2D7RA

Crystal structure of pp-galnac-t10 complexed with galnac-ser on lectin domain
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
total genus 155
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7rA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7rA01
4Y7VA 1H5SD 3ST8A 1R8OA 2X65A 2VUAA 4JISA 3LTQA 4LO2A 3T7NA 5B2HA 4G9NA 2VXRA 1JV3A 5EJ1A 1FXJA 1IILA 3I0FA 1JY0A 3O4BA 4IRQA 4Q9PA 5FZZA 3RTJB 4JPZA 3V0OA 4AN6A 1JV1A 3BRGC 4PC4A 4EEMA 1H5SA 3SPTA 3BCVA 1PWAA 1R80A 1ZDGA 4GP0A 4DCKC 4I2SA 4JP0A 3AJ6A 5BQUC 2FO1A 1G2VA 2Y6PA 4BMAA 4LO7B 2HW9A 2RSTA 1OQLB 1LZ7A 2GGOA 1WD4A 3H6RA 2VFZA 4IONA 2AXMA 4GOYA 3ZX7A 5EHAA 1OMXA 5CMIA 1NKHB 3R4SA 4Z8SB 1GGPB 4F34A 3BADA 4FGFA 1LL0A 4M28A 3V0LA 1A8DA 2AM3A 2Y9XE 3Q4SA 3U0YA 1JT7A 2XWMA 2YUGA 3QR5A 3U2VA 1D0HA 1HKNA 3CA0A 4AYLA 1VGTA 1ZI5A 3CA6A 1V6UA 5EJZA 4HO2A 1HIBA 2RJ1A 3V0MA 2RG9B 3BX1C 4EKXB 3F62B 2Z87A 4G1RA 4I6IA 1S0EA 4B2XA 8I1BA 3HL3A 3PHZA 5DSSB 1H4DA 1LVWA 2UX8A 1H5RA 4IQPA 4I4RA 3NBDA 1WT3A 2DRZA 4NALA 1DJSB 2D0JA 3SXCA 3FJ9A 1ISVA 4AAWA 1SS9A 3BAVA 4NANA 2P39A 1XYFA 3BAUA 3HMYA 1JT3A 1VM8A 2Q4JA 2FYAA 1H4CA 1MC3A 1MP4A 1ZJ1A 4L41C 2D43A 1VPAA 3TQDA 2E4MA 2PA4A 3ZLLA 2CU2A 1AF9A 2Q3NB 3NBEA 4CJMA 5JMCA 4J2YA 1G3LA 1GX0A 1H3MA 1H7LA 3AZWA 3FUQA 2AE7A 1R7XA 3CU0A 4QC4A 2FYDB 3PKQA 1VGZA 5DZUA 3SX5A 4KEKA 1ZJ3A 2I5EA 3O4CA 5AJPA 5C36A 3I2AA 2BFHA 2D7RA 5CQNX 1NF5B 1GWVA 1R7UA 1FG5N 3OGGA 2WEEA 1ABRB 2X60A 3O44A 1Q1UA 4I4VA 4GOVA 5JLVA 2DPWA 4J18A 1Q03A 2O1GA 4II0A 4G6MA 3WINA 2YC3A 4HO0A 1IT0A 2WBCA 3R4UA 5CMHA 3UD7A 3HN1A 3Q7UA 3T7OA 1TOOA 1AVUA 1OQMB 4B3UA 2E4MC 4B5BA 1FO9A 1G1LA 1H5TB 2HWAA 3BRFA 2QKXA 3POLA 5C4BA 2ESUA 1S0LA 2AFGA 3V0AB 1QGSA 2V0HA 3ZGGA 5CQMX 1NHEB 4L4HA 3VT2A 1WT0A 1ONKB 2NTDA 3RSBA 3FJIA 4JQ0A 2NYYA 3I2XA 1W77A 3CKVA 2VU9A 1JT4A 4EFPA 4D0ZA 4JKXB 2GGQA 1QQLA 3WINC 2JCJA 1PUUB 2E3DA 1HV9A 1XHBA 3S8KA 2VSHA 1DFQA 3V0PA 4H9WA 3OJMA 3SX8A 4G3PA 2XOAA 3IM6A 1R81A 1G9BA 5C4CA 3POKA 3JUJA 3V91A 1P63A 3P53A 1V82A 2P73A 3O4AA 3BA7A 5FZUA 2PGVA 3T7MA 3FJFA 1SZ6B 3AKIA 1GX4A 2AM5A 1EYLA 3CKOA 3EE5A 1FXOA 2Z48A 4KBBA 5BXSA 1GQ9A 1E0OA 2VSIA 4LW3A 1I1EA 4AYJA 4EE5A 5BXRA 1WT1A 4GAFA 5C3BA 5F8SA 2GZBA 4A7YA 1AVXB 2PGYA 3VWCA 1DIWA 3N7KA 2D1ZA 2P23A 5BOWA 2ZQNA 2FDBM 4I1EA 4ZGRB 3A21A 2Y9GA 1FV2A 1VH1A 3AKHA 4IY9A 3CQAA 1WBCA 5FU8A 4A7KA 4I4XA 3VT0A 2WAWA 4P0JA 1QQKA 4QBCA 3WA1A 2YQJA 1T9FA 1FZWA 4K6RA 1YP3A 3FJCA 5C4DA 4B4MA 2BEAA 5L6SA 3QYDA 3OGFA 4J2XA 1O23B 3NBCA 2XMHA 3WO4A 1WBAA 4G6JA 3IM7A 4LO0C 2A8UA 4ZOTA 2AESA 2V0KA 1INJA 4M2BA 3I0CA 2A8WA 2F2FA 4HO9A 1AVAC 1BLAA 4I4OA 5C1HA 4HOCA 4LO3C 3VEQA 1HJJA 4FRPA 4HO5A 4Y9XA 1H7HA 3SXEA 2RJ4A 1FV3A 1NUNA 3E8LC 5HPZA 3BRDA 2RJ6A 3OH4A 1ZJPA 2W0VA 4M2AA 3USQA 3O4OA 3ZLKA 5CMFX 5IFYA 1S0BA 2M49A 3N7MA 1K4VA 2P6WA 3I0GA 4FRBA 2NZ9A 4I4YA 5BXTA 1W55A 3SX7A 4ZKTB 3I0HA 3MALA 3OJ2A 1YXWA 1DQGA 1HM9A 4QD2B 2ET2A 4I4QA 4QKRA 2BO8A 3KMVA 2BEBA 2O1FA 2X5SA 2APCA 3BAQA 4P00A 4Y7TA 2VS5A 3RMVA 2KI6B 3O3QA 1FN0A 3D7WB 4LO2C 2VSEA 4DENA 4P0KA 4KEIA 3CA3A 5FNXA 5F90A 1JVDA 1BFBA 4OWKA 5BVPI 1HWOB 2NVHA 1DZDA 3FJBA 2FFVA 4LO1A 4OEFA 1JYKA 4DDZA 1TTUA 2P72A 5L6VA 2Y4MA 4C2SA 1H5SC 4Y62A 1J0SA 1ZCVA 3UD8A 4JKQA 1GA8A 1FWYA 4I0YA 1QG8A 3I0LA 4KC3A 1TZFA 3U0XA 4J2SA 1S4NA 4FQWA 3F1YA 1VZTA 2DRYA 1JTCA 1MC9A 1Q04A 9ILBA 3CRGA 1NWGB 2QGIA 4KC1A 3TZTA 4USPA 3RSJA 1V6WA 1FMMS 2I5KA 4HCQA 3KIAA 1EV2A 4X39A 1ZJOA 2AH9A 4Y7UA 3Q7YA 4LO8B 4Q91A 5C1GA 2ERMA 3O4DA 1FR9A 5FV9A 4KEJA 5D61A 4Y63A 4KNXA 4EE3A 5FYEA 4FRQA 3CA1A 3I29B 4GP3A 4F83A 4X38A 5G00A 3HALA 3ZGFA 2K43A 5DUYA 4QALA 3V0BB 4MYBA 2Y4KA 1Z90A 2WVMA 1II4A 1IHKA 2Y7AA 1OMZA 4D0TA 1PUMB 5F8WA 4OW4A 1Z2VA 5I1FA 4ZDQA 3V0NA 3AZVA 2F8XC 1ZCYA 4ISQA 3F1CA 5C1LA 5JQQA 2I7BA 1O0RA 1YROB 5FUHA 5C48A 2QYIB 3USRA 3ZC8A 5J49A 4FRLA 4R7PA 3SNVA 3B9UA 1H7QA 4OEEA 3P6JA 3N0KA 3I0IX 2NXVA 1FRWA 1YTOA 3DJ4A 3BAGA 3CKQA 3FOQA 4ZA3B 2ICXA 1L2HA 3FJEA 3RMYA 31BIA 1S0FA 1H4EA 1ZI1A 4I8MA 3H6SE 3K8DA 3OH3A 2MC2A 5GAQA 3E25A 5FZYA 1H5SB 1T4QA 5HS2A 1HWMB 5CQPA 3WMVA 5C3AA 1HM8A 1NQIB 1MP5A 3V0QA 3U2XA 5EC5A 1LL3A 3GUEA 3BA5A 1INIA 1HCDA 1HJLA 3FJDA 2YQCA 3N9WA 4FVVA 3NGWA 1ISYA 3O49A 3R2WA 5CMJA 1FGAA 4OUJA 1G0RA 1SR4A 2AM4A 1VZUA 5CMGX 3H6RB 2OI7A 4KT7A 3I0JA 4KNRA 3FJKA 3IM5A 1ISWA 3U2UA 3MPPG 3V8YA 1WD3A 1GQCA 2AGDA 3E26A 1O7OA 5C38A 1BASA 2NP0A 4I1BA 1H7GA 1JYLA 3AH1A 1ZCTA 4FCUA 4G3QA 5F8YA 1MP3A 1FR8A 1FO8A 4I96A 4KPXA 1VGUA 2ICYA 4E1KA 4HO4A 4CVHA 1TP0A 4HO3A 1QGQA 3EF2A 2OI5A 5FTVA 3I0EA 5E24E 1EPWA 5D63A 1W3GA 1NMMB 4HO6A 3IOJA 1V6VA 5C4EA 3AH4A 2V0JA 1IIMA 2FYBA 2IWTB 4FREA 4DEPA 5BP5A 1XG6A 3AH2A 4I4UA 2WE9A 3PNNA 4KC2A 1H5RB 1G9RA 1BA7A 1YYNA 1RG8A 2KLLA 4JAWA 1XZ6A 1YP2A 2OEFA 5I1BA 1JLYA 1R7TA 3CRIA 4GAIA 4QBVA 3CKJA 1PZYB 3C9ZA 3LW6A 4IZXA 3DK5A 4KPZA 2VSAA 4ARWA 3BAHA 4HA2A 1W3FA 4TLPA 1QWJA 1TWEA 3HBWA 4WBCA 1WVCA 1Z4SA 3N7LA 1BLDA 2QH5A 2D23A 2RITA 4MNDA 5C4FA 3WO3A 3FGMA 2OI6A 1DQOA 4HR6C 4YOLA 1RMLA 4LO7C 5EG6C 4Q9GA 3CGXA 4Y64A 3SXAA 3VSZA 2FYCB 4A7ZA 5AJOA 4XWIA 5BP5C 4EVWA 4OWLA 5C47A 2WGZA 1FWUA 3VUOA 2V0LA 4FRMA 2K4AB 3SXDA 2K8RA 4ZFUB 4M4KA 3A22A 4IY8A 3UD9A 2RJ7A 1R82A 2R9KB 4L4IA 3IOIA 3O3PA 4B42A 4KC4A 1MD6A 1TWMA 4HJJA 1JQZA 3AKGA 3I0KA 2AECA 4G87A 1ILR1 6I1BA 3BTAA 3W9TA 3D98A 1NZKA 2XWNA 3CRHA 3CU1B 1TFMB 1G9AA 1G97A 1YP4A 4YS8A 4XKIA 1K5VA 2ZU8A 1BFCA 1VH3A 3BB2A 2KI4A 3N7JA 4XFUA 2BO7A 2JCKA 2RIZA 1RY7A 4CJBA 4P02A 3IAGC 1HM0A 2F2FC 2XWLA 3JUKA 1G9DA 1ON8A 4UEGA 2MIBA 4ISRA 4FRDA 4NAKA 1CE7B 2OEGA 2IHOA 4Z9WB 3JTJA 2LIEA 4XFTA 4FRAA 1JLXA 3S8JA 3FWWA 1IJTA 2Y9FA 1LZJA 1ZJ0A 4NAIA 4Y6UA 1V84A 5FU0A 2PX7A 1G95A 3HOMA 1H5TA 4B4BA 4ZFWB 1ZI4A 1ZIZA 1TIEA 4B4GA 2HZ9A 3U2TA 3P6IA 3U2WA 5DVHA 2AAIB 3V0AA 3OBRA 3RMXA 3D5NA 21BIA 4USOA 3VT1A 4JRAA 2D22A 5FNWA 3CAHA 5C8RA 5BXCA 4HO8A 3V90A 2VXTI 1ZJ2A 4I7IA 5DDTA 2E8BA 5FTSA 1ON6A 4ZLBB 1YF8B 1ITBA 3ZXGA 1IOBA 4ENDA 1BFFA 1E5KA 1FGXA 2RJ8A 3OKRA 4FRHA 5AJNA 1M16A 1G93A 4I4PA 1DLLA 4LO1C 1FOAA 5BXPA 1TW5A 4FROA 4R6UB 1PZZA 3D8VA 5DDVA 1ISXA 3WMUA 1FGGA 1I52A 3OC9A 3OH2A 2RQ9A 1H7TA 4J2KA 3JUTA 2FY7A 2YCMA 3FUOA 2I1BA 4H04A 3HSMA 1S0CA 1IRAX 3UDAA 3NBNA 4ECMA 1K5UA 3OH1A 2X2TA 4ZFYB 3SXGA 4P6AA 4CJCA 2D20A 2D44A 1IRPA 1PC8B 1EYRA 2ZQOA 3PKPA 2LIQA 1G23A 4EEGA 3RMWA 4AC3A 3WO2A 1TVYA 1JT5A 4I4SA 1BARA 2W0WA 3AJ5A 1R7VA 4EEEB 4EB2B 1PZTA 3T8SA 3OAMA 4Y7GA 5IDSA 4ZBVB 4IHZA 2NM1A 2BO4A 2YESA 3Q7WA 3A07A 2D24A 3RTIB 3OBTA 1W57A 5C49A 3BA4A 2D7IA 3FJAA 1V6XA 4QKSA 1EZIA 1WSZA 4HG6A 4JD0A 3OJVA 1LL2A 3ZXDA 4ASJA 2BO6A 4IZEA 1N4KA 4KRVA 1ISZA 1O7QA 3PMEA 4BQHA 3AKFA 2VS4A 2KH2A 1ZDFA 3A23A 2J3PA 3H6QA 2JCOA 2VS3A 2Y4LA 2YQSA 4OEGA 4D11A 4G9MA 3UJ4A 4Y6NA 4DE7A 4I37A 1XZZA 1YBIA 1AVWB 3UJ0A 2UUSA 3CA5A 3V8ZA 1EVTA 4LW6A 3Q80A 2RJ0A 4X3AA 1ZI3A 1V83A 3R3IA 4IRPA 1S0DA 4EEOA 1TW1A 4QO3A 2YQHA 2Y9WC 2DS0A 1JVGA 1I1BA 4AN7B 3BRKX 3IOHA 1W3AA 2YC5A 2AQZA 1H7EA 1BFGA 3Q7XA 3NJ5A 2X2SA 3ZF8A 1SR4C 5EIYA 4GBPA 2O1HA 1CVSA 2GO2A 1VICA 2RJ9A 1ZCUA 4ASYA 4EE4A 4EEAA 3OGZA 4D11C 3CKNA 4CJ8A 3IIRA 1FQ9A 2VLCA 4J23B 4OWJA 3I0DA 4D48A 1S4PA 1S0GA 4P0LA 1WT2A 4X37A 4D8HA 3DUVA 4B2WA 1HWPB 3LLPA 1LZ0A 1DZCA 1QXMA 3FJJA 1FWVA 1G9CA 1G82A 3FJHA 3ILAA 2V0IA 2VD4A 3K8EA 5CQOA 2Q9XA 4G3SA 2HWMA 4QD2C 3TC2A 1KNMA 2JCLA 4KQLA 2MLLB 3CA4A 3VSFA 1VZXA 4Y7FA 1R8NA 1G8OA 4FCEA 1GWWA 3O5WB 5CQLX 4EFRA 2Z49A 2RIYA 2KKIA 4LO0A 3F1RA 3PUBA 1FMZA 2FGFA 1S4OA 1AFCA 4KXOA 4DECA 2FFUA 3QVBA 5IDTA 2ZU9A 2ZU7A 4I3NA 2X5ZA 1Z0HA 3V79C 2QN4A 3K1XA 7I1BA 1LZIA 3OH0A 1DFCA 3SX3A 3ZC9A 2DREA 3PG0A 4LO3A 3V0BA 2VXMA 3FFZA 2RIXA 2VXLA 2WVLA 1IINA 4EFQA 2WRYA 2Y4JA 1AXMA 4XFSA 1H7FA 1HWNB 2L5XA 2ZR1B 1M2TB 1RZOB 1VCLA 2RJ5A 5D62A 2Z86A 5C3DA 2MZBA 41BIA 4IYBA 1F31A 1ZHJA 2XMEA 2WVKA 1HCEA 1R7YA 1VGWA 3SXBA 3JRRA 3BAOA 1UPSA 3FJ8A 1KWSA 5BQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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