3RMXA

Crystal structure of hcr/d f1240a mutant
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
415
structure length
404
Chain Sequence
NSINDSKILSLQNKKNALVDTSGYNAEVRVGDNVQLNTIYTNDFKLSSSGDKIIVNLNNNYENSSVSFWIKISKDLTNSHNEYTIINSIEQNSGWKLCIRNGNIEWILQDVNRKYKSLIFDYSESLSHTGYTNKWFFVTITNNIMGYMKLYINGELKQSQKIEDLDEVKLDKTIVFGIDENIDENQMLWIRDFNIFSKELSNEDINIVYEGQILRNVIKDYWGNPLKFDTEYYIINDNYIDRYIAPESNVLVLVQYPDRSKLYTGNPITIKSVSDKNPYSRILNGDNIILHMLYNSRKYMIIRDTDTIYACSQNCVYALKLQSNLGNYGIGIFSIKNIVSKNKYCSQIFSSFRENTMLLADIYKPWRASFKNAYTPVAVTNYETKLLSTSSFWKFISRDPGWVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Toxin
source organism Clostridium botulinum
publication title Novel Ganglioside-mediated Entry of Botulinum Neurotoxin Serotype D into Neurons.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type D
total genus 89
structure length 404
sequence length 415
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2011-04-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 3rmxA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3rmxA02
4IHZA 1MS0A 4DFSA 1N3PA 3KM5A 1XHBA 3R05A 1E0OA 4OZXA 2UWAA 1VIWB 4X37A 1F9KA 2YV8A 1U0AA 2K43A 1ONAA 3RTIB 2ZGUA 2Y9XE 4AVTA 1YF8B 2VW0A 1EPWA 1QGLA 2D24A 4DEPA 3AKHA 3CA3A 4AVVA 3T2TA 2JE9A 5EXOA 3AP5A 4PBOA 1R8NA 4YLZA 3AP9A 1SLAA 2JJ6A 2ZGOA 4J2YA 3SLIA 3B01A 3WDWA 4OW4A 3OBTA 4GAFA 1PZ8A 5FZUA 4WVWA 4DRVA 5G00A 3VSFA 2Y9WC 3OY8A 2A7AA 3FJCA 2VSAA 3USUB 1CESA 4GA9A 2P3JA 3B00A 1RITA 1N1VA 2D6KA 1CE7B 1IKPA 1BYHA 3PHZA 3D4KA 2D7RA 4P0LA 5JOYA 1BFGA 4P6AA 5GLWA 4BLJA 3MPPG 4I4VA 4P0JA 1LHWA 2E6VA 4X39A 1WBLA 3W58A 4K20A 1D0HA 3ZSJA 3AZWA 3O5SA 3APBA 2CYFA 1T9FA 2FMDA 1JLYA 3ZX7A 1Q8SA 3AZZA 2LIEA 2ES3A 1HCEA 2ZACA 1TFMB 1W3FA 5FRAA 1JT3A 5GZGA 1F5FA 4P0KA 1DQ6A 3AKIA 1BFCA 1Q8OA 1O4YA 3HSMA 1GNHA 3BAQA 5GZCA 4M01A 4C1WA 3FJJA 5DUVA 3BA5A 1MVEA 3POSA 2DRZA 3H6SE 4IONA 3FJEA 2E4MA 5KXBA 2UWCA 1YI7A 1QNWA 3AJYA 1Q04A 2KH2A 4JKQA 1DJSB 3IM0A 5EYYA 4I4PA 1KJRA 4YG0A 4FPCA 3O4BA 1WD3A 1V6OA 1CQ9A 3AXDA 1SBDA 5DUYA 4QD2B 4LBNA 1ABRB 5H9QA 4OEEA 2LIQA 1WW5A 5JMCA 1II4A 1V6XA 5BP5C 1X50A 1NUNA 1IOBA 1IT0A 1QNYA 1I1EA 1IKQA 1QOTA 3TC2A 1WLWA 4M3CB 1C4RA 4FOQA 4YGDA 1HWPB 4QO3A 1RG8A 3SH4A 4KEKA 1SBFA 4UW3A 1LOCA 1MC9A 3WINC 1A78A 1DHKB 1I3HA 2PHFA 4I4UA 3Q7WA 5GM0A 3AYEA 4TLPA 2E51A 2HWAA 1AVAC 3NBNA 1LOFA 3O4DA 5DG1A 4FPHA 1VAMA 3CA1A 4G9MA 1UKGA 5JOWA 4K1ZA 2ZQNA 3TB0A 4ASMB 5F8YA 2CY6A 3W59A 1N4KA 4R9CA 2WRYA 4YW5A 1GKBA 3MW4A 3V79C 1NZKA 1IS4A 1G9AA 4QALA 1CPNA 2ZGNA 2NM1A 1JYIA 3ZXFA 2LALA 1IS3A 2A71A 4YW2A 3IN9A 2NTDA 3IIRA 1KDKA 2A5ZA 4I4RA 4BQ1A 1AFCA 2GN7A 1W6MB 3NV1A 3OYWA 1HLCA 1AJKA 3POYA 1R1ZA 3SITA 4DPNA 2A3WA 5F90A 3FGMA 1LECA 1JT5A 3ZXKA 3ZPYA 4Y24A 3NJ5A 5CB7A 3NBEA 2UUSA 2ZGSA 2Q9XA 1LOEA 4LBQA 3AFKA 3BADA 5FNWA 4I4OA 3QLQA 4GOYA 3PVOA 1XZZA 3ILNA 4H9WA 3AYCA 4FPYA 2JE7A 1LU2A 4UW6A 5JLVA 5IT6A 3ILAA 4JAWA 3SNVA 4XBQA 4GKYA 1SLLA 5I1BA 1N1YA 2ZGRA 3ZYRA 3PJQA 1ENSA 3IPVB 1S0JA 2GNTA 2OVUA 3ASIA 1TOOA 1BFFA 2X2SA 3F62B 2W52A 4FQ4A 4Y22A 1DFCA 1W6OA 1VCLA 2DREA 4QKSA 1HWNB 1UZYA 3M1HA 3BOPA 4P9WA 2ZR1B 1TP0A 1PC8B 3QR5A 3RS6A 4L4HA 4X3AA 3JUUA 4AGRA 3CRGA 2P39A 1PZZA 5T5OA 2EAKA 4IY8A 1N3OA 3ILRA 1GZWA 2CTVA 3O0WA 4WVVA 7I1BA 1CONA 1AX2A 2VLCA 5E89A 4H55A 5GZEA 2W39A 1ZM1A 1W6NA 2ZA9A 3O44A 1TWMA 1QF3A 4XHXA 2GMMA 2ZGMA 4LBMA 2AGSA 1DQ2A 3BIWE 5DZFA 31BIA 1MR5A 1OQ1A 2P3IA 2P2KA 4GWMA 1QXMA 1FNZA 3WV6A 3RSJA 4Y1XA 5GLVA 3O0XA 4EEEB 4FPLA 1BXHA 2FO1A 3AZXA 3V0BA 4QD2C 1C1LA 4IYBA 4YW3A 1V6KA 1WLCA 3B9CA 3UJOA 3PMEA 3PUBA 1FV2A 4D8HA 1SLCA 3ZYPA 4KEJA 5T5JA 3SISA 4BOWA 5CAZA 1UL9A 3H6RA 4YFWA 1ULEA 3A21A 2WSUA 4WBCA 1BFBA 3AH4A 4YG3A 1N1SA 1YXWA 2DVBA 1Z78A 2XG3A 3VKMA 4G9NA 3AXEA 5DVHA 3BAOA 1N3QA 3WG2A 5H9RA 1LCLA 3ZC9A 5SV8A 4XFTA 1S0BA 1WLDA 1JLXA 5FZYA 1ONKB 1QOOA 2R49A 1R8OA 2QYIB 2R0FA 1CIWA 1W6PB 3EF2A 4TZDA 2K8RA 1O4ZA 1QKQA 4XXPA 2FGFA 3HOMA 1UN1A 2V73A 4OUJA 1FX5A 3AZVA 5FZZA 2HYKA 5BP5A 1IHKA 2DWRA 4Y20B 3DUIA 1RIRA 1S0GA 1FAYA 2A6XA 3WINA 2NMOA 2W08A 4Z8BA 4BMEA 5T5PA 3D7WB 4GXLA 4RL7A 5F8WA 4J23B 1Z4SA 2NVHA 2GNMA 5E8AA 5E24E 2D1ZA 1DQGA 2ZHKA 4YW4A 5HPZA 1V6VA 2RQ9A 3FJBA 2WLQA 3AH1A 1UPSA 4GP0A 3O4CA 4YZ4A 1BLDA 1Z0HA 5GLUA 3W9TA 2KI6B 3WZ1A 6I1BA 1SACA 2FHRA 1FMMS 1ULCA 4EFQA 1AXKA 3D5OA 4ZGRB 5EWSA 1LHOA 4HL0A 5DZGA 4I1BA 1FATA 1CN1A 1G86A 4FPGA 2NYYA 1AF9A 2R1DA 1ISYA 1S0EA 1AVWB 1G9CA 1T4QA 1RY7A 2D44A 3NV4A 2ZBJA 3MALA 1Q56A 4ATFA 4LO8B 3I29B 4YZ1A 2OUJA 5L73A 2D23A 2A6ZA 3C2UA 3VT1A 1Z2VA 4XJ8A 1P63A 4XIKA 4BPZA 3A22A 1GANA 3FLTA 2DVFA 1W3AA 1WCSA 1MVQA 1HIBA 4I4XA 3QYDA 2RHPA 3MW2A 3RRDA 8I1BA 4LBQD 1BASA 2ZABA 3ZSKA 2ZHLA 1ILR1 2AYHA 2AXMA 1DYKA 3AP7A 2J3PA 3CRHA 1W0PA 3IMNA 3USUA 3OY8B 4Y1YA 5GAQA 5IK5A 5BXPA 2PHXA 2D6OX 4XMAA 2WT1A 1DGLA 5DUWA 1IILA 1ULDA 4FVVA 2DTYA 1HQLA 5LK5A 3SH5A 3OJVA 2I1BA 2JDZA 2B7YA 2Y9FA 2WKKA 3VKFC 3B3QE 1UZZA 3KQRA 2D22A 1C1FA 1GZCA 2YUGA 3WDUA 1JW6A 3FJIA 2VH9A 1RMLA 2KM2A 4BMBA 1CJPA 5IK7A 2VY0A 2D6LX 2RG9B 3VSZA 1G9DA 1HDKA 4G6JA 4G6MA 4I96A 1TEIA 1YBIA 1NXD1 3AYAA 2WJSA 4QBCA 3WO3A 1KDMA 2DVGA 1N1TA 3H6QA 4U2AA 4YZ3A 1V6JA 1SLTA 4PCRA 3ZVXA 3PG0A 2YXSA 4YW1A 3T1MA 4BM8A 1DQ0A 1SFYA 1FMZA 2UWBA 4H04A 3MW3A 1FWUA 4YM2A 3ENRA 4ZOTA 1S0DA 5T54A 1JOJA 4Y1VA 1FQ9A 2GNDA 4JPZA 3FLRA 2CNAA 4XYXA 3N35A 2XOAA 3VV1A 3LSEA 5BYNA 1VAVA 2F2FC 4M00A 4NOTA 3K1XA 2GMEA 3V0AA 4I4QA 2MLLB 3AH2A 1AXYA 2DUOA 4M3CA 4ZA3B 3HN1A 1DFQA 4Y1UA 5JDBA 1GLHA 2WSVA 2ZMLA 4FOWA 5DG2A 4P9YA 2AFGA 2VXRA 4I30A 4JP0A 1SCRA 1VLNA 4WZFA 4DQAA 4DRRA 1WW4A 3FJAA 3VUOA 4FOVA 4QC4A 1YYNA 5KXCA 1SBEA 4FPEA 2OUHA 1AVXB 1G9FA 3WOGA 3RG0A 4I6IA 3S8JA 1ISWA 4ZLBB 3I2XA 2KLLA 4Q1PA 5HCBA 2X2TA 2CWMA 1C57A 2D3RA 1UAIA 1V6MA 3D6EA 1LJ7A 2ZHNA 4OEFA 1K5UA 4YOLA 1WW7A 1W6MA 1Y7BA 3R4UA 1HWOB 1W6QA 2PHWA 1AJOA 3O49A 2ZGLA 3WHUA 5BXTA 3E8LC 4TYSA 3I4IA 1MS4A 3A4UA 5BVPI 1LEMA 1KNMA 2Q3NB 3POKA 2E53A 3OGFA 2ZZJA 5IK4A 2WT0A 2YROA 1SR4A 1H9WA 2E7QA 3L2YA 4LBQB 3GNEA 1QQKA 3N7MA 4XJWA 3ZXJA 4LBOA 3WDYA 2ZMNA 2CL2A 1LU1A 2UU8A 2C5DA 2VSEA 3AP4A 4Q27A 3BAVA 3IM7A 2VXTI 3H0OA 3AJ5A 3PVNA 3IPVA 2QN4A 3QCWA 4AVSA 1I1BA 4XTPA 2MIBA 4HANA 3CQAA 3AK0A 1UX6A 3FFZA 2NN8A 1Q8PA 4QKRA 3M2MA 1BKZA 2WT2A 4JRAA 3V64A 2K4AB 1UMZA 4GKXA 1W6OB 4F34A 4LO0C 3A0NA 3ZSMA 1QOSA 4RA0A 3BRFA 4I1EA 5GALA 2DVDA 3HBWA 3N36A 5GJ6A 1HWMB 5EC5A 3VT2A 1RZOB 1FWVA 5DXDA 3VKNA 3P6JA 5B2HA 2Z49A 5GLZA 3INAA 3BRGC 4XIOA 2WQZC 3N7JA 1AX0A 1ZA4A 3AX4A 2DU0A 4XBLA 3ZXLA 3AKFA 1JY0A 2IHOA 2VU9A 4YGEA 3AZYA 1V6LA 2A3YA 1GNZA 5DUXA 1W6NB 4LO2C 4I8MA 5DUUA 3S8KA 2M49A 3WO4A 3DGTA 3ZXDA 1AXMA 2UURA 3WO2A 3U4XA 2ZKNA 3F1RA 1V6WA 4XHBA 5T50A 4FOYA 2FFUA 3B9UA 1FN0A 1L2HA 4J2KA 4XJZA 4MYEA 3TAYA 5D62A 4A7ZA 4Q91A 1MS9A 3BTAA 3NBCA 4Z9WB 1FGAA 1LODA 3B69A 4DS0A 3V0BB 5BQUC 2D6NA 3JU9A 1LGCA 4LBKA 4IQPA 1SZ6B 1H30A 4L4IA 4CZSA 2SLIA 5JOZA 3FJ9A 5T5LA 1LENA 3VWCA 3BX1C 1W0OA 1GICA 3HMYA 1KJLA 4P9XA 4YGCA 4USPA 3M3EA 3O3QA 4IY9A 4PC4A 1G7YA 4R9BA 3CA0A 2AQZA 2GALA 4YM3A 1LGBA 2CWSA 2R9KB 4D69A 4XJAA 3VT0A 3WCRA 2EXHA 1ISXA 2F8XC 5DSSB 1B09A 4FP3A 1CR7A 2DURA 1PZ7A 3UJ0A 4II0A 3FJKA 4F83A 1FNYA 3VKOA 2YZ4A 3Q7YA 3BODA 1ISZA 4Q8KA 2F2FA 4HJJA 3LTQA 4AWDA 1LOBA 4Y20A 4YM0A 1A8DA 5FNXA 2D3SA 3FJFA 4ZXKA 4G1RA 3RTJB 4LO7B 4KEIA 1EVTA 3P53A 3ZXGA 3BRDA 4PBPA 2JKBA 4EKXB 2AENA 3WG3A 2EXKA 3Q7XA 5HCFA 1DBNA 5D61A 3VKLA 2FDBM 3ZXEA 1MS3A 3M3OA 1LHUA 1CVNA 4CRQA 2ZQOA 4PF5A 2D20A 1RINA 4DCKC 3UDAA 4D0ZA 2DUQA 4JCKA 5E88A 21BIA 5KXEA 1MZ5A 4LO3C 2D7IA 4USOA 4GWNA 1DQ5A 1BA7A 2Z48A 1QMJA 4DENA 1XQNA 2ARXA 1LHVA 4AGVA 2ENRA 4D0TA 1OFSA 1V6IA 4XOGA 2D6PA 5CA6A 2DRYA 1LHNA 4Q8LA 1WUVA 4K1YA 1J0SA 4XILA 5H9SA 1BLAA 3BA7A 1YO8A 2FFVA 4XMIA 3WMUA 2MC2A 1IJTA 2D6MA 5EYXA 4ENDA 4IZEA 5T55A 3UK9A 4ZBVB 2AUYA 2KI4A 2SBAA 4IZXA 1LOAA 5CNAA 3FJHA 2AAIB 4ITCA 2ZGKA 2P3KA 4WV8A 5GZFA 1KITA 4M3CE 3WG4A 3IM5A 3WCSA 1H9PA 1Q8QA 4XXAA 1KQRA 4FPFA 2D7FA 2BFHA 1KRIA 4I4SA 1IRPA 1APNA 1ENRA 3R4SA 4A7YA 3O12A 3Q9OA 3LLPA 1PUUB 2P34A 4LO0A 3BA4A 1NLSA 2A3XA 1DIWA 4JQ0A 4AYUA 1W3GA 4A7KA 3CU1B 5F5QA 3OPZA 3P6IA 4C1XA 3ZSLA 1GBGA 1MD6A 4ISRA 4FQZA 4AGGA 4XKIA 4L8QA 3NV3A 4XFUA 5D63A 2RSTA 3GALA 3V65A 3JUTA 3UJ4A 1LEDA 4FPKA 3O4OA 4LO2A 1LTEA 3CRIA 1WD4A 3UD9A 1HKNA 2C9AA 4OWKA 2A75A 4QBVA 3FJDA 2A70A 2PELA 1ENQA 2AH2A 4LBLA 4UW5A 3CA6A 1HCDA 2BEAA 3POWA 4P14A 4Q1RA 2ZMKA 4LO1C 2OW4A 4I4YA 4Z8SB 3WVJA 1MS1A 2VW1A 5DZUA 3HALA 3A23A 1Q03A 4OWLA 3WMVA 3WDVA 4I37A 5BQUA 2D3PA 1ISVA 2GMPA 4M3CF 2A6YA 2L5XA 1CVSA 1WBFA 4CJMA 5DZEA 4OEGA 1PWAA 1WW6A 3V0AB 3CA4A 2P23A 2DUPA 4LO7C 1BZWA 2V5YA 3FUQA 4YGBA 2DTWA 3N7KA 1S0LA 3FLPA 1HQWA 2JECA 5IK8A 1AZDA 1GYKA 4AN6A 1JXNA 4AN7B 3O5WB 2PHUA 1JBCA 1URXA 2ERFA 4KC3A 5EG6C 1JTCA 3O0VA 1V6UA 3AP6A 4EFRA 5AVAA 1DLLA 3T1LA 2ERMA 2VUAA 5F9TA 2ET2A 4FGFA 1AX1A 4R6UB 3KMVA 4BLIA 2H0BA 2PHTA 2Q5TA 3NV2A 1LULA 3AYDA 3OGGA 3O4AA 1SLIA 1MS8A 4ATEA 1YTOA 4YZ5A 4JKXB 1OKQA 2HW9A 2EIGA 1DQ1A 1JN2P 3RMYA 1EYLA 3OYWB 3NBDA 4EB2B 2AR6A 4I2SA 2EALA 3BAUA 3CA5A 1AVBA 3AJ6A 1QDOA 2AREA 1G8WA 1W6QB 2GDFA 1G82A 3RMXA 4J2XA 1QU0A 4KBBA 2HZ9A 1MS5A 4XJ9A 2ZGPA 4LBJA 2KKIA 1Q1UA 2A6VA 4Q26A 1ULGA 5JVVA 2ZGTA 4GOVA 3ZC8A 4FPOB 3BB2A 1FV3A 4YG6A 3N7LA 4W65A 4YFZA 4GALA 2ESUA 2NMNA 1F31A 1LOGA 1QDCA 3MEPA 1TTUA 3AKGA 3CNAA 1XYFA 4I0YA 1S0CA 1M16A 4CTEA 1GZ9A 3WDTA 3VEQA 1BQPA 1DQ4A 1D2SA 3LSDA 1GGPB 3WLUA 1TWEA 1IRAX 4LO3A 3IKWA 4Y22B 4GP3A 1S0FA 1N47A 3WUCA 3A0KA 4YZ2A 4Q2FA 2TEPA 3UD8A 1ULFA 3IAGC 2WNEA 3BAGA 2JD4A 1A3KA 1IOAA 1SLBA 4ZFWB 3T8SA 2W68A 4ZFUB 2GO2A 3AJZA 1SCSA 1XG6A 3BAHA 3I8TA 5BXRA 3ATGA 1S0IA 3JRRA 3M3CA 1EV2A 1TIEA 4XTMA 4XZPA 1GSLA 4Y1ZA 1S1AA 1GZWB 4XE9A 5F8SA 1JHNA 1QQLA 1Q8VA 4NO4A 2YY1A 1DZQA 4UW4A 5GLTA 2I2SA 3OBRA 2E7TA 9ILBA 1PUMB 1MACA 4HA2A 2IWTB 2GN3A 1PZ9A 1M2TB 2R1BA 2XB6C 3NWKA 4JC1A 2E4MC 1FYUA 1GV9A 1V6NA 1CPMA 41BIA 3A07A 3ILFA 1DQOA 4R9AA 1ITBA 1DYPA 1HKDA 4Y26A 4FPJA 4XJUA 5FREA 4HR6C 2GNBA 2DVAA 4X38A 5HCAA 3WHTA 2DS0A 3I2AA 4ZFYB 3IM6A 2EXIA 1OQLB 2ZGQA 3C9ZA 2R0HA 4YM1A 3PVEA 3OJBA 4U36A 2ZAAA 2YMZA 2EXJA 5H9PA 1JT4A 1K5VA 3H6RB 3HR9A 1DZCA 5EHAA 2A6WA 2LTNA 3OJMA 1LOFC 2EF6A 2ZHMA 3FBYA 4Q9PA 2BEBA 4I7IA 3WG1A 3WNXA 3SH3A 4K21A 1YRZA 1J1TA 5KXDA 1G9BA 1BJQA 1W6PA 4GAIA 5BOWA 4PQ9A 4EFPA 1BARA 1V00A 1AXZA 2DU1A 4LO1A 1WBAA 5BXSA 2G4IA 2HWMA 2Z42A 1DZDA 3UL2A 3UD7A 5T52A 1YIFA 1VALA 3FJ8A 2DYCA 3N0KA 3SNMA 5IUQA 3WDXA 5CBLA 1JQZA 1AVUA 2WBCA 2GZBA 2NP0A 1JYCA 2BQPA 1IS5A 2PHRA 4XDQA 1LGNA 3CAHA 3UJQA 3OJ2A 4I3NA 2VW2A 1WBCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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