4D0ZA

Galnac-t2 crystal soaked with udp-5sgalnac, mea2 and manganese (higher resolution dataset)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
molecule tags Transferase/peptide
source organism Homo sapiens
total genus 164
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4d0zA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 4d0zA01
2LIEA 2WRYA 2QKXA 3K8EA 2NVHA 1H5SB 4Y9XA 4Y7VA 3N7JA 4LO7B 3BTAA 4Q9PA 2FFVA 1IRPA 2Q4JA 2X60A 5DDTA 4II0A 1MC3A 1XHBA 4EVWA 2BO8A 2Y4JA 1TW1A 2PGVA 5IDSA 4ASYA 4LO2A 1S0GA 4I4VA 4G6MA 1R81A 2VSEA 1YBIA 5FV9A 31BIA 1Z2VA 1HIBA 4I4OA 4NAKA 5BP5C 1ISYA 5C49A 4F83A 5DZUA 1NMMB 1V84A 2Q3NB 3O4AA 1IIMA 1HV9A 5F8SA 3Q80A 3CA4A 4EKXB 2APCA 1Q03A 4Y6NA 4OWJA 4QBCA 2Y9GA 4DENA 3U2TA 1NKHB 4OEFA 1R7VA 3V0AA 2KKIA 1G9AA 4X39A 3B9UA 4XFTA 1H7TA 4EFPA 5B2HA 5IDTA 2E4MA 1FWUA 3ZGGA 3BB2A 3AH4A 1ONKB 3FOQA 3H6SE 3T7OA 1ON8A 1VM8A 4Z9WB 4EFRA 1ZCTA 1ITBA 1QXMA 1JVDA 5I1FA 4H04A 2ZQNA 3OKRA 4NANA 5CQLX 4B5BA 4X37A 2AM3A 3CA6A 4ISQA 3Q4SA 4GBPA 4L41C 2JCOA 4I37A 1S0BA 4IY9A 5FTVA 1M2TB 2YQCA 5D63A 4B3UA 3D98A 2AQZA 1S4OA 2D1ZA 2AFGA 2ERMA 1E0OA 3R4SA 3CA0A 5AJPA 1XZ6A 1G82A 1S0FA 1IJTA 1I1EA 3RMVA 1E5KA 3O4OA 2OEFA 3N7MA 2GGQA 1ZJ0A 1H5RB 4LO2C 4Y6UA 3FJJA 1WSZA 3W9TA 4I4RA 2NP0A 4ZGRB 1TTUA 1LZJA 4USOA 2PX7A 3BRGC 3CKQA 3E25A 3OJVA 1IINA 1DJSB 2I1BA 4JISA 5EHAA 2X2SA 3PKQA 2Z48A 3FJDA 3P6IA 4B4BA 1YP2A 2RJ4A 2RJ7A 2GO2A 2VSAA 1AVUA 4DE7A 2RIXA 3IIRA 21BIA 4FGFA 1V82A 1YP3A 2Z86A 3Q7UA 3V0OA 4EEAA 1N4KA 2HZ9A 3VSZA 4MNDA 2FYCB 4EEMA 3OGFA 3I0IX 2K8RA 3BCVA 3I0DA 5D61A 4IY8A 3P6JA 1HCDA 3O4BA 4HA2A 4OW4A 1O7OA 5DSSB 3V91A 2P6WA 3V0LA 3JUJA 3FJBA 2Z87A 5C4FA 1VGWA 3OH0A 2Y9FA 3F1RA 5C3DA 4P02A 4D11A 5C1LA 4QD2B 3RMYA 1JQZA 1H5SA 2K43A 3E8LC 4P0JA 1MP4A 3U2UA 3BRFA 2KH2A 3CRHA 1EV2A 3AJ5A 1ZHJA 1JTCA 4QALA 3PNNA 1LL0A 2Q9XA 4IRPA 4FQWA 1XZZA 3AKHA 5G00A 3SPTA 4H9WA 2KLLA 3BA4A 1R7YA 4ECMA 2I7BA 4ZFYB 1IRAX 1TZFA 1W55A 1G2VA 1PWAA 3O4CA 4X38A 2YCMA 4NAIA 5CQPA 3GUEA 4B2XA 1G23A 3EE5A 3WMVA 5IFYA 4FRPA 4GP0A 2JCKA 4I4SA 3FJFA 1RY7A 1H7QA 1QG8A 3RSBA 3H6RB 3FJHA 1O7QA 3BAGA 5DVHA 1LZIA 4JD0A 3OBRA 1HM9A 1S4PA 4ZFUB 2ZU9A 1VICA 3AZWA 5C1GA 3TZTA 4GAIA 4AN6A 1MP5A 3V0QA 3LLPA 3POKA 5BXRA 1P63A 3HN1A 5F8YA 2WGZA 3E26A 3PUBA 4QBVA 5HPZA 1NUNA 2M49A 4I4UA 1JT4A 1G3LA 4Q9GA 1TIEA 4JP0A 4XFUA 3WA1A 3OAMA 5BQUA 1WVCA 4AN7B 1QWJA 4KBBA 5J49A 4M4KA 5CMHA 4EFQA 1VZXA 1BLAA 1ZI3A 2YESA 4OUJA 3IAGC 4A7ZA 3DK5A 1FV3A 2VLCA 2X5ZA 3CKVA 1G9RA 1R8OA 1DFQA 3PG0A 2MIBA 4GP3A 3UJ0A 3I0LA 3I0JA 1HWPB 1GX0A 4B42A 2Y9XE 1WD4A 4XWIA 1G97A 1GX4A 3O4DA 1PZTA 3HMYA 5FZZA 3SXGA 2YQHA 2WAWA 4EE4A 3CA3A 1V83A 2DPWA 3OC9A 1AXMA 3POLA 2FGFA 4HO8A 3V0BA 1VZUA 3UD9A 2W0WA 1DLLA 3PHZA 3QR5A 3I0FA 3Q7YA 1VZTA 4I1BA 5CQMX 1H3MA 4FVVA 2BO6A 4B4GA 1H5RA 4KEJA 3IOIA 4J2YA 3ZXDA 1CE7B 3V0MA 1T9FA 5CMFX 1LL2A 2ZQOA 1JVGA 1ZJOA 2D0JA 1HM8A 1ZCVA 4ASJA 2AGDA 2VXLA 4J2XA 1H7FA 4HOCA 1ZI1A 3I0EA 2D7RA 4R6UB 4ZFWB 6I1BA 2X65A 4YS8A 4B2WA 3U2XA 1H7EA 3NBDA 1OQMB 3KIAA 1G9CA 2P73A 4OWKA 5C4BA 3IOHA 1A8DA 3LW6A 2E3DA 3U2WA 5DUYA 4J2SA 1EYLA 1ZIZA 2P72A 1H7HA 3A23A 3I0KA 1HJLA 2O1GA 2AE7A 5CMIA 5CQNX 3IM6A 1HM0A 3WO4A 1PZYB 2WBCA 4IZXA 3F1YA 4KQLA 4EE3A 3ZLKA 5BQUC 3ZC9A 1WBCA 1WBAA 3BA5A 3NBCA 4KC3A 3EF2A 4LO1A 1XG6A 5E24E 3RTJB 1ZJ3A 4HO5A 3P53A 2XWLA 5CMJA 1ZCYA 1FG5N 1EZIA 4P0LA 2K4AB 5JMCA 2RITA 1S4NA 4G3SA 3U0XA 2ZU8A 4DECA 3BAHA 3A07A 4A7KA 1UPSA 4IRQA 3KMVA 3FJIA 1VGUA 3JUTA 5FUHA 1JYLA 2XMHA 4I0YA 2YC5A 5FZYA 3CRGA 2MZBA 3WINC 3JTJA 2FFUA 3LTQA 4YOLA 1YYNA 1FOAA 3AKIA 2Y7AA 2VS4A 1R82A 4I4XA 1HCEA 4M2BA 3SXEA 4M28A 4BQHA 2CU2A 3SXAA 1IILA 2RSTA 1FGAA 4QKRA 3BAVA 1K4VA 1T4QA 4A7YA 1ZI4A 4P0KA 4FRAA 4KC1A 3FJCA 3PMEA 3NJ5A 4ENDA 1ZDGA 3FUQA 3SXDA 4D48A 2BO7A 2I5KA 4FRMA 5BVPI 1S0LA 4ISRA 4IYBA 1S0EA 4ZLBB 2X2TA 4KC4A 4UEGA 1ISVA 5BXCA 1ZJ1A 2FYBA 1EYRA 5HS2A 5BXTA 3ZX7A 1K5VA 3FJ9A 2D7IA 3CAHA 4JKQA 2VXRA 4ZA3B 1DZCA 4I1EA 4WBCA 4CJ8A 4G3QA 1H5SD 4CJCA 2BFHA 3BRKX 3CQAA 1W3FA 2PGYA 1DIWA 2QYIB 5FU0A 3N0KA 2MC2A 1Z0HA 1G8OA 1IT0A 2QN4A 2UUSA 4G87A 1V6WA 2F2FA 3ZF8A 1Q04A 2RIYA 4AYLA 1ABRB 4ZKTB 1G1LA 1QQKA 4I3NA 1TVYA 2V0IA 2R9KB 2WVMA 5AJNA 5C8RA 2IHOA 2HWMA 4LO1C 1G0RA 4HO0A 4KT7A 3UD8A 2YUGA 1SZ6B 3UD7A 1FGGA 3FUOA 1FWYA 1RMLA 1INIA 1DQGA 1PUMB 2E4MC 1PUUB 3BAUA 1S0CA 1SS9A 1ZJPA 3HBWA 1W3AA 2FO1A 1W77A 3CU0A 1JT3A 3FWWA 1ILR1 9ILBA 3IOJA 3OH1A 1QGQA 3K1XA 3T7MA 2O1HA 5C4DA 2V0HA 4J18A 3VSFA 3ZXGA 3D7WB 1TW5A 2RJ6A 4R7PA 3USRA 2AAIB 4I6IA 1INJA 5CQOA 4AAWA 4D0ZA 1BLDA 3UJ4A 4HR6C 1VCLA 2LIQA 3AKGA 2D43A 1PZZA 3I2AA 2QH5A 1AF9A 1VGTA 3OH4A 3AKFA 5EIYA 1GGPB 2VU9A 4Y62A 3CKOA 1RG8A 3ZGFA 4DDZA 1YTOA 1HWMB 4KC2A 2WVLA 3CRIA 3FJAA 2O1FA 1VH3A 1F31A 4FREA 5C48A 4FCUA 4KNXA 1EPWA 4HO6A 2E8BA 2BO4A 2Y4KA 1R7XA 3K8DA 4I7IA 4EEGA 1NF5B 3BA7A 2AESA 1S0DA 3VT2A 1FXJA 1TWEA 3OH3A 4HO4A 4EB2B 1BA7A 4G9NA 4LW3A 1JV3A 3N7LA 5C36A 2D44A 2XMEA 1VGZA 3CKJA 1I52A 3WO2A 3V0PA 4HJJA 1IHKA 1GWVA 4OEGA 2FYAA 2ICXA 4HCQA 3I0GA 2BEAA 4EE5A 5C4EA 1V6VA 3SX7A 3FJKA 3OJ2A 2Y6PA 1G95A 4FRHA 1BASA 3N9WA 3T8SA 2MLLB 2HWAA 3SX3A 4P00A 1TWMA 3C9ZA 1EVTA 3Q7XA 4D11C 1H5SC 3WO3A 1Z4SA 1DFCA 3FJEA 4LO7C 3I0CA 3R3IA 2Y9WC 1GQCA 4IQPA 4LO0A 2I5EA 2RG9B 3BAOA 1JT5A 2D22A 1H7LA 1FQ9A 3CA1A 1LZ7A 1O0RA 2IWTB 5BXSA 2AXMA 1J0SA 1GWWA 2AM5A 2W0VA 4HG6A 3USQA 1RZOB 1WT3A 2QGIA 5AJOA 3I2XA 4IZEA 2VXMA 4LW6A 3V90A 4Q91A 1R8NA 3HOMA 1WT2A 1MD6A 1H5TB 1DQOA 1DZDA 2KI4A 2AH9A 2OI5A 1BFBA 4QC4A 3OH2A 1FR8A 1NHEB 3DUVA 3F1CA 2Y4LA 2NTDA 1BFCA 1MP3A 3V79C 3BX1C 2VS5A 5DDVA 4OWLA 3QVBA 2DRZA 5EJ1A 5F8WA 1NQIB 3FFZA 2FYDB 2DREA 5C4CA 4QKSA 1FXOA 2WE9A 3CA5A 4F34A 4ZBVB 1TOOA 2VSIA 3CGXA 4J2KA 1FR9A 2X5SA 2XOAA 3MALA 1JLYA 3O49A 2OI7A 2NYYA 1IOBA 5EJZA 5GAQA 3F62B 3S8KA 1W57A 4JRAA 4XKIA 4C2SA 2ICYA 2D24A 3NBNA 4I2SA 2P23A 3OGGA 1ON6A 4J23B 1FZWA 1SR4A 4AC3A 4I8MA 2FY7A 4FCEA 2NM1A 4LO8B 4Z8SB 2VUAA 3HL3A 1KNMA 3RMWA 2A8UA 2RJ9A 4CJBA 1JLXA 5EC5A 4KPZA 1AVWB 4D0TA 3H6RA 3I29B 4I4YA 1CVSA 3AH1A 1FMZA 1V6UA 2AECA 1FWVA 4HO3A 2L5XA 4LO0C 4ZOTA 1GQ9A 2RJ5A 3FJ8A 2DRYA 2HW9A 3IM5A 3R4UA 2Z49A 1JV1A 4QO3A 1FRWA 3DJ4A 4KXOA 4B4MA 1G93A 4G9MA 1H4CA 3ST8A 1O23B 3BADA 1FV2A 2YQSA 1HKNA 41BIA 2V0KA 3ILAA 4FRBA 1I1BA 4HO9A 4PC4A 1AFCA 1Q1UA 2V0LA 2Y4MA 3U2VA 3NBEA 4P6AA 3VT1A 4JKXB 3VWCA 3V8ZA 3T7NA 2D23A 3S8JA 3O3QA 1YP4A 2XWNA 2DS0A 1LL3A 4M2AA 4CJMA 1H7GA 4CVHA 4IHZA 3TC2A 1OMZA 4KNRA 1NWGB 1FMMS 4KEIA 4MYBA 4QD2C 3SX5A 4FRLA 1AVXB 4Y63A 4I4PA 5FU8A 8I1BA 4USPA 3CU1B 1WT0A 2RJ8A 2VS3A 5JQQA 5C38A 4X3AA 5D62A 3V0BB 5FNXA 3OGZA 1FO8A 1NZKA 4KEKA 2JCLA 3JUKA 2FDBM 4Y7GA 3AZVA 3MPPG 2XWMA 2JCJA 3IM7A 5FTSA 2WEEA 2A8WA 1QQLA 1SR4C 2OI6A 3A21A 2VXTI 2ZU7A 4Y64A 1R7UA 1KWSA 4LO3A 3Q7WA 4FRDA 4HO2A 1OQLB 5C47A 1TFMB 5JLVA 1Z90A 1H5TA 1LZ0A 1XYFA 3O44A 1OMXA 4BMAA 4L4HA 1PC8B 3N7KA 5BXPA 2F8XC 1GA8A 4IONA 4Y7UA 3H6QA 4GOVA 1G9DA 1JYKA 3OJMA 1II4A 3I0HA 1K5UA 3VT0A 3ZC8A 3CKNA 4G6JA 3VEQA 3O3PA 1M16A 4FROA 4DEPA 3V0AB 4I4QA 7I1BA 2YQJA 3SX8A 1G9BA 5F90A 1YROB 5CMGX 1BARA 1ISZA 5FZUA 2YC3A 4D8HA 2D20A 3OBTA 4Y7TA 4DCKC 4JQ0A 1VPAA 3NGWA 1BFGA 3AJ6A 4JAWA 3RTIB 1YF8B 1WD3A 2F2FC 3HSMA 1HJJA 2VD4A 1FGXA 3D5NA 4E1KA 1JT7A 1L2HA 3VUOA 1ZDFA 2BEBA 3D8VA 2RQ9A 4G3PA 3BRDA 5L6VA 4GAFA 3RSJA 4EEOA 3SXBA 4K6RA 4AYJA 2VSHA 4TLPA 3QYDA 1FN0A 3HALA 2GGOA 2RJ0A 2P39A 2VFZA 2AM4A 2UX8A 1JY0A 4EEEB 5BP5A 1H4DA 1QGSA 4NALA 4Y7FA 2V0JA 3V8YA 5L6SA 5FNWA 4LO3C 1H4EA 1D0HA 4KPXA 3AH2A 1ZJ2A 1LVWA 1R7TA 1ZI5A 5EG6C 3SXCA 2J3PA 1YXWA 3O5WB 2RIZA 4ARWA 2KI6B 3U0YA 1FO9A 2NXVA 1R80A 2ESUA 4XFSA 3SNVA 3PKPA 5FYEA 5C3BA 2ET2A 2ZR1B 4I96A 5I1BA 2OEGA 2RJ1A 2WVKA 4GOYA 1V6XA 5BOWA 1ZCUA 3V0NA 3TQDA 3BAQA 1HWOB 1VH1A 1TP0A 1ISXA 1MC9A 3RMXA 4JPZA 3ZLLA 5C3AA 1BFFA 3WMUA 4L4IA 2GZBA 3WINA 1HWNB 2NZ9A 2PA4A 4OEEA 1WT1A 3FGMA 4FRQA 4KRVA 1W3GA 4G1RA 4ZDQA 3JRRA 3UDAA 5C1HA 3A22A 3R2WA 1ISWA 1AVAC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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