5BXSA

Lnbase in complex with lnb-nhaccas
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lacto-N-biosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 234
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxsA01
3P6IA 5JBEA 3WQ5A 2VZOA 3IJ8A 3L4XA 1E56A 1E0VA 4EKXB 1LL6A 1VJZA 2F61A 3LPFA 4USPA 2CESA 1JZ8A 2XGBA 2BHUA 3FN9A 1JT4A 1LF1A 2OSYA 5DVHA 1C3FA 1J10A 3OBAA 2J7FA 4BS0A 3PTKA 4URIA 2UY2A 2Z1KA 4JFSA 5FNXA 3N7KA 3EMQA 4H04A 5LA1A 4F8XA 1GQLA 6CGTA 4Y7EA 3KEHA 4UQCA 5FZYA 3WBEA 3MMDA 4KEKA 1UKSA 3AOFA 1TP0A 3LPOA 1B0IA 1N4KA 3ARXA 3NBNA 1JZ7A 2ZIDA 1E3ZA 2BXZA 9CGTA 3CH9A 5BRPA 4J28A 2JFEX 4MTVA 4II0A 4TX8A 3SCOA 1BASA 3WQ6A 4CN4A 4UFMA 4GQRA 2AFGA 5AYBA 3NSXA 3QOMA 4JPZA 4P7QA 1ISZA 2WVVA 3T2PA 1QNOA 1NARA 4X9YA 1FOBA 3LPGA 4CCDA 5I2UA 2ZX7A 3BH4A 2Y2WA 1W1VA 4NZCA 3VGBA 1IILA 3RM8A 1IT0A 2IWTB 2D43A 4NRRA 4UTFA 3H6SE 1J0ZA 5AYIA 3MANA 1TE1A 4I0YA 4I96A 4UFKA 1WZMA 1NP2A 3OBRA 1BARA 3AIWA 2E9MA 1VB9A 3OB8A 2WHJA 5JIPA 3UJ0A 1Z32X 1QI2A 3Q7YA 4YHEA 1UR1A 1I75A 2OYMA 2YBUA 7CGTA 5A6AA 1CGVA 5D9PA 5BXPA 4HP5A 2OLHA 1EQCA 3MUY1 4IY8A 4PSPA 4QCFA 3VIPA 3S8JA 1CZ1A 2DIJA 4LYQA 5CLWA 3SCUA 3BMWA 3MSDA 4J3XA 1OD8A 2YL8A 3IM6A 2Z49A 2WMIB 5BXSA 3AHYA 4PMYA 3ZT6A 2IUZA 4P7OA 4KBBA 3BRGC 3AKIA 3AZRA 1QPKA 2VRJA 1MW3A 1SYTA 2D3LA 1JQZA 2WMKA 4AYSA 1PJ9A 3F5KA 3O6AA 3FAXA 1PPIA 5BROA 1R85A 1TA3B 1OT2A 1UKTA 1PC8B 5HDRA 1GW1A 5E0FA 2Y9FA 4JZ5A 3DECA 1JYNA 3QYDA 2FO1A 1QI4A 2QF8A 3ZT5A 3TC2A 4A3HA 1G9BA 2FHCA 3F5LA 1GOWA 4LYPA 4TX6A 3ARQA 2GJXA 4Q9GA 1CXKA 4QALA 1GQJA 2EPLX 4A7KA 3WO2A 3AMDA 1WZLA 4C7GA 4JKXB 3W26A 3WD2A 2D0GA 2O9OA 3VD4A 4EK7A 1XD0A 4G9MA 4UFHA 2XIIA 4UCFA 1UWSA 3CA6A 3BAJA 4QFUA 4D0TA 1JG9A 2O9PA 3FUQA 1KXTA 3POKA 3OLDA 5CPQA 1HWNB 3N04A 4IUGA 2XUCA 4LGXA 3WUGA 5A6SA 1U30A 4CD4A 3ARZA 4LO7B 4W87A 3ZMRA 3VNYA 3R4SA 3BAYA 3SCPA 4AZGA 3AZTA 5FIPA 1HIBA 5A6BA 2LIEA 4W86A 2ZUVA 1FN0A 3WF1A 3W37A 3H6RA 3W53A 5CSUA 3AROA 4PUDA 1P63A 2VRQA 1CXFA 3AXIA 2KI6B 5HBFA 3AYRA 3UESA 1J0KA 3VDHA 6TAAA 9ILBA 1BLAA 1WD4A 4ACYA 4TVDA 1HNYA 5F90A 3W82A 1TOOA 3AJ5A 2ZXBA 3CUIA 4PBGA 3V79C 2EEXA 4W5UA 3IAGC 1OB0A 3CA3A 1E43A 3AS1A 4CVWA 2WZEA 2VUAA 1BYBA 4PUEA 5GQBA 3OGSA 1TUXA 3Q7XA 2WMJA 3VT2A 4AIUA 3SCRA 1TG7A 3IJ7A 3AKFA 1IRPA 2DEPA 3WD4A 1GVYA 1DHKA 1OGSA 4L4PA 1E1FA 4FVVA 2ET2A 4PCTA 2VURA 5A2AA 5BYWA 3K4AA 2DGAA 4CN6A 1JZ3A 2G3NA 4N42A 2JALA 2G3IA 4OJYA 1BAGA 1EDQA 2NW0A 2Y8KA 3EDDA 3OGGA 4OBSA 3CZ8A 2Y4SA 1CTNA 4W5ZA 4CD8A 1E0OA 1B1YA 3GH7A 3RO8A 2MANA 4I1EA 4A4AA 3K8LA 1WCGA 3GXIA 4H41A 1B9ZA 1M03A 4Z2IA 4AWEA 2OYKA 4IISA 3CZGA 4F83A 1Q04A 3O4DA 1R8LA 4W7UA 4IYBA 3JUTA 2ZUWA 2C0HA 3I2AA 1KR1A 2D7RA 4BA0A 3CUJA 2KH2A 4CJMA 2ESUA 2ZWZA 3N0KA 2NVHA 3ZX7A 5JBDA 2ZUSA 1RPKA 3JUGA 2HVMA 3FFZA 3VGHA 4DM2A 5IXEA 3WD3A 1G82A 2E3ZA 5FD0A 3RMXA 5CGMA 3BCFA 3QHOA 2X2TA 2WKLA 1VBUA 4TXEA 4I4OA 3BC9A 2VX5A 4PMUA 3WEOA 3K1XA 3M07A 3B9EA 1X6LA 3BRFA 3BX1C 1DFQA 3WA1A 3QR5A 1PEZA 4AZ7A 4Q22A 3BAOA 4G9NA 1VAHA 3AXXA 4OW4A 4W7VA 5A8MA 1JFHA 2EPOA 3VILA 1MW0A 3UJ4A 1V6WA 3DYMA 3WUEA 3T0AA 3VDCA 1PX3A 2CHNA 3AJ6A 3GH5A 2ZX6A 3VM7A 1J01A 4OBRA 1QBAA 2F2FC 5EBAA 1BLDA 2WK2A 1JDAA 2EXOA 3RM9A 4LO0C 3R4UA 4XX6A 3WDPP 4JIEA 5C8BB 2W91A 3WMBA 1CLXA 2BV9A 1MYRA 2E40A 2V3DA 3CIVA 2TAAA 3PHZA 3AZSA 5IHRA 4XUYA 3I29B 3TA9A 1KR0A 1FMMS 1JDDA 2XVPA 1D3CA 3AICA 3CMGA 3SIMA 3D7WB 2LIQA 4D0ZA 2W92A 3PTMA 3WEZA 1Q6DA 4EB2B 2YL5A 1ESWA 4X0NA 1QHOA 2VZSA 3HU7A 3POHA 2J7BA 4ZENA 2J74A 3VX1A 2VZTA 2WHLA 2WMFA 1UD4A 1UKOA 1J0HA 1E6QM 2CNCA 3GXMA 4B9ZA 1MW2A 4P8UA 3UEQA 1E15A 4AC1X 4JRAA 5EHAA 2PBGA 1UUQA 1ODUA 3ILAA 2PWEA 1CGWA 3WD0A 1K5UA 1MFUA 1UR4A 2WVSA 1E4NA 3GYCA 5G00A 2EO7A 2YL9A 1Q6FA 4M1RA 1L0PA 4W8AA 3OBTA 4IHZA 1JD7A 4MAZA 5I5RA 1W9PA 1LJYA 1OD0A 3B9DA 3AS0A 3FJIA 1KXQA 3WDJA 1ISWA 2NT0A 3GXDA 4L4HA 1BF2A 3QHNA 2DT0A 1KQYA 4AW7A 3MU7A 4WKAA 4XZBA 1KWKA 2IXVA 1HCEA 1LG2A 2F8XC 3U57A 2VR5A 4Z2JA 3HMYA 1K9DA 3AKGA 1UWRA 2VVSA 3EDKA 1C8XA 3AHXA 1J0YA 4U5KA 2GZBA 3KE0A 1BGAA 2WVVB 1ITXA 4W8LA 3BLKA 2X0YA 3FJJA 1C7SA 4DWSB 1A3HA 5E0CA 1MC9A 2DH2A 1ITCA 3WL1A 1DZDA 2RGMA 1WE5A 3CAHA 1JD9A 2E4MA 3VNZA 1NQ6A 1G5AA 1PAMA 2CETA 3UG4A 5JIWA 4J2KA 1CPUA 3PZGA 1G0CA 3VIKA 1NWSA 1UH3A 2XSBA 4HMCA 4MDPA 3T2QA 3AIRA 5ABFB 2BVDA 3PZVA 2PI6A 1BVNP 1E6RA 4J2YA 1W3GA 1QNRA 3WMVA 1KFWA 4FK9A 4MNJA 3AKHA 3OA5A 4EEEB 1W3HA 4PRWA 1DQGA 2VCCA 3UD9A 2W63A 1TFMB 4TVCA 1VF8A 1RP9A 3GBDA 3HN1A 3UCQA 4P0KA 3VKKA 4XKIA 1CXLA 4P7NA 3UR7A 1E0WA 3VD5A 2BFHA 1MFVA 5FCZA 3UG3A 2OSXA 3OGFA 1Q6GA 4KC3A 3AFBA 2WKGA 1RP8A 1O6IA 4R5EA 4GOYA 2XFRA 1TR1A 4GO9A 5GNXA 1T9FA 3SUUA 2CEQA 4W84A 1I1BA 2A3BA 4MNLA 1XGZA 5F8WA 5B2HA 1HL8A 4QLLA 1W1YA 2VXTI 1L8NA 2VZUA 1GOOA 4MPKA 2E8YA 3W29A 1B3VA 2MC2A 3AHTA 4JKMA 3AS2A 4QLJA 4D71A 4MAVA 3RTJB 4DUVA 1JYXA 1OGGA 5BQUC 2BHZA 3RMEA 2PB1A 2GJXB 3AHZA 2E4TA 3C9ZA 1BFFA 2GDVA 2G4FA 4BQ4A 4OEEA 5F8SA 1B3ZA 1IJTA 5I78A 4JKKA 1V0LA 1XC6A 2YJQA 3HBWA 4ML4A 4P6AA 4EKJA 5A6MA 3CQAA 3M46A 3HSMA 3A6OA 3MPPG 4X37A 1UQZA 5GPRA 1OT1A 1WNOA 3RIKA 2Z48A 1UPSA 1E1EA 2EPMX 3VDAA 2D3NA 1HL9A 2UY4A 1FV3A 4Z2GA 3WH5A 3N11A 1ECEA 4PMXA 4KEJA 3TTSA 3VTRA 3W27A 3ALFA 4FGFA 5E6ZA 4UFLA 4I7IA 5HPZA 1DWIM 1TVPA 4OIFA 3L2MA 3OLEA 4AMCA 1OWQA 1XHGA 2A3EA 5HPOA 3PZIA 3ZR6A 4BCEA 3V0AB 5GNZA 3ZJKA 4MB1A 1OM0A 4KGJA 3ZXDA 2FDBM 3H6RB 3P6JA 1ZS2A 5I6SA 1G94A 1QW9A 1DZCA 1JT7A 2QPSA 1V6YA 5FZUA 1MVYA 4RE3A 4TTGA 3H6QA 1M01A 1ZBWA 1FHLA 2CBIA 2WW5A 2YLAA 4D1JA 1H5VA 2D20A 3AMCA 1O7AA 1OIMA 3IK2A 2K43A 5A2CA 1EVTA 4MNKA 4P8WA 1QBBA 3WQWA 5A3HA 1V3KA 1F4AA 3NDYA 4EFPA 1GHRA 1L2HA 1UOKA 1HJQA 1B2YA 2CBJA 1K5VA 4HZ8A 2BHYA 4OWJA 4W85A 3RCNA 4E8DA 2ZR1B 4ZE5A 1QI5A 3BRDA 1E55A 1BYCA 3ARPA 3WH9A 1EDTA 4D1IA 3PMEA 4CCEA 1OIFA 3CUGA 1MW1A 3VIMA 3OLGA 5ABHA 1OCQA 1QI3A 1V02E 2YKKA 1W3KA 4NSBA 2NYYA 1QI0A 3K46A 2GUYA 3P53A 3I3EA 1UD6A 2WMHA 4ZFWB 1KXVA 1QW8A 1B31A 1K9EA 2GVYA 1UQYA 2Z1SA 5LYRA 1E71M 4FLSA 5BP5C 1FP8A 4UQBA 1XZZA 1E5NA 2AAAA 4DWSA 4XV0A 1A47A 3APGA 2KKIA 4GZEA 4UZUA 2NM1A 1XH0A 4AD3A 2D44A 2Y9XE 2VX4A 4Z2LA 3WENA 2J78A 2XWDA 3EMCA 1S0GA 1Z2VA 4S3KA 2XPKA 1ISYA 1J0SA 3TTQA 5AC5A 5EB8A 1VRXA 1UWUA 1G1YA 4GO8A 2DT2A 4WBCA 1EYLA 5ABFA 3EYPA 2W67A 3A23A 3PZOA 2XHYA 3N17A 4GKLA 1CGXA 1S0LA 2QN4A 1CECA 3W0KA 3ZQ9A 4HR6C 5A1AA 4LO3C 1DWAM 3ZO9A 5JUVA 2J77A 2WCGA 3WUBA 4I2SA 3UD8A 2Y8VA 1PIFA 3VIOA 2VXRA 3SCQA 1FFRA 3NBCA 5BVPI 3U5UA 1KB3A 1JFXA 4OUJA 4A7YA 1KBKA 1HCDA 2NTDA 2VSEA 3AYSA 5CPSA 3WINC 3WY1A 3ZJ6A 3BLPX 3WF0A 4GPNA 4QKRA 3VIIA 2Y9GA 3W9TA 3EMZA 3WO3A 3DYPA 4USOA 3L4WA 4GAIA 2WMGA 3FXYA 5D61A 3RDKA 1HWPB 1ODZA 3BSHA 1DIWA 4UFIA 4HTYA 1GOIA 1M2TB 2DT3A 5DO8A 1RMLA 4MNMA 3GBEA 1AVUA 2WBCA 1DWFM 2V5DA 1UH4A 3SCTA 4IZXA 1R87A 4Q9PA 5DF0A 2A3AA 3V0BB 4I8MA 4TOQA 4HMDA 3ZJ8A 4PMOA 1IZKA 2VQUA 1HP4A 3ZJ7A 1BTCA 1JLXA 2DPEA 3GM8A 5ABGA 2BVYA 2BY2A 5M03A 1NP0A 4J3TA 3U7BA 2VU9A 1JZ5A 4P0JA 2M49A 2V3FA 1CBGA 4P8VA 1FWUA 3U7VA 2EBNA 4M81A 2GK1B 4H9WA 5A8NA 1M53A 2XTKA 4KH2A 4UOQA 3GNRA 3E8LC 1W2VA 2JF6A 4HPHA 1KXHA 3O4CA 2VTFA 2RQ9A 1HKJA 5E9AA 2PF0A 1H41A 3AH1A 4W93A 4F9JA 4WF7A 3ZSSA 2XFYA 1H11A 1FP9A 2YDRA 5I77A 5D4YA 3T09A 4UQEA 1DWJM 1UR8A 1UR0A 1E0XA 1EGZA 1ZBKA 2CPUA 4Z9WB 4ZFYB 2NT1A 1E72M 4UR9A 2ESCA 3LMYA 1GJUA 3EDJA 4A3YA 4PYSA 4YHGA 5CJ5A 4X39A 2HWAA 1WDPA 1MD6A 4AEEA 3KL5A 3CA4A 3WDQA 4F79A 1S0BA 3V0AA 1XSJA 5D9OA 2XVLA 3WFZA 4B9YA 1KBBA 3F5JA 2E9LA 1TFVA 2ZXAA 4AIEA 4BF7A 1WDQA 3WMSA 5E24E 3CPUA 4YOLA 3VX0A 4FMVA 3VUOA 2VI0A 2O92A 3VVGA 1H0IA 1GGPB 4DM1A 1PZ3A 4JCMA 3ZM8A 1BQCA 1NUNA 2WC7A 2BNJA 3GZAA 2JF7A 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