1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
4IQPA 2WSUA 4JRAA 2GZBA 2A6ZA 1IJTA 5FRAA 4Z9WB 1BFGA 3FJAA 5T5JA 1YO8A 2DUQA 1SBFA 4FOYA 4DCKC 4LO8B 1S0BA 2D22A 2XHLB 3O0WA 4WV8A 4OWLA 1DZDA 3WO2A 4I4UA 2VW2A 3EF2A 2WT2A 1HDKA 3M3OA 1G82A 2HW9A 4Y1UA 2HWMA 4YGDA 4D8HA 2E7TA 3DUIA 5FNXA 2K43A 1JHNA 1DQ0A 4FPCA 1AX2A 1Z0HA 3S8JA 3VV1A 1JOJA 1IS5A 3R4SA 4YM1A 4XE9A 3PJQA 1PZ9A 4DEPA 4YZ1A 4ZFUB 3NV1A 4Q2FA 3AP6A 1HIBA 2A71A 2KLLA 2A3YA 1KDKA 5H9QA 3ZXDA 3TC2A 4XBNA 1ULCA 1PZ8A 3NBDA 3DDAA 1V6OA 2EIGA 2E53A 4I4QA 5EXOA 4Z8SB 4GOYA 4KBBA 5EC5A 1HQWA 4IHZA 3HMYA 3NV2A 1FX5A 1S0IA 5G00A 3SITA 2A5ZA 3C8AA 1WLCA 2D7FA 4UW6A 4YGEA 1DQOA 4IONA 4ASMB 1CPMA 3O4CA 1PC8B 2Q3NB 1URXA 3CA3A 1DBNA 3CRGA 1ULFA 4WVVA 3W59A 1H9PA 3WHUA 2BEBA 1XQNA 2XOAA 5KXCA 5FZZA 3IMNA 1CPNA 4USOA 4SLIA 1IKPA 1RITA 4FP3A 1CN1A 4QBVA 1PZZA 4YZ5A 3LLPA 1YBIA 1D0HA 1Q8OA 4IY9A 5H9PA 4DQAA 1LU1A 2NZ9A 2VSAA 1APNA 1GNZA 3ILFA 2A3XA 2I2SA 5GLVA 2P39A 2ZGUA 2P34A 4Y1YA 3AZXA 3AYEA 2PHWA 4XBQA 1LEMA 3O0VA 2D23A 5JOZA 1FMZA 2W39A 4IY8A 3F1RA 4QALA 1IHKA 4R9AA 1V00A 5DG1A 2J3PA 5I1BA 2HWAA 1ABRB 4JPZA 1TWMA 1WBAA 2E51A 2ZGNA 1FNYA 2B7YA 3C8BA 4CZSA 3ZSLA 1GLHA 3RTIB 1WUVA 1LULA 3IM0A 4P9XA 3SH3A 3GALA 3WCRA 5JDBA 2R0FA 4FOWA 3CRIA 3USUB 1T3AA 3WUDA 1QQKA 1AX1A 2ZGLA 3ZC9A 1EPWA 2AQZA 1EYLA 2DYCA 1UMZA 3GNEA 2ISHA 1ZL6A 2G7NA 2SBAA 3N7LA 4YW1A 3POKA 3FJEA 3Q7WA 1ISXA 5HCBA 1W6NA 4UW3A 2AH2A 3BODA 3C89A 3RSJA 1N4KA 3FLPA 5JLVA 3FLTA 1JQZA 3WMUA 5BOWA 3WO3A 4A7ZA 3PUBA 1LHVA 3FUQA 4GAFA 2OW4A 1AJKA 4I4VA 2UWAA 1F31A 3T2TA 3F62B 1HWMB 2NYYA 2CWMA 2NMOA 1JW6A 3W58A 2D7RA 4OEEA 2D6OX 4OWKA 5JOYA 4IZEA 1F82A 2ARBA 1LOAA 1DLLA 5JOXA 3AP9A 3QW5A 3AP4A 4FPEA 1ITBA 2BEAA 4G9NA 4AVVA 4JKXB 1SLCA 3DGTA 2D3SA 4AGGA 2A8AA 3QLQA 4XXAA 2K4AB 3B00A 1GZWB 2D6KA 1GICA 1GYKA 4XDQA 5DZGA 3ZYPA 3WUCA 1KRIA 4BPZA 3B9UA 3KQRA 4P0KA 5GZCA 3PVOA 1SCSA 1S0LA 1AXZA 2ISGA 1RG8A 1ULEA 1Q8VA 1LU2A 4I4XA 1W6OA 4CTEA 5BXPA 2P3KA 1MS9A 2NM1A 4LBNA 2FFUA 4P6AA 2Y9WC 5CA6A 3OYWA 1UAIA 2D6NA 2D6PA 3TAYA 2KH2A 3UJOA 1AVWB 1HWNB 4WZFA 5FREA 2ISEA 4CJMA 3A23A 4ZXKA 1ZKWA 2UWBA 4GP0A 3D4KA 1YXWA 1LCLA 3IPVB 2LIEA 3FJJA 3ZXGA 2R1BA 2JKBA 4M3CB 4ITCA 1VLNA 3AZYA 4FPFA 4Y24A 4HEVA 5GZDA 5DZFA 2E4MC 1LOFC 3M3CA 1QKQA 4I4OA 2NN8A 2A7AA 2ZHMA 3B9CA 1LGCA 1FWUA 4Q8KA 4LO7C 5BP5A 1ENRA 4GA9A 2VXRA 3C2UA 2G7QA 1BLAA 3P53A 4G9MA 2D20A 3ILNA 2QYIB 5JMCA 4II0A 4XMIA 3P6IA 1CIWA 2RHPA 3ZX7A 3HN1A 1WBCA 1GKBA 4DENA 5CBLA 2EXHA 1MVQA 1CVNA 4X37A 1N1VA 1H9WA 1RZOB 1ZN3A 1QOTA 1A8DA 3R4UA 8I1BA 1WW6A 1LODA 3H6QA 3A07A 4YG6A 2NTDA 1MS4A 1IILA 4FPOB 1ENQA 5T5OA 3FUOA 1AVUA 4J23B 1MVEA 4YG0A 4Y20B 4I1EA 2AAIB 2ESUA 1BARA 3WNXA 1X50A 1PUUB 3FFZA 1MS5A 2ZKNA 4DRRA 3CA0A 1FYUA 1TTUA 4QD2C 4YLZA 2R1DA 4FPHA 3UD8A 4H9WA 3WDWA 3RMYA 4K21A 1FGAA 3ZUSA 3CQAA 1ZA4A 2MIBA 1JYCA 3WG2A 1GBGA 5F9TA 1I1BA 1F5FA 1JLXA 2ZGQA 3WDXA 3BAQA 4Y22A 4P9YA 5GLUA 3CRHA 4IYBA 4TLPA 3B3QE 1YTOA 3O44A 2ENRA 3HSMA 3AZVA 1PWAA 3QIXA 2ERMA 2GO2A 1Z2VA 3BOOA 3OBTA 1SACA 1ZM1A 3FJKA 3WCSA 4XIKA 5EWSA 2NMNA 3H6RA 3LSEA 1DQ5A 2P23A 1HLCA 1WW4A 2ES3A 1MS1A 4FQ4A 1E0OA 1AVBA 2A97A 4FPJA 3LSDA 4Y1VA 2CL2A 2YXSA 3WZ1A 3ZVXA 2A6XA 1T9FA 2E4MA 3S8KA 4PCRA 4BLJA 1LOFA 2GALA 1F9KA 2YUGA 3MW3A 2WKKA 3BWIA 4G6JA 3KM5A 2MLLB 4J2XA 4ZFWB 1BASA 2HYKA 1JY0A 5T5PA 1R8NA 3BA5A 2DRYA 3BOKA 2D6MA 2XB6C 2W2DB 4DPNA 1XYFA 4R9DA 1WW5A 3QW6A 2D1ZA 1UZYA 3M1HA 5FNWA 1JT5A 3AYAA 4PQ9A 2DVFA 2R49A 4YFZA 5DUYA 4BMBA 2D43A 2V5YA 4ZA3B 3AKHA 4YZ2A 2UURA 1NLSA 3V0BA 1CONA 2A75A 3T1MA 3OJ2A 4TZDA 1ISWA 1G7YA 3P6JA 4ZLBB 1JUIA 5HCFA 4EJ5A 4LBLA 2YV8A 2DVBA 4U36A 4FPLA 1UKGA 1W6QA 3A21A 3WO4A 1VIWB 2A6YA 1BJQA 2E7QA 4PF5A 2ZHNA 1FAYA 2UU8A 4XTPA 3PHZA 4M3CF 2DTWA 1FV3A 4LO3C 2VU9A 1QDOA 1W6PA 3L2YA 3SNVA 4EEEB 4JP0A 3FJBA 1UPSA 5JOWA 1SCRA 5JVVA 5F8SA 1TOOA 4AYUA 3IM6A 1D2SA 1MZ5A 2E6VA 1OFSA 4I7IA 2DU1A 1UZZA 1AXYA 1BKZA 2RSTA 4XIOA 1RIRA 5AVAA 2C5DA 2OUHA 2EXKA 2CWSA 2CTVA 2ERFA 1KJLA 1QMJA 1BQPA 2PHRA 3ASIA 4Q26A 31BIA 2W52A 3R05A 4FQZA 4ATFA 2D6LX 4EFRA 1LOBA 1TWEA 5DUVA 3WA1A 4KS6A 1JT3A 3VWCA 1J1TA 5BVPI 3I8TA 2ZGOA 1AF9A 5BXTA 2JJ6A 4QO3A 2FHRA 1U0AA 2GMEA 3NWKA 2WQZC 3PVEA 3WDTA 5T50A 5BQNA 1ENSA 1OQ1A 4EFPA 2V73A 3CA1A 1QOOA 1BZWA 3AFKA 1ISYA 5FZYA 1UL9A 1DQ2A 5KXEA 3V0AA 3JUUA 4QBCA 3O0XA 3I2XA 1AZDA 3VKOA 1NXD1 3ZXEA 3JRRA 3FJFA 3I29B 3AH1A 5GZGA 2EAKA 1MC9A 1ULDA 1AX0A 3A0NA 2A6VA 2VUAA 1IRPA 2XG3A 4I37A 4L4IA 2I1BA 3WDYA 5BQUA 2VW1A 5BYNA 1RINA 4D0TA 2IMAA 3SH5A 1W3AA 2F2FC 2FDBM 1DQ1A 2JDZA 1DHKB 1HCEA 3T1LA 2JE9A 4I3NA 1CESA 1GZ9A 1G9DA 1LHOA 2P2KA 5F90A 5IK8A 1YRZA 3WV6A 3K1XA 3AYCA 1AXKA 1FATA 3RQ0A 4LO3A 4GXLA 5E8AA 4YW3A 3O5WB 1S1AA 4FPKA 4C1WA 5D61A 1N1SA 5BXSA 4M3CE 1Q8SA 3APBA 1GZWA 3MW2A 3UJQA 1V6LA 4D0ZA 3ILAA 4I4RA 2WT1A 4P0JA 3VT0A 4EFQA 3ZSMA 2G7PA 1QGLA 3IAGC 5BQMA 2CNAA 1S0DA 5GZFA 4YW2A 1TFMB 3C88A 4K1YA 5BP5C 1QDCA 1PUMB 1ONKB 2EALA 4I2SA 3WMVA 4Y26A 3HOMA 4XJZA 5IK4A 2ZZJA 4AN6A 4LBQA 4I4PA 1GGPB 1FWVA 4HA2A 1G8WA 4F34A 1ISZA 41BIA 3UD7A 1WD4A 2ET2A 3AP5A 4LBMA 4KEKA 4RL7A 1QQLA 2QN0A 4LO2C 2ZMKA 3NBCA 1BLDA 2ILPA 1Q03A 4J2KA 2VY0A 1Z7HA 2GMMA 2FO1A 2Q9XA 4OWJA 1AJOA 3BTAA 4M3CA 4RA0A 5DUUA 2OUJA 3OY8B 1T3CA 2ARXA 1AVXB 4Q1RA 4YGBA 1W3GA 2KI4A 2SLIA 1HWPB 2P3JA 1YVGA 1SFYA 1LOGA 2GNMA 3AK0A 4GALA 3VKMA 2ZHKA 3VT1A 1R8OA 2DRZA 1GANA 1A78A 4L4HA 1LOCA 1WW7A 3VSZA 1G9CA 4XJWA 5T52A 5CNAA 2Y9GA 3JUTA 1W6MA 2F2FA 3AH4A 1QOSA 3O4BA 3SISA 5DXDA 4AVSA 4M00A 4QC4A 1Z4SA 3HBWA 4R9BA 4YGCA 3BIWE 4GWNA 4NO4A 3IM7A 2UUSA 1FV2A 2C9AA 1DFCA 1LGBA 2R0HA 1W0OA 3JU9A 2D44A 4XFUA 2AENA 3AKIA 1IS4A 1H30A 4GOVA 4JKQA 1I1EA 3W9TA 4BQ1A 2ZGKA 3AXDA 3N7KA 2ZGSA 3CAHA 5E88A 1WLWA 2HZ9A 1Q04A 2EXJA 3PG0A 4AGVA 2GNBA 1KJRA 4X39A 2P3IA 4H55A 4TYSA 3V64A 3AYDA 3AKFA 4KUFA 2ZGPA 3RTJB 3VSFA 1QXMA 4HL0A 1V6IA 2WT0A 1QNYA 4LO1C 4JQ0A 3IM5A 3FJ8A 1R1ZA 1WD3A 4Y1XA 3CA4A 4XMAA 3O12A 1HKNA 3MW4A 3VKLA 3ZPYA 1VAVA 2DTYA 4KC3A 5F8WA 3AXEA 3INAA 4I4YA 2G7KA 1IKQA 3Q9OA 4WVWA 2FGFA 5T55A 4OUJA 4LO2A 4XHXA 3D6EA 1W3FA 5EHAA 3O4DA 1N1TA 3O4OA 3OYWB 3M3EA 4LBQD 3ZURA 1XZZA 3BRFA 1JYIA 5DUWA 5CAZA 5E24E 3C9ZA 4JC1A 1LEDA 2VSEA 3O49A 4HJJA 1WCSA 3KMVA 2F8XC 2AR6A 1B09A 1BYHA 3BADA 4ISRA 1RMLA 1ZB7A 1ULGA 3MEPA 3WG1A 1FQ9A 1BFFA 1V6UA 4LO0C 3IIRA 2GN3A 4XOGA 3ZXJA 1S0EA 3ZUQA 2XHLA 4Q27A 2CYFA 3V79C 1JN2P 2ZGTA 3UK9A 4ZOTA 4ELCA 3ZYRA 4BMEA 3NV3A 3NBNA 2W2DA 2R16A 3VKFC 3POWA 1FNZA 4PC4A 1N47A 4BOWA 3BAVA 5B2HA 2RQ9A 5KXBA 3UJ0A 3FJCA 3FJDA 3RMXA 4I4SA 4KEJA 3OJMA 1MS0A 4C1XA 4WBCA 1VAMA 2DVGA 2JE7A 4X3AA 1DGLA 1N3OA 4DFSA 1JT7A 2NVHA 2EF6A 5DG2A 4ZBVB 1II4A 3UJ4A 5F8YA 3SLIA 4PBOA 3RS6A 2YROA 5HCAA 2GDFA 5E89A 2WJSA 5GJ6A 3ILRA 4LO1A 4FOQA 4NOTA 4HR6C 4ZKTB 1VALA 1CE7B 4XBLA 3LTQA 3AP7A 4Q9GA 1SZ6B 3PVNA 4YZ4A 3BX1C 3N7JA 1JT4A 1V6NA 3WDUA 4R6UB 3PMEA 3TB0A 2D24A 2X2SA 3A22A 3U4XA 3FLRA 2ZQNA 4QKSA 3HR9A 5D62A 1AXMA 3A4UA 4Y22B 1EV2A 3K3QB 5BQUC 1L2HA 3WVJA 2Z48A 3AZZA 2ZACA 4YM3A 2YZ4A 2MC2A 1A3KA 4XZPA 3M3QA 5D63A 2VLCA 3SNMA 3ENRA 1HWOB 5GM0A 3H6RB 1NZKA 1GSLA 2WNEA 4ENDA 2LTNA 1MS3A 3RRDA 3BAGA 4LO0A 1HKDA 2GNTA 1FMMS 2D3RA 4ZFYB 4F83A 1LECA 1T4QA 2W08A 4OEGA 4I0YA 1IS6A 1Q1UA 5GALA 1V6WA 1IOBA 3OJVA 4XKIA 1E1HA 3WHTA 3DDBA 4D69A 3IKWA 1BA7A 4LO7B 1FN0A 3T8SA 1N3QA 3SH4A 21BIA 3WINA 4FP2A 1XHBA 1UN1A 4BM8A 1TP0A 4ZGRB 4YFWA 2IHOA 3DEBA 2DWRA 1S0GA 1IRAX 2ZR1B 3MALA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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