The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
650
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structure length |
639
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Chain Sequence |
SVTCKSGDFSCGGNRCIPQFWRCDGQVDCNGSDEQGCPPKTCSQDEFRCHDGRQFVCDSDRDCLDGSDEASCPVLTCGPASFQCNSSTCIPQLWACDNDPDCEDGSDEWPQRCRGLYVFQGDSSPCSAFEFHCLSGECIHSSWRCDGGPDCKDKSDEENCAVATCRPDEFQCSDGNCIHGSRQCDREYDCKDMSDEVGCVNVTLCEGPNKFKCHSGECITLDKVCNMARDCRDWSDEPIKECGTNECLDNNGGCSHVCNDLKIGYECLCPDGFQLVAQRRCEDIDECQDPDTCSQLCVNLEGGYKCQCEEGFQLDPHTKACKAVGSIAYLFFTNRHERKMTLDRSEYTSLIPNLRNVVALDTEVASNRIYWSDLSQRMICSTQLDRAHGSSYDTVISRDIPDGLAVDWIHSNIYWTDSVLGTVSVADTKGVKRKTLFREQGSKPRAIVVDPVHGFMYWTDWGTPAKIKKGGLNGVDIYSLVTENIQWPNGITLDLLSGRLYWVDSKLHSISSIDVNGGNRKTILEDEKRLAHPFSLAVFEDKVFWTDIINEAIFSANRLTGSDVNLLAENLLSPEDMVLFHQLTQPRGVNWCERTTLSNGGCQYLCLPAPQINPHSPKFTCACPDGMLLARDMRSCLTE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the LDL receptor extracellular domain at endosomal pH
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Low-density lipoprotein receptor
|
| molecule tags |
Lipid transport
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
37
|
| structure length |
639
|
| sequence length |
650
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-11-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00057 | Ldl_recept_a | Low-density lipoprotein receptor domain class A |
| A | PF00058 | Ldl_recept_b | Low-density lipoprotein receptor repeat class B |
| A | PF12662 | cEGF | Complement Clr-like EGF-like |
| A | PF14670 | FXa_inhibition | Coagulation Factor Xa inhibitory site |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | Laminin | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | Laminin | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Laminin | Laminin | ||
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | TolB, C-terminal domain | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Low-density Lipoprotein Receptor | Low-density Lipoprotein Receptor | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Low-density Lipoprotein Receptor | Low-density Lipoprotein Receptor | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Low-density Lipoprotein Receptor | Low-density Lipoprotein Receptor | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Low-density Lipoprotein Receptor | Low-density Lipoprotein Receptor | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Low-density Lipoprotein Receptor | Low-density Lipoprotein Receptor | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Knottins (small inhibitors, toxins, lectins) | EGF-type module |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YUK B; 3S2K A; 2BOH A; 5D9B A; 4C16 A; 2BQ7 A; 4MMX B; 3LAQ A; 4Y71 B; 2WPH E; 1DDX A; 1YUG A; 5GX5 A; 3ZYG A; 1PXX A; 1N7D A; 1Q7F A; 4IMB A; 1DIY A; 4O5T A; 3HLI A; 2VVV L; 3KQE L; 2BOX A; 4XLW A; 3SOV A; 1C5M F; 2WFT A; 4RRY A; 1EPG A; 4OTY A; 2P3T A; 4M11 A; 1CVM A; 1K37 A; 2FP8 A; 2MGP A; 1MQ5 L; 1P0S L; 3LC5 B; 3HO3 A; 3NT1 A; 1CCF A; 3G4E A; 1HCG B; 1WU1 B; 4ZXY L; 1G2M B; 1EGF A; 5CKM A; 1L3Y A; 4YT6 L; 3E5Z A; 4BDW A; 3TC9 A; 1IQK L; 3FFG L; 5E8D A; 3CA7 A; 3OLU A; 2W3I B; 2H9E L; 1DVA L; 3TGF A; 2KV4 A; 3NTG A; 3V1S A; 2J2U B; 6COX A; 4HHO A; 4GN8 A; 3F6U L; 2W2P E; 1NZI A; 5COX A; 1RWL A; 3LI3 A; 3WW9 A; 3S8Z A; 1CRZ A; 3ZYI B; 4G1M B; 5GX2 A; 2ISM A; 1SZB A; 2BZ6 L; 4BXW A; 5GX1 A; 2LGP A; 2MHP A; 2WYG B; 3HS6 A; 2WPK E; 2TGF A; 1MQ6 L; 3LIW B; 2KNX A; 2FP9 A; 3I1C A; 2IAU A; 4JZD L; 5JBA E; 5I46 L; 1IJQ A; 2M96 A; 3PGH A; 1UZP A; 1IGX A; 1GK5 A; 2BOK L; 3NJP C; 2IAR A; 2M0P A; 3FCS B; 1D2J A; 1WHE A; 5L30 L; 1PFX L; 1W8B L; 2WPI E; 1K36 A; 1CR8 A; 4Y7B B; 5EX7 A; 3ENS A; 3P5B L; 2K2S B; 1EMO A; 2XC4 L; 1QBI A; 2IAW A; 1U8C B; 1IOX A; 1NFY B; 3SRG A; 2XC5 L; 2Y38 A; 3FBY A; 4ZAE B; 4YZU B; 4A7I A; 2GHS A; 2VWN L; 2I1P A; 3SOQ A; 1QFK L; 4LOR A; 5F19 A; 3FW0 A; 1IQI L; 1FE2 A; 4Y7A B; 1AUT L; 2VWM K; 1HX2 A; 5IKQ A; 4D0F A; 1LPZ A; 2HQS A; 4Y6D B; 2M74 A; 2OYU P; 3Q6K A; 2M7P A; 1G1S A; 1XKB A; 2B7D L; 1LPK A; 4GN9 A; 2FLR L; 3LI4 A; 4DG6 A; 2I9B A; 5CKQ A; 1IQF L; 1HT8 A; 1V04 A; 4BTU A; 3KQB L; 3C9A C; 4O1Z A; 4GNC A; 3A9H A; 1TOZ A; 2G8S A; 4JZE L; 1EPJ A; 1F0S B; 3KYA A; 1NQL B; 3HPT A; 1MOX C; 1IQN L; 1EMN A; 2V91 A; 2P4O A; 2ADX A; 3TZI A; 5FWW A; 2KL7 A; 4ZH8 B; 1CQE A; 1EBV A; 4LMF A; 1HRE A; 5L2Y L; 2EI7 B; 4ZHA B; 4FM5 A; 2KB9 A; 2VVC K; 3QCW A; 5IKV A; 1Z6C A; 3QH0 A; 4Y79 B; 1ADX A; 3NTB A; 3AMS A; 4D0E A; 3Q3K B; 3HS5 A; 2BMG A; 1EPH A; 3DR2 A; 3ZYJ B; 1ATE A; 2P16 L; 1L5G B; 2FLB L; 2IAX A; 3LTG D; 2FPC A; 2W86 A; 2JKH L; 1YO8 A; 4PH9 A; 1CEJ A; 3LN0 A; 3BYC A; 2Y7X B; 1UZQ A; 1KIG L; 2BOU A; 3MDL A; 5KIR A; 3Q6P A; 4HHQ A; 2DG0 A; 2Y80 B; 2YGO A; 2CJI B; 2UWL B; 4Z6A L; 1C5K A; 2JM4 A; 1JRF A; 4IYG A; 2GVW A; 2DSO A; 3LN1 A; 4O02 B; 4RUT A; 3LI5 A; 2Y5G L; 2J34 B; 2WPL E; 4A0P A; 3N8Y B; 1F5Y A; 5GTQ A; 3BT1 A; 1FFM A; 2VVU L; 1H6L A; 2GVU A; 3HO5 A; 4X8S L; 1CRU A; 4XL1 A; 4CUE A; 2W26 B; 2FCW B; 1RFN B; 3KRK A; 1F7M A; 3Q6T A; 1FSB A; 1CX2 A; 3EGF A; 1CVW L; 1EQH A; 2G00 L; 1TPG A; 1V3X B; 3CFW A; 3N8Y A; 2GVX A; 2I9A A; 3Q7D A; 1HT5 A; 4BTI A; 4XBM A; 3U0S A; 3GCX E; 4BXS A; 5JVY A; 2VJ3 A; 1UZJ A; 3K9X A; 1ZAQ A; 5KN5 C; 1POO A; 1NFU B; 1EPI A; 1IQL L; 4ISI L; 1BF9 A; 1F7E A; 1XDT R; 2Y5H L; 3N8W A; 3POY A; 1J8E A; 1IQJ L; 2P3U A; 2YGP A; 3KCG L; 1HAE A; 2DDU A; 2Q1J B; 3TBD A; 5D9C A; 1F0R B; 4CUD A; 2XBW L; 1IQH L; 2Y7Z B; 2EI6 B; 2EI8 B; 3O4P A; 4ZLR A; 3N8Z A; 3M37 L; 4X8V L; 4YT7 L; 3S8V A; 3ELA L; 1I0U A; 1IP0 A; 3IIT B; 4M10 A; 1PJX A; 1PGE A; 1DX5 I; 2FLG A; 4AQT A; 2DG1 A; 4ISH L; 1FJS L; 1JL9 A; 1O5D L; 3FVZ A; 5D9D A; 2WG4 B; 2WPJ E; 1J9C L; 2VWL L; 1HAF A; 1QLG A; 1K7B A; 3LTF B; 2IAO A; 1P9J A; 3H5C B; 1APO A; 2P3F L; 2WPM E; 1NPE A; 3BT2 A; 5JB9 E; 3R05 A; 1APQ A; 4GNA A; 1Q4G A; 1TLE A; 4JYV L; 3TK6 B; 2RHP A; 3OLT A; 4O5S A; 5IKR A; 2GVV A; 3TH3 L; 1FAK L; 3V64 C; 2IAP A; 1HRF A; 1JV2 B; 4JZF L; 3HO4 A; 2VH0 B; 1IQE L; 1XKA L; 1PTH A; 3CEN L; 2FYJ A; 3IJE B; 1YGC L; 2IAV A; 4PWZ A; 1DQB A; 2W2N E; 2RNL A; 2XBV L; 2P93 L; 2FPB A; 1KLJ L; 2FD6 A; 5FDQ A; 3HLH A; 5JBC E; 2VAQ A; 3KGG A; 1KLO A; 1CQ1 A; 2P3F N; 2WYJ B; 1LMJ A; 3IAX A; 2POO A; 2XBX L; 2K2T A; 3HS7 A; 3A9G A; 1IQG L; 1CVU A; 2W2M E; 2P95 L; 5CKN A; 2D1J B; 1HJ7 A; 2VH6 B; 2FZZ L; 1OB1 C; 3TK5 B; 1HZ8 A; 2UWO B; 2WFX B; 1KSN B; 4RRW A; 2QE8 A; 5GX3 A; 1NFW B; 4X8T L; 2P28 B; 4RRZ A; 1LPG A; 2NPR A; 2UWP B; 3DEM A; 5CIS A; 5JB8 E; 1W7X L; 3HRP A; 1ATD A; 5F1A A; 4BDX A; 3U73 A; 4Q1U A; 2W2Q E; 2W2O E; 4NG9 L; 4Z0L A; 3KQC L; 2KNY A; 2Y5F L; 5JVZ A; 1PRH A; 3N8W B; 3SW2 A; 3KL6 B; 1KLI L; 1X7A L; 5K0H B; 3GIS X; 1FAX L; 3AMR A; 4Z0K B; 1LDR A; 1IVO C; 2W8B B; 2XBY L; 5IKT A; 4GNB A; 4NGA L; 4OTJ A; 3WWA A; 1EQG A; 2RA0 L; 2F9B L; 1EZQ B; 4JYU L; 2PHB B; 3ASI A; 4CUF A; 2WG3 C; 3F1S B; 2Y81 B; 2OJH A; 3N8X A; 2IAQ A; 1NT0 A; 1N1I A; 4NA9 L; 3KK6 A; 3LC3 B; 1A3P A; 3RR3 A; 1WHF A; 1M1X B; 2IVZ A; 1NPE B; 3U7U G; 2PUQ L; 1C9U A; 2W8B A; 1RWI A; 4D90 A; 4MMZ B; 2BQW A; 3SOB B; 5L2Z L; 3CS7 L; 2IAT A; 1URK A; 1Z6E L; 4RRX A; 3DAS A; 4COX A; 1D2L A; 2W3K B; 3G4H A; 1LQD A; 4E1G A; 1FF7 A; 1EAI C; 4Y76 B; 3S94 A; 1JBU L; 2IAS A; 4CSY A; 1NFX B; 3BPS E; 2GD4 A; 1IQM L; 1IOE L; 1YUF A; 4MMY B; 3KQD L; 1CCV A; 1B9W A; 2J4I B; 2J95 B; 5JBB E; 2OYE P; 4TGF A; 3MQE A; 1LDL A; 4HW6 A; 5JW1 A; 1E1A A; 2J94 B; 1COU A; 2Y82 B; 3QMO A; 1G1T A; 2MGR A; 4RS0 A; 2P94 L; 2FYL B; 2PR3 B; 2BO2 A; 2P26 A; 3GCW E; 1ATB A; 1G1Q A; 5EGM B; 4JML A; 4BTT A; 1UZK A; 3M36 L; 2XC0 L; 1ATA A; 4GN7 A; 4R40 A; 3SRE A; 4X8U L; 2J38 B; 5GX4 A; 1G2L B; 3N8V A; 1IGZ A; 1U67 A; 2VWO L; 4ZXX L; 2BQ6 A; 1G1R A; 1XFE A; 2AYL A; 3V65 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YUK B; 2QWG A; 3S2K A; 2BOH A; 2AEQ A; 4GZT A; 5D9B A; 4UOU A; 1SNT A; 4FOV A; 4C16 A; 2BQ7 A; 4MMX B; 1SLI A; 2QWA A; 1V0F A; 2VW2 A; 3LAQ A; 4Y71 B; 2WPH E; 1DDX A; 1YUG A; 5GX5 A; 2VPJ A; 3ZYG A; 1PXX A; 2F26 A; 3K3A A; 1N7D A; 2F29 A; 1Q7F A; 4IMB A; 1DIY A; 3TIB A; 2X9M A; 4O5T A; 4WEF A; 3HLI A; 2VVV L; 4D4U A; 3PJQ A; 4XJQ A; 3KQE L; 3O9K A; 2BOX A; 2QWD A; 4XLW A; 3SOV A; 1C5M F; 4WA4 A; 2WFT A; 1N6E A; 4RRY A; 1EPG A; 4OTY A; 2P3T A; 4M11 A; 1CVM A; 1K37 A; 2FP8 A; 4AHA A; 2MGP A; 5B2D A; 1NMA N; 2XN4 A; 1MQ5 L; 1P0S L; 3LC5 B; 3HO3 A; 1KKE A; 4L7D A; 3NT1 A; 1CCF A; 2QWK A; 4X4A A; 4NC5 A; 3G4E A; 3JU4 A; 4ZY3 A; 1HCG B; 1A14 N; 4XHX A; 1WU1 B; 3OPZ A; 4FPK A; 4L7C A; 4ZXY L; 4K1J A; 1G2M B; 1EGF A; 5CKM A; 2F25 A; 1L3Y A; 4YT6 L; 2W38 A; 3E5Z A; 4BDW A; 3TC9 A; 1IQK L; 3FFG L; 1NNC A; 4XE9 A; 5E8D A; 3CA7 A; 3OLU A; 1MWE A; 4QN7 A; 1V3E A; 2W3I B; 2H9E L; 1DVA L; 3TGF A; 2KV4 A; 3NTG A; 5FNQ A; 3V1S A; 2J2U B; 6COX A; 4HHO A; 3H72 A; 4GN8 A; 3F6U L; 2W2P E; 1NZI A; 5COX A; 1RWL A; 3LI3 A; 3T1E A; 3S8Z A; 3WW9 A; 4CPZ A; 1CRZ A; 2JJL A; 1N1Y A; 1Z4X A; 3ZYI B; 2HTU A; 1NMC A; 1W1X A; 4XOG A; 4G1M B; 5GX2 A; 2ISM A; 1SZB A; 1OFZ A; 4KS5 A; 5B2C A; 2BZ6 L; 4BXW A; 1NSB A; 4XIL A; 2MHP A; 2A75 A; 2WYG B; 3ZGC A; 5GX1 A; 3HS6 A; 2LGP A; 4MWW A; 2WPK E; 4B7R A; 4B7J A; 2TGF A; 1MQ6 L; 3LIW B; 1W8O A; 2KNX A; 1INY A; 2FP9 A; 3I1C A; 2IAU A; 4JZD L; 2WOZ A; 4H52 A; 5JBA E; 1NMB N; 5I46 L; 5FNT A; 3VNH A; 1IJQ A; 4FZH A; 3PGH A; 5H47 A; 2M96 A; 1UZP A; 1SO7 A; 2F12 A; 1IGX A; 1GK5 A; 4XIO A; 2F11 A; 4D52 B; 4QN3 A; 2BOK L; 1NSD A; 1XOG A; 3NJP C; 2HTY A; 2IAR A; 4GU4 A; 2M0P A; 3FCS B; 2QWH A; 1D2J A; 1WHE A; 5L30 L; 2QWF A; 1PFX L; 1W8B L; 1A4Q A; 1S0I A; 4Q6K A; 2WPI E; 1K36 A; 4GZX A; 1CR8 A; 4Y7B B; 2B8H A; 5EX7 A; 3D12 A; 3ENS A; 3P5B L; 2K2S B; 1EMO A; 2RKC A; 2XC4 L; 1QBI A; 2IAW A; 3GVK A; 1U8C B; 1IVD A; 1IOX A; 1IUB A; 1NFY B; 1NCD N; 4MX0 A; 5FNS A; 3SRG A; 2XC5 L; 2Y38 A; 3FBY A; 4ZAE B; 4YZU B; 4IN4 A; 4A7I A; 5HX0 A; 2HTR A; 2GHS A; 2VWN L; 2I1P A; 3SOQ A; 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