1EPWA

Crystal structure of clostridium neurotoxin type b
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of the catalytic and binding sites of Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1epwA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1epwA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1epwA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1epwA01
3I2XA 1KDMA 1GZWB 2AQZA 1W6NB 4BM8A 2EAKA 1LESA 1IS4A 1AX0A 3JU9A 1HKNA 3IPVA 4GP3A 3K3QB 1FYUA 2D6MA 1TWMA 3ENRA 2DURA 1R8NA 3C89A 1AVUA 2D3SA 2D6PA 1V6MA 5BXPA 5FZZA 4FOVA 1C4RA 4ZBVB 3AZZA 3FJHA 1V6IA 1W6PA 3SLIA 2ZGLA 1T4QA 1G9FA 4AN7B 3AP6A 3WNXA 1O4ZA 4X38A 3IIRA 4XJ8A 2D43A 2A6XA 1ILR1 2JE9A 5FZYA 4I30A 1V6JA 4QBCA 2ZHMA 1VIWB 4K1YA 1DYPA 3AP7A 4LO3C 3DEBA 5F8WA 1JHNA 5BQMB 3HMYA 5E89A 3ZC8A 3POKA 1VCLA 4GOVA 3DDBA 4Y1UA 5KXDA 4ENDA 4YLZA 4I4QA 1EYLA 3FJDA 4YZ3A 5BYNA 5GAQA 1JT3A 3BRDA 1S0IA 2ZGNA 2A71A 1YVGA 4FPYA 3IKWA 4DENA 2YMZA 4P0KA 2D6OX 4Y26A 4WBCA 4YW5A 2Q3NB 2AFGA 2XB6C 1XQNA 2YUGA 31BIA 3WHTA 4YM3A 4MYEA 1LOEA 3JRRA 2ZGPA 1Q56A 2FPQA 1TP0A 1AVXB 4HEVA 3QW5A 1SACA 5T5OA 4ZFUB 2P2KA 3HOMA 4DPNA 1MD6A 1N1VA 1V6NA 1MS1A 3ZYRA 4Q1PA 2DVFA 2HZ9A 4FOWA 1BXHA 1JT4A 5GLUA 4D69A 1WCSA 1ISVA 4XMIA 2DREA 2IMCA 2ERFA 4X39A 4XFTA 2DVBA 2ET2A 1MR5A 1FWUA 4OEEA 3TB0A 1HIBA 2NYYA 3JUTA 4YGCA 1LULA 1RY7A 1YF8B 3TC2A 3FJEA 1VAMA 1SCRA 4J2SA 2XHLA 1QOTA 4QD2B 2ZGMA 4EFPA 1DYKA 2UUSA 1LEMA 3W58A 3MPPG 5KXEA 1QNYA 4D0ZA 3AJ6A 3AH4A 4YGDA 4EKXB 3NV4A 3B9UA 1CN1A 1V6OA 4A7ZA 4EFQA 4FOYA 4LO0A 1K5UA 4I4UA 3NV2A 3CU1B 3L2YA 1GANA 3IPVB 2B7YA 4GAFA 4W65A 4FPJA 1V6WA 1WD4A 4I4PA 3OJMA 3IN9A 1IS5A 1R1ZA 2OUHA 2EALA 3I4IA 1HCEA 1BARA 3N0KA 2W2DA 1IRPA 4KUFA 1TEIA 4JAWA 2FGFA 2ZGQA 1W6PB 3FBYA 3ILNA 1LHVA 2Y9XE 3WV6A 2EXKA 1IRAX 2ZGRA 3ILAA 5BXTA 2E4MA 4X37A 4JQ0A 3OBTA 3QW7A 3K1XA 1S0BA 1JN2P 2PELA 2SBAA 5CNAA 3B01A 2CYFA 3VKOA 1UN1A 3O4OA 4LBJA 1ONAA 2FO1A 3FJKA 4XXAA 1WLWA 1IJTA 1CPMA 2WSVA 2R1DA 4YW2A 1DQ4A 2A75A 1MZ6A 1MVQA 1O4YA 3ZPYA 4G9NA 3HR9A 4XTMA 5LK5A 3CA5A 5GZFA 2AENA 2D22A 1Z7HA 1G82A 1E1HA 3D5OA 4Y20B 1GSLA 4UW3A 5DUUA 4G9MA 1TWEA 3D3XA 1I1BA 1FV2A 1QQLA 1DIWA 1FGAA 1P63A 1JQZA 3AZWA 1OQ1A 2JDZA 1JLYA 4JKQA 4YFWA 4XBNA 5DUWA 3UJQA 2D3RA 1LGNA 1RINA 2UU8A 3AX4A 2RG9B 5DUYA 3V0AA 4I6IA 5CAZA 1JTCA 3PMEA 2D7RA 2VW0A 4LO7C 3AP5A 2GNTA 4XHXA 1F82A 3BRFA 3AFKA 3WUCA 2G7KA 3MW3A 1PZ9A 4DRRA 2KI4A 2VW2A 1HWPB 2E6VA 3ILRA 4XXPA 2E7QA 4TZDA 1MS3A 1Q8PA 5T5JA 1OFSA 4IQPA 1S0DA 2VY0A 4L8QA 3WMVA 41BIA 3C8AA 4DRVA 1S1AA 4AGVA 4P9WA 4RA0A 1SBDA 3NV3A 3UJOA 2ERMA 1MC9A 1AXYA 2ZZJA 4HA2A 4FP3A 4LO8B 3WINA 4I2SA 4OWKA 4SLIA 4IHZA 2ZACA 5BXRA 3CA6A 2AUYA 4FQ4A 3RRDA 4ZA3B 1FWVA 2MC2A 2DVGA 2WNEA 2A97A 1BASA 1D2SA 1S0CA 1ZB7A 1G9BA 4M3CF 2D6KA 3ZXJA 1SZ6B 4ATEA 1Q03A 1RMLA 1T3CA 4OEFA 2DYCA 3O12A 5GZEA 3VWCA 1WBLA 2CWMA 3GNEA 1IHKA 2G7NA 1MS0A 1YRZA 2XG3A 2GNMA 3LSDA 2BQPA 1WLCA 1NUNA 4Y1YA 4XTPA 2A6WA 2OVUA 4GALA 1AFCA 4XOGA 1MZ5A 2AGSA 1SR4C 4YM0A 3MALA 4ZGRB 3FJJA 1ZM1A 4FPKA 3KQRA 4JC1A 1A3KA 1SBFA 2AAIB 3WDYA 4AVVA 2DVDA 3F62B 4K1ZA 1WLDA 1Q1UA 3WMUA 4Q9GA 4UW4A 3FJ8A 5KXCA 1BFFA 4GXLA 5BQMA 1XYFA 2WT2A 4Q91A 5DZUA 4J2YA 3BA5A 5T55A 1QOOA 5KXBA 1Q04A 3AH2A 1TTUA 2A6ZA 2F2FA 2A5ZA 1WD3A 2GALA 3OJ2A 3AYDA 2Z42A 2ZQNA 2AREA 5EG6C 1J1TA 2ZMNA 3MEPA 3FJ9A 1I1EA 1LODA 2GMEA 3C88A 2ZGSA 3VUOA 3B00A 5DSSB 3S8KA 1LGBA 1NLSA 4YZ5A 3D6EA 1LOCA 3O5SA 1N1TA 2VU9A 3BAOA 4Q1RA 5FREA 1Q8VA 6I1BA 2P3KA 4WVVA 3RS6A 5BQNA 1YIFA 2DTYA 4AN6A 4BLJA 3BAQA 4XYXA 1N1YA 3AXEA 3H0OA 5IUQA 1V6LA 2ISEA 3BA4A 5HCBA 2P3IA 1IT0A 1SLAA 4IY8A 3Q7XA 3CA4A 4IONA 4L4IA 3AXDA 1AVAC 4FGFA 1WBAA 1UKGA 4Q26A 3VT0A 8I1BA 1CJPA 2Y9FA 3Q9OA 3WDVA 1F5FA 4AYUA 3POYA 3WDUA 1SLIA 4G6MA 5HPZA 2JKBA 4I1EA 3CRHA 5SV8A 3ZVXA 1GNHA 3ZUQA 3WOGA 2DUQA 5L73A 1LOFA 1ENQA 3N3HA 3JUUA 4I4SA 1C57A 3ZUSA 4LO1A 1LU2A 5T5LA 3BOOA 4KC3A 3AJ5A 4XE9A 4OWLA 4YZ1A 3OYWA 1SLLA 1PUMB 1AXMA 4IZXA 2NP0A 2HWAA 1FNZA 1VAVA 2ZMLA 1GYKA 1ENSA 2CTVA 5E24E 3BAVA 5GJ6A 3ZSJA 1BLAA 2FFVA 3D7WB 2A3WA 1N3PA 4Y1ZA 4FPGA 4XBQA 1QF3A 1NXD1 3BA7A 5GM0A 1HQLA 3WHUA 9ILBA 3EF2A 1G9AA 1H9PA 1WW4A 4FPOB 3INAA 3UJ4A 1ONKB 4FPHA 7I1BA 1N47A 1QU0A 3FIIA 1M2TB 4KEIA 3FUOA 1KJLA 4ITCA 3Q7YA 3N7KA 2X2TA 2QN4A 3HSMA 3I8TA 5H9RA 3POSA 4XIOA 1N1SA 5IK7A 3W9TA 1BZWA 4QKSA 1QXMA 1G8WA 4LO2A 2DTWA 1QQKA 4H04A 3ZSMA 1CESA 4Y20A 1DHKB 2CNAA 4RL7A 3O0WA 5GLVA 2WKKA 3WDWA 4XILA 3SISA 3CA1A 4IZEA 4ZKTB 1ISXA 5FZUA 2GN3A 3APBA 4Q27A 3AK0A 1LGCA 2BFHA 3DSEA 1G7YA 4FQZA 2J3PA 4XKIA 2AH2A 3ZX7A 4FPCA 2NTDA 1LU1A 3CA0A 2W39A 1T3AA 1HQWA 4EJ5A 5JLVA 1WBFA 3WO2A 2GO2A 5BP5C 3UL2A 2OW4A 3POWA 2PHWA 2VH9A 3H6RB 5GLTA 2HW9A 4F83A 3ZXEA 1DJSB 1LHUA 2E53A 4YZ4A 4JRAA 3WCSA 3ZSLA 2Q9XA 1TOOA 2MIBA 3SH3A 3P53A 1Z2VA 1BQPA 4YGBA 1E0OA 2ZHNA 3AJYA 2D24A 1GKBA 3PVNA 3V64A 1T9FA 3QW8A 3FJBA 1GZ9A 3SITA 3MW4A 4WV8A 5GLWA 1HCDA 4NOTA 2A6YA 1QMJA 5IK8A 3OYWB 4OEGA 1L2HA 1GLHA 4R9AA 1DQOA 1LECA 1MS8A 3O4CA 2KM2A 1ZKWA 3O5WB 1JXNA 1DZQA 1QDCA 4NO4A 4GA9A 2DRYA 4J23B 3SNMA 1HKDA 1Q8SA 2ISHA 4XJ9A 2ES3A 4YFZA 3U4XA 1W6MA 4OUJA 4AGRA 4USPA 1GNZA 3T2TA 3LLPA 3IAGC 5GZGA 4Z8BA 2ZGOA 4Y1XA 1ZA4A 4FPFA 1D0HA 1CIWA 3VT2A 5DG2A 1GGPB 1BJQA 4M3CB 4J1LA 4XZPA 2G4IA 5DVHA 2D23A 4P9YA 1JOJA 4OW4A 3BOPA 3T8SA 5H9PA 4XHBA 3AYCA 3QCWA 2EF6A 3WG4A 4YM2A 4JCKA 5DZFA 4I3NA 1Z4SA 2LIQA 1YYNA 3ZXKA 1DZCA 1W0OA 2K43A 3M1HA 5DZGA 1F9KA 1ZL5A 4GKYA 1QDOA 1SR4A 2R9KB 1C1LA 1V00A 4YGEA 5D63A 3A21A 3AKHA 5IT6A 1N3QA 1ULFA 1XTGA 3BX1C 2EXIA 5GLZA 2VSAA 1PC8B 1VLNA 1HWNB 1EV2A 1JLXA 4BMBA 4U2AA 5F90A 1I3HA 2OUJA 4R6UB 2PHFA 4UW5A 1ISYA 4ZOTA 3V0BA 2W52A 4BOWA 4AWDA 1JY0A 2Z49A 3DGTA 1KRIA 4DCKC 2ARXA 4USOA 2DU1A 1AJKA 2P39A 4I1BA 1CVSA 2C9AA 4J2KA 1U0AA 4KBBA 1WW6A 5E8AA 5EYYA 2WJSA 4BMEA 4WVWA 2D7IA 4G1RA 2ZMKA 5FNWA 2IWTB 4Y1VA 4IY9A 3AZXA 4JP0A 4ZFYB 3VSFA 4LBQD 3WG2A 3OBRA 1IOBA 4QBVA 4II0A 1DFQA 1UZZA 2JE7A 3W59A 3WA1A 2ZHLA 1CQ9A 4DS0A 1ENRA 2VXTI 3QIYA 1X50A 3WVJA 3M3OA 3A0KA 5JMCA 4XFSA 4AVTA 2P37A 1IKQA 1LCLA 1PZZA 2GN7A 2E4MC 1APNA 3OGGA 2LIEA 1YTOA 3O4BA 2ZABA 1LOBA 1BKZA 5T5PA 4ZLBB 3MW2A 1V6VA 3OPZA 5T54A 1W6MB 2ZQOA 4LBKA 3H6SE 1FMMS 3VKFC 3WZ1A 2D6NA 4QKRA 3FGMA 3ZSKA 1W6QB 2C5DA 2GZBA 1G9DA 4ISRA 3WDTA 2G7QA 1LENA 3OY8A 3BIWE 1UAIA 3AJZA 3NBDA 4JPZA 2ARBA 4Y24A 1PUUB 1II4A 2QN0A 3ZXDA 3QIXA 2CL2A 1W6OA 2KKIA 1XZZA 2AYHA 1FV3A 1RIRA 1YBIA 1AVWB 4AGGA 3A07A 1AF9A 3CNAA 1SLTA 3AZVA 2ZA9A 2ISGA 3RSJA 4I4YA 5GZCA 1HLCA 1G86A 2EXHA 3M3EA 1HWMB 4XMAA 2ZKNA 3AZYA 1YI7A 2NVHA 3AH1A 3IM7A 2D6LX 3BAUA 2NN8A 4Q8LA 3V79C 1XG6A 3E8LC 2TEPA 4LO3A 2R1BA 3AYEA 1N4KA 2CWSA 2YXSA 1ULDA 4QALA 4DEPA 3S8JA 1LJ7A 1LHNA 2FHRA 5JOXA 4P0JA 1QGLA 1BFGA 3NBNA 2ETFA 1B09A 1PWAA 1UPSA 3M3CA 5T52A 2DV9A 3V0BB 1DLLA 4A7YA 3C9ZA 3FFZA 2P23A 1DQ1A 1Z0HA 2DVAA 5DUVA 3DS9A 3A22A 3RTIB 3IM0A 2YROA 1UZYA 3USUB 5BQUC 4C1XA 1JBCA 2NM1A 2FDBM 2A70A 1Y7BA 2V73A 4WZFA 1BFBA 5F8SA 4FP2A 1AXZA 1QNWA 1IS6A 3H6RA 4I37A 3UDAA 4FOQA 3VT1A 4GWNA 2D20A 3QYDA 3UD8A 2A6VA 3N7JA 3O4DA 4D0TA 1SBEA 2UWCA 3FJIA 2E51A 4Q2FA 3DDAA 2VSEA 1CONA 3FJCA 4YZ2A 3OJBA 1IILA 5CB7A 2A3YA 3BRGC 3FJAA 4Z8SB 2ENRA 5F8YA 3P6IA 4CTEA 1BLDA 2ZHKA 3SH4A 3PUBA 4PBOA 1LHOA 2D3PA 3BWIA 2DU0A 1WW5A 1QOSA 1S0JA 5G00A 1KQRA 1JW6A 1Z78A 1CPNA 3VEQA 3C8BA 1ZN3A 3A23A 4EL4A 4L4HA 5T50A 3OY8B 2UWAA 1FNYA 4FVVA 4M01A 5EC5A 5F9TA 4Y22A 5JOWA 3O3QA 4I4RA 1Q8QA 1ISWA 2NZ9A 3I29B 2F2FC 4ZXKA 4I7IA 1W6OB 2P34A 5DG1A 3NBEA 1S0FA 2R49A 2V5YA 4M3CA 2KI6B 3QLQA 4CRQA 3PJQA 3ZXGA 2D1ZA 1TFMB 3BTAA 1RZOB 3WUDA 4G6JA 3OJVA 1UMZA 1JT7A 1JUIA 5BVPI 3VKMA 3DUIA 3QW6A 2PHXA 5EYXA 1BYHA 5DZEA 2ILPA 2QYIB 2WQZC 3ZXFA 5GALA 2PHTA 2WSUA 2HWMA 3R4UA 4I0YA 4P6AA 1Q8OA 2CY6A 2K4AB 3O4AA 3BADA 3FIEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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