1G9BA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 1)
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9bA01
5H9PA 4AYUA 4I4XA 1ZKWA 1SCSA 4BMEA 2FPQA 4M3CB 1FWUA 3PVNA 4BMBA 3HALA 1UPSA 1BFGA 1VCLA 5H9RA 2PELA 3QW5A 1Z2VA 1B09A 1LU1A 5GZDA 1VAMA 5IT6A 4GKYA 5KXCA 4FPJA 5F8YA 1WW7A 1FMMS 5FZUA 2MLLB 2K43A 2ZGUA 1Q04A 4R9BA 3UJQA 2HZ9A 1E1HA 1LEDA 1ENQA 2G7QA 2UU8A 4XJWA 4Y22B 2FO1A 1V6MA 4XHXA 1R8OA 4Y1UA 4FPGA 2DVGA 4BM8A 4I7IA 3FLRA 3LCPA 3P6JA 4L4HA 3O44A 1WBAA 4FP3A 3PHZA 3RTJB 1AX2A 3CA1A 4XKIA 3V64A 1M2TB 1CPNA 4WVVA 3IIRA 1IHKA 8I1BA 1MS8A 4OWKA 2C9AA 4TYSA 1KQRA 2D7FA 4XXPA 4YZ5A 2A7AA 3PUBA 3ILNA 5IK4A 4Y1VA 1BLAA 1WW4A 3ZYPA 3CA4A 2E51A 1ZL6A 2WKKA 1VAVA 2LIQA 1CESA 2H0BA 1SZ6B 1IRPA 5GZGA 1F82A 1WLCA 1V6JA 1D0HA 3SH3A 1IKPA 1FX5A 3UD7A 4XMAA 1DHKB 1APNA 1WUVA 4AN7B 2CWSA 3OGFA 3VSFA 3Q7WA 4ZFWB 1CJPA 3AX4A 3EF2A 1MACA 1W6NB 2ESUA 4YM2A 1FNYA 3N3HA 1S0JA 1RIRA 4YM3A 3O5WB 4X38A 3ZURA 4J1LA 3RTIB 1DYPA 3ENRA 5BYNA 1II4A 4FVVA 2A5ZA 5F8WA 4Q8KA 4BLJA 1LOCA 3AP6A 3AKIA 1WD3A 3WVJA 4F34A 3C8AA 2R0FA 3C9ZA 2MC2A 4QKRA 3D3XA 2CNAA 1SR4A 3O4AA 1AVXB 1Y7BA 1S0IA 2PHXA 2AGSA 3I8TA 4RL7A 3WUCA 2UWAA 1OKQA 4G9NA 1WLDA 1XTGA 1FGAA 2NVHA 2XHLB 4EFRA 2KM2A 2BFHA 2R49A 5SV8A 1SACA 1O4YA 1XHBA 4OWJA 5DZGA 2VXRA 1LGCA 3QW7A 2V5YA 3FUOA 3GNEA 3FJCA 1H9WA 3N0KA 3N7LA 3WOGA 3O49A 3P53A 3V65A 2VXTI 1CIWA 4I6IA 1W6PA 5KXEA 3DUIA 3R4UA 2ZGMA 2XOAA 2ISEA 1KJRA 2A6YA 2DUPA 2IMBA 4DEPA 1Q1UA 3VKMA 3QIZA 1WBLA 3WMUA 1RITA 5HCBA 2W52A 2X2TA 3BA5A 3W59A 3FIIA 2W08A 2DVDA 4XDQA 2JD4A 3V79C 1K5VA 4NO4A 2GALA 1TWEA 2JKBA 1BASA 3B9UA 4XFSA 1SCRA 5HPZA 3SH5A 3FJAA 2NMNA 2W39A 3WDXA 3E8LC 3IN9A 3M1HA 3RMXA 1CN1A 1JHNA 1V6NA 1W6QA 3M3EA 1JTCA 3CA0A 3BOOA 3CA6A 1JN2P 3UJOA 1W6OA 1FYUA 4ATFA 3R05A 1J0SA 1VIWB 4J2SA 1LESA 3QJ0A 4UW6A 3AZYA 4UW5A 1HCEA 4RA0A 1N3OA 1T3AA 3FBYA 2ZGPA 1C4RA 2D6OX 1W6MA 3WINA 2GNBA 1WBFA 2GNMA 2FHRA 4I4SA 4MYEA 1EVTA 1S0LA 1W3GA 3WCRA 4Q9GA 3PMEA 1K5UA 3L2YA 3AP5A 2A6ZA 1JT7A 1BYHA 3ZX7A 2D6MA 3APBA 3VV1A 5EWSA 2DS0A 2LIEA 3AJ6A 3AXDA 3MPPG 4LO1C 5L73A 3R4SA 3WNXA 3USUA 2UWBA 3OYWA 4FPYA 1I3HA 5T55A 1VALA 1HWOB 3O4OA 2D3SA 3HMYA 1DJSB 1TEIA 3NF3A 1DFCA 4ZOTA 3SNMA 5GLTA 1CVNA 2WLQA 1YO8A 3AZVA 2EXKA 4XFTA 3QW6A 4YM1A 3HOMA 1JY0A 2ES3A 1G82A 3V0BB 5BOWA 3A0NA 2HWMA 4JPZA 2AENA 4U2AA 3RSJA 4KEKA 3HR9A 1V6VA 3AP4A 3M3CA 1WCSA 5EHAA 1ULDA 4ZFYB 3H6RB 4HANA 2P3KA 4KUFA 5DZEA 1SLIA 1JUIA 4GOVA 3NV1A 1WLWA 2HWAA 4JP0A 3ILAA 4J23B 4R9DA 4XIKA 3FJEA 4AVTA 4P14A 1S0EA 1TWMA 4I37A 1CONA 1AXYA 2DU0A 1ITBA 2PHFA 1S0DA 5JOXA 2ZA9A 2OUHA 2EALA 4I4YA 3UD9A 1ZN3A 4EB2B 1EPWA 1KDKA 3RRDA 2VW0A 3VSZA 2NM1A 3KMVA 4XBNA 3Q7YA 1LCLA 1YVGA 2X2SA 2G4IA 2M49A 4JKXB 3WO4A 1UMZA 3T2TA 4HL0A 5EG6C 1V6WA 4PQ9A 4OEGA 3CA5A 4LBOA 1ISZA 2VW1A 1YXWA 3QIXA 1DQ1A 2VSAA 4P9YA 4FP2A 2W68A 2DUQA 4LBJA 3O12A 4YW5A 4ZKTB 4YG0A 1AFCA 2ZBJA 4I4UA 2AAIB 3A23A 3RG0A 2K8RA 1JLXA 3SNVA 4GA9A 1TOOA 1CQ9A 5BQMA 2BEAA 4C1XA 4PCRA 2HYKA 2Z49A 4ZJXA 1QOSA 2VW2A 1PZ9A 3ZXEA 1MS9A 4Q9PA 2Q5TA 2ZGOA 3OGGA 3BAVA 4ITCA 3FGMA 2ZQOA 5CAZA 2ZHKA 1AXZA 3OY8B 1BFFA 2OW4A 1DQ0A 1IILA 1FQ9A 4X3AA 4I4VA 3MW3A 5DUYA 3WDTA 1N1SA 4GWNA 1YIFA 4EJ5A 4FOVA 2G7PA 5DZUA 3TC2A 2PHUA 1C1FA 4XXAA 3AZZA 5HCFA 4TZDA 4XYXA 4LBNA 3A21A 4QALA 4QD2B 1MZ5A 2EIGA 1DQ6A 1ZKXA 4H55A 4GXLA 4LBKA 2AREA 1HCDA 3V0AB 5T5LA 2NN8A 2FFUA 3WV6A 3ZSKA 3QLQA 4P9WA 4G6JA 3AH4A 4OW4A 1DQGA 1CR7A 1AVWB 3VT1A 4K1YA 5I1BA 4XIOA 3OJ2A 1ZA4A 4W65A 4YLZA 3ZUQA 4JQ0A 2Q3NB 1PUUB 4GP0A 2VU9A 5HCAA 1YYNA 2YZ4A 1PZ8A 3C8BA 4YZ3A 3NV4A 3RMYA 2JDZA 1XYFA 1V6IA 4LBQB 5BXSA 5DUVA 1I1BA 2LTNA 2UWCA 1BFCA 3FJHA 1DYKA 1ISWA 1HWNB 4U36A 4AVVA 1QMJA 1OFSA 4GWMA 2D6PA 3FJBA 5CA6A 1H30A 2J3PA 4OWLA 4NOTA 2GN3A 1DZQA 1HQWA 1LULA 4Q2FA 4XTMA 5B2HA 1PZZA 1N3QA 4Q26A 4JC1A 2ISHA 5LK5A 4QBVA 3S8JA 3AYEA 3ZSLA 3FUQA 4ISQA 3CA3A 2DRYA 4FPKA 1Q8SA 4UW3A 4LO7B 3ZXJA 3ATGA 1BLDA 1W0OA 2P39A 4D0ZA 1N4KA 1IS3A 4FPFA 4F83A 5BQUA 1FN0A 4LO1A 4XE9A 1AX1A 4FPOB 4I4RA 1W3FA 3AKFA 3BTAA 3MALA 3ZSJA 1GSLA 1ULFA 1GLHA 5BVPI 3T1MA 41BIA 3ZSMA 1LENA 1QDCA 3FJFA 1LHVA 1N3PA 2R1BA 3O4DA 4CRQA 1GZWB 1YRZA 1HQLA 4XJUA 3FIEA 1XG6A 3KQRA 4FOWA 3LTQA 1S0GA 1IS5A 1DQOA 3BA7A 3BA4A 3NBNA 1LTEA 1NXD1 4M3CA 4PBPA 3WMVA 1KDMA 4LBLA 3WG3A 1R1ZA 4YZ4A 1DBNA 4P0JA 4X39A 3BWIA 5E24E 2R16A 5JVVA 2KKIA 2ZGLA 1CPMA 2HW9A 3BX1C 3QCWA 4PC4A 3VWCA 3FLPA 5AVAA 2DYCA 4D8HA 2JE9A 1SLLA 3NJ5A 5DSSB 1UZZA 1GZ9A 1Q56A 3HSMA 2ZMLA 1BZWA 2G7KA 3OJMA 4Y22A 1LOGA 4K20A 3C89A 5DUXA 3N36A 2NP0A 4C1WA 4EFPA 1ONKB 1XQNA 3BAOA 4Q1RA 1UKGA 3JRRA 1V6KA 1JT4A 1Q8QA 2D3PA 4YW2A 3AJ5A 1SBFA 4FPHA 1HDKA 4OUJA 3BOKA 3P6IA 4YM0A 2WJSA 3SLIA 2ZQNA 3JUUA 1G9AA 1A8DA 2F2FA 1Q8VA 1AZDA 1IS6A 5D61A 1PUMB 1AJOA 3IPVB 2W2DB 1TTUA 3VKFC 1QOOA 4ZGRB 21BIA 5DUUA 1TIEA 4J2YA 4L8QA 3HN1A 3I2XA 2ARBA 5JOYA 3FJKA 4I2SA 2R9KB 2FDBM 4XMIA 2AXMA 5CBLA 1JOJA 3FJIA 2AFGA 4Z9WB 4WV8A 5FZZA 4ZLBB 5BXRA 3O0WA 1PC8B 2CYFA 3ZXDA 1W6NA 4Y20B 1GBGA 1F9KA 1ENRA 4XJZA 1KNMA 4OEEA 4ELCA 5GAQA 2JE7A 1T3CA 1WW5A 5JOWA 2EF6A 4GP3A 1LEMA 2P3JA 3ILRA 5T50A 1F5FA 4ZBVB 3AKHA 4XZPA 5T5JA 3D5OA 2I1BA 1J1TA 3WO3A 2E4MC 2QN0A 3ZXKA 4YGBA 4DQAA 5BXTA 3QIYA 4K1ZA 4YW3A 1T9FA 2XHLA 3DDAA 5T54A 2CY6A 1QOTA 2WSVA 4YZ1A 4DPNA 4GKXA 4LO0C 1O4ZA 4X37A 3UDAA 3UJ4A 3AYCA 3CRHA 1LHWA 3A4UA 3QYDA 3WG1A 4DENA 1OQ1A 3OJVA 3AH2A 1MVQA 3OBTA 5BQUC 1HWPB 4QO3A 4YFWA 1LGBA 1FWVA 2LALA 1IOBA 5F9TA 3ZPYA 1QGLA 2EAKA 3O0XA 4SLIA 3WO2A 1A78A 1TFMB 3AZXA 4ZFUB 2ZACA 4ASMB 2ERMA 2A6XA 4P0LA 2ZABA 1G9BA 1PZ7A 1DZDA 3A0KA 4M00A 4KTXA 4DCKC 1SLBA 2WRYA 1LHNA 3BONA 1LHUA 2ZHLA 4KEJA 1L2HA 3M3QA 1BJQA 4XFUA 1FNZA 1S0CA 2D22A 3H6QA 2UUSA 2DVFA 1N47A 2WBCA 4GOYA 3VT0A 2FFVA 3B9CA 2A3WA 3N7KA 4ENDA 3C2UA 3DGTA 2DREA 4AGGA 5GLWA 3UL2A 2VH9A 1BFBA 4JRAA 3AK0A 4ZA3B 1GKBA 2CWMA 3K1XA 4J2XA 5H9QA 4Y26A 3BADA 1QNYA 1S1AA 3NV3A 4LO8B 1G9CA 1I1EA 2VLCA 5E89A 4WVWA 5GALA 4LO7C 1FAYA 2CTVA 4PBOA 2G7NA 2GMMA 4HJJA 1RZOB 2ZKNA 3IM0A 1FMZA 4XILA 1QQLA 4XOGA 2DVBA 3ZUSA 2P37A 2A6WA 2F2FC 3POSA 3M3OA 1CE7B 3VKNA 4CTEA 2Z48A 4LBQD 3UJ0A 4YW1A 1W3AA 1XZZA 3WUDA 5KXBA 4XTPA 3D7WB 1JW6A 2WT0A 4OEFA 2MIBA 2OUJA 4WBCA 4M3CE 5BP5A 1GNHA 3ASIA 3WA1A 3BRFA 3NBEA 1DQ2A 5FZYA 2D23A 3V0BA 2D44A 2ENRA 2DU1A 2D6NA 5GZEA 3VKOA 3NV2A 1MS3A 1URXA 2Q9XA 3AJYA 3MW2A 1Z0HA 2A97A 3AP9A 3F62B 1AVUA 1NLSA 4BOWA 4IZEA 1JYIA 31BIA 2ZGSA 3CRGA 2E6VA 1ENSA 2YXSA 2BEBA 1P63A 4GAFA 7I1BA 1D2SA 3H6RA 4YGCA 1MD6A 1EV2A 3VT2A 1GYKA 1WW6A 2D6LX 1ONAA 4OZXA 5DVHA 2FMDA 2DUOA 2VY0A 1RMLA 1DFQA 1LOFC 2B7YA 4ZXKA 3RQ0A 1V6XA 2DWRA 2I2SA 4I1BA 2P34A 3WZ1A 4KBBA 2CL2A 3BOPA 1ULCA 2A3YA 3IMNA 4IYBA 3N7MA 1Z7HA 4LO2C 1YI7A 2DTWA 3UD8A 1G9FA 1LHOA 4Q91A 1GICA 4Q27A 4IY8A 4TLPA 1E0OA 1LJ7A 3HBWA 1IS4A 2AH2A 2DV9A 2V73A 2NMOA 3CNAA 1QDOA 5CNAA 3I2AA 2ZGQA 4LO3A 5JDBA 2GNTA 3MEPA 1IOAA 1V6UA 3POKA 3POWA 4I8MA 1V00A 1YBIA 3W9TA 3AXEA 1N1VA 4R9AA 3D6EA 1N1YA 2ZGNA 3LSEA 4HEVA 1OQLB 3AKGA 5E8AA 1F31A 4EEEB 4AGVA 2XB6C 4EFQA 2YUGA 2EXJA 4EL4A 2ZGRA 3O0VA 2E4MA 3AZWA 5F5QA 1DQ5A 2ZZJA 3DEBA 4IONA 2ZMNA 3OY8A 3FJ8A 3I29B 4QKSA 2WSUA 5D62A 4AN6A 2A3XA 1SLAA 1MS5A 5T5OA 4LO0A 1AXMA 2GMPA 5DXDA 4ATEA 1C57A 5F8SA 2P2KA 1WD4A 3ILFA 1DLLA 1QKQA 3CQAA 2ZGTA 1H9PA 2GMEA 2KLLA 2TEPA 2D7RA 4IY9A 4A7KA 2YROA 4XBQA 1LU2A 1Z78A 4R6UB 4EKXB 6I1BA 3C88A 2GN7A 4QC4A 4M01A 5BQNA 3TAYA 4D69A 3V0AA 1Q8PA 3TB0A 1W0PA 4YGEA 4FOQA 4R9CA 3ZVXA 1HIBA 4I0YA 2EXHA 5GLUA 1NUNA 1QQKA 3IM7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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