2D7IA

Crystal structure of pp-galnac-t10 with udp, galnac and mn2+
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
536
structure length
536
Chain Sequence
GQKLKDWHDKEAIRRDAQRVGNGEQGRPYPMTDAERVDQAYRENGFNIYVSDKISLNRSLPDIRHPNCNSKRYLETLPNTSIIIPFHNEGWSSLLRTVHSVLNRSPPELVAEIVLVDDFSDREHLKKPLEDYMALFPSVRILRTKKREGLIRTRMLGASVATGDVITFLDSHCEANVNWLPPLLDRIARNRKTIVCPMIDVIDHDDFRYETQAGDAMRGAFDWEMYYKRIPIPPELQKADPSDPFESPVMAGGLFAVDRKWFWELGGYDPGLEIWGGEQYEISFKVWMCGGRMEDIPCSRVGHIYRKYVPYKVPAGVSLARNLKRVAEVWMDEYAEYIYQRRPEYRHLSAGDVAVQKKLRSSLNCKSFKWFMTKIAWDLPKFYPPVEPPAAAWGEIRNVGTGLCADTKHGALGSPLRLEGCVRGRGEAAWNNMQVFTFTWREDIRPGDPQHTKKFCFDAISHTSPVTLYDCHSMKGNQLWKYRKDKTLYHPVSGSCMDCSESDHRIFMNTCNPSSLTQQWLFEHTNSTVLEKFNRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural basis of carbohydrate transfer activity by human UDP-GalNAc: polypeptide alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase (pp-GalNAc-T10)
pubmed doi rcsb
molecule keywords Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 157
structure length 536
sequence length 536
ec nomenclature ec 2.4.1.41: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase.
pdb deposition date 2005-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00535 Glycos_transf_2 Glycosyl transferase family 2
A PF00652 Ricin_B_lectin Ricin-type beta-trefoil lectin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 2d7iA02
3.90.550.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A 2d7iA01
5BP5A 1I52A 2ET2A 3V0LA 5EG6C 1QQLA 1SR4C 2HWMA 4J23B 4Q91A 4ZOTA 4YOLA 3SX3A 2WGZA 3IOIA 4DEPA 5GAQA 7I1BA 1G9DA 1FO8A 2WVLA 1R7TA 4K6RA 3AH4A 1JT7A 5JMCA 4M4KA 4ARWA 1HWNB 2Q3NB 1ZDFA 4MNDA 1FQ9A 4A7YA 1S0EA 3I0EA 5FZYA 4CJBA 3V0MA 5AJPA 2NTDA 4FRLA 3PMEA 3CA3A 1JLXA 1W57A 1G23A 2APCA 5C8RA 4NAKA 3I2AA 4II0A 3V0AA 4LO2C 3I0HA 3V0BA 3FJFA 3WINC 1RY7A 4KC2A 4P02A 3T8SA 4ZFYB 4M2AA 3SX7A 1S4PA 1F31A 4I4RA 1AVXB 3I29B 2VU9A 5JLVA 4JKQA 3UJ0A 3I2XA 4I6IA 2QN4A 1R7UA 3FJIA 4NAIA 1ZHJA 4I4VA 1DQOA 4X39A 4KC4A 3Q7WA 1EVTA 4ZLBB 2VSIA 1SR4A 2DRYA 4ZBVB 3I0LA 3V0PA 3CU1B 1JT4A 1V6WA 2ICXA 5AJOA 3I0GA 1QGQA 1Q04A 3BAUA 3K8EA 5D61A 2OI6A 4GP3A 4HO4A 1GX4A 5C36A 1ZI1A 1ISZA 3ZXDA 3KIAA 2YQJA 5EJ1A 5BQUC 3O5WB 1LVWA 3CKQA 3ILAA 4MYBA 3O4CA 1H5SD 1VH3A 4G3SA 4NANA 3FJHA 1IOBA 3U2UA 4BMAA 4OW4A 3OGZA 4I1BA 3WINA 2VXRA 2RITA 4EFPA 3AZVA 4FROA 4KPZA 3DUVA 2KI4A 3PUBA 3AZWA 4LW6A 4FCUA 4JKXB 3H6QA 5FTSA 1ISWA 4IY9A 4G1RA 1YF8B 3BA5A 4J2KA 5DZUA 2RJ4A 2NVHA 2Y9XE 3AKFA 1EV2A 1FGGA 3O4AA 2XMEA 5DUYA 3P53A 4HOCA 3U0XA 1G9BA 1QG8A 3T7OA 4ZGRB 1H5RB 1ZCVA 3S8JA 1ZI5A 3PG0A 1EPWA 3HOMA 3N7LA 3V8ZA 4EEAA 2HZ9A 1T4QA 4G3PA 2AH9A 1DFCA 5BXPA 4E1KA 1O0RA 2AM3A 5DDTA 2ERMA 3SXEA 4ZA3B 4B2WA 4AN7B 2BFHA 1ZJ0A 2V0IA 3U2VA 4FRPA 4ZKTB 1E5KA 1R7YA 3OGFA 1RG8A 1GWVA 4FRHA 3D5NA 1LL2A 4KEJA 5C3DA 4IONA 4QC4A 1HM8A 1VGZA 4PC4A 4GBPA 5G00A 1O7QA 3ZX7A 5CMFX 4YS8A 2DREA 1TWMA 1EYRA 1FRWA 3CA5A 1R81A 3S8KA 1BLDA 1G9AA 1O23B 2RJ6A 1HWMB 4I96A 3T7NA 2UX8A 3RMWA 1OMXA 3CKJA 1H7QA 4EEGA 4Y7FA 1ZI3A 3DJ4A 1G9CA 2RJ9A 2VXTI 2X5SA 2NZ9A 2RG9B 5CQOA 5C4CA 1NMMB 2F8XC 1S4NA 5CMHA 1AVWB 3FJEA 3D7WB 4LO8B 2Z87A 2JCJA 2ICYA 4I7IA 4J18A 5CQMX 1H5RA 3I0IX 1R8NA 4FREA 3VT2A 3A21A 4AC3A 2P6WA 3CU0A 2Y4MA 1H7EA 2YC3A 3BAQA 3F1RA 31BIA 2OI5A 1ZJ3A 2CU2A 4M2BA 1FMZA 4GOVA 4P6AA 3SXGA 3U2TA 3BCVA 5C1LA 4GAIA 5CMJA 3BA4A 4JQ0A 1S0LA 1V83A 3RSBA 2ZQNA 1ONKB 3SX5A 4QBCA 5DVHA 1YP3A 1TP0A 4ASYA 3FFZA 4KBBA 1K5VA 3P6IA 1BARA 1T9FA 5B2HA 1FR9A 1SS9A 4HO8A 1JVDA 1JV3A 2Q9XA 1GQCA 2BEAA 4AN6A 3RTIB 2A8WA 1FV3A 4HO3A 4LW3A 2K8RA 1S0FA 1G9RA 2YQSA 4HG6A 5FV9A 5IFYA 9ILBA 1AF9A 2YCMA 3FJKA 4I4XA 1EZIA 4NALA 1ZJPA 3BRDA 4X3AA 1G0RA 2D0JA 1IIMA 2M49A 1S0BA 2VS3A 3F62B 4EKXB 2VSHA 1ISXA 1R80A 4KC1A 1S0DA 4KRVA 4KC3A 4XWIA 3VSZA 4CJMA 4B4MA 4KXOA 4Y62A 4DDZA 3KMVA 2W0VA 3V0QA 4JISA 3ZGFA 3V90A 5I1BA 4ZFWB 1H7TA 3A23A 1ON6A 1XZZA 2FDBM 4LO0C 5BVPI 1W77A 4JPZA 4JP0A 1WT3A 4HCQA 4ZFUB 4EE5A 4KPXA 4LO3C 5C4DA 3N7KA 3O49A 3Q7UA 4QD2C 1WD4A 2RIXA 1S4OA 1HWPB 2AXMA 3CA4A 3CA1A 4I0YA 4OUJA 1HWOB 2P72A 2XWNA 3OJ2A 3CRIA 4D8HA 1ZIZA 4IZXA 2NXVA 3SXAA 2AFGA 2FO1A 1LL3A 4KNXA 1R8OA 4ECMA 3HALA 1XG6A 2JCKA 3VSFA 2D1ZA 1IT0A 2BO7A 3SXDA 2ZQOA 1Q03A 1YBIA 1V6UA 2GZBA 4IQPA 3RSJA 1FXOA 3AKGA 1H7HA 1WT0A 2OEGA 3JUKA 4FRAA 1IRAX 1TW1A 4KQLA 3BX1C 21BIA 4P0JA 1Z0HA 1M2TB 3P6JA 3QYDA 4JAWA 5FNXA 5BOWA 1IHKA 1FO9A 1HJJA 2I5EA 4LO0A 1V6XA 4XFSA 1H5TB 3E8LC 1II4A 2AQZA 1FWUA 4LO3A 4KT7A 4I37A 1R7XA 3QVBA 1BA7A 4Y64A 4BQHA 3USQA 3Q7XA 3ST8A 3CA6A 2O1HA 5C3AA 1BLAA 4FGFA 4F34A 2D23A 1VGTA 1G1LA 2YQCA 3V8YA 3V0OA 4HO0A 1INJA 1WBAA 1XZ6A 2RJ8A 1ISVA 5D63A 1PZZA 4CVHA 1JT3A 3Q7YA 2GGOA 2GO2A 1BFGA 1ITBA 3FJJA 2Y4JA 2FYCB 4DECA 1BFCA 3MPPG 4HA2A 1IRPA 4Y6NA 2AGDA 1PZTA 1FN0A 1PUMB 2KH2A 3WO2A 2PGVA 4G87A 4AAWA 1KWSA 3OGGA 3SX8A 2LIEA 1QWJA 3IOHA 1AXMA 1PWAA 1ZI4A 2A8UA 4AYLA 3OAMA 1LL0A 1TFMB 4OEEA 1AVUA 4A7KA 3O3QA 1YTOA 2YQHA 4FRBA 1H4EA 1INIA 4TLPA 3ZLKA 3V91A 3FGMA 1OQLB 1NF5B 3ZC8A 4X38A 2BO4A 1V82A 3BADA 3PNNA 1H5TA 3W9TA 2RSTA 2Y6PA 1DLLA 4QKSA 4XFUA 1H7LA 1XYFA 1HCDA 1GA8A 1LZIA 1BFFA 4WBCA 2J3PA 5BXRA 5JQQA 1VM8A 1JV1A 1MC3A 1ZJ1A 4OEGA 1VPAA 1ZCYA 2MC2A 2AE7A 2NYYA 2I7BA 4B4BA 3WO3A 5BXTA 3OH0A 3CKNA 5AJNA 5IDSA 3RTJB 2Z49A 4I4OA 4XFTA 1QGSA 5FTVA 3USRA 4C2SA 1XHBA 4LO7B 4Z8SB 2OI7A 2XWLA 3ZLLA 5FNWA 3N7MA 2VSEA 3LTQA 3V0NA 3U2XA 1H5SB 3CRHA 2XWMA 1VCLA 4G6MA 2QH5A 5FUHA 3EF2A 1V6VA 1ZCTA 1RMLA 1MP5A 1K4VA 4L41C 2ZR1B 5FZUA 3UD8A 3HMYA 4OWJA 4QKRA 2QGIA 2P73A 2WVKA 4G3QA 1W3GA 2UUSA 5F90A 1JQZA 5FZZA 1R7VA 2D20A 4ISRA 3H6RB 2R9KB 4HR6C 1TOOA 2F2FA 1PC8B 3WA1A 1ZJOA 2QKXA 3OH4A 5FU8A 3NBCA 5HPZA 2Y9WC 3GUEA 3TZTA 1Q1UA 3BRFA 1VZUA 1L2HA 1WT1A 4M28A 1IJTA 4HO9A 2K4AB 2VLCA 2VXMA 3POLA 4I2SA 1TTUA 1GX0A 2FFVA 1K5UA 3UD9A 4QO3A 4I1EA 1VGWA 3R2WA 5CMGX 2MLLB 2E3DA 2QYIB 4P0KA 5CQPA 4B5BA 1MP3A 3BAOA 3BRKX 4J2YA 1RZOB 1N4KA 1HCEA 3N9WA 4B3UA 4P0LA 3ZC9A 41BIA 2PX7A 4KEKA 1OMZA 2RJ0A 4AYJA 2AAIB 2XOAA 3IM6A 1FMMS 4F83A 1HM0A 4EEEB 1H5SA 3OJMA 2FY7A 2O1FA 3B9UA 3LLPA 4USOA 5DSSB 1YROB 1WBCA 3I0CA 4B2XA 3CQAA 3TC2A 3VT0A 3O44A 2AECA 3JTJA 4ZDQA 5DDVA 3O4BA 4P00A 3CRGA 1LZJA 1G95A 4I4UA 3N0KA 3O3PA 2D24A 1S0CA 1VZXA 1TIEA 3Q4SA 3OH2A 5C48A 3H6RA 4EVWA 1BASA 1WD3A 3K1XA 1YP4A 4G6JA 1G2VA 2I5KA 2YC5A 3T7MA 2D44A 4FVVA 3UDAA 3E25A 4D0TA 3CKVA 2P39A 2ZU7A 1DFQA 2D7RA 3PHZA 6I1BA 3V0BB 1IILA 2P23A 5CMIA 1MD6A 2E4MA 4Y7VA 3FJ9A 3RMYA 3WMVA 8I1BA 3V79C 3VUOA 4EE4A 1W3AA 3FJCA 4LO1C 1TVYA 1Z90A 5C4BA 1JY0A 3BAHA 5C38A 3R4UA 1I1BA 1CE7B 5HS2A 1I1EA 3IIRA 2MZBA 2HWAA 1VGUA 3I0JA 1VZTA 2OEFA 3A22A 3RMXA 1W55A 2X60A 2ZU8A 1J0SA 2RQ9A 2DRZA 1GQ9A 1JTCA 1O7OA 4I4PA 4I8MA 2BO8A 4UEGA 4B4GA 4CJCA 1AVAC 2YESA 1YYNA 4OWKA 4EFQA 1VH1A 2FYDB 3IAGC 3F1CA 5F8YA 3OH1A 1ZDGA 4HO2A 1NUNA 3UD7A 2E8BA 2V0HA 5L6VA 3NBDA 2XMHA 2FYBA 4XKIA 5D62A 2Y4LA 2Z86A 5CQLX 3BB2A 1VICA 5CQNX 4GP0A 4LO1A 2Z48A 1AFCA 1YP2A 5IDTA 3I0DA 5C1HA 1TWEA 5L6SA 3CA0A 1ON8A 2AESA 1G93A 3NGWA 5FYEA 4OEFA 5EHAA 3C9ZA 1G8OA 1JVGA 5C49A 1Z2VA 2LIQA 2PGYA 1NQIB 4EE3A 2KLLA 4QALA 3I0KA 3O4OA 4EFRA 1FWYA 1FWVA 3PKQA 3CGXA 1FZWA 3BA7A 3VEQA 1WT2A 4Y7TA 5C1GA 4D48A 4D11C 1DZCA 3AKIA 3FUQA 4IYBA 1SZ6B 2X5ZA 2VD4A 2PA4A 1EYLA 1E0OA 5E24E 1DIWA 3BAVA 3FJ8A 1ABRB 1JLYA 2BEBA 3F1YA 4JD0A 1NZKA 2FFUA 4ENDA 1G3LA 4L4HA 1JYKA 1V84A 3CKOA 2VFZA 2KI6B 3IM5A 4LO2A 3R3IA 3DK5A 5C4EA 5I1FA 3UJ4A 4I4QA 2K43A 1H7GA 2WRYA 3N7JA 3BRGC 3ZF8A 2AM5A 2RIYA 3IOJA 3OJVA 4B42A 2F2FC 4HO6A 2DS0A 5C4FA 1GWWA 1JT5A 3R4SA 2WVMA 1G82A 1H7FA 3OBRA 1HIBA 1ILR1 4USPA 4D11A 5C47A 5F8WA 2O1GA 4JRAA 2VSAA 3I0FA 1QQKA 3VWCA 4KNRA 4Z9WB 1GGPB 3FJDA 2HW9A 1DZDA 1BFBA 4IHZA 3AJ5A 5BQUA 2NP0A 3JUJA 2D22A 1HKNA 4LO7C 1MP4A 1H4DA 4Y9XA 3E26A 1TZFA 4HO5A 3HBWA 3AJ6A 1DJSB 2Y9FA 3TQDA 2X2TA 3AKHA 4KEIA 1H5SC 1PUUB 2WEEA 2X2SA 4Y7GA 2V0JA 1G97A 1HM9A 2I1BA 1ZJ2A 3OH3A 3PKPA 4FCEA 3OBTA 4ISQA 1CVSA 1A8DA 2RJ5A 3EE5A 1P63A 3FUOA 4Y7UA 3SXCA 4Y63A 4Q9GA 1OQMB 2VXLA 3LW6A 1DQGA 2MIBA 4EEOA 4GAFA 5EJZA 2ZU9A 4H04A 4I4SA 4QBVA 1KNMA 2BO6A 2ESUA 5EC5A 4A7ZA 3SPTA 1D0HA 1UPSA 2IHOA 1NWGB 3FOQA 4CJ8A 5BXCA 3NJ5A 4HJJA 4G9NA 2RIZA 4L4IA 4R6UB 2L5XA 3IM7A 3SNVA 4DCKC 1FR8A 1LZ0A 2FYAA 2RJ7A 2WE9A 3FWWA 2KKIA 3WO4A 2GGQA 1WVCA 3MALA 2JCLA 2VS5A 4FQWA 3U0YA 1HV9A 1W3FA 4FRQA 2E4MC 4Y6UA 4EB2B 4R7PA 4ASJA 2WBCA 3ZXGA 1YXWA 1TW5A 3BAGA 2JCOA 4EEMA 1HJLA 2FGFA 2AM4A 2VUAA 4Q9PA 1FG5N 1R82A 1PZYB 5FU0A 3POKA 2WAWA 3FJBA 1Z4SA 2V0LA 1QXMA 4X37A 1IINA 4IZEA 1FOAA 3Q80A 2D43A 3NBNA 1JYLA 4D0ZA 2Y7AA 3JUTA 1FGAA 3U2WA 4I3NA 3A07A 4G9MA 1NHEB 5BP5C 1H4CA 3JRRA 5F8SA 3VT1A 2X65A 3D8VA 3WMUA 2Y9GA 3AH1A 2NM1A 5J49A 2RJ1A 3K8DA 2Q4JA 2IWTB 1MC9A 4J2SA 3V0AB 3RMVA 3HL3A 5BXSA 2YUGA 1FGXA 3D98A 3OKRA 1S0GA 4IRPA 1FXJA 3ZGGA 4IY8A 4IRQA 3HN1A 3BTAA 4GOYA 3QR5A 4FRDA 3H6SE 1ISYA 3SXBA 3AH2A 3CAHA 1FV2A 3NBEA 4J2XA 2Y4KA 2D7IA 1H3MA 2V0KA 2W0WA 5EIYA 1M16A 4OWLA 3FJAA 4I4YA 1NKHB 1ZCUA 2VS4A 1LZ7A 4FRMA 4QD2B 2DPWA 3O4DA 3OC9A 1WSZA 4DE7A 4H9WA 4DENA 5C3BA 3HSMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4I3N A;  3A07 A;  4G9M A;  1NHE B;  5BP5 C;  1H4C A;  3JRR A;  5F8S A;  3VT1 A;  2X65 A;  3D8V A;  3WMU A;  2Y9G A;  3AH1 A;  2NM1 A;  5J49 A;  2RJ1 A;  3K8D A;  2Q4J A;  2IWT B;  1MC9 A;  4J2S A;  3V0A B;  3RMV A;  3HL3 A;  5BXS A;  2YUG A;  1FGX A;  3D98 A;  3OKR A;  1S0G A;  4IRP A;  1FXJ A;  3ZGG A;  4IY8 A;  4IRQ A;  3HN1 A;  3BTA A;  4GOY A;  3QR5 A;  4FRD A;  3H6S E;  1ISY A;  3SXB A;  3AH2 A;  3CAH A;  1FV2 A;  3NBE A;  4J2X A;  2Y4K A;  2D7I A;  1H3M A;  2V0K A;  2W0W A;  5EIY A;  1M16 A;  4OWL A;  3FJA A;  4I4Y A;  1NKH B;  1ZCU A;  2VS4 A;  1LZ7 A;  4FRM A;  4QD2 B;  2DPW A;  3O4D A;  3OC9 A;  1WSZ A;  4DE7 A;  4H9W A;  4DEN A;  5C3B A;  3HSM A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5BP5 A;  1I52 A;  2ET2 A;  3V0L A;  5EG6 C;  1QQL A;  1SR4 C;  2HWM A;  4J23 B;  4Q91 A;  4ZOT A;  4YOL A;  3SX3 A;  2WGZ A;  3IOI A;  4DEP A;  5GAQ A;  7I1B A;  1G9D A;  1FO8 A;  2WVL A;  1R7T A;  4K6R A;  3AH4 A;  1JT7 A;  5JMC A;  4M4K A;  4ARW A;  1HWN B;  2Q3N B;  1ZDF A;  4MND A;  1FQ9 A;  4A7Y A;  1S0E A;  3I0E A;  5FZY A;  4CJB A;  3V0M A;  5AJP A;  2NTD A;  4FRL A;  3PME A;  3CA3 A;  1JLX A;  1W57 A;  1G23 A;  2APC A;  5C8R A;  4NAK A;  3I2A A;  4II0 A;  3V0A A;  4LO2 C;  3I0H A;  3V0B A;  3FJF A;  3WIN C;  1RY7 A;  4KC2 A;  4P02 A;  3T8S A;  4ZFY B;  4M2A A;  3SX7 A;  1S4P A;  1F31 A;  4I4R A;  1AVX B;  3I29 B;  2VU9 A;  5JLV A;  4JKQ A;  3UJ0 A;  3I2X A;  4I6I A;  2QN4 A;  1R7U A;  3FJI A;  4NAI A;  1ZHJ A;  4I4V A;  2J0A A;  1DQO A;  4X39 A;  4KC4 A;  3Q7W A;  1EVT A;  4ZLB B;  2VSI A;  1SR4 A;  2DRY A;  4ZBV B;  3I0L A;  3V0P A;  3CU1 B;  1JT4 A;  1V6W A;  2ICX A;  5AJO A;  3I0G A;  1QGQ A;  1Q04 A;  3BAU A;  3K8E A;  5D61 A;  2OI6 A;  4GP3 A;  4HO4 A;  1GX4 A;  5C36 A;  1ZI1 A; 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