3PUBA

Crystal structure of the bombyx mori low molecular weight lipoprotein 7 (bmlp7)
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
VPNDILEEQLYNSIVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVHGNDGRLAFGDGKDKTSPKVSWKFIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNPNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDKDNLFYIYNREYSKALTLSRTLETSGNRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGVKAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the 30 K protein from the silkworm Bombyx mori reveals a new member of the beta-trefoil superfamily
pubmed doi rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Bombyx mori
molecule keywords 30kDa protein
total genus 76
structure length 235
sequence length 235
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-12-03
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2400 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 3pubA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 3pubA02
4KEIA 1DZCA 1JY0A 2DREA 3CA0A 1E0OA 2Z48A 3H6SE 3HBWA 1N4KA 1TTUA 2K43A 3CRHA 4JPZA 1G9DA 5DUYA 5D62A 1DLLA 1IRPA 2BEAA 4QD2B 3FJKA 1SR4A 3BA4A 4I4SA 1CVSA 1CE7B 4J2KA 1ISVA 2YUGA 1ITBA 4OEFA 2KLLA 4WBCA 1Z2VA 3BRGC 4IHZA 1WBAA 2RSTA 1L2HA 3BAHA 3BADA 1NZKA 4I7IA 3PHZA 2J3PA 1SR4C 4X37A 2ERMA 1EV2A 4OW4A 1S0LA 3UDAA 3WO3A 4A7KA 3ZXDA 3S8KA 1ISXA 1OQLB 1S0DA 5EG6C 1BFBA 3P53A 5DSSB 1ISZA 4ZBVB 5BP5C 1JTCA 3HMYA 3BX1C 3AKIA 1SZ6B 1JLYA 3JRRA 1R8OA 3N7LA 3TC2A 4QO3A 1HKNA 3FJ9A 3H6RA 4I4OA 3UD7A 3UJ4A 3FJIA 3ILAA 3AJ6A 3UJ0A 3P6JA 1ABRB 2IHOA 4LO8B 4USPA 4ZKTB 3C9ZA 1IT0A 4Q91A 2HZ9A 2Y9XE 4YOLA 2D1ZA 1TFMB 1JT5A 1MD6A 4DCKC 3IM5A 3POKA 4JP0A 1JT3A 1M16A 1TWMA 1Z4SA 3WA1A 2RG9B 3FJFA 3VSFA 2D7RA 5BXRA 1UPSA 3A21A 2QN4A 4PC4A 1MC9A 5D61A 1FV3A 3UD9A 1BFFA 4G9NA 3QYDA 1YYNA 3VT0A 4X3AA 4EEEB 1RMLA 4USOA 4HA2A 4D0ZA 2ZQNA 2D24A 4H9WA 4GOYA 2AQZA 2Q3NB 3AKGA 1IOBA 4X39A 3Q7XA 3MPPG 4LO3A 4AN6A 3IM7A 2HWMA 3LLPA 4IQPA 3AZWA 3AH1A 1AVXB 3I29B 4OWLA 5FZZA 3V0BA 4ZFYB 4IYBA 1FMMS 3FJJA 4I2SA 1S0EA 1DQOA 5GAQA 2D22A 4H04A 1IRAX 5BXSA 2MIBA 1S0FA 4G6JA 2NP0A 3HSMA 1EPWA 5FZYA 2GO2A 4D0TA 3CU1B 2VLCA 1QQLA 1Q1UA 2P23A 1AFCA 2NZ9A 5I1BA 2D20A 3E8LC 4QKSA 3ZX7A 4HR6C 1T9FA 3P6IA 4Z8SB 1HWMB 2D44A 4EFQA 4J2SA 3VT1A 1II4A 2LIQA 1WBCA 5DZUA 4QKRA 1XG6A 3CA5A 5F8SA 5BOWA 2X2TA 3AKHA 3PUBA 4IY9A 5G00A 1IHKA 1XYFA 1PUMB 3O4BA 4JRAA 1YBIA 2WRYA 4JKXB 3NJ5A 2KI6B 3LTQA 1BARA 3UD8A 1FWUA 3WMUA 4Q9GA 3OJMA 1V6XA 3RMXA 1M2TB 4I8MA 1QQKA 3HOMA 3O3QA 3V0AB 3CRGA 2E4MA 21BIA 2Y9FA 1JLXA 1DJSB 1PC8B 4I4QA 5D63A 5JMCA 31BIA 4OEEA 4L4HA 4J23B 1YTOA 3PG0A 2E4MC 4A7ZA 2DRZA 1FGAA 4Q9PA 1WD3A 5BVPI 2MLLB 4GP3A 4ZFUB 1AXMA 2HWAA 2F2FA 5BXTA 3I2AA 41BIA 4LO7B 1BASA 3OJVA 4P0LA 4I96A 4XKIA 2ZR1B 2FO1A 3KMVA 4I4UA 2F2FC 3O4CA 5FNWA 4R6UB 1HIBA 4OWJA 1JT4A 2LIEA 1V6VA 3OGFA 1IJTA 3D7WB 4KC3A 4ZOTA 3ZC9A 3IIRA 5EHAA 5BXPA 3RSJA 2Q9XA 3AJ5A 1G82A 2VXTI 4P0KA 3WMVA 3NBNA 1AF9A 2K4AB 4IONA 1I1EA 3ZC8A 4OWKA 2VSEA 3R4SA 3W9TA 1VCLA 3AKFA 3B9UA 2DRYA 1RY7A 3H6QA 4QBVA 2K8RA 4QD2C 3WINA 2L5XA 3A23A 3S8JA 1PUUB 1HCDA 3FJBA 2FGFA 4ENDA 4D8HA 1S0GA 2Z49A 3NBCA 4L4IA 4I4XA 4LO3C 2UUSA 3BAOA 1HWOB 3OJ2A 4I1BA 4I3NA 3O44A 1G9CA 2FFVA 3NBDA 2GZBA 4I1EA 4I6IA 4P0JA 5FZUA 2MC2A 3BA7A 4DENA 2WBCA 9ILBA 1W3GA 2AFGA 3OBRA 3BRFA 1FN0A 4DEPA 5F90A 1W3FA 1W3AA 3FGMA 3Q7YA 4ZLBB 4J2YA 1BFCA 3CAHA 1PZZA 4GOVA 4I0YA 1FQ9A 3FJDA 4XFTA 1AVUA 1BFGA 3T8SA 3FFZA 3SNVA 4Z9WB 3BAQA 2Y9WC 2R9KB 1PWAA 5F8YA 3VT2A 3H6RB 3IM6A 1HCEA 3CA1A 3NBEA 3ZXGA 2NVHA 1DZDA 4IZEA 2I1BA 2M49A 1G9BA 1ILR1 1IILA 1WD4A 1Z0HA 5HPZA 3I2XA 1FV2A 3F62B 3N0KA 4I37A 1ONKB 4LO1A 4KEJA 1T4QA 5B2HA 4G1RA 1DIWA 3O49A 2NTDA 1YXWA 4LO2A 2NYYA 1QXMA 1FMZA 1D0HA 3O4AA 2D43A 3VSZA 1G9AA 3CA4A 1Q03A 4HJJA 4KEKA 1I1BA 1HWPB 4LO1C 5FNXA 2DS0A 1J0SA 1EYLA 3AH4A 3FJEA 2VXRA 4KBBA 4F83A 1YF8B 5BQUA 4LO2C 2D7IA 4XFUA 2ET2A 5BP5A 2F8XC 3V0BB 2IWTB 2NM1A 3AZVA 4IY8A 1S0BA 2KI4A 2RQ9A 3QR5A 3PMEA 3N7JA 1BA7A 1DFCA 2ZQOA 2FFUA 3VEQA 1S0CA 4OEGA 1AVAC 5BQUC 4I4PA 1ISWA 1P63A 5E24E 5JLVA 3FJAA 1AVWB 2P39A 4J2XA 3HN1A 1GGPB 3BA5A 6I1BA 8I1BA 1V6UA 5DVHA 3BAVA 5EC5A 1K5UA 4XFSA 3EF2A 3O4OA 3RMYA 3N7MA 3V79C 1HWNB 2Y9GA 3BRDA 1K5VA 2D23A 1JT7A 4I4YA 1BLDA 4ZFWB 4QALA 3WO4A 3OBTA 2VSAA 4QBCA 2BFHA 1RZOB 4EKXB 2KH2A 2BEBA 3F1RA 1F31A 2ESUA 3BB2A 4F34A 3CA6A 3AH2A 2KKIA 4EFRA 4JQ0A 4I4VA 3A22A 1JQZA 2VU9A 2AAIB 1TIEA 2HW9A 4FVVA 4TLPA 3WO2A 4X38A 3FJ8A 4GAFA 3V0AA 3OGGA 4QC4A 3BAUA 1BLAA 4OUJA 4ZGRB 4ZA3B 3RTJB 1DQGA 3O4DA 3CA3A 3JUTA 4II0A 4FGFA 3A07A 1TWEA 4GAIA 4CJMA 3WINC 1DFQA 1FWVA 3Q7WA 3VUOA 1EVTA 4GP0A 3FJHA 1KNMA 3CRIA 3IAGC 4JKQA 2FDBM 1XZZA 4LO0A 4IZXA 3VWCA 2X2SA 3FJCA 4I4RA 1NUNA 2QYIB 3FUQA 4JAWA 3HALA 1Q04A 3R4UA 3K1XA 3BTAA 1V6WA 4ISQA 1TP0A 4EB2B 4AN7B 3CQAA 4G9MA 2AXMA 1A8DA 4EFPA 7I1BA 1RG8A 3BAGA 2VUAA 4ISRA 4G6MA 3N7KA 2XOAA 4LO0C 5F8WA 1XHBA 3RTIB 1R8NA 3FUOA 3MALA 4A7YA 1TOOA 3O5WB 4LO7C 4P6AA 1ISYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JPBA 2R93J 2G7UA 4F93B 3SEZA 4Y7NJ 4LG3A 4FE7A 3JAMK 1E0OA 1AOYA 1VF9A 3OIPA 3E3VA 3H6SE 4G7OF 4G8XA 1G9DA 1MGTA 2P8TA 3G3ZA 1YRNA 1XSDA 3DEUA 2NVTJ 1IRPA 2EH3A 3E6CC 3FJKA 2BW3A 1H8AC 2HTJA 3A02A 3HUGA 3TW7A 1CVSA 3C1DA 1BC7C 1ISVA 4AUXA 1ITBA 3IH3A 4XLHA 4OEFA 4N4OB 3BOQA 1CF7B 2PJRA 3AL0C 4WBCA 2R7WA 3G4SI 4XQFA 4KISA 5IYCJ 1WBAA 3BADA 2CFOA 2FUG2 3M1EA 4XLPF 3LWFA 1NZKA 4MFDA 1D5VA 1G3YA 2V9PA 1JKOC 4AVZA 4OW4A 1EH8A 4L18B 2ELJA 2TCTA 4I6ZA 6PAXA 3LSPA 4L9VA 2GBYA 1D8KA 3S14J 3F72A 4GO1A 3RPUA 4XLCA 1NK3P 2UWMA 5IT9Z 4IRHA 2XPWA 3DTIA 2E2JJ 3V8JA 2DMQA 5EG6C 5ICEA 1TBXA 3TEDA 5DD8A 3GLLA 4G12A 2MLGA 4QPOA 3KLNA 2JQ7A 2LTPA 2LF7A 4MEXF 3JRBA 3HGGA 1A35A 2JUGA 3TGNA 4ZJZA 1FX7A 2R7RA 1JE8A 3GCMA 5IOYA 3L7WA 2AQFA 3D5LA 4AC0A 1JLYA 4II2A 1IO2A 4A5NA 3N7LA 3TC2A 2KZVA 4NC8A 4U88A 2H8WA 3UD7A 3I5UA 2QQAA 4LO8B 3HEFA 2HKOA 3OYAA 5A2QK 4N4NB 3D5SC 4Q91A 2HZ9A 4OWRB 2Y9XE 2HYJA 2D1ZA 3W6VA 2P7CB 2WV1A 1XTAA 3K10A 3L9FA 4G94A 3A2KA 1UHWA 4ZH4F 5HS8A 4PGHA 2RG9B 1OCOH 5DCFA 1IJWC 1LEBA 3VSFA 4CCJA 3WE2A 3C3WA 2D7RA 4C9YA 2L7FP 2JMWA 2W57A 4PC4A 1A5JA 2XV4S 4HYEA 1LQ1A 5J1UA 2ZC2A 3RYRA 4XIDA 2XHKA 3DEEA 2XDVA 3M3YJ 2RAEA 3VYTB 2HS5A 3NARA 5KVRA 2HI3A 4JYKA 3WU1B 1BFFA 3QYDA 4AVPA 3VT0A 4X3AA 4EEEB 2WY8Q 1RMLA 2DA6A 4FCYA 4XR6A 1R58A 4B3XA 1N25A 5JHFA 1OKRA 2IS2A 5LEKA 1USTA 4X39A 4LO3A 2WC2A 4P9FA 1O4XA 4AN6A 3IM7A 2W84A 2ZXHA 3F3XA 3KFWX 5CQEA 2ZJQF 4I0AA 3WTZA 4F55A 4KNYA 3BTCA 3LLPA 3I29B 3LL7A 4M74A 4ZFYB 1YIJI 2FSWA 2Q2EA 1FMMS 1R4MB 2BY1A 3JSPA 1UG2A 3KP7A 4LMYA 4CCLA 4H04A 2E1OA 3HOZJ 1PUFA 2VKHA 3IAM2 2KRCA 3OMYA 3U1KA 4IZZA 1S0FA 4S05A 1TT0A 4G6DA 3JRDA 5F08A 2ZNZA 2BY2A 1Y8QB 1QQIA 3P7NA 2EFQA 2IS6A 2IA1A 2OZ6A 4W1UA 2YR2A 4RAGA 2KP6A 3DU6A 3WE3A 3BTJA 1WJFA 4XLEA 1VQ5I 2VLCA 4HA8A 2P23A 4RDUA 4L9NA 1G4DA 4X1EA 2NZ9A 1X4PA 1YIOA 2FX0A 4RAFA 1T9FA 4DZPA 4V2GA 2X1EA 5E1ZB 1F4KA 3P6IA 1HWMB 3N05A 4HZFA 4DYRA 4XN3A 4Z8SB 4U7DA 2LIQA 1WBCA 2DYRH 3H3ZA 4PJLA 2JRMA 2EFPA 2NOGA 3H36A 1JI8A 2HOAA 5DZUA 1WRJA 4QKRA 2BY3A 5F8SA 3K4MA 1ETXA 1HKSA 4FHTA 4RGSA 1ZR2A 2WWYA 2GLOA 2X2TA 5D8KB 4BGDA 3PIOF 1UJ8A 3BQZA 1EH6A 4L9JA 1MNEA 2KIFA 4IQ4A 1X3WB 2AQEA 3PNVA 1PUMB 4BYYA 2LC2A 1F36A 2IGNA 4JKXB 1IDYA 1FOWA 3LTQA 3ESWB 2CMPA 1XG1A 4D5CA 2E60A 1D1BA 2KRFA 5IOZA 1T8IA 3UD8A 3L2VA 3NEUA 9ANTA 5E3OA 1G8XA 3RMXA 1RR8C 2KFDA 3AG3H 2M4KA 4GYGA 4NHJA 3HOMA 3ERED 2XSJC 3V0AB 1BI3A 3RZOJ 3BZKA 2D2WA 2ZFUA 4NB5A 2LBFA 3M9AA 4RB0A 2L4AA 3DPLC 3ASOH 1FPQA 3H5AA 5AIQA 5D63A 3FXUA 2LVSA 2W82A 1U9OA 3KYCB 2W1OA 2DA1A 2ZJPF 4L4HA 3ZN1A 5IP6A 1QZYA 2HFHA 3PG0A 4XLAA 4A7ZA 4C2MJ 4WF2A 4B3AA 3TP3A 4I99C 4UUVA 1UZCA 5FKLA 4EM0B 1QZEA 3S8PA 4XM3A 3RKXA 4GP3A 3IRRA 2F2FA 5BXTA 1PUEE 4M3EA 4L5IA 3I2AA 3F21A 1SD4A 2KDOA 1ZGAA 4BAYA 3WTTC 4DIQA 2XF7A 1TWGJ 4ETSA 1SD5A 3PJRA 4IKFA 2MD5A 1SMTA 4P0LA 5L3EA 4RB2C 2E7XA 1TL8A 2FO1A 2CG4A 2DCEA 1Q1VA 3K2ZA 3KMVA 3JRHA 1IV6A 2R92J 4I4UA 3O4CA 4R6UB 1WZ2A 1P4XA 2CV0A 1V6VA 2Z33A 3LFUA 2HDDA 1HSJA 2V4JC 2BVLA 1W0TA 1IJTA 3D7WB 3WU2C 5EEAA 5E8GA 3W2WA 2ZFWA 1BR2A 4PFOA 2L7ZA 4IHWA 5EHAA 2DBBA 3BROA 3EQLF 3RSJA 5BXPA 5LHGA 3CC7I 1R5HA 4Y33A 1JHFA 3AL0B 2VXTI 4P0KA 3GYHX 4B1RA 3GFLA 5BPDA 2XAQA 1AF9A 1I1EA 1LJ9A 3OOUA 3NBNA 4EJOA 1ODDA 3LAJA 1JJ8C 2CQQA 3S3NA 3B9UA 3I64A 3QPHA 2DRYA 4NC7A 1VQLI 1FY7A 4JQFA 4QD2C 2IA0A 2GXGA 2D1HA 2Y9ZA 1IN6A 5HLHA 4UNOA 3S16J 1V4RA 4UV8A 1XGOA 2VJJA 2O9LA 2K9SA 1UG0A 2Z49A 3IKTA 3U1DA 2PG4A 3LA2A 2Y0SA 1FEXA 1ZKGA 2XPUA 5FFZA 3O44A 5L3FA 2FFVA 5K1YA 3ZXSA 2GZBA 4YIRX 4I1EA 2EINH 2FE3A 3SDBA 4I6IA 2MW8A 4P0JA 2E5ZA 3CDIA 5FZUA 1W3GA 3OYDA 2LH9A 3ROUA 3K1PA 1W36C 4ZLBB 3HOVJ 3R60A 4PFPA 4I0YA 3R61A 4XFTA 5BNGA 2W24A 2KZGA 3FFZA 1H0MA 1RI7A 2W00A 5GADJ 3ZQLA 1EH7A 1YW9A 3T8TA 2K9QA 1IAWA 3AKZA 4I2OA 3IM6A 2ICWG 1HCEA 3NBEA 3CJTB 2E2IJ 1I5ZA 3QOEA 1MH3A 5BQTA 1YYVA 4IRIA 4PGGA 1FIAA 1D1AA 2R7SA 4IZEA 2LYCA 2X0LA 1OYYA 1V5FA 5EGOB 1IILA 4PUSA 4HX8A 4E7SA 4I37A 3PNYA 4ZC3A 3QP5A 4LO1A 4A3CJ 1QPIA 1VQNI 2FMLA 1YXWA 2DMUA 1QGPA 2VBZA 1QXMA 4WXHA 4F7ZA 3O4AA 3E5UA 3LSKA 4ZYAA 5LGTA 2LREA 3MN2A 4I76A 1TQPA 1J75A 3HKZN 1ZLKA 2R7TA 2L5QA 3KEOA 4HEA2 5DCMB 4KFCA 1GXPA 1SAUA 4ITVA 4V2FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2JPB A;  2R93 J;  2G7U A;  4F93 B;  3SEZ A;  4Y7N J;  4LG3 A;  4FE7 A;  3JAM K;  1E0O A;  1AOY A;  1VF9 A;  3OIP A;  3E3V A;  3H6S E;  4G7O F;  4G8X A;  1G9D A;  1MGT A;  2P8T A;  3G3Z A;  1YRN A;  1XSD A;  3DEU A;  2NVT J;  1IRP A;  2EH3 A;  3E6C C;  3FJK A;  2BW3 A;  1H8A C;  2HTJ A;  3A02 A;  3HUG A;  3TW7 A;  1CVS A;  3C1D A;  1BC7 C;  1ISV A;  4AUX A;  1ITB A;  3IH3 A;  4XLH A;  4OEF A;  4N4O B;  3BOQ A;  1CF7 B;  2PJR A;  3AL0 C;  4WBC A;  2R7W A;  3G4S I;  4XQF A;  4KIS A;  5IYC J;  1WBA A;  3BAD A;  2CFO A;  2FUG 2;  3M1E A;  4XLP F;  3LWF A;  1NZK A;  4MFD A;  1D5V A;  1G3Y A;  2V9P A;  1JKO C;  4AVZ A;  4OW4 A;  1EH8 A;  4L18 B;  2ELJ A;  2TCT A;  4I6Z A;  6PAX A;  3LSP A;  4L9V A;  2GBY A;  1D8K A;  3S14 J;  3F72 A;  4GO1 A;  3RPU A;  4XLC A;  1NK3 P;  2UWM A;  5IT9 Z;  4IRH A;  2XPW A;  3DTI A;  2E2J J;  3V8J A;  2DMQ A;  5EG6 C;  5ICE A;  1TBX A;  3TED A;  5DD8 A;  3GLL A;  4G12 A;  2MLG A;  4QPO A;  3KLN A;  2JQ7 A;  2LTP A;  2LF7 A;  4MEX F;  3JRB A;  3HGG A;  1A35 A;  2JUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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