2D7RA

Crystal structure of pp-galnac-t10 complexed with galnac-ser on lectin domain
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 155
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7rA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7rA01
3I0GA 1FQ9A 2Q9XA 3BX1C 3I2AA 1DZCA 4Y7FA 4DE7A 2ZQNA 2BFHA 2ET2A 1NQIB 3OBRA 3AZVA 2RJ4A 2Y4LA 1JQZA 2Z48A 4X3AA 4KQLA 2LIEA 5F8WA 3E26A 3VT2A 4HO8A 4Y63A 1K5VA 1NUNA 4G87A 2E3DA 4KXOA 4Y7UA 4E1KA 2YCMA 3N0KA 3SX8A 4I7IA 2VS3A 3T8SA 1HJLA 5IDTA 1FZWA 3ZC9A 1SR4C 2RIZA 2RJ9A 2D0JA 3RMXA 2X60A 5CQLX 2JCJA 1F31A 1VGTA 5IDSA 1DJSB 2E4MA 4LO8B 4OWLA 3OGGA 1YP2A 3OH4A 2HZ9A 3IM6A 2RITA 3WO2A 3JRRA 2DPWA 3O4CA 2XMEA 4J2SA 3V8YA 1JT3A 3N7LA 2X5ZA 4FRBA 2ERMA 4IY8A 1K5UA 3I0CA 4I4SA 3Q7XA 3I29B 2D24A 1Q1UA 4XFSA 2PA4A 5BQUC 3F1YA 3UJ4A 3OAMA 2WVKA 4AAWA 3HBWA 1WT1A 5FUHA 4LO7B 4R7PA 5C4DA 1FWYA 1IRAX 4P0KA 1V6UA 1H5SD 1YP4A 1BARA 5AJNA 3R4SA 5D62A 2VSHA 2I5KA 1A8DA 1FRWA 2RSTA 2HWAA 4FRAA 4G9NA 3ZX7A 1P63A 1H5TA 1LZIA 3FJAA 3WINC 2FDBM 3AJ5A 4JPZA 5J49A 1H5SA 2OI7A 1G23A 5BVPI 2FO1A 1IINA 4ZOTA 1AVXB 3ZXDA 2QKXA 1NHEB 3E25A 5F8YA 3JUKA 2NVHA 1LL0A 4XKIA 4AN6A 4KPZA 5DZUA 1AFCA 4EFRA 4AYJA 2K43A 2V0HA 2RJ5A 2QN4A 2KI6B 3HN1A 4I2SA 5FZZA 4I6IA 1W77A 1BFCA 1HCEA 2P73A 1TOOA 1Z0HA 2ZU7A 2Z86A 4L41C 4HO0A 1R80A 4I4RA 1TW1A 1IT0A 1JVGA 1G82A 4KEIA 3CU0A 1R82A 2YQHA 3SXAA 4X38A 3SXEA 3DK5A 4Y7GA 2W0VA 4Y7TA 2FYBA 5C3BA 2RJ8A 4HO2A 2FY7A 2D7IA 5FZUA 1IJTA 4CJ8A 1FGGA 7I1BA 3O4DA 1H7FA 5CMIA 1I1BA 1G95A 1VGUA 3RMVA 2YUGA 4EFQA 4GP0A 1ZDFA 3BRFA 1G1LA 4G3PA 1WBCA 1G97A 3PMEA 1R7VA 2MZBA 1FMZA 1TVYA 3TQDA 2NM1A 4LO0A 2P6WA 3I0HA 3PNNA 1WSZA 3POKA 2F8XC 1V6VA 1HWMB 5GAQA 3DUVA 1VPAA 1ZCVA 4HCQA 3ZLKA 5L6VA 1ZHJA 4IHZA 1R7UA 3SXGA 5DDTA 3V90A 4FCEA 1E5KA 4LW6A 1ISVA 1ZCTA 2UUSA 1NWGB 4HO4A 2GGQA 4EE5A 1LZJA 3EF2A 1O7QA 2XWNA 4I96A 2D44A 4FRMA 3E8LC 1FV3A 1XG6A 1H7HA 4M4KA 1JT4A 4I4PA 3Q7UA 3OJMA 4MNDA 2D1ZA 3FJFA 4G1RA 3ST8A 2Y9FA 5JMCA 4OW4A 4J2KA 4HOCA 4Y64A 1S0DA 1VH1A 3S8KA 1IILA 5IFYA 3FUQA 1MP4A 4QBVA 1GX0A 2FYAA 5C4EA 2NP0A 3CKVA 3QVBA 2VU9A 2RJ7A 5C47A 4QO3A 4B2WA 4JAWA 3NBDA 2XMHA 1G2VA 3VT1A 4D0TA 2XWMA 1JY0A 1H7TA 1Z4SA 1S4NA 5FYEA 4WBCA 1TWMA 3DJ4A 1DFQA 4Z8SB 2JCLA 1EPWA 2VXLA 2BEBA 3D7WB 4I4UA 3CA0A 3WO3A 2Z87A 3PHZA 3OKRA 3NBNA 1M16A 1KNMA 4LO3A 1GWWA 2WBCA 1H5TB 1FO9A 4CJBA 1YYNA 1LVWA 2R9KB 5DVHA 2ZR1B 1HKNA 3Q7WA 1ZJOA 2A8UA 1VCLA 2F2FC 2WEEA 1DIWA 1YP3A 4FROA 4M2BA 5C1GA 5FV9A 5I1BA 3T7OA 5DUYA 1YTOA 1LZ0A 1RY7A 4HG6A 3A21A 4NAKA 3CKNA 1ZJPA 2PGVA 3V91A 3NJ5A 4NANA 2DS0A 1R8OA 1TWEA 3W9TA 4IYBA 1G9CA 8I1BA 1HV9A 2O1GA 3O49A 2HWMA 3I2XA 4LO1C 4Y62A 4FGFA 3N9WA 4XFUA 5FZYA 2LIQA 3PUBA 3FJDA 4OEEA 1JVDA 4Q9PA 1ZI3A 3V0OA 4B42A 2PGYA 4KBBA 1UPSA 1G8OA 4EEAA 3USRA 1V6XA 4EEMA 3T7MA 3F62B 1H3MA 2IHOA 1WT3A 2VUAA 3R4UA 3U2VA 3I0IX 3H6QA 4ECMA 1PZYB 1DZDA 2BO8A 4JP0A 1OMXA 1NZKA 1VGZA 1OQMB 2VSIA 4ZDQA 3Q7YA 4FRQA 3H6RA 1S0GA 2RJ6A 1SR4A 5DSSB 2FFUA 5C4FA 3AKIA 3I0EA 1JT7A 2Q3NB 4USOA 6I1BA 1FR9A 3P6JA 5BOWA 1E0OA 1ON8A 1W57A 1S0EA 2V0IA 1MC3A 1YF8B 4GAIA 1R7YA 4M28A 1RG8A 9ILBA 2VFZA 3BA4A 3I0LA 2Y6PA 4B4GA 5C3DA 4DDZA 4IZEA 3AZWA 4ZKTB 2I5EA 4MYBA 4D11C 3ZGFA 1S4OA 2YC3A 2X2TA 1NF5B 3I0JA 2ZQOA 1ITBA 3P6IA 3IM7A 1FGXA 4ISRA 5BQUA 4XFTA 2WRYA 4KPXA 2Q4JA 4GOVA 4GOYA 1I52A 2DRYA 1AVUA 1WBAA 2Y9XE 1AXMA 4C2SA 3CKQA 2HW9A 3WMVA 4F34A 4PC4A 1FN0A 1J0SA 1ILR1 4DECA 1FWVA 1GQ9A 2ZU9A 4ZLBB 1OQLB 1S4PA 3NGWA 4JD0A 2MC2A 3WINA 3AH4A 4X37A 2QYIB 3PKQA 3OH3A 4Y9XA 2Y9WC 4HA2A 4ZBVB 1VZUA 5EJZA 2YQJA 4Y6NA 3OJVA 4JISA 2RIYA 1FO8A 1KWSA 4L4HA 1MC9A 1GGPB 1JV3A 5E24E 3FJBA 3BAVA 4YS8A 5CMGX 1T9FA 2DREA 4QALA 2AQZA 3VUOA 5G00A 3RTJB 1H7LA 3O5WB 1R7XA 4QD2B 3SX7A 1TW5A 4ZA3B 1YBIA 4OEFA 3CQAA 3A22A 1BLDA 4IY9A 3RTIB 1IIMA 3N7KA 4KC2A 1W3FA 4II0A 3F1CA 2RIXA 2VXRA 3PG0A 1ISYA 1R7TA 3R3IA 3CA4A 3MPPG 1VH3A 1QQKA 1VGWA 3HOMA 4H9WA 4I37A 3F1RA 4J23B 3RMYA 1VZXA 3SX3A 2VLCA 3AJ6A 3B9UA 3N7MA 3O3QA 1AVAC 4NALA 2XWLA 2M49A 4IZXA 2J3PA 4ENDA 1G9BA 2K4AB 1EZIA 1FXJA 2FYCB 1QXMA 1TZFA 4GP3A 5C1LA 5C49A 5JLVA 1S0FA 4KEKA 1JYLA 1O7OA 4KC1A 1W3AA 3D98A 5CQPA 3CKJA 1FMMS 3I0FA 1N4KA 3IOIA 2ZU8A 2YQSA 3EE5A 2APCA 5F90A 5B2HA 2AESA 2AE7A 4A7KA 1LZ7A 1ISWA 1H7EA 4D0ZA 1PZTA 2D23A 3VSFA 3BRDA 4D8HA 2V0KA 1BA7A 3FJ8A 1MP3A 2E8BA 3H6RB 3IIRA 1HCDA 2NYYA 2GGOA 3U2XA 4EE3A 3ILAA 4EVWA 4JKXB 3WMUA 4LW3A 2KKIA 3V0QA 3IOHA 1QWJA 1ONKB 1YXWA 1IHKA 1T4QA 5C4CA 3OGZA 3VT0A 4FRLA 1OMZA 1HIBA 2V0LA 2WAWA 3V0MA 5L6SA 4LO7C 5CMJA 3HALA 5EC5A 3BAQA 4B5BA 4CJCA 2AXMA 4IRPA 1ZJ3A 5CQMX 3SXBA 4ZFWB 1I1EA 4P02A 1L2HA 3FJEA 1DQOA 4IQPA 1WT0A 1WD3A 1G9RA 4Y7VA 3ZLLA 1TTUA 3CA5A 3I0DA 1EV2A 1BFBA 3CRGA 1H7QA 2O1FA 2Y7AA 1FWUA 1FV2A 2ICXA 1G0RA 3OH2A 5DDVA 3S8JA 1G9DA 1EYRA 2JCOA 1INIA 4JKQA 3WO4A 4G3QA 3U2WA 1WT2A 4QBCA 3IAGC 1ZI5A 4KC4A 4HO9A 1PUMB 3FJKA 3JUTA 3U2TA 3V0PA 3CA3A 5C3AA 4HO6A 1JLXA 4A7YA 2Y4KA 4B4MA 2WGZA 1HWPB 4FRDA 3SXDA 2F2FA 3HSMA 5FTVA 5C48A 5HS2A 4G3SA 1PWAA 4ZGRB 2AH9A 3K8DA 4AYLA 3CA6A 4I4XA 3V0NA 4AN7B 5CMHA 4I8MA 1HM0A 4GAFA 1ZI4A 1V82A 1H5RA 5BP5C 1XZZA 1FOAA 2FGFA 3V0AA 1QGQA 4J18A 3BRKX 3UDAA 2WE9A 4P0JA 1GX4A 2GZBA 1SS9A 3RMWA 1BFGA 1TIEA 4EKXB 2BO6A 5I1FA 1HM8A 1CVSA 4LO1A 3BA7A 1H4EA 1XYFA 5BXCA 3GUEA 1D0HA 3OH1A 2I1BA 4I4QA 4I1EA 4FQWA 5AJPA 4X39A 4CVHA 4B2XA 5JQQA 1QGSA 3USQA 3RSBA 4I0YA 4KNXA 2VS5A 3V79C 3RSJA 4USPA 2NXVA 3V0LA 4JRAA 1V6WA 1FR8A 3K8EA 3OGFA 3LW6A 2NTDA 2NZ9A 2L5XA 3AKGA 3VWCA 1H7GA 3Q4SA 4K6RA 4Y6UA 4G9MA 3CU1B 1II4A 5EHAA 1O23B 2Y9GA 4GBPA 2YC5A 4F83A 1QG8A 2V0JA 4ISQA 3MALA 3QR5A 2I7BA 2FFVA 2E4MC 1PZZA 4P6AA 1BASA 3WA1A 2W0WA 4D48A 4I3NA 2CU2A 1EYLA 1M2TB 3PKPA 4OWKA 1S0LA 4Q91A 3FWWA 2P23A 1ABRB 2BO4A 4D11A 3P53A 2XOAA 3CRHA 3FFZA 5BXRA 3ZF8A 4KEJA 4OWJA 5C1HA 1Q04A 5EJ1A 1DFCA 3A23A 3FJ9A 2AGDA 2OEFA 3KMVA 1WVCA 5BXSA 3FUOA 3TZTA 1GQCA 2AECA 4QKRA 3BCVA 3U0XA 4AC3A 5D61A 3BAOA 2KLLA 2YQCA 1Z2VA 3OJ2A 3C9ZA 3TC2A 1XHBA 1INJA 2VSEA 5BXPA 1R8NA 2O1HA 1HM9A 5CQNX 4OEGA 3O4OA 3AKFA 2MIBA 3V0BB 2PX7A 4KRVA 3OC9A 5C38A 4H04A 2Y4JA 3T7NA 4EEOA 1ZJ0A 4EEGA 3UD7A 4ASYA 1Q03A 4J2YA 3CA1A 4KC3A 3CKOA 4BMAA 4I4VA 1H5SC 3BADA 4I4YA 3ZXGA 3I0KA 3N7JA 3O4AA 1VZTA 3O4BA 1QQLA 4TLPA 4CJMA 1HWNB 1JTCA 1RZOB 5FNWA 21BIA 2VSAA 3CAHA 2Y4MA 3SNVA 4P00A 1NKHB 3SXCA 3FJIA 4DENA 1PUUB 1IOBA 4FREA 1DQGA 3ZC8A 2AAIB 2AM5A 2VS4A 3HMYA 3FOQA 1LL2A 3BB2A 4XWIA 3BA5A 3V8ZA 1V84A 1ISXA 1CE7B 4I4OA 5C36A 1H5RB 4FVVA 1MD6A 5HPZA 3V0AB 4FRPA 4ASJA 4G6JA 2VXTI 2AFGA 1ON6A 1YROB 3SPTA 3OBTA 2X65A 5AJOA 41BIA 4QC4A 4LO2C 4NAIA 1ZI1A 5FU0A 2RG9B 3AKHA 1LL3A 3D8VA 1Z90A 1VICA 1BFFA 2D22A 3BRGC 1WD4A 1JYKA 4KT7A 1GWVA 3OH0A 4HO5A 1TP0A 1PC8B 4LO2A 3O3PA 3IOJA 2ICYA 5C8RA 1NMMB 2K8RA 4LO0C 4JQ0A 3UD9A 5BXTA 1IRPA 1MP5A 1TFMB 1ZDGA 3LTQA 2X5SA 4UEGA 3CGXA 4L4IA 1GA8A 4ZFUB 3AH2A 4P0LA 1K4VA 4R6UB 4Q9GA 4KNRA 3JTJA 1ZJ1A 3POLA 1ZCYA 1AF9A 4I1BA 1FGAA 31BIA 3BAGA 4OUJA 1ISZA 2VD4A 2WVLA 5CMFX 4IONA 3FJJA 5F8SA 5C4BA 1RMLA 2D20A 3ZGGA 2D7RA 1FG5N 4EFPA 5FTSA 4HO3A 2P72A 3NBEA 1G9AA 2AM3A 3FJHA 2FYDB 4M2AA 1SZ6B 3QYDA 2IWTB 3SX5A 2BEAA 1JV1A 4ARWA 4BQHA 3LLPA 4B4BA 3V0BA 1FXOA 2WVMA 3O44A 4HR6C 5D63A 5EG6C 1VM8A 2BO7A 4G6MA 3AH1A 2JCKA 4FCUA 3NBCA 1JT5A 2Z49A 1HJJA 3UJ0A 3U2UA 2MLLB 3H6SE 1G93A 3FJCA 2QH5A 4EE4A 1S0CA 4HJJA 2UX8A 4EEEB 2RJ0A 5FU8A 2RQ9A 4A7ZA 2X2SA 1H4CA 3D5NA 3KIAA 4B3UA 1AVWB 1BLAA 3CRIA 4Z9WB 1ZIZA 2RJ1A 4ZFYB 1JLYA 4EB2B 3IM5A 4LO3C 2P39A 2DRZA 1XZ6A 5FNXA 5EIYA 4QD2C 1R81A 2YESA 2OI5A 3BAUA 3U0YA 1DLLA 1HWOB 2ESUA 4DCKC 4FRHA 3K1XA 3R2WA 2GO2A 1V83A 2OEGA 3VEQA 5BP5A 4YOLA 1H5SB 2A8WA 3FGMA 3HL3A 4IRQA 3JUJA 1W55A 2D43A 3UD8A 1EVTA 1H4DA 3Q80A 3BTAA 1O0RA 4QKSA 2AM4A 1W3GA 4DEPA 1G3LA 4J2XA 3BAHA 1ZCUA 2OI6A 1S0BA 1ZJ2A 2QGIA 2KH2A 3A07A 5CQOA 3VSZA 2KI4A 2VXMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I0GA 1FQ9A 2Q9XA 3BX1C 3I2AA 1DZCA 4Y7FA 4DE7A 5D92A 2ZQNA 2BFHA 2ET2A 1NQIB 3OBRA 3AZVA 2RJ4A 2Y4LA 1JQZA 2Z48A 4X3AA 4KQLA 2LIEA 5F8WA 3E26A 3VT2A 4HO8A 4Y63A 1K5VA 1NUNA 4G87A 2E3DA 4KXOA 4Y7UA 4E1KA 2YCMA 3N0KA 3SX8A 4I7IA 2VS3A 3T8SA 1HJLA 5IDTA 1FZWA 3ZC9A 1SR4C 2RIZA 2RJ9A 2D0JA 3RMXA 2X60A 5CQLX 2JCJA 1F31A 1VGTA 5IDSA 1DJSB 2E4MA 4LO8B 4OWLA 3OGGA 1YP2A 3OH4A 2HZ9A 5D91A 3IM6A 2RITA 3WO2A 3JRRA 2DPWA 3O4CA 2XMEA 4J2SA 3V8YA 1JT3A 3N7LA 2X5ZA 4FRBA 2ERMA 4IY8A 1K5UA 3I0CA 4I4SA 3Q7XA 3I29B 2D24A 1Q1UA 4XFSA 2PA4A 5BQUC 3F1YA 3UJ4A 3OAMA 2WVKA 4AAWA 3HBWA 1WT1A 5FUHA 4LO7B 4R7PA 5C4DA 1FWYA 1IRAX 4P0KA 1V6UA 1H5SD 1YP4A 1BARA 5AJNA 3R4SA 5D62A 4MZHA 2I5KA 1A8DA 2VSHA 1FRWA 2RSTA 2HWAA 4O6NA 4FRAA 4G9NA 3ZX7A 1P63A 1H5TA 1LZIA 3FJAA 3WINC 2FDBM 3AJ5A 4JPZA 5J49A 2J0AA 1H5SA 2OI7A 1G23A 5BVPI 2FO1A 1IINA 4ZOTA 1AVXB 3ZXDA 2QKXA 1NHEB 3E25A 5F8YA 3JUKA 2NVHA 1LL0A 4XKIA 4AN6A 4KPZA 5DZUA 1AFCA 4EFRA 4AYJA 2K43A 2V0HA 2RJ5A 2QN4A 2KI6B 3HN1A 4I2SA 4MZGB 4I6IA 5FZZA 1BFCA 1HCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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