The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
247
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sequence length |
605
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structure length |
605
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Chain Sequence |
HHFADLVIQVIDELKQFGVSVKTYGAKGDGVTDDIRAFEKAIESGFPVYVPYGTFMVSRGIKLPSNTVLTGAGKRNAVIRFMDSVGRGESLMYNENVTTGNENIFLSSFTLDGNNKRLGQGISGIGGSRESNLSIRACHNVYIRDIEAVDCTLHGIDITCGGLDYPYLGDGTTAPNPSENIWIENCEATGFGDDGITTHHSQYINILNCYSHDPRLTANCNGFEIDDGSRHVVLSNNRSKGCYGGIEIKAHGDAPAAYNISINGHMSVEDVRSYNFRHIGHHAATAPQSVSAKNIVASNLVSIRPNNKRGFQDNATPRVLAVSAYYGVVINGLTGYTDDPNLLTETVVSVQFRARNCSLNGVVLTGFSNSENGIYVIGGSRGGDAVNISNVTLNNSGRYGVSIGSGIENVSITNISGIGDGINSPVALVSTINSNPEISGLSSIGYPTVARVAGTDYNDGLTLFNGAFRASTTSSGKIHSEGFIMGSTSGCEASVSKSGVLTSSSSKTSSERSLIAGSSTSEAKGTYNTILGSLGAVADEQFAALISASQSRASGNHNLILSSYGINTTGSYKVNGGFEKINWELDSLNGRIKARDTVTGGNTWS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystallographic insights into the autocatalytic assembly mechanism of a bacteriophage tail spike.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Viral protein
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| source organism |
Bacillus phage phi29
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| molecule keywords |
Preneck appendage protein
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| total genus |
247
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| structure length |
605
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| sequence length |
605
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-03-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF12708 | Pectate_lyase_3 | Pectate lyase superfamily protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 3 Solenoid | UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 | Insect antifreeze protein | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XOR A; 1L0S A; 4YEL A; 4XLH A; 1O8D A; 1RMG A; 2NT6 A; 4XN3 A; 1IB4 A; 4XM3 A; 1OFL A; 3VSU A; 3GRH A; 3WWG A; 2QX3 A; 4XQF A; 2PYG A; 4OJL A; 1JTA A; 4XOT A; 3GQ7 A; 4XL9 A; 1KTW A; 2O0V A; 1O8H A; 2NST A; 1O8K A; 4OJ5 A; 4MR0 A; 1DBO A; 4URR A; 3VMV A; 1X0C A; 4W8Q A; 2NT9 A; 4AVZ A; 4OJP A; 3VMW A; 1OGM X; 1O8J A; 3B90 A; 1GQ8 A; 2VJJ A; 1O8F A; 4XLE A; 4W8R A; 2X6X A; 2QY1 A; 1PE9 A; 1RU4 A; 2QXZ A; 2X85 A; 1KCD A; 4W8S A; 2NTQ A; 4XKV A; 1RWR A; 4OZZ A; 4YZX A; 4Z05 A; 2PYH A; 1QCX A; 1XG2 A; 4YZ0 A; 1O8L A; 4Z03 A; 2BSP A; 3VSV A; 1M8N A; 2O04 A; 4XKW A; 1H80 A; 2PEC A; 3JUR A; 2O1D A; 1BN8 A; 4W8T A; 1EE6 A; 4U49 A; 2IQ7 A; 4XON A; 2ODL A; 4OJ6 A; 2UVF A; 1O8E A; 1PLU A; 4YZQ A; 4YEJ A; 4Z06 A; 3LMW A; 2NSP A; 4U4B A; 1O8I A; 3B8Y A; 4NK8 A; 1HG8 A; 1KCC A; 2X3H A; 1N4I A; 4XN0 A; 3EQN A; 2O0W A; 4YZA A; 1O8G A; 1K5C A; 4XMY A; 3ZSC A; 1AIR A; 4XR6 A; 1Z2F A; 1OOC A; 2VBE A; 3B4N A; 4XOP A; 2INU A; 1BHE A; 4XLA A; 3GQA A; 3FY3 A; 3EQO A; 1OGO X; 3SUC A; 4HWV A; 2X6Y A; 1EWW A; 3UW0 A; 4OJO A; 2VBK A; 4XLF A; 1IDK A; 4OZY A; 2NTP A; 3GQ8 A; 4XLC A; 5C1E A; 4C2L A; 1IA5 A; 2O17 A; 5AMV A; 1VBL A; 2Z8G A; 1O8M A; 5C1C A; 4NK6 A; 1WMR A; 2VBM A; 3GQ9 A; 4EW9 A; 2X6W A; 4MXN A; 1JRG A; 1O88 A; 2UVE A; 4PMH A; 1QJV A; 3VST A; 1PXZ A; 1IDJ A; 2EWE A; 3KRG A; 2VJI A; 4XNF A; 1DBG A; 2INV A; 4I84 A; 1NHC A; 2NTB A; 3T9G A; 3ZPP A; 1CZF A; 2NZM A; 1OFM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3OW5 A; 1SSM A; 1KQ5 A; 3PET A; 2I5K A; 4YEL A; 5DG3 A; 2G0Y A; 3MQG A; 3P4G A; 4YC5 A; 4KH3 A; 1IB4 A; 4EGG A; 3VBK A; 2BM4 A; 1K4Z A; 1G97 A; 3FS8 A; 3TDT A; 3BFP A; 4XQF A; 4HCQ A; 5F42 A; 2XTY A; 1KTW A; 2XT4 A; 4E75 A; 1O8H A; 1O8K A; 3DU1 X; 3I3A A; 4MR0 A; 2BX6 A; 1DBO A; 4URR A; 3VMV A; 4W8Q A; 4DCL A; 1O8J A; 4E6U A; 1GQ8 A; 1O8F A; 2X6X A; 4W8S A; 4XKV A; 4YFO A; 2IU8 A; 4E6T A; 3NAW A; 3SY2 A; 4KNR A; 1O8L A; 1TYV A; 2QKX A; 3FSC A; 2WLF A; 3PSS A; 1MRL A; 4XKW A; 4IHH A; 4M2A A; 1KGQ A; 2V0J A; 3BSW A; 1LXA A; 4M2B A; 4U49 A; 5JMC B; 1KK6 A; 4R37 A; 3R1W A; 4AC3 A; 4XON A; 2ICY A; 2GGQ A; 4G87 A; 3JX8 A; 3B8Y A; 2GGO A; 1HG8 A; 4N6B A; 3V4E A; 3EQN A; 2O0W A; 1K5C A; 3ZSC A; 4JRA C; 3TV0 A; 1Z2F A; 3B4N A; 4MYO A; 4J09 A; 4OM9 A; 3SQV A; 1QRM A; 1T3D A; 4FCE A; 1OGO X; 4HUR A; 2BM7 A; 3GUE A; 3KWE A; 3PMO A; 2VBK A; 1IDK A; 5JLV C; 4C2L A; 1IA5 A; 1KGT A; 5AMV A; 2Z8G A; 4NK6 A; 3BH7 B; 4MFG A; 3BXY A; 1QA3 A; 4EW9 A; 4HZC A; 4MXN A; 4IHG A; 2UVE A; 4PMH A; 3FSX A; 1QJV A; 3PSZ A; 3FOQ A; 1LLW A; 1HM9 A; 1DBG A; 2INV A; 4I84 A; 3T57 A; 3D98 A; 3BH6 B; 1QRE A; 3ZPP A; 3MQH A; 1QQ1 A; 3IXC A; 3OH4 A; 2B0R A; 1HV9 A; 5DNS A; 2XAT A; 4V02 C; 2NT6 A; 4XN3 A; 5AFU V; 3WWG A; 2QX3 A; 2P2O A; 2AQ9 A; 1JTA A; 1OFD A; 3GQ7 A; 4XL9 A; 4KPX A; 1TYW A; 4J18 A; 5ADX V; 3GVD A; 4R36 A; 3BRK X; 3CJ8 A; 3R8Y A; 3R5C A; 3TK8 A; 3DJ4 A; 3OH3 A; 4OJP A; 3VMW A; 2VJJ A; 4W8R A; 1PE9 A; 1RU4 A; 3SYJ A; 1XAT A; 4M99 A; 3GOS A; 1XG2 A; 1KRR A; 1QRF A; 1EZG A; 2BSP A; 3VSV A; 1QRG A; 1H80 A; 2XT2 A; 2FKO A; 2O1D A; 4IHF A; 2W7Z A; 3P47 A; 4M9C A; 2VFN A; 5ADX U; 3VBP A; 4EA7 A; 2YUH A; 3OTZ A; 2O6W A; 2ODL A; 4OJ6 A; 2VFQ A; 4YZQ A; 1V67 A; 3BSY A; 2NSP A; 2RIJ A; 5E3R A; 4NK8 A; 2W0W A; 2X3H A; 1N4I A; 2WLD A; 4KPZ A; 4XN0 A; 3SZE A; 1TDT A; 2BM5 A; 3OGZ A; 4XMY A; 4XR6 A; 1OOC A; 1YP3 A; 2INU A; 1BHE A; 3FSY A; 4EA9 A; 4KNX A; 3EQO A; 3OH2 A; 1SST A; 1Z90 A; 4N69 A; 1EWW A; 3EEV A; 1SSQ A; 5C1E A; 3P1B A; 1O8M A; 3TIO A; 2V0I A; 1WMR A; 3TIS A; 1JRG A; 1O88 A; 4G3Q A; 4YCQ A; 3OH0 A; 1IDJ A; 1PXZ A; 2EWE A; 1DAB A; 3NZ2 A; 1G95 A; 1YP2 A; 2OI5 A; 3EG4 A; 3Q1X A; 1V3W A; 2NTB A; 2OEF A; 3R3I A; 4XOR A; 1EA0 A; 4KQL A; 3NB2 A; 1O8D A; 1RMG A; 3OU9 A; 3R5A A; 5L6V A; 1OFL A; 2XTX A; 3JQY A; 4EAA A; 3GRH A; 3TH0 A; 2PYG A; 4OJL A; 2V5I A; 4XOT A; 1TYX A; 1QQ0 A; 4ISX A; 3TWD A; 2O0V A; 3R5D A; 4OJ5 A; 3OUP A; 3KWC A; 4HZD A; 1X0C A; 3AK5 A; 4AVZ A; 2XC1 A; 1OFE A; 3B90 A; 2JF2 A; 2QY1 A; 2QIV X; 1QA2 A; 2QZA A; 2J8K A; 1QRL A; 3ML3 A; 4YZX A; 1XHD A; 4YZ0 A; 3VNP A; 3LYC A; 4HUS A; 1QRC A; 2W0V A; 2VFP A; 2PEC A; 3JUR A; 2IOU G; 1BN8 A; 1KRV A; 4W8T A; 2IU9 A; 1EE6 A; 2QYU A; 4R7P A; 3BSS A; 2V0L A; 4K6R A; 2UVF A; 1O8E A; 1PLU A; 4YEJ A; 4Z06 A; 4E79 A; 3LMW A; 3ST8 A; 3C8V A; 5DEP A; 2OEG A; 4M28 A; 1KHR A; 5AFU U; 3HSQ A; 3EH0 A; 1S80 A; 3FWW A; 2VFM A; 3SRT A; 3N90 A; 1KRU A; 3H09 A; 2F3L A; 3LJY A; 2V0K A; 3VBI A; 1KK4 A; 4HWV A; 1J2Z A; 2X6Y A; 3UW0 A; 4OJO A; 4EAB A; 4OZY A; 3DHO A; 3GQ8 A; 4XLC A; 3VBN A; 1THJ A; 3FTT A; 1VBL A; 1FWY A; 1QRB A; 2VBM A; 3GQ9 A; 2X6W A; 1QA1 A; 3VBJ A; 1MR7 A; 1MR9 A; 3SPT A; 3VST A; 2OI6 A; 1NHC A; 4MZU A; 1CZF A; 2NZM A; 2WLC A; 3VBM A; 1L0S A; 2WLE A; 4N6A A; 3DK5 A; 4XLH A; 1TYU A; 4XM3 A; 1L1I A; 4M98 A; 3VSU A; 2J8I A; 1HM8 A; 4OPW A; 2IUA A; 3OTM A; 3ECT A; 1LLZ A; 3FSB A; 2NST A; 4H7O A; 2Q4J A; 2NT9 A; 2QIA A; 1OGM X; 3D8V A; 2TDT A; 4XLE A; 2QXZ A; 2X85 A; 2IC7 A; 1KCD A; 2NTQ A; 1RWR A; 4OZZ A; 4Z05 A; 2VHE A; 2PYH A; 1K8F A; 1QCX A; 4Z03 A; 2WLG A; 2BM6 A; 1M8N A; 3KWD A; 2O04 A; 4YDT A; 4G3P A; 4EA8 A; 1KK5 A; 3R3R A; 2IQ7 A; 5U2K A; 1YP4 A; 2VD4 A; 3IGJ A; 3OH1 A; 1WXR A; 4U4B A; 1O8I A; 1OCX A; 4G3S A; 1KCC A; 4E1K A; 1HF2 A; 4YZA A; 1HM0 A; 1O8G A; 2VFO A; 1AIR A; 1KQA A; 1LM1 A; 2VBE A; 4XOP A; 2V0H A; 2ICX A; 4XLA A; 3GQA A; 3R0S A; 3R5B A; 3I3X A; 4N27 A; 3FY3 A; 3SUC A; 5L6S A; 3VBL A; 4XLF A; 1TSP A; 2NTP A; 2OI7 A; 3RIQ A; 2O17 A; 5C1C A; 5E3P A; 4AA7 A; 4AAW A; 2JF3 A; 1FXJ A; 4YEI A; 3MC4 A; 5DEM A; 1CLW A; 3N6Z A; 3KRG A; 4XNF A; 2VJI A; 2NPO A; 3F1X A; 4EQY A; 3HJJ A; 2XTW A; 3T9G A; 3R2W A; 5E3Q A; 1OFM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4XOR A; 1L0S A; 4YEL A; 4XLH A; 1O8D A; 1RMG A; 2NT6 A; 4XN3 A; 1IB4 A; 4XM3 A; 1L1I A; 1OFL A; 3VSU A; 3GRH A; 3WWG A; 2QX3 A; 4XQF A; 2PYG A; 4OJL A; 1JTA A; 4XOT A; 3GQ7 A; 4XL9 A; 1KTW A; 2O0V A; 1O8H A; 2NST A; 1O8K A; 4OJ5 A; 4MR0 A; 1DBO A; 4URR A; 3VMV A; 1X0C A; 4W8Q A; 2NT9 A; 4AVZ A; 4OJP A; 3VMW A; 1OGM X; 1O8J A; 3B90 A; 1GQ8 A; 2VJJ A; 1O8F A; 4XLE A; 4W8R A; 2X6X A; 2QY1 A; 1PE9 A; 1RU4 A; 2QXZ A; 2X85 A; 1KCD A; 4W8S A; 2NTQ A; 4XKV A; 1RWR A; 4OZZ A; 4YZX A; 4Z05 A; 2PYH A; 1QCX A; 1XG2 A; 4YZ0 A; 1O8L A; 4Z03 A; 1EZG A; 2BSP A; 3VSV A; 1M8N A; 2O04 A; 4XKW A; 1H80 A; 2PEC A; 3JUR A; 2O1D A; 1BN8 A; 4W8T A; 1EE6 A; 4U49 A; 2IQ7 A; 4XON A; 2ODL A; 4OJ6 A; 2UVF A; 1O8E A; 1PLU A; 4YZQ A; 4YEJ A; 4Z06 A; 3LMW A; 2NSP A; 4U4B A; 1O8I A; 3B8Y A; 4NK8 A; 1HG8 A; 1KCC A; 2X3H A; 1N4I A; 4XN0 A; 3EQN A; 2O0W A; 4YZA A; 1O8G A; 1K5C A; 4XMY A; 3ZSC A; 1AIR A; 4XR6 A; 1Z2F A; 1OOC A; 2VBE A; 3B4N A; 4XOP A; 2INU A; 1BHE A; 4XLA A; 3GQA A; 3FY3 A; 3EQO A; 1OGO X; 3SUC A; 4HWV A; 2X6Y A; 1EWW A; 3UW0 A; 4OJO A; 2VBK A; 4XLF A; 1IDK A; 4OZY A; 2NTP A; 3GQ8 A; 4XLC A; 5C1E A; 4C2L A; 1IA5 A; 2O17 A; 5AMV A; 1VBL A; 2Z8G A; 1O8M A; 5C1C A; 4NK6 A; 1WMR A; 2VBM A; 3GQ9 A; 4EW9 A; 2X6W A; 4MXN A; 1JRG A; 1O88 A; 2UVE A; 4PMH A; 1QJV A; 3VST A; 1PXZ A; 1IDJ A; 2EWE A; 3KRG A; 2VJI A; 4XNF A; 1DBG A; 2INV A; 4I84 A; 1NHC A; 2NTB A; 3T9G A; 3ZPP A; 1CZF A; 2NZM A; 1OFM A;
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