1G9BA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 1)
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
molecule tags Hydrolase
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9bA01
3L2YA 2DV9A 1G8WA 1E1HA 5BYNA 1KNMA 1J0SA 3MEPA 3H6SE 1WD4A 3UJOA 4FQ4A 1OQLB 3IM7A 3DGTA 4KC3A 1IS3A 2P39A 1QMJA 2QN0A 5H9QA 3AH2A 1LOGA 1GZ9A 1IJTA 3D4KA 2PHWA 1RINA 2A75A 4LO0A 2KLLA 1AXMA 4CRQA 4ZFUB 1AVUA 2E4MC 5D62A 2JD4A 1LODA 3V0AB 1TOOA 2DU1A 2A71A 4C1XA 2G7PA 3FJKA 1BFGA 3B9UA 5EWSA 2H0BA 2CWMA 2E7TA 3N36A 4Y20B 3D3XA 4XFSA 1WUVA 3AKFA 3OY8A 3B9CA 3O5SA 1CIWA 5F9TA 3AYDA 1CESA 3BRGC 3B01A 3RS6A 4I1EA 2D1ZA 1ONAA 2GZBA 3FJAA 5D63A 1FWUA 1RG8A 3WO3A 2R1BA 2RG9B 5EHAA 1X50A 1V6VA 5DZFA 4UW5A 2X2SA 2AQZA 4P9XA 3V64A 3USUA 2D20A 2P37A 4I4UA 2CWSA 3HN1A 2ZHLA 1V6KA 3BRDA 5DUWA 3P6JA 1GZWA 2D6PA 1ZM1A 2UWAA 2A6XA 5EC5A 1YI7A 4L4IA 2D7IA 4FPEA 1WW4A 1AVAC 1AX2A 1FYUA 1VAMA 2EXJA 1MS0A 4AVVA 3WUDA 1W6QB 3HMYA 1KRIA 4GWMA 3PUBA 3LCPA 3QLQA 1SR4C 2RHPA 4Q1RA 2ZGUA 4YM3A 2JDZA 3UD9A 1QOSA 4FPFA 1UZYA 1K5VA 2HW9A 4I4OA 5T5PA 4OWLA 1TEIA 3NBDA 5GM0A 1CVNA 1YF8B 2D6OX 4EB2B 2EXIA 1H9WA 1MS1A 3AX4A 4M3CE 1BXHA 4ATEA 2LIEA 1Q04A 1LEDA 2DTYA 2WKKA 4UW6A 2GN3A 5E89A 3W59A 1CONA 2CNAA 3FGMA 2AXMA 4FQZA 2WT0A 2CTVA 3E8LC 4YW2A 1IKQA 3WNXA 5DG1A 3JU9A 3W58A 1A78A 2A70A 1AVWB 3BAVA 2ZZJA 3C88A 5LK5A 3AP6A 3BAHA 1BZWA 1Q8PA 2ETFA 1WLDA 3MW3A 2W68A 1CQ9A 3OPZA 5BVPI 3Q7WA 4GOYA 1JW6A 3K3QB 2YUGA 5GJ6A 4GOVA 1BFBA 2KH2A 2V73A 2ZGSA 3WHTA 2FDBM 2BFHA 4J2KA 1JY0A 3Q9OA 3R4SA 1N1VA 3AZWA 1G9DA 2G7NA 1GNHA 4J2XA 2OUJA 4BM8A 1WW5A 3FJ9A 1UN1A 1AXZA 3K1XA 5BQNA 2ZA9A 5HCFA 5F8WA 1LGBA 5GZCA 4XKIA 3SNMA 2ISEA 2AYHA 1JQZA 4LBKA 3VSFA 3AP5A 3AJZA 3VKNA 1MS9A 4OWJA 3NJ5A 4R9BA 5BP5C 1NLSA 1G9AA 1S0IA 2W39A 4I4VA 2J3PA 1TP0A 4QD2C 4XIOA 3BTAA 5HCAA 1IRAX 1HWOB 4I1BA 3DSEA 3AH4A 4GKXA 3BB2A 4PF5A 1V6UA 3VT2A 3OY8B 4Y1ZA 2ESUA 5T54A 3JUTA 2ZR1B 3RG0A 4LBNA 1R1ZA 2WSUA 4RA0A 4Y22A 1IOBA 1PZ7A 2AFGA 1W6PA 4EKXB 5FZZA 4QC4A 1JBCA 1SLIA 3QYDA 3USUB 5JLVA 3QIXA 1JYIA 4GA9A 4I37A 1M2TB 4K1ZA 1ISVA 3F62B 2ZMLA 1YXWA 4GXLA 1N1SA 3WMUA 1RIRA 2ERMA 5EXOA 4AVTA 2PELA 1ILR1 5HPZA 4QALA 4I2SA 1AJOA 4Z8BA 3CQAA 3AYEA 2I2SA 4YM2A 4XFTA 5FZUA 2C9AA 1AFCA 1D0HA 5E8AA 4BMBA 2YMZA 2LIQA 4WBCA 5D61A 1LESA 3WHUA 4JPZA 3ENRA 4WVVA 2NM1A 2HYKA 2ZAAA 4ZFYB 4BOWA 1V6OA 4EJ5A 2VW0A 2XB6C 5T55A 5FREA 4SLIA 1CPNA 2F8XC 1UX6A 1T9FA 2QN4A 1W0PA 4IONA 5EYXA 5T50A 3BA7A 4USPA 2A3YA 3QCWA 4I4XA 3A23A 1O4ZA 2W2DA 2Y9FA 4LO1C 2ZACA 1JT5A 3TC2A 1ENQA 2FPQA 5BXSA 1KITA 1S0EA 2HZ9A 2RQ9A 3CU1B 3AP4A 3WINA 1BARA 1JT4A 3ZSKA 2ZGNA 4OEEA 5F90A 2ZHNA 3ILRA 5JDBA 2NYYA 1AVBA 3A4UA 4OUJA 4FOWA 4KEKA 2R1DA 2XOAA 1IILA 3FLRA 1JXNA 1SLBA 1E0OA 4RL7A 5B2HA 3AKGA 4YGEA 1LOFA 2WLQA 1FNYA 2YY1A 4ZJXA 3BA5A 4AN6A 5SV8A 2ZMNA 1JN2P 1RY7A 3C8BA 3BX1C 3POWA 2KKIA 4LBLA 1ULEA 1JLXA 4YGBA 4JAWA 5GZGA 1A3KA 1HKDA 4KEJA 3LSDA 4A7ZA 1YVGA 5CNAA 5T5LA 3Q7XA 3VT1A 7I1BA 2VSAA 4AYUA 4W65A 4ZLBB 2SBAA 2UWCA 1PZ8A 1WBAA 1W6QA 4USOA 5GZFA 1V6XA 1N3PA 4YZ2A 4YZ3A 2D6MA 5JMCA 1S0BA 4DPNA 2ZQOA 5DVHA 2Y9XE 4JQ0A 3VKFC 3IPVA 3WVJA 3FLPA 2VH9A 1SLTA 1N4KA 1P63A 1IKPA 3BAGA 5T5OA 2R16A 4I30A 2PHRA 1VLNA 4Q26A 4JKQA 4LO2A 3I4IA 3CA4A 2P3IA 3APBA 5FNXA 2MIBA 2AH2A 2E51A 1V6WA 2EF6A 3FUOA 2Z42A 2DVGA 3WCSA 4LO7C 2YV8A 1UPSA 2DURA 2Y9WC 3P6IA 1W6PB 5IK7A 1SCRA 1MD6A 1Z2VA 3I29B 4PQ9A 1XHBA 3ILFA 4QKRA 2VW1A 1LCLA 5IT6A 1QQLA 2EALA 2D6LX 4ZBVB 3R4UA 2ZGMA 1GYKA 2DUPA 3R05A 1DGLA 1EYLA 3AXDA 5T52A 3KM5A 1DYPA 2G4IA 1SZ6B 1DBNA 2DUOA 3QIYA 4Q1PA 3ZC8A 2LALA 2ISGA 3WO2A 2A6WA 1AZDA 2W08A 2BEAA 3V0BA 1LOCA 3CRHA 3OJ2A 2D24A 3FIIA 3LSEA 3ZXDA 1PC8B 4FPYA 1V6IA 3DS9A 4DEPA 3WDYA 1WLCA 1AF9A 1APNA 3VKOA 1OFSA 1DQ5A 3UJQA 3ATGA 2ILPA 4WVWA 3AH1A 41BIA 2VW2A 1N3QA 2W2DB 1TWMA 2CY6A 1T3CA 4I7IA 4G1RA 5GZDA 2P34A 3BIWE 3INAA 3WA1A 4LO3A 2WRYA 3NV4A 4YGDA 3IAGC 1R8OA 4QBCA 4QO3A 3AZZA 1H9PA 3CA1A 4P14A 1LULA 5FNWA 1BQPA 3FJHA 5F8SA 3UJ4A 2D3RA 1C1LA 4KEIA 3FIEA 4GAIA 2M49A 2ERFA 1IS5A 1S0LA 1S0JA 2WQZC 3H6QA 4DCKC 2C5DA 3WG4A 1WBCA 1UAIA 1F31A 1Z0HA 2A8AA 2AR6A 2K43A 1HWMB 2BQPA 4JC1A 1U0AA 3ASIA 3N7MA 4UW4A 4I4SA 1AVXB 1SACA 2VUAA 3UL2A 1C4RA 9ILBA 4Y1UA 2NTDA 3AZXA 1D2SA 4PBOA 2XG3A 1HDKA 3D7WB 1QQKA 3BAQA 1MS4A 3KMVA 2G7QA 3AYCA 3IM6A 3N35A 2OVUA 4F34A 3CAHA 1Q8QA 2KI4A 4P9YA 2IMCA 3AJYA 3M3OA 3N7JA 1NXD1 1ULGA 1ISXA 3BAUA 4I6IA 3IPVB 5GZEA 3QR5A 3ZUQA 2DS0A 2F2FC 4FPOB 2ZBJA 4ZA3B 1W3AA 2GMPA 4YGCA 3UK9A 2PHXA 2GO2A 3I2XA 2IHOA 3PVEA 5JOZA 2ZHKA 4XBQA 2MC2A 3OJBA 3SH4A 1LENA 2OUHA 2A6VA 2PHUA 2A7AA 4YZ4A 1VAVA 1KQRA 2ZABA 1HIBA 5IUQA 4OEFA 5FZYA 3W9TA 1VCLA 1L2HA 5EG6C 3HOMA 1N47A 4AVSA 5GAQA 1WBLA 1FV2A 5BXTA 2QYIB 1SR4A 2A6ZA 4R9CA 3ZXKA 4CZSA 4XJZA 3VWCA 3WV6A 2D44A 3M2MA 3OBTA 2G7KA 3T1LA 4YFWA 1SLLA 4ISQA 2ZGPA 1W3FA 4I4PA 3SITA 1LHOA 1QU0A 2A3WA 1Q1UA 2NN8A 1DIWA 3H6RA 4XTPA 4YM1A 2DU0A 1GANA 1MS3A 4XJAA 2DVFA 4IY9A 3V0BB 2WJSA 1V6MA 3FJJA 1G9FA 2W52A 3FFZA 1RZOB 2A6YA 3O0XA 5DZGA 1QOOA 1XTGA 3UJ0A 4R6UB 5BQMA 1CE7B 1ISZA 1WLWA 3T1MA 1Q03A 4G9NA 4IY8A 3C2UA 2X2TA 2B7YA 1S0GA 1LTEA 5JVVA 1SCSA 1LEMA 4ENDA 1GV9A 1BKZA 5KXEA 2Q5TA 1OQ1A 4YW4A 5GLVA 1S1AA 4YW3A 1TTUA 4KTXA 1GICA 4TYSA 1BYHA 4XDQA 2MLLB 3RTIB 1W3GA 3QIZA 3N7LA 1K5UA 3ZC9A 1FQ9A 1LHNA 4YM0A 2Z49A 3SISA 3AP7A 3ZSLA 4FPGA 4YG3A 3AKHA 1NZKA 1IHKA 3DDAA 2YZ4A 3U4XA 1ZKXA 3O44A 3AJ6A 3CRGA 3ZXGA 3TB0A 1LU2A 1DQGA 1KDMA 5JOYA 1ZN3A 4XYXA 3TAYA 3D5OA 1FMZA 1UZZA 4DENA 1N3OA 4LBJA 4G6MA 4XIKA 4EEEB 3HBWA 1Z4SA 2DUQA 3NV1A 3DUIA 3EF2A 3O12A 4XXPA 5GLTA 4AGGA 4FOVA 1OKQA 3NBCA 5GALA 3BRFA 1I3HA 4I4RA 1G86A 4KS6A 3B3QE 8I1BA 1HQWA 2ZGTA 3OBRA 4I96A 3MALA 4BQ1A 1JT3A 3ZXEA 2WT2A 3ZXFA 1QDCA 2ZGKA 3I8TA 3OJMA 2JKBA 3RQ0A 1QNYA 3UDAA 3WINC 3N7KA 5DXDA 1XZZA 2XHLA 5KXCA 1RITA 4ZXKA 1GKBA 1AXKA 1GLHA 1MZ6A 3A21A 3FJCA 3IMNA 3O4BA 3ZXJA 2A3XA 4M3CA 1YRZA 1URXA 4BMEA 1QNWA 5BQUA 1GNZA 1KJLA 4IZEA 3DDBA 31BIA 2I1BA 3BA4A 4LBOA 2P3KA 5E88A 2Y9GA 4ISRA 2HWMA 3CRIA 2ZKNA 1HLCA 5GLZA 3FBYA 4K20A 3O3QA 5HCBA 1DQ6A 1S0DA 3M3CA 2FO1A 3RRDA 4DRVA 4EFRA 1MC9A 1LU1A 3H0OA 2D6NA 3ZVXA 4P9WA 1R8NA 3SLIA 4QBVA 3AK0A 2ARXA 4XJ8A 1LHUA 1AXYA 3UD7A 1CPMA 1T3AA 3A0KA 3H6RB 4LBQA 2IMAA 2KI6B 4J1LA 2GMMA 4LO1A 3OYWA 2LTNA 3D6EA 3P53A 4Q8KA 1F82A 1C57A 4I4QA 3GNEA 2JJ6A 1BASA 1W6MB 1J1TA 2A97A 3O4OA 5AVAA 2DVDA 2E53A 5BQMB 2KM2A 1JYCA 1AJKA 4ZFWB 1LECA 4LO2C 4GP0A 5H9PA 1N1YA 3NF3A 2GNMA 2AREA 1Q8SA 2GN7A 4U36A 1DZDA 1PZ9A 3QW8A 2D23A 6I1BA 4JRAA 5CA6A 3FJIA 3WDWA 4LBQD 1GBGA 3Q7YA 4PCRA 3ZPYA 1AX0A 1S0CA 1LHVA 3AYAA 1LJ7A 4X37A 2K8RA 4D0TA 3FJ8A 1MR5A 4MYEA 4NOTA 2AENA 3BAOA 1HWPB 1ABRB 4HA2A 4C1WA 5T5JA 1ENRA 4XZPA 5I1BA 4HL0A 3VV1A 4QKSA 3A07A 2EXKA 2ZHMA 4LO8B 4J2YA 5G00A 3FJBA 1G9CA 5DUUA 3AZVA 3NV3A 3FJDA 3WDUA 3WG3A 1WW6A 3WG1A 4Q2FA 4YG6A 4TZDA 5JOWA 4AGVA 2NMOA 3ZUSA 1HWNB 1Q8OA 2ZQNA 3I2AA 4YZ1A 5BXRA 3PVNA 1DHKB 3QW5A 4A7KA 4QD2B 1MACA 2GMEA 3WDVA 1SFYA 3JRRA 1BLAA 5H9SA 3BOPA 2IWTB 4K1YA 4LO0C 3CA5A 3BWIA 4IQPA 3T2TA 4XILA 2D7FA 21BIA 2UUSA 4FP3A 2DTWA 4I8MA 1BFFA 2WT1A 3AKIA 1F5FA 4Q27A 4IYBA 1DQ2A 2V5YA 2GALA 2XHLB 1FNZA 1ZL6A 4D0ZA 2FFUA 2Z48A 1KDKA 1CVSA 4XE9A 2NZ9A 1ISYA 4M3CB 2GDFA 1LOBA 2VXTI 1SBEA 2D3SA 4YW5A 4EFPA 3OJVA 5GLUA 1ZB7A 4I3NA 2UU8A 3A0NA 1W6NA 4H9WA 1CN1A 2ZGOA 3PHZA 2ZMKA 3BOKA 5CAZA 1HKNA 1VIWB 4ZOTA 1M16A 4BPZA 3ZYPA 1MS8A 4R9DA 4NO4A 1H30A 3M1HA 1DFCA 1QXMA 5DZEA 1YO8A 3ILNA 2Q3NB 5H9RA 1G9BA 2UURA 1IRPA 4XOGA 3VKMA 4GWNA 1LOEA 3WMVA 4FOQA 4LBQB 2VY0A 3CA6A 2NP0A 3OYWB 1QGLA 4XTMA 4AN7B 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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