The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
161
|
sequence length |
548
|
structure length |
518
|
Chain Sequence |
YQTVTFTTKNATKTSYTQFIEALRAQLASGEEPHGIPVMRERSTVPDSKRFILVELSNWAADSPVTLAVDVTNAYVVAYRTGSQSFFLREDNPDPAIENLLPDTKRYTFPFSGSYTDLERVAGERREEILLGMDPLENAISALWISNLNQQRALARSLIVVIQMVAEAVRFRFIEYRVRESISRAEMFRPDPAMLSLENKWSALSNAVQQSNQGGVFSSPVELRSISNKPVYVGSVSDRVISGLAIMLFICRSTNDDTCADPEPTVRISGRNGLCVRVRDGKYNNGNPIQLWPCKQNSDVNQLWTLRRDGTIRSNGKCLTTNGYSAGDYVMIYDCRTPVTAASIWQFWANGTIINPQSALVLSAESGNPRTTLTVQADIYASRQGWLAGNNTEPFVTSIVGFNDLCMQANGDAMWVVECESSKAEQKWALYPDGSIRPHQDRDRCLTSTDNHSQGSIIIISSCSPGSEGQRWVFMNDGTILNLKNGLVMDVKGSDPSLHQIIIWPATGKPNQKWLPLL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Native Cinnamomin Isoform III and its Comparison with Other Ribosome Inactivating Proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
TYPE 2 RIBOSOME-INACTIVATING PROTEIN CINNAMOMIN III
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
161
|
| structure length |
518
|
| sequence length |
548
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2008-01-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00161 | RIP | Ribosome inactivating protein |
| A | PF00652 | Ricin_B_lectin | Ricin-type beta-trefoil lectin domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Ricin (A subunit); domain 1 | Ricin (A subunit), domain 1 | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Ricin (A Subunit), domain 2 | Ricin (A Subunit), domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1J4G A; 4IZX A; 3A22 A; 3FFZ A; 4X37 A; 4G9N A; 1EVT A; 2VSE A; 2IWT B; 3FJC A; 2VS6 A; 1MRG A; 1RL0 A; 3IAG C; 3U8F A; 3U6Z A; 3RMX A; 4EFQ A; 1FV2 A; 3N0K A; 2FGF A; 2R9K A; 5BQU A; 1MOM A; 3BRF A; 3LLP A; 5J56 A; 1MD6 A; 4RZJ A; 3V0A A; 2RG9 B; 2KI6 B; 1AHA A; 1RTC A; 2LIQ A; 3O4D A; 1AFC A; 4OWK A; 4KC3 A; 1SR4 C; 2VXT I; 5E24 E; 2QET A; 4KWN A; 1EYL A; 3UDA A; 4FVV A; 4LWX A; 1T4Q A; 4END A; 1ISV A; 4LO7 C; 3WMV A; 3N3X A; 3O5W A; 5EG6 C; 4LO2 A; 5BXR A; 4QKR A; 4LHQ A; 4GOV A; 2VXR A; 3ZC9 A; 4I6I A; 1HIB A; 1WBA A; 1JLY A; 2FDB M; 1W3A A; 3O3Q A; 3H6R A; 3H5K A; 1Z4S A; 3HIQ A; 3FJF A; 2Q3N A; 3VWC A; 4ZGR A; 3P6I A; 1LLN A; 1M2T B; 1PUU B; 4I47 A; 3RL9 A; 4ZBV A; 3H6Q A; 3KMV A; 2Q9X A; 1JTC A; 4OW4 A; 4EEE B; 1R4P A; 3FJI A; 1GIK A; 4I1E A; 1S0E A; 3OBR A; 4MX5 X; 1TIE A; 4LT4 A; 3FGM A; 4HV7 X; 3AH1 A; 4Q91 A; 5ILX A; 4D0T A; 3FJ9 A; 4FBC A; 1RY7 A; 2PQG A; 4IHZ A; 2Y9F A; 3AKI A; 4J2K A; 1R4Q A; 3RTJ B; 4ISR A; 4LHJ A; 4ESI A; 2I1B A; 4Q9G A; 4EKX B; 3BAQ A; 5ILW A; 1UQ4 A; 2DS0 A; 3V0A B; 4HA2 A; 1GIU A; 4FGF A; 2NP0 A; 1A8D A; 1PUM A; 1BAR A; 1HCE A; 4Z8S B; 1IJT A; 5GU4 A; 4J2X A; 4GUW A; 4OWL A; 2NYY A; 3MPP G; 4LO8 B; 4HJJ A; 2MC2 A; 2IHO A; 3O4A A; 1WBC A; 4JP0 A; 3O5W B; 4ZOT A; 3BRG C; 4LRO A; 7I1B A; 5JMC A; 2FO1 A; 2NVH A; 1IFT A; 1J1S A; 3U6T A; 4ZFY A; 1ABR A; 3MAL A; 3P53 A; 1UPS A; 4LO0 C; 4XFU A; 1IFS A; 3H6R B; 3CA1 A; 1DZC A; 3FJ8 A; 5DZU A; 4ZGR B; 5BP5 C; 1S0L A; 2RQ9 A; 3ZX7 A; 2F2F C; 4GP3 A; 4I37 A; 4ZBV B; 2Y9G A; 4F34 A; 3BTA A; 4HV3 A; 4LO7 B; 1PWA A; 4ZFW A; 4K2Z A; 3F62 B; 3AJ6 A; 1Q1U A; 1YYN A; 3D7W A; 4I4R A; 2D23 A; 2YUG A; 4P0K A; 4IY8 A; 3WIN C; 1PAG A; 1DQG A; 3P6J A; 1J1M A; 1TTU A; 2WBC A; 1IOB A; 4R6U B; 6I1B A; 4P0L A; 8I1B A; 3VSZ A; 3KTZ A; 1AXM A; 4G6M A; 4QC4 A; 3QR5 A; 4I2S A; 3CTK A; 4KL4 A; 3VT1 A; 1G82 A; 1NLI A; 4HR6 B; 3W9T A; 3A07 A; 3HSM A; 2KI4 A; 4IMV A; 4Q2V A; 4D8H A; 1OBT A; 3HBW A; 3CRH A; 4QBV A; 1HWN A; 1KNM A; 2OQA A; 2K4A B; 1FGA A; 2MLL A; 1V6W A; 5FZU A; 1PC8 A; 3CA6 A; 1GIS A; 3ZC8 A; 1JQZ A; 4I4Q A; 5GAQ A; 4P2C A; 4EMF A; 4CJM A; 3N7K A; 2Z48 A; 4ZFY B; 1AVW B; 4JAW A; 1J1Q A; 5BOZ A; 3IM5 A; 1ABR B; 1IT0 A; 4ZT8 A; 1HWO A; 2D22 A; 4LO1 A; 2HZ9 A; 2D24 A; 3O4C A; 3VUO A; 4FXA A; 1E0O A; 5BQU C; 5CF9 B; 1ISY A; 2XOA A; 4HOA A; 3NJS A; 3BA4 A; 3VT0 A; 1HKN A; 4I8M A; 1RZO B; 2AQZ A; 1D6A A; 1N4K A; 1DLL A; 2X2T A; 4FZ9 A; 1J1R A; 1XG6 A; 4FBA A; 3Q4P A; 21BI A; 2AXM A; 5JLV A; 1II4 A; 3OGF A; 4ZA3 A; 3I29 B; 1Q04 A; 2J3P A; 1QCG A; 4LO2 C; 1W3G A; 2D7R A; 2HWM A; 1CVS A; 41BI A; 4Z9K A; 4G1R A; 4DWM A; 1IFU A; 5J57 A; 2RST A; 3O4O A; 2ZQO A; 2BFH A; 4DEN A; 1LP8 A; 4QD2 B; 3V0B A; 3FUO A; 1HWM A; 5BXS A; 1IHK A; 1JT5 A; 5BXP A; 1I1E A; 3S8K A; 1FWU A; 1HWN B; 3NBC A; 1QQL A; 1AVA C; 2DRZ A; 5GM7 A; 3O44 A; 4I3N A; 3FJD A; 1JT7 A; 2MLL B; 2PQI A; 1YBI A; 4L4I A; 3Q7W A; 3N1N A; 1FMZ A; 4P6A A; 5D63 A; 3WO4 A; 3UD8 A; 4IY9 A; 4GOY A; 4KEI A; 2ESU A; 3OBT A; 1BR6 A; 1R8N A; 5HPZ A; 1BLD A; 4HR6 C; 4ZKT B; 1CF5 A; 2D20 A; 1OQL A; 3CRG A; 2KLL A; 4H0Z A; 2PJO A; 4LGP A; 1V6U A; 4G9M A; 5FZZ A; 3LTQ A; 3SNV A; 1CE7 A; 3HMY A; 1FWV A; 1TCS A; 3BRD A; 3BA5 A; 2ET2 A; 2Z4U A; 3O49 A; 4ZA3 B; 5BVP I; 2Y9X E; 1ISZ A; 4YP2 B; 1W3F A; 4YOL A; 4JKX A; 3IIR A; 4KBB A; 2E4M A; 3N5D A; 3NJ5 A; 2R9K B; 3ZXD A; 1RML A; 3FJK A; 5F8S A; 1S0D A; 3JRR A; 3BAU A; 3FJH A; 3F1R A; 1ONK A; 3UD7 A; 1IRP A; 1DFC A; 4O4Q A; 5I1B A; 1DQO A; 4KUC A; 3SRP A; 3FUQ A; 4KMK A; 1IL9 A; 1HWM B; 3IM6 A; 4XY7 A; 2FFV A; 4X3A A; 3OJ2 A; 1BA7 A; 3BWH A; 3N7M A; 3OGG A; 3FJA A; 3B9U A; 1DJS B; 3AZW A; 3KU0 A; 2G5X A; 1SZ6 A; 4F9N A; 3N2D A; 2HW9 A; 1QXM A; 2Q3N B; 3BJG A; 2NTD A; 4USP A; 5DVH A; 2Z53 A; 2AFG A; 5EC5 A; 1HWP A; 3LE7 A; 2K43 A; 3NBE A; 3NX9 A; 9ILB A; 1V6V A; 5F8W A; 3NBN A; 1T9F A; 4ION A; 4QD2 C; 2P8N A; 4I96 A; 4OEF A; 2Y9W C; 5DUY A; 2R3D A; 4Q9F A; 1NZK A; 1IL5 A; 2VC3 A; 5BXT A; 2L5X A; 4JQ0 A; 4I4P A; 4LGR A; 1MRI A; 4H9W A; 4PC4 A; 2F8X C; 3S9Q A; 1YF8 A; 4JKX B; 3PX9 X; 1Z0H A; 2KKI A; 4USO A; 1PAF A; 4FBB A; 1AVX B; 1WD4 A; 4D0Z A; 4LO1 C; 3MY6 A; 2ERM A; 1BFC A; 1PUM B; 4ZLB A; 3CA4 A; 1S0G A; 3S8J A; 1QCI A; 1JT4 A; 2QN4 A; 5D62 A; 3V2K A; 1K5U A; 2ZR1 A; 3IM7 A; 4IZE A; 3N1D A; 3MRY A; 1UQ5 A; 1VCL A; 3A21 A; 5CST A; 1F8Q A; 1YXW A; 1G9C A; 4I4Y A; 2M49 A; 4L4H A; 4AN7 B; 1TFM A; 2Z49 A; 3WO3 A; 2WRY A; 2GO2 A; 3BAG A; 3OJV A; 1F31 A; 3EJ5 X; 1SZ6 B; 4Z9W A; 4KPV A; 3T8S A; 4WBC A; 1BLA A; 3WO2 A; 2BEA A; 4I7I A; 4II0 A; 4I0Y A; 4H04 A; 4LGS A; 4ZFU A; 4X39 A; 1MC9 A; 3CA5 A; 4J2Y A; 4ZFW B; 1RG8 A; 4MX1 A; 3R4S A; 2LIE A; 1R8O A; 3FJE A; 3D7W B; 3WA1 A; 5G00 A; 5SV3 B; 1MRK A; 5F90 A; 3MRW A; 3AZV A; 5FNW A; 1XHB A; 4I4O A; 3JUT A; 1P63 A; 5FZY A; 1V6X A; 3BAD A; 2AAI A; 3QJI A; 1K5V A; 1ITB A; 3K1X A; 3Q7Y A; 1QCJ A; 1IRA X; 1DZD A; 1S0F A; 3HIT A; 4OUJ A; 1JT3 A; 3O4B A; 4F83 A; 1EV2 A; 4A7K A; 2HWA A; 5FNX A; 4ZLB B; 2P23 A; 3PUB A; 1EPW A; 2UUS A; 5CSO A; 2ZR1 B; 1ISX A; 3SJ6 A; 1AF9 A; 3CAH A; 1PC8 B; 4I1B A; 4EFR A; 3RTJ A; 4OEG A; 1NIO A; 1I1B A; 3LC9 A; 1TFM B; 4JRA A; 3HIV A; 2KH2 A; 1HWO B; 3CRI A; 3OJM A; 3CA3 A; 3RSJ A; 4AN6 A; 4Z8S A; 3MVG A; 3PX8 X; 4KEK A; 2E4M C; 4Z9W B; 1AHB A; 3AH2 A; 4XFS A; 3POK A; 3VSF A; 1BAS A; 1J0S A; 4ZFU B; 3PG0 A; 4JTB A; 4X38 A; 3BB2 A; 3NFM A; 1JLX A; 4G6J A; 1G9A A; 3VEQ A; 4QAL A; 4J2S A; 1G9B A; 1OBS A; 5BOW A; 1ILR 1; 3E8L C; 4O0O A; 2Q8W A; 1GGP A; 3VT2 A; 1BR5 A; 3PME A; 1D8V A; 5F8Y A; 1YTO A; 3AKF A; 1SR4 A; 3BAH A; 4QBC A; 3ZXG A; 4M1U A; 2K6H A; 3TC2 A; 1PZZ A; 3C9Z A; 3Q7X A; 2D7I A; 3RMY A; 2AAI B; 4JTP A; 4XKI A; 4P0J A; 1S0B A; 31BI A; 3AH4 A; 3V0B B; 2QYI B; 2D1Z A; 4EFP A; 1DIW A; 4HUP X; 1FN0 A; 3QYD A; 2PQJ A; 4I4S A; 1D0H A; 1IL4 A; 4GP0 A; 3V79 C; 1ISW A; 2BEB A; 3BAV A; 1IIL A; 4HUO X; 2R2X A; 4I4X A; 1FV3 A; 3I2A A; 1XYF A; 3CA0 A; 4KEJ A; 1TP0 A; 2GZB A; 2FFU A; 3FJB A; 4QKS A; 3RTI A; 2VLC A; 1OQL B; 5B2H A; 2VC4 A; 4A7Z A; 5GZ7 A; 3HIS A; 2VU9 A; 3UJ4 A; 5DSS B; 5EHA A; 4DEP A; 4I4U A; 4EB2 A; 3CQA A; 1BFF A; 3H6S E; 1TOO A; 1JY0 A; 1CE7 B; 3HIO A; 3HIW A; 3MK9 A; 3I2X A; 2ZQN A; 3BA7 A; 2JJR A; 2DRE A; 4IQP A; 4EMR A; 3V14 A; 1QI7 A; 4IYB A; 1QQK A; 3ILA A; 4XFT A; 2DRY A; 1QD2 A; 2B7U A; 3U70 A; 4FBH A; 1HCD A; 3HOM A; 3A23 A; 1GGP B; 4GAF A; 4J23 B; 4ZZ6 A; 1M16 A; 2VUA A; 3N7J A; 1MRJ A; 3NBD A; 2K8R A; 4OWJ A; 2NZ9 A; 4QO3 A; 1RZO A; 3N7L A; 1ONK B; 3WMU A; 3AKG A; 1AVU A; 1BFG A; 1DM0 A; 2QES A; 4L66 A; 2GA4 A; 1LPD A; 4DCK C; 1NUN A; 3UJ0 A; 3AKH A; 2JDL A; 1WD3 A; 3BX1 C; 3N31 A; 4FB9 A; 4LO0 A; 1TWE A; 3BAO A; 3R4U A; 4JPZ A; 1FMM S; 1BFB A; 5DDZ A; 2D44 A; 4LO3 C; 4ISQ A; 5BP5 A; 1MRH A; 2RG9 A; 2F2F A; 1Z2V A; 4I4V A; 1L2H A; 3EF2 A; 4M5A A; 1XZZ A; 1G9D A; 3RTI B; 1HWP B; 3WIN A; 4TLP A; 4O8E A; 1S0C A; 4Q9P A; 1Q03 A; 2MIB A; 2D43 A; 4EB2 B; 1BRY Y; 4LO3 A; 3PHZ A; 4OEE A; 4A7Y A; 1AHC A; 3CU1 B; 3UD9 A; 4ZU0 A; 2X2S A; 2NM1 A; 1M2T A; 5E1H A; 3HAL A; 4GAI A; 1APA A; 1PUU A; 5CIX A; 1LPC A; 3HN1 A; 4JKQ A; 1FQ9 A; 3AJ5 A; 1YF8 B; 5D61 A; 1IL3 A; 1TWM A; 1DFQ A; 3FJJ A; 2VSA A; 2P39 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1J4G A; 4IZX A; 3A22 A; 3FFZ A; 4X37 A; 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