4D0ZA

Galnac-t2 crystal soaked with udp-5sgalnac, mea2 and manganese (higher resolution dataset)
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
495
structure length
495
Chain Sequence
KVRWPDFNQEAYVGGTMVRSGQDPYARNKFNQVESDKLRMDRAIPDTRHDQCQRKQWRVDLPATSVVITFHNEARSALLRTVVSVLKKSPPHLIKEIILVDDYSNDPEDGALLGKIEKVRVLRNDRREGLMRSRVRGADAAQAKVLTFLDSHCECNEHWLEPLLERVAEDRTRVVSPIIDVINMDNFQYVGASADLKGGFDWNLVFKWDYMTPEQRRSRQGNPVAPIKTPMIAGGLFVMDKFYFEELGKYDMMMDVWGGENLEISFRVWQCGGSLEIIPCSRVGHVFRKQHPYTFPGGSGTVFARNTRRAAEVWMDEYKNFYYAAVPSARNVPYGNIQSRLELRKKLSCKPFKWYLENVYPELRVPDHQDIAFGALQQGTNCLDTLGHFADGVVGVYECHNAGGNQEWALTKEKSVKHMDLCLTVVDRAPGSLIKLQGCREDDSRQKWEQIEGNSKLRHVGSNLCLDSRTAKSGGLSVEVCGPALSQQWKFTLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords POLYPEPTIDE N-ACETYLGALACTOSAMINYLTRANSFERASE 2
publication title Substrate-Guided Front-Face Reaction Revealed by Combined Structural Snapshots and Metadynamics for the Polypeptide N- Acetylgalactosaminyltransferase 2.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase/peptide
total genus 164
structure length 495
sequence length 495
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2014-04-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 4d0zA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 4d0zA01
2VUAA 2VSAA 5C1LA 5BOWA 4KC2A 2LIEA 1IJTA 4G6JA 3WO4A 1FWYA 5C8RA 2VSEA 1O7OA 4XWIA 3FFZA 3T7MA 4GP3A 5EG6C 4ZGRB 4D11C 3SX7A 4HR6C 4Y7UA 4DDZA 1ZJ3A 1G9BA 2O1FA 5BQUC 4ISRA 2WVKA 4LO0A 3I0GA 4IQPA 4B2WA 4USPA 1AF9A 1TW1A 1SZ6B 1NHEB 3FUQA 3OGZA 3FGMA 1VCLA 1BFBA 4LO1A 4ISQA 5EC5A 1S4OA 4FRQA 4HO2A 1YP2A 2Y9WC 2Y6PA 2MLLB 3U0XA 1S0BA 1I1EA 1NF5B 2VSHA 1AVUA 3BAHA 1V6XA 5F8WA 4QO3A 5DVHA 1ZI4A 2F2FC 2XWNA 4P6AA 3BAOA 5I1BA 1OQLB 2Z49A 1G3LA 3FJEA 1QQLA 1S0EA 4FGFA 4I96A 4ENDA 2V0JA 4NANA 2Y4KA 1GA8A 1H7TA 3T7OA 3ZLLA 2P39A 1H5RB 2D44A 1KWSA 1Q04A 2VD4A 3IOJA 3BB2A 4LO7C 4J23B 1LZIA 3I0IX 4B4GA 1TW5A 3BADA 3CA4A 5BXPA 2ESUA 1ZJPA 2OEFA 1QG8A 3F62B 3UDAA 2BO4A 2V0IA 4EFQA 1AVAC 1ZI5A 3QR5A 1G0RA 2Y4LA 4I4VA 1HIBA 2K8RA 2AECA 2NZ9A 3JTJA 5CQPA 4D11A 1HV9A 3AZWA 3FJKA 2RJ8A 3EE5A 4AAWA 2CU2A 4Y7FA 2GO2A 4X39A 2X5SA 3CKOA 1YTOA 3AKHA 2XOAA 3FJFA 3VT2A 1LZ0A 1H5SB 1JQZA 4IY8A 1GWVA 4OEFA 1IHKA 1IRAX 1WBCA 3Q7XA 2E3DA 1BLAA 3D8VA 3CKJA 4M4KA 3MALA 2XMHA 4IRQA 1ILR1 1IOBA 1H7HA 3LLPA 1TZFA 1HWOB 4FRBA 1VH3A 3WMUA 2APCA 4J2KA 5JMCA 5BXSA 5BXCA 4L41C 4I4OA 1AFCA 3BRFA 2OI5A 4EEEB 3U2WA 3OKRA 1RG8A 2RSTA 3ZX7A 4HO8A 3USRA 2F2FA 4LO2C 2D1ZA 2VS3A 2Z86A 3UD8A 5FYEA 4I4RA 4GAFA 4I37A 3O5WB 4AYJA 3HBWA 1VGWA 1Q1UA 3RTIB 3I0LA 5L6VA 3I0DA 1VZTA 2VXLA 4Y63A 1INJA 2D43A 3POKA 3IOHA 3E8LC 1JYLA 4FCEA 2RJ1A 4ZFUB 1S0LA 4ZLBB 3FJJA 1GX0A 1NZKA 2Y9XE 1G2VA 3CQAA 2HWAA 2V0HA 2O1HA 3FJ8A 1G9AA 4KPZA 3AKIA 4LW3A 2D24A 5CQLX 2R9KB 1SR4C 1TIEA 2Y9GA 3F1YA 2KH2A 1S0GA 5FUHA 1HM0A 2WVLA 5F8YA 4IONA 1ON6A 5BVPI 4QKSA 2PGYA 2ZU8A 1O0RA 4X3AA 4QKRA 1WVCA 5DZUA 4Y7VA 4I1EA 5C1HA 3OBTA 2WVMA 1PWAA 2IHOA 1JVDA 3OJ2A 3OGGA 1H7GA 1JVGA 1Z0HA 1PZTA 1V82A 4I1BA 3O49A 3VSFA 3A07A 4DENA 3RTJB 4FRDA 4LO0C 1ISXA 5FTSA 5C47A 3VEQA 1IT0A 1G1LA 2FDBM 3HL3A 4KNRA 1WSZA 2RJ6A 4CVHA 4FREA 2LIQA 2V0KA 3H6RA 1I52A 1ZHJA 5C48A 1FGAA 4USOA 3IIRA 1F31A 3N9WA 3HALA 2D22A 4B42A 3N7JA 4D48A 4HO4A 1JT5A 5CMHA 4M2AA 2NVHA 1J0SA 4Y7GA 5FU8A 3OGFA 2HZ9A 1KNMA 2K43A 3O4DA 3AZVA 1G9CA 2FYBA 2JCJA 4CJBA 3ZLKA 2XWLA 4KQLA 1MP4A 3R3IA 3O4AA 4Z9WB 5C4FA 1H5SC 1ZCYA 4FROA 4EEGA 2NXVA 2AM5A 4KPXA 3LTQA 2ICYA 4JKXB 2VXTI 2QN4A 4Y62A 3ZXDA 3SXBA 4J18A 5FTVA 1FR9A 2P6WA 3B9UA 2FFUA 3H6RB 3V8YA 2P23A 1K5VA 3AKGA 1SR4A 2OI7A 3BAUA 2Y9FA 4MYBA 2P73A 3EF2A 1EYRA 4ARWA 2PA4A 3ZGFA 1GGPB 3CAHA 3Q7WA 1NMMB 2W0WA 3D98A 2NTDA 3SXEA 5FZUA 4GAIA 3RMWA 1NQIB 1ISZA 3QYDA 3UJ4A 4Y64A 3SXDA 4ASYA 1FG5N 1JT7A 4GOYA 5BP5C 2BO6A 2YQCA 3CA0A 3BA5A 3V0LA 2RJ7A 1RZOB 4HO5A 3I0HA 1ZDGA 1Z4SA 4YOLA 4FRAA 3CA1A 1H5RA 2OI6A 3Q7YA 4G6MA 1EZIA 1H3MA 9ILBA 2ZU9A 1DFQA 4LO8B 3IAGC 3I2AA 1WT1A 1VPAA 4FRPA 4EEMA 3SXGA 2FGFA 2AM4A 5BXRA 1JYKA 3U2TA 3JUTA 1JLYA 3RMYA 3N7LA 1BASA 1ZCVA 1GQCA 3BRKX 2Y7AA 3O4CA 3F1CA 4FRHA 3CU0A 5DDTA 1S4PA 3NBCA 1ZJ2A 4Q9PA 1AVWB 5CMIA 2UUSA 2RIXA 3RSBA 3E26A 2ZQNA 3T7NA 3T8SA 1R81A 1ZCTA 1GWWA 2AE7A 1H5SA 5AJOA 4Q9GA 4EE4A 1H5TB 1HJJA 3I0JA 3CKVA 1JTCA 3JRRA 3PG0A 2YESA 2QKXA 1RMLA 3FJDA 1G23A 1Z2VA 4TLPA 1ONKB 1TWEA 2KKIA 1W77A 1L2HA 1LVWA 3SXCA 3BAGA 1YBIA 1FV2A 2X2SA 4G87A 4D0TA 5DUYA 3HSMA 3I2XA 4HA2A 4G3QA 3PUBA 3WO2A 3DUVA 1FV3A 5IDTA 4G3SA 4J2YA 3BRDA 1OQMB 3FWWA 21BIA 1PUUB 5BP5A 3SXAA 3TQDA 4C2SA 1ZI1A 4HCQA 4HJJA 4I4SA 2MZBA 4Y9XA 1R7XA 1W55A 3NGWA 2Q3NB 1EVTA 3NBNA 2QGIA 1O7QA 2YQSA 2X2TA 1W3AA 1TTUA 1NUNA 4OEEA 1QWJA 3TC2A 5C38A 4HO6A 1YYNA 4AN6A 3V0NA 1ITBA 1ISVA 5JQQA 2VU9A 1PUMB 1JLXA 3O3PA 5IFYA 3U2XA 3HMYA 4CJ8A 4OWLA 1I1BA 3FJCA 5DSSB 2QH5A 2XMEA 1H4EA 2NYYA 2YQHA 5AJNA 5D62A 1QGSA 3OH0A 1R8OA 1DJSB 3IM5A 3I29B 3PHZA 2I7BA 4AC3A 2GGQA 3V0AB 2ZQOA 4D0ZA 3O4BA 2WE9A 5I1FA 4I0YA 4QC4A 2Q4JA 4Y6NA 2AGDA 3UJ0A 1VZUA 5CMFX 5B2HA 2Q9XA 3CU1B 4OEGA 3V0MA 5CMJA 2JCLA 4KXOA 3DK5A 4I4YA 2X60A 4ZFYB 5D63A 2D7RA 5AJPA 2FO1A 2DREA 1MD6A 4XFUA 3AKFA 4L4IA 5DDVA 5EJZA 4B2XA 1FOAA 1MP5A 2V0LA 5FZZA 2AFGA 4F83A 4EVWA 3FJHA 6I1BA 5C49A 4IYBA 3A21A 4H04A 2RJ4A 4HO0A 1II4A 2MC2A 1TWMA 2VLCA 1HM9A 1R82A 2FYAA 5D61A 2YCMA 2ZU7A 5FNWA 1GQ9A 4BMAA 5C4BA 1FMZA 3WO3A 5IDSA 3IM6A 1LL0A 5C4EA 4Q91A 1LL3A 4DECA 2BEAA 1XZZA 3VT0A 2P72A 1DQOA 1ZIZA 4JISA 2L5XA 1ZJ0A 3E25A 4II0A 4F34A 1R80A 1H4CA 1SS9A 4QALA 2PX7A 3JUKA 4QBCA 3V0OA 1NKHB 3VT1A 2NM1A 4XFTA 4EFRA 3BAQA 3N7MA 2X65A 4KT7A 1UPSA 4JP0A 3A23A 5CQOA 4DCKC 2WRYA 3O44A 2FFVA 3ILAA 3BA7A 4JKQA 2Y4JA 1HCEA 1JT3A 3DJ4A 4FCUA 4HO3A 4KC4A 1EPWA 3ZC8A 4PC4A 1CVSA 2ICXA 1JV1A 31BIA 2WEEA 3WMVA 3U2UA 1V6UA 4OWJA 1IILA 1G82A 3CA6A 4JPZA 1H7QA 4EEOA 5EJ1A 1Z90A 3NBDA 1FR8A 4NAKA 5EIYA 1EYLA 4P02A 4B4MA 5F90A 5C3DA 2VSIA 1M2TB 5C3AA 3SPTA 2WAWA 4B3UA 4EE3A 1XZ6A 4M28A 4R7PA 1FO9A 1E0OA 1FWVA 1G8OA 2JCOA 1G93A 1JV3A 4B5BA 4I4XA 1ZCUA 1DQGA 1VZXA 2AM3A 4FRLA 1S0CA 3N7KA 1VICA 3PNNA 2DRZA 4IHZA 1O23B 1ZJOA 4JD0A 2MIBA 1IRPA 1IINA 4P0LA 3C9ZA 5CMGX 5E24E 4G9NA 4CJCA 1S0FA 1HWNB 5FNXA 1W57A 1WT3A 3QVBA 1N4KA 2AQZA 2BO7A 3V8ZA 4Z8SB 1R7YA 2GZBA 1H5TA 2BEBA 2AXMA 2BO8A 4AYLA 4P00A 4GOVA 2AAIB 4ZKTB 5JLVA 3F1RA 2ZR1B 3CRHA 4KNXA 4M2BA 4JAWA 4MNDA 5C36A 1WT2A 2BFHA 4I3NA 3WINC 1ISYA 4AN7B 1AXMA 4B4BA 3OBRA 2RIZA 5EHAA 3RMXA 4I6IA 3P53A 4D8HA 3FJ9A 2DPWA 1ISWA 4UEGA 1DZCA 1FXOA 4P0JA 1DZDA 1FGXA 1ON8A 3R4UA 1WBAA 3PKPA 3W9TA 3U0YA 1YF8B 3NBEA 1D0HA 1G95A 1VH1A 3TZTA 1FQ9A 3USQA 4IZXA 3CA5A 2F8XC 1PC8B 2Y4MA 1H7LA 2RITA 2Z48A 2VFZA 4YS8A 3D7WB 2D7IA 4NAIA 3CRIA 1JY0A 3I0EA 5F8SA 1BA7A 3AJ6A 3PKQA 3POLA 2WBCA 2YUGA 3Q7UA 1K5UA 3V0PA 1EV2A 1HKNA 2DS0A 1YP4A 2FYCB 1OMZA 1XYFA 2A8WA 3RSJA 3CKNA 2YC5A 2AESA 1WT0A 1YXWA 2D20A 5L6SA 1QXMA 1NWGB 3BRGC 4GP0A 2XWMA 1DFCA 3GUEA 1VM8A 4HO9A 4DEPA 4ZOTA 2E8BA 3LW6A 4P0KA 3V0AA 4WBCA 1AVXB 4KBBA 1FGGA 1VGTA 2I1BA 5HPZA 1S0DA 4QD2B 2PGVA 4FVVA 3KIAA 1HWMB 3S8KA 4Y7TA 2D23A 3K8DA 4G9MA 4NALA 3U2VA 4JQ0A 2X5ZA 3WINA 3IM7A 1K4VA 4KC3A 5BXTA 3OH1A 3V0QA 5CQMX 1P63A 3ZF8A 4KRVA 3VSZA 4FQWA 3OH2A 3WA1A 1FZWA 2FYDB 1H4DA 1R7TA 3FUOA 1ABRB 1T9FA 4HOCA 4HG6A 3ST8A 3Q4SA 3AH2A 2RIYA 1V6VA 1LZ7A 3ZGGA 2A8UA 3OC9A 2ET2A 1YP3A 1HM8A 4ZFWB 3S8JA 1TOOA 5CQNX 3P6JA 4KEIA 3Q80A 1QQKA 4X38A 3OJVA 1W3FA 5BQUA 1MP3A 2I5EA 1BARA 3SX3A 2VS4A 3V91A 2HW9A 1VGZA 3V90A 1R8NA 1BFCA 3V0BA 1M16A 4I4PA 3SNVA 3VWCA 5C1GA 3K1XA 4KEKA 4XFSA 4ASJA 4OWKA 3H6SE 1HJLA 1HCDA 1A8DA 2KI4A 3PMEA 3UD9A 2DRYA 1FO8A 3HN1A 4FRMA 7I1BA 1R7UA 1XHBA 1G9RA 3OH4A 4KC1A 2AH9A 1PZYB 3FJAA 2UX8A 2NP0A 3SX5A 1XG6A 4BQHA 2E4MC 4EB2B 2KI6B 2VXMA 5C4DA 1RY7A 1LL2A 3V79C 1LZJA 1WD4A 1TFMB 1INIA 1E5KA 4KEJA 4I8MA 3ZC9A 2VS5A 4Y6UA 1CE7B 2RJ0A 3UD7A 4LO3C 3BX1C 2RJ9A 2YC3A 41BIA 3R2WA 3V0BB 5FV9A 4R6UB 1WD3A 3BTAA 2W0VA 3I0CA 5GAQA 4LW6A 3P6IA 4CJMA 3JUJA 2RG9B 3OH3A 3OAMA 2ERMA 2GGOA 4EEAA 2D0JA 2OEGA 3AH4A 2J3PA 3K8EA 2VXRA 3BA4A 3HOMA 3CKQA 1S4NA 4OUJA 1YROB 1IIMA 3I0KA 3BCVA 3O4OA 1ZJ1A 3ZXGA 3A22A 1FXJA 5FZYA 2RQ9A 3AH1A 4I4UA 5C4CA 1DIWA 4ZBVB 4ECMA 1W3GA 4J2SA 4QD2C 1FMMS 4OW4A 2YQJA 3CGXA 2FY7A 4X37A 1V6WA 3FOQA 3RMVA 4ZDQA 3SX8A 3I0FA 1Q03A 1QGQA 4LO7B 1VGUA 4I7IA 2HWMA 4QBVA 3D5NA 1FRWA 2O1GA 1V84A 2KLLA 4JRAA 4G3PA 8I1BA 1TVYA 1FWUA 4A7YA 3VUOA 1BLDA 1R7VA 4IRPA 3MPPG 1MC9A 3FJBA 4EFPA 2RJ5A 2I5KA 1FN0A 1GX4A 4IZEA 2QYIB 4LO1C 4XKIA 1OMXA 3NJ5A 5FU0A 4I4QA 4LO2A 4DE7A 2E4MA 3O3QA 1TP0A 1PZZA 4EKXB 2WGZA 4E1KA 4J2XA 1HWPB 1T4QA 5HS2A 5C3BA 3IOIA 3H6QA 4EE5A 1JT4A 4I2SA 2JCKA 4LO3A 3R4SA 4K6RA 3FJIA 1ZDFA 3OJMA 4GBPA 1BFGA 5J49A 4G1RA 5G00A 4H9WA 1G97A 1H5SD 3BAVA 2M49A 3CRGA 1ZI3A 2K4AB 3AJ5A 4ZA3B 2Z87A 1H7FA 1V83A 1BFFA 3KMVA 4IY9A 2IWTB 4A7KA 1H7EA 1MC3A 3N0KA 3CA3A 4A7ZA 4L4HA 1G9DA 1DLLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VUA A;  2VSA A;  5C1L A;  5BOW A;  4KC2 A;  2LIE A;  1IJT A;  4G6J A;  3WO4 A;  1FWY A;  5C8R A;  2VSE A;  1O7O A;  4XWI A;  3FFZ A;  3T7M A;  4GP3 A;  5EG6 C;  4ZGR B;  4D11 C;  3SX7 A;  4HR6 C;  4UY4 A;  4Y7U A;  4DDZ A;  1ZJ3 A;  1G9B A;  2O1F A;  5BQU C;  4ISR A;  2WVK A;  4LO0 A;  3I0G A;  4IQP A;  4B2W A;  4USP A;  1AF9 A;  1TW1 A;  1SZ6 B;  1NHE B;  3FUQ A;  3OGZ A;  3FGM A;  1VCL A;  1BFB A;  4LO1 A;  4ISQ A;  5EC5 A;  1S4O A;  4FRQ A;  4HO2 A;  1YP2 A;  2Y9W C;  2Y6P A;  2MLL B;  3U0X A;  1S0B A;  1I1E A;  1NF5 B;  2VSH A;  1AVU A;  3BAH A;  1V6X A;  5F8W A;  4QO3 A;  5DVH A;  1ZI4 A;  2F2F C;  2XWN A;  4P6A A;  3BAO A;  5I1B A;  1OQL B;  2Z49 A;  1G3L A;  3FJE A;  1QQL A;  1S0E A;  4FGF A;  4I96 A;  4END A;  2V0J A;  4NAN A;  2Y4K A;  1GA8 A;  1H7T A;  3T7O A;  3ZLL A;  2P39 A;  1H5R B;  2D44 A;  1KWS A;  1Q04 A;  2VD4 A;  3IOJ A;  3BB2 A;  4LO7 C;  4J23 B;  1LZI A;  3I0I X;  4B4G A;  1TW5 A;  3BAD A;  3CA4 A;  5BXP A;  2ESU A;  1ZJP A;  2OEF A;  1QG8 A;  3F62 B;  5D91 A;  3UDA A; 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