The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
94
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structure length |
87
|
Chain Sequence |
SCYFIPNEGKCMDLKGNKHPINSEWQTDNCETCTCYETEISCCTLVSTPVGYDKDNCQRIFKKEDCKYIVVEKKDPKKTCSVSEWII
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of prostate secretory protein PSP94 shows an edge-to-edge association of two monomers to form a homodimer
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Antitumor protein, apoptosis
|
| molecule keywords |
Beta-microseminoprotein
|
| total genus |
13
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
94
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-09-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05825 | PSP94 | Beta-microseminoprotein (PSP-94) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Ribbon | Complement Module; domain 1 | Complement Module, domain 1 | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2KMS A; 1CKL A; 1SRZ A; 2BZM A; 3T5O A; 3GOV A; 2RL0 A; 3IU3 I; 4K12 A; 5HYP A; 1OJW A; 3R62 A; 4DJZ A; 1E88 A; 1ELV A; 1LY2 A; 4C16 A; 5HZP B; 4LOT A; 2RLQ A; 4LOS A; 1E8B A; 1O9A A; 5JPM G; 1MD7 A; 1MD8 A; 1H04 P; 1C1Z A; 1OK9 A; 3KZJ A; 3CAL A; 3EJH A; 2YRA A; 4B2R A; 1HFH A; 1VVC A; 2V8E A; 1OK1 A; 2MCY A; 1SS2 A; 2ERJ A; 2JGX A; 2YBY A; 3M7P A; 2JGW A; 4CSY A; 2RLP A; 2QY0 A; 1H2Q P; 1Z92 B; 1GPZ A; 4AYD A; 2O39 C; 2W81 A; 1TPN A; 1TPG A; 1VVD A; 4PZ5 A; 1QUB A; 4MUC A; 3SW0 X; 1GKG A; 2IZ3 A; 2CKU A; 2XRB A; 1TPM A; 4ZH1 D; 2UWN A; 2LOJ A; 2IZ4 A; 1QGB A; 1GKN A; 3L89 M; 4J38 B; 1QO6 A; 4WJG 2; 3MQL A; 1NWV A; 1H03 P; 2G7I A; 1U5M A; 1HFI A; 2RKZ A; 2A55 A; 4AYM A; 1UOT P; 3ZD2 A; 4ONT D; 2JRA A; 4F4O C; 3GXE A; 2XWB F; 5I0Q B; 4JHS A; 2MCZ A; 2WII C; 2CG7 A; 4B2S A; 1FBR A; 3OXU D; 2W80 A; 4KKD A; 3ZRZ A; 3RJ3 D; 3ERB A; 5HYT B; 3IX0 A; 2B5I D; 2XRD A; 1Q3X A; 1G4F A; 3KXV A; 1OJY A; 2EC3 A; 1GHQ B; 3TVJ A; 1E5G A; 3OP8 A; 4FXG G; 2CG6 A; 4IGD A; 1PPQ A; 3NFP I; 4AYI A; 1OJV A; 2XQW C; 4A5W B; 1OK2 A; 5FO8 C; 1G4G A; 2KRI A; 4AYE A; 1H2P P; 3O8E B; 3ZD1 A; 4YNX A; 2XWJ I; 1HCC A; 3INB C; 2EHF A; 5HYU B; 3OED C; 1ZJK A; 1OK3 A; 2RKY A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SRZ A; 4A3D I; 1KD1 1; 1RQF A; 2IV2 X; 2QR1 B; 1M90 1; 5HYP A; 2V3V A; 1OJW A; 4NBB A; 3GTP I; 3EER A; 1Q81 1; 1I3Q I; 4DJZ A; 1JJ2 Z; 4RVG A; 1WZN A; 5DN4 A; 1YJN 1; 3RZD I; 2DE6 A; 3CCQ Z; 1VQN 1; 3CMA Z; 2BJO A; 4RVF A; 2V8I A; 3NH5 A; 2H85 A; 3CCR Z; 5AN9 F; 2HU9 A; 3CC2 1; 1K73 1; 3Q87 A; 4B2R A; 3VTN A; 1YJ9 Z; 2VF1 A; 2QA4 1; 3G4S 1; 1K8A 1; 3D9X A; 1SS2 A; 3TDH B; 4BY1 I; 4RS4 A; 5DN5 A; 1H2Q P; 4A3M I; 2Q51 A; 1YJW Z; 2J6A A; 2VPZ A; 4APL A; 3CCE Z; 1TPN A; 2NVY I; 3M4O I; 1VVD A; 4PZ5 A; 4MSL A; 3IF8 A; 2R92 I; 3SW0 X; 1GKG A; 2IZ3 A; 2CKU A; 1SIW A; 4Y52 I; 1YI2 1; 1GKN A; 1QO6 A; 2F4M A; 4HH4 A; 1VQO 1; 3PO2 I; 5FLX b; 1H03 P; 3I07 A; 3CD6 1; 5D1O B; 3D2L A; 4HGY A; 2HF1 A; 1FDO A; 1RLH A; 3I56 1; 1VQ7 1; 2NVQ I; 2OZK A; 2AKL A; 1TWC I; 2AYD A; 1VLA A; 3D6W A; 3KIH A; 4NBC A; 1Q7Y 2; 3GTK I; 3CPW Z; 1YUK A; 3IFU A; 2VPX A; 3I4M I; 5I0Q B; 3MON A; 3M3Y I; 3S14 I; 2QRE B; 2OTL Z; 1VQ8 1; 2WII C; 2VUM I; 3S15 I; 5A2Q f; 1JWH C; 2Y0S A; 3S2H I; 2K3R A; 3OXU D; 4A3E I; 3J81 b; 4KKD A; 3ZRZ A; 1M1K 1; 1KRL A; 3IX0 A; 3S1R I; 2XRD A; 1Q3X A; 2RPR A; 3CCL Z; 3S17 I; 1OJY A; 2EC3 A; 1E5G A; 3NFZ A; 2CG6 A; 4E33 A; 3FGR A; 4MH4 A; 1G4G A; 3I55 Z; 4A3C I; 2KRI A; 1N2F A; 4AYE A; 2RBL A; 2R7Z I; 2PK7 A; 1VQP 1; 3G6E Z; 3INB C; 3J7A 4; 1NP6 A; 2EHF A; 5HYU B; 2GTI A; 2DE7 A; 3CPW Y; 1ZJK A; 3ZLE A; 1OK3 A; 2ZAE B; 2BZM A; 3GOV A; 2O4H A; 3TE5 B; 1TWF I; 3CCQ 1; 3NH8 A; 3CMA 1; 4NBE A; 1S72 Z; 3T4N B; 3RZO I; 3CCR 1; 3GTQ I; 1E88 A; 2V45 A; 1YJ9 1; 4C16 A; 1E8B A; 5D1O A; 1H04 P; 2LFU A; 3HOZ I; 2W04 A; 1OK9 A; 3G71 1; 4X6A I; 3CAL A; 2K5R A; 1YIT 1; 3MZL B; 1VQL Z; 3HOX I; 5IP9 I; 1ML8 A; 2V8E A; 2MCY A; 5IP7 I; 3S2D I; 3CCE 1; 2V8K A; 2JGX A; 2YBY A; 3GTM S; 4S1T A; 2JGW A; 2QKD A; 4A3L I; 2RLP A; 3K3T A; 1TWG I; 4QTU A; 1Y1W I; 3J80 f; 1WW9 A; 3F3F C; 1QVF Z; 1FDI A; 1GPZ A; 2O39 C; 3P5J B; 4BXX I; 3F6K A; 1QYP A; 4PO7 A; 1RO2 A; 1Q82 1; 1KQS Z; 1QUB A; 3MZK B; 1Q16 A; 3CCM Z; 3BG0 B; 3J80 b; 3PO3 I; 2IZ4 A; 1VQ4 Z; 2OOY B; 1P9N A; 4NBF A; 2E2I I; 3WSX A; 2X2Z A; 1U5M A; 1DL6 A; 1YIJ 1; 4E2W A; 2A55 A; 2QEX Z; 3JAM b; 2Y8T A; 2OTL 1; 2JA7 I; 1USP B; 1SFO I; 2QRD B; 3EED A; 4F4O C; 1QF8 A; 4NBG A; 1X0T A; 2G2K A; 4DGL A; 5FLX f; 1KC8 1; 2XWB F; 1QVF Y; 1Z01 A; 2E2H I; 4B2S A; 2QRC B; 1KQS Y; 4DQY B; 1VQK Z; 4EWC A; 3CME Z; 1Q86 1; 1VQ9 Z; 1ZB9 A; 3F3P C; 3VB9 A; 1WII A; 4A3J I; 5IT9 f; 1G4F A; 2JA8 I; 3GTL I; 3FQQ A; 2R93 I; 4E2Z A; 1RO4 A; 3OP8 A; 4FXG G; 2LIY A; 2JIR A; 3G6E 1; 3HKZ A; 1WCM I; 4A3B I; 3CC4 1; 3J81 f; 5FO8 C; 2R6M A; 3S1Q I; 1H2P P; 3CI0 J; 5IT9 b; 4E2Y A; 3ZD1 A; 2DE5 A; 3HOU I; 1HCC A; 2Q4Z A; 2I3C A; 3S1M I; 1VQM Z; 1YJN Z; 2KI7 B; 4N7E A; 4NBH A; 1S72 1; 4E2X A; 1VQ5 Z; 2KMS A; 1Y8C A; 3T5O A; 3S16 I; 2E2J I; 3CCV 1; 1KD1 2; 3R62 A; 2QA4 Z; 3LUS A; 1M90 2; 3FKI I; 5C3E I; 1Q81 2; 3K7A I; 5C44 I; 4LOT A; 2RLQ A; 4LOS A; 1Q82 2; 1QVG Z; 1O9A A; 5JPM G; 1MD7 A; 1MD8 A; 2JUB A; 1ZH1 A; 3KZJ A; 3EJH A; 2Y8R A; 1N8R 1; 1VVC A; 1USP A; 1K73 2; 1YHQ Z; 1OK1 A; 4NBA A; 3M7P A; 4NBD A; 4A3K I; 1YI2 Z; 1K8A 2; 2QY0 A; 2M6N A; 5D1P A; 2GTH A; 1VQO Z; 1W2B Z; 4RVH A; 2JIM A; 2RT9 A; 4AYB A; 3CC7 Z; 3S1N I; 1TPG A; 3H3V J; 3I56 Z; 3PO3 S; 4MUC A; 2XRB A; 4E31 A; 1TPM A; 5CM2 M; 3OW2 Z; 4ZH1 D; 2UWN A; 2LOJ A; 1X3W A; 1VQ6 Z; 2P3Y A; 1QVG Y; 4J38 B; 2QEX 1; 1YJW 1; 4WJG 2; 1TFI A; 2Y8S A; 3MQL A; 2F4O A; 2E9H A; 1Q86 2; 2JNY A; 1HFI A; 2EGT A; 2RKZ A; 3QWU A; 2JS4 A; 2I2L A; 4AYM A; 1UOT P; 4BWC A; 2NVX I; 1VQK 1; 3GXE A; 3CXC Z; 1W2B Y; 1VQ9 1; 2WB1 A; 4JHS A; 4MD8 A; 5T64 A; 4RV9 A; 1I50 I; 2VUG A; 4XX2 A; 2B63 I; 1FBR A; 1X3Z A; 3JAM f; 1VQP Z; 2W80 A; 2JR6 A; 3CCJ Z; 4MRI A; 4E32 A; 1S7M A; 3OW2 Y; 5HYT B; 3H0G I; 2B5I D; 1M1K 2; 3CCU Z; 1I6H I; 3VMI A; 3FGT A; 4NFR A; 1PPQ A; 3NFP I; 4MXU A; 1NJI 1; 1VQM 1; 1K83 I; 4NOZ A; 4A5W B; 1AA6 A; 1OK2 A; 1Y1V I; 1WJ2 A; 2JMO A; 2JIP A; 3IR7 A; 1TWH I; 1VQ5 1; 4YNX A; 4A93 I; 3WSY A; 1R9T I; 3KIF A; 2LEX A; 3OED C; 3CXC Y; 3CCL 1; 3BG1 B; 4MD9 A; 1Z02 A; 1N8R 2; 3GTJ I; 1CKL A; 3HOV I; 3G71 Z; 2QLV B; 2RL0 A; 3IU3 I; 1YIT Z; 4A3I I; 4K12 A; 4TNU A; 3I55 1; 2M48 A; 3CCS Z; 2OTJ Z; 2ZYC A; 1TWA I; 4MD7 A; 3GTM I; 2VPW A; 1ELV A; 1Z03 A; 3GTO I; 3I4N I; 4NB8 A; 2RKY A; 5FLM I; 1LY2 A; 5HZP B; 2JA6 I; 1JJ2 Y; 1RO0 A; 1YHQ 1; 3GCF A; 3VMH A; 3GTG I; 1C1Z A; 1RLY A; 2YRA A; 3FQM A; 1K9M 1; 1VQN Z; 4RVD A; 1HFH A; 3GKQ A; 2VPY A; 3CC7 1; 2ERJ A; 4DK1 A; 4CSY A; 3CC2 Z; 5LL6 f; 3U50 C; 1Z92 B; 4CL1 A; 3G4S Z; 1YUA A; 4AYD A; 2KPI A; 3NH4 A; 2W81 A; 1ZB8 A; 3NDJ A; 1YIJ Z; 1VQ6 1; 3ESW A; 2OOX B; 1VQL 1; 2PM9 A; 4BY7 I; 5T67 A; 1QGB A; 2YAD A; 3L89 M; 2JIO A; 1QXF A; 1NWV A; 2G7I A; 4MON A; 4YIZ A; 3CQZ I; 2GU2 A; 1NUI A; 5A2Q b; 4Y7N I; 3CCM 1; 4E30 A; 3ZLD A; 3ZD2 A; 2JA5 I; 4ONT D; 3CD6 Z; 2JRA A; 1NJI 2; 4A3F I; 4A3G I; 2E7Z A; 5C4J I; 1VQ4 1; 3HOW I; 2NAP A; 1VQ7 Z; 2YU9 I; 4BBS I; 3CCJ 1; 1L1O C; 1KC8 2; 2MCZ A; 3CC4 Z; 2CG7 A; 3CCU 1; 2WAQ A; 2RHB A; 2NVT I; 4BBR I; 3RJ3 D; 5C4X I; 3ERB A; 4NH1 C; 2RIQ A; 3NDI A; 1VQ8 Z; 3HOY I; 3KXV A; 1Y1V S; 4NB9 A; 1GHQ B; 3TVJ A; 1Q7Y 1; 2JIQ A; 4IGD A; 4AYI A; 3NJA A; 3VWO A; 3CCV Z; 2XQW C; 2PMZ A; 2V8J A; 3O8E B; 3CME 1; 5T6B A; 1LQL A; 2XWJ I; 2W03 A; 1PFT A; 2P28 A; 4QTT A; 4HGZ A; 3VMG A; 3CCS 1; 2OTJ 1; 2O53 A; 1RNI A; 1K9M 2; 1OJV A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1SRZ A; 4A3D I; 1KD1 1; 1RQF A; 2QR1 B; 1M90 1; 5HYP A; 4NBB A; 1OJW A; 3GTP I; 3EER A; 1Q81 1; 1I3Q I; 4DJZ A; 1JJ2 Z; 4RVG A; 1YJN 1; 3RZD I; 2DE6 A; 3CCQ Z; 1VQN 1; 3CMA Z; 2BJO A; 4RVF A; 2V8I A; 3NH5 A; 2H85 A; 3CCR Z; 5AN9 F; 2HU9 A; 3CC2 1; 1K73 1; 3Q87 A; 4B2R A; 3VTN A; 1YJ9 Z; 2VF1 A; 2QA4 1; 3G4S 1; 1K8A 1; 3D9X A; 1SS2 A; 3TDH B; 4BY1 I; 4RS4 A; 1H2Q P; 4A3M I; 2Q51 A; 1YJW Z; 2J6A A; 3CCE Z; 1TPN A; 2NVY I; 3M4O I; 1VVD A; 4PZ5 A; 3IF8 A; 2R92 I; 3SW0 X; 1GKG A; 2IZ3 A; 2CKU A; 4Y52 I; 1YI2 1; 1GKN A; 1QO6 A; 2F4M A; 4HH4 A; 1VQO 1; 3PO2 I; 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2JGW A; 2QKD A; 4A3L I; 2RLP A; 1TWG I; 4QTU A; 1Y1W I; 3J80 f; 1WW9 A; 3F3F C; 1QVF Z; 1GPZ A; 2O39 C; 3P5J B; 4BXX I; 1QYP A; 1RO2 A; 1Q82 1; 1KQS Z; 1QUB A; 3MZK B; 3CCM Z; 3BG0 B; 3J80 b; 3PO3 I; 2IZ4 A; 1VQ4 Z; 2OOY B; 1P9N A; 4NBF A; 2E2I I; 1U5M A; 1DL6 A; 1YIJ 1; 4E2W A; 2A55 A; 2QEX Z; 3JAM b; 2OTL 1; 2JA7 I; 1USP B; 1SFO I; 2QRD B; 3EED A; 4F4O C; 1QF8 A; 4NBG A; 1X0T A; 2G2K A; 4DGL A; 5FLX f; 1KC8 1; 2XWB F; 1QVF Y; 1Z01 A; 2E2H I; 4B2S A; 2QRC B; 1KQS Y; 4DQY B; 1VQK Z; 4EWC A; 3CME Z; 1Q86 1; 1VQ9 Z; 1ZB9 A; 3F3P C; 3VB9 A; 1WII A; 4A3J I; 5IT9 f; 1G4F A; 2JA8 I; 3GTL I; 3FQQ A; 2R93 I; 4E2Z A; 1RO4 A; 3OP8 A; 4FXG G; 2LIY A; 3G6E 1; 3HKZ A; 1WCM I; 4A3B I; 3CC4 1; 3J81 f; 5FO8 C; 2R6M A; 3S1Q I; 1H2P P; 5IT9 b; 4E2Y A; 3ZD1 A; 2DE5 A; 3HOU I; 1HCC A; 2Q4Z A; 2I3C A; 3S1M I; 1VQM Z; 1YJN Z; 2KI7 B; 4NBH A; 1S72 1; 4E2X A; 1VQ5 Z; 2KMS A; 3T5O A; 3S16 I; 2E2J I; 3CCV 1; 1KD1 2; 3R62 A; 2QA4 Z; 3LUS A; 1M90 2; 3FKI I; 5C3E I; 1Q81 2; 3K7A I; 5C44 I; 4LOT A; 2RLQ A; 4LOS A; 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