The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
22
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
MKPKFFYIKSELNGKVLDIEGQNPAPGSKIITWDQKKGPTAVNQLWYTDQQGVIRSKLNDFAIDASHEQIETQPFDPNNPKRAWIVSGNTIAQLSDRDIVLDIIKSDKEAGAHICAWKQHGGPNQKFIIESE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR structure and dynamics of the C-terminal domain of R-type lectin from the earthworm Lumbricus terrestris
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
29-kDa galactose-binding lectin
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| molecule tags |
Sugar binding protein
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| source organism |
Lumbricus terrestris
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| total genus |
22
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-05-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00652 | Ricin_B_lectin | Ricin-type beta-trefoil lectin domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5F90 A; 1PUM B; 1R8N A; 4END A; 2F2F C; 2VLC A; 2K43 A; 3PUB A; 2Y9W C; 1K5U A; 1TFM B; 4GAF A; 1SR4 A; 4QD2 C; 3FGM A; 4JQ0 A; 2F8X C; 4I37 A; 3F62 B; 1DQO A; 3LLP A; 4J2S A; 1DLL A; 1S0G A; 3UDA A; 2ZQN A; 9ILB A; 1ILR 1; 4TLP A; 2XOA A; 3WO3 A; 3D7W B; 1S0D A; 2NM1 A; 5BXT A; 1EV2 A; 3C9Z A; 1VCL A; 4OUJ A; 4GAI A; 4I4X A; 1DFQ A; 3FJB A; 4QKR A; 3NBC A; 2HWA A; 4GP0 A; 2KI6 B; 3OGG A; 1UPS A; 3I29 B; 4ISR A; 4FVV A; 3HOM A; 4A7Y A; 3O4O A; 3AKI A; 1JT4 A; 3NBD A; 4I4V A; 5BVP I; 1G9A A; 3O4D A; 1T4Q A; 3WIN A; 3BRF A; 3ZX7 A; 4LO8 B; 1S0B A; 4QKS A; 3BB2 A; 4I6I A; 4F34 A; 3UD8 A; 4KEK A; 4JKX B; 3CAH A; 4IY9 A; 3P6J A; 1FMM S; 2D44 A; 3NBE A; 2AAI B; 3W9T A; 1WBA A; 2Q9X A; 3BA7 A; 4KBB A; 1Q03 A; 3BAQ A; 1BAS A; 3Q7X A; 3UJ0 A; 1QXM A; 3V0B B; 2VSA A; 4Q91 A; 3BA4 A; 3AZV A; 2P39 A; 3BAO A; 2M49 A; 1ONK B; 1XZZ A; 4I4O A; 3TC2 A; 3CA0 A; 4I2S A; 1QQL A; 1HWN B; 4X39 A; 7I1B A; 4P6A A; 3H6R A; 31BI A; 4D0Z A; 4P0L A; 3POK A; 4HJJ A; 1DQG A; 1DFC A; 2VSE A; 4P0J A; 3HMY A; 3N7J A; 2Y9F A; 3FJJ A; 2L5X A; 1BLA A; 2E4M C; 3H6R B; 1DZC A; 1A8D A; 3I2X A; 5D63 A; 2BFH A; 1HWM B; 1EYL A; 1BFB A; 4I8M A; 1ITB A; 3NJ5 A; 4I4R A; 3VSZ A; 2YUG A; 4ZGR B; 3P6I A; 1FWU A; 2FFU A; 3F1R A; 4A7Z A; 1YF8 B; 1Q04 A; 1S0C A; 2Z48 A; 4CJM A; 4IYB A; 1QQK A; 3IM7 A; 1YTO A; 3RSJ A; 2NVH A; 4EB2 B; 3O49 A; 4QBC A; 1ABR B; 3VT2 A; 3FJ9 A; 2KI4 A; 3AH1 A; 2MC2 A; 1HWO B; 4I1B A; 1NZK A; 4J23 B; 1V6V A; 1YYN A; 3FUQ A; 1RZO B; 3AJ6 A; 3FJA A; 3S8J A; 3UD9 A; 4QBV A; 1AFC A; 1G82 A; 4USP A; 4USO A; 5FNW A; 3PG0 A; 2IHO A; 1S0L A; 2X2S A; 4LO2 C; 1KNM A; 3FJI A; 3Q7W A; 4JRA A; 4I1E A; 3O3Q A; 1I1B A; 2AFG A; 3CA5 A; 3O4C A; 3V79 C; 3A21 A; 3OBT A; 3MAL A; 4Q9G A; 4QO3 A; 3ZC9 A; 2WRY A; 2HW9 A; 4ZFW B; 1GGP B; 1II4 A; 1R8O A; 2NYY A; 1RML A; 4LO0 A; 5G00 A; 1V6U A; 4OEE A; 1S0F A; 3N7K A; 1FV2 A; 3OJM A; 1SR4 C; 1Z4S A; 2VXR A; 3O4A A; 4XFT A; 1AVA C; 4KEJ A; 3VWC A; 3EF2 A; 4J2Y A; 1IRA X; 4X37 A; 1HCE A; 4IQP A; 1BA7 A; 4ZKT B; 2UUS A; 1AVX B; 1FWV A; 3CRH A; 3WO2 A; 3FJH A; 4OEF A; 4QAL A; 2J3P A; 2DS0 A; 4R6U B; 1ISZ A; 2NTD A; 4PC4 A; 2KLL A; 1FGA A; 1HIB A; 2BEB A; 5EHA A; 4I3N A; 1P63 A; 3O44 A; 1IJT A; 3BAG A; 3IM6 A; 3WMV A; 2FGF A; 1MD6 A; 3WIN C; 1DIW A; 1W3F A; 2KKI A; 4GOY A; 1E0O A; 3HN1 A; 2RG9 B; 4X3A A; 1ISY A; 4QC4 A; 4HR6 C; 4ZFU B; 4J2K A; 2D20 A; 3CA6 A; 4OEG A; 2NP0 A; 3BRD A; 2GO2 A; 5BQU C; 1FV3 A; 1Z0H A; 3IM5 A; 4L4H A; 3S8K A; 1BFF A; 3CQA A; 2DRY A; 1RY7 A; 4G6J A; 1AVW B; 2LIE A; 5D61 A; 3MPP G; 1JQZ A; 2FDB M; 2R9K B; 1BFC A; 4KEI A; 4XFU A; 4I96 A; 1M2T B; 3CRG A; 3AH2 A; 2ZQO A; 3FUO A; 3FFZ A; 3UD7 A; 1CE7 B; 3BA5 A; 6I1B A; 3B9U A; 3ZXG A; 4I4Q A; 3PME A; 3CA3 A; 4HA2 A; 2DRZ A; 1S0E A; 3BTA A; 5F8Y A; 1I1E A; 4WBC A; 4LO1 C; 5BP5 A; 2ET2 A; 1JT5 A; 2KH2 A; 1G9D A; 4L4I A; 3VUO A; 1SZ6 B; 1JLX A; 4I4P A; 5D62 A; 1PZZ A; 1ISW A; 2NZ9 A; 1V6W A; 1F31 A; 1T9F A; 2Y9X E; 2BEA A; 1G9C A; 2IWT B; 3ZC8 A; 3O4B A; 5I1B A; 5JMC A; 1WD4 A; 1TTU A; 5GAQ A; 3BAV A; 1JLY A; 2RST A; 2FFV A; 2VXT I; 4GP3 A; 3IAG C; 3Q7Y A; 3T8S A; 1YBI A; 5EC5 A; 4Z9W B; 2Q3N B; 4AN7 B; 4ZBV B; 4ISQ A; 3OBR A; 1WD3 A; 2VUA A; 4G9N A; 3BAU A; 3FJC A; 1Z2V A; 3OGF A; 3OJ2 A; 4GOV A; 4JKQ A; 4JP0 A; 5FZZ A; 2DRE A; 3AKF A; 3ILA A; 4JPZ A; 3N0K A; 4LO0 C; 3UJ4 A; 2P23 A; 3VT1 A; 5JLV A; 4LO3 A; 2I1B A; 2MIB A; 4D8H A; 1L2H A; 2D23 A; 3RMY A; 1AXM A; 3AKH A; 5HPZ A; 1PUU B; 1YXW A; 1G9B A; 1K5V A; 2F2F A; 5F8W A; 1W3G A; 4LO7 B; 3HAL A; 4Q9P A; 1IOB A; 2HZ9 A; 3PHZ A; 1CVS A; 1EVT A; 3BAH A; 4EKX B; 3WA1 A; 2K8R A; 3FJD A; 1N4K A; 4EFP A; 1HCD A; 1TWE A; 2D24 A; 3AZW A; 4J2X A; 1IT0 A; 3QR5 A; 5EG6 C; 1BAR A; 1XYF A; 2AXM A; 4EEE B; 4DCK C; 3JRR A; 4ZFY B; 1FMZ A; 1DZD A; 4DEN A; 4QD2 B; 5DUY A; 3JUT A; 3CU1 B; 5F8S A; 1ISX A; 3BAD A; 3IIR A; 5DVH A; 4IZX A; 1XG6 A; 3WO4 A; 1M16 A; 3VT0 A; 1FQ9 A; 4EFR A; 3NBN A; 3RTJ B; 2RQ9 A; 3VSF A; 4G6M A; 4IHZ A; 4OWJ A; 1RG8 A; 4II0 A; 3HSM A; 4XFS A; 4I7I A; 2GZB A; 2ESU A; 4Z8S B; 3SNV A; 1Q1U A; 4X38 A; 3I2A A; 5FZU A; 1AVU A; 2D22 A; 3V0B A; 2Y9G A; 3N7L A; 3P53 A; 3QYD A; 3HBW A; 2LIQ A; 3A07 A; 4OWL A; 3N7M A; 4P0K A; 3A22 A; 4H9W A; 2D1Z A; 5BXS A; 3E8L C; 4I4S A; 1EPW A; 3KMV A; 1XHB A; 3AKG A; 4ION A; 1D0H A; 4XKI A; 3V0A A; 3CRI A; 4OWK A; 5BXR A; 1BFG A; 5FNX A; 5BQU A; 1IRP A; 2ZR1 B; 4JAW A; 3RMX A; 5BOW A; 2HWM A; 4I4Y A; 4H04 A; 3V0A B; 1JY0 A; 4IY8 A; 1IHK A; 5FZY A; 5DSS B; 3AJ5 A; 5BP5 C; 2WBC A; 21BI A; 5E24 E; 3R4S A; 3OJV A; 1NUN A; 3RTI B; 1JT7 A; 1TP0 A; 3CA1 A; 4DEP A; 2D7R A; 3H6S E; 4KC3 A; 3FJ8 A; 1TIE A; 3H6Q A; 2D7I A; 4G9M A; 1JT3 A; 2E4M A; 1JTC A; 3BRG C; 41BI A; 3AH4 A; 5BXP A; 4ZLB B; 3CA4 A; 3ZXD A; 4LO1 A; 1TOO A; 1ISV A; 2K4A B; 1HWP B; 2QN4 A; 4AN6 A; 4ZOT A; 1PC8 B; 2MLL B; 1V6X A; 2X2T A; 1IIL A; 8I1B A; 1PWA A; 3O5W B; 1FN0 A; 2D43 A; 4OW4 A; 3FJF A; 5DZU A; 3K1X A; 4D0T A; 1TWM A; 3LTQ A; 4A7K A; 2Z49 A; 3FJE A; 2FO1 A; 2QYI B; 3R4U A; 4ZA3 B; 3WMU A; 1OQL B; 1WBC A; 1MC9 A; 2AQZ A; 5B2H A; 4I0Y A; 2ERM A; 1HKN A; 4LO3 C; 2VU9 A; 4LO2 A; 4LO7 C; 3BX1 C; 1AF9 A; 1J0S A; 1BLD A; 4YOL A; 4F83 A; 1DJS B; 3A23 A; 4EFQ A; 4I4U A; 4G1R A; 3VEQ A; 1W3A A; 4FGF A; 4IZE A; 3FJK A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5F90 A; 1PUM B; 1R8N A; 4END A; 2F2F C; 2VLC A; 2K43 A; 3PUB A; 2Y9W C; 1K5U A; 1TFM B; 4GAF A; 4UY4 A; 1SR4 A; 4QD2 C; 3FGM A; 4JQ0 A; 2F8X C; 4I37 A; 3F62 B; 1DQO A; 3LLP A; 4J2S A; 1DLL A; 1S0G A; 3UDA A; 2ZQN A; 9ILB A; 1ILR 1; 4TLP A; 2XOA A; 3WO3 A; 3D7W B; 1S0D A; 2NM1 A; 5BXT A; 1EV2 A; 3C9Z A; 1VCL A; 4OUJ A; 4GAI A; 4I4X A; 1DFQ A; 3FJB A; 4QKR A; 3NBC A; 2HWA A; 4GP0 A; 2KI6 B; 3OGG A; 1UPS A; 3I29 B; 4ISR A; 4FVV A; 3HOM A; 4A7Y A; 3O4O A; 3AKI A; 1JT4 A; 3NBD A; 4I4V A; 5BVP I; 1G9A A; 3O4D A; 1T4Q A; 3WIN A; 3BRF A; 3ZX7 A; 4LO8 B; 1S0B A; 4QKS A; 3BB2 A; 4I6I A; 4F34 A; 3UD8 A; 4KEK A; 4JKX B; 3CAH A; 4IY9 A; 3P6J A; 1FMM S; 2D44 A; 3NBE A; 2AAI B; 3W9T A; 1WBA A; 2Q9X A; 3BA7 A; 4KBB A; 1Q03 A; 3BAQ A; 1BAS A; 3Q7X A; 3UJ0 A; 1QXM A; 3V0B B; 2VSA A; 4Q91 A; 3BA4 A; 3AZV A; 2P39 A; 3BAO A; 2M49 A; 1ONK B; 1XZZ A; 4I4O A; 3TC2 A; 3CA0 A; 4I2S A; 1QQL A; 1HWN B; 4X39 A; 7I1B A; 4P6A A; 3H6R A; 31BI A; 4D0Z A; 4P0L A; 3POK A; 4HJJ A; 1DQG A; 1DFC A; 2VSE A; 4P0J A; 3HMY A; 3N7J A; 2Y9F A; 3FJJ A; 2L5X A; 2NS2 A; 1BLA A; 2E4M C; 3H6R B; 1DZC A; 1A8D A; 3I2X A; 5D63 A; 2BFH A; 1HWM B; 1EYL A; 1BFB A; 4I8M A; 1ITB A; 3NJ5 A; 4I4R A; 3VSZ A; 2YUG A; 4ZGR B; 3P6I A; 1FWU A; 2FFU A; 3F1R A; 4A7Z A; 1YF8 B; 1Q04 A; 1S0C A; 2Z48 A; 4CJM A; 4IYB A; 1QQK A; 3IM7 A; 1YTO A; 3RSJ A; 2NVH A; 4EB2 B; 3O49 A; 4QBC A; 1ABR B; 3VT2 A; 3FJ9 A; 2KI4 A; 3AH1 A; 2MC2 A; 1HWO B; 4I1B A; 1NZK A; 4J23 B; 1V6V A; 1YYN A; 3FUQ A; 1RZO B; 3AJ6 A; 3FJA A; 3S8J A; 3UD9 A; 4QBV A; 1AFC A; 1G82 A; 4USP A; 4USO A; 5FNW A; 3PG0 A; 2IHO A; 1S0L A; 2X2S A; 4LO2 C; 1KNM A; 3FJI A; 3Q7W A; 4JRA A; 4I1E A; 3O3Q A; 1I1B A; 2AFG A; 3CA5 A; 3O4C A; 3V79 C; 3A21 A; 3OBT A; 3MAL A; 4Q9G A; 4QO3 A; 3ZC9 A; 2WRY A; 2HW9 A; 4ZFW B; 1GGP B; 1II4 A; 1R8O A; 2NYY A; 1RML A; 4LO0 A; 5G00 A; 1V6U A; 4OEE A; 1S0F A; 3N7K A; 1FV2 A; 3OJM A; 1SR4 C; 1Z4S A; 2VXR A; 3O4A A; 4XFT A; 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1G9C A; 2IWT B; 4MZH A; 3ZC8 A; 3O4B A; 5I1B A; 5JMC A; 1WD4 A; 1TTU A; 5GAQ A; 3BAV A; 1JLY A; 2RST A; 2FFV A; 2VXT I; 4GP3 A; 3IAG C; 3Q7Y A; 3T8S A; 1YBI A; 5EC5 A; 4Z9W B; 2Q3N B; 4AN7 B; 4ZBV B; 4ISQ A; 3OBR A; 1WD3 A; 2VUA A; 4G9N A; 3BAU A; 3FJC A; 1Z2V A; 3OGF A; 3OJ2 A; 4GOV A; 4JKQ A; 4JP0 A; 5FZZ A; 2DRE A; 3AKF A; 3ILA A; 4JPZ A; 3N0K A; 4LO0 C; 3UJ4 A; 2P23 A; 3VT1 A; 5JLV A; 4LO3 A; 2I1B A; 2MIB A; 4D8H A; 1L2H A; 2D23 A; 3RMY A; 1AXM A; 3AKH A; 5HPZ A; 1PUU B; 1YXW A; 1G9B A; 1K5V A; 2F2F A; 5F8W A; 1W3G A; 4LO7 B; 3HAL A; 4Q9P A; 1IOB A; 2HZ9 A; 4MZF B; 3PHZ A; 1CVS A; 1EVT A; 3BAH A; 4EKX B; 3WA1 A; 2K8R A; 3FJD A; 1N4K A; 4EFP A; 1HCD A; 1TWE A; 2D24 A; 3AZW A; 4J2X A; 1IT0 A; 3QR5 A; 5EG6 C; 1BAR A; 1XYF A; 2AXM A; 4EEE B; 4DCK C; 3JRR A; 4ZFY B; 1FMZ A; 1DZD A; 4DEN A; 4QD2 B; 5DUY A; 3JUT A; 3CU1 B; 5F8S A; 1ISX A; 3BAD A; 3IIR A; 5DVH A; 4IZX A; 1XG6 A; 3WO4 A; 1M16 A; 3VT0 A; 1FQ9 A; 4EFR A; 3NBN A; 3RTJ B; 2RQ9 A; 3VSF A; 4G6M A; 4IHZ A; 4OWJ A; 1RG8 A; 4II0 A; 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