The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
101
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structure length |
101
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Chain Sequence |
KPTYEILGQMDETFILVKDSEYLYFVDQHLLEERINYEKLKDENLACRISVKAGQKLSEEKIRELIKTWRNLENPHVCPHGRPIYYKIPLREIYEKVGRNY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Features and Functional Dependency on beta-Clamp Define Distinct Subfamilies of Bacterial Mismatch Repair Endonuclease MutL
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Aquifex aeolicus (strain vf5)
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| molecule keywords |
DNA mismatch repair protein MutL
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| total genus |
32
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| structure length |
101
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| sequence length |
101
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF08676 | MutL_C | MutL C terminal dimerisation domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pdz3 Domain | Pdz3 Domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NCV A; 3GAB A; 3KDG A; 1X9Z A; 3KDK A; 5B42 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KHF A; 4JOP A; 2JIK A; 5H3J A; 3EGG C; 2KRG A; 3O46 A; 1X5R A; 4UU5 A; 2ZPL A; 2EHR A; 1UJV A; 5HDY A; 1UEQ A; 1BFE A; 4NNM A; 2EV8 A; 4IC6 A; 2MHO A; 1MFG A; 3SHW A; 2Q9V A; 2X7Z A; 3RL8 A; 2M0T A; 4K6Y A; 2FE5 A; 2EEH A; 4EDJ A; 2M10 A; 2DAZ A; 4JL7 A; 1QAV B; 5HEB A; 3SFJ A; 5EYZ A; 3QJN A; 2QKT A; 1BE9 A; 2I04 A; 1IU0 A; 1WG6 A; 3TSW A; 1WFV A; 2IWO A; 1OBY A; 1IHJ A; 1KWA A; 1V5L A; 5B6L A; 1N7T A; 2KOH A; 1UHP A; 2KG2 A; 1U38 A; 5HJ1 A; 1VJ6 A; 4OEO A; 4H11 A; 1D5G A; 2AWW A; 2L97 A; 3WKL A; 4Q3H A; 2I0L A; 4O06 A; 1X6D A; 2PKT A; 4NMV A; 3GDS A; 1KEF A; 3TSV A; 4YYX A; 2UZC A; 4JOE A; 5HF4 A; 3HPM A; 1V62 A; 4E3B A; 5ILB A; 3NCV A; 1KY9 A; 4GVC A; 1MC7 A; 5I7Z A; 2L4T A; 2EJY A; 1LCY A; 2R4H A; 2OQS A; 2K1Z A; 2M0U A; 3I1E A; 4JOF A; 3CS0 A; 3KDG A; 2V1W A; 2V90 A; 3ZRT A; 4L8N A; 2IWP A; 5FB8 C; 1GQ5 A; 4JOH A; 2M3M A; 2DJT A; 1K32 A; 3PV2 A; 4Q2N A; 2KQF A; 3NFL A; 3PDZ A; 4K76 A; 2G2L A; 4Z8J A; 1FC7 A; 2Z17 A; 3EGH C; 2EAQ A; 2QT5 A; 1FCF A; 2JOA A; 2MX6 A; 2D90 A; 5D13 A; 1UEZ A; 3MH6 A; 2WL7 A; 2DMZ A; 4FGM A; 2H3L A; 4P0C A; 1X5Q A; 1WI4 A; 3QO6 A; 3R68 A; 4HOP B; 4XHV A; 2HE2 A; 3K82 A; 1RGW A; 4E35 A; 3ID3 A; 5HEY A; 5IL9 A; 3NGH A; 1TP3 A; 1UEW A; 4NMQ A; 2FNE A; 3MH4 A; 2KJP A; 2H2C A; 1WF8 A; 2VWR A; 3B76 A; 4OEP A; 2JWE A; 2KV8 A; 2ZPM A; 1QAV A; 2F0A A; 1MFL A; 2M0V A; 3FY5 A; 2GZV A; 3HPK A; 1W9O A; 4G69 A; 2KL1 A; 3GAB A; 3HVQ C; 2R3Y A; 2BYG A; 2CSS A; 3SHU A; 2EXG A; 4YDP A; 4NMP A; 1P1D A; 1VCW A; 2KPK A; 4K75 A; 1QLC A; 3E17 A; 3VQG A; 1UJD A; 1UF1 A; 4Q6H A; 2DB5 A; 1NTE A; 1WHA A; 3SUZ A; 1T2M A; 2VSP A; 4WYU A; 1SOZ A; 4Q2Q A; 4NXQ A; 2W7R A; 4RI0 A; 3GCN A; 2AIN A; 2ENO A; 4UU6 A; 3DJ3 A; 4JOJ A; 5HED A; 4JJ0 A; 1V1T A; 3KZE A; 3CBY A; 2RRM A; 4MPA A; 4K72 A; 5HFF A; 4FLN A; 1Y7N A; 2OS6 A; 4NNL A; 2FCF A; 1I92 A; 3PV4 A; 1RZX A; 2PKU A; 5F67 A; 1PDR A; 3DJ1 A; 1Q7X A; 2YT7 A; 3K1R A; 2YUY A; 5EZ0 A; 1WFG A; 2HGA A; 1QAU A; 1UM1 A; 2EEJ A; 4Q2P A; 3TMH A; 4JOR A; 5HFE A; 1X8S A; 1VA8 A; 5G1D A; 5E11 A; 1V5Q A; 2VZ5 A; 1U3B A; 3GJ9 A; 5DTH A; 1NF3 C; 2EEG A; 1RY4 A; 2OGP A; 4HOP A; 5HF1 A; 3LNY A; 5GLJ A; 1P1E A; 2JRE A; 2OSG A; 4JOG A; 3L4F D; 2LA8 A; 4R2Z A; 2G5M B; 1UEP A; 4OAJ A; 2LC7 A; 1N6E A; 1M5Z A; 2DM8 A; 2YTW A; 5E1Y A; 2YT8 A; 2QBW A; 2OCS A; 2EEI A; 5E22 A; 2H3M A; 2EDV A; 1ZUB A; 5HFB A; 2OPG A; 1OBZ A; 1UM7 A; 1WIF A; 2GEF A; 2OZF A; 2VPH A; 2E7K A; 2REY A; 2CS5 A; 1X9Z A; 2W4F A; 3BPU A; 2RCZ A; 1GM1 A; 2JIL A; 1UIT A; 3R0H A; 1Z87 A; 2PZD A; 2LOB A; 1YBO A; 1W9E A; 3GDV A; 1WJL A; 3PS4 A; 2I6V A; 3RLE A; 2O2T A; 4GHN A; 1FC9 A; 3K50 A; 4E34 A; 3CH8 A; 4Q6S A; 5HET A; 2QG1 A; 3OTP A; 1OZI A; 1N99 A; 2EGK A; 1Z86 A; 2KBS A; 3RL7 A; 1N7E A; 2PA1 A; 3QDO A; 5A2P A; 4KFW A; 1N7F A; 4WYT A; 5JXB A; 1ZOK A; 5GND A; 1L6O A; 2AWU A; 1FC6 A; 2OMJ A; 4N6X A; 2I4S A; 3JXT A; 5HFC A; 4PQW A; 3VQF A; 3CBZ A; 2EGN A; 2JXO A; 2HE4 A; 2PNT A; 2D92 A; 2CSJ A; 3GGE A; 4KFV A; 3CYY A; 4NXP A; 2L4S A; 3PDV A; 4GVD A; 2AWX A; 4K78 A; 4JOK A; 5E21 A; 4NMT A; 2I1N A; 3PV5 A; 1V6B A; 2EDZ A; 1Q3P A; 4NMR A; 3QE1 A; 2KOJ A; 2VRF A; 3O5N A; 2LUI A; 3STJ A; 2VSV A; 2DKR A; 1TQ3 A; 4LMM A; 1X45 A; 2KYL A; 1I16 A; 1IU2 A; 1N6F A; 2IWN A; 1R6J A; 3KDK A; 3ID4 A; 2IWQ A; 3GDU A; 3NFK A; 2Z9I A; 1WI2 A; 1OBX A; 2Q3G A; 1B8Q A; 4F8K A; 4JJ3 A; 1TE0 A; 1WH1 A; 3CC0 A; 3ID1 A; 3I18 A; 1U37 A; 3QIK A; 1WHD A; 2F5Y A; 2KOM A; 2P3W A; 2LC6 A; 5E6P B; 1TP5 A; 5HFD A; 3QGL A; 3LNX A; 5FHT A; 3I4W A; 1Y8T A; 1X5N A; 2KJK A; 3DOR A; 2H2B A; 1RGR A; 2KAW A; 2M0Z A; 2JSN A; 2DC2 A; 2KJD A; 4Q2O A; 3AXA A; 1VAE A; 3WKM A; 3CBX A; 1N6D A; 3GSL A; 3GCO A; 3SOE A; 3KZD A; 5B42 A; 3MH7 A; 4REY A; 4P2A B; 2DLU A; 2EDP A; 1SOT A; 2QKU A; 1G9O A; 2QKV A; 3DJA A; 1WF7 A; 2KPL A; 4AMH A; 2PDZ A; 1Q3O A; 4Z33 A; 1VB7 A; 3OU0 A; 3TSZ A; 2I0I A; 3QJM A; 2KA9 A; 2D8I A; 2K20 A; 1UJU A; 5G1E A; 4NMS A; 4NMO A; 3ID2 A; 3DIW A; 1U39 A; 5F3X A; 1UFX A; 2JIN A; 3R69 A; 2EGO A; 2DLS A; 1W9Q A; 4NXR A; 2FN5 A; 1GQ4 A; 1XZ9 A; 2YUB A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3KHF A; 4JOP A; 2JIK A; 5H3J A; 3EGG C; 2KRG A; 3O46 A; 1X5R A; 4UU5 A; 2ZPL A; 2EHR A; 1UJV A; 5HDY A; 1UEQ A; 1BFE A; 4NNM A; 2EV8 A; 4IC6 A; 2MHO A; 1MFG A; 3SHW A; 2Q9V A; 2X7Z A; 3RL8 A; 2M0T A; 4K6Y A; 2FE5 A; 2EEH A; 4EDJ A; 2M10 A; 2DAZ A; 4JL7 A; 1QAV B; 5HEB A; 3SFJ A; 5EYZ A; 3QJN A; 2QKT A; 1BE9 A; 2I04 A; 1IU0 A; 1WG6 A; 3TSW A; 1WFV A; 2IWO A; 1OBY A; 1IHJ A; 1KWA A; 1V5L A; 5B6L A; 1N7T A; 2KOH A; 1UHP A; 2KG2 A; 1U38 A; 5HJ1 A; 1VJ6 A; 4OEO A; 4H11 A; 1D5G A; 2AWW A; 2L97 A; 3WKL A; 4Q3H A; 2I0L A; 4O06 A; 1X6D A; 2PKT A; 4NMV A; 3GDS A; 1KEF A; 3TSV A; 4YYX A; 2UZC A; 4JOE A; 5HF4 A; 3HPM A; 1V62 A; 4E3B A; 5ILB A; 3NCV A; 1KY9 A; 4GVC A; 1MC7 A; 5I7Z A; 2L4T A; 2EJY A; 1LCY A; 2R4H A; 2OQS A; 2K1Z A; 2M0U A; 3I1E A; 4JOF A; 3CS0 A; 3KDG A; 2V1W A; 2V90 A; 3ZRT A; 4L8N A; 2IWP A; 5FB8 C; 1GQ5 A; 4JOH A; 2M3M A; 2DJT A; 1K32 A; 3PV2 A; 4Q2N A; 2KQF A; 3NFL A; 3PDZ A; 4K76 A; 2G2L A; 4Z8J A; 1FC7 A; 2Z17 A; 3EGH C; 2EAQ A; 2QT5 A; 1FCF A; 2JOA A; 2MX6 A; 2D90 A; 5D13 A; 1UEZ A; 3MH6 A; 2WL7 A; 2DMZ A; 4FGM A; 2H3L A; 4P0C A; 1X5Q A; 1WI4 A; 3QO6 A; 3R68 A; 4HOP B; 4XHV A; 2HE2 A; 3K82 A; 1RGW A; 4E35 A; 3ID3 A; 5HEY A; 5IL9 A; 3NGH A; 1TP3 A; 1UEW A; 4NMQ A; 2FNE A; 3MH4 A; 2KJP A; 2H2C A; 1WF8 A; 2VWR A; 3B76 A; 4OEP A; 2JWE A; 2KV8 A; 2ZPM A; 1QAV A; 2F0A A; 1MFL A; 2M0V A; 3FY5 A; 2GZV A; 3HPK A; 1W9O A; 4G69 A; 2KL1 A; 3GAB A; 3HVQ C; 2R3Y A; 2BYG A; 2CSS A; 3SHU A; 2EXG A; 4YDP A; 4NMP A; 1P1D A; 1VCW A; 2KPK A; 4K75 A; 1QLC A; 3E17 A; 3VQG A; 1UJD A; 1UF1 A; 4Q6H A; 2DB5 A; 1NTE A; 1WHA A; 3SUZ A; 1T2M A; 2VSP A; 4WYU A; 1SOZ A; 4Q2Q A; 4NXQ A; 2W7R A; 4RI0 A; 3GCN A; 2AIN A; 2ENO A; 4UU6 A; 3DJ3 A; 4JOJ A; 5HED A; 4JJ0 A; 1V1T A; 3KZE A; 3CBY A; 2RRM A; 4MPA A; 4K72 A; 5HFF A; 4FLN A; 1Y7N A; 2OS6 A; 4NNL A; 2FCF A; 1I92 A; 3PV4 A; 1RZX A; 2PKU A; 5F67 A; 1PDR A; 3DJ1 A; 1Q7X A; 2YT7 A; 3K1R A; 2YUY A; 5EZ0 A; 1WFG A; 2HGA A; 1QAU A; 1UM1 A; 2EEJ A; 4Q2P A; 3TMH A; 4JOR A; 5HFE A; 1X8S A; 1VA8 A; 5G1D A; 5E11 A; 1V5Q A; 2VZ5 A; 1U3B A; 3GJ9 A; 5DTH A; 1NF3 C; 2EEG A; 1RY4 A; 2OGP A; 4HOP A; 5HF1 A; 3LNY A; 5GLJ A; 1P1E A; 2JRE A; 2OSG A; 4JOG A; 3L4F D; 2LA8 A; 4R2Z A; 2G5M B; 1UEP A; 4OAJ A; 2LC7 A; 1N6E A; 1M5Z A; 2DM8 A; 2YTW A; 5E1Y A; 2YT8 A; 2QBW A; 2OCS A; 2EEI A; 5E22 A; 2H3M A; 2EDV A; 1ZUB A; 5HFB A; 2OPG A; 1OBZ A; 1UM7 A; 1WIF A; 2GEF A; 2OZF A; 2VPH A; 2E7K A; 2REY A; 2CS5 A; 1X9Z A; 2W4F A; 3BPU A; 2RCZ A; 1GM1 A; 2JIL A; 1UIT A; 3R0H A; 1Z87 A; 2PZD A; 2LOB A; 1YBO A; 1W9E A; 3GDV A; 1WJL A; 3PS4 A; 2I6V A; 3RLE A; 2O2T A; 4GHN A; 1FC9 A; 3K50 A; 4E34 A; 3CH8 A; 4Q6S A; 5HET A; 2QG1 A; 3OTP A; 1OZI A; 1N99 A; 2EGK A; 1Z86 A; 2KBS A; 3RL7 A; 1N7E A; 2PA1 A; 3QDO A; 5A2P A; 4KFW A; 1N7F A; 4WYT A; 5JXB A; 1ZOK A; 5GND A; 1L6O A; 2AWU A; 1FC6 A; 2OMJ A; 4N6X A; 2I4S A; 3JXT A; 5HFC A; 4PQW A; 3VQF A; 3CBZ A; 2EGN A; 2JXO A; 2HE4 A; 2PNT A; 2D92 A; 2CSJ A; 3GGE A; 4KFV A; 3CYY A; 4NXP A; 2L4S A; 3PDV A; 4GVD A; 2AWX A; 4K78 A; 4JOK A; 5E21 A; 4NMT A; 2I1N A; 3PV5 A; 1V6B A; 2EDZ A; 1Q3P A; 4NMR A; 3QE1 A; 2KOJ A; 2VRF A; 3O5N A; 2LUI A; 3STJ A; 2VSV A; 2DKR A; 1TQ3 A; 4LMM A; 1X45 A; 2KYL A; 1I16 A; 1IU2 A; 1N6F A; 2IWN A; 1R6J A; 3KDK A; 3ID4 A; 2IWQ A; 3GDU A; 3NFK A; 2Z9I A; 1WI2 A; 1OBX A; 2Q3G A; 1B8Q A; 4F8K A; 4JJ3 A; 1TE0 A; 1WH1 A; 3CC0 A; 3ID1 A; 3I18 A; 1U37 A; 3QIK A; 1WHD A; 2F5Y A; 2KOM A; 2P3W A; 2LC6 A; 5E6P B; 1TP5 A; 5HFD A; 3QGL A; 3LNX A; 5FHT A; 3I4W A; 1Y8T A; 1X5N A; 2KJK A; 3DOR A; 2H2B A; 1RGR A; 2KAW A; 2M0Z A; 2JSN A; 2DC2 A; 2KJD A; 4Q2O A; 3AXA A; 1VAE A; 3WKM A; 3CBX A; 1N6D A; 3GSL A; 3GCO A; 3SOE A; 3KZD A; 5B42 A; 3MH7 A; 4REY A; 4P2A B; 2DLU A; 2EDP A; 1SOT A; 2QKU A; 1G9O A; 2QKV A; 3DJA A; 1WF7 A; 2KPL A; 4AMH A; 2PDZ A; 1Q3O A; 4Z33 A; 1VB7 A; 3OU0 A; 3TSZ A; 2I0I A; 3QJM A; 2KA9 A; 2D8I A; 2K20 A; 1UJU A; 5G1E A; 4NMS A; 4NMO A; 3ID2 A; 3DIW A; 1U39 A; 5F3X A; 1UFX A; 2JIN A; 3R69 A; 2EGO A; 2DLS A; 1W9Q A; 4NXR A; 2FN5 A; 1GQ4 A; 1XZ9 A; 2YUB A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
