1G9AA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 3)
Total Genus 395
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
395
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 395
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9aA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9aA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9aA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9aA01
2XG3A 3USUB 3MPPG 5D62A 4YLZA 2EALA 2C9AA 4FQZA 3POSA 4I4PA 5EG6C 4Z8SB 2R9KB 2A70A 3AJ5A 1FN0A 4ZJXA 3WO4A 2AQZA 2UWAA 4OW4A 4CZSA 3IPVA 2P34A 3FJBA 5BYNA 1KQRA 1DJSB 2EXKA 2R49A 1T4QA 1G86A 1IILA 3BOOA 5IK5A 4DRRA 4XBQA 1Q8VA 1S0IA 4KBBA 2A3YA 3ZXEA 3CRIA 4F34A 4L4IA 4M00A 2ZHLA 4JP0A 4ASMB 4JQ0A 1LEMA 3AJ6A 3WDUA 3VKMA 1V6WA 4I4RA 3ZC9A 2ZGQA 2ERFA 3N0KA 3AP4A 3H6RA 3ZPYA 4WZFA 4LBNA 2GMMA 3ILRA 4A7ZA 1ENSA 3CAHA 5FZZA 3DUIA 1WW7A 4P9XA 1JT4A 5H9PA 4Q91A 2DU0A 1QNYA 4XMIA 1DQ1A 1PZ9A 3CU1B 1EV2A 1HWMB 4HR6C 2ZMNA 5JOXA 4KS6A 4FQ4A 1WD3A 1E0OA 3ZXLA 2JDZA 1Z78A 1SACA 5H9SA 1LTEA 4AWDA 1WBAA 1ZKXA 4GAIA 2X2TA 1UAIA 4EEEB 3IM0A 1LJ7A 4I96A 5EWSA 5DSSB 4GP0A 4GXLA 4Y20B 5CB7A 1IKPA 3N7LA 4YM3A 2LALA 3WDTA 2P2KA 1ZL5A 2DTWA 2WKKA 1GYKA 3AX4A 4GKYA 1JQZA 4GOVA 4LO3C 1VALA 4NOTA 2WLQA 2IMBA 2AAIB 2E6VA 2DS0A 2KKIA 1ULCA 1OFSA 1QXMA 2UWCA 3AH2A 1OQLB 5JOWA 5CAZA 1SBEA 1ISXA 1BLAA 2A3XA 4RA0A 3NV3A 4GP3A 3BTAA 3QW6A 1WLDA 2NYYA 4AYUA 4GWMA 1ULEA 1N3PA 1V6UA 1PZ8A 4P9WA 2G7QA 2VW2A 2ZMLA 5JDBA 5FRAA 4DENA 4Y1ZA 4XMAA 3AZZA 4WV8A 2VY0A 4XOGA 2A6XA 4YW4A 2GNMA 1JT3A 3T1MA 2VSAA 4KUFA 4QD2B 3NBDA 2DVAA 2VSEA 1HWNB 1F9KA 1UN1A 1AJOA 1DFCA 1TIEA 1V6LA 2YXSA 3V0AA 2M49A 2EF6A 3WG2A 4JKQA 4ATEA 3C9ZA 3O5SA 2UUSA 2ZGOA 1W6OA 3V0BB 1MVQA 4YGDA 2A6VA 2Z42A 4XBLA 2WT1A 4I4YA 4JPZA 1T9FA 3PG0A 2DVFA 3A4UA 1IJTA 2ZGTA 1ZB7A 2JKBA 2GN7A 3E8LC 3B9CA 2GMEA 2ZGPA 4G6MA 1W6NB 3CA6A 4GOYA 2WBCA 4XE9A 1ONAA 4YG0A 3UD9A 4YZ5A 5KXBA 1IRAX 3BWIA 1WBFA 4YFWA 5JOYA 3T1LA 5JMCA 3A07A 3OBRA 2FDBM 1G9DA 5GLWA 1G9FA 1XTFA 3VUOA 5DXDA 3I4IA 6I1BA 2CYFA 5FNWA 1NUNA 2QN0A 2H0BA 1Z0HA 4LBQB 1SLBA 1QNWA 2R1DA 1TFMB 2W2DB 5FNXA 3O12A 3BA5A 1ISYA 1UKGA 3BAGA 3QW7A 4NO4A 3FJ9A 1BA7A 2P3IA 4I0YA 4HANA 2B7YA 2A5ZA 5L73A 2DU1A 3OBTA 4FPFA 1WW6A 2ERMA 1H9PA 5DUYA 2KH2A 1S0JA 1A3KA 1W0PA 1XQNA 2WSVA 3OGFA 4KC3A 3FUQA 3OY8A 1ENRA 3FJCA 3I8TA 1PC8B 1G9AA 2YUGA 1Q03A 4YZ1A 2W08A 2C5DA 3AZVA 4I8MA 4AVTA 1I1BA 1W6PB 1W6QA 2PHWA 3IIRA 1YBIA 1O4YA 3FUOA 3M3OA 2LIQA 3NBNA 1XZZA 3CA4A 3SH4A 2DUOA 1JLYA 3GALA 4M01A 3O4DA 1V6KA 3NV1A 5GLZA 3FLPA 3HSMA 3K3QB 2QN4A 3NWKA 3M1HA 2A75A 1KITA 1GNZA 41BIA 4QBVA 3ZSKA 1SCSA 1KNMA 2Y9XE 1V6OA 1AVUA 1LOGA 4FPCA 4FPJA 2AFGA 4GALA 5BXTA 3H6SE 3WNXA 1FMMS 2GN3A 3ZURA 2W52A 5GLTA 3I2XA 4H9WA 1UZZA 1I3HA 1JY0A 4I4VA 4YZ4A 1B09A 3OYWA 3BB2A 3BAHA 4JAWA 4R9AA 2X2SA 2KI6B 2JE9A 1BKZA 5F5QA 4JCKA 1AXMA 2G7NA 1SCRA 3AH1A 2D7IA 3UJQA 3POKA 4OWLA 1W3GA 3KMVA 1FATA 1QGLA 2ZHKA 4Z9WB 1QQKA 2ZA9A 1Q8PA 3DSEA 1G7YA 1CR7A 1R1ZA 5IK7A 3INAA 1DGLA 3FJ8A 3NF3A 1V6NA 4YG3A 2D43A 3UJ4A 2D24A 4XHBA 2ZKNA 1WW4A 4I37A 4LBLA 3FJKA 2CY6A 2L5XA 1LHOA 3WZ1A 2W68A 4Q2FA 3MALA 4P0JA 3B9UA 3QJ0A 4YW2A 1Z2VA 2VU9A 2FO1A 1V6JA 4IHZA 5FZUA 4XHXA 1N47A 4ZLBB 4K20A 2HW9A 1JYCA 2OW4A 3RG0A 3ENRA 2DYCA 5GZGA 2I1BA 1T3AA 4I1EA 3EF2A 3BRGC 2G4IA 2NP0A 4L8QA 2K43A 2UU8A 5IK8A 4OEEA 1DYPA 1S0GA 2HZ9A 1N1YA 5T54A 1PZ7A 4OUJA 2Y9WC 1WUVA 1GZWA 4Y22A 5FREA 3F1RA 1MZ6A 5DVHA 2VXRA 1SZ6B 4P6AA 4XIOA 1SR4A 4HL0A 3VV1A 5T5JA 3RTJB 2BQPA 4ZKTB 5HPZA 1GICA 2F2FA 3P53A 2FHRA 1P63A 2NZ9A 2DRZA 1FWVA 2A6WA 3V64A 1AVXB 5I1BA 3ZYPA 1TOOA 2WRYA 4R9CA 1LEDA 1SR4C 2NN8A 4U36A 3O3QA 3AKIA 3IAGC 1CIWA 2F2FC 1OQ1A 3CQAA 3IMNA 2AGSA 5HCAA 1RIRA 4Z8BA 3D7WB 3W9TA 4QBCA 2WT2A 4P14A 3KM5A 1AFCA 1TWMA 1C4RA 2E4MA 5BQNA 2D7FA 3PHZA 1CONA 3B3QE 1J1TA 1XYFA 4IY8A 1II4A 2ET2A 4II0A 3TAYA 5T55A 3FIEA 5H9RA 2XHLA 4JRAA 4TYSA 3ZXKA 2SBAA 4FVVA 1VAVA 2GALA 3LTQA 2RHPA 4J23B 1ULGA 4XXPA 1SLTA 2RQ9A 1DQOA 4G9NA 3IKWA 4GAFA 4ZFUB 3O44A 2PHFA 4XTMA 3B00A 4QKRA 4X38A 1Q04A 1RY7A 1ULDA 4R9DA 1A8DA 3PUBA 1DZCA 3WUCA 3D6EA 2JJ6A 2D23A 4XILA 4DS0A 1ISVA 1G9BA 3H0OA 2ZGLA 3RQ0A 5BQMB 2ESUA 1MS4A 1DHKB 4XBNA 3OJVA 2WNEA 2P3KA 3AZWA 4SLIA 1PZZA 3RMYA 4ITCA 1AXYA 5GM0A 4LO2A 2EXHA 4YFZA 3QW5A 2NTDA 4DEPA 3QR5A 1AXKA 4M3CE 1OKQA 3AKFA 5DG1A 1CN1A 3HBWA 3BAUA 4PQ9A 4ISQA 4A7KA 3N7MA 2CNAA 2R0FA 4BMBA 3LSEA 3U4XA 3N7KA 2K4AB 3AJYA 3FLRA 1DZDA 5E89A 3O4AA 1HQLA 5CA6A 2V73A 3AYEA 1ISZA 2ISHA 5GLVA 4XJWA 5KXDA 2EXIA 3IN9A 3NV4A 5SV8A 4I4UA 2SLIA 1ULFA 1HQWA 4OZXA 1Y7BA 1F5FA 1N3OA 5T5PA 1GGPB 4BPZA 5T50A 1JT5A 2ZBJA 3AKGA 1SBFA 1S0BA 2DVBA 2FFVA 1IS4A 1M16A 2Z49A 1QDCA 3FJEA 5EYXA 4EL4A 1NLSA 5E8AA 4USPA 3UD8A 3SH5A 5FZYA 3RTIB 3VKOA 1DFQA 1DYKA 1KJLA 4D8HA 2NMOA 3PVEA 4Y1XA 4IQPA 2YZ4A 3APBA 1QKQA 3PVNA 2D6LX 4GKXA 4LBJA 2Q5TA 3D5OA 2PHTA 4BOWA 1ENQA 1BARA 4J2SA 1BLDA 4M3CB 1VCLA 3P6JA 3DS9A 3AZYA 3O0VA 5GALA 4P0LA 3AXDA 3AXEA 5IT6A 1RITA 2GNBA 4LBMA 3I29B 2E51A 4AN6A 4P0KA 1ZA4A 1FGAA 3BRDA 1CVNA 5DUVA 4KEJA 1WBLA 1JTCA 3DDBA 1MS1A 1MS9A 2JECA 4G6JA 3AP5A 1WCSA 3QIXA 3FGMA 1KRIA 2VW0A 4YW5A 1DQ5A 3HMYA 3BA7A 3WDXA 3WO3A 2ZHMA 3UD7A 4I4XA 1FNYA 4HA2A 3Q9OA 1W6MA 3SISA 4I7IA 2MLLB 4ZFWB 4FPHA 3RS6A 5KXCA 4AGRA 1G9CA 4DQAA 1Q1UA 1LHWA 4FPOB 3L2YA 2XB6C 2CL2A 1AXZA 2ZGUA 1F31A 2ZGNA 3WG3A 1Q56A 3WCRA 1AVWB 4LO0A 3ZC8A 9ILBA 4XJ8A 3Q7XA 1IOBA 3A22A 4Q8LA 1YO8A 3USUA 3H6QA 5GZDA 1SLCA 1O4ZA 3BOPA 1HCEA 1S0DA 1R8NA 4LO0C 4QKSA 1MS8A 1GZ9A 5T5LA 3WDVA 4PC4A 4CJMA 3O4BA 3ILNA 3ZVXA 1LHUA 4OEGA 3HR9A 5GZCA 2NVHA 3C88A 3FJFA 5EXOA 2ZAAA 3POWA 3WDWA 4BM8A 2ZR1B 2DRYA 2IMCA 1S0LA 1XG6A 4BLJA 1GLHA 2D6PA 4EJ5A 4ZA3B 3OJBA 2A71A 2ZHNA 2YY1A 3IPVB 1IHKA 1LULA 4Q9GA 1LGCA 3CA0A 4W65A 3ZX7A 2JD4A 4DRVA 2VLCA 1LOAA 3ZSJA 1CPNA 3RMXA 3WUDA 1C57A 3R05A 2ZMKA 3WV6A 1MS5A 4YGCA 2DTYA 5BQUA 2A8AA 1Q8OA 1LODA 3N35A 1IT0A 5T52A 3ZXJA 3FBYA 1MD6A 1LOCA 4ATFA 3IM6A 1ZN3A 3WHUA 2BEBA 3H6RB 2HWMA 1RMLA 4DFSA 3ZUSA 3CA3A 4JC1A 5BQUC 3OPZA 1AX0A 1K5VA 1JXNA 3AKHA 1HKDA 1HIBA 5DG2A 1Q8QA 3OGGA 2GZBA 3BAOA 2D3PA 4EKXB 1IKQA 3VEQA 4M3CF 2R1BA 3MW4A 1QOSA 3R4UA 1XTGA 5EC5A 4Y20A 1V00A 1JLXA 1D0HA 4H04A 1LOEA 1N1TA 5DZFA 4Y1VA 3SH3A 5AVAA 4XFSA 1VAMA 2ILPA 2A6ZA 2WJSA 3RSJA 1EYLA 4D69A 1N3QA 5GZEA 4Y1YA 5GAQA 1DZQA 2PHUA 2A6YA 1VIWB 1DQGA 3B69A 3O5WB 3ASIA 2K8RA 1LECA 2ZACA 1KDMA 4PCRA 4I6IA 4KEKA 2Q9XA 4KTXA 1VLNA 4LO7C 4I4SA 2FPQA 1TEIA 4YM1A 3VKNA 2IHOA 2DWRA 3ATGA 2FGFA 3JUTA 2UURA 1D2SA 2YROA 4BQ1A 2DURA 1LU1A 2D6OX 4YGEA 1QDOA 4IONA 5BXRA 3QYDA 2YV8A 3ZXFA 1KDKA 5JOZA 1S0FA 2R16A 2ZZJA 3VSZA 1PUUB 3FJAA 4Q26A 4FPKA 4WVVA 3O0XA 4K21A 3A23A 4A7YA 1AF9A 4Y1UA 1DQ0A 4I3NA 4QD2C 3BIWE 5GZFA 2ES3A 3FJJA 3O4OA 5D61A 1LENA 5F8YA 4ZFYB 2LTNA 3JUUA 1E1HA 3DDAA 3WINA 2FFUA 4XJZA 4FGFA 1HLCA 1W6NA 1FV2A 1R8OA 3V0AB 4JKXB 2DV9A 4TZDA 3AP9A 4YM0A 3V79C 4XTPA 1PWAA 1W6OB 1DQ6A 2D6KA 4FPGA 3WINC 1V6IA 3CA1A 1CQ9A 1YRZA 1CE7B 2IWTB 1V6XA 2VUAA 1QF3A 1GBGA 4LBQA 1NXD1 5DUUA 1UPSA 3FJDA 4I30A 2W2DA 1Z7HA 3NV2A 5GJ6A 4QO3A 4C1XA 2OUHA 1AJKA 1C1FA 1JHNA 1GV9A 2EIGA 2HYKA 4YGBA 1HWPB 5D63A 3WA1A 21BIA 1YXWA 4GA9A 2D7RA 2ZQOA 3LCPA 2ENRA 3HOMA 1PUMB 4Q9PA 4AN7B 2KLLA 4J1LA 1CPMA 2E4MC 4YG6A 3QIZA 3NJ5A 4XYXA 1FMZA 3ZXDA 1FV3A 2D1ZA 1WD4A 3O0WA 2VW1A 2EAKA 3T8SA 2GMPA 2E7TA 3CRHA 1BFBA 4IZXA 3CRGA 3Q7WA 4ZOTA 3N3HA 4FPLA 1T3CA 2ISEA 1W6PA 5LK5A 3F62B 1LU2A 1BFCA 4PBOA 3O4CA 4USOA 1GZCA 2DVGA 3V65A 3WG1A 1JUIA 1ABRB 1V6VA 4X37A 8I1BA 3OY8B 1HCDA 4L4HA 4RL7A 1K5UA 3BAQA 1I1EA 3P6IA 1IRPA 3AK0A 3WG4A 3WO2A 1G82A 1LOFA 3ZXGA 4LO1A 3UK9A 4I4QA 3C8BA 4X39A 1W6QB 2TEPA 2OUJA 2GNTA 3A21A 4I4OA 4ELCA 3B01A 1FWUA 1C1LA 2ZABA 4IZEA 3MW3A 1QOTA 3W59A 3GNEA 4HEVA 3WLUA 2PHXA 2E7QA 1APNA 1LOFC 3VT1A 2AENA 1WW5A 1WLWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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