1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
1ITBA 3ZSJA 4YZ5A 5DZGA 1SLLA 4KEIA 1W6QB 3UD7A 4I96A 3I4IA 3CNAA 2HW9A 1QF3A 1LGCA 2DYCA 3WDVA 4DRRA 4P0KA 5JOXA 4WVVA 4X39A 5D61A 1TEIA 5IUQA 1CPMA 2GZBA 3OJBA 1N1VA 4KUFA 1T4QA 3VKMA 3WG2A 3BA7A 4Q26A 4FPCA 4GP0A 1ISZA 4XFUA 1YTOA 3NWKA 2IHOA 4JP0A 3EF2A 1CN1A 2D20A 4GP3A 4HANA 2ARBA 4EB2B 4BQ1A 4JPZA 3APBA 1S0FA 3ZSLA 4DPNA 1BFCA 1PZ9A 4TYSA 3BOKA 4Q91A 1IS3A 5F5QA 3S8KA 2ZMNA 5BYNA 3BAVA 4I1EA 1Q8QA 1E0OA 3ZXDA 1Z7HA 5FZYA 4H9WA 2W08A 3VV1A 1MS3A 1UAIA 4LO2C 1S0GA 2FMDA 2WSVA 2UURA 3QIXA 3ZX7A 5JLVA 3NF3A 2NMNA 5IT6A 2XHLA 1MR5A 3N35A 4Q1RA 4ENDA 1OFSA 5KXEA 5D63A 3HOMA 1AZDA 2AENA 1BFGA 1WW7A 3DUIA 2DVDA 4YG6A 4LO8B 1BQPA 4Y1UA 1MZ5A 1QKQA 3PG0A 2NYYA 3ZSKA 3T8SA 4XXAA 3C88A 2NVHA 2Y9XE 3BWIA 2D6OX 4WZFA 2D3SA 4U2AA 2ZAAA 4Y1YA 4M00A 5IK4A 3VKOA 1DYKA 4I4RA 5H9PA 1ULGA 2DURA 3OY8B 1S0BA 1II4A 4LO2A 1G9FA 2A6XA 2JE7A 4D69A 3OYWB 3UJ4A 2MLLB 1IHKA 4Q8KA 3AH2A 1S0JA 3AZVA 4FOQA 7I1BA 2R49A 1HCDA 1F5FA 2R0FA 1W6PA 4IYBA 1SBDA 2PHFA 1VAMA 2ISHA 1CE7B 2D3RA 4FQZA 3WDXA 1NLSA 4I4YA 3WMUA 4Q2FA 3V0AA 2ZR1B 4ZBVB 3POSA 3PHZA 1H9PA 2G7NA 1GGPB 1W6NB 3ZUSA 1ABRB 1S0DA 4GWMA 3USUB 4XIOA 2Z42A 3AP4A 2R16A 4KC3A 3VT2A 1BLDA 5DUXA 1DQOA 1ISXA 3AZZA 3WO4A 1Y7BA 3ENRA 1V6VA 3AKFA 4LO0C 2AAIB 4J2YA 4FOWA 3SISA 1BA7A 5T52A 4QKRA 3MW4A 4ISQA 1ZL6A 2DU0A 2NM1A 4CZSA 2YV8A 3ZXGA 2V5YA 1XYFA 1YYNA 1Z0HA 3QW5A 1JOJA 2AREA 1MS8A 4FQ4A 5GZFA 3VKNA 4Y20B 5IK7A 2D6LX 3MW3A 4LO3C 2GNDA 3C89A 1ZB7A 5GALA 2WQZC 4G6MA 5JMCA 2EAKA 4LO1A 4OEFA 3WMVA 1JT3A 3NBEA 1T3AA 2JD4A 1MVEA 1CVSA 1G9CA 3AYCA 3NBDA 1Z78A 4J23B 1QDOA 2ZMLA 1LOEA 4G9NA 2GNMA 2E4MC 2NZ9A 1AX0A 4XJWA 3WG4A 2XG3A 5DG1A 5CA6A 2I2SA 1HQWA 3IPVA 3BRFA 4AVVA 1K5UA 3WCSA 3NBNA 3Q7YA 4LO0A 5HCBA 3CQAA 4P9XA 3AXDA 4X37A 3FLRA 3FJDA 3T2TA 1MD6A 3BAQA 3HMYA 2NN8A 3IKWA 4XJ9A 4HJJA 3AP6A 3WLUA 1IOBA 1YVGA 2KI4A 4XTMA 4IY9A 4YGCA 1YIFA 1LTEA 4LO3A 21BIA 5BP5C 3POWA 4HA2A 4BMEA 1KQRA 2WT1A 3V0BA 2ZGKA 5DVHA 5IK5A 2BFHA 4QALA 3DS9A 4Y24A 2WSUA 2VW2A 5EYXA 2VW1A 3VWCA 1DZCA 2PHTA 5E8AA 1B09A 2ILPA 3VT0A 1N47A 3E8LC 1QDCA 5AVAA 4XMAA 2E4MA 3NV2A 5IK8A 1L2HA 5JDBA 1PZ8A 3N7MA 3WDUA 4GA9A 1UN1A 1AVUA 2E7QA 4ISRA 5T5JA 4USOA 1WW4A 2UWBA 3O4DA 4Y22A 1QXMA 4P6AA 4QBCA 2X2TA 1AX1A 3ILNA 2A8AA 1ILR1 4ZLBB 4I4SA 2AQZA 2JE9A 1CPNA 4LBJA 4EJ5A 1DQ4A 3LTQA 1AVWB 2KLLA 1MC9A 2GMMA 1G9AA 3MW2A 4YGEA 5FNXA 1OKQA 2XOAA 4A7KA 1LOCA 3R05A 3IM7A 1RG8A 1KJRA 4XFSA 1LULA 1C57A 2A3WA 3VEQA 2LIQA 1MS9A 1W6NA 1GANA 1ZA4A 2ZHMA 1ISYA 2D6PA 2PHUA 5DUYA 2RG9B 1DFQA 5T50A 3VSFA 5FNWA 4XHBA 3H6QA 4M3CE 4Q27A 1ENQA 1AFCA 3FJ9A 1EPWA 1S0EA 2ZHKA 2J3PA 2ESUA 4ZFUB 2HWAA 4PCRA 1TP0A 3MALA 2ZQNA 2LALA 3HALA 3O5WB 3AP5A 3N7JA 4OW4A 1KDMA 1DQ2A 4GXLA 3BAGA 2ZGPA 5JVVA 2X2SA 2DRZA 1G86A 3INAA 2GNBA 2GO2A 4TZDA 2BEBA 3ZXJA 3NV3A 1DGLA 2JKBA 2CL2A 4YGBA 4Y20A 1LU1A 2NMOA 3WV6A 5T5OA 1UX6A 3WVJA 2DU1A 3PVEA 3WO3A 1SACA 3PMEA 4AVSA 4QD2C 1V6MA 2ISEA 3BX1C 4PC4A 3ZC9A 4YW1A 4FPOB 4I30A 4X3AA 2DVAA 4J2KA 3BIWE 3H6RB 3UD9A 4OWKA 1W6PB 3O4CA 3QJ0A 2EXIA 4XBQA 3ZXKA 4C1XA 2D6NA 1G9BA 5GLWA 1ULCA 1QOTA 5BQNA 5JOYA 3CAHA 2ZBJA 3A0NA 5F8YA 1QOOA 3O49A 1UZZA 4IZEA 3V0AB 3T1MA 3AZXA 2UU8A 3FJ8A 4BLJA 2ZGRA 2WKKA 1FV2A 2SLIA 1LODA 3JRRA 2FHRA 1RITA 2XB6C 3FGMA 3H6SE 3TB0A 2HWMA 4EFPA 3BA5A 2AYHA 4K1YA 3PJQA 4IZXA 5BQUC 1WBAA 4W65A 1WCSA 2ZQOA 4FPGA 4Q1PA 2EALA 2VXRA 1JHNA 2KM2A 4P14A 1SFYA 3RRDA 3B9UA 4QKSA 3FUQA 1C4RA 2P37A 2ISGA 4PBOA 2FPQA 2NP0A 3PVNA 2OVUA 3AH1A 1S0LA 1IKQA 1UMZA 3C8BA 2WRYA 3AX4A 1KRIA 1AJOA 2YY1A 2CY6A 4FPYA 1S0CA 5EC5A 1FNZA 4P9WA 2VH9A 4NO4A 4H04A 4YGDA 1GV9A 2KH2A 3ZXEA 1BFFA 4D0TA 6I1BA 1V6XA 2FFUA 1J1TA 1WW6A 1QMJA 4UW6A 3IPVB 1BLAA 2AFGA 3ZYPA 3B00A 2CWMA 5BQUA 1IS6A 4EFRA 3O0WA 4FOVA 1Z2VA 1JTCA 4EL4A 3DEBA 3WDYA 1F9KA 2QN0A 3W9TA 3QIYA 1G7YA 1TIEA 3AJ5A 4M3CA 1ONAA 3FJJA 1LOGA 2ZGNA 1V6UA 1W6MA 1IKPA 1LGBA 1JW6A 4WVWA 4FOYA 2P39A 3V0BB 4P0JA 2YXSA 2OUHA 3AKHA 1S0IA 2UWAA 1RINA 2ERMA 3OJVA 1RY7A 4X38A 5E88A 2ERFA 2RSTA 3BRDA 2EF6A 1E1HA 2A3YA 2YZ4A 1V6LA 4YZ1A 4YM1A 4XILA 2W39A 4BOWA 2K4AB 4GAIA 5F8WA 3AYDA 2WT2A 4AGRA 4R9CA 3LSEA 1MVQA 1SLCA 1MS5A 4L8QA 2G7PA 5T54A 4Y22B 3I2AA 3M3CA 1GNZA 2VLCA 1T3CA 5GZEA 3H6RA 5CNAA 4BM8A 1V6JA 2IWTB 3HN1A 3CRIA 1CONA 3POYA 3BAHA 4R9DA 3FIIA 3RTIB 3W58A 2Q9XA 2W2DA 3FJFA 2V73A 2ES3A 4GAFA 4JRAA 2FGFA 5H9QA 3SNVA 3OBRA 5L73A 1DQ0A 4FPEA 5BOWA 1CQ9A 1HDKA 2GNTA 1YBIA 1DQ1A 3K3QB 1N1TA 2GN3A 4Z8SB 3CA1A 3AK0A 2M49A 1PZ7A 2ENRA 3A0KA 2Z49A 2TEPA 3WOGA 1XTGA 4UW3A 4L4IA 2UUSA 3BADA 4FPHA 1HWOB 4XXPA 3DDBA 5GZCA 1M16A 3FLTA 4CRQA 1LHNA 1GZWB 4AGGA 4YM3A 1M2TB 3ILRA 4FP2A 1VCLA 4Y1VA 5SV8A 3WHUA 1LECA 3D3XA 3SH3A 4XHXA 4EEEB 4YW3A 1H9WA 3M1HA 1QQLA 4YW5A 2QYIB 3IN9A 3OJMA 2DV9A 3DSEA 2EXJA 4XDQA 3HBWA 1GYKA 4QO3A 1SBEA 3MEPA 3FJHA 5D62A 2CYFA 2DS0A 4SLIA 3HSMA 4P9YA 1PUUB 1W0OA 3FFZA 2RQ9A 2DUPA 3AKGA 4Q9GA 4LBQA 5EYYA 2R1DA 1MACA 1DFCA 5G00A 4R9BA 5HCFA 2C9AA 3KQRA 4Q8LA 1QNYA 1FWVA 2WBCA 3D7WB 4YG0A 3WINC 3M3OA 5DZUA 5BVPI 4DFSA 2EIGA 3QCWA 1G82A 4ELCA 2VW0A 1PC8B 4AVTA 3A22A 2DWRA 1N1YA 3N0KA 4JC1A 1TTUA 1TFMB 2D22A 1RMLA 2BEAA 4BLIA 5FZZA 3SH5A 3PUBA 1V6IA 4XJAA 3D5OA 2PELA 3V65A 3QR5A 1SCRA 4XE9A 4XZPA 3O4OA 4QD2B 2ZGOA 2HZ9A 1SZ6B 2ZGLA 1K5VA 3DDAA 5H9SA 4YM0A 1KNMA 2A97A 1Q8OA 5GLUA 1PUMB 3Q7WA 1FGAA 1H30A 1VIWB 1DHKB 3BRGC 4FPFA 1ZKXA 3OJ2A 4EKXB 4Z9WB 2VSAA 3WUCA 4AWDA 3NBCA 1Q8SA 3WINA 2JDZA 31BIA 2DVBA 1JUIA 2P2KA 1N3QA 2JJ6A 3UDAA 4XBNA 2ET2A 1HCEA 2E51A 1KITA 1R8NA 4YW2A 3D4KA 3IM5A 3O0XA 1VLNA 4YZ4A 4PBPA 1TOOA 3AJ6A 5BP5A 4FPKA 1YI7A 3AJZA 3RSJA 3AP9A 4OUJA 2IMAA 1XG6A 1SCSA 1I1BA 2G7KA 1FWUA 3WDWA 5E89A 3HR9A 1LHUA 3M2MA 1WBFA 2CNAA 5FREA 1Q04A 4M3CB 41BIA 1IS5A 1X50A 3WA1A 3BAUA 4I0YA 4LBOA 2ZKNA 2DVFA 4D8HA 1W6MB 3WO2A 3U4XA 1LOBA 5FRAA 4DS0A 1QGLA 4Q9PA 3I2XA 1F31A 4YOLA 2Y9GA 4KEKA 1C1LA 3GNEA 4DRVA 1KJLA 3IIRA 1GZWA 3O3QA 1FV3A 3N36A 4LBMA 2D6MA 2P3JA 3L2YA 3CRGA 3O4AA 4YFZA 1V6OA 2DVGA 4GKXA 4IONA 4AYUA 3CU1B 1AVAC 1JLXA 3O44A 1ZL5A 4I6IA 3SNMA 2D7IA 3A21A 4GKYA 4DQAA 2D23A 5GLVA 5KXCA 2D1ZA 4I4OA 3O12A 1DZQA 2DTWA 2LTNA 4G9MA 4WBCA 1Q8VA 3UJ0A 4ITCA 2WLQA 1ULDA 1MS0A 5BXRA 1XTFA 3QW6A 5DUVA 1LGNA 1LHVA 3ZXFA 3WZ1A 4I4PA 2RHPA 4HR6C 1DQ6A 2W2DB 1IS4A 1Q8PA 4NOTA 4UW4A 1V6NA 4BMBA 1BARA 2NTDA 1LJ7A 2CTVA 3O0VA 4XIKA 1CVNA 2FDBM 1D0HA 4D0ZA 1BZWA 1C1FA 4YZ3A 1N1SA 4OEEA 3C2UA 5H9RA 2A6YA 1LOFC 3B69A 1FNYA 3RG0A 4Z8BA 4CJMA 2A3XA 2P3IA 1YF8B 1Z4SA 1ZM1A 4IY8A 2R9KB 2A6VA 5EWSA 4ZFWB 4M3CF 1D2SA 4QBVA 4OWLA 2SBAA 4G6JA 2G7QA 2IMCA 3BA4A 2A6ZA 2HYKA 4OEGA 2A71A 4AGVA 1P63A 4GOYA 3WG3A 1HKDA 3AP7A 1WUVA 2D24A 3VKLA 1G9DA 1FATA 1FQ9A 5CAZA 3B9CA 2OUJA 4OZXA 1IT0A 2EXKA 1MS1A 4ZA3B 4ZJXA 3JUUA 5F9TA 1TWEA 3MPPG 3M3EA 4LBKA 1EYLA 1HKNA 1CESA 1YO8A 2DTYA 1G8WA 4LBQB 4I2SA 3RMXA 5E24E 1JYCA 4ZFYB 3RS6A 1FN0A 3SITA 3POKA 4I7IA 2ZACA 3WG1A 2ZMKA 4OWJA 1DYPA 1BYHA 1RIRA 3WCRA 4KS6A 1W3AA 3QIZA 2YROA 1LEDA 3N7LA 2P3KA 4F83A 1LOFA 3SH4A 2ETFA 2E53A 2KI6B 3UL2A 2PHRA 4J2XA 4KBBA 2ZABA 4XBLA 3O4BA 1DLLA 1URXA 2VUAA 4IQPA 4FGFA 1T9FA 3ZURA 1HLCA 1QNWA 2ZGUA 2D7RA 1HIBA 2ZZJA 1ZKWA 4LBNA 4YG3A 1NXD1 3P6JA 2Y9FA 3AFKA 4C1WA 3FJEA 3UJQA 3I8TA 1WLDA 5KXDA 2FO1A 2DUOA 4TLPA 2D7FA 4UW5A 2GALA 4XJ8A 4USPA 5GAQA 3FJAA 3ATGA 2FFVA 4YM2A 3CA6A 2K43A 3VT1A 3AJYA 1W6OA 1LCLA 3R4SA 2AXMA 1O4YA 1VALA 1HQLA 4XYXA 4DENA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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