1S0CA

Crystal structure of botulinum neurotoxin type b at ph 5.0
Total Genus 399
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
399
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Toxin, hydrolase
molecule keywords Botulinum neurotoxin type B
publication title Role of metals in the biological activity of Clostridium botulinum neurotoxins
pubmed doi rcsb
total genus 399
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2003-12-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1s0cA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1s0cA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1s0cA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1s0cA01
1QGLA 3BRDA 1LEDA 3B69A 1YTOA 4XBNA 3KM5A 3RTIB 3WG1A 2DUQA 3D4KA 2GN3A 3VKLA 1CJPA 1AVXB 4QKRA 1H9WA 2D3PA 1A3KA 4Y20A 5KXEA 4GP3A 3LSDA 3ZSJA 3ZSMA 2AXMA 2NP0A 4U36A 2WLQA 1BFFA 4J2KA 2EIGA 1SLIA 1AVUA 5JOYA 3W9TA 1LOAA 1IKPA 1HWMB 2NMOA 3MPPG 1FX5A 4XJWA 1F31A 1S0FA 2CL2A 4Z9WB 4LBLA 1VALA 3RS6A 2XHLA 1AZDA 3BA4A 5FNXA 2BQPA 4M3CF 1IHKA 3RSJA 3S8JA 1EYLA 1WBLA 3QW7A 5E89A 2ZABA 1W6OA 4YM1A 2DS0A 2Q5TA 3N0KA 2RQ9A 4JRAA 3NBDA 1MD6A 4GOYA 4I0YA 2P39A 4QD2C 4J1LA 3DDAA 4ATFA 2WT0A 1DZCA 2JJ6A 1CN1A 5H9QA 5BXTA 1LCLA 1V6VA 2DTWA 1ISZA 1GZ9A 1W3GA 7I1BA 1GZWA 4FPOB 1FV3A 3C89A 4JKXB 4XE9A 1QOOA 5G00A 1JXNA 3Q7WA 1F9KA 5FREA 4XHBA 1SLBA 3O12A 4XMIA 3VEQA 2GMMA 1AVAC 1D0HA 1RINA 4K21A 4ZKTB 1AX1A 4XJ9A 1G9BA 3UJ0A 1BLAA 3BODA 4EFRA 2K4AB 4R6UB 3CA3A 3WG3A 2AR6A 3QW5A 3AP5A 4FOVA 3ZSKA 4XIOA 3FUQA 3O44A 2DVAA 5EWSA 3ZYPA 2JECA 2ZR1B 2D6MA 1V6KA 1BA7A 4NOTA 1WW5A 3LCPA 2BEAA 2R1DA 4R9AA 1HCDA 1SLLA 1PZZA 4PCRA 3MEPA 1H9PA 4LO1C 4USOA 5DZEA 1CONA 1LGCA 1M16A 4FPLA 2QN4A 1N4KA 1CE7B 1PUMB 1VLNA 4FQZA 1IS5A 4H55A 4ZA3B 3ZC8A 4KUFA 1ZN3A 3RMYA 1ULGA 4AGVA 5JOWA 4U2AA 2CTVA 3POYA 1V6OA 3AZZA 1BKZA 3O4AA 2NM1A 4Y1VA 1XTGA 3P6JA 1RIRA 1MS0A 4G9MA 4XMAA 4Q27A 1BLDA 2P3IA 1DLLA 1LOCA 1WD3A 1Q04A 1P63A 1GANA 2ZBJA 1ISWA 3GNEA 2A97A 1DQ2A 1Z7HA 4CTEA 4I96A 4Q9GA 3RMXA 1ILR1 2ILPA 3WZ1A 2JDZA 4CZSA 2MC2A 3AKIA 1AVBA 1TIEA 4XJUA 3IPVB 2WJSA 1EPWA 4FP3A 4Q26A 2X2TA 1JLYA 1JTCA 3FJFA 4AN7B 2LALA 2DV9A 2X2SA 1T4QA 1Z2VA 3O4OA 2JD4A 2CWSA 1I1EA 3RRDA 4AGRA 3WLUA 3WCRA 4LBMA 1Q8SA 4QKSA 5DZUA 4I37A 2A6XA 4OWLA 1JOJA 3AJYA 1V6LA 5T5OA 1IT0A 2A6ZA 4II0A 3O3QA 3WUCA 2KH2A 3RTJB 5DZFA 4XKIA 4A7YA 4I4SA 4LO2A 4GWNA 1ITBA 1R8NA 3BAUA 3V0BA 1LULA 4EJ5A 2GNDA 4C1WA 2FO1A 3HALA 3IN9A 3TC2A 1PZ9A 4M00A 4JCKA 3LTQA 4BOWA 3VWCA 3AZYA 1LOFA 3DGTA 2YROA 1UZYA 3INAA 1AXMA 5DG1A 4SLIA 5SV8A 1HIBA 4H9WA 2DTYA 5D62A 2GO2A 2XOAA 4DENA 5T5JA 3AP6A 3BAQA 5CBLA 1SLCA 1UZZA 2E7QA 1QNYA 4TZDA 2KI6B 4DEPA 1OFSA 4M3CA 1OQLB 5HPZA 4P14A 4TYSA 3I2XA 1CPMA 3ATGA 1JT7A 2W39A 1YO8A 4LBQB 3MW2A 4EFPA 1GNZA 4L4HA 1Z0HA 5GALA 1K5UA 2SBAA 3N7MA 4JAWA 3UD7A 2ZGUA 1NUNA 2Y9GA 3SLIA 2D44A 5E88A 1IILA 1AX0A 3OGFA 1JHNA 3BX1C 1FV2A 1MC9A 1W3AA 2UUSA 1FNYA 3USUB 1ENSA 3HBWA 4DS0A 3V65A 1SCSA 3VUOA 1YBIA 3NV2A 1A78A 4W65A 3BAHA 3IM5A 3MW3A 3CRIA 1JYIA 3ZVXA 2A70A 3VT0A 2R0HA 1CIWA 2HWAA 1F82A 1J1TA 1BXHA 1IS4A 1GKBA 3N7KA 3OPZA 4AVTA 1C1LA 1YYNA 3VT2A 3AZXA 4GWMA 4GA9A 1FYUA 4FPHA 2FHRA 4DFSA 4ZOTA 3OY8A 2ZMNA 3OJ2A 4I7IA 2VLCA 5GJ6A 1G86A 1HWOB 2D20A 3PUBA 3VSFA 2A3YA 1DBNA 1LOBA 1SZ6B 3BAOA 4KEIA 3B3QE 1FATA 2NVHA 4I4VA 3DS9A 1KRIA 5GLWA 2Z49A 3O5WB 1LGBA 1JLXA 2A3WA 3NBEA 3OYWA 4XJ8A 4YZ3A 5GLTA 3H0OA 3NV1A 1XZZA 1LU2A 2V73A 1GICA 3BA7A 4LBJA 5EHAA 1QDOA 4XXPA 1UX6A 3D7WB 5IK7A 3AZVA 4Y1YA 4IZXA 4F34A 2D22A 1WCSA 4EKXB 2IWTB 4L8QA 5T55A 4FVVA 2EXHA 1ULCA 3AK0A 2GN7A 4Y22B 2I2SA 2R1BA 2YUGA 1G9AA 2W68A 4FGFA 1Q8VA 4G1RA 4XJZA 3TAYA 5IK5A 3OJBA 4YW2A 1O4YA 3WDVA 1F5FA 1GV9A 1PZ8A 2EF6A 4X38A 2ZGOA 3R4SA 2E4MC 3FJIA 2JE7A 4XTPA 2IMBA 5GZDA 31BIA 2ZZJA 2R9KB 3DUIA 4LO2C 3AP7A 1W6NA 1YF8B 2FPQA 3CQAA 1IOBA 3WMVA 1SR4A 3SITA 4IY8A 1MS9A 4YZ2A 4YW1A 1HKDA 2CWMA 3F62B 1SBDA 4GKXA 1QMJA 3VKMA 1Q03A 1DQOA 4G6MA 1WLCA 1LOFC 1FN0A 1LODA 4GXLA 2AREA 1PC8B 4OEFA 2E6VA 4K20A 2IHOA 4JP0A 4KTXA 1L2HA 3M2MA 5IK8A 4L4IA 3C2UA 1Q8QA 2AH2A 3A22A 1II4A 3SNVA 3FGMA 4JPZA 1HLCA 3LSEA 3Q7XA 4JQ0A 2A3XA 2WT1A 4ZGRB 3ILRA 3S8KA 1QXMA 2D6PA 4X37A 3WNXA 1W0PA 3ENRA 1RITA 1UKGA 1N1TA 1KDKA 1XYFA 4EL4A 2RHPA 2VW2A 1BFBA 3SH4A 2HYKA 1W0OA 2GMEA 1WLDA 1EVTA 4Y24A 1LTEA 1ONAA 2A6YA 4WVWA 3P6IA 4I4OA 5IUQA 4XDQA 2DRZA 2F8XC 1DZDA 1IS6A 4XILA 4XZPA 1M2TB 2P37A 1AVWB 4LBOA 4YW5A 3FJCA 5T52A 1FMZA 4ZXKA 3AFKA 1DHKB 4Y1ZA 41BIA 1MS1A 4GP0A 4P9WA 1V6WA 1LHVA 4OZXA 2BFHA 5EYXA 2IMCA 2WKKA 1G7YA 3AP4A 5DUVA 1W6MB 2Z48A 4ATEA 3FJ9A 2NZ9A 4Q1RA 3W58A 1W6QA 5DUYA 1ULFA 4AVVA 4I3NA 2D23A 4OUJA 1CPNA 3O4BA 3QW6A 4KEJA 3NBNA 1FWUA 2ZGLA 2A7AA 2DUPA 3C8BA 1Z78A 2DURA 2PHUA 1JW6A 2ZA9A 4YW3A 2RG9B 1O4ZA 1UAIA 2ZHNA 3FJEA 4X3AA 1SFYA 3WO2A 2G7PA 2XHLB 2D6KA 3CA5A 1W6PA 1DQ4A 1V6NA 4I1EA 1N3OA 2UURA 4IHZA 1IRPA 2TEPA 4Q2FA 4R9CA 3RQ0A 3POSA 5D63A 2H0BA 1W6OB 4LBKA 4FPCA 1LEMA 2OUHA 3FJDA 1CVSA 4LO8B 4LO7C 3FLRA 4P0LA 4PBPA 2FFVA 1BQPA 1WW6A 2YV8A 4K1ZA 21BIA 3NV4A 2ARXA 1CVNA 4IYBA 2ESUA 1AX2A 1AJOA 1KNMA 4FPEA 4D8HA 1JY0A 1MS8A 1QU0A 1DQGA 1LHUA 1DYKA 1RZOB 3BRGC 3FJBA 2VW1A 3N7JA 4Q9PA 3ZURA 2ZGKA 1JBCA 3IPVA 4FPFA 4ZFYB 3BA5A 2P2KA 1N1SA 4R9BA 3QLQA 1YVGA 1TOOA 5EYYA 5F5QA 1ZM1A 4HR6C 1RG8A 1DFCA 3O4DA 4YZ1A 4YM2A 5IK4A 3BOOA 4Y26A 2OVUA 5JVVA 1V6XA 3VKFC 1S0EA 3C8AA 1JT3A 4QC4A 1AFCA 3PJQA 3AYEA 1BARA 1HQWA 1FMMS 3K1XA 1AF9A 4LO0A 4F83A 1SR4C 3PVNA 5DG2A 1C57A 1HCEA 1E0OA 3BRFA 2AENA 1UPSA 3Q9OA 4YZ5A 5CAZA 1T9FA 4XHXA 5BQNA 4H04A 1J0SA 4P6AA 2E4MA 1FWVA 2NTDA 1TP0A 3T2TA 4AYUA 2GALA 5GZEA 2ERMA 1N3QA 4YG0A 3WHUA 2UWCA 4DRVA 4LO3C 5BQMA 2G7KA 4GAIA 3V0AB 1GZCA 4ITCA 3R05A 5BYNA 2R16A 1DQ1A 4XBLA 4M3CE 4UW4A 4ISQA 2DVBA 2GMPA 1CESA 2CYFA 2ARBA 2DU0A 2ZGTA 3AH1A 1T3AA 3WHTA 5F8SA 5KXCA 2F2FC 3HN1A 1ISXA 1DYPA 4LBQA 3AKGA 1VAMA 4PQ9A 3WV6A 2WQZC 2ET2A 5BXSA 2D3SA 1JUIA 4P0KA 2PHFA 3VSZA 2ZAAA 1HWPB 5FZYA 1SCRA 2PELA 4G6JA 1UN1A 1ZL5A 5JDBA 4I4XA 4I1BA 4I4UA 4KC3A 5DSSB 2VSAA 3USUA 2MIBA 4ELCA 4I8MA 1N1VA 3ZXJA 1JN2P 5BXPA 1XG6A 1FGAA 2W2DB 8I1BA 3UJ4A 1LHNA 1I1BA 3H6SE 1OKQA 2YY1A 4YGEA 3UJOA 3WG2A 3CA4A 1GGPB 1AJKA 3B9UA 1QOSA 3IM0A 2ZGQA 4YOLA 1GLHA 1LU1A 1IS3A 2ENRA 3I29B 2A5ZA 3AJZA 2D6NA 3BAGA 3WDYA 3WINA 3I4IA 1T3CA 2AAIB 2PHTA 1Q1UA 4XIKA 2WSVA 3T8SA 3UD9A 3AYCA 4M3CB 1Y7BA 3JUUA 5GLZA 2FFUA 3DSEA 3QIYA 2CNAA 2VSEA 1WD4A 2RSTA 4OEGA 2A75A 3VT1A 3D5OA 3AKFA 4XFTA 2EXJA 2D24A 3O5SA 1VIWB 4Q1PA 1N1YA 5BP5A 1YXWA 4EB2B 3K3QB 3CRHA 2XG3A 1NLSA 3FIEA 2ZMLA 5JMCA 4D0ZA 3FUOA 4UW6A 3WDXA 4ISRA 3NBCA 4OEEA 3AH4A 1ZA4A 2HZ9A 1ZKXA 4NO4A 3NV3A 5BQUC 5H9PA 4UW5A 3UDAA 1IKQA 2ZHLA 3H6RA 4TLPA 1A8DA 4USPA 1DGLA 3JUTA 4WBCA 1JT5A 4X39A 2Y9XE 1S0DA 3M3CA 3L2YA 4ZLBB 4YLZA 4QBCA 3POKA 5F9TA 2AQZA 2C9AA 4BLIA 3MALA 5KXBA 2DVDA 3AZWA 1LJ7A 3PG0A 1WLWA 4QD2B 4BQ1A 4WV8A 3N3HA 1AXZA 3AP9A 3NWKA 3VKNA 3M1HA 2OW4A 3PVEA 5HCFA 2E7TA 4YG6A 4LO0C 4PBOA 2UWBA 2VUAA 1G9FA 2FMDA 4FOYA 1V6UA 3KQRA 2FDBM 3C88A 4J2SA 1V6IA 4I30A 2WT2A 1KJLA 2VXTI 3JRRA 4AN6A 5DUWA 1X50A 4P9XA 2ZHKA 1LOGA 2LIEA 2DWRA 3DDBA 3I8TA 4M01A 4CJMA 2DYCA 4YW4A 3WCSA 3HR9A 3M3EA 1Q56A 3A21A 1SBFA 1C4RA 2G7NA 3ZC9A 4HANA 2KM2A 1S0LA 1MZ6A 1YIFA 1OQ1A 3A0KA 4JKQA 1KDMA 3CA6A 3BADA 1MACA 2ISHA 3ZXKA 3WDUA 3CAHA 1HKNA 1NZKA 3FLTA 5T5LA 3AH2A 4DCKC 3ZSLA 3BOKA 4QALA 1S1AA 5CNAA 4LO3A 1QQKA 3B9CA 2ZGNA 9ILBA 3LLPA 3N35A 4LBQD 3FJAA 4AGGA 1WBFA 2KI4A 3WO3A 4EEEB 2AFGA 2A8AA 1W6NB 2VXRA 2GDFA 4Q91A 2UWAA 1WW4A 5T54A 1KQRA 3SH5A 4C1XA 3AJ6A 2F2FA 2DREA 4EFQA 3V79C 3AXEA 1HWNB 2G7QA 3M3QA 2L5XA 3ZX7A 1LECA 3RG0A 4I2SA 2GNTA 1C1FA 1UL9A 3FJKA 1W6MA 4GALA 3BOPA 4HEVA 3WO4A 2KLLA 2D7IA 3WINC 4R9DA 3A4UA 1BJQA 4ZBVB 5HCAA 3AYAA 3IM6A 2K8RA 4FPKA 1TEIA 3A07A 5GZFA 2EAKA 4K1YA 1S0JA 3U4XA 4GKYA 3GALA 3KMVA 2R0FA 1DFQA 3FLPA 3O0XA 4YG3A 2Y9FA 2ISGA 4Y20B 3P53A 3WA1A 4YFWA 3AKHA 5BP5C 2ZGPA 1AXYA 3M3OA 3O0VA 1VAVA 2D3RA 3BWIA 1NXD1 2AGSA 4YM3A 4CRQA 4Z8BA 3ZPYA 3O0WA 1HDKA 3B01A 2R49A 3UL2A 3AX4A 2KKIA 2Q9XA 3BB2A 5F90A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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