1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
1MR5A 5IK5A 4XKIA 2ESUA 1QKQA 3O0VA 2CY6A 2R49A 1IILA 3TB0A 2Q5TA 4ITCA 1GSLA 4MYEA 5AVAA 2AR6A 1BFFA 3L2YA 4P14A 1BASA 2A7AA 4Y22A 3QJ0A 2NMOA 1AX2A 2W68A 5H9SA 3F1RA 1SLTA 1CE7B 3AZVA 4FVVA 3NBDA 4QBVA 2PHRA 2CL2A 1IOBA 1LOGA 3C88A 1DZQA 1YI7A 5E89A 4YFWA 1S0DA 3NWKA 3AKGA 3WLUA 4HA2A 1JOJA 4UW4A 4QKRA 2FHRA 5BXTA 4Q1PA 4AGGA 2AYHA 3AYDA 3B9UA 1Q8SA 4Y20A 3M1HA 4YZ3A 3ZURA 1UZZA 5DUXA 3BONA 3O44A 2ZGRA 4FPHA 5GJ6A 1LEDA 4XMAA 4EEEB 3VT1A 4LO1A 1W6QB 4ZA3B 4LO0A 4IY9A 4U36A 3SISA 3ZXJA 3A0NA 1SLIA 4Y1VA 1G9BA 1SLLA 3FJHA 2FGFA 4BMEA 2A75A 3BAVA 1MS8A 4I96A 3W59A 2VW2A 3QIXA 2ZGKA 1XZZA 2OW4A 1I1EA 1H30A 4M01A 1BZWA 1GZCA 5EYYA 1SFYA 2VW1A 1N1TA 3OJ2A 5KXEA 5FZZA 3ZXDA 3SLIA 4J2XA 1MS4A 5KXBA 5E88A 5JVVA 3R4SA 1VCLA 1WLCA 1KJLA 1WW5A 2IMCA 1W6MB 4ELCA 1N47A 1CJPA 2DWRA 3K3QB 3V65A 1JUIA 4KTXA 3HN1A 1LHUA 3FIIA 3NV2A 4I4SA 3QW5A 1GNZA 4GP0A 2Q9XA 2NYYA 3UJ0A 2RHPA 3CA6A 4RL7A 1G7YA 2FFUA 1Q03A 3UDAA 1LOFA 2AQZA 1T4QA 1CN1A 2F8XC 4YW3A 3RMYA 3BA7A 3CU1B 4BPZA 1WBLA 1DYPA 2TEPA 4LO1C 4KEJA 2ZA9A 1GZWA 3AXEA 4LO0C 4XFSA 2VLCA 3FLPA 5GALA 1FX5A 4LO2A 1G82A 1G9AA 2P3KA 7I1BA 3OJMA 1LODA 3O4DA 3BA5A 1KJRA 3P53A 5JOYA 2NP0A 4ZGRB 5GLUA 2RSTA 2DURA 1MVQA 5CAZA 3BTAA 2D7RA 1EV2A 5F5QA 2P34A 3S8JA 2XB6C 3WDTA 1ZL5A 1YIFA 3Q9OA 3WDXA 3UJQA 3V0BB 5T5OA 1V6LA 5BQUA 1HQWA 3FJFA 2ZHMA 4AN6A 3KQRA 3VKOA 5DUUA 3USUB 5IT6A 2ZHLA 2ARXA 1DGLA 1IHKA 1QNWA 2HWAA 1XG6A 3C89A 3N36A 2ERMA 4SLIA 3PG0A 3ZC8A 4GWMA 4IZEA 3ZSKA 2W08A 2IHOA 1DQ0A 2WSUA 1EVTA 5HCBA 3VKFC 3JUTA 1AVWB 1SZ6B 1R8OA 1Q1UA 4Y1XA 1LOFC 4XILA 3WHTA 1DLLA 4K1YA 2K4AB 1ZKWA 1FGAA 1LHNA 3OPZA 4R6UB 2UURA 4L4HA 1RIRA 2ISEA 5GLTA 5KXDA 4ZXKA 3A0KA 1I1BA 2D6OX 1HWOB 1SBEA 3ZYRA 5GZCA 4H55A 1TTUA 4KBBA 4FOQA 4GOYA 1V6JA 2ZMKA 5T54A 2HYKA 2WKKA 4LBMA 4J2YA 1XQNA 1WW7A 1UL9A 4DFSA 2ZR1B 3WDYA 3AZYA 1N1VA 2RQ9A 3RS6A 2HZ9A 1F31A 1DQ5A 2GMPA 4USPA 3FLTA 4QO3A 1AF9A 1FN0A 3ATGA 4Y24A 1HLCA 2UU8A 3IPVB 1T9FA 3QLQA 5FZUA 3D5OA 3M3CA 1XYFA 1I3HA 3KMVA 1ONAA 5BQUC 2ISGA 2GNBA 3O0XA 1CESA 1CPNA 5GZEA 4YOLA 2A6VA 2HW9A 1NLSA 5F8YA 1N3QA 2A97A 1M16A 1FATA 1UX6A 5F9TA 1X50A 2A8AA 2ISHA 4YW4A 2VSAA 3BRFA 1AZDA 3POWA 2OUHA 5DZUA 3N7LA 3IM7A 2LTNA 4HL0A 3HALA 3FJEA 1MACA 3AJ5A 3E8LC 4M3CA 1WBCA 3WO4A 4IYBA 1GANA 5DVHA 5H9PA 2Y9XE 1MD6A 1VAMA 1MS0A 2XHLB 2ZMLA 2NZ9A 3O4CA 2YY1A 4JPZA 1ULCA 2X2SA 1PUUB 4PF5A 4G9MA 1AX1A 5E8AA 3PVEA 4WVWA 4L4IA 4AVVA 1QDCA 2D20A 1LHWA 2DS0A 2A3WA 3ENRA 2PELA 1W6QA 4EKXB 1LGCA 4U2AA 3D4KA 3WOGA 4XE9A 1GZ9A 4P0KA 4YG6A 2D43A 1WD3A 4OUJA 3WG1A 4EB2B 1YO8A 1T3CA 4I0YA 4Z8BA 1CR7A 5L73A 1KITA 1FNZA 3OY8A 1KDKA 1DQ4A 5G00A 2AENA 3AKIA 4YLZA 3D3XA 4YM2A 3IN9A 4I4VA 1SACA 3RQ0A 1V6XA 1QNYA 2G7QA 3U4XA 3H0OA 2VW0A 1F5FA 4P9XA 1RY7A 1W0OA 3ZSMA 1N1SA 4I7IA 4GAIA 1W6PB 4I1EA 3MALA 1UPSA 3NV3A 1W6MA 3FJJA 1APNA 3T8SA 1RG8A 3FJAA 4IHZA 2DUPA 4K21A 1SLBA 1LOAA 5DUVA 1II4A 1RZOB 2R0HA 1NZKA 4UW5A 3IIRA 4KEIA 2OUJA 1IJTA 1C4RA 1JLYA 1JYIA 3O4AA 3FJDA 1LOBA 3VKMA 4NO4A 4FPOB 2ZHNA 4LO7C 1LGBA 2D6KA 1HIBA 2GO2A 2LIEA 3LCPA 3HBWA 4D0ZA 4F34A 5JOZA 3VUOA 3KM5A 3PMEA 4YW2A 2P3IA 1GBGA 3UL2A 1GNHA 4ASMB 2M49A 1FAYA 4Q2FA 5CBLA 2ARBA 1MS5A 2I1BA 2JDZA 1YYNA 1N3PA 1HCEA 4HANA 4F83A 1JXNA 3CRHA 4EFRA 3FJKA 1O4YA 2XG3A 2JKBA 2KI6B 4AN7B 2DTYA 5H9RA 1V6WA 4R9AA 4GA9A 1TOOA 4GWNA 4Q8LA 1JT3A 4P9YA 2VXTI 1XTGA 1WUVA 3I2AA 3C2UA 4FGFA 2MLLB 1WLWA 1ABRB 2PHXA 1YVGA 4AGRA 1IRPA 1VIWB 2B7YA 3WZ1A 2D44A 4IY8A 3MPPG 2ZACA 2ZAAA 3M3QA 5GLVA 4JP0A 3I4IA 2H0BA 2CWSA 3BAOA 3AX4A 5T55A 1ZKXA 1AVUA 3OBTA 4K1ZA 3CQAA 4AVSA 2G7KA 4JAWA 2E53A 4FP3A 3USUA 3V64A 3N7MA 5GZFA 1UKGA 1SR4C 3CA0A 3ZYPA 1SCSA 1LECA 3PHZA 2W39A 2L5XA 2SLIA 3WG3A 2CNAA 2A71A 1LULA 2Y9GA 3V0AA 1DBNA 4DS0A 1BFCA 3VEQA 3MW2A 2PHWA 4XJ8A 2K8RA 5F90A 2W52A 2GDFA 4YFZA 3WVJA 3C8AA 1DQGA 4XDQA 4C1WA 4QD2B 4GALA 4WV8A 3LSEA 2DYCA 1HCDA 31BIA 4YW5A 3SITA 3M3EA 1Q04A 1V6VA 3BODA 1W3GA 3DEBA 2GNMA 4XZPA 4WBCA 3HSMA 2WJSA 2ZQNA 1N1YA 3K1XA 1SCRA 3CAHA 3QIZA 4HEVA 5HCFA 1Z7HA 3NV4A 2W2DB 1DHKB 3O0WA 1F82A 3N0KA 1Z0HA 1JT7A 3T1LA 2DUOA 1DFCA 1FWUA 2PHUA 4I4UA 5DUYA 2YUGA 2WRYA 1LEMA 3N7KA 1N4KA 3H6SE 1P63A 3C9ZA 4XJZA 5IUQA 1VLNA 2E51A 1RMLA 3INAA 2DTWA 4P0JA 2ZGNA 3SH3A 3WUDA 2GMEA 4YZ2A 3FBYA 4LBQB 1Z78A 2EXKA 1CVNA 1O4ZA 4LBKA 1ZN3A 1JN2P 4P0LA 3ZXEA 5T5PA 1BA7A 1S0CA 4ZOTA 1FV3A 2EXJA 4XXAA 4AGVA 1RITA 5D62A 2ZKNA 2P37A 1DYKA 1DQOA 1BYHA 1DQ1A 4H9WA 1UAIA 4JC1A 1K5VA 2MC2A 3ZSLA 4L8QA 2FDBM 2BQPA 2JECA 5BXPA 1TP0A 3BAQA 3WMVA 2XHLA 3DDBA 1URXA 4RA0A 1Q8PA 5LK5A 1PZ7A 1JLXA 3WDWA 4XOGA 1YRZA 1Q8VA 3AKHA 4ZKTB 4I37A 1GV9A 4H04A 1D2SA 3FJBA 2DRZA 4TZDA 5B2HA 1IT0A 1LOCA 2QN4A 1JHNA 1WLDA 3GNEA 1AXMA 3IAGC 5D63A 1YXWA 3H6RB 3VV1A 3TC2A 4XIKA 2VY0A 1YTOA 4XJAA 2DVFA 3WNXA 2KKIA 1LHVA 4XHXA 2D3RA 3FLRA 5GLZA 1K5UA 1RINA 1ISZA 3NV1A 1UZYA 2GALA 1VALA 3TAYA 3AP9A 1ULDA 1ITBA 1TFMB 1WW4A 5DSSB 3WUCA 2R16A 4I1BA 2A6YA 3QW6A 3JUUA 1BLDA 1V6IA 2AGSA 1TWEA 2KLLA 1IS4A 1ULGA 3WDVA 5BYNA 3T2TA 1IS6A 3AJ6A 4CRQA 1S0EA 4XTPA 1BFBA 2AUYA 4YG3A 5KXCA 2EF6A 3WMUA 1PZ9A 3CRGA 1MVEA 2WT2A 3WG2A 1BARA 1BLAA 4FOYA 2D7IA 1KQRA 3MW4A 2DU1A 1QQKA 2DU0A 2EIGA 2DVGA 1C1LA 4Y1UA 3B69A 4GOVA 1W6OA 1LESA 4XBNA 1KNMA 3WV6A 3APBA 5BQNA 4II0A 5GAQA 5EYXA 1QDOA 4LO2C 3O4BA 3I8TA 3IMNA 1OKQA 3NBCA 4YGDA 3O5WB 3R4UA 1YBIA 5GM0A 4OWKA 4QKSA 3QW8A 3CA5A 4YZ5A 3IM5A 4W65A 2D23A 3DSEA 4LBNA 4G1RA 1A8DA 2P2KA 1TWMA 4XTMA 2IMAA 3AH2A 3BRDA 2ZMNA 3BA4A 5DZEA 3I2XA 2ZGLA 1WD4A 3ILFA 2WLQA 2E6VA 1S0JA 3N7JA 3OJVA 4XJ9A 3BX1C 4ENDA 1ISYA 2CTVA 3ZSJA 3SNVA 2WSVA 3VT0A 1DQ2A 5JOXA 4FPEA 4XYXA 1AJKA 1DZCA 1W6NB 2FO1A 1FMZA 2V73A 2JJ6A 3RTIB 3ZPYA 3UK9A 2IMBA 1A3KA 4DEPA 4I3NA 2DREA 2C5DA 3BAGA 1H9WA 4EFQA 2D6PA 2ZQOA 4YM1A 1W0PA 5DG2A 1QOOA 1HKDA 3OYWB 1E1HA 3FIEA 4JCKA 2CWMA 2ILPA 4I4YA 5FZYA 5DG1A 1TIEA 1OQ1A 2D22A 1CONA 1V6MA 2DVBA 1UMZA 4Q27A 3ZXGA 1KDMA 2F2FA 4OWJA 4UW6A 3AJYA 3RMXA 4I4XA 4AWDA 4XXPA 2MIBA 4PC4A 3B9CA 3ZXLA 1FYUA 1GZWB 2W2DA 2PHTA 5GZDA 3UD8A 3D6EA 3NF3A 4KUFA 3JRRA 1L2HA 2AFGA 3Q7XA 4FOVA 3AYAA 1JTCA 4Y26A 2ZBJA 1GLHA 1SLCA 1N3OA 2ES3A 3ZUQA 1KRIA 1S0IA 4J2SA 4DRRA 4M00A 1ILR1 1HWNB 3PVNA 4LBQA 2BEBA 3O4OA 3BAUA 4Q9PA 3PJQA 1AXYA 3QCWA 3FJCA 1TEIA 4QALA 1MZ5A 4I30A 1JYCA 4Q9GA 2P3JA 3QW7A 1WBFA 3BADA 2P39A 2C9AA 5BP5A 1JBCA 4QD2C 1XTFA 2AAIB 1PZ8A 2E7QA 4OZXA 1CPMA 4IZXA 2UWBA 3CRIA 3QIYA 3DS9A 3AYCA 5FREA 4LO8B 4BLJA 21BIA 3SH5A 2A5ZA 2DV9A 4DENA 2I2SA 1QOSA 5T50A 1ZM1A 2F2FC 1OFSA 1WCSA 1Q56A 3WDUA 1CIWA 3BRGC 2VSEA 3BOKA 3ZUSA 2FMDA 3IKWA 5HCAA 3WG4A 5IK4A 3H6RA 4J2KA 1QOTA 4PBOA 1LHOA 2UUSA 4I6IA 4X39A 1S1AA 2D6LX 5EHAA 4A7ZA 2ET2A 3A21A 1A78A 5FNXA 4J1LA 2ZZJA 5JDBA 2JE7A 2D6NA 1EPWA 3FFZA 2Z42A 2QN0A 2DVDA 4HR6C 1AXKA 3V0BA 5JLVA 4FPFA 2QYIB 3BIWE 3WINA 2VUAA 4YW1A 3DGTA 3M2MA 4ZBVB 1BJQA 3W58A 1GICA 1IS5A 1G86A 1R1ZA 3EF2A 1G9DA 9ILBA 1AVAC 4PQ9A 1BXHA 1HWMB 2SBAA 4R9CA 4IONA 4I4OA 5EWSA 4X37A 3LSDA 4G6MA 1DQ6A 3QYDA 1U0AA 4XHBA 4BQ1A 1QQLA 5GLWA 4JKXB 3LTQA 5BP5C 5DXDA 2Y9FA 3OBRA 2DVAA 1UN1A 3A23A 3JU9A 4XIOA 2ZABA 2R9KB 4M3CB 3AH1A 3PVOA 4ISRA 3WO2A 1WBAA 1DFQA 3P6IA 3VT2A 1W3AA 1VAVA 1QGLA 1AVXB 3WCRA 3QR5A 5BOWA 4YGBA 4P6AA 3AXDA 4Z9WB 3A4UA 5T5JA 1LGNA 4LO7B 1E0OA 3ZX7A 1V6OA 5FRAA 4EJ5A 2ZGOA 3MEPA 1ZA4A 5BXRA 4FPYA 1JT4A 5CNAA 4I4RA 3AKFA 4LBLA 1T3AA 1FWVA 4TYSA 1GYKA 5D61A 4ISQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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