1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
4ELCA 1DZDA 4I96A 1LECA 1RMLA 2BEAA 4I6IA 1V6VA 1HWMB 4G1RA 4K1ZA 1QDCA 2WLQA 1M2TB 3IPVA 5IK4A 3FJ9A 3POWA 2ZGSA 1SACA 3RTIB 2GNDA 3FUQA 1TEIA 5GZEA 5GM0A 2YMZA 5IK8A 2ARXA 4USOA 4I4SA 4Y1XA 2DRYA 1FN0A 2D3PA 2GN3A 2HZ9A 4QD2B 2Q9XA 2JKBA 3V64A 4BMBA 1JLYA 4KEIA 2P3IA 2KI4A 1JLXA 2JDZA 3UDAA 4USPA 4YGDA 4G6MA 3AP7A 5JOYA 2FGFA 2GO2A 4ZLBB 3WINA 1ZA4A 4AVTA 1I1BA 1IRAX 2FO1A 4M01A 2XG3A 3SH5A 1GZ9A 2Z42A 3D3XA 3SLIA 1ULDA 4YW3A 3ZXKA 1SBEA 1IS3A 1KITA 3FIEA 4OZXA 4ZBVB 3ZUSA 3NBDA 4PC4A 1BLAA 2VU9A 3OBTA 1P63A 1GICA 1W6PA 2DREA 3Q7YA 1MVQA 3ZSMA 2G7QA 5GLVA 5HCAA 1K5UA 1FWUA 2W39A 3MW4A 2CNAA 3WZ1A 3O4CA 1ISXA 2JJ6A 3V0BB 4Q26A 3WHUA 2Z49A 1IOAA 3N3HA 3ZXGA 2GMPA 3CRIA 3O5WB 1RZOB 4IY9A 4C1XA 3SH3A 1ITBA 2A6VA 1Q8OA 3O0XA 2D6LX 3WDYA 1Q8VA 1VAMA 2JE9A 3C88A 1Q8SA 3O5SA 3ZVXA 2ZHMA 1GZWA 1FAYA 1H9WA 3Q7WA 3U4XA 1JT3A 1QF3A 4G6JA 1QOTA 5F8YA 3NBCA 4Y22A 3CA1A 1YRZA 3AXDA 4M3CE 4J2KA 4BLJA 2CY6A 1ABRB 3S8KA 4X37A 4EB2B 1BXHA 4IHZA 1J1TA 5HCFA 3ZSKA 1V00A 2UU8A 1XTGA 3WG1A 1DQOA 1FMZA 2KI6B 1GNHA 3BAHA 3NBEA 4OWKA 1DYPA 3C8AA 2R1BA 3WHTA 4II0A 4I37A 3UK9A 3FLRA 3HR9A 4KEKA 1ULGA 4XOGA 1MS1A 1URXA 4XMAA 3AH4A 3WCSA 2AREA 4U36A 1I1EA 1NZKA 3A23A 1SR4A 1W0OA 1I3HA 4I1EA 1AJKA 2DVDA 2ES3A 2HYKA 4GXLA 1L2HA 3IM7A 1OKQA 2E6VA 4XILA 2NM1A 3AZVA 4QC4A 3HSMA 1G7YA 1PZ8A 2D6OX 1T3AA 1FQ9A 1AXMA 3ZXFA 1WUVA 2K8RA 3O4OA 2ISEA 4P0KA 5GJ6A 5BXTA 2ZHLA 3M3CA 3QIZA 4I3NA 1Z7HA 5E24E 2CL2A 1G9FA 1V6MA 4BPZA 3ZYRA 5JLVA 1IJTA 4A7KA 3VKNA 1CVNA 2R49A 2D3RA 2UWBA 4LO2A 2ZA9A 4IY8A 1EYLA 4PBOA 1V6UA 5DUXA 3CRHA 1HCDA 3PVEA 4MYEA 1TWEA 4LO8B 4XHXA 1WLCA 1LGCA 5B2HA 4AWDA 2NP0A 3FIIA 4P6AA 3AYAA 5E8AA 1AZDA 5JMCA 2D20A 3E8LC 3KM5A 1IKQA 1AVWB 1HWPB 1YXWA 5CA6A 2DTWA 4FOVA 5IUQA 2ISGA 1MD6A 1IT0A 3H6QA 3O3QA 1ISYA 2AXMA 3VWCA 1A8DA 2A71A 3PVOA 5JOZA 4YOLA 2P3JA 1JTCA 1DQ6A 4M3CB 3VT1A 2XB6C 3F62B 4YGBA 3VEQA 4Q1RA 4KEJA 5GLWA 3MW2A 1V6JA 1QMJA 4ZKTB 3N0KA 5IK7A 3AZZA 3H6SE 4KBBA 5EG6C 4I4XA 3N7MA 2Z48A 2ILPA 2ZBJA 3M3OA 1GV9A 4XFUA 3DUIA 4LO7B 1S0FA 4DPNA 1SLCA 4QKRA 2ZMLA 5BXPA 1AVXB 4FPOB 3T2TA 2AENA 5H9PA 4GALA 31BIA 1BARA 1Q03A 4XJ9A 1JBCA 1GLHA 2A75A 1DZQA 2A97A 4LBJA 5EWSA 2DTYA 2D22A 2EIGA 3IIRA 2ZGKA 3IN9A 3BRGC 3WCRA 1LEMA 2H0BA 1AVAC 1S0EA 4AYUA 4X3AA 3SNVA 4GKXA 2W2DA 2D6MA 4FPFA 1DJSB 1C57A 4AGGA 1MS5A 2PELA 4JRAA 4Q9GA 1S0CA 1Q56A 2DVFA 4IQPA 5BOWA 1KQRA 3QW6A 1DLLA 2DVBA 4Y24A 1HIBA 2I1BA 3PG0A 2CTVA 1S0GA 4GKYA 1R8NA 1FV3A 4OEGA 1PC8B 3UD8A 2ZGMA 2ERMA 3CA5A 2VW2A 5BP5A 2QN0A 3QIYA 1R8OA 2AGSA 4YM1A 2E7TA 1YO8A 1Z0HA 3I2AA 4KC3A 4YLZA 4DCKC 4YG6A 3DGTA 4X38A 5FNXA 1AVUA 1BFFA 1WW5A 1JQZA 4TLPA 1GZCA 4Q8LA 4XDQA 2ZHKA 1D2SA 3ZSLA 3QW5A 2NZ9A 1PUMB 3QIXA 3CA4A 3POSA 1HKNA 1VALA 1N1SA 1KDKA 1G9DA 2DRZA 3PHZA 3SISA 2TEPA 4TYSA 3D7WB 3ZC9A 2D6KA 2R16A 3CQAA 4YGCA 3ZC8A 1RINA 2E53A 4Y20B 4IZEA 2P3KA 3BAQA 4P9XA 1WBCA 2EXIA 3A21A 1MS9A 4XXAA 1KJLA 4L8QA 2Y9FA 1A3KA 5GZGA 2VSAA 4OW4A 1HLCA 4WV8A 4LBQD 1LOFC 3PMEA 3FJKA 3C8BA 3BAOA 3F1RA 1W6QA 4XHBA 2BFHA 8I1BA 3RQ0A 1JT5A 4AVVA 1H30A 2W08A 1LJ7A 3BOKA 3IPVB 2Y9GA 2DWRA 3VKFC 1RITA 1SBFA 2BEBA 2A5ZA 3WOGA 5CAZA 3A4UA 1ENQA 1LGBA 4I4QA 3VV1A 2ZGTA 4DFSA 4Y1ZA 3BWIA 1LHUA 5GLTA 2ZGRA 4FPKA 4PF5A 5L73A 1CIWA 1W6OA 2KKIA 3QW7A 1S0LA 1FATA 4P9WA 5FRAA 1QNYA 4FPYA 1AX0A 3AFKA 2ZACA 4PQ9A 4ZFYB 1IS6A 2YV8A 1YIFA 1O4ZA 3O44A 4XMIA 4JCKA 2GMMA 4GAIA 3S8JA 2D1ZA 4M3CF 3OGGA 3JRRA 1ZL6A 2ZABA 3FJIA 1XTFA 4YM3A 2VUAA 1LHOA 3V79C 4JP0A 4PBPA 4EJ5A 6I1BA 2WSUA 1JW6A 1W6PB 5JOXA 1G8WA 3O0WA 3R4SA 3BOOA 1ONAA 4IYBA 4G9MA 2GDFA 4XJZA 3RS6A 5T55A 3N36A 1DQGA 1UX6A 5I1BA 4KTXA 4R9BA 1CE7B 4FQ4A 1DQ0A 1IRPA 2BQPA 2D3SA 1BFCA 1WBAA 5DVHA 3RRDA 1BYHA 4FPHA 2PHRA 2ESUA 2WQZC 4OEEA 1W3AA 1YF8B 2NYYA 3OJ2A 3FGMA 4YG0A 1V6LA 3NV4A 4Z8SB 3B9UA 2VXRA 3BRFA 5BQUC 2CWSA 1Z4SA 1SLAA 1GZWB 2YY1A 3P6IA 4I4PA 2A8AA 3VT2A 4Y22B 4DEPA 1UMZA 4FOWA 4FPCA 4LO3C 3WV6A 1LESA 1XZZA 3T8SA 4JPZA 1SLIA 4ISRA 2ZGLA 4I4OA 4LO1C 2ZZJA 2NTDA 5DXDA 1QKQA 3KQRA 2A70A 4ZOTA 3I2XA 1BFBA 3POYA 4DS0A 3TB0A 3WDWA 1HWNB 2IMAA 1CESA 2D7FA 3N7LA 5DUYA 1QOSA 4W65A 1YI7A 4PCRA 5EC5A 2YZ4A 4BM8A 2YROA 3MEPA 3W58A 4D8HA 2MC2A 4HANA 2AR6A 3BOPA 4Z8BA 2X2SA 4EEEB 3IMNA 3AX4A 2VY0A 1JYCA 1HQLA 5F90A 5DG1A 4H55A 3WA1A 4CZSA 4RA0A 1HQWA 4ZGRB 1BLDA 2ZHNA 2MIBA 4SLIA 1F31A 3AZXA 4OWJA 3HALA 1V6XA 1S0JA 3QLQA 1ZN3A 2DUQA 5BXRA 3ILFA 2Y9XE 4UW5A 3H6RB 1CPMA 3WO4A 2GNMA 3USUA 2B7YA 3MALA 1N3PA 3UJ0A 3QJ0A 4HEVA 3BAUA 4YW4A 5T50A 5HCBA 1C4RA 4Q8KA 1LCLA 1MVEA 2AQZA 3FJDA 1JOJA 4R9CA 2PHWA 21BIA 4I4UA 1W6NB 1VIWB 3FJFA 4I2SA 2JECA 5F8SA 1WBLA 3ILNA 1AVBA 1Q8QA 1W3FA 1FNZA 1SCRA 4GAFA 2FHRA 3N7KA 4WZFA 1CQ9A 2OUJA 5T5JA 1ULEA 1XQNA 3HMYA 4Q27A 3FJEA 2DV9A 2DURA 3IM6A 1WD3A 2YUGA 1LOBA 5F9TA 4C1WA 2E51A 1MZ5A 3DS9A 3M3EA 1W0PA 1IS5A 3ZXEA 3WG2A 5H9SA 1N4KA 3BX1C 4D0TA 2F2FA 5CNAA 3H6RA 3WO2A 3RG0A 4ZFUB 3TC2A 3W9TA 3KMVA 1LHNA 5GZDA 3RMYA 5GZFA 4NOTA 1AFCA 1FGAA 3WG4A 3ZURA 1ISZA 3BADA 1LOGA 4BMEA 4OEFA 2FMDA 3A0KA 3QCWA 3BA4A 1W6NA 1MS4A 1CONA 1VCLA 1C1FA 2Q5TA 4F83A 4QD2C 1II4A 5D62A 3TAYA 1V6WA 1AF9A 3AJZA 3D5OA 2VXTI 4P14A 4XTPA 4GWNA 1DGLA 2LTNA 3WMUA 1M16A 1LTEA 2HW9A 4HA2A 2RG9B 3HBWA 5DZEA 3O0VA 2ARBA 2YXSA 2PHXA 4DENA 1F9KA 5FREA 4J2YA 2D24A 1Q8PA 4ZFWB 1X50A 3LCPA 1N1YA 2A6XA 3B01A 2R1DA 2W2DB 2GALA 1A78A 5KXEA 3AXEA 2WT2A 2RSTA 2SLIA 1F5FA 1ZL5A 3ZPYA 3AJ5A 4GOYA 2ERFA 2XOAA 4XFTA 4GA9A 2IMBA 1DYKA 2XHLA 1UZYA 1XG6A 1OQLB 1SR4C 3FJ8A 4JKXB 4FQZA 2ZGPA 2Y9WC 1AXYA 1TWMA 3R05A 2WRYA 4HJJA 1H9PA 2AH2A 2WT1A 1VAVA 3N35A 1BZWA 1LEDA 3OYWA 3OY8A 4P9YA 4WVVA 1G82A 1AXKA 1G9BA 1JN2P 2P23A 5DZGA 1MACA 5BVPI 4XJUA 2NVHA 4XBQA 4WVWA 1ISWA 5GALA 1DZCA 3DEBA 3C89A 3AZWA 3APBA 1DQ5A 3WLUA 2DUPA 3NJ5A 4XJ8A 5EYXA 1ULCA 1LU1A 4YW1A 3ILRA 2KM2A 4FP3A 1V6KA 2DYCA 5BQNA 1T4QA 4GWMA 1S0BA 1YVGA 1MS3A 2UWAA 1E0OA 3FJJA 4CRQA 5D61A 2IHOA 3WDVA 1W6QB 3FJAA 3I4IA 3CNAA 1QDOA 2P34A 3VKMA 3PUBA 1WD4A 2X2TA 4L4IA 2JE7A 1N47A 3SNMA 3CRGA 4I1BA 1QQKA 4JAWA 2FPQA 4FPLA 4YZ5A 4LO0C 3LLPA 2D6PA 5BYNA 5E89A 4ATEA 1E1HA 1EV2A 3CA0A 4FP2A 3O4AA 1JHNA 3AKGA 4OUJA 1DQ2A 1W6OB 1EVTA 1WLWA 1N1VA 4QBCA 4QALA 3AJYA 3INAA 2GNTA 3FJCA 3I29B 3BODA 4ZJXA 3JU9A 2F8XC 4UW4A 2VW1A 1UPSA 2ZKNA 1PZZA 1WBFA 4K1YA 2MLLB 4ZA3B 3AYDA 1G9CA 4I8MA 1U0AA 2WJSA 1MS0A 4Q1PA 4P0JA 1WW4A 1SLLA 3V0AA 3HN1A 5BQUA 4P0LA 5HPZA 2WNEA 4YZ4A 1XHBA 1FV2A 4FPEA 3WVJA 4LBQA 3M3QA 1FYUA 2ZQNA 4R9AA 5T52A 2PHUA 5CB7A 1W6MA 3VKOA 2QYIB 4IONA 3WMVA 4XYXA 1JY0A 4KS6A 3AKIA 3N7JA 1TTUA 1V6NA 3PVNA 3O4DA 4BOWA 3IAGC 1UKGA 4YZ2A 3OJBA 3CU1B 4QBVA 2DU0A 2IWTB 1ONKB 4D0ZA 4J2XA 3POKA 3ILAA 3ZXJA 2ZAAA 2D43A 3UJOA 1SCSA 4EL4A 3NWKA 5EYYA 1N3OA 1IHKA 1LULA 1QU0A 4U2AA 3WNXA 1QQLA 1C1LA 4XXPA 3ZXLA 2EXJA 3CA3A 1N3QA 3AZYA 4LO7C 5JVVA 3ZSJA 1CR7A 1GANA 3OJMA 1MR5A 4I30A 3EF2A 5BXSA 4NO4A 3NBNA 3A22A 1S0DA 9ILBA 4YW2A 5G00A 4JC1A 3VUOA 5T5OA 4LBOA 1KDMA 5BQMA 3SITA 1PZ9A 5DUWA 4D69A 4L4HA 3O49A 1SLTA 1ZKWA 4I4VA 4YZ3A 1GSLA 4XBNA 4FOQA 2A3WA 3ASIA 3MW3A 3RTJB 4EFQA 4AN7B 2ZQOA 1RG8A 3ATGA 3QR5A 1RY7A 2AYHA 1JYIA 2EXKA 3FUOA 1NLSA 2DUOA 4FVVA 2DS0A 4UW3A 4YZ1A 1HDKA 1S1AA 1QNWA 3OJVA 2IMCA 1XYFA 3B3QE 4JKQA 2GZBA 4JQ0A 2CYFA 1BKZA 3USUB 5IT6A 4LBNA 2WT0A 4H9WA 3MPPG 3NV1A 4J1LA 3AP6A 3AK0A 1SFYA 5GLUA 4IZXA 3SH4A 1Z2VA 1Y7BA 2FFUA 1Z78A 1GGPB 4RL7A 4FPGA 1D0HA 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