The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
78
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sequence length |
197
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structure length |
197
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Chain Sequence |
APTVVHETIRVPAGQTFDGKGQTYVANPNTLGDGSQAENQKPIFRLEAGASLKNVVIGAPAADGVHCYGDCTITNVIWEDVGEDALTLKSSGTVNISGGAAYKAYDKVFQINAAGTINIRNFRADDIGKLVRQNGGTTYKVVMNVENCNISRVKDAILRTDSSTSTGRIVNTRYSNVPTLFKGFKSGNTTASGNTQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The first structure of pectate lyase belonging to polysaccharide lyase family 3.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PECTATE LYASE
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| molecule tags |
Lyase
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| total genus |
78
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| structure length |
197
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| sequence length |
197
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| ec nomenclature |
ec
4.2.2.2: Pectate lyase. |
| pdb deposition date | 2000-01-31 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4OZY A; 3SUC A; 2O0V A; 1O8K A; 4XLA A; 4XN0 A; 4OJO A; 3VSU A; 1OGM X; 4OJ6 A; 2INV A; 4HWV A; 1OFM A; 4YZQ A; 1O8J A; 1PLU A; 4NK6 A; 4XKW A; 1VBL A; 1CZF A; 5C1C A; 1IDK A; 4XM3 A; 1RU4 A; 3UW0 A; 4XKV A; 3B8Y A; 2EWE A; 1OGO X; 2NST A; 4XR6 A; 1IA5 A; 2NZM A; 4MXN A; 1GQ8 A; 3GRH A; 4NK8 A; 4XOT A; 2Z8G A; 1XG2 A; 2X6W A; 4XNF A; 4YZ0 A; 4XN3 A; 2VBM A; 1WMR A; 2O04 A; 4XOP A; 1O88 A; 4XLE A; 3GQ9 A; 2X85 A; 3ZSC A; 1O8G A; 1O8D A; 3GQA A; 1DBG A; 1RWR A; 3JUR A; 2QX3 A; 4YZA A; 4W8T A; 4OZZ A; 4C2L A; 2NT9 A; 4EW9 A; 2NTB A; 4OJL A; 2PYH A; 3EQO A; 1JTA A; 4XMY A; 1BN8 A; 3VMV A; 2QXZ A; 3VSV A; 3VST A; 1OOC A; 4I84 A; 2NTQ A; 4U49 A; 4Z03 A; 2X6X A; 1QJV A; 1O8L A; 2BSP A; 1DBO A; 1IB4 A; 1O8M A; 2NT6 A; 5AMV A; 1PE9 A; 1KTW A; 4YZX A; 1X0C A; 4XLH A; 3KRG A; 1BHE A; 2INU A; 1KCD A; 4PMH A; 1QCX A; 4YEJ A; 2QY1 A; 4Z05 A; 2X3H A; 1H80 A; 2PEC A; 1K5C A; 2VJI A; 4YEL A; 4XLF A; 1IDJ A; 1HG8 A; 2PYG A; 1O8E A; 1JRG A; 1OFL A; 1O8I A; 2UVF A; 1O8F A; 4W8Q A; 1O8H A; 2VBE A; 4OJP A; 2VBK A; 2O1D A; 2X6Y A; 4U4B A; 4XON A; 3LMW A; 1EE6 A; 1PXZ A; 3GQ7 A; 3FY3 A; 2ODL A; 3T9G A; 2NTP A; 5C1E A; 3EQN A; 3VMW A; 4AVZ A; 4Z06 A; 2O17 A; 3B4N A; 3WWG A; 4MR0 A; 4XL9 A; 4W8S A; 2NSP A; 2VJJ A; 4XOR A; 3ZPP A; 2IQ7 A; 1AIR A; 4XLC A; 2O0W A; 4URR A; 3GQ8 A; 1NHC A; 2UVE A; 4W8R A; 4OJ5 A; 4XQF A; 1RMG A; 3B90 A; 1KCC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OZY A; 3SUC A; 2O0V A; 5JLV C; 1O8K A; 4XLA A; 2J8K A; 2VFN A; 1TYW A; 4XN0 A; 4YC5 A; 4OJO A; 2VFM A; 3VSU A; 1OGM X; 4OJ6 A; 2YUH A; 2INV A; 4OM9 A; 4HWV A; 1OFM A; 4YZQ A; 1O8J A; 1PLU A; 4OPW A; 4NK6 A; 4V02 C; 4XKW A; 1VBL A; 1CZF A; 5C1C A; 1IDK A; 2BM4 A; 2G0Y A; 4XM3 A; 1RU4 A; 3UW0 A; 4XKV A; 3B8Y A; 1K8F A; 2EWE A; 1OGO X; 2NST A; 4XR6 A; 1HF2 A; 1IA5 A; 3LJY A; 2NZM A; 4MXN A; 1GQ8 A; 1TSP A; 3GRH A; 4NK8 A; 4XOT A; 3SZE A; 2QYU A; 1XG2 A; 2X6W A; 1TYX A; 2Z8G A; 4XNF A; 4YZ0 A; 4XN3 A; 4JRA C; 1L1I A; 2VBM A; 1WMR A; 2IOU G; 1OFD A; 2O04 A; 1O88 A; 3N90 A; 4XLE A; 4XOP A; 3GQ9 A; 2X85 A; 3ZSC A; 1O8G A; 1O8D A; 2BM6 A; 3GQA A; 1DBG A; 1RWR A; 3JUR A; 2BM7 A; 2QX3 A; 4YZA A; 4W8T A; 4OZZ A; 4C2L A; 2NT9 A; 1EA0 A; 4EW9 A; 2XTW A; 2NTB A; 4OJL A; 2W7Z A; 2PYH A; 3EQO A; 1QRC A; 1JTA A; 4XMY A; 1BN8 A; 3NB2 A; 3VMV A; 3ML3 A; 2QXZ A; 1KQ5 A; 3VSV A; 3VST A; 1LLW A; 1OOC A; 4I84 A; 1OFE A; 5DNS A; 2NTQ A; 3PSS A; 3BH7 B; 1QQ1 A; 2QZA A; 2XC1 A; 4U49 A; 2X6X A; 2XT4 A; 1QJV A; 4Z03 A; 1O8L A; 2BSP A; 1DBO A; 2VFP A; 1IB4 A; 1O8M A; 2NT6 A; 2BX6 A; 5AMV A; 2VFQ A; 1PE9 A; 1KTW A; 4KH3 A; 1TYU A; 4YZX A; 1X0C A; 4XLH A; 3KRG A; 3SQV A; 1QA2 A; 1BHE A; 2INU A; 3N6Z A; 2F3L A; 1KCD A; 4YFO A; 4PMH A; 1QCX A; 2XTY A; 4YEJ A; 1QA1 A; 2QY1 A; 2B0R A; 4Z05 A; 2X3H A; 1H80 A; 2PEC A; 2O6W A; 1K5C A; 4YEI A; 2VJI A; 4YEL A; 4XLF A; 1IDJ A; 2XTX A; 1HG8 A; 2PYG A; 3AK5 A; 3RIQ A; 4YDT A; 3P4G A; 1LLZ A; 3SY2 A; 1O8E A; 1JRG A; 1OFL A; 1O8I A; 2UVF A; 3JX8 A; 1CLW A; 3SYJ A; 1EZG A; 1O8F A; 3PET A; 4W8Q A; 1O8H A; 1DAB A; 3BH6 B; 1TYV A; 2VBE A; 1K4Z A; 4OJP A; 3TH0 A; 2VBK A; 2O1D A; 2VFO A; 2X6Y A; 3H09 A; 4U4B A; 4XON A; 3LMW A; 4YCQ A; 1EE6 A; 1PXZ A; 3GQ7 A; 3FY3 A; 3PSZ A; 2ODL A; 3T9G A; 1QRB A; 2NTP A; 5C1E A; 3EQN A; 3VMW A; 4AVZ A; 4Z06 A; 2J8I A; 2O17 A; 3B4N A; 2BM5 A; 3DU1 X; 4MR0 A; 3WWG A; 4XL9 A; 4W8S A; 2NSP A; 3LYC A; 2VJJ A; 4XOR A; 3ZPP A; 2IQ7 A; 1WXR A; 1QA3 A; 1AIR A; 1LM1 A; 4XLC A; 2O0W A; 4URR A; 3GQ8 A; 1KCC A; 2UVE A; 2V5I A; 2XT2 A; 1NHC A; 4W8R A; 4OJ5 A; 4XQF A; 1RMG A; 3B90 A; 3NAW A; 5JMC B; #chains in the Genus database with same CATH homology 4OZY A; 3SUC A; 2O0V A; 1O8K A; 4XLA A; 4XN0 A; 4OJO A; 3VSU A; 1OGM X; 4OJ6 A; 2INV A; 4HWV A; 1OFM A; 4YZQ A; 1O8J A; 1PLU A; 4NK6 A; 4XKW A; 1VBL A; 1CZF A; 5C1C A; 1IDK A; 4XM3 A; 1RU4 A; 3UW0 A; 4XKV A; 3B8Y A; 2EWE A; 1OGO X; 2NST A; 4XR6 A; 1IA5 A; 2NZM A; 4MXN A; 1GQ8 A; 3GRH A; 4NK8 A; 4XOT A; 2Z8G A; 1XG2 A; 2X6W A; 4XNF A; 4YZ0 A; 4XN3 A; 2VBM A; 1WMR A; 2O04 A; 4XOP A; 1O88 A; 4XLE A; 3GQ9 A; 2X85 A; 3ZSC A; 1O8G A; 1O8D A; 3GQA A; 1DBG A; 1RWR A; 3JUR A; 2QX3 A; 4YZA A; 4W8T A; 4OZZ A; 4C2L A; 2NT9 A; 4EW9 A; 2NTB A; 4OJL A; 2PYH A; 3EQO A; 1JTA A; 4XMY A; 1BN8 A; 3VMV A; 2QXZ A; 3VSV A; 3VST A; 1OOC A; 4I84 A; 2NTQ A; 4U49 A; 4Z03 A; 2X6X A; 1QJV A; 1O8L A; 2BSP A; 1DBO A; 1IB4 A; 1O8M A; 2NT6 A; 5AMV A; 1PE9 A; 1KTW A; 4YZX A; 1X0C A; 4XLH A; 3KRG A; 1BHE A; 2INU A; 1KCD A; 4PMH A; 1QCX A; 4YEJ A; 2QY1 A; 4Z05 A; 2X3H A; 1H80 A; 2PEC A; 1K5C A; 2VJI A; 4YEL A; 4XLF A; 1IDJ A; 1HG8 A; 2PYG A; 1O8E A; 1JRG A; 1OFL A; 1O8I A; 2UVF A; 1O8F A; 4W8Q A; 1O8H A; 2VBE A; 4OJP A; 2VBK A; 2O1D A; 2X6Y A; 4U4B A; 4XON A; 3LMW A; 1EE6 A; 1PXZ A; 3GQ7 A; 3FY3 A; 2ODL A; 3T9G A; 2NTP A; 5C1E A; 3EQN A; 3VMW A; 4AVZ A; 4Z06 A; 2O17 A; 3B4N A; 3WWG A; 4MR0 A; 4XL9 A; 4W8S A; 2NSP A; 2VJJ A; 4XOR A; 3ZPP A; 2IQ7 A; 1AIR A; 4XLC A; 2O0W A; 4URR A; 3GQ8 A; 1NHC A; 2UVE A; 4W8R A; 4OJ5 A; 4XQF A; 1RMG A; 3B90 A; 1KCC A;
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