2D7IA

Crystal structure of pp-galnac-t10 with udp, galnac and mn2+
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transferase
total genus 157
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7iA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7iA01
1S0EA 1XG6A 1HM9A 4ZFWB 2DREA 4FCEA 5L6SA 4FGFA 1FGGA 1G9AA 3AZWA 4QBCA 21BIA 5D62A 4EFPA 3BRKX 1S0GA 5C38A 2NYYA 2QGIA 2ZU7A 4ECMA 1FXOA 1CE7B 1OQLB 4P0LA 1H5SD 1WT1A 4F34A 1K4VA 4KNXA 1TFMB 5FTSA 3BRGC 5GAQA 4J23B 2VS5A 1V6XA 3AKIA 4EEMA 1INIA 1G3LA 1WD4A 4EE4A 4LO1C 3GUEA 2MIBA 1YTOA 2XOAA 1SR4C 3T7OA 1BARA 3CA4A 3CAHA 3E26A 4FRAA 1V83A 4CJ8A 2P39A 1KNMA 4DENA 1O0RA 1YP2A 1DJSB 2OI6A 3U2UA 4I96A 2FY7A 4NANA 4IQPA 3AKFA 4JAWA 5C47A 3KIAA 3WA1A 1R7VA 1YROB 1FMZA 1ZCVA 1S0BA 4K6RA 4LO7C 4FRPA 4Y63A 4KPXA 2E4MA 1BLDA 3BRDA 1FO9A 3CKVA 1K5VA 4UEGA 5EJZA 2FFVA 5BP5A 1IRAX 1ZDFA 5BXSA 2YC3A 2HWMA 1G23A 3TQDA 4XFUA 4G3PA 5FZUA 4OW4A 1WBAA 1QQKA 1G9BA 2E8BA 1VCLA 1FQ9A 1YXWA 2QN4A 1E5KA 1WT0A 2ESUA 2YQHA 2VXMA 1NHEB 1RZOB 3FJCA 2YQCA 4FRHA 1ONKB 5BQUA 3BA7A 2K8RA 3UD8A 1TW1A 1FV2A 1ON8A 2VXTI 4X38A 1VICA 3N7LA 5CQNX 3V0QA 4I4SA 4G6JA 2VD4A 3H6SE 3WINC 4OWJA 2BO7A 2Z86A 2ZU8A 3V0PA 1LZ0A 2KKIA 1H4EA 1I1EA 3JUJA 1VGZA 4JPZA 3I0FA 1BFGA 1XZZA 1ZJ0A 3V79C 3FOQA 2AM4A 4YOLA 1OMZA 1XZ6A 3IAGC 2Y4LA 5L6VA 3SX7A 1GWVA 3VUOA 3ZGFA 4GP0A 4G9NA 5EJ1A 1HIBA 3CA3A 5EHAA 3K8EA 4EB2B 4HOCA 2MZBA 2ET2A 3D7WB 2UUSA 1G97A 2VSIA 1W3GA 2X60A 2X65A 4KEJA 4AAWA 4BMAA 5B2HA 3PMEA 4L4IA 2VLCA 1HV9A 1WD3A 4QD2C 3RMXA 3WO3A 3A23A 3N7MA 2YCMA 3AZVA 1HM0A 4USPA 1H7LA 4HO4A 2QH5A 1TOOA 1WT3A 4LO2C 2AAIB 4BQHA 3F1RA 1H5RB 3T8SA 2YQSA 1XHBA 4MNDA 3IM7A 3Q7YA 3OH4A 3I0DA 4Q91A 1ON6A 1N4KA 3H6QA 2Q3NB 2Z48A 3AJ6A 4LO3A 4M4KA 1FG5N 1S0FA 2GZBA 3HBWA 1ZJ1A 2RIYA 4EEAA 2LIQA 1CVSA 2D44A 3P6JA 5FZZA 1QGQA 1VPAA 1BA7A 3CRIA 2WGZA 4IY8A 3V0LA 4HJJA 1NMMB 1VZTA 4AC3A 4OWKA 4I4YA 3RTIB 4GOVA 2ERMA 3FWWA 5C49A 3I0IX 2BO8A 1MD6A 1YYNA 1YP4A 1YBIA 3O5WB 3WMVA 4G9MA 3VT1A 3OH2A 4I4RA 3CKQA 4B4MA 1FOAA 1OMXA 3PUBA 1INJA 3BAQA 1DFQA 4HG6A 3NBEA 4Y6UA 4QKRA 3BAUA 3I2XA 3Q4SA 5FU8A 3ST8A 1JT7A 3BCVA 3E8LC 1H7EA 1JV3A 1IIMA 3BTAA 3N0KA 2WE9A 1G9RA 3I29B 4TLPA 1H5RA 4ISRA 4A7ZA 1BLAA 4HR6C 2VS3A 4OUJA 2RJ8A 3IIRA 4IRQA 3I0HA 2RIZA 1EZIA 3OGGA 2Q9XA 3RSBA 3POLA 1HJJA 3PKPA 3V0NA 3D98A 1II4A 3OJMA 1VGUA 2I5EA 2ICXA 4OEGA 4EE5A 3QVBA 2HZ9A 4KBBA 2BFHA 1PC8B 5CMJA 5IDSA 3UDAA 1R7XA 2RJ9A 4D11A 2YQJA 4AYLA 4EKXB 4I4OA 3S8KA 1RMLA 31BIA 1HCDA 4KEIA 4R7PA 3K1XA 1HWNB 1TTUA 1G95A 1Q1UA 2OI7A 1HWMB 4LO8B 2R9KB 1GWWA 4I1EA 4KC3A 5BVPI 1VZXA 2WVLA 2Y4MA 3OAMA 4FRMA 4WBCA 5DDTA 5FYEA 2W0VA 2V0IA 4JRAA 2Q4JA 3SX5A 2BEBA 3VWCA 4G1RA 1H3MA 3B9UA 2CU2A 2FYDB 2F2FC 5CMGX 3NBDA 1WSZA 3DUVA 1ABRB 3OGZA 5CQPA 2Y4KA 9ILBA 2XWMA 3OBRA 1G2VA 1H7HA 3IM5A 3S8JA 2P72A 1F31A 6I1BA 4AYJA 1E0OA 2AM5A 5BXRA 1LL3A 3R3IA 1TWMA 4D0TA 1I1BA 4IZEA 1R8OA 4B5BA 1VM8A 4FREA 2RSTA 3TZTA 1IOBA 3DJ4A 4HO9A 4L4HA 1H5SB 4HO8A 3BA4A 3CKJA 1IINA 3SXDA 1JYKA 1QWJA 4EEGA 5C4BA 3NBNA 4AN7B 3FJ8A 1NKHB 1ZHJA 1R81A 3RMVA 4D48A 3VEQA 2JCJA 4CJMA 2HWAA 1DIWA 4I37A 1PZTA 4XKIA 2VU9A 3RMYA 1ZCYA 2PX7A 4JQ0A 5FUHA 4EEOA 2AM3A 1KWSA 2K4AB 4J2SA 1V6VA 1IHKA 5C3BA 1LZIA 1BFFA 4F83A 1S4OA 3BRFA 3F62B 1YP3A 1TZFA 2MC2A 2V0KA 1GA8A 4DECA 3CRHA 5F90A 4Y7GA 3FJIA 3FJ9A 4DEPA 4JISA 2Z49A 1VGTA 1S4PA 3BA5A 4FCUA 5EG6C 1K5UA 4I4XA 3AJ5A 4I8MA 4ISQA 4XFSA 5EIYA 2L5XA 4X39A 4YS8A 3DK5A 2E3DA 2NM1A 1H7GA 3FFZA 1D0HA 1EV2A 4PC4A 3I0EA 4M2BA 1PUMB 3CA5A 4HO5A 1H5SA 2BO4A 4L41C 1ZCTA 3V91A 3OJ2A 5BXCA 2OI5A 2QKXA 2D7RA 1FR9A 3PNNA 1DLLA 3RSJA 4I7IA 3UD7A 41BIA 1AVXB 3HN1A 4LW6A 5E24E 4OWLA 2PA4A 4EEEB 2WBCA 3QYDA 2YC5A 5C36A 4QKSA 3JTJA 1Q03A 2D22A 3USQA 4Y9XA 2AFGA 3BAGA 2I5KA 2FFUA 4P02A 1ZDGA 3WO4A 5C4CA 3D5NA 4ENDA 2Y7AA 4A7KA 1JLYA 4ZBVB 2D1ZA 1LL0A 2NZ9A 4NAKA 4KC4A 2OEFA 1R7YA 2E4MC 3A07A 5F8SA 1H4DA 1ZI5A 1JVGA 1PZYB 2ICYA 4D8HA 3IOHA 3SXBA 3I2AA 1NF5B 2Z87A 1IJTA 3SNVA 5BP5C 1JVDA 2VSHA 4QALA 3BAHA 2XWLA 3N9WA 4EFRA 3CQAA 1G93A 1R80A 2FYCB 3A21A 1FRWA 2W0WA 4LO0A 1EYRA 2VFZA 3T7MA 3LTQA 4MYBA 3U0YA 4II0A 4EVWA 1FWUA 1HJLA 3PHZA 3O4OA 2DPWA 5CMHA 1T9FA 5BQUC 1P63A 3HMYA 4Y7TA 3Q80A 2AXMA 3V0AA 3V90A 5C4EA 2VSAA 5C8RA 5I1BA 1ISZA 2D20A 2O1GA 2FO1A 1GQCA 1RG8A 4P00A 3BAVA 3P53A 1TWEA 3O4CA 1TP0A 1FMMS 1W3AA 3AKGA 4IZXA 1H7TA 3ZC8A 2Y4JA 1AXMA 3AKHA 3R2WA 2WVKA 4FRLA 1NWGB 1JQZA 1VGWA 4ZGRB 4KEKA 2RJ0A 4Q9PA 2NTDA 3BADA 4J2KA 4P6AA 1O23B 2M49A 4J18A 1PWAA 2D7IA 3JUKA 1QQLA 2D24A 4ZOTA 1JYLA 4EE3A 3BB2A 3O4DA 4FQWA 2X2SA 5BXTA 1ISYA 3HOMA 4LO7B 1OQMB 1DQOA 1IILA 1G9DA 1G1LA 2Y9XE 2Y9GA 2VXRA 4XWIA 4B3UA 3I0CA 3BAOA 4FROA 1R7UA 3CRGA 4J2XA 3A22A 3SXEA 3V0BB 3R4SA 1S4NA 1H7QA 5C1HA 1T4QA 3FJBA 4IY9A 2MLLB 1ZJ3A 1QG8A 2XMHA 1ZJOA 4JD0A 4KXOA 3U2WA 2NP0A 1S0CA 4CVHA 5DVHA 2O1HA 4M2AA 4Y7VA 3V0MA 4H04A 4NAIA 3H6RB 5G00A 1Z4SA 4I1BA 4LO1A 4H9WA 4LO3C 1VZUA 1A8DA 3ZXGA 1SR4A 1ZJ2A 2X5ZA 1JT3A 4Z8SB 1EVTA 5C4DA 2JCLA 2FDBM 1AVWB 2JCOA 4FVVA 2VS4A 5DDVA 4NALA 4G3QA 1ISWA 2Y9FA 4CJBA 1ZCUA 3ILAA 2P6WA 3O49A 4G3SA 4GBPA 1J0SA 1I52A 4Y7UA 2NVHA 4JKXB 1AFCA 3FJEA 3WMUA 1W55A 1GX4A 2FYBA 5CQOA 3U0XA 3IOJA 8I1BA 3PKQA 4DCKC 3N7JA 4Y62A 3OC9A 3CU0A 2AH9A 3AH4A 4I0YA 1H5TA 3OBTA 3I0KA 3IOIA 3CA0A 3VSFA 2K43A 1LVWA 1MP4A 1R82A 1ZIZA 3V0BA 3CKNA 4GAIA 1FGAA 4Z9WB 5CQLX 3ZGGA 2FYAA 3F1YA 4HO3A 3FJAA 4ZKTB 2RJ7A 2V0LA 3EE5A 1YF8B 2ZQNA 2KLLA 3AH1A 3ZF8A 3JUTA 1Z90A 2P73A 3SPTA 4R6UB 3H6RA 1V6UA 2Y9WC 2I1BA 4I3NA 1JT4A 4USOA 1G9CA 4D0ZA 1L2HA 3FJFA 4ZFUB 1G0RA 4JKQA 3WINA 3N7KA 1O7OA 1SZ6B 5CMIA 3TC2A 1GX0A 2UX8A 1JV1A 4KC2A 4D11C 1W3FA 1DZCA 4OEFA 1IT0A 3F1CA 1M16A 4B4BA 2FGFA 5C1LA 4P0KA 4ZLBB 1TW5A 3NGWA 3V8ZA 2RITA 2IWTB 2Y6PA 4G87A 4DE7A 1PZZA 3EF2A 3HSMA 1Z2VA 5DZUA 1EYLA 2KI4A 4IHZA 3OH0A 2D0JA 4B2WA 5FV9A 2YUGA 3SX8A 2V0HA 1WVCA 2ZU9A 3BX1C 5AJOA 3E25A 4M28A 3O4BA 3I0JA 3K8DA 3U2XA 1NUNA 4FRBA 1NQIB 1Z0HA 1HWOB 5C4FA 1V82A 5FTVA 5CQMX 4HA2A 1WBCA 3I0GA 1FN0A 1TIEA 2VUAA 4C2SA 4CJCA 5AJNA 1HWPB 3UD9A 2RJ6A 1AVAC 4B4GA 3CU1B 2RJ1A 2WAWA 4LO2A 3ZC9A 2WVMA 2RJ4A 1FWVA 1EPWA 3V0AB 3V8YA 5IDTA 2LIEA 1JT5A 2GGQA 5F8WA 4I6IA 2WRYA 3I0LA 2ZQOA 1VH1A 1BFCA 2KH2A 4ARWA 3UJ4A 4J2YA 3W9TA 1W77A 1S0LA 1PUUB 3FJDA 2A8WA 3CGXA 3ZLKA 1ZI4A 4QC4A 2X5SA 1ILR1 3IM6A 3Q7WA 4EFQA 3SX3A 5HS2A 4DDZA 2A8UA 1MC3A 1FZWA 4KPZA 3QR5A 4Y6NA 5D63A 2RJ5A 4B42A 3FJJA 1S0DA 2D43A 3T7NA 4X3AA 5JLVA 2P23A 1AF9A 5JMCA 2DRYA 2X2TA 3ZX7A 4JP0A 3O3QA 3NJ5A 2F8XC 1WT2A 4HCQA 3RMWA 1R8NA 5AJPA 4G6MA 3FUQA 1W57A 3LW6A 4B2XA 1LZ7A 4GOYA 2DRZA 2RQ9A 5DUYA 3P6IA 5FU0A 5J49A 4A7YA 3FUOA 4I4PA 3KMVA 3VT0A 1GQ9A 1NZKA 3FJHA 1RY7A 3FGMA 4AN6A 1IRPA 1FWYA 4P0JA 4IRPA 3PG0A 4HO6A 3O44A 1H5SC 1XYFA 3V0OA 2J3PA 5C3AA 3CA1A 2JCKA 3R4UA 4KC1A 5FNWA 1MP5A 1SS9A 5DSSB 5F8YA 5BXPA 7I1BA 2QYIB 5CMFX 2RG9B 2WEEA 3Q7XA 4Y7FA 4ASJA 3USRA 1JY0A 5HPZA 4QO3A 3OKRA 4HO0A 1V84A 3VSZA 3WO2A 1DQGA 3OGFA 5EC5A 1DFCA 4I4QA 4ZA3B 2GGOA 4KQLA 1FR8A 1O7QA 1H5TB 3O3PA 5C3DA 1HM8A 1LL2A 4KT7A 2HW9A 5C48A 4QBVA 1Q04A 1JLXA 1JTCA 1FV3A 3HL3A 2PGYA 1UPSA 1ZI1A 3OH3A 3CA6A 1G82A 2F2FA 4I2SA 1HCEA 3CKOA 1H4CA 5BOWA 1QGSA 5D61A 2BEAA 1V6WA 1LZJA 1BASA 2VSEA 4FRQA 2ZR1B 1FO8A 2AECA 3NBCA 4LO0C 2I7BA 1M2TB 1H7FA 1G8OA 3SXGA 4GP3A 3POKA 1DZDA 3SXCA 3ZLLA 4GAFA 4X37A 2AQZA 3C9ZA 3LLPA 1FXJA 4ZFYB 3HALA 4KRVA 4I4VA 2O1FA 1VH3A 2XWNA 3ZXDA 5FNXA 1BFBA 2V0JA 3RTJB 1TVYA 2OEGA 4OEEA 1AVUA 1ISXA 4IONA 2PGVA 2XMEA 4Y64A 2VXLA 3MPPG 3U2VA 2AGDA 1FGXA 3D8VA 1GGPB 1R7TA 4ASYA 4LW3A 3VT2A 3SXAA 3FJKA 4IYBA 3UJ0A 5C1GA 4HO2A 3U2TA 1MP3A 1ISVA 3JRRA 2RIXA 4XFTA 3OJVA 4FRDA 1QXMA 2AESA 4I4UA 3OH1A 4Q9GA 1ZJPA 2AE7A 3Q7UA 2YESA 1HKNA 2D23A 5JQQA 2BO6A 4QD2B 4E1KA 5I1FA 3MALA 3O4AA 1ZI3A 1MC9A 4KNRA 4ZDQA 5IFYA 2NXVA 2GO2A 1ITBA 2IHOA 5FZYA 3AH2A 2APCA 2DS0A 2KI6B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4YOLA 1OMZA 1XZ6A 3IAGC 2Y4LA 5L6VA 3SX7A 1GWVA 3VUOA 3ZGFA 4GP0A 4G9NA 5EJ1A 1HIBA 3CA3A 5EHAA 3K8EA 4EB2B 4HOCA 2MZBA 2ET2A 3D7WB 2UUSA 1G97A 2VSIA 1W3GA 2X60A 2X65A 4KEJA 4AAWA 4BMAA 5B2HA 3PMEA 4L4IA 2VLCA 1HV9A 1WD3A 4QD2C 3RMXA 3WO3A 3A23A 3N7MA 2YCMA 3AZVA 1HM0A 4USPA 1H7LA 4HO4A 2QH5A 1TOOA 1WT3A 4LO2C 2AAIB 4BQHA 3F1RA 1H5RB 3T8SA 2YQSA 1XHBA 4MNDA 3IM7A 3Q7YA 3OH4A 3I0DA 4Q91A 1ON6A 1N4KA 3H6QA 2Q3NB 2Z48A 3AJ6A 4LO3A 4M4KA 1FG5N 5D91A 1S0FA 2GZBA 3HBWA 1ZJ1A 2RIYA 4EEAA 2LIQA 1CVSA 2D44A 3P6JA 5FZZA 1QGQA 1VPAA 1BA7A 3CRIA 2WGZA 4IY8A 3V0LA 4HJJA 1NMMB 1VZTA 4AC3A 4OWKA 4I4YA 3RTIB 4GOVA 2ERMA 2C0NA 3FWWA 5C49A 3I0IX 2BO8A 1MD6A 1YYNA 1YP4A 1YBIA 3O5WB 3WMVA 4G9MA 3VT1A 3OH2A 4I4RA 3CKQA 4B4MA 1FOAA 1OMXA 3PUBA 1INJA 3BAQA 1DFQA 4HG6A 3NBEA 4Y6UA 4QKRA 3BAUA 3I2XA 3Q4SA 5FU8A 3ST8A 1JT7A 3BCVA 3E8LC 1H7EA 1JV3A 1IIMA 3BTAA 3N0KA 2WE9A 1G9RA 3I29B 4TLPA 1H5RA 4ISRA 4A7ZA 1BLAA 4HR6C 2VS3A 4OUJA 2RJ8A 3IIRA 4IRQA 3I0HA 2RIZA 1EZIA 3OGGA 2Q9XA 3RSBA 3POLA 1HJJA 3PKPA 3V0NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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