The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
203
|
sequence length |
582
|
structure length |
575
|
Chain Sequence |
HDVLSRMISEKAALHGLLNCLIKEFAIPEGYLRYEWPDEMKGIPPGAYFDGADWKGIPMMIGLPDQLQLFVMVDRRDTFGSQHYLSDVYLRQAGDWQCPDFEPLVARLLAACEHIAGRKNPELYEQILQSQRLVSAIVSHNGRQRADAPLQHYLQSEQGLWFGHPSHPAPKARLWPAHLGQEQWAPEFQARAALHQFEVPVDGLHIGANGLTPQQVLDGFADQQPASPGHAIICMHPVQAQLFMQDARVQQLLRDNVIRDLGQSGRVASPTASIRTWFIDDHDYFIKGSLNVRITNCVRKNAWYELESTVLIDRLFRQLLDQHADTLGGLVAAAEPGVVSWSPAAAGELDSHWFREQTGGILRENFCRRTGAERSIMAGTLFARGVDLQPMIQTFLRTHYGEALDDNALLYWFDDYQTRLLRPVLSLFFNHGVVMEPHLQNSVLVHQQGRPQQVLLRDFEGVKLTDDLGIRYIDDDIHPRVRQSLLYSREQGWNRIMYCLFINHLSETILALSQGRPQLAPLMWRRVQQQLRAIQGELKQPSPELDALIAGHPVACKTNLKVRLAASYVRLPSPW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Acsd Catalyzes Enantioselective Citrate Desymmetrization in Siderophore Biosynthesis
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
ACSD
|
| molecule tags |
Metal transport
|
| source organism |
Erwinia chrysanthemi
|
| total genus |
203
|
| structure length |
575
|
| sequence length |
582
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-08-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04183 | IucA_IucC | IucA / IucC family |
| A | PF06276 | FhuF | Ferric iron reductase FhuF-like transporter |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Endonuclease III; domain 1 | Endonuclease III; domain 1 | ||
| Mainly Beta | Single Sheet | N-terminal domain of TfIIb | N-terminal domain of TfIIb | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W04 A; 2W03 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HHT A; 3GTJ I; 1L3U A; 3M4O I; 4R9K A; 3K63 A; 2QAR B; 2R8G A; 1LWW A; 2M9N A; 1ZET A; 5AIC A; 2JIR A; 4F5P A; 2IHN A; 3HX8 A; 5CWR A; 3KCH A; 2E2I I; 1KWI A; 1DXS A; 3HOY I; 4HH4 A; 2P35 A; 3M9O B; 3CD6 Z; 1ZS7 A; 3S1M I; 3Q8S B; 1BSA A; 2D3D A; 5KTQ A; 3CCV 1; 4DWI A; 2RPR A; 1CEZ A; 2CN1 A; 2VPY A; 4B9N A; 1BRK A; 1C7H A; 2JGA A; 4EW5 A; 1N61 A; 3NRW A; 1QCK A; 4DEZ A; 3QNM A; 4J03 A; 1NDO B; 2JIM A; 3FHG A; 3MG2 A; 4GXK A; 5AII A; 1X66 A; 2ZIV B; 2NOF A; 5KT6 A; 2SAR A; 2P05 A; 3FKA A; 2FLN A; 1YIJ 1; 3ZDD A; 5KFM A; 2E2V A; 7ICV A; 2CWT A; 3NXJ A; 2ZIV A; 3I0W A; 1ORN A; 1YI2 1; 3OWY A; 2M7O A; 5KFU A; 1GSP A; 2STD A; 3UMC A; 3HOH A; 4GL6 A; 2XGP A; 2OFK A; 1UCJ A; 3EF8 A; 5ALY A; 1L3V A; 1WQL B; 4O9M A; 1ROA A; 3EWA A; 2NOZ A; 3PO3 I; 1YJN 3; 1M3H A; 3KFQ C; 1H38 A; 1Z1V A; 5DQG A; 5IG3 A; 1RNT A; 1X3Z A; 5L9X A; 1KC8 4; 3FC4 A; 9ICR A; 1QXF A; 4UAT A; 1VQ8 Z; 1RGE A; 1BVI A; 2XY6 A; 4BWJ A; 2QA4 3; 2AJQ A; 1YVB I; 4UAY A; 4C8O A; 5J2B A; 4K4I A; 5CRX A; 2ZJ8 A; 5TGN A; 4N6V 0; 4WYK A; 1IYY A; 8ICW A; 4NRE A; 3K1R B; 3V6J A; 2BZF A; 2F98 A; 3KHL A; 4HM1 B; 4CDL A; 9ICT A; 4EBD A; 1X6I A; 2YTU A; 2WF8 A; 4ED6 A; 3S1R I; 3HJE A; 2HBK A; 4K4G A; 1BPE A; 3VC8 A; 3PO4 A; 1MN8 A; 4DF4 A; 5BVB A; 3I56 Z; 3U1W A; 2JNY A; 4DQR A; 1RYU A; 4E9H A; 4JV2 A; 1S8O A; 4Y2X A; 4M9J A; 4NWI A; 1BSC A; 7ICG A; 3C29 A; 4US9 A; 3NQY A; 2E8N A; 1UHU A; 2JUB A; 1ZOL A; 2LI6 A; 4YOQ A; 2YY6 A; 4GHO A; 2VJ4 A; 4EEN A; 3LUS A; 5J2G A; 3AHW A; 2DPI A; 5B5E U; 3S1N I; 1A67 A; 3TAC B; 1BRI A; 1RGK A; 4JMU A; 1D6U A; 2W9M A; 3GIJ A; 3VB9 A; 4DKI A; 1WNH A; 4YP3 A; 4F5R A; 2Q07 A; 3MSO A; 1NWW A; 2MAX A; 4A3J I; 2KK0 A; 3HOW I; 3PSI A; 4NLN A; 4M9H A; 3OYF A; 7ICO A; 2MSN A; 3BND A; 9ICI A; 1NZP A; 4FE3 A; 2QRC B; 2N1R A; 1VJ5 A; 4DFP A; 2YG8 A; 2KZZ A; 1MQ2 A; 4J9K A; 3F10 A; 1UGH I; 4A3F I; 1T2H A; 2YX9 A; 7ICM A; 2MUT B; 2OFI A; 3S28 A; 3LYG A; 2CK3 H; 7STD A; 3SAG A; 2K4P A; 1ZJM A; 4Y2Y A; 2MUT A; 9ICE A; 1B21 A; 1RHL A; 1ULJ B; 7ICN A; 4F3O A; 3U97 A; 2H3Q A; 2YML A; 2CFW A; 3BU4 A; 5KFX A; 3QUQ A; 5EOZ A; 2Y1I A; 2ESE A; 2LFU A; 1OUQ A; 1CEW I; 2LYA A; 1FGO A; 2Z7A A; 2PI5 A; 1KEA A; 4IR9 A; 3BJY A; 3BQ0 A; 3PW4 A; 3ETL A; 3UXO A; 4JUZ A; 1YZ7 A; 3G0K A; 1O03 A; 3M6Z A; 4C4S A; 4GC7 A; 3HIG A; 1STF I; 4ECY A; 3K1Z A; 4MFF A; 4GC6 A; 1WJ2 A; 2BQU A; 3CPO A; 5ELU A; 1LQG C; 4BTW A; 3S2H I; 1QF8 A; 1BGS A; 1NK6 A; 1KQQ A; 2M0N A; 2HVI A; 3NH5 A; 3GTK I; 3KNT A; 2OYY A; 3KIH A; 5D46 A; 2F8K A; 3CMA 1; 1KKX A; 3MAB A; 4M9L A; 4BGD A; 4K90 B; 3HK4 A; 1ZQV A; 2OH2 A; 4RQ5 A; 3CCV Z; 3RRG A; 2PFO A; 3KSP A; 4HM3 B; 4UB6 U; 1TFI A; 3OYK A; 1N5W A; 4OFA A; 4AYB F; 1XSN A; 1GS3 A; 4BUG A; 3CCS 3; 1BNO A; 3G0Q A; 3NM2 A; 1DVD A; 1AQ6 A; 4DFJ A; 1TFO A; 2BU4 A; 1UCI A; 4K4H A; 4AYB A; 5AIB A; 2H85 A; 1ZRN A; 5IP7 I; 3F7X A; 8ICT A; 1RMS A; 3L5K A; 5KG5 A; 3EUB 2; 5RNT A; 1YIJ Z; 3OYC A; 2W9B B; 9ICA A; 2GEX A; 4DQS A; 4E9G A; 1YI2 Z; 1GO3 F; 4P0Q A; 5KAI U; 2W9B A; 1ZQH A; 3HKZ F; 3DY5 A; 4L8O A; 3WKC A; 5J2I A; 4OFH A; 1WWU A; 3S17 I; 1GY5 A; 1SXD A; 3LK9 A; 3V7K A; 2BMQ B; 3OTQ A; 2NVX I; 3Q8R B; 2NVT I; 1VQ6 3; 3S6I A; 1ECW A; 1SV4 A; 1KTQ A; 1JBS A; 1BNG A; 9ICV A; 1XC9 A; 1T7P A; 3GTL I; 4N6U A; 1QQ7 A; 1NKC A; 3TE5 B; 2KHQ A; 1IV8 A; 5BOM A; 2W9C B; 1NK4 A; 3KTU A; 3PCR A; 4Y2R A; 5JPU A; 1YIT 3; 4UOB A; 1WWV A; 3QUC A; 5CLK A; 2Y0S F; 2GU2 A; 2W9C A; 3N7S C; 3OX9 A; 3G4S 3; 2HF1 A; 2GOL A; 5ALE A; 2R7Z I; 4DLE A; 1TK8 A; 1BGX T; 1A90 A; 1OHO A; 1X1U A; 4RBN A; 1UI8 A; 2DE7 A; 3PO2 I; 1YQR A; 1M1K 1; 3N7R C; 1W2B 2; 3QUT A; 3IR7 A; 2OEH A; 3ETR A; 1S76 D; 1TU5 A; 1ZQS A; 2UVU A; 2DE6 A; 1BU4 A; 1BUQ A; 2JHJ A; 2MU2 A; 3CXC Y; 1V58 A; 8ICF A; 3HPO A; 1S0M A; 5DBA A; 1C20 A; 5KFQ A; 4PZN A; 3LTC A; 4FMA A; 2KFZ A; 1P7M A; 3OYH A; 2BHM A; 9ICC A; 3E99 A; 4FCM A; 3MGH A; 1PU8 A; 2KFN A; 2W9A A; 4TUS A; 1RM6 C; 5AI5 A; 3WU2 U; 3A0H U; 4NH1 C; 3IHO A; 1NNL A; 3PW7 A; 3Q8L A; 3CVS A; 4KX5 A; 2KIW A; 5AM0 A; 1Q46 A; 4LYL B; 4HSB A; 1K8A 4; 1I3Q I; 1HIW A; 2RSX A; 2HMK B; 1S0O A; 3RF9 A; 7ICS A; 3OWS A; 3S14 I; 3QZ7 A; 3UPQ A; 1IK3 A; 4EA4 A; 2CFD A; 3WK8 A; 4EX6 A; 5AM5 A; 3F2B A; 5DDM A; 2ML6 A; 2P38 A; 1ISK A; 5CM2 M; 3AL0 B; 4R66 A; 2M6N A; 4J9N A; 4QZA A; 1M90 1; 3GZX B; 2O6K A; 3OYI A; 3SOY A; 1Q8K A; 2EAO A; 1EXN A; 3CP8 A; 2ASJ A; 2KG5 A; 3CME Z; 2I9W A; 3K9M C; 1LQL A; 2AAE A; 4LZI A; 4MF2 A; 3ROB A; 2C2E A; 4BE1 A; 4J9P A; 2JZB B; 2F77 X; 2H3F A; 3FHF A; 5EWE A; 4OVM A; 3JAM f; 5AM4 A; 1SKR A; 1LWV A; 1RYR A; 4Z6E A; 1FDI A; 1M9G A; 2JZB A; 3NHX A; 5CXO A; 2MRL A; 1FYS A; 1W7C A; 1TV9 A; 3CWA A; 1O7W B; 1N62 A; 9ICK A; 1J2B A; 3D6W A; 5KFJ A; 1X1X A; 5IIL A; 2IOF A; 4N6T A; 5H2F U; 1RDS A; 4X2O A; 4HAA A; 1VDV A; 2KKV A; 4QZE A; 1RXW A; 1FFV A; 4I29 A; 2P09 A; 3V92 A; 4IR1 A; 3JPR A; 1YJ9 3; 1DL6 A; 2NYV A; 2CH9 A; 2KAA A; 4YXM A; 3JVC A; 4I4K A; 4XRH A; 5AK6 A; 5ALF A; 1VQ7 1; 3MGI A; 3CPW 2; 4FO6 A; 2IUJ A; 2DKZ A; 4EYC A; 1CYU A; 5KG3 A; 1KC8 2; 5AEW B; 2G5H B; 5ALG A; 4MJD A; 3C1Z A; 4R1K A; 1K83 I; 3NM7 A; 3LZA A; 3CW2 C; 2Z76 A; 3D2Q A; 1GY7 A; 2JR5 A; 3L2Q A; 1QVG 2; 2R93 I; 2MC8 A; 3I4M I; 4Y52 I; 4KZ1 A; 4GXJ A; 2VAN A; 4ED2 A; 1RRL A; 4EJZ A; 5D83 A; 1VQ4 Z; 1ZQZ A; 5A0L A; 3Q8K A; 3N7P D; 1OH0 A; 2HI0 A; 3HIL A; 2F86 B; 1LVH A; 3IPT A; 2OTJ Z; 1OGX A; 3LOY A; 4KLH A; 3DH2 A; 1LKY B; 1DOQ A; 2HCF A; 5KFZ A; 3D5I A; 4Q43 A; 5AIH A; 4DL5 A; 2A1J A; 3HX0 A; 9ICL A; 4DL3 A; 4YPH A; 1WW9 A; 4XBY A; 2E2H I; 2WB1 A; 2O3O A; 4E33 A; 1COO A; 3O0F A; 3B0X A; 5EQL A; 1G02 A; 2WAQ C; 1VQM 3; 3F5A A; 4YMM A; 2OOY B; 2NOH A; 3HII A; 1XNS A; 4EYI B; 4Y7N I; 9ICN A; 3EE1 A; 4XB5 A; 3I0X A; 3KZX A; 1NOM A; 3GTM S; 5M1A A; 1UUW B; 4B24 A; 3FSP A; 5M18 A; 2P0X A; 3MFH A; 4UQG A; 4FBT A; 2CPR A; 1L5U A; 5ALP A; 3ZG0 A; 3VMH A; 3CCS 1; 1IM4 A; 4BU4 A; 2FE9 A; 4KLE A; 1NKB A; 1JJ2 2; 1K73 1; 2RT9 A; 1I8V A; 4DGL A; 5J0Q A; 3T5K A; 2RNT A; 2KN7 A; 2ALZ A; 2HOQ A; 3BNB A; 3QRD A; 5IT9 b; 1LNI A; 1AR0 A; 3I0Y A; 6RNT A; 1LB2 B; 4ZTJ A; 1Z19 A; 5CF2 A; 3UMB A; 3UXN A; 9ICP A; 1QJG A; 1YNV X; 2PMZ F; 5AYR B; 5KFY A; 1RQN A; 1Z03 A; 4NBG A; 1NJI 1; 1U4B A; 2BPF A; 3M1Y A; 4O3V A; 1YJN Z; 1YHQ 3; 2PMZ A; 3D2S A; 2G07 A; 2UVV A; 4NL9 C; 1MUD A; 2VIX A; 2QA4 Z; 3H4B A; 4ECW A; 3HRD D; 1J2M A; 5AI8 A; 1Q7Y 1; 5IIJ A; 4FZN A; 3IH7 A; 4BBR I; 3TDG A; 4IRD A; 4EW4 A; 2JA8 I; 1RTU A; 1YUK A; 1B2S A; 4PHP A; 2ZUD A; 2K3R A; 3H8W A; 1OUN A; 4YXJ A; 3L0R A; 2SBL A; 2F5M A; 2J8X B; 2JA5 I; 3PCS A; 2OWO A; 1YIT 1; 2HOF A; 1PZN A; 1VQL 3; 4XQ8 A; 3T5J A; 3MDC A; 3TAQ A; 1IVX A; 3RGA A; 1SJW A; 2XVT A; 4P4M A; 3G4S 1; 4QWD A; 2CWV A; 4NBH A; 4YR0 A; 4KX3 A; 1Z3E B; 2HHS A; 4Q53 A; 3I76 A; 1SZP A; 8ICA A; 2LMR A; 5CK6 A; 4DOC A; 4QIW C; 4DSJ A; 3LYS A; 5T6B A; 1QH9 A; 4DSK A; 3C2L A; 7ICL A; 5AI1 A; 8RNT A; 4C8L A; 3OYB A; 1L7P A; 4R80 A; 3RGR A; 2KRT A; 3BB9 A; 4ELV A; 2C11 A; 4TUQ A; 2FXT A; 1QSY A; 4RQN A; 1RQL A; 3GII A; 2WTF A; 3AUO A; 4DQY B; 1TFR A; 5KG2 A; 4DK1 A; 5FLX f; 1N5X A; 2R92 I; 2Z77 A; 2OQE A; 3RB0 A; 1F44 A; 2BR0 A; 4I2I A; 1ZJN A; 2EH9 A; 2XI9 A; 3BS7 A; 1XS9 D; 5DG8 A; 2ASL A; 5IIO A; 1TP6 A; 3T0U A; 1QQ6 A; 2YB1 A; 3ISD A; 2QGU A; 3OS1 A; 3V72 A; 3SYZ A; 3DGM A; 2KZ3 A; 4I28 A; 3FG3 A; 1S0V A; 4BIR A; 3UMG A; 5D49 A; 1X9S A; 5BIR A; 5CHZ A; 1KG4 A; 3DGO A; 1EEJ A; 1DMN A; 3H0M B; 5J2A A; 1LMZ A; 1TE2 A; 3NVZ A; 4NLC A; 3KOO A; 1IG6 A; 1BNI A; 3SED A; 1A77 A; 2R8J A; 1TKD A; 3MPH A; 3TAR A; 4I2B A; 1SIW A; 2JA7 I; 1Q82 1; 5DGA A; 1SZH A; 4U13 A; 5L1I A; 3G71 3; 1N5H A; 1E3V A; 4QZF A; 1GY6 A; 2WF5 A; 2I3C A; 3B7C A; 3V7L A; 1KRP A; 3PSF A; 2BQ3 A; 3F14 A; 4OJL A; 2JMO A; 4PZO A; 3EX9 A; 1UA1 A; 1RLS A; 5IER A; 1NK9 A; 4KFE A; 2Q0Z X; 4QZB A; 4DL6 A; 3PY8 A; 2XO7 A; 3MYT A; 1I0V A; 4F5O A; 1S5L U; 2IY2 A; 3D3L A; 4P4O A; 4TX4 A; 5J0O A; 5KFP A; 2LPE A; 2BJO A; 5KP1 A; 3R9K A; 1WCM I; 3FCS B; 4O8S A; 1M6Y A; 4M47 A; 3F2C A; 4RPY A; 1K8A 2; 1SL0 A; 3CCS Z; 4GB5 A; 3FGY A; 3F5E A; 5KFD A; 5DG7 A; 2NVQ I; 3TKA A; 3D6J A; 2UVR A; 4KLD A; 1KEJ A; 2AU0 A; 1SWW A; 5KFS A; 1LQM B; 3CMA 3; 5J0S A; 1ZQB A; 3I07 A; 4P2H A; 2B63 I; 4RNT A; 2F56 A; 4JB3 A; 4PGY A; 3GTG I; 1JV2 B; 2F99 A; 3CCE 1; 3S6J A; 4MD7 A; 1DVC A; 1QAL A; 2UX0 A; 3NDJ A; 2BPG A; 2V9W A; 3CCL 1; 4DCC A; 3BDP A; 2VUM I; 4U7C A; 1FA3 A; 1UW1 A; 3A76 A; 1STD A; 2BDP A; 2RCD A; 3N9H A; 1ZH1 A; 3F53 A; 1VQ6 Z; 3D4A A; 4ZTF A; 1GD4 A; 3EZ5 A; 1S97 A; 2F76 X; 4JRF A; 2V8J A; 5HOH A; 4F72 A; 1PYL A; 2AGQ A; 2P0M A; 1M90 4; 2WF9 A; 1VQM 1; 2G0A A; 3RAX A; 5DB9 A; 4CL1 A; 1EUI C; 2PFN A; 1JUD A; 4I2C A; 2JDI H; 1NI3 A; 2WGO A; 4RQ1 A; 3X40 A; 2O9U X; 1ZQE A; 3ICX A; 1YIT Z; 1TAQ A; 3N54 B; 3NVW A; 3CCQ 3; 5KG7 A; 3PZP A; 1IQX A; 1ZB8 A; 4HGY A; 9ICQ A; 4NBB A; 1Y1W I; 1I2E A; 3FF0 A; 1CH0 A; 5IEN A; 1N2X A; 3RBE A; 4QWB A; 1V74 A; 3BQT A; 3EHC A; 3EPG A; 3OYG A; 4A93 I; 4BL3 A; 1N3A A; 5FW5 A; 4YMO A; 2K0M A; 5ALL A; 3VW4 A; 3DM8 A; 2C2D A; 3JUM A; 1SKW A; 4J9R A; 1JWH C; 1NNV A; 1S9F A; 4I2E A; 3UL5 A; 5F9L A; 1NGN A; 3AQE A; 1Y1V S; 3OSN A; 3OV4 A; 1A0P A; 8ICS A; 2B24 B; 2HML B; 3GRD A; 1WTH A; 3UNL A; 1SPU A; 1XSL A; 2BNG A; 3FLJ A; 1L7O A; 3QU9 A; 3H8M A; 4PHD A; 5KT5 A; 1HU9 A; 1YZ6 A; 3KKA A; 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