3L2RA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
AELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Retroviral intasome assembly and inhibition of DNA strand transfer
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Recombination/dna
source organism Human spumaretrovirus
total genus 100
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-12-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3l2rA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 3l2rA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 3l2rA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3l2rA03
5CZ2A 3BDLA 1S9GA 3VQ4A 4H8KA 1SUQA 1X9MA 4IUQA 1NOZA 4CGGA 1C6VA 1B9DA 4DSEA 3KJVA 4FVMA 3PY8A 4F2RA 4M3WA 3WNHA 3QIPA 1SL1A 1BI4B 1NKEA 1U04A 4FJKA 3HSTB 2CKKA 1RBRA 4FXDA 1NK6A 4PLLA 2G8FA 4CJUA 1VSIA 1JLCA 3L2QA 1UWBA 5IN1A 2HHUA 2B8AA 4X34A 4DTSA 3NF9A 4IKFA 4OKKA 1RT6A 2KTQA 4CIFA 4CCHA 1T03A 2RI5A 5CZ1A 1UAXA 3QIOA 4CEBA 2JZ2A 4B9TA 4FLZA 2JTFA 4HUGA 2GF7A 4DS4A 4DU1A 2X4YA 2JGUA 3SI6A 4CGHA 4F2SA 4CEAA 5HLFA 4DQIA 1C0MA 4RW8A 3IRXA 3V1OA 1XI1A 2WACA 1RBVA 3ASMA 3SD4A 1RT3A 1RT4A 2YNHA 3KKSA 2HHVA 3HPHA 1RTJA 2FBVA 4IG0A 3M8SA 3CM6A 3KTQA 2GUIA 4NCAA 4W5QA 4E1MA 4CJKA 3HYFA 5J39A 2X4XA 2YV0X 2P0KA 4FLVA 1VSLA 1ZYQA 1L5UA 1VSKA 2Z1IA 1LAVA 1LW2A 3KD5E 3QEPA 2QKBA 3SPZA 5KTQA 4DTXA 3SJJA 1D8YA 3FC3A 1W9HA 3HM9A 2IC3A 4FK0A 4C5GA 3D0PA 1C1BA 1JXBA 2IDOA 2XO7A 3E01A 4NCBA 1L3UA 3TABA 3G10A 4CJTA 2F96A 4TSXA 2DFHA 1RDAA 3KD1E 1G5VA 3NF8A 1BQNA 1J53A 4DWIA 3C4SA 2R5MA 3WNEA 1XNIA 1UA1A 3CEYA 3MEVA 4FCYA 5KI6A 4I9QA 3HJFA 2HHQA 3K59A 3NGIA 2VG5A 3P83D 2RI2A 3OYDA 2D0CA 3T3FA 4FJ9A 3HO1A 3S3MA 1RCHA 4L8RB 3OYNA 3S6WA 4O44A 3CM5A 2DAQA 1RDDA 3F9KA 3QINA 3META 4F8RA 4BDPA 3QBYA 3SYZA 3QEVA 4C5HA 2LSNA 3TANA 3RRHA 1LW0A 4AHRA 4CJRA 4CIEA 1YTUA 1QS4A 4ELUA 4FJHA 3CG7A 3U6FA 1W0HA 1KLMA 4DFPA 2EFIA 2LRQA 2HNZA 5I3UA 1VSFA 3DM2A 4PUOA 4C8LA 3LAMA 4HVJA 3ISNC 4ID5A 4MQ3A 5D3GA 1VSMA 4CHPA 4PQUA 3MEGA 1WJQA 1WAJA 5J26A 4DLGA 1HYSA 3AVKA 2XK0A 1BI4A 4B9UA 4B9WA 2D0BA 1KTQA 3AVBA 1R0AA 2QQSA 3PO5A 2X6SA 4HHTA 3TWHA 1JL1A 2YHBA 4N76A 1WJRA 3NH2A 2R57A 4OPKA 2YNGA 2X74A 3QEIA 2BKDN 3SPYA 1NK7A 4IDKA 1QSLA 1S1TA 4KREA 2IS3A 4EDUA 4LD0A 4PA1A 2HNYA 4BDYA 1LV5A 4HCZA 4N4GA 1KVAA 2RN2A 3K5OA 2RF2A 4CERA 4J2EA 1HYZA 4C5EA 3FLGA 4ZTJA 4CGFA 3MEAA 1VSEA 4KB0A 3PMIA 2VWKA 5HRSA 1WAFA 1GOCA 2DIQA 3ZSWA 1D9DA 4RW6A 3OQ5A 2FHDA 4HTUA 2PY5A 1SV5A 4KFBA 4CRIA 4JLHA 4O0IA 3OYFA 1TGOA 5KE2A 3OYKA 4GVMA 1TL3A 2OZSA 1IKWA 2ITGA 2RHYA 1A5XA 5M9OA 1A5WA 4FJNA 3ZT3A 3O3GA 1VRTA 4CGJA 2HHTA 3AA5X 4DSLA 4WE1A 3KLIA 1HQUA 1SL2A 3AA4A 2O4XB 1T8EA 4CGIA 4FZYA 2FBTA 2G8WA 1XHXA 4OLAA 1HQEA 2QXFA 1NJXA 1NK8A 4QVZA 3LZIA 4W5OA 1Q8IA 4AH9A 1JKHA 5C6SA 1RT1A 2HW3A 3OYHA 4CK2A 1WGSA 4CJ5A 5SWMA 3DOLA 4LD6A 2VYTA 1BHLA 3O4QA 3LLRA 3NHGA 4DSJA 4OGCA 1FK9A 4CEDA 3KLEA 1BISA 3LYIA 4KPYA 1LWFA 4BE0A 1S6QA 3OMCA 4Z4IA 1BIUA 5HRRA 4KTWA 3MECA 1S9EA 2E6NA 4NYFA 1GOBA 2BE2A 4FK2A 3OYAA 4Q0BA 2GFAA 2OZMA 3TAFA 1JL2A 2XY8A 4I2QA 3JSMA 3MEWA 4C8NA 4CJLA 1UA0A 2X6NA 3ZSXA 4NS5A 4FJ5A 4J2AA 5T7BA 2PYLA 3RR8A 3KK1A 1RT2A 2IOCA 3ZT1A 4CJVA 2G8HA 4DTPA 2DIGA 2Z1HA 4Z4FA 3S3NA 3VQAA 1X1PA 5D6YA 3KK3A 3HVTA 4CJEA 1FKOA 4O0JA 4EP4A 4DF8A 4FL6A 1DTTA 1N27A 4PWDA 3AO4A 4KB1A 3OYIA 1LWCA 4II1A 1X9SA 4CF0A 1NJWA 4CEOA 4F3TA 1ASWA 3CFPA 4W5NA 2LDMA 1TKTA 2HVHA 3TAEA 1ZBLA 4HCCA 3DLRA 5KRTA 4ID1A 4DFMA 3VQEA 3SV3A 3ZSYA 1XC9A 3OB9A 4N56A 3V6DA 4CE9A 3LGFA 4A4GA 1NK4A 1RBUA 5C24A 1JLGA 3F73A 1IO2A 4Z4GA 3LANA 5EU7A 2M16A 3TAMA 2YKMA 1KCFA 1ZBIA 3HVRA 4EZ9A 2KQ2A 1RNHA 3ZT2A 1RTIA 1TK5A 2KFNA 3HT3A 2X78A 4FW1A 4BWJA 2PZSA 2OPSA 1EKEA 3AO5A 4OKEA 5KGXA 3QLHA 2Z1JA 1WN7A 5FRMA 4E1NA 4C8OA 3V1RA 2RJEA 1D5AA 3WNFA 2YKNA 3LP3A 1REVA 1U48A 3KUFA 3AVLA 2LTOA 4Y1CA 2BGGA 1NKBA 1SL0A 4CJFA 4DSFA 4E3SA 4LH5A 2O4XA 2I5JA 4KHYA 4NYNA 4DMNA 1U49A 5E41A 2KW4A 1Q9YA 3DB4A 4FU6A 2RJDA 2IAJA 1S5JA 4BWMA 4N47A 3ASKA 4CJQA 3RWUA 3VQ8A 1SKRA 2HNDA 3OA6A 4H4OA 3AV9A 2DY4A 4FJJA 2EX3A 3CFRA 4E7JA 2L89A 3MEEA 3KLGA 1KSPA 3RMBA 4CJ3A 2OPPA 3UWNA 3E9GA 4DFJA 3VQCA 2YNIA 3NNQA 1ASVA 4IUVA 1RBSA 4DG1A 2JLEA 2X4WA 4C5IA 2D5RA 5D6WA 4BACA 1L3TA 1Q9XA 4LY7A 3QETA 5J2MA 1NOYA 2ATQA 4BE2A 3SV4A 4IUTA 1C0TA 3MP1A 2Z1GA 1VRUA 4M41A 4IG3A 4FM0A 3EY1A 4DTNA 3CQ8A 4KV8A 1T05A 3BDPA 3MXIA 4UC4A 3DLBA 1C0UA 2BUDA 3OS1A 4B9XA 4KI6A 3HPOA 5KCHA 4HUFA 2FBYA 3OMGA 4I2PA 3NAEA 1S1UA 4HCBA 2L8DA 4Q5WA 4FM2A 3L3UA 3U3YA 4UQGA 4M3RA 3RRGA 2ZQBA 2E4LA 3EZ5A 3OYCA 2RO0A 3DRRA 3ZSOA 4DTRA 1IKVA 2HB5A 4CEQA 4OKJA 5CYQA 3HL8A 1CLQA 2DFEA 3QIIA 4LSNA 5C0MA 1BL3A 4GW6A 1WSJA 3LPTA 5CY4A 4CFCA 2K3YA 3DLGA 1RT5A 4BE1A 4M42A 2F8TA 1F21A 3KLHA 3QEXA 1KVBA 2LCCA 2XY7A 3V9UA 2NUBA 5FDLA 4CHZA 4YFUA 4M3YA 3SQ2A 4DFKA 1OI1A 3GOXA 1CZ9A 2RI3A 3KKRA 4E0DA 4M3ZA 3P5JA 2DFFA 2QQRA 3K5MA 3B6OA 4AHUA 2XY5A 2WONA 1K6YA 3KIOA 4BD3A 2VG7A 1NK9A 4BDZA 2PQWA 4RG8A 1HYVA 3AA2A 3AVAA 2AJQA 1MHNA 3NDKA 3VQDA 2RHIA 3V9ZA 1OZ2A 4CJ4A 2RJFA 4FYDA 5CIUA 3DRSA 1L3SA 4FJLA 4JRPA 3ITHA 4QCLA 4E7IA 4IBNA 2OA8A 4FJ7A 3SQ0A 1X9WA 3HK2A 4CGDA 2RHUA 4EZ6A 3VQPA 3H08A 4KKOA 3KLFA 3EAEA 4FLXA 2R5AA 3AVNA 3HXMA 3DLMA 4B3OA 4W5TA 2G8IA 1WJSA 1OYXA 2K3XA 4AHCA 4IFVA 3OYMA 3S9HA 1KHCA 1YT3A 1WNSA 3VQ9A 3LGLA 1JLFA 3O8VA 1HMVA 3NH1A 1U47A 3RTVA 4EP5A 4KHWA 4OVLA 3TAQA 3LWMA 3DYAA 3C94A 3PX4A 4I7FA 1BIZA 1RDCA 1SKWA 3CYMA 1FKPA 1YVUA 1WSGA 3NTHA 3DB3A 3LPUA 5IAYA 3HPGA 2HHWA 2RHZA 4AHSA 1Z26A 3L8BA 3OYGA 1WLJA 2NLUA 3S3OA 5J2NA 4DQSA 5HP1A 4CFDA 2Y1JA 1Y97A 1VSHA 3FFIA 3NTKA 3PMTA 1BCOA 1NJZA 2EHGA 4JS4A 1T7PA 2VG6A 1BQMA 4DSIA 4DS5A 1LWEA 2KFZA 3VA3A 3P8HA 2M1HA 3BGRA 4FZZA 3QO9A 3LAKA 2E6MA 2HHSA 3SCXA 4PY5A 4CFBA 3ZSVA 4ZTFA 3AVHA 2XY6A 1XWLA 5KE3A 4ICLA 2E6LA 3ULDA 1HJRA 1KLNA 2EQMA 3PNWC 2X35A 4IURA 3A2FA 1NK0A 3VQ5A 2RHXA 5J2QA 5KCOA 4M3XA 1MU2A 4B08A 1LAWA 3K58A 3OYBA 3RMCA 5DMRA 1SSFA 3WNGA 4CF9A 2HVIA 1J9AA 1EETA 3OYEA 1ZBFA 3LP2A 4FJIA 3U3GA 3RMDA 3SQ4A 3O4NA 1O1WA 3NFAA 2B5JA 3PO4A 3K57A 4FZXC 2A1SA 4GMJB 2EQUA 3Q1JA 1CXUA 4G1QA 3MO8A 4QW2A 4JRQA 4CHOA 3AVFA 4QQGA 4JS5A 3I8DA 3P8DA 3QNOA 4CJSA 2B6AA 2YRVA 3V9SA 2G3RA 5CYMA 3TAPA 2YHAA 2RKIA 1D9FA 2P51A 3FDRA 4Z4EA 1NKCA 4FLYA 1L3VA 2Y1IA 1WSEA 3VQ6A 1RTDA 3EYZA 4O55A 1XHZA 4M3UA 1DLOA 2YNFA 3NF7A 3NF6A 3L2WA 2HQEA 1JLEA 5C42A 5HBMA 5JS1A 3T19A 2BANA 4J2BA 2GBZA 3M8RA 4OPJA 4RW7A 4M45A 4KTQA 3JYTA 4N41A 4N5SA 3SUNA 4CESA 2OPQA 1TKDA 3TARA 4CECA 1UOCA 3ALYA 4Z4CA 4C8MA 3TAGA 2F8SA 1TKXA 3IG1A 3IAYA 5HRPA 4Z0UA 3SUQA 3MAQA 3MP8A 3LDSA 3QJ6A 3SUOA 3TR8A 3SZ2A 4CJPA 4R5PA 2DTUA 3ZSQA 1RDBA 5FROA 2WOMA 1RT7A 4CEFA 3ZEHA 4RW9A 4FJMA 4A4EA 1OZ3A 4ZHRA 1JXEA 4M3TA 1HPZA 1C1AA 3DRPA 3LP0A 4E7LA 1KRPA 4AILC 4CK1A 4K8XA 3AO2A 2FC0A 4DTMA 3DLHA 4J2DA 5I42A 1EXQA 4XIUA 3D45A 2G8VA 4KHUA 4FW2A 1CXQA 4DU3A 3AVCA 3VN5A 1TL1A 3V9XA 1S6PA 3ZSZA 1TK8A 3LH0A 4KTZA 4CK3A 3LX7A 4NZGA 4CHQA 3H6ZA 2ZD1A 1S1XA 2KZZA 2P5GA 1H3ZA 4DU4A 3OS2A 4PLIA 2MWOA 3NCIA 3L42A 1IKXA 2D9TA 3PV8A 3K5LA 3O3HA 3V1QA 3NTIA 3P1GA 1BGXT 3HP9A 2BDPA 3ZT0A 4FJGA 3AVGA 2QK9A 2O4GA 3O3FA 1HNIA 3QNNA 4N4HA 1WSIA 3MXJA 3RR7A 4K8ZA 4L59A 3DI6A 1NJYA 4FK4A 1KVCA 4FLUA 2E5QA 4DLEA 1U45A 2KZMA 3MEUA 2R58A 3T1AA 3QEWA 4CEEA 1WSFA 2P1JA 5K14A 3MXMA 4A4FA 3AVIA 4IUUA 4IFYA 1KFDA 2Q3SA 1KFSA 2EKOA 3QKJA 3L2VA 4KAZA 3C6TA 3AO3A 4W5RA 2IG0A 2OPRA 3OVNA 3K5NA 4YNQA 4A4HA 1EX4A 4QQ6A 4B9LA 4CHYA 3E9FA 3FEOA 4KHNA 1ASUA 3CFOA 2XHBA 2HHXA 1FXXA 3I0RA 4CFAA 4LH4A 3OY9A 4OLBA 1S1VA 4IUPA 4MFBA 3VQ7A 2D0AA 3DMJA 2BIVA 3TI0A 3RMAA 1VSJA 3UIQA 5J2PA 4O4GA 4FLTA 4CF1A 3OYLA 4AHVA 3NH0A 1Z25A 4DQRA 3SUPA 3OYJA 3VA0A 3OJUA 2EQJA 1J54A 4B8AB 3SNNA 3NGYA 1TAUA 4DTOA 1DTQA 1TVRA 3VQQA 3SQ1A 4CEZA 3F70A 4Z4HA 3LWLA 1N6QA 3G0ZA 1ZBHA 5FRNA 4OGEA 4KO0A 3DOKA 1NK5A 3PUFA 4DTUA 5DK5A 3ME9A 4RG2A 3NBPA 2R7YA 1G15A 3NGZA 4PL6A 2MWPA 3HP6A 1I39A 3ZCMA 4KRFA 1QE1A 3L3VA 4DQQA 1TV6A 4DTJA 2OYQA 3DLKA 1QTMA 4FLWA 2QKKA 4DF4A 4Q5VA 4I9LA 1ITGA 4QQDA 2L3RA 1IH7A 4N4IA 1QSSA 1JLBA 4Z02A 3B6PA 1S1WA 4KHQA 4CHNA 1IKYA 2GV9A 3THVA 2M0OA 2ETJA 1HNVA 2VWJA 3AVMA 4HUEA 2G8KA 4KI4A 5D6XA 1J5OA 2EQKA 1IG9A 4QAGA 1GOAA 2RPIA 1JLAA 2F5KA 1TKZA 2PYJA 4ELTA 2XDPA 3KK2A 3MEDA 2P5OA 1JLQA 1B9FA 1QHTA 3NE6A 3V9WA 1QSYA 3ZT4A 3LP1A 3M8PA 3OS0A 3OJSA 3DLEA 2LVMA 1ZBUA 4LSLA 5J1EA 1RI0A 5SZTA 4CF8A 3ZSRA 3QESA 4QOZB 2O4IA 5JS2A 1C1CA 5KRSA 1U4BA 2IGIA 3V4IA 2G8UA 5KH6A 4E19A 3M9QA 2A1RA 3C6UA 3LALA 4FJ8A 1A5VA 4Y1DA 1VK0A 1EP4A 2GFUA 2HQXA 3LZJA 1RILA 3L2UA 4H4MA 3PFSA 3M8QA 1TAQA 4B9MA 4FM1A 4GY5A 4DSKA 4ELVA 3IS9A 1B92A 4KHSA 4O5BA 2RJCA 3PX0A 3AA3A 1TK0A 1HRHA 2FBXA 4CIGA 1CZBA 3AO1A 1QQCA 1VSDA 1YTAA 4B9SA 4CJWA 4B8CA 2HMIA 4RW4A 1WSHA 4FJXA 4NCGA 1N5YA 1SKSA 1I3AA 3PX6A 4B9NA 4E89A 1BCMA 4DQPA 4F3OA 4AHTA 5HROA 3VQBA 4E7HA 3I0SA 2W42A 3QERA 3MP6A 1RBTA 4OJRA 3H8ZA 4F4KA 3AVJA 5KGWA 4E7KA 3C95A 2XRIA 3UT1A 2B4JA 3L2RA 5HRNA 3K2PA 4CF2A 4B9VA 2ZE2A 1RTHA 4C8KA 3V81A 5C25A 4OVAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9RA 3HKZN 3EFOA 5GMKm 5CZ2A 2GEMA 2OTLI 1TW2A 5JR3A 4H8KA 4IUQA 1E3PA 2J05A 1NOZA 4DV3K 3I0XA 1SHFA 1QP3A 3J7AF 4DA4A 4J9GA 2K2VA 5ERIA 4DSEA 4LB6B 3PY8A 4F2RA 1P4AA 1N25A 3ERMA 3Q5FA 2E1ZA 5TKWA 3JREA 1FBQA 5HS9A 2CW0F 3JRIA 3JB9D 3EKUA 1R4MB 3S2HJ 4M7DG 1YQKA 3VUZA 3MN9A 2HL5C 3TTDA 1U04A 1LEAA 2RN7A 3DBHB 3HSTB 1K8AU 3LQQA 1HPMA 2KQRA 1RBRA 5BREA 4KT5C 5IHIA 4FXDA 2KRNA 1T38A 3CI5A 4CJUA 2IGMA 4O6JA 1K4SA 3T5XA 2B8AA 1IN6A 3COAC 4X34A 1M4ZA 1TWFJ 3QDRB 4OKKA 2O7OA 1OQKA 4WFBL 4IO9L 1RT6A 3K9KA 3CJBA 3G7ZA 3HKZA 4CCHA 1KQJA 3K4LA 1U5TA 3CF2A 1UAXA 1Z67A 1FN7A 1OCCH 4A6DA 3G71I 2DCEA 3JCMX 5LRRA 3MMVA 4FLZA 2CMPA 2JTFA 3JCMd 3SJHA 3THWA 2FEIA 1FYNA 2ID3A 1PSFA 3F8FA 4IHXA 3RDVA 4F17A 2XG8D 4XR6A 2JGUA 3VYGA 3FDYA 4CGHA 4F2SA 2E7XA 4AUXA 1YIOA 2PJRA 4JI7K 5HLFA 3VERA 2QWLA 2NRRA 4A3BJ 3IRXA 1PJRA 3CC4I 2HQ5A 1MBHA 4A3CJ 4XTVA 1JJ2M 2KIMA 1SMTA 3TSUA 1RT3A 4PFPA 1U84A 4AG1C 5EVZA 1S8NA 2OAWA 4FWNA 5FLXZ 2LTPA 4JKEA 1X58A 4DJAA 1B9MA 2OFIA 3M8SA 1X27A 2GA1A 2P9SA 4W5QA 4NCAA 1W6XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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