The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
91
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structure length |
91
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Chain Sequence |
SYQVICRDEKTQMIYQQHQSWLRPVLRSNRVEYCWCNSGRAQCHSVPVKSCSEPRCFNGGTCQQALYFSDFVCQCPEGFAGKSCEIDTRAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Plasminogen activation
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| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
The solution structure and backbone dynamics of the fibronectin type I and epidermal growth factor-like pair of modules of tissue-type plasminogen activator.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
T-PLASMINOGEN ACTIVATOR F1-G
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| total genus |
9
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| structure length |
91
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| sequence length |
91
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| ec nomenclature |
ec
3.4.21.68: T-plasminogen activator. |
| pdb deposition date | 1995-06-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00008 | EGF | EGF-like domain |
| A | PF00039 | fn1 | Fibronectin type I domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | Laminin | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Complement Module; domain 1 | Complement Module, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3EGF A; 4E1G A; 1DVA L; 3MQE A; 1DQB A; 5JPM G; 4RRW A; 3V64 C; 1EPJ A; 2XC0 L; 1PGE A; 3ZYI B; 3IIT B; 2XC4 L; 1HAF A; 1ATE A; 4X8S L; 2GD4 A; 2P3T A; 1HJ7 A; 1E8B A; 3N8V A; 5L30 L; 3KQE L; 2J34 B; 1IP0 A; 4NG9 L; 5F19 A; 2BOX A; 2LOJ A; 1ATD A; 1QUB A; 1IQN L; 2J2U B; 3P5B L; 1GKN A; 4JZF L; 3CAL A; 3FBY A; 1NFU B; 1IQJ L; 1ELV A; 1LY2 A; 4XBM A; 3LN0 A; 5IKT A; 5HYT B; 2B5I D; 4FM5 A; 2MCZ A; 2EI8 B; 1BF9 A; 1IQK L; 3L89 M; 1EAI C; 3KZJ A; 1DIY A; 3N8X A; 1EZQ B; 2KRI A; 4RRZ A; 1KLI L; 1ATB A; 4YZU B; 2RKY A; 2P26 A; 4XLW A; 1PTH A; 2WG3 C; 1KLJ L; 1FJS L; 3M37 L; 1MOX C; 1Z6C A; 1OJV A; 1HCC A; 2EI7 B; 1IQH L; 3HS5 A; 3LTG D; 4PH9 A; 1C1Z A; 4MUC A; 2RLP A; 1XDT R; 1UZK A; 1P0S L; 3NFP I; 2BMG A; 2W2Q E; 4CUD A; 1SZB A; 2P3U A; 4IGD A; 1RFN B; 4ZXY L; 3N8Z A; 2BOH A; 3LC5 B; 4TGF A; 1OJY A; 5HYP A; 2PHB B; 1V3X B; 2W3I B; 1OK2 A; 2BOK L; 1J9C L; 1UZJ A; 1H2P P; 1E5G A; 3KRK A; 4FXG G; 2EC3 A; 3KQD L; 2WFT A; 1LMJ A; 2KL7 A; 3T5O A; 1IGX A; 2IZ4 A; 1SRZ A; 2D1J B; 1OK1 A; 1MD7 A; 4ZAE B; 4XL1 A; 4G1M B; 2PR3 B; 1SS2 A; 3O8E B; 6COX A; 2JGX A; 5JBC E; 2K2T A; 2RNL A; 4RUT A; 3BPS E; 3ZYJ B; 4ZXX L; 1HRE A; 2CG6 A; 2VWN L; 3SOQ A; 3LIW B; 1NFY B; 1HT8 A; 4Z0L A; 1CCF A; 5JVZ A; 2WFX B; 2WYG B; 3OLU A; 1EMN A; 5JBA E; 1FAX L; 1OJW A; 1QO6 A; 1WU1 B; 1K37 A; 3HO4 A; 2WPL E; 3POY A; 1JL9 A; 3DEM A; 3QMO A; 3INB C; 1LQD A; 1LPZ A; 2VWL L; 2WPM E; 3GCW E; 4BDW A; 2EHF A; 2WG4 B; 3NTG A; 1N7D A; 1P9J A; 2VVV L; 3ZYG A; 1VVC A; 2Q1J B; 2YGO A; 1U67 A; 5HYU B; 2XBY L; 2FD6 A; 2RA0 L; 2Y5F L; 3IJE B; 1G2M B; 1CVU A; 2VVC K; 4ZH8 B; 3U7U G; 2YRA A; 1IQL L; 1ADX A; 4BXS A; 1PRH A; 2CJI B; 1IOE L; 2MHP A; 5HZP B; 2H9E L; 1EGF A; 3RR3 A; 2Y38 A; 1UZP A; 1PPQ A; 3H5C B; 2V8E A; 2W2O E; 1G1Q A; 3HO5 A; 2QY0 A; 1NZI A; 4CSY A; 1YUF A; 1W7X L; 3BT2 A; 1TPM A; 1EPG A; 2W81 A; 1LPK A; 2F9B L; 1Q3X A; 1PXX A; 1TPG A; 4A7I A; 2G7I A; 2I9A A; 2XWJ I; 3NTB A; 1MD8 A; 1KSN B; 5JVY A; 1IQI L; 3KXV A; 1G4G A; 1YO8 A; 5E8D A; 1CCV A; 2BO2 A; 2VH6 B; 2Y81 B; 4O02 B; 4B2R A; 2P28 B; 1HFH A; 3ELA L; 4LOR A; 1JV2 B; 5CIS A; 4D0E A; 1DX5 I; 2W2P E; 1U5M A; 4KKD A; 1HX2 A; 5I0Q B; 3U73 A; 2UWL B; 4CUF A; 4JZD L; 2I9B A; 2VWO L; 2RL0 A; 1YUK B; 3NJP C; 3F1S B; 1H04 P; 5CKQ A; 1NWV A; 2Y7X B; 2DDU A; 1NFW B; 5KN5 C; 1HCG B; 4NGA L; 1GHQ B; 1EPH A; 1K36 A; 4O1Z A; 4WJG 2; 3LC3 B; 5IKR A; 2WPJ E; 3QH0 A; 3SW2 A; 1X7A L; 2Y7Z B; 1IOX A; 2UWO B; 3PGH A; 1NPE B; 2XRD A; 1FF7 A; 3HPT A; 2BQW A; 1FBR A; 2PUQ L; 3Q3K B; 3Q7D A; 1NFX B; 2P3F L; 2P93 L; 2O39 C; 2MGP A; 2EI6 B; 3R05 A; 2XBW L; 1CVW L; 1G1T A; 1TPN A; 1O5D L; 1U8C B; 4B2S A; 2XBV L; 3KQC L; 3LTF B; 2P16 L; 4M11 A; 1W8B L; 4CUE A; 4PZ5 A; 1F7M A; 5IKV A; 2BOU A; 3TK6 B; 4JZE L; 1L5G B; 1F7E A; 3N8Y B; 1EBV A; 3HS7 A; 1IVO C; 2A55 A; 5KIR A; 3CA7 A; 3CS7 L; 1APO A; 2VWM K; 3OXU D; 1IGZ A; 3N8Y A; 4AYE A; 1DDX A; 4NA9 L; 3ZD2 A; 3ASI A; 3RJ3 D; 2KMS A; 2W80 A; 4X8V L; 1ZJK A; 1KIG L; 4Y71 B; 2P94 L; 3TK5 B; 2M74 A; 3TH3 L; 1FSB A; 4RRY A; 2VH0 B; 2K2S B; 2W2N E; 4RS0 A; 4LOS A; 2WPI E; 3IX0 A; 1H2Q P; 1Q4G A; 4F4O C; 5EGM B; 1WHE A; 5F1A A; 3TZI A; 1HT5 A; 3HO3 A; 3HS6 A; 1L3Y A; 4M10 A; 1MQ6 L; 2VVU L; 3M7P A; 4AYI A; 1QFK L; 1H03 P; 2G00 L; 5JBB E; 3N8W B; 2Y5H L; 2BZM A; 4X8T L; 2ADX A; 3SOB B; 3ERB A; 2XWB F; 1FAK L; 1LPG A; 5L2Z L; 1ATA A; 2AYL A; 3FCS B; 1O9A A; 4AQT A; 2JRA A; 2Y5G L; 3EJH A; 1NT0 A; 5IKQ A; 3NT1 A; 2B7D L; 4YT7 L; 2OYU P; 3SOV A; 2UWP B; 2Y82 B; 3ENS A; 3MDL A; 1HRF A; 1HFI A; 2RKZ A; 3KL6 B; 1TOZ A; 3ZD1 A; 4ONT D; 2W2M E; 2FZZ L; 2BQ7 A; 4Z0K B; 4BXW A; 3OLT A; 1APQ A; 4MMZ B; 1A3P A; 3OP8 A; 2JKH L; 4ZHA B; 3GIS X; 4RRX A; 1ZAQ A; 4JYV L; 5JB9 E; 4DJZ A; 4X8U L; 2VJ3 A; 1IQF L; 3LAQ A; 1IQE L; 1C5M F; 4OTJ A; 2WPH E; 5JB8 E; 4JYU L; 4ZH1 D; 1F0R B; 1CQE A; 4BTI A; 1IQG L; 1FE2 A; 5JW1 A; 1M1X B; 3R62 A; 2TGF A; 4Y7B B; 4LOT A; 1WHF A; 2XBX L; 4Y6D B; 1PFX L; 2OYE P; 1OK9 A; 4C16 A; 1HZ8 A; 3K9X A; 2J94 B; 3KK6 A; 1UZQ A; 5I46 L; 3KQB L; 2WPK E; 2CG7 A; 2YGP A; 2WYJ B; 3LN1 A; 3TBD A; 1NQL B; 2W86 A; 1EMO A; 5FO8 C; 3TGF A; 2RLQ A; 1VVD A; 3GOV A; 1EPI A; 4LMF A; 4COX A; 4Z6A L; 4AYD A; 2XC5 L; 4AYM A; 1CEJ A; 3F6U L; 3CFW A; 1G1R A; 2KV4 A; 3SW0 X; 4J38 B; 1UOT P; 4OTY A; 4JHS A; 4YNX A; 1EQG A; 1Z6E L; 1XFE A; 5L2Y L; 1COU A; 1HAE A; 3GCX E; 3MQL A; 2MGR A; 2FLB L; 2W3K B; 1B9W A; 2FLG A; 4A5W B; 2P95 L; 2J38 B; 5K0H B; 1G1S A; 1IQM L; 2XRB A; 1MQ5 L; 4D90 A; 2Y80 B; 3C9A C; 2RHP A; 1GPZ A; 1E88 A; 3KCG L; 3M36 L; 2CKU A; 2P3F N; 1CKL A; 1GKG A; 1G4F A; 4ISI L; 4Y7A B; 2FLR L; 1Z92 B; 3OED C; 2IZ3 A; 4Y76 B; 3IU3 I; 3TVJ A; 3FFG L; 3QCW A; 2UWN A; 1FFM A; 1YUG A; 2BQ6 A; 1XKA L; 4YT6 L; 4BTT A; 3BT1 A; 1I0U A; 2YBY A; 3CEN L; 1QGB A; 2KB9 A; 4D0F A; 3GXE A; 1G2L B; 2NPR A; 2J4I B; 2JGW A; 1EQH A; 2WII C; 5FDQ A; 1OK3 A; 1IJQ A; 1N1I A; 2J95 B; 2XQW C; 1CX2 A; 1XKB A; 3N8W A; 4K12 A; 3ZRZ A; 5COX A; 4BTU A; 5CKN A; 1URK A; 4Y79 B; 1F0S B; 1YGC L; 4MMX B; 1AUT L; 3V65 B; 1GK5 A; 2MCY A; 1JBU L; 4MMY B; 5CKM A; 1KLO A; 1OB1 C; 2ERJ A; 2BZ6 L; 4BDX A; 2W26 B; 4ISH L; 1TLE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EGF A; 4E1G A; 1DVA L; 3MQE A; 1DQB A; 5JPM G; 4RRW A; 3V64 C; 1EPJ A; 2XC0 L; 1PGE A; 3ZYI B; 3IIT B; 2XC4 L; 1HAF A; 1ATE A; 4X8S L; 2GD4 A; 2P3T A; 1HJ7 A; 1V1H A; 1E8B A; 3N8V A; 5L30 L; 3KQE L; 2J34 B; 1IP0 A; 4NG9 L; 5F19 A; 2BOX A; 2LOJ A; 2Y8R A; 1ATD A; 1QUB A; 1IQN L; 2J2U B; 3P5B L; 1GKN A; 4JZF L; 3CAL A; 3FBY A; 1NFU B; 1IQJ L; 1ELV A; 1LY2 A; 4XBM A; 3LN0 A; 5IKT A; 5HYT B; 2B5I D; 4FM5 A; 2HOX A; 2MCZ A; 2EI8 B; 1BF9 A; 1IQK L; 3L89 M; 1EAI C; 3KZJ A; 1DIY A; 3N8X A; 1EZQ B; 2KRI A; 4RRZ A; 1KLI L; 1ATB A; 4YZU B; 2RKY A; 2P26 A; 4XLW A; 1PTH A; 2WG3 C; 1KLJ L; 1FJS L; 3M37 L; 1MOX C; 1Z6C A; 1OJV A; 1HCC A; 2EI7 B; 1IQH L; 3HS5 A; 3LTG D; 4PH9 A; 1C1Z A; 4MUC A; 2RLP A; 1XDT R; 1UZK A; 1P0S L; 3NFP I; 2BMG A; 2W2Q E; 4CUD A; 1SZB A; 2P3U A; 2Y8S A; 4IGD A; 1RFN B; 4ZXY L; 3N8Z A; 2BOH A; 3LC5 B; 4TGF A; 1OJY A; 5HYP A; 2PHB B; 1V3X B; 2W3I B; 1OK2 A; 2BOK L; 1J9C L; 1UZJ A; 1H2P P; 1E5G A; 3KRK A; 4FXG G; 2EC3 A; 3KQD L; 2WFT A; 1LMJ A; 2KL7 A; 3CI0 J; 3T5O A; 1IGX A; 2IZ4 A; 1SRZ A; 2D1J B; 1OK1 A; 1MD7 A; 4ZAE B; 4XL1 A; 4G1M B; 2PR3 B; 1SS2 A; 3O8E B; 6COX A; 2JGX A; 5JBC E; 2K2T A; 2RNL A; 4RUT A; 3BPS E; 3ZYJ B; 4GU4 A; 4ZXX L; 1HRE A; 2CG6 A; 2VWN L; 3SOQ A; 3LIW B; 1NFY B; 1HT8 A; 4Z0L A; 3WSY A; 1CCF A; 5JVZ A; 2WFX B; 2WYG B; 3OLU A; 1EMN A; 2KNI A; 1FAX L; 5JBA E; 1OJW A; 1QO6 A; 1WU1 B; 4A94 C; 2VRS A; 3ZLE A; 1K37 A; 3HO4 A; 2WPL E; 3POY A; 1JL9 A; 3DEM A; 3QMO A; 3INB C; 1LQD A; 1LPZ A; 2ZYC A; 2VWL L; 2WPM E; 3GCW E; 4BDW A; 2EHF A; 2WG4 B; 3NTG A; 1N7D A; 1P9J A; 2VVV L; 3ZYG A; 1VVC A; 2Q1J B; 2YGO A; 1U67 A; 5HYU B; 2XBY L; 2FD6 A; 2RA0 L; 2Y5F L; 3IJE B; 1G2M B; 1CVU A; 2VVC K; 4ZH8 B; 3U7U G; 2YRA A; 1IQL L; 1ADX A; 2BSF A; 4BXS A; 1PRH A; 2CJI B; 1IOE L; 1KKE A; 2MHP A; 5HZP B; 2H9E L; 1EGF A; 3RR3 A; 2Y38 A; 1UZP A; 1PPQ A; 3H5C B; 2V8E A; 2W2O E; 1V1I A; 4APL A; 1G1Q A; 3HO5 A; 2QY0 A; 1NZI A; 4CSY A; 1YUF A; 1W7X L; 3BT2 A; 1TPM A; 1EPG A; 2W81 A; 4BWC A; 1LPK A; 2F9B L; 1Q3X A; 1PXX A; 1TPG A; 4A7I A; 2G7I A; 2I9A A; 2XWJ I; 3NTB A; 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