4D0ZA

Galnac-t2 crystal soaked with udp-5sgalnac, mea2 and manganese (higher resolution dataset)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
molecule tags Transferase/peptide
source organism Homo sapiens
total genus 164
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4d0zA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 4d0zA01
4KPZA 2OEFA 1LVWA 1ZJ1A 1NF5B 2CU2A 4BMAA 5C4DA 1PUUB 1A8DA 2Y9WC 4IRQA 4G3SA 4G1RA 3AH4A 4WBCA 1H4EA 4Y7UA 3T7MA 3V0NA 5JQQA 4ENDA 2FO1A 3I0DA 2AAIB 2RSTA 5BQUA 2YC3A 3I0KA 4FRAA 3UD7A 4FROA 5F8WA 1S0LA 3I0LA 2KI4A 4A7YA 1FWYA 1XZ6A 2AESA 1JT3A 4ZOTA 4J23B 1NHEB 2BO6A 1HIBA 2M49A 3ZF8A 4F83A 4I37A 1INIA 3KIAA 2MIBA 1MC3A 4HO9A 1O7OA 3SXBA 4GAFA 1NQIB 2LIQA 5DDVA 5CQOA 2RJ5A 1H5SD 2W0WA 1R8OA 2BEAA 3P6IA 4Q9PA 3ZXGA 1DZCA 2MLLB 9ILBA 1N4KA 1G9RA 1HWOB 4I4XA 3S8JA 1BFBA 4J2KA 1EZIA 4KT7A 2E8BA 3OBTA 1EYRA 3CA3A 1G97A 1FMZA 2RIXA 4JPZA 5JMCA 4USPA 2P73A 3NBDA 4OEGA 4ZFUB 1H7FA 4YOLA 3R2WA 4ZA3B 2VUAA 6I1BA 1HJLA 1LL3A 2HW9A 3FUOA 4JAWA 3ZGGA 5EC5A 3BRDA 5C1LA 3A21A 1LZ0A 2FYDB 5FZUA 3ST8A 1I52A 4CJ8A 1Z90A 4JRAA 2R9KB 2E4MC 4J2SA 4G6MA 4ZFYB 1SZ6B 1H5RB 4A7KA 1TFMB 1V6XA 2D24A 4I96A 2ZU7A 3FJFA 3R4UA 3VT0A 1ZJ3A 1DFCA 1H7TA 3I0FA 1V82A 2X2SA 4Y7VA 4F34A 4I1EA 3Q80A 2Z86A 1DQOA 2ICXA 2P72A 1V84A 4XKIA 4HG6A 2ZU8A 2JCKA 2YQCA 4LO0C 3BRKX 3OH2A 4QD2C 2OI5A 4ASJA 4G9NA 2BEBA 2I1BA 5CQLX 4GOYA 1W3FA 3CU1B 3JUKA 4HO8A 3V0LA 1GWVA 1ISZA 1R7YA 4FRLA 3K1XA 1AVUA 5FU8A 3NBEA 3OGFA 5DSSB 4UEGA 3BTAA 2DRYA 3ZLLA 4BQHA 2KLLA 1VM8A 4ZFWB 1G95A 4JD0A 2Y9GA 3V91A 2AE7A 1ONKB 4AYJA 2ESUA 1S0BA 3HMYA 3RMVA 4Q91A 5C47A 1HWNB 2P39A 1W77A 4P02A 2OI6A 2WAWA 2WVKA 3T7OA 3U2VA 3POKA 4TLPA 4EEGA 4G6JA 2DS0A 3A23A 1IRPA 2AH9A 4EEOA 1ZCYA 3O4OA 3IAGC 3O4DA 1HWMB 4ZDQA 3PKPA 2Q9XA 5HS2A 2VXRA 1JVGA 4G9MA 1S0FA 4QKSA 2A8WA 4XFTA 2V0KA 1M16A 1BLDA 2KKIA 1ZIZA 5I1BA 3SXAA 2XWNA 1S4PA 1NWGB 1VICA 2VD4A 4JKQA 4FREA 4Y7GA 2UX8A 2I5EA 2K4AB 1ZHJA 3FJDA 3I0CA 4ZLBB 1PZYB 4L4HA 3CRHA 2APCA 4I4SA 2RJ9A 3BCVA 3Q7UA 4G87A 1E5KA 5C48A 4HO6A 4EKXB 1GX4A 3PHZA 4FRPA 4Y6NA 3FJBA 2RIZA 3VSFA 3AKIA 2RJ4A 1OMXA 3EE5A 3OGZA 2NYYA 1ZJPA 1RY7A 1G9AA 3AKHA 1VPAA 4FRHA 2F8XC 1FXJA 5AJOA 2XMHA 1RG8A 4I4UA 5C38A 1W55A 1DJSB 1EVTA 3N7LA 1XHBA 4D0ZA 4ISRA 4HO5A 4IRPA 1G2VA 3Q7XA 3V0PA 1H7QA 3BAHA 2Y9XE 2HWAA 2V0HA 4B4BA 2X2TA 1QXMA 1K4VA 3BAOA 1YP3A 3N7MA 3I2XA 5FZYA 3O5WB 5AJPA 1ILR1 1ZJOA 5L6SA 3OC9A 3RTJB 3OH4A 3U2WA 1IJTA 3VWCA 1WBCA 1ZI5A 3DJ4A 3O49A 1SR4C 3QYDA 5BP5A 1FR8A 1LZJA 4OEFA 5DVHA 1OMZA 2XMEA 4M2BA 4IHZA 3FOQA 5EJ1A 1Q03A 3PKQA 3I29B 1HV9A 4LO3A 2ICYA 2P6WA 3WO2A 4QKRA 21BIA 1G3LA 2VSEA 4KC1A 4Z8SB 1EV2A 1BASA 3JRRA 3KMVA 2RJ1A 2V0IA 4FQWA 2E3DA 1V6UA 1PUMB 4QO3A 3ZX7A 1HM0A 3HBWA 1ZCVA 2NTDA 1H4CA 2FY7A 2V0JA 1MP3A 5GAQA 4HR6C 1NMMB 3BAUA 3T7NA 3FJCA 4FVVA 4KNXA 5CQPA 3ZGFA 4FGFA 4X3AA 1WD3A 2WEEA 2Y4KA 4C2SA 3OJVA 2Y9FA 1BFFA 4K6RA 2BO8A 2ZQNA 3B9UA 1P63A 3BA5A 2VU9A 3I0JA 1IRAX 2K43A 1R80A 3CKJA 3CKOA 3VEQA 4IZXA 1WVCA 2K8RA 3FJHA 5FNWA 4R7PA 4B3UA 1FGAA 2UUSA 3IOHA 2AM4A 2WBCA 5BXPA 4EVWA 1HWPB 4EB2B 2VS4A 1VZXA 3HSMA 3V90A 2OI7A 1FV3A 1FWVA 1V6VA 4IZEA 4XFUA 3NBNA 1WT1A 1YROB 1QGQA 5F8YA 1ZCTA 3Q7WA 4KRVA 4XWIA 4P0LA 3FWWA 2KI6B 2RJ6A 4NANA 3CA5A 3USQA 2YQHA 1FRWA 4MNDA 1JYKA 4ZGRB 5BXRA 1ON6A 2RJ8A 1BFGA 3HALA 1G82A 3TZTA 3IOIA 1E0OA 4R6UB 1H5RA 4FCUA 4KEIA 1HM8A 5FYEA 2DPWA 4OEEA 2D22A 1G9DA 1YXWA 4Y7TA 3CKVA 2DREA 3OJ2A 2WE9A 3OAMA 3NBCA 3SNVA 1ISWA 3MPPG 3UDAA 4KXOA 5B2HA 5FTVA 1BFCA 2NVHA 1XYFA 2QYIB 3BADA 3R3IA 5CMFX 4YS8A 3SXDA 1YYNA 3ZLKA 3D7WB 4ARWA 4DDZA 4CJCA 3SX7A 1FMMS 2F2FC 3CRIA 4Z9WB 2NP0A 1ZI1A 2NM1A 1LL2A 4HO0A 3HL3A 4AAWA 1G9BA 4M2AA 4P00A 5E24E 1VZUA 3IM5A 1ZCUA 5C1GA 3PUBA 5C3AA 4KEKA 3CKQA 5C1HA 1LZ7A 5D61A 1O0RA 1ZDGA 4USOA 4MYBA 4Y9XA 3V0MA 4JP0A 2GO2A 3WA1A 4X38A 2ERMA 1D0HA 2RJ7A 3CQAA 3UD8A 4DCKC 1H5SC 3F62B 3MALA 2E4MA 2AFGA 1GGPB 4I1BA 2YCMA 1M2TB 3RMWA 1NZKA 3SX3A 4QALA 2D23A 1ON8A 4KQLA 1GQCA 1KNMA 4IY9A 1FO8A 4OWKA 3AH1A 4D11C 2I7BA 5BXSA 3I2AA 4I4QA 1EYLA 3VSZA 3FJJA 1R7XA 4FRQA 4ASYA 3TQDA 1LL0A 4J2XA 1ZJ2A 5EHAA 3BA7A 1QGSA 4KC4A 4IONA 4I2SA 4DEPA 3V0OA 3T8SA 1SS9A 1AFCA 1YBIA 2BFHA 3OGGA 4LO0A 1ISXA 2AXMA 4QD2B 4EFPA 3H6QA 5FZZA 1JT7A 4EFQA 3RTIB 1INJA 1S4OA 1ZJ0A 2AGDA 3K8EA 2RG9B 2ZR1B 3RSJA 2X5SA 4LO1C 3WMUA 31BIA 1DLLA 4EFRA 2OEGA 2YQJA 4OWLA 1JTCA 2FFVA 5C3BA 3BA4A 1W57A 1AVWB 5CQNX 3O4AA 3WINC 3AJ6A 1FGGA 2D0JA 1Q1UA 5D62A 3A22A 2AM3A 5C8RA 1VH3A 3AJ5A 2WRYA 1WSZA 3E26A 4D8HA 3FFZA 2IWTB 3O4BA 2X5ZA 3E25A 4B2XA 3H6SE 5J49A 4AN7B 3IM6A 3LTQA 1Z0HA 4FRBA 5BVPI 3AZVA 1MP4A 1R7UA 2W0VA 3I0IX 3NJ5A 3PNNA 1H7EA 4B42A 2FFUA 4HJJA 1AXMA 1GA8A 2NXVA 4KC2A 1S0EA 2Y4MA 4A7ZA 4FRMA 3FJIA 3OKRA 5FU0A 5C4CA 3LLPA 4LO2C 4ZKTB 1JLXA 2HZ9A 1OQMB 5HPZA 1G23A 4G3PA 2D7IA 4EEMA 1W3GA 2MZBA 3FJ8A 2VFZA 1JYLA 5FNXA 2VS3A 1JQZA 2VXLA 4DENA 4HO3A 1I1BA 3JUTA 4L41C 1R81A 3ZXDA 4M4KA 1IT0A 1TP0A 1V6WA 3QR5A 5BQUC 3RMYA 5FUHA 1TOOA 5EIYA 1VZTA 2V0LA 1ITBA 2WVLA 4I4PA 4LO1A 3VUOA 2RIYA 4M28A 2ZQOA 2O1GA 2XWMA 3Q4SA 3WINA 1TIEA 3FGMA 1H7HA 5EJZA 3NGWA 1GWWA 3V8ZA 2PGVA 2YQSA 1AVAC 1Q04A 1F31A 5G00A 1VGTA 4ECMA 5DUYA 3N7JA 1H5TA 4X37A 5DZUA 1H5TB 3K8DA 5I1FA 1XZZA 5C4BA 1RMLA 2QN4A 3V8YA 4P0KA 3CA1A 3BAVA 4EE3A 1T4QA 3PG0A 3W9TA 3SPTA 3ILAA 1WT0A 2QGIA 2WGZA 2D20A 4HO4A 1IILA 1VCLA 1S0DA 2D43A 3CAHA 3V0QA 2VXMA 4B4GA 1OQLB 4NALA 3I0GA 3SX5A 5CMJA 1G93A 1R7TA 4D0TA 1G9CA 2GGOA 4KNRA 4ZBVB 4LW6A 1TWMA 5CMHA 1DQGA 4X39A 4B5BA 4I4OA 4NAKA 1JT5A 2BO7A 4H9WA 3U0XA 4OW4A 3N9WA 1HCEA 2VLCA 3PMEA 1JV3A 1WT2A 4EE4A 1J0SA 2FYAA 1SR4A 1ZI4A 3OJMA 1BARA 3UJ0A 3CA6A 2D44A 4HOCA 3WMVA 3BRGC 2FDBM 3FJKA 3DK5A 2PGYA 2FYCB 3CGXA 2Z49A 5C36A 5AJNA 3FUQA 4I3NA 1I1EA 2GZBA 3HN1A 2ET2A 1ISVA 4OWJA 3AKGA 3O4CA 1FWUA 1JV1A 2VSHA 2YESA 2QKXA 4GAIA 1DFQA 1Z2VA 2YUGA 5C49A 4KC3A 2VSAA 4AC3A 1GQ9A 3ZC8A 1H3MA 3LW6A 1QQKA 3HOMA 5C4EA 2Y4JA 3FJEA 3POLA 2IHOA 1YTOA 5F90A 2BO4A 4CJBA 3IM7A 2FYBA 4IQPA 3UJ4A 2JCOA 3F1RA 1QWJA 1WT3A 4Y7FA 3BAGA 1HM9A 3IIRA 2AECA 4JISA 3R4SA 3F1YA 2WVMA 3EF2A 2I5KA 1V83A 4GBPA 1S0CA 1LZIA 1H7LA 1O7QA 1HKNA 4QC4A 3OH0A 2Y4LA 3SXGA 4LO7C 1FXOA 3FJ9A 4ISQA 5IDSA 3H6RB 3H6RA 1II4A 3UD9A 1FGXA 1AVXB 4Y63A 4Y6UA 1QG8A 1AF9A 1EPWA 2FGFA 4I0YA 1NKHB 3U0YA 1UPSA 1TVYA 1QQLA 3TC2A 4HCQA 1IHKA 3WO3A 1CVSA 2DRZA 1PZZA 1FV2A 4I4VA 1S4NA 2AM5A 4HA2A 2MC2A 3WO4A 1R7VA 2O1HA 4LW3A 3BAQA 2Z48A 4H04A 1S0GA 4L4IA 4I7IA 1VH1A 3SXEA 1JLYA 3GUEA 2XWLA 3DUVA 2KH2A 3USRA 4D48A 1TTUA 3F1CA 1JY0A 3V0AB 4GOVA 3V0AA 3C9ZA 1G0RA 1PWAA 1R8NA 1PZTA 1YP4A 5F8SA 3AH2A 1KWSA 1NUNA 41BIA 1FZWA 1MP5A 2VSIA 4FCEA 3SXCA 1O23B 2Y7AA 1W3AA 3OBRA 3QVBA 1WD4A 4KPXA 1BA7A 1MC9A 1H7GA 4GP3A 4Y64A 1HJJA 1L2HA 1YF8B 3ZC9A 2X60A 3U2TA 5BXTA 3SX8A 4IY8A 1IINA 2F2FA 3JUJA 1FR9A 3BX1C 3N0KA 3E8LC 4G3QA 4Q9GA 4CVHA 4LO7B 3RSBA 5CQMX 4J2YA 3I0EA 3I0HA 1HCDA 1BLAA 4XFSA 1IIMA 5BOWA 8I1BA 5JLVA 2PX7A 2Y6PA 4FRDA 3O3PA 4DECA 5FV9A 4JQ0A 3O3QA 5EG6C 2GGQA 3U2XA 4P6AA 5CMGX 3CU0A 3U2UA 1H4DA 4J18A 4Y62A 3A07A 3FJAA 5BXCA 5BP5C 3CKNA 3IOJA 2Q4JA 1H5SB 4DE7A 4EEEB 1H5SA 4HO2A 4B2WA 3OH1A 3V0BB 3V0BA 1VGUA 2PA4A 5DDTA 1YP2A 5L6VA 4LO3C 2RQ9A 1DZDA 4D11A 3CRGA 1ZDFA 1JT4A 3P6JA 4NAIA 2L5XA 2QH5A 5D63A 4EEAA 4AN6A 3AZWA 2X65A 2Q3NB 2P23A 2JCLA 5IFYA 1K5VA 4PC4A 3CA4A 1TZFA 1PC8B 1G1LA 1DIWA 2RJ0A 3JTJA 4IYBA 1VGZA 1ISYA 2HWMA 4QBCA 2J3PA 4KEJA 2ZU9A 5C3DA 4I4YA 2O1FA 1RZOB 1XG6A 5C4FA 3BB2A 4I6IA 1JVDA 1FG5N 5CMIA 2AQZA 3D8VA 3P53A 1ZI3A 4B4MA 2LIEA 4KBBA 4I8MA 1FQ9A 3Q7YA 1TW1A 2VXTI 4LO8B 2JCJA 3D5NA 1IOBA 1TWEA 1CE7B 1VGWA 3S8KA 7I1BA 3O44A 4EE5A 2XOAA 4II0A 4P0JA 3CA0A 2YC5A 4QBVA 1WBAA 4GP0A 1ABRB 4OUJA 4I4RA 1TW5A 2A8UA 3VT2A 1GX0A 1K5UA 2NZ9A 3D98A 3VT1A 1G8OA 1Z4SA 3AKFA 4JKXB 3BRFA 1R82A 1FN0A 2D7RA 3RMXA 3OH3A 5FTSA 2RITA 1T9FA 1FO9A 3N7KA 1FOAA 4AYLA 4CJMA 4E1KA 2D1ZA 2Z87A 5IDTA 3V79C 1MD6A 4LO2A 2VS5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KPZA 2OEFA 1LVWA 1ZJ1A 1NF5B 2CU2A 5D91A 4BMAA 5C4DA 1PUUB 1A8DA 2Y9WC 4IRQA 4G3SA 4G1RA 3AH4A 4WBCA 1H4EA 4Y7UA 3T7MA 3V0NA 5JQQA 4ENDA 2FO1A 3I0DA 2AAIB 2RSTA 5BQUA 2YC3A 3I0KA 4FRAA 3UD7A 2C0NA 4FROA 5F8WA 1S0LA 3I0LA 2KI4A 4A7YA 1FWYA 1XZ6A 2AESA 1JT3A 4ZOTA 4J23B 1NHEB 2BO6A 1HIBA 2M49A 3ZF8A 4F83A 4I37A 1INIA 3KIAA 2MIBA 1MC3A 4HO9A 1O7OA 3SXBA 4GAFA 1NQIB 2LIQA 5DDVA 5CQOA 2RJ5A 1H5SD 2W0WA 1R8OA 2BEAA 3P6IA 4Q9PA 3ZXGA 1DZCA 2MLLB 9ILBA 1N4KA 1G9RA 1HWOB 4I4XA 3S8JA 1BFBA 4J2KA 1EZIA 4KT7A 2E8BA 3OBTA 1EYRA 3CA3A 1G97A 1FMZA 2RIXA 4JPZA 5JMCA 4USPA 2P73A 3NBDA 4OEGA 4ZFUB 1H7FA 4YOLA 3R2WA 4ZA3B 2VUAA 6I1BA 1HJLA 1LL3A 2HW9A 3FUOA 4JAWA 3ZGGA 5EC5A 3BRDA 5C1LA 3A21A 1LZ0A 2FYDB 5FZUA 3ST8A 1I52A 4CJ8A 1Z90A 4JRAA 2R9KB 2E4MC 4J2SA 4G6MA 4ZFYB 1SZ6B 1H5RB 4A7KA 1TFMB 1V6XA 2D24A 4I96A 2ZU7A 3FJFA 3R4UA 3VT0A 1ZJ3A 1DFCA 1H7TA 3I0FA 1V82A 2X2SA 4Y7VA 4F34A 4I1EA 3Q80A 2Z86A 1DQOA 2ICXA 2P72A 1V84A 4XKIA 4HG6A 2ZU8A 2JCKA 2YQCA 4LO0C 3BRKX 3OH2A 4QD2C 2OI5A 4O6NA 4ASJA 4G9NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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