 5FHT A; 3QE1 A; 1GM1 A; 3CBX A; 2EJY A; 2FNE A; 1X45 A; 3CBZ A; 1VJ6 A; 2M10 A; 5F3X A; 1WIF A; 1V62 A; 3KZD A; 5HF4 A; 2L97 A; 2PA1 A; 4O06 A; 3VQF A; 1W9O A; 2KG2 A; 3CH8 A; 3SHW A; 1X6D A; 1VCW A; 1N7T A; 3WKL A; 3NCV A; 2LA8 A; 5HF1 A; 4Q2Q A; 1N99 A; 2EDV A; 2EXG A; 1V1T A; 3HVQ C; 2IWQ A; 1P1E A; 1FCF A; 2KRG A; 2GZV A; 2VSP A; 4Q2P A; 1UM1 A; 4K76 A; 3I4W A; 1D5G A; 3BPU A; 4Q6S A; 3SHU A; 2R4H A; 3RL7 A; 1GQ5 A; 4JOE A; 2LUI A; 3GJ9 A; 1V5L A; 1N7E A; 3TMH A; 3GCO A; 4GVC A; 4JOK A; 1B8Q A; 3QJN A; 1X5Q A; 4NMS A; 2EEH A; 2HGA A; 4Q2N A; 3HPK A; 4JOJ A; 3K50 A; 4K6Y A; 2KBS A; 2I1N A; 2EGO A; 5JXB A; 2EDP A; 4Q3H A; 1I92 A; 1N6D A; 4NMV A; 2DJT A; 2JIL A; 5G1D A; 2F5Y A; 1UF1 A; 4K72 A; 5I7Z A; 5HDY A; 2ENO A; 1FC7 A; 1SOZ A; 5B6L A; 3QIK A; 2FCF A; 2H2B A; 2M0U A; 2P3W A; 2PZD A; 2W7R A; 2AWU A; 4XHV A; 1TQ3 A; 3PDV A; 1WFG A; 3O46 A; 2VWR A; 4Z8J A; 5B42 A; 4NMQ A; 3DIW A; 3WKM A; 2OQS A; 3ID4 A; 2PNT A; 3OTP A; 2KJP A; 2EGK A; 5HED A; 5GLJ A; 3PDZ A; 2Z9I A; 2D92 A; 1WF8 A; 1MFG A; 5G1E A; 2PKU A; 3TSV A; 2OSG A; 4REY A; 2D8I A; 3K1R A; 4NNM A; 1TE0 A; 3DOR A; 3QJM A; 3NGH A; 2JRE A; 1OZI A; 5EYZ A; 4YYX A; 4NMR A; 1X8S A; 3GSL A; 4KFV A; 2LC6 A; 2LOB A; 3AXA A; 3NFK A; 2EV8 A; 5HFF A; 1WI4 A; 4F8K A; 1NF3 C; 4OAJ A; 2I6V A; 2CSS A; 4OEP A; 5H3J A; 2M0T A; 4JOP A; 2KA9 A; 4Q2O A; 1V5Q A; 4JOH A; 3ID3 A; 4K78 A; 5IL9 A; 1Q3O A; 1WHD A; 4AMH A; 2Q9V A; 1VAE A; 1R6J A; 2KAW A; 2VRF A; 3ID2 A; 1UIT A; 2L4S A; 1VA8 A; 3L4F D; 2YUB A; 1N6F A; 1W9E A; 5HEB A; 3KHF A; 2EGN A; 4WYT A; 5DTH A; 2KL1 A; 1IHJ A; 1IU2 A; 4WYU A; 3MH7 A; 3KZE A; 4GVD A; 2KJD A; 4UU6 A; 4E34 A; 1QAU A; 2QKU A; 2I04 A; 1ZOK A; 2M0V A; 4NXQ A; 2EAQ A; 5HET A; 4K75 A; 4JOG A; 2KJK A; 1UEZ A; 2ZPM A; 5HJ1 A; 4N6X A; 2E7K A; 3QDO A; 2OS6 A; 2V1W A; 5E11 A; 2Q3G A; 5HEY A; 1IU0 A; 3ID1 A; 2JIK A; 4Q6H A; 1UEW A; 4IC6 A; 2OGP A; 3SUZ A; 2I0I A; 2RRM A; 1KY9 A; 3LNX A; 4JL7 A; 1UEP A; 3EGG C; 4NNL A; 2UZC A; 2CSJ A; 2I4S A; 3TSZ A; 1Y8T A; 2G5M B; 5E6P B; 1UM7 A; 1QAV A; 1UHP A; 2F0A A; 3E17 A; 3ZRT A; 4P0C A; 2I0L A; 2DLS A; 2PDZ A; 3HPM A; 2WL7 A; 2K20 A; 1Z86 A; 1L6O A; 5GND A; 3DJ3 A; 3LNY A; 2H2C A; 2VSV A; 2M3M A; 1Y7N A; 2V90 A; 4HOP A; 2VPH A; 1UJV A; 1T2M A; 2DLU A; 3O5N A; 2DM8 A; 3GCN A; 2VZ5 A; 1GQ4 A; 5E22 A; 2YUY A; 3STJ A; 2FE5 A; 2KPK A; 1UFX A; 1OBY A; 1X5N A; 2DMZ A; 2M0Z A; 5FB8 C; 5HFB A; 2AIN A; 5A2P A; 2HE2 A; 3GDV A; 2OPG A; 3JXT A; 1BE9 A; 2PKT A; 3NFL A; 4JJ0 A; 4E3B A; 1RGW A; 1WHA A; 1M5Z A; 1Q3P A; 2KQF A; 2ZPL A; 4NXP A; 3QGL A; 2JSN A; 3TSW A; 2EEJ A; 2JXO A; 1WG6 A; 1MFL A; 2DKR A; 3MH6 A; 4EDJ A; 2QG1 A; 5HFD A; 3SFJ A; 3FY5 A; 1NTE A; 1LCY A; 3PV5 A; 2D90 A; 4KFW A; 2H3L A; 2KOM A; 2OCS A; 5HFE A; 2DC2 A; 1UJD A; 2QKT A; 2IWO A; 3R69 A; 1N6E A; 1Q7X A; 4JOR A; 3R68 A; 3I1E A; 3DJA A; 1QLC A; 3EGH C; 1U3B A; 4NXR A; 1X9Z A; 3GAB A; 2MHO A; 3SOE A; 1G9O A; 2JOA A; 1MC7 A; 1UJU A; 1U38 A; 1P1D A; 2L4T A; 4FGM A; 2IWN A; 4UU5 A; 2LC7 A; 4E35 A; 2EHR A; 4JOF A; 5D13 A; 2QKV A; 3GDU A; 4P2A B; 3RLE A; 3GDS A; 1RY4 A; 3B76 A; 3CYY A; 1KWA A; 2REY A; 3PS4 A; 2EEI A; 1Z87 A; 3KDG A; 1OBX A; 1ZUB A; 2YTW A; 4NMO A; 3OU0 A; 3MH4 A; 2IWP A; 2QT5 A; 3I18 A; 2GEF A; 3VQG A; 1TP5 A; 2OZF A; 4PQW A; 5ILB A; 2X7Z A; 4JJ3 A; 2YT8 A; 1KEF A; 2YT7 A; 1BFE A; 2W4F A; 4Z33 A; 1XZ9 A; 3PV4 A; 2O2T A; 2KV8 A; 2R3Y A; 4OEO A; 1TP3 A; 2KOJ A; 2MX6 A; 2JIN A; 5HFC A; 4FLN A; 2RCZ A; 1FC6 A; 3PV2 A; 1WFV A; 1K32 A; 3RL8 A; 1RGR A; 5E21 A; 1X5R A; 3KDK A; 4G69 A; 2H3M A; 1QAV B; 3CS0 A; 1N7F A; 1U37 A; 4NMT A; 1SOT A; 4GHN A; 5E1Y A; 1I16 A; 4L8N A; 2G2L A; 1WF7 A; 1RZX A; 1VB7 A; 2AWW A; 3CBY A; 1YBO A; 2AWX A; 3GGE A; 4LMM A; 4HOP B; 2K1Z A; 2EDZ A; 2DB5 A; 5F67 A; 4MPA A; 2JWE A; 3R0H A; 1PDR A; 1WH1 A; 1OBZ A; 2KPL A; 2CS5 A; 4R2Z A; 5EZ0 A; 2OMJ A; 1V6B A; 4YDP A; 3QO6 A; 2QBW A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3DJ1 A; 1U39 A; 2DAZ A; 2HE4 A; 2KOH A; 3K82 A; 2KYL A; 4NMP A; 1W9Q A; 2Z17 A; 4RI0 A; 1WI2 A; 2BYG A; 1UEQ A; 2EEG A; 4H11 A; 1FC9 A; 1WJL A; 2FN5 A; 3CC0 A; 5FHT A; 3QE1 A; 1GM1 A; 3CBX A; 2EJY A; 2FNE A; 1X45 A; 3CBZ A; 1VJ6 A; 2M10 A; 5F3X A; 1WIF A; 1V62 A; 3KZD A; 5HF4 A; 2L97 A; 2PA1 A; 4O06 A; 3VQF A; 1W9O A; 2KG2 A; 3CH8 A; 3SHW A; 1X6D A; 1VCW A; 1N7T A; 3WKL A; 3NCV A; 2LA8 A; 5HF1 A; 4Q2Q A; 1N99 A; 2EDV A; 2EXG A; 1V1T A; 3HVQ C; 2IWQ A; 1P1E A; 1FCF A; 2KRG A; 2GZV A; 2VSP A; 4Q2P A; 1UM1 A; 4K76 A; 3I4W A; 1D5G A; 3BPU A; 4Q6S A; 3SHU A; 2R4H A; 3RL7 A; 1GQ5 A; 4JOE A; 2LUI A; 3GJ9 A; 1V5L A; 1N7E A; 3TMH A; 3GCO A; 4GVC A; 4JOK A; 1B8Q A; 3QJN A; 1X5Q A; 4NMS A; 2EEH A; 2HGA A; 4Q2N A; 3HPK A; 4JOJ A; 3K50 A; 4K6Y A; 2KBS A; 2I1N A; 2EGO A; 5JXB A; 2EDP A; 4Q3H A; 1I92 A; 1N6D A; 4NMV A; 2DJT A; 2JIL A; 5G1D A; 2F5Y A; 1UF1 A; 4K72 A; 5I7Z A; 5HDY A; 2ENO A; 1FC7 A; 1SOZ A; 5B6L A; 3QIK A; 2FCF A; 2H2B A; 2M0U A; 2P3W A; 2PZD A; 2W7R A; 2AWU A; 4XHV A; 1TQ3 A; 3PDV A; 1WFG A; 3O46 A; 2VWR A; 4Z8J A; 5B42 A; 4NMQ A; 3DIW A; 3WKM A; 2OQS A; 3ID4 A; 2PNT A; 3OTP A; 2KJP A; 2EGK A; 5HED A; 5GLJ A; 3PDZ A; 2Z9I A; 2D92 A; 1WF8 A; 1MFG A; 5G1E A; 2PKU A; 3TSV A; 2OSG A; 4REY A; 2D8I A; 3K1R A; 4NNM A; 1TE0 A; 3DOR A; 3QJM A; 3NGH A; 2JRE A; 1OZI A; 5EYZ A; 4YYX A; 4NMR A; 1X8S A; 3GSL A; 4KFV A; 2LC6 A; 2LOB A; 3AXA A; 3NFK A; 2EV8 A; 5HFF A; 1WI4 A; 4F8K A; 1NF3 C; 4OAJ A; 2I6V A; 2CSS A; 4OEP A; 5H3J A; 2M0T A; 4JOP A; 2KA9 A; 4Q2O A; 1V5Q A; 4JOH A; 3ID3 A; 4K78 A; 5IL9 A; 1Q3O A; 1WHD A; 4AMH A; 2Q9V A; 1VAE A; 1R6J A; 2KAW A; 2VRF A; 3ID2 A; 1UIT A; 2L4S A; 1VA8 A; 3L4F D; 2YUB A; 1N6F A; 1W9E A; 5HEB A; 3KHF A; 2EGN A; 4WYT A; 5DTH A; 2KL1 A; 1IHJ A; 1IU2 A; 4WYU A; 3MH7 A; 3KZE A; 4GVD A; 2KJD A; 4UU6 A; 4E34 A; 1QAU A; 2QKU A; 2I04 A; 1ZOK A; 2M0V A; 4NXQ A; 2EAQ A; 5HET A; 4K75 A; 4JOG A; 2KJK A; 1UEZ A; 2ZPM A; 5HJ1 A; 4N6X A; 2E7K A; 3QDO A; 2OS6 A; 2V1W A; 5E11 A; 2Q3G A; 5HEY A; 1IU0 A; 3ID1 A; 2JIK A; 4Q6H A; 1UEW A; 4IC6 A; 2OGP A; 3SUZ A; 2I0I A; 2RRM A; 1KY9 A; 3LNX A; 4JL7 A; 1UEP A; 3EGG C; 4NNL A; 2UZC A; 2CSJ A; 2I4S A; 3TSZ A; 1Y8T A; 2G5M B; 5E6P B; 1UM7 A; 1QAV A; 1UHP A; 2F0A A; 3E17 A; 3ZRT A; 4P0C A; 2I0L A; 2DLS A; 2PDZ A; 3HPM A; 2WL7 A; 2K20 A; 1Z86 A; 1L6O A; 5GND A; 3DJ3 A; 3LNY A; 2H2C A; 2VSV A; 2M3M A; 1Y7N A; 2V90 A; 4HOP A; 2VPH A; 1UJV A; 1T2M A; 2DLU A; 3O5N A; 2DM8 A; 3GCN A; 2VZ5 A; 1GQ4 A; 5E22 A; 2YUY A; 3STJ A; 2FE5 A; 2KPK A; 1UFX A; 1OBY A; 1X5N A; 2DMZ A; 2M0Z A; 5FB8 C; 5HFB A; 2AIN A; 5A2P A; 2HE2 A; 3GDV A; 2OPG A; 3JXT A; 1BE9 A; 2PKT A; 3NFL A; 4JJ0 A; 4E3B A; 1RGW A; 1WHA A; 1M5Z A; 1Q3P A; 2KQF A; 2ZPL A; 4NXP A; 3QGL A; 2JSN A; 3TSW A; 2EEJ A; 2JXO A; 1WG6 A; 1MFL A; 2DKR A; 3MH6 A; 4EDJ A; 2QG1 A; 5HFD A; 3SFJ A; 3FY5 A; 1NTE A; 1LCY A; 3PV5 A; 2D90 A; 4KFW A; 2H3L A; 2KOM A; 2OCS A; 5HFE A; 2DC2 A; 1UJD A; 2QKT A; 2IWO A; 3R69 A; 1N6E A; 1Q7X A; 4JOR A; 3R68 A; 3I1E A; 3DJA A; 1QLC A; 3EGH C; 1U3B A; 4NXR A; 1X9Z A; 3GAB A; 2MHO A; 3SOE A; 1G9O A; 2JOA A; 1MC7 A; 1UJU A; 1U38 A; 1P1D A; 2L4T A; 4FGM A; 2IWN A; 4UU5 A; 2LC7 A; 4E35 A; 2EHR A; 4JOF A; 5D13 A; 2QKV A; 3GDU A; 4P2A B; 3RLE A; 3GDS A; 1RY4 A; 3B76 A; 3CYY A; 1KWA A; 2REY A; 3PS4 A; 2EEI A; 1Z87 A; 3KDG A; 1OBX A; 1ZUB A; 2YTW A; 4NMO A; 3OU0 A; 3MH4 A; 2IWP A; 2QT5 A; 3I18 A; 2GEF A; 3VQG A; 1TP5 A; 2OZF A; 4PQW A; 5ILB A; 2X7Z A; 4JJ3 A; 2YT8 A; 1KEF A; 2YT7 A; 1BFE A; 2W4F A; 4Z33 A; 1XZ9 A; 3PV4 A; 2O2T A; 2KV8 A; 2R3Y A; 4OEO A; 1TP3 A; 2KOJ A; 2MX6 A; 2JIN A; 5HFC A; 4FLN A; 2RCZ A; 1FC6 A; 3PV2 A; 1WFV A; 1K32 A; 3RL8 A; 1RGR A; 5E21 A; 1X5R A; 3KDK A; 4G69 A; 2H3M A; 1QAV B; 3CS0 A; 1N7F A; 1U37 A; 4NMT A; 1SOT A; 4GHN A; 5E1Y A; 1I16 A; 4L8N A; 2G2L A; 1WF7 A; 1RZX A; 1VB7 A; 2AWW A; 3CBY A; 1YBO A; 2AWX A; 3GGE A; 4LMM A; 4HOP B; 2K1Z A; 2EDZ A; 2DB5 A; 5F67 A; 4MPA A; 2JWE A; 3R0H A; 1PDR A; 1WH1 A; 1OBZ A; 2KPL A; 2CS5 A; 4R2Z A; 5EZ0 A; 2OMJ A; 1V6B A; 4YDP A; 3QO6 A; 2QBW A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
