5JMCA

Receptor binding domain of botulinum neurotoxin a in complex with rat sv2c
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
431
structure length
420
Chain Sequence
GSHMNIINTSILNLRYESNHLIDLSRYASKINIGSKVNFDPIDKNQIQLFNLESSKIEVILKNAIVYNSMYENFSTSFWIRIPKYFNSISLNNEYTIINCMENNSGWKVSLNYGEIIWTLQDTQEIKQRVVFKYSQMINISDYINRWIFVTITNNRLNNSKIYINGRLIDQKPISNLGNIHASNNIMFKLDGCRDTHRYIWIKYFNLFDKELNEKEIKDLYDNQSNSGILKDFWGDYLQYDKPYYMLNLYDPNKYVDVNNVGIRGYMYLKGPRGSVMTTNIYLNSSLYRGAKFIIKKYGNKDNIVRNNDRVYINVVVKNKEYRLATNASQAGVEKILSALEIPDVGNLSQVVVMKSKITNKCKMNLQDNNGNDIGFIGFHQFNNIAKLVASNWYNRQRTLGCSWEFIPVDDGWGERPLLV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title N-linked glycosylation of SV2 is required for binding and uptake of botulinum neurotoxin A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Botulinum neurotoxin type A
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium botulinum
total genus 113
structure length 420
sequence length 431
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2016-04-28
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5jmcA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5jmcA02
2DTYA 1LEDA 3FFZA 4UW6A 4H9WA 4FQ4A 2AGSA 1G86A 4AN6A 2A3YA 1YYNA 4I6IA 4AVSA 4LBMA 5GLWA 3NV2A 1U0AA 5IK7A 1DQ0A 1X50A 3BAQA 3OPZA 3A21A 2A75A 4YZ5A 4YGDA 3ZC9A 1PUUB 1RINA 1W3AA 1S0JA 1ITBA 2AENA 5CAZA 4EEEB 1HLCA 5F8YA 3HSMA 5G00A 2CYFA 5BXSA 3O0XA 1YXWA 5AVAA 2NP0A 1APNA 3BA7A 1WBFA 6I1BA 1QDOA 4PBOA 5JDBA 3OJMA 1RMLA 3HMYA 4Y22B 4X37A 1WLDA 2DUOA 1DZDA 2TEPA 5F8SA 4MYEA 2QN4A 2GNMA 1BFGA 3O4AA 5BVPI 4A7YA 5FRAA 1LODA 3NBCA 4YW3A 1SBFA 1AZDA 4G1RA 3OYWA 1DHKB 1O4YA 3CA1A 1S0DA 4UW5A 1DBNA 4C1WA 4P0LA 3WHTA 3C9ZA 1SBEA 1N3OA 2KLLA 3H6QA 3ASIA 3WG1A 1H9WA 3VT2A 4GXLA 2XB6C 2G4IA 1BLAA 1LENA 3BAHA 1BQPA 1Z4SA 1BJQA 3O4BA 1MS1A 3SITA 2RHPA 3TB0A 1WW6A 4L4IA 1UZYA 4GP0A 3H6RA 1GNHA 2CNAA 2P3KA 1N3PA 4XMIA 1DYPA 2E53A 1LHNA 4R9AA 4FVVA 2WNEA 1VAMA 1ISYA 1JBCA 5DZUA 2ESUA 3IM7A 4KEIA 2WT2A 1JT7A 5KXCA 4YG3A 3JRRA 4IHZA 1LJ7A 4K1YA 2JDZA 1MD6A 1FMMS 3BRDA 3MALA 4LBLA 1UZZA 2LIEA 2ZQNA 2ZGMA 2GNBA 2UU8A 3AJYA 2Z48A 3PHZA 4AGVA 4Y1UA 1RZOB 1LGBA 3LLPA 4FOYA 1SBDA 5GM0A 1ISWA 1S0FA 2D22A 4J2YA 4X39A 2D44A 3IIRA 4XYXA 4I0YA 4GKYA 1BLDA 1UX6A 5L73A 1NZKA 5F8WA 2VW0A 3AH1A 3RMXA 1L2HA 2ZMNA 4DRRA 1AF9A 3IPVA 1LHUA 2HWMA 4JP0A 5GLUA 3JUTA 1ENSA 4M00A 3RSJA 3AZZA 1N1YA 1HQWA 5D61A 2FMDA 3V0BB 3AXEA 1A78A 5DZFA 2Q9XA 2E7TA 4FOWA 1ABRB 2CY6A 4LBJA 3FJKA 3ZSKA 1HQLA 1HDKA 3N7JA 3CQAA 2DVFA 2VSAA 2CL2A 3TC2A 5FNWA 4SLIA 2PHRA 4QD2C 5T5PA 3IN9A 5EYYA 4PBPA 4FOQA 2D6LX 1LHOA 1V6UA 2NN8A 1GZWB 3BODA 2R9KB 1MVQA 2ZMKA 5DUYA 4AVTA 3USUA 3AP6A 2EALA 4M3CB 3OJBA 4M3CE 3BIWE 2PHUA 2SLIA 1DFQA 3WDTA 1KITA 4ZLBB 1MC9A 3N3HA 2A6VA 5T5OA 2GALA 1ONKB 1MS3A 4K20A 2WSUA 3ZYPA 1TIEA 1XHBA 5T54A 4I4QA 3VEQA 4AWDA 1WCSA 4PQ9A 1A3KA 1WBLA 4BPZA 3NBDA 3WG3A 3VWCA 2ZGRA 4J23B 1AVAC 1G8WA 1EPWA 2MIBA 1LESA 5T5LA 1FATA 1QQKA 1T9FA 4YM3A 1FV2A 3O12A 4QKRA 3BADA 2DREA 1S1AA 2HZ9A 4OEGA 1I1BA 4GWMA 3BAVA 4X38A 4XZPA 4CZSA 3O0VA 1V6LA 4M3CF 4U2AA 3N0KA 4R6UB 4FPLA 4YZ3A 1N1TA 3BOPA 4G9NA 5GZCA 3QLQA 5HCAA 3BA4A 3ATGA 4NO4A 1G9DA 3WG4A 3D5OA 1DJSB 3VKFC 4XILA 3WUCA 1LGNA 4P9WA 4I30A 1QF3A 4WVWA 4I37A 4I4UA 1Q04A 2I2SA 3DUIA 3ZXFA 3H6SE 4ZA3B 3AH2A 4FPKA 1WBCA 1UAIA 4BQ1A 3F1RA 4LO1A 4FPFA 2ZGLA 4F34A 3OYWB 4D0ZA 2Y9FA 3O3QA 8I1BA 3VSZA 2JE7A 3UD8A 1ENQA 3WDVA 3QYDA 4YOLA 1MR5A 3S8JA 2K43A 1S0IA 2ERFA 2RQ9A 2D20A 5F5QA 2ZAAA 3AP9A 2WRYA 3OY8A 3O0WA 5DUWA 3T1MA 1W6NA 1GZCA 3WO2A 2D1ZA 4DCKC 2ZZJA 4QO3A 3AXDA 5JOZA 3R4UA 2KH2A 3IM0A 1I3HA 3KQRA 4FOVA 4HR6C 5T55A 4Z9WB 1LOFA 3H6RB 2DU0A 4Q8LA 3EF2A 2FFVA 3AYEA 1W6OA 4YW5A 3A0NA 3ILAA 1XQNA 3VKLA 4TYSA 3RMYA 4QD2B 4JQ0A 5DG1A 4DEPA 2DVBA 3MW4A 4GWNA 3TAYA 3RTIB 2FGFA 1GLHA 2ZBJA 1JUIA 4X3AA 3MPPG 3WINA 1DYKA 5E8AA 1UL9A 1G9CA 3RS6A 5I1BA 4D8HA 2DUQA 1LTEA 1MACA 5H9QA 3WCSA 1TWEA 5B2HA 5CB7A 4GP3A 3AKHA 2D24A 5HPZA 5T52A 3A07A 1FWVA 2DURA 3CA5A 2ZQOA 3BRFA 2ERMA 4G9MA 3BRGC 3I8TA 2WT1A 4TZDA 3VKOA 2PHWA 2BEBA 1IS4A 1DZQA 1DQOA 3FJDA 2AREA 2IHOA 1SCRA 3IPVB 4LO1C 1YO8A 5DUVA 2KM2A 1F5FA 1XYFA 3O4CA 3UJQA 3WMUA 1QOOA 1BYHA 2AUYA 1CVSA 4I4RA 4CTEA 4LO7C 4ISQA 3PVNA 1MS0A 3CAHA 4YM0A 1OQ1A 3N7KA 2OW4A 4USPA 1FX5A 4L4HA 4YGEA 1QXMA 4P6AA 1KDKA 3OGFA 1LOFC 2R49A 1V6MA 2ZGQA 2VW2A 4EFRA 21BIA 2R1DA 3SH4A 3T8SA 1IOAA 3WO3A 1IRPA 3FJBA 5DVHA 3V65A 2SBAA 2ZABA 3R4SA 2VY0A 1LOBA 5E89A 2KI6B 3POKA 2ZGOA 4XJ9A 3VKMA 1NLSA 2BFHA 2NVHA 4Z8SB 3WINC 4DRVA 4WVVA 3USUB 1JHNA 2P3IA 1PZ8A 4RL7A 5H9PA 1V6WA 4GAFA 1K5UA 3NBNA 3UJ4A 3ZXLA 5HCFA 2KKIA 4XJWA 5E24E 4OEFA 3CRHA 1R8NA 1LULA 1OQLB 2PHTA 1AVUA 3NBEA 2Y9GA 5IK4A 4WBCA 3UK9A 4DS0A 3N36A 4YG6A 2XOAA 2YY1A 3R05A 1AVWB 4ZFYB 1FQ9A 4YGBA 2A5ZA 5H9RA 4AGGA 2WSVA 4FPJA 5T50A 1LECA 2HWAA 2EXHA 3ZSLA 1RG8A 1YF8B 4HA2A 3S8KA 2GMPA 4Y1XA 5GJ6A 1BFFA 4YW1A 4Y20A 1MS8A 1Q8QA 4XXAA 2BQPA 3RRDA 1KNMA 1AVBA 4I8MA 3SLIA 3IKWA 4QALA 4FGFA 2V5YA 1G82A 4XJAA 1VIWB 1N4KA 5IT6A 5D62A 3FJ9A 3CNAA 1AJKA 2VUAA 2E6VA 5LK5A 2ZGNA 3WVJA 5DZGA 2K8RA 2VLCA 1Q03A 1IRAX 2D3PA 1MS9A 3W9TA 4I4OA 1BXHA 2NTDA 1WD3A 2CWSA 3CRIA 2OUJA 1N1SA 1M16A 3WO4A 4OZXA 3V0AA 2ET2A 4I4PA 2NM1A 1SR4A 1PC8B 4ATEA 4FPCA 1HCDA 3LCPA 3VT1A 4LO7B 3O44A 3OY8B 4LO2A 1W6NB 1CR7A 3PG0A 1QMJA 4GALA 3VUOA 3FJCA 1DQ2A 4BOWA 1YBIA 5KXDA 2DVGA 2A6XA 1DLLA 3AZVA 1Z2VA 1OKQA 1W6OB 1DFCA 1CE7B 3B9UA 4XOGA 4JC1A 1G7YA 3FJJA 3FLPA 2ZR1B 1ULDA 2AR6A 1QKQA 2DV9A 4ZBVB 3APBA 1Q8OA 5BXTA 4G6JA 4BMEA 1KRIA 3FBYA 3HALA 3CA4A 3SNMA 1ONAA 4I4XA 2VU9A 4J2KA 4L8QA 1LCLA 3ENRA 4GOVA 1FV3A 1FGAA 3CA6A 1AX2A 2GMEA 1YRZA 1V6OA 2E7QA 1JYIA 5BQUA 2HW9A 2IWTB 2A6YA 5FNXA 1CONA 4I3NA 1QDCA 4USOA 2FHRA 4P9YA 4I7IA 4R9CA 4EB2B 1GZ9A 3I2XA 1IKPA 1IKQA 1HWMB 1LOCA 1FNZA 1V6XA 3O4OA 2WBCA 3T1LA 1LHVA 4KBBA 4Q26A 1Q56A 3WA1A 3PVEA 1WUVA 3AKFA 1QGLA 3HBWA 5SV8A 5EWSA 1FNYA 1JLYA 1CPMA 2EXJA 4XHBA 4PCRA 4AGRA 3M3EA 5T5JA 4F83A 4LBQD 5HCBA 3OGGA 2VW1A 2DS0A 1IS5A 1UKGA 5EYXA 4GOYA 3K1XA 3FLRA 2ZGTA 4LO2C 2D3RA 4XBQA 3VKNA 3WG2A 3Q7WA 4G6MA 4FQZA 1W3FA 1Q8SA 1AXMA 5JOWA 3FUOA 5F90A 2K4AB 5BOWA 5KXBA 1MZ6A 1BARA 1TTUA 2ZHNA 4DQAA 4OEEA 4I2SA 1GNZA 1C1FA 4FPOB 4HL0A 4R9BA 1JLXA 2JE9A 2JKBA 2ZHKA 2AH2A 3C2UA 4GA9A 2AYHA 1WLCA 4EFQA 3CRGA 3WDXA 1GANA 1AXKA 4IZXA 1PZ9A 1CVNA 1ISZA 2A71A 3WMVA 2EXIA 1LU2A 1JN2P 5DUUA 2W68A 1AXYA 4YM1A 3Q7XA 1W6PA 2P23A 1BFBA 3AYAA 3AZWA 3BB2A 2CWMA 4I4YA 1ILR1 4XTMA 3A23A 5BQUC 3FJFA 1KDMA 2FDBM 1AVXB 1JT4A 1ULFA 4LO0A 3SISA 3RG0A 5EC5A 4KEJA 4Q8KA 2R0FA 4CJMA 2H0BA 3WDUA 1W6QA 2Y9XE 4XFSA 4QBCA 3BAGA 4XE9A 2X2SA 2X2TA 2MC2A 1WBAA 4IY9A 3WDYA 3AYCA 3NJ5A 1ISXA 2P39A 1G9BA 1ULEA 3NV3A 5GZFA 2DUPA 2W52A 4U36A 5FZZA 4UW3A 2C5DA 4LBOA 2ZHMA 4XHXA 2P3JA 1EV2A 1QOTA 4EKXB 1QNWA 1FMZA 4KC3A 4JAWA 1SCSA 4Y1YA 3WZ1A 7I1BA 1VLNA 4Y20B 4A7KA 3POYA 2W08A 1CPNA 1V6VA 1H9PA 5IUQA 5JOXA 2D6PA 3BA5A 4NOTA 1N47A 3HOMA 4CRQA 1LOGA 3CA3A 3AKIA 3AX4A 5GAQA 1YTOA 3O5SA 2DRYA 1W0OA 5BP5A 4J2XA 1D0HA 1H30A 2WJSA 2OUHA 3LSDA 3W58A 4ASMB 3U4XA 1K5VA 4XFUA 4QKSA 3INAA 3WHUA 1SLLA 1MS5A 5H9SA 1PZ7A 1DQ4A 1PWAA 3BTAA 1GBGA 3A4UA 3UL2A 3IAGC 3V0AB 3GNEA 3ZXGA 4YM2A 4K21A 2GNTA 4GAIA 4Y26A 1MZ5A 5GLVA 1HKDA 4XFTA 2D6NA 1SLBA 4A7ZA 4Q9GA 3ILRA 1N1VA 1UN1A 3IM5A 3BX1C 2JECA 4FP2A 1TWMA 2F2FA 2Y9WC 1NXD1 3M3CA 1BZWA 1JOJA 4LO0C 1JXNA 4YZ1A 4JKQA 1G9FA 1S0GA 3WNXA 4WV8A 2ZKNA 4OUJA 1F31A 2P2KA 3N35A 1SLCA 3HN1A 2RSTA 1TOOA 1IS6A 2ARBA 1RIRA 1V6KA 4ATFA 2JJ6A 2M49A 5CNAA 1CN1A 4DENA 2OVUA 2ENRA 4AYUA 1S0CA 2DVDA 2DWRA 5JMCA 1C1LA 5D63A 3P53A 4XJUA 1TP0A 1LGCA 3JUUA 4XJ8A 2J3PA 1KQRA 3CA0A 4Q1RA 41BIA 3N7MA 4H04A 3SNVA 5EG6C 4LBKA 3B01A 2P34A 1YI7A 3E8LC 3O5WB 3V79C 5BP5C 3SH5A 4IYBA 1VCLA 1IILA 1FN0A 1Q8VA 5BYNA 5KXEA 1DQ6A 1D2SA 3NWKA 4XDQA 4Z8BA 4Y1ZA 5DXDA 4I4VA 4YFWA 3GALA 2PELA 3H0OA 3I4IA 2ES3A 4XKIA 4YZ2A 3OBRA 1W6MB 2ZACA 4ZGRB 1CIWA 2WT0A 2A70A 1MVEA 5CBLA 5DSSB 4LO3A 3AKGA 3PUBA 4FPEA 1GICA 1MS4A 4D69A 3DGTA 2Z42A 2GZBA 3IM6A 2F2FC 1R8OA 3P6IA 3ZPYA 3ZSJA 3FJ8A 3AP7A 1IT0A 5DG2A 4BLIA 1DZCA 4C1XA 4YG0A 2YV8A 2Z49A 3AJ5A 1AX0A 3ILFA 3M3OA 1QQLA 4OWLA 3AP4A 4HJJA 1V00A 1QOSA 1BA7A 1LHWA 2VSEA 4LBQA 1WW5A 1FYUA 1S0LA 4XXPA 2ZA9A 1IHKA 4YW2A 4IQPA 1V6JA 4LBNA 4YLZA 1DQ5A 3BAOA 1SLTA 4AN7B 3UD9A 4XIOA 1S0BA 1Q8PA 1W6PB 3L2YA 4P0JA 2D7FA 4I1EA 1HIBA 2D23A 3KM5A 3QCWA 2Q5TA 3PVOA 2CTVA 5GZGA 4Q1PA 1EVTA 2EIGA 1AJOA 3MEPA 2R1BA 2D7RA 2UWCA 2YXSA 3B00A 2AAIB 2UUSA 5GALA 2ZGPA 2AFGA 1Q1UA 1GYKA 4OW4A 3A0KA 3D7WB 3ZXDA 1W6QB 4JCKA 4ZXKA 2F8XC 3VV1A 4BM8A 1RITA 4RA0A 2NYYA 2HYKA 1W3GA 1I1EA 3W59A 3UJOA 1M2TB 3VSFA 3POWA 3ZSMA 2GO2A 2VH9A 3ZVXA 2I1BA 4LO3C 3D6EA 1WD4A 1E0OA 3JU9A 1BASA 3AJZA 4IZEA 2R0HA 3Q7YA 3PMEA 5JOYA 1JW6A 2DVAA 1O4ZA 4GKXA 3UD7A 1S0EA 1CESA 3V64A 2V73A 2LALA 1CJPA 2ZGUA 1JTCA 1KJLA 1C4RA 2AQZA 2D43A 2GN3A 3PJQA 3N7LA 4PF5A 1SLAA 3FJIA 4XTPA 2D6OX 5JLVA 3FUQA 1ZM1A 2C9AA 2WQZC 5IK5A 3OJ2A 4I1BA 1B09A 2MLLB 1NUNA 1IS3A 3AZYA 1HCEA 2KI4A 1WW7A 1KJRA 2UWBA 1IJTA 1ZA4A 3IMNA 4DFSA 4FPYA 3AYDA 2EAKA 4I96A 1SLIA 1C57A 4YFZA 1FWUA 2B7YA 4XBLA 3WLUA 2A6WA 3SH3A 1DGLA 2A3XA 2LTNA 3RTJB 2ZHLA 3ILNA 3WUDA 4FPHA 1CQ9A 3M1HA 1W6MA 1Y7BA 2D6KA 4TLPA 4XMAA 1G9AA 4I4SA 4OWKA 4BLJA 1BFCA 5CA6A 3QR5A 9ILBA 2D6MA 1SR4C 4XJZA 4D0TA 2YUGA 3LTQA 2E51A 3B9CA 2D3SA 4R9DA 4YGCA 1AX1A 1WW4A 2DTWA 4ZFUB 3FJEA 5BXPA 3M3QA 3ZXKA 4Y22A 2GN7A 2RG9B 2NZ9A 2PHFA 1GSLA 1GGPB 2DYCA 1F9KA 5BXRA 3O49A 3B3QE 2UWAA 1ENRA 3AFKA 2P37A 2A7AA 2DU1A 2WLQA 3ZYRA 4JPZA 2YMZA 3NV1A 3AJ6A 3ZXJA 4II0A 4FP3A 2NMNA 1DQGA 3HR9A 1DIWA 4M01A 3WOGA 2R16A 5DZEA 1W0PA 1GV9A 1UMZA 1ULGA 2UURA 4IONA 1JT5A 3D4KA 1EYLA 4LO8B 1FAYA 4Y24A 3CU1B 2ZGKA 1AXZA 1IOBA 5FZYA 4FPGA 4H55A 2WKKA 1GKBA 3LSEA 5JVVA 1VAVA 3I2AA 3FLTA 4BMBA 2Q3NB 1URXA 2JD4A 4Q2FA 5FZUA 4Q9PA 1JQZA 4JKXB 2ARXA 3AH4A 1PUMB 4EFPA 1II4A 1HKNA 1WLWA 4IY8A 2EF6A 2W39A 3B69A 1J0SA 1QNYA 3VT0A 3F62B 2NMOA 4JRAA 3M2MA 3BAUA 3OJVA 1RY7A 1ULCA 1XG6A 2VXTI 1P63A 4ZOTA 2E4MA 1Z0HA 2D7IA 4ZFWB 4XIKA 4LBQB 5E88A 2LIQA 3RQ0A 5GZDA 4Q91A 4K1ZA 3P6JA 3T2TA 3OBTA 4WZFA 1QU0A 2YROA 3WV6A 1SACA 4ENDA 5IK8A 3FJHA 2FO1A 1LOAA 5GZEA 1YIFA 2ZMLA 3Q9OA 1ISVA 2A3WA 2XG3A 1HWNB 1LOEA 2EXKA 3FJAA 1V6NA 1HWPB 2GMMA 1JY0A 3O4DA 2L5XA 3MW3A 3AK0A 1JYCA 1J1TA 1SFYA 5F9TA 3ZC8A 3I29B 1LEMA 4Y1VA 3A22A 1V6IA 4J2SA 1Z78A 4XBNA 3WCRA 2ZGSA 4QBVA 5EHAA 5FREA 1HWOB 4DPNA 4W65A 3ZXEA 3KMVA 1DQ1A 3WDWA 1LU1A 1UPSA 4Q27A 3V0BA 2BEAA 3POSA 4ISRA 1AFCA 5GLZA 3AZXA 1TFMB 1XZZA 1BKZA 1N3QA 3MW2A 4P9XA 4HANA 5EXOA 2A6ZA 1R1ZA 1TEIA 2FFUA 2QYIB 4P0KA 2YZ4A 5GLTA 1SZ6B 1PZZA 1A8DA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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