3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule keywords 30kDa protein
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
4LO1A 4FGFA 1ISVA 4JAWA 4WBCA 1BASA 3CAHA 4P0KA 3W9TA 2Y9FA 3E8LC 4I4QA 3A23A 2FO1A 1BA7A 1ISXA 4P0JA 4CJMA 1AVAC 2BEAA 1G9DA 3FJAA 1FV2A 2I1BA 1S0EA 4I4PA 2YUGA 4XFUA 3Q7YA 1JQZA 3WO4A 4KEIA 2NZ9A 4HJJA 2IHOA 2IWTB 3A22A 3UJ4A 1S0BA 3BAOA 1MC9A 3OJ2A 4ENDA 3HOMA 4ZFYB 3O4OA 4OEFA 1J0SA 3QYDA 3POKA 2F2FC 1K5VA 1BLDA 3ZXGA 5EHAA 2XOAA 3VUOA 2P23A 3FGMA 4J2KA 3R4SA 2GO2A 5FZZA 3P53A 1UPSA 4ZOTA 3FJBA 5F90A 2ZQNA 1DFCA 4X3AA 3FJFA 2KH2A 4P6AA 2DRZA 5BP5C 4EFRA 3OJVA 4EFQA 4EEEB 4A7YA 4JKXB 3N0KA 4YOLA 1V6UA 5EC5A 2KLLA 2DS0A 3NBNA 1N4KA 1CVSA 3CA5A 2VXTI 1PUUB 4ZGRB 3FUOA 1TWMA 3V0BA 1PC8B 3PUBA 4IY9A 3FJKA 3PG0A 1V6VA 4KC3A 2M49A 3BX1C 1FWVA 2HWMA 3VEQA 2FFUA 5B2HA 4QKRA 4J2YA 8I1BA 1ONKB 2DRYA 4QBVA 3O5WB 1S0DA 2D43A 4QALA 1G82A 4ZA3B 1FWUA 1OQLB 1WD3A 2RSTA 2F2FA 3WINC 3RTJB 5JLVA 2AAIB 2NVHA 5EG6C 1ISYA 1II4A 1HCDA 3WO3A 3IAGC 3BAVA 3NJ5A 1AF9A 3PHZA 5DZUA 3UD7A 4OWKA 2LIEA 4AN6A 3KMVA 2BEBA 1PZZA 4G6JA 2AFGA 2AXMA 4PC4A 1F31A 1P63A 1RZOB 1EV2A 5BXSA 5BP5A 4QBCA 1S0GA 2Z48A 4A7ZA 6I1BA 3WMVA 2FFVA 3AKFA 3HBWA 2FGFA 4I1BA 1MD6A 2D23A 3VT2A 1Z0HA 4I4XA 3O4DA 1TIEA 3ZX7A 1PWAA 4I8MA 5HPZA 1TWEA 1S0LA 4I0YA 3CA1A 3FJ9A 2Y9WC 3JUTA 3QR5A 2X2SA 3VSZA 1WD4A 3Q7WA 3FFZA 1G9BA 4QD2B 3NBDA 3HMYA 3BAGA 1JTCA 4R6UB 4J23B 3SNVA 1R8OA 3IIRA 2X2TA 4G9NA 3S8JA 2ERMA 4I1EA 4TLPA 4DCKC 1FMMS 3FJEA 5FNXA 1ITBA 4QO3A 1IRAX 1JT7A 3NBEA 4XKIA 1GGPB 3WINA 3OGGA 1JY0A 1HWMB 4I4SA 4JRAA 1DJSB 1IJTA 3WO2A 1BFGA 4H9WA 4I7IA 2WBCA 1K5UA 1JT5A 4A7KA 5DSSB 4OUJA 3N7MA 1DIWA 3O49A 3ZC9A 2MLLB 3BAHA 2F8XC 2QYIB 3B9UA 1T9FA 4OWLA 1TOOA 3AZWA 4I6IA 4IZEA 1S0FA 7I1BA 3P6IA 4OEGA 1Z4SA 4GOVA 2MIBA 3CA4A 3BB2A 5FNWA 4I4YA 3O4BA 1QQLA 1ISWA 9ILBA 1V6WA 1G9AA 3WMUA 1M2TB 3HALA 2HWAA 3VWCA 4LO0C 1QXMA 3ILAA 1SR4C 4LO8B 1XHBA 1YF8B 1W3GA 3CA3A 1PUMB 5BQUC 1HWOB 2K8RA 3NBCA 1Q04A 4L4HA 4QD2C 1R8NA 1HKNA 3JRRA 3BRGC 1Q1UA 4DEPA 3AJ6A 4IYBA 1IT0A 1YXWA 1I1EA 5GAQA 1I1BA 2D1ZA 1Z2VA 1NZKA 4JKQA 3O44A 2DREA 4G1RA 3BA7A 3H6QA 4IQPA 5DVHA 3HN1A 4IZXA 3OJMA 5F8WA 2D7IA 3EF2A 2MC2A 2LIQA 3AJ5A 5DUYA 1AVXB 4J2SA 1AVWB 3N7LA 3FJCA 1BARA 3LLPA 3N7JA 2Q9XA 2L5XA 1XZZA 2NTDA 3IM6A 3OBTA 4IONA 3BA5A 3C9ZA 3BTAA 4FVVA 4GP3A 5JMCA 5BXPA 4LO2C 4USOA 1W3FA 2D22A 5F8YA 3ZXDA 3CA6A 3F1RA 3N7KA 1HCEA 3A21A 4Z8SB 4LO0A 3D7WB 2Y9XE 2RG9B 4JQ0A 1SR4A 2D7RA 3A07A 4D0TA 4J2XA 2E4MC 1HWPB 31BIA 5BQUA 3V0AB 4X39A 3S8KA 1JT3A 1BFBA 1IRPA 1FQ9A 1FN0A 3AKIA 4HA2A 1QQKA 3I2AA 3VT0A 4D8HA 5D61A 4EFPA 1IILA 2VUAA 1V6XA 1L2HA 1YTOA 1DZDA 4OEEA 4I4VA 3RTIB 3TC2A 4ZLBB 5G00A 1Q03A 1SZ6B 3AH4A 3UD9A 1BLAA 1M16A 1AXMA 1NUNA 4GOYA 3V79C 2VXRA 2R9KB 3Q7XA 3AH2A 4KBBA 4G9MA 1XYFA 3P6JA 2NP0A 4I37A 3ZC8A 3AKGA 4H04A 4I4RA 4ZBVB 4XFSA 4I96A 1A8DA 4D0ZA 1W3AA 3O4AA 4F34A 4LO2A 4USPA 2BFHA 3BRDA 1RMLA 4LO3C 4ZFUB 3I29B 1ISZA 1TFMB 2ESUA 1DQGA 4II0A 1IHKA 21BIA 2K4AB 5D63A 1EVTA 3BAUA 4AN7B 3RMYA 1D0HA 2VSEA 3AKHA 3VSFA 2NM1A 1RG8A 2E4MA 1FV3A 1YYNA 4GAFA 3VT1A 2HW9A 2Q3NB 2KKIA 2D24A 3CA0A 4Q91A 2RQ9A 2ET2A 5D62A 3FJHA 1JLYA 4GAIA 1WBCA 4KEKA 4OWJA 1XG6A 3O3QA 4HR6C 2J3PA 2VSAA 3FJIA 4EB2B 4L4IA 5I1BA 1CE7B 2KI4A 4QC4A 4I3NA 3RSJA 5FZYA 1TP0A 3R4UA 4X37A 2D44A 1TTUA 4Q9PA 3OGFA 3PMEA 1JLXA 2D20A 3AH1A 1KNMA 1DQOA 4I4UA 3RMXA 1DFQA 1BFFA 5F8SA 3CU1B 4IHZA 3MALA 3HSMA 2P39A 4OW4A 4DENA 1HIBA 1WBAA 4LO7B 3BRFA 3BADA 1E0OA 4KEJA 4P0LA 5BOWA 3FUQA 4LO3A 4IY8A 3H6RA 3V0BB 1RY7A 1JT4A 3T8SA 1FMZA 2AQZA 4G6MA 2GZBA 1AFCA 3CRHA 4LO1C 3H6SE 1YBIA 3H6RB 3K1XA 2QN4A 4JPZA 1IOBA 4XFTA 41BIA 3FJ8A 3FJJA 1EYLA 1T4QA 2HZ9A 5BVPI 4QKSA 1BFCA 3WA1A 2WRYA 3MPPG 3CRIA 3V0AA 4I4OA 4GP0A 1DLLA 3CQAA 4JP0A 1VCLA 3I2XA 1ILR1 4ISRA 3UD8A 4X38A 2FDBM 2UUSA 2Z49A 1AVUA 3O4CA 4F83A 3UDAA 3LTQA 3OBRA 4Q9GA 2K43A 2VLCA 4I2SA 4Z9WB 1G9CA 2Y9GA 1DZCA 1EPWA 3F62B 2ZQOA 1FGAA 1S0CA 3IM5A 5BXRA 1HWNB 1ABRB 3BA4A 3CRGA 2KI6B 5E24E 3BAQA 2ZR1B 3FJDA 4EKXB 2VU9A 4ISQA 3AZVA 2NYYA 5BXTA 5FZUA 4ZFWB 3IM7A 3UJ0A 4LO7C 4ZKTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LO1A 2LBFB 3P9CA 3OYMA 2DFFA 2YPRA 4FGFA 3DU5A 3QPHA 1ISVA 5DD4A 2P5LC 2EK5A 1IC8A 1BASA 1XGSA 3W9TA 4EJTA 4C3IJ 3HOUJ 5LRRA 4W97A 4B44A 4I4QA 4FETA 3HUGA 1FSHA 1P7IA 3QPTA 4ENNA 1NTCA 2BEOA 2R7SA 1A6QA 3HXLA 2DPDA 4RGXA 5L3DA 2VJJA 3OIOA 1WWXA 1FV2A 1KQ0A 2VXZA 3HRSA 4I4PA 3RKWA 3WO4A 1G59A 4KEIA 2NZ9A 3FBIB 5L3GA 4L9VA 3UJ4A 3ZMTA 3CC7I 1S0BA 2GZWA 1MC9A 2IS2A 4OEFA 1XDUA 3QPSA 3HEFA 1L0OC 3POKA 1LUJB 1QHHD 3A02A 3ZMDA 5JLWA 5EHAA 3VUOA 1JJ8C 2H6BA 3FGMA 3CC2I 3R4SA 1W0UA 5FZZA 1SFKA 2X6OA 4EEFG 2P7VB 2FBHA 1BM9A 1WHUA 2F48A 2Z99A 3QP5A 4EJVA 3W2WA 4ZZDA 1MNMC 5F90A 3BT9A 4ZC3A 1DFCA 3E7LA 2TDXA 1DGWY 2I5UA 3OJVA 4EFQA 4BNCA 1BJAA 4ETSA 4LG0A 3IAS2 4A5MA 4JKXB 1G4DA 4A7YA 2R4GA 2EA4A 4ITVA 3RPUA 2L7KA 4Y3OA 1PUFA 1LQ1A 1O3RA 2KLLA 5EC5A 2LR8A 2ELKA 2QKMB 3L2RA 3ZQGA 1QRYA 4ZGRB 1WJBA 3T8TA 2MSYA 1F4KA 3BP8A 3IAM2 4YFKF 2Q2EB 3GMEA 3VYSB 4IY9A 1AHDP 4F7ZA 1M16A 1WH7A 3PG0A 1J59A 2Z3YA 3P7NA 5B2HA 4QKRA 8I1BA 1Q1VA 4D7MA 3O5WB 1ZHFA 2PX9A 1K4SA 1GV2A 2V9VA 5IT9Z 2IP2A 2O5RA 2UV1A 3TQNA 1MH4A 2R7RA 1S0DA 2CW8A 2EIKH 1OYYA 2DFEA 2O03A 3D5SC 1Y0NA 3CDHA 4Q48A 4RDUA 5K5QA 1FWUA 3K4CA 2VJ4A 1OQLB 1W5TA 2RSTA 1RR8C 3AG4H 3DQVC 5E1ZB 1RRJA 2XC7A 2A6HF 2AAIB 1QZZA 1UHWA 1WVRA 4UVAA 2NVHA 2L54A 1K78A 3BAVA 3IAGC 4XOPA 3K70D 2K4JA 4RGSA 4O5VA 4MLOA 2K4BA 2L9VA 2LKSA 3CZ6A 3OYAA 1F31A 2RQPA 1P63A 2AFGA 4BJTA 1ETQA 5HDGA 1DPRA 5K1YA 4XQFA 3CF5F 4BJ6C 2E2JJ 1S0GA 2CW7A 4AIHA 2DLLA 1YYVA 1X1DA 2HTSA 3KP4A 1P92A 4E7IA 2HYGD 2HR3A 1WRJA 1TT0A 1Z0HA 4E7JA 3CCYA 1UFMA 4M73A 3SZTA 1U8RA 4GYIA 4L5IA 1PWAA 4I8MA 1TWEA 3CA1A 3SEZA 2OD5A 4J01A 3LQQA 3J80Z 2Y9WC 3ZMUA 4RB3C 3JUTA 3QR5A 2Y0SA 2MH2A 3VSZA 3LSTA 2DOFA 1WD4A 3EDPA 3ZQCA 3I58A 4KT5C 3I59A 4KYWA 4OMZA 1TC3C 4R8HA 2CJJA 4PFOA 1XMAA 4LIUA 3VDXA 4R6UB 5C3EJ 3SYTA 4HF0A 4YIRX 4XSZF 2X2TA 2EJRA 3IH2A 5FKMA 1VQKI 5FLVA 4I1EA 5JI6A 2QQ9A 1JKOC 2D1HA 3NEUA 3WU2C 2DW4A 3H5RA 1DJSB 1YS6A 2ICWG 2X6XA 1BFGA 2Y48A 1JKQC 3G1LA 1ETXA 3BG7A 3QOEA 4E7KA 1JT5A 4A7KA 2X1EA 4XRSA 3RZOJ 5DSSB 4OUJA 2DA3A 1LDDA 3O6BB 3Q0UA 4IJAA 1W4MA 3B9UA 2QVOA 1JI8A 2DOAA 5TRDA 2G0EA 3K4NA 3LSHA 4I6IA 2A5WA 2CH0A 1Y0UA 3I4NJ 4IZEA 3SXYA 2KT0A 2XPUA 1XTAA 3HM5A 5K7FA 1B1BA 1BIAA 3KETA 3HTSB 3K4LA 1E3HA 3G2BA 5KVRA 1Y56A 3F8CA 2JMWA 4FX0A 3V4GA 3TP3A 2Y9YA 4MQVA 1IXCA 4P9UA 1JGGA 3GTMJ 2UUZA 3BY6A 1BA5A 2NS7A 2R5YB 4LO0C 4CH7A 1QXMA 3IC7A 3ILAA 3IWZA 2HOAA 4LO8B 1YG2A 2G9WA 3I56I 3OSGA 1XHBA 2OPTA 5F27A 1GUUA 1I1GA 1WJDA 1W3GA 1WFXA 1O3SA 2XRNA 1HWOB 3CJRB 5DUKA 2TRTA 3V42A 1S9HA 2CUEA 4HQMA 3OIPA 1YJWI 3JRRA 1N75A 3ZQQA 4HPQA 3PSFA 3B02A 1QHGA 3FXUA 4I0AA 5K5RA 2ISZA 1YXWA 3HOWJ 1I1EA 5JFRA 1G2HA 5A2QK 4EM1A 2DK5A 2MLGA 2YX7A 3TKYA 3TOBA 3GFLA 4XLPF 3JRDA 1NZKA 1Z2VA 3JRIA 5J1RA 3P5JA 4CCJA 4G1RA 4GCVA 5H6QA 1Z7UA 3F6OA 3SDGA 1TQMA 2O8XA 3OJMA 1FLIA 2D7IA 3TMOA 1OKRA 3DTEA 3EF2A 2EBIA 5DUYA 1AVWB 3I4PA 2JA8J 1BARA 1SAUA 2YSRA 4JX6A 4LFUA 4XRFA 2VN2A 4PJLA 2OQGA 2R7QA 4IHXA 4TV7A 3ZQIA 4GP3A 3K9TA 1CF7A 4XLFA 2WTEA 4EV0A 2NNNA 1W3FA 4LD5A 2D22A 3L2VA 3BZ6A 4S04A 1YOVB 3ESWB 3AKZA 3U9GA 1ZQ3P 4ENMA 2UWMA 3K1NA 2EFOA 4BY7J 2WC2A 1LVKA 3DU6A 2KIFA 5JR3A 3WTVC 4KFCA 1VQ5I 2Y9XE 1R1UA 5KHDA 1E0EA 1U3EM 1ETVA 4EGYA 5J6XA 4UVCA 5IYCJ 5J1YA 5GAEJ 4E6KG 3C2GA 3ISPA 3JTHA 1JGSA 2VLAA 5EZGA 2L01A 2ZMEB 4FTHA 2COMA 2M5WA 2BV6A 3M8JA 1VQLI 3H5AA 5D8KB 1FN0A 1YTYA 3BJAA 2FXAA 5HNFA 1LEAA 3KP5A 1S29A 2EZIA 4N4NB 3LMMA 1JUPA 5EYRA 2IBDA 2HVRA 5BQTA 1WJAA 2Q1ZB 2VUAA 3WHCA 4OOIA 5E3MA 4UY8I 4I4VA 4A3JJ 1BR4A 4M3EA 4OINF 1E3OC 2QSHX 4E70A 5DCMB 5JVTA 1FOWA 3ERED 4HG2A 4M9XA 1BLAA 3IRRA 4GDFA 1XMKA 1MBGA 1NUNA 5FRNA 4F52A 1GVJA 3F3XA 4M6YA 1Y39A 2FBIA 3FXQA 4HLXA 2R9KB 2BVMA 4MHGA 4ENJA 3PJRA 3CUQC 4NQWB 3P9KA 4M6XA 3P6JA 3ZQ7A 2BW3B 4H04A 4OIRF 5F1RA 3IUOA 4B43A 4CYCB 3PO2J 2UXXA 2WV0A 1QO0D 4M3GA 1MD0A 1A8DA 3BTLA 2AO9A 4II3A 3GEZA 4CUGA 2XUBA 1W3AA 1BR1A 1OYIA 2XF5A 5BOXA 2YS9A 3E5QA 2ZFWA 3E6CC 2XRLA 1D8JA 3BRDA 4MQ9F 1RMLA 2JPCA 4LO3C 3I29B 1QNTA 1ISZA 4II0A 4XLHA 4OU0A 1OCRH 1IHKA 4AN7B 3DPLC 3HPHA 2DN0A 4ANJA 5L3BA 2NRAC 3RMYA 1AU7A 1X19A 2BY2A 1PDNC 4FHTA 3S2DJ 1OYWA 1FV3A 3Q0WA 3D5RC 4YELA 3QWLA 3CCQI 1K4TA 4GFBA 1YYNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LO1 A;  2LBF B;  3P9C A;  3OYM A;  2DFF A;  2YPR A;  4FGF A;  3DU5 A;  3QPH A;  1ISV A;  5DD4 A;  2P5L C;  2EK5 A;  1IC8 A;  1BAS A;  1XGS A;  3W9T A;  4EJT A;  4C3I J;  3HOU J;  5LRR A;  4W97 A;  4B44 A;  4I4Q A;  4FET A;  3HUG A;  1FSH A;  1P7I A;  3QPT A;  4ENN A;  1NTC A;  2BEO A;  2R7S A;  1A6Q A;  3HXL A;  2DPD A;  4RGX A;  5L3D A;  2VJJ A;  3OIO A;  1WWX A;  1FV2 A;  1KQ0 A;  2VXZ A;  3HRS A;  4I4P A;  3RKW A;  3WO4 A;  1G59 A;  4KEI A;  2NZ9 A;  3FBI B;  5L3G A;  4L9V A;  3UJ4 A;  3ZMT A;  3CC7 I;  1S0B A;  2GZW A;  1MC9 A;  2IS2 A;  4OEF A;  1XDU A;  3QPS A;  3HEF A;  1L0O C;  3POK A;  1LUJ B;  1QHH D;  3A02 A;  3ZMD A;  5JLW A;  5EHA A;  3VUO A;  1JJ8 C;  2H6B A;  3FGM A;  3CC2 I;  3R4S A;  1W0U A;  5FZZ A;  1SFK A;  2X6O A;  4EEF G;  2P7V B;  2FBH A;  1BM9 A;  1WHU A;  2F48 A;  2Z99 A;  3QP5 A;  4EJV A;  3W2W A;  4ZZD A;  1MNM C;  5F90 A;  3BT9 A;  4ZC3 A;  1DFC A;  3E7L A;  2TDX A;  1DGW Y;  2I5U A;  3OJV A;  4EFQ A;  4BNC A;  1BJA A;  4ETS A;  4LG0 A;  3IAS 2;  4A5M A;  4JKX B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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