The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
158
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structure length |
158
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Chain Sequence |
GAKTEINKDGLTITPANGAGANNANTISVTKDGISAGGQSVKNVVSGLKKFGDANFDPLTSSADNLTKQNDDAYKGLTNLDEKGTDKQTPVVADNTAATVGDLRGLGWVISADKTTGGSTEYHDQVRNANEVKFKSGNGINVSGKTVNGRREITFELA
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for host recognition by the Haemophilus influenzae Hia autotransporter.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hia
|
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| source organism |
Haemophilus influenzae
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| total genus |
27
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| structure length |
158
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| sequence length |
158
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-01-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF15403 | HiaBD2 | HiaBD2_N domain of Trimeric autotransporter adhesin (GIN) |
| A | PF18669 | Trp_ring | Trimeric autotransporter adhesin Trp ring domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Enolase-like; domain 1 | Enolase-like; domain 1 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Trimeric adhesin | Trimeric adhesin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3D9X A; 1S7M A; 3EMI A; 3EMF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G7F A; 3GTO I; 3OPS A; 2QKD A; 1I6H I; 3GKQ A; 2JNY A; 2RPR A; 1KKR A; 2PK7 A; 1PDZ A; 1W6T A; 3CAW A; 3MKC A; 4H4T A; 1I3Q I; 4A3G I; 5FS6 A; 4E5T A; 2VF1 A; 1USP B; 5IT9 f; 3S2H I; 5T64 A; 2POZ A; 3NVV B; 3NDJ A; 1RLY A; 3VTN A; 4NBE A; 1WYG A; 4G8T A; 3CC7 Z; 2NVX I; 3GTK I; 2YAU A; 3HW2 A; 3TE5 B; 3NFU A; 4YWS A; 3CC7 1; 3H3V J; 1N8R 1; 3OTR A; 4KPL A; 4M52 A; 3ZLG A; 3M4O I; 2P28 A; 2BC0 A; 4XX2 A; 4EQX A; 3KIH A; 4HH4 A; 4JN7 A; 1NHP A; 1TWF I; 2K5R A; 3MON A; 3JW7 A; 3BG0 B; 2WPC A; 5JCI A; 3CXB A; 1QVF Z; 3PO3 I; 4E32 A; 1TZZ A; 2GL5 A; 3AMZ A; 3PWG A; 1YJW Z; 2WOI A; 4EWC A; 2GGE A; 3J81 f; 1YJW 1; 3RZO I; 1MRA A; 2XSX A; 1JOA A; 3M3Y I; 3Q4D A; 4K2S A; 3RCY A; 3N4F A; 1NP6 A; 4HGZ A; 3VMG A; 3GD3 A; 3HRD C; 3UCD A; 3NDI A; 1S72 Z; 3A7U A; 1NHR A; 3DK9 A; 2QJN A; 1K73 1; 1ZDL A; 1I50 I; 1S72 1; 1T3Q C; 3CGB A; 3TW9 A; 3ZVH B; 1TWA I; 3SQS A; 2IZ4 A; 1R9T I; 4BY1 I; 4A3L I; 1BKH A; 4DN1 A; 2PMQ A; 4Z1Y A; 3NO1 A; 2BCP A; 3FJ4 A; 4ADW A; 1P9N A; 2X99 A; 2OX4 A; 3G4S Z; 1R6W A; 4DGL A; 2DE5 A; 4A3I I; 3H8A A; 3G4S 1; 3FYY A; 1NHS A; 1LQL A; 4RVF A; 2JA8 I; 3DGB A; 2RAB A; 2GGJ A; 4A3M I; 2V3A A; 3CXO A; 5JCK A; 3VDG A; 3EER A; 1WZN A; 3U9I A; 3GTM I; 5FJO A; 3CCJ Z; 5FS7 A; 3CCJ 1; 3CC4 Z; 4H19 A; 3HOU I; 4LII A; 4S1T A; 1VQ7 Z; 3CC4 1; 3FKI I; 4A3B I; 2V3V A; 1Z02 A; 1VQ7 1; 1ZB9 A; 2AKL A; 3I4N I; 2KPI A; 4J56 A; 4MGG A; 1VLA A; 2HQM A; 3V5F A; 2PS2 A; 3H12 A; 3R0U A; 4RS4 A; 3VCC A; 2G2K A; 3P0W A; 2YAD A; 3R11 A; 2E9H A; 5IDZ A; 4IP4 A; 4J57 A; 2NPX A; 2ZC8 A; 4BBR I; 1KD0 A; 1GES A; 3GTJ I; 1Y1V I; 1NHQ A; 3SSZ A; 3S14 I; 4KT2 A; 1BZL A; 2MUC A; 4H50 A; 5U25 A; 1TKK A; 2R9Z A; 3EUB 3; 1Q1W A; 5A2Q b; 3EMF A; 4E30 A; 1WW9 A; 1OEP A; 1N5W C; 2JIM A; 1RO0 A; 1V59 A; 3CCQ Z; 3H0G I; 4E2Z A; 3CPW Z; 2R7Z I; 1FEA A; 2CFY A; 2OVL A; 3ENL A; 3H4K A; 3PK7 A; 3CCQ 1; 2YVF A; 2JMO A; 2AKM A; 2XH7 A; 1KD1 1; 1E9I A; 1KKO A; 3DG6 A; 4IP5 A; 1ZY8 A; 4A3J I; 2JK6 A; 2HXU A; 2OG9 A; 4NB9 A; 5A2Q f; 4FI4 A; 3CCV Z; 3FCP A; 2PM9 A; 3Q87 A; 1N8R 2; 4ENL A; 4HNC A; 2QLV B; 3CCV 1; 2I5Q A; 4IHC A; 2YVJ A; 3S1N I; 3SN1 A; 2Y0S A; 5C4J I; 1QVG Y; 4EM4 A; 2HU9 A; 1YJN Z; 3FVD A; 3NVW B; 2IV2 X; 1YJN 1; 3HPF A; 3GTG I; 2RDX A; 4DWD A; 4DYE A; 3AM9 A; 4MON A; 1PFT A; 1N2F A; 4NFR A; 4JDR A; 5ER0 A; 2QRC B; 3CME Z; 1K73 2; 2OPJ A; 1Z01 A; 2H85 A; 1SFO I; 3CME 1; 1MDL A; 2DW7 A; 4NEW A; 4MH4 A; 5JCM A; 2PMZ A; 3MZK B; 3JAM f; 1GV4 A; 2QR1 B; 1ZXI C; 3DGZ A; 3UXK A; 1M1K 1; 3NS1 B; 4IL0 A; 2OLA A; 4EMJ A; 2P8C A; 2QJJ A; 2Q4Z A; 2KI7 B; 1JPM A; 1ONE A; 1XPY A; 3OZY A; 2NAP A; 3QLD A; 4EM3 A; 2V8K A; 1ZB8 A; 1X3Z A; 2QEX Z; 2OTL Z; 1GXF A; 3BJS A; 3A7R A; 3QPE A; 3HOX I; 5EU9 A; 2QEX 1; 1VQM Z; 2OTL 1; 4QTU A; 1RM6 B; 3Q6J A; 3THU A; 4DXK A; 3RZD I; 3FQM A; 1W2B Y; 3PO3 S; 1VQM 1; 1NU5 A; 5FJU A; 2O4H A; 3CCS Z; 3CCS 1; 1R0M A; 1N60 C; 2W3S A; 1H6V A; 2OO6 A; 2P8B A; 3TWB A; 3R07 C; 3BG1 B; 4E2X A; 1GER A; 3S1R I; 1X2H A; 1YIJ Z; 3D47 A; 4IT1 A; 4J1O A; 5G5G B; 2PGE A; 2Q51 A; 4EQS A; 3U4F A; 1FO4 A; 3LXD A; 1YIJ 1; 5D1O A; 1YUA A; 5D1O B; 3VB9 A; 1JJ2 Z; 2HNE A; 5JCL A; 2ZAE B; 1M90 1; 4A3C I; 3I07 A; 1MNS A; 2AL2 B; 2AL2 A; 4FDC B; 1VQ4 Z; 4NEV A; 2J6A A; 4EQR A; 4MD9 A; 4HCH A; 2GH5 A; 4NBC A; 1VQ4 1; 4H4V A; 3GCF A; 3LAD A; 5G5H B; 4HCL A; 1EC7 A; 5ENL A; 2EGT A; 3S17 I; 1TYT A; 1F3P A; 4GYP C; 1WUE A; 3N6H A; 2BJO A; 1YHQ Z; 3GTM S; 2OFJ A; 2PA6 A; 1VQ8 Z; 1YHQ 1; 3CD6 Z; 1GRE A; 2AKZ A; 2V3B A; 2X8H A; 5TR3 A; 1KD1 2; 3SQP A; 3R25 A; 1VQ8 1; 3CD6 1; 1NEL A; 5LL6 f; 3V4B A; 4A3F I; 3VMI A; 5C44 I; 1MUC A; 2PP1 A; 3GD6 A; 3T4N B; 3CXC Z; 2E2H I; 2FKP A; 2WOW A; 1TWC I; 4FX9 A; 3RRA A; 5GRT A; 5C3E I; 1LPF A; 3T9P A; 2W0H A; 1ZKQ A; 4H4U A; 3ES8 A; 3MZL B; 3MWC A; 4NH1 C; 1VQZ A; 3J80 b; 3CMA Z; 4GR1 A; 2VPX A; 1GRF A; 3PO2 I; 1Y1V S; 3CMA 1; 2OZK A; 2W3R A; 3NH8 A; 1TWG I; 2J3N A; 2GTI A; 3I55 Z; 2OTJ Z; 2V6O A; 2BC1 A; 5U1O A; 1WII A; 3TWA A; 2RT9 A; 3UXL A; 3DJJ A; 3I55 1; 2OTJ 1; 4TNU A; 3FQQ A; 3S15 I; 3HKZ A; 2FYM A; 2QVH A; 4DHG A; 3NVY B; 3RGT A; 1RVK A; 3EAN A; 3VC5 A; 5AN9 F; 1Q82 1; 2NVQ I; 4QTT A; 4H4Z A; 3IF8 A; 3CCU Z; 2E7Z A; 2GTH A; 2VUM I; 3MZN A; 3CCU 1; 1M1K 2; 2LFU A; 5T6B A; 4GRT A; 3N6J A; 1X3W A; 3IX0 A; 3PFR A; 4GIR A; 4MXU A; 1YEY A; 2O56 A; 3GY1 A; 3IFU A; 3QTP A; 3S16 I; 1MO9 A; 3TTE A; 3QKE A; 3EKG A; 3MQT A; 1VQ5 Z; 5FJP A; 3ESW A; 1OJT A; 2PTX A; 3DDM A; 1VQ5 1; 2QDD A; 1VQ6 Z; 2P3Y A; 3FV9 A; 3V5C A; 2EQ7 A; 1VQ6 1; 4RV9 A; 3ZLF A; 3UJS A; 3P3B A; 1VDV A; 2E2I I; 4MKS A; 1GRB A; 2XH4 A; 3EMI A; 1EBD A; 3GO2 A; 2ONE A; 1QF8 A; 1Q7Y 2; 4HYR A; 2GR2 A; 4JQ9 A; 3AN1 A; 2XH0 A; 3F3P C; 3CQZ I; 5EBK A; 1KC8 2; 1DXL A; 1F8W A; 1M6I A; 2JA6 I; 2OKT A; 2JA7 I; 2CHR A; 3NXL A; 4NBA A; 1M90 2; 3LUS A; 3D46 A; 4KWS A; 4RVH A; 2OOX B; 2QRD B; 3RR1 A; 4AYB A; 2QQ6 A; 2WPF A; 3EAO A; 1V97 A; 5FLX b; 2GGG A; 1WCM I; 2JUB A; 1KQS Y; 3CCR Z; 4BY7 I; 1FFU C; 3H7V A; 3T4W A; 2ZZC A; 3CCR 1; 3NFZ A; 3G6E Z; 5D1P A; 1JEH A; 2RIQ A; 3K7A I; 3KIF A; 2OQH A; 4BXX I; 3G6E 1; 1BWC A; 4A3D I; 1H2I A; 1ZK7 A; 2OZT A; 3DES A; 3GC2 A; 3KUM A; 2IZ3 A; 3OZM A; 3RO6 A; 3VA8 A; 4HGY A; 3H70 A; 2C3D A; 1SJA A; 2RBL A; 2PTW A; 4X2P A; 3VMH A; 2M48 A; 1WJ2 A; 1D7Y A; 1N5X A; 5FJR A; 2B63 I; 4A3K I; 3IC9 A; 3N4E A; 4LA1 A; 3RIT A; 1QXF A; 5BOF A; 3UCC A; 1GRG A; 4ZOH B; 5FMH A; 4IL2 A; 3DGH A; 3EED A; 3GD4 A; 4KEM A; 3CK5 A; 2OZ3 A; 1EBG A; 2W03 A; 1N63 C; 3R10 A; 4ROP A; 1NJI 1; 1K8A 1; 2WP6 A; 2PTY A; 2ZAD A; 3BOX A; 4H4P A; 3UGV A; 4RVG A; 1GRA A; 2V8J A; 4BUR A; 1EC8 A; 2PU0 A; 1STZ A; 4J3Z A; 3PG6 A; 4E2Y A; 2CDU A; 2GDQ A; 3OW2 Y; 3A7A A; 1QVG Z; 3SBF A; 4E31 A; 1KN0 A; 4F4R A; 2WB1 A; 1Q82 2; 3R0K A; 4CL1 A; 1NPX A; 2VPY A; 2EQ9 A; 2PTZ A; 2WP5 A; 4JN8 A; 3GRT A; 2POD A; 7ENL A; 1Q86 1; 1N62 C; 1FDO A; 1RQF A; 3TCS A; 1MDR A; 4TVW A; 2I3C A; 2EQ6 A; 4APN A; 3DEQ A; 1EC9 A; 3HOZ I; 2RHB A; 2K3R A; 4GGH A; 3ZVI A; 2PPG A; 2WAQ A; 4DX3 A; 1Q7Y 1; 4BBS I; 1NUI A; 4BV6 A; 4E4U A; 1IYX A; 1SB3 B; 2V45 A; 1VQL Z; 4MRI A; 1KC8 1; 2DE7 A; 1DTN A; 1FHU A; 2E5A A; 2TPR A; 3STP A; 5JCN A; 1VQL 1; 1RO4 A; 2JR6 A; 2JA5 I; 3CCE Z; 1XAN A; 4NBG A; 1RNI A; 1DNC A; 2P0I A; 3NH5 A; 2QDE A; 3CCE 1; 1NDA A; 3EEZ A; 1GEU A; 1Y8C A; 4E2W A; 2P3Z A; 3T8Q A; 2M6N A; 3UJE A; 3T6C A; 3OP2 A; 2P88 A; 1W2B Z; 3I6T A; 1ZMD A; 2ZZ0 A; 3I56 Z; 4HN8 A; 2AYD A; 3IJL A; 4NOZ A; 1YJ9 Z; 2GR0 A; 3I56 1; 3IJQ A; 1K9M 1; 5KVH A; 2QJM A; 3IR7 A; 1YJ9 1; 5FJT A; 4Z17 A; 3DK8 A; 5IT9 b; 2GRT A; 3JVA A; 5IP9 I; 1QVF Y; 1YQZ A; 3CGE A; 3D2L A; 4K8G A; 3TJ4 A; 4EMW A; 2OOY B; 3J7A 4; 3I4K A; 4M0X A; 1SJC A; 3FXG A; 4TVY A; 5IP7 I; 3I6E A; 2DW6 A; 4DNA A; 1XHC A; 3IJI A; 3HOW I; 1USP A; 2A8X A; 2GGH A; 3DFH A; 3TJI A; 1Z03 A; 3DER A; 2E2J I; 1Q81 1; 1K83 I; 1GRH A; 4YWO A; 3OC4 A; 4MD7 A; 2GQW A; 4HPN A; 2PSN A; 4KPR A; 2PP0 A; 4E33 A; 3VFC A; 4Y52 I; 4E8G A; 2HXT A; 1TWH I; 3J81 b; 3L5O A; 4H1Z A; 1ML8 A; 2QA4 Z; 4M6U A; 4HNL A; 5FLM I; 3J80 f; 4NBF A; 2QA4 1; 1DL6 A; 4H4S A; 3S5S A; 2WBA A; 3DH9 A; 2LIY A; 1FEB A; 1FEC A; 3NZG A; 2WOV A; 4E6M A; 1NJI 2; 1K8A 2; 3S2D I; 3CT2 A; 1SJB A; 5FS8 A; 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