The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
103
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sequence length |
354
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structure length |
349
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Chain Sequence |
RFPAREFQRDLLDWFARERRDLPWRKDRDPYKVWVSEVMLQQTRVETVIPYFEQFIDRFPTLEALADADEDEVLKAWEGLGYYSRVRNLHAAVKEVKTRYGGKVPDDPDEFSRLKGVGPYTVGAVLSLAYGVPEPAVDGNVMRVLSRLFLVTDDIAKPSTRKRFEQIVREIMAYENPGAFNEALIELGALVCTPRRPSCLLCPVQAYCQAFAEGVAEELPVKMKKTAVKQVPLAVAVLADDEGRVLIRKRDSTGLLANLWEFPSCETDGADGKEKLEQMVGEQELTEPIVSFEHAFSHLVWQLTVFPGRLVHGGPVEEPYRLAPEDELKAYAFPVSHQRVWREYKEWAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and stereochemistry of the base excision repair glycosylase MutY reveal a mechanism similar to retaining glycosidases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase/dna
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| molecule keywords |
A/G-specific adenine glycosylase
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| total genus |
103
|
| structure length |
349
|
| sequence length |
354
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.31: Adenine glycosylase. |
| pdb deposition date | 2015-09-12 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00633 | HHH | Helix-hairpin-helix motif |
| A | PF00730 | HhH-GPD | HhH-GPD superfamily base excision DNA repair protein |
| A | PF14815 | NUDIX_4 | NUDIX domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Endonuclease III; domain 1 | Hypothetical protein; domain 2 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Endonuclease Iii, domain 2 | Helix-hairpin-Helix base-excision DNA repair enzymes (C-terminal) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase | Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1LWV A; 1PPV A; 1PPW A; 1MQE A; 1N3C A; 3EEU A; 3COU A; 2FKB A; 1KG3 A; 3X0M A; 1G0S A; 2YVP A; 1I9A A; 3X0Q A; 3EES A; 2GB5 A; 1Q54 A; 2PNY A; 3X0L A; 1KHZ A; 4UOB A; 3O6Z A; 2A8T A; 2DUK A; 2A8R A; 5HZX A; 3GWY A; 1V8M A; 3KNT A; 1NKU A; 4E9H A; 3CW7 A; 4EW4 A; 4E9G A; 3F0Z A; 2NOH A; 1QVJ A; 2GT4 A; 4HVY A; 3FHG A; 2OFK A; 4B21 A; 5FSO A; 4C9X A; 2A8P A; 1NFZ A; 2A6T A; 2DSD A; 1SU2 A; 3A6U A; 3X0J A; 3D4V A; 1V8T A; 4S2W A; 2I8U A; 4KG4 A; 3U53 A; 2YVM A; 2YVN A; 3I9X A; 4AIA A; 2R5W A; 3Q2T A; 2VNP A; 3O52 A; 2RRK A; 2QKM B; 5GHP A; 3X0O A; 5FSM A; 4OFE A; 5IW5 A; 3SMD A; 1IRY A; 4S2Y A; 4V14 A; 3S6I A; 4EA4 A; 2AZW A; 4JZU A; 1V8U A; 5LPG A; 3GZ6 A; 1YQL A; 3N77 A; 3Q2S A; 4N1T A; 5FSI A; 5I8U A; 3KTU A; 2O1C A; 1PVF A; 4DK9 A; 3F13 A; 5GHI A; 1VHG A; 3HHJ A; 3A6V A; 2KDW A; 2CL3 A; 4YPR A; 1XSA A; 1XSB A; 1VRL A; 3A6S A; 3O8S A; 1VC8 A; 1RRS A; 1X51 A; 3GZ5 A; 3Q91 A; 3FJY A; 3EXQ A; 1PU7 A; 5C7Q A; 4PII A; 1PU8 A; 3H95 A; 1MUT A; 1OW2 A; 5ANV A; 5GHM A; 1MP2 A; 3MCF A; 1KG6 A; 1X83 A; 1ORP A; 1MPG A; 2YG8 A; 1ORN A; 3X0I A; 1KO9 A; 4MPO A; 3DKU A; 3AC9 A; 5ANW A; 5DEQ A; 4ZG0 A; 1KEA A; 1KG2 A; 1JRK A; 2ABK A; 2PQV A; 3OH9 A; 1MR2 A; 1XG7 A; 3FHF A; 1N39 A; 1YQR A; 2VNQ A; 1KTG A; 3GG6 A; 1Q33 A; 3CVS A; 2NOE A; 5GHQ A; 4DYW A; 2B0V A; 3Q93 A; 2QJT A; 1PUN A; 3F6A A; 1YQM A; 3F10 A; 2OFI A; 1PUS A; 1SJY A; 3ACA A; 1JKN A; 2JVB A; 5CHZ A; 4AI4 A; 4S2X A; 3IHO A; 5DPK A; 1HU0 A; 1MK1 A; 5FSL A; 3I0W A; 3ID9 A; 2DSC A; 1M3H A; 3MGM A; 3ZR0 A; 1KG4 A; 5KN9 A; 4S2V A; 3L85 A; 4K6E A; 4AI5 A; 5FSK A; 2G73 A; 1P59 A; 3DUP A; 3X0K A; 5AN4 A; 1K26 A; 2NOF A; 2B2K A; 2I8T A; 5GHN A; 1LMZ A; 4YOQ A; 3O69 A; 1V8V A; 3E57 A; 3MDI A; 3BM4 A; 1V8N A; 3R03 A; 5GHJ A; 2GT2 A; 4EA5 A; 3CVT A; 3N5N X; 5CFJ A; 4ICK A; 3EF5 A; 4C9W A; 2JG6 A; 4NFX A; 2NOL A; 1LWW A; 4KTB A; 1PPX A; 5ANS A; 3FFU A; 1KT9 A; 5GHO A; 1F3Y A; 2YVO A; 1VIU A; 2XSQ A; 1V8R A; 4HSB A; 4ILQ A; 5C7T A; 5KN8 A; 1R67 A; 2DSB A; 1K2E A; 2I5W A; 1MQW A; 4N1U A; 4IJX A; 4NFW A; 3X0P A; 1MUN A; 3J7Y e; 3P5T A; 3RH7 A; 2B06 A; 3CWS A; 5DD4 A; 1WEI A; 2W4E A; 2O5W A; 3ZR1 A; 1VIQ A; 1WEF A; 3FCM A; 1PVS A; 5BON A; 1NQY A; 3SHD A; 1SZ3 A; 1Q27 A; 1KQJ A; 3P6Y A; 3HYQ A; 3I0X A; 2YYH A; 1KG5 A; 1XQP A; 1SOI A; 1XSC A; 3BHO A; 3GZ8 A; 2YG9 A; 4EW0 A; 3CWT A; 3A6T A; 1HZT A; 3Q1P A; 3KVH A; 1MUD A; 4EJZ A; 2NOB A; 1PU6 A; 1GA7 A; 1MUY A; 4B23 A; 2G74 A; 3I7U A; 4KYX A; 2FVV A; 3BAP A; 4OFH A; 3I7V A; 2JHN A; 1XQO A; 3IH7 A; 4UNF A; 3FSP A; 2I6K A; 1HX3 A; 3OH6 A; 2XHI A; 1VHZ A; 2A8Q A; 4JZS A; 1X84 A; 3FK9 A; 4B22 A; 3CWA A; 4HFQ A; 3N9U A; 1NGN A; 3OGD A; 1KG7 A; 4KG3 A; 5IW4 A; 2QJO A; 3G0Q A; 1PUQ A; 1VC9 A; 3CNG A; 1TUM A; 1DIZ A; 2NOZ A; 4JZT A; 1V8W A; 3QSJ A; 1VK6 A; 5DDG A; 1RRQ A; 1G9Q A; 1NQZ A; 2NOI A; 5C8L A; 5FSN A; 3SON A; 1FN7 A; 2H56 A; 1P7M A; 4B24 A; 5CFI A; 1M3Q A; 3MDG A; 2J8Q A; 3X0R A; 4EJY A; 4YPH A; 3WHW A; 2DHO A; 1VCD A; 4E9E A; 1EBM A; 2JHJ A; 5ANT A; 3OGA A; 1V8L A; 1YQK A; 4JZV A; 1V8I A; 5ANU A; 2Q9P A; 5ISY A; 2ICK A; 3N0U A; 2ICJ A; 1RYA A; 2O5F A; 4E9F A; 4EVV A; 1NFS A; 1N3A A; 2A8S A; 1LWY A; 1WEG A; 4OFA A; 2FML A; 1V8Y A; 2KDV A; 1V8S A; 3X0N A; 5BS6 A; 3CWU A; 1U20 A; 3Q4I A; 3GRN A; 3X0S A; 3O61 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LWV A; 1PPV A; 1PPW A; 1MQE A; 1N3C A; 3L2V A; 3VW4 A; 3EEU A; 3COU A; 2FKB A; 1KG3 A; 3X0M A; 3OYL A; 1G0S A; 2YVP A; 1I9A A; 3X0Q A; 3EES A; 4ZTJ A; 2GB5 A; 1Q54 A; 2PNY A; 3X0L A; 1KHZ A; 4UOB A; 3O6Z A; 3OS1 A; 2A8T A; 2DUK A; 2A8R A; 5HZX A; 3GWY A; 1V8M A; 3KNT A; 1NKU A; 4E9H A; 4E7K A; 3OY9 A; 3CW7 A; 4EW4 A; 4E9G A; 3F0Z A; 2NOH A; 1QVJ A; 2GT4 A; 4HVY A; 3FHG A; 2OFK A; 4B21 A; 3OS0 A; 3OYC A; 5FSO A; 4C9X A; 2A8P A; 1NFZ A; 2A6T A; 2DSD A; 1SU2 A; 3A6U A; 3L2Q A; 3D4V A; 3X0J A; 3S3N A; 1V8T A; 4S2W A; 2I8U A; 3OYH A; 4KG4 A; 3U53 A; 2YVM A; 2YVN A; 3NNQ A; 3OYB A; 3I9X A; 4AIA A; 2R5W A; 3Q2T A; 2VNP A; 3O52 A; 2RRK A; 2QKM B; 5GHP A; 3X0O A; 5FSM A; 4OFE A; 5IW5 A; 3SMD A; 1IRY A; 4S2Y A; 4V14 A; 3S6I A; 4EA4 A; 2AZW A; 4JZU A; 1V8U A; 5LPG A; 3LCN A; 3GZ6 A; 3OYA A; 1YQL A; 4IKF A; 3N77 A; 3Q2S A; 4N1T A; 5FSI A; 5I8U A; 3KTU A; 2O1C A; 1PVF A; 4DK9 A; 3F13 A; 5GHI A; 1VHG A; 3A6V A; 3HHJ A; 2KDW A; 2CL3 A; 4YPR A; 4BE1 A; 1XSA A; 1XSB A; 1VRL A; 3A6S A; 3O8S A; 1VC8 A; 1RRS A; 1X51 A; 3GZ5 A; 3Q91 A; 3FJY A; 3EXQ A; 1PU7 A; 5C7Q A; 4PII A; 1PU8 A; 3H95 A; 1MUT A; 1OW2 A; 5ANV A; 5GHM A; 1MP2 A; 3MCF A; 1KG6 A; 3L2W A; 1X83 A; 1ORP A; 1MPG A; 2YG8 A; 1ORN A; 2W03 A; 3X0I A; 4BAC A; 1KO9 A; 4MPO A; 3DKU A; 3AC9 A; 4J7G A; 5ANW A; 5DEQ A; 4ZG0 A; 1KEA A; 3OYG A; 1KG2 A; 1JRK A; 2ABK A; 2PQV A; 3OH9 A; 1MR2 A; 1XG7 A; 3FHF A; 1N39 A; 1YQR A; 4BE2 A; 2VNQ A; 1KTG A; 3GG6 A; 4E7J A; 4E7I A; 1Q33 A; 3CVS A; 2NOE A; 5GHQ A; 3OYJ A; 4DYW A; 2B0V A; 3Q93 A; 2QJT A; 1PUN A; 3F6A A; 1YQM A; 3F10 A; 2OFI A; 1PUS A; 3S3M A; 4E7H A; 1SJY A; 3ACA A; 1JKN A; 2JVB A; 5CHZ A; 4AI4 A; 4S2X A; 4J7H A; 4BDZ A; 3IHO A; 3OYM A; 5DPK A; 1HU0 A; 1MK1 A; 5FSL A; 3I0W A; 3ID9 A; 5FRO A; 2DSC A; 1M3H A; 3MGM A; 3OYI A; 3ZR0 A; 1KG4 A; 5KN9 A; 4S2V A; 3L85 A; 4K6E A; 4AI5 A; 5FSK A; 2G73 A; 1P59 A; 3DUP A; 3X0K A; 5AN4 A; 1K26 A; 2NOF A; 2B2K A; 2I8T A; 5GHN A; 1LMZ A; 4YOQ A; 3O69 A; 1V8V A; 3E57 A; 3MDI A; 3BM4 A; 1V8N A; 3R03 A; 5GHJ A; 2GT2 A; 4EA5 A; 3CVT A; 3N5N X; 5CFJ A; 5FRM A; 4ICK A; 3EF5 A; 4C9W A; 2JG6 A; 5FRN A; 4NFX A; 2NOL A; 1LWW A; 4ZTF A; 4NZG A; 4KTB A; 1PPX A; 4E7L A; 5ANS A; 3FFU A; 1KT9 A; 5GHO A; 1F3Y A; 2YVO A; 1VIU A; 2XSQ A; 1V8R A; 2JPS A; 4BDY A; 4HSB A; 4ILQ A; 5C7T A; 5KN8 A; 1R67 A; 2DSB A; 1K2E A; 2I5W A; 1MQW A; 4N1U A; 3OYF A; 4IJX A; 4NFW A; 3X0P A; 1MUN A; 3J7Y e; 3P5T A; 3RH7 A; 2B06 A; 3CWS A; 5DD4 A; 1WEI A; 3OS2 A; 2W4E A; 2O5W A; 3ZR1 A; 1VIQ A; 1WEF A; 3FCM A; 1PVS A; 5BON A; 1NQY A; 3SHD A; 1SZ3 A; 1Q27 A; 1KQJ A; 3P6Y A; 3HYQ A; 3I0X A; 2YYH A; 3OYD A; 1KG5 A; 1XQP A; 1SOI A; 1XSC A; 3BHO A; 3GZ8 A; 2YG9 A; 4EW0 A; 3CWT A; 3A6T A; 1HZT A; 1MUD A; 3KVH A; 3Q1P A; 4EJZ A; 2NOB A; 1PU6 A; 1GA7 A; 1MUY A; 4B23 A; 2G74 A; 3OYE A; 3I7U A; 4KYX A; 2FVV A; 3BAP A; 4OFH A; 3I7V A; 2JHN A; 2W04 A; 1XQO A; 3IH7 A; 4UNF A; 3FSP A; 2I6K A; 1HX3 A; 3OH6 A; 2XHI A; 3OYK A; 1VHZ A; 2A8Q A; 4BE0 A; 4JZS A; 1X84 A; 3FK9 A; 4B22 A; 3CWA A; 4HFQ A; 3N9U A; 1NGN A; 3OGD A; 1KG7 A; 4KG3 A; 3S3O A; 5IW4 A; 2QJO A; 2CZR A; 3G0Q A; 1PUQ A; 1VC9 A; 3CNG A; 1TUM A; 1DIZ A; 2NOZ A; 4JZT A; 1V8W A; 3QSJ A; 1VK6 A; 5DDG A; 1RRQ A; 3L2R A; 1G9Q A; 3OYN A; 1NQZ A; 2NOI A; 5C8L A; 5FSN A; 3SON A; 1FN7 A; 2H56 A; 1P7M A; 4B24 A; 5CFI A; 1M3Q A; 3MDG A; 3L2U A; 2J8Q A; 3X0R A; 4EJY A; 4YPH A; 3R2X C; 3WHW A; 2DHO A; 1VCD A; 4E9E A; 1EBM A; 2JHJ A; 5ANT A; 3OGA A; 1V8L A; 1YQK A; 4JZV A; 1V8I A; 5ANU A; 2Q9P A; 5ISY A; 2ICK A; 3N0U A; 2ICJ A; 1RYA A; 2O5F A; 4E9F A; 4EVV A; 1NFS A; 1N3A A; 2A8S A; 2V75 A; 1LWY A; 1WEG A; 4OFA A; 2FML A; 1V8Y A; 2KDV A; 1V8S A; 1U84 A; 3X0N A; 5BS6 A; 3CWU A; 1U20 A; 3Q4I A; 3GRN A; 3X0S A; 3O61 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1LWV A; 1PPV A; 1PPW A; 1MQE A; 1N3C A; 3EEU A; 3COU A; 2FKB A; 1KG3 A; 3X0M A; 1G0S A; 2YVP A; 1I9A A; 3X0Q A; 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