The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
149
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structure length |
149
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Chain Sequence |
VRSLNCTLRDSQQKSLVMSGPYELKALHLQGQDMEQQVVFSMSFVQGEESNDKIPVALGLKEKNLYLSSVLKDDKPTLQLESVDPKNYPKKKMEKRFVFNKIEINNKLEFESAQFPNWYISTSQAENMPVFLGGTKGGQDITDFTMQFV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cytokine
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
INTERLEUKIN-1 BETA PRECURSOR
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| total genus |
25
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| structure length |
149
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| sequence length |
149
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1991-03-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00340 | IL1 | Interleukin-1 / 18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2L5X A; 2QYI B; 2F8X C; 1AVA C; 3N7L A; 4XKI A; 4QBC A; 5DUY A; 3BTA A; 2NVH A; 2P39 A; 3ZC9 A; 4HA2 A; 9ILB A; 3BAU A; 1BLA A; 4JKX B; 2ESU A; 5I1B A; 1NUN A; 1BAS A; 4LO7 B; 3CA6 A; 5DSS B; 5JLV A; 3PME A; 5BVP I; 4OEE A; 4KBB A; 1YBI A; 2WBC A; 4IZE A; 5FZU A; 1HWM B; 3D7W B; 1Z2V A; 3MAL A; 2AFG A; 3BAO A; 5D63 A; 3W9T A; 3I29 B; 4OEG A; 1J0S A; 3BA5 A; 1G9A A; 1VCL A; 4JP0 A; 3FJB A; 4ION A; 3VSF A; 3S8K A; 2WRY A; 3CRI A; 3AKG A; 1QQL A; 1Q03 A; 4WBC A; 3PHZ A; 21BI A; 2D1Z A; 4A7Y A; 1W3A A; 3NJ5 A; 3Q7W A; 4L4I A; 1A8D A; 3ZX7 A; 4LO2 C; 3FFZ A; 2R9K B; 3POK A; 1WD4 A; 2P23 A; 3BAV A; 1R8O A; 3H6R B; 1UPS A; 1IOB A; 3HMY A; 4OEF A; 1WBC A; 1YYN A; 4DEP A; 3O44 A; 1TIE A; 2M49 A; 4FGF A; 1CE7 B; 3AKF A; 8I1B A; 1JQZ A; 4JPZ A; 4IZX A; 5F8S A; 1JTC A; 3FJ8 A; 1N4K A; 1JT7 A; 5DVH A; 2K43 A; 2YUG A; 4I4P A; 1DJS B; 2FFU A; 3V0B B; 1TFM B; 5FNX A; 2KKI A; 4EEE B; 1ISW A; 3CA5 A; 1T9F A; 3Q7X A; 5BOW A; 4ZGR B; 3FJF A; 2X2T A; 4I4Y A; 4GP0 A; 4DEN A; 4XFU A; 1WBA A; 5BQU C; 3R4U A; 3IM5 A; 3BB2 A; 3IAG C; 1V6U A; 2Y9W C; 1TTU A; 5FZZ A; 1I1E A; 2ET2 A; 2K8R A; 3ILA A; 4ZFY B; 4ZFW B; 1IT0 A; 1XG6 A; 4IYB A; 1RG8 A; 2DRY A; 4J2S A; 3NBN A; 3OJM A; 4KEI A; 1QQK A; 4CJM A; 4ISR A; 2UUS A; 3N7J A; 4JKQ A; 3PUB A; 3MPP G; 2ERM A; 1S0F A; 3HSM A; 1NZK A; 4D0T A; 3RMX A; 5BQU A; 2BEA A; 1FN0 A; 4I4R A; 5EC5 A; 5HPZ A; 3CRH A; 4ZA3 B; 3VT0 A; 1WD3 A; 3BA7 A; 4G6M A; 2KI6 B; 3AZW A; 3AZV A; 3PG0 A; 3A07 A; 4J23 B; 2HWM A; 1HWO B; 4I7I A; 1HWN B; 3OJ2 A; 4QKR A; 6I1B A; 2RG9 B; 3O3Q A; 4LO8 B; 4J2K A; 4LO7 C; 3IIR A; 3O4A A; 4OWJ A; 3P6I A; 1BFC A; 4F34 A; 2DRE A; 1HIB A; 4USO A; 3CAH A; 1PUM B; 2ZQN A; 1AFC A; 4JAW A; 1CVS A; 3WMU A; 3JRR A; 1BFF A; 1JLX A; 4I8M A; 1G9D A; 2VSA A; 3A22 A; 4DCK C; 1EYL A; 3QR5 A; 2VLC A; 5F8Y A; 2KLL A; 3SNV A; 2NYY A; 3A23 A; 4I4S A; 1V6X A; 1S0D A; 1HKN A; 5BXP A; 2GO2 A; 1HCD A; 2BFH A; 1FMM S; 3HBW A; 3AKH A; 3T8S A; 3RTJ B; 3N7K A; 1DQO A; 5D61 A; 1V6W A; 1ISV A; 1S0L A; 1XZZ A; 4ZOT A; 5FNW A; 1BLD A; 1DLL A; 2NP0 A; 3I2A A; 3RTI B; 1D0H A; 3C9Z A; 3LTQ A; 1S0B A; 1AF9 A; 1Z0H A; 3CA1 A; 4XFS A; 3FUO A; 3UJ4 A; 4I4U A; 4P0K A; 3B9U A; 4QBV A; 1G9B A; 4X3A A; 3FJC A; 3BRG C; 5D62 A; 3H6S E; 2NM1 A; 1AVU A; 3FUQ A; 1ITB A; 1HWP B; 3H6R A; 2NZ9 A; 3NBD A; 3AH1 A; 3Q7Y A; 4GAI A; 4IHZ A; 1DZC A; 2DS0 A; 1DFQ A; 2D7I A; 3CRG A; 4OUJ A; 3R4S A; 2VUA A; 3EF2 A; 31BI A; 1FV3 A; 4X37 A; 1ABR B; 1IRA X; 1EVT A; 4GAF A; 5F90 A; 4JRA A; 2RST A; 4JQ0 A; 4LO2 A; 3AJ5 A; 2FGF A; 3V0B A; 1BFB A; 5F8W A; 1PC8 B; 3FJE A; 1GGP B; 3BA4 A; 4X38 A; 3UD9 A; 1DQG A; 4I6I A; 4EFQ A; 3KMV A; 2E4M C; 3O4C A; 4TLP A; 3VWC A; 4J2X A; 2Y9X E; 3WO2 A; 1AVW B; 5E24 E; 1JY0 A; 2D20 A; 2HWA A; 4G1R A; 2FDB M; 3K1X A; 4QKS A; 3NBC A; 4I1B A; 3BAH A; 3JUT A; 1W3G A; 5B2H A; 3WO3 A; 4HR6 C; 1DIW A; 1II4 A; 2VSE A; 1BFG A; 1R8N A; 1JT5 A; 2AXM A; 2F2F C; 3BAG A; 4FVV A; 1ILR 1; 1DZD A; 2IWT B; 1Z4S A; 1PUU B; 1RY7 A; 2E4M A; 1BAR A; 3FJH A; 1PWA A; 1IJT A; 3CU1 B; 4ZFU B; 4LO1 C; 4Q9P A; 2Y9G A; 2AAI B; 4G9M A; 2D23 A; 1FGA A; 3HN1 A; 3P53 A; 3UD8 A; 3H6Q A; 1S0G A; 2D7R A; 3IM6 A; 2BEB A; 1AVX B; 4GOY A; 4H9W A; 41BI A; 4EFP A; 3A21 A; 2F2F A; 3VT1 A; 3FJD A; 4HJJ A; 1SR4 C; 1XHB A; 1PZZ A; 1Q04 A; 3IM7 A; 4I4V A; 4Q9G A; 5BP5 C; 2KI4 A; 1K5U A; 4LO1 A; 1Q1U A; 4EFR A; 2FO1 A; 3CA3 A; 3WO4 A; 3OBR A; 5BXR A; 4KEK A; 1HCE A; 3V0A B; 2LIQ A; 5GAQ A; 3HOM A; 1S0E A; 1IHK A; 4EB2 B; 3O4D A; 2D43 A; 3AJ6 A; 1SR4 A; 1RML A; 3VSZ A; 4I3N A; 1ONK B; 4LO3 C; 4QD2 C; 1IRP A; 4A7K A; 5BP5 A; 4F83 A; 3ZXD A; 4GOV A; 1EV2 A; 1BA7 A; 3CQA A; 1E0O A; 1V6V A; 2Z48 A; 3FJJ A; 2VU9 A; 3OGG A; 2ZQO A; 1TOO A; 1JLY A; 2VXT I; 4D8H A; 1ISX A; 1ISY A; 1K5V A; 1RZO B; 2MIB A; 5EHA A; 4IQP A; 3AH2 A; 4LO3 A; 2ZR1 B; 2AQZ A; 3CA4 A; 1P63 A; 2IHO A; 2J3P A; 4A7Z A; 4QD2 B; 3N7M A; 4I0Y A; 3V79 C; 1F31 A; 1FWU A; 3BAQ A; 3TC2 A; 4XFT A; 4D0Z A; 3F62 B; 3FGM A; 4G9N A; 4IY8 A; 2GZB A; 3AKI A; 1JT4 A; 4Z9W B; 3N0K A; 2I1B A; 1L2H A; 3BAD A; 3QYD A; 2D24 A; 3NBE A; 3FJI A; 3OBT A; 5EG6 C; 3S8J A; 4ZKT B; 3O4O A; 1TWE A; 1TP0 A; 3F1R A; 2X2S A; 3RMY A; 4Q91 A; 5BXS A; 1AXM A; 2LIE A; 2Y9F A; 4P0L A; 2RQ9 A; 2NTD A; 4AN6 A; 1XYF A; 3FJA A; 3O49 A; 5FZY A; 1G82 A; 4OW4 A; 4LO0 C; 3OJV A; 4USP A; 1YXW A; 2HW9 A; 4I4X A; 5DZU A; 3BRD A; 4PC4 A; 1I1B A; 3WIN C; 4I4Q A; 4R6U B; 4H04 A; 1JT3 A; 3BX1 C; 4II0 A; 3OGF A; 3BRF A; 3UJ0 A; 1EPW A; 3CA0 A; 4OWK A; 1W3F A; 4I1E A; 1OQL B; 2MC2 A; 1DFC A; 1ISZ A; 2VXR A; 3WA1 A; 1MD6 A; 4ISQ A; 1TWM A; 3FJ9 A; 1M2T B; 4END A; 5G00 A; 4LO0 A; 2KH2 A; 3WMV A; 3ZXG A; 2D22 A; 4KC3 A; 2D44 A; 3AH4 A; 3WIN A; 4I37 A; 4EKX B; 3UDA A; 1QXM A; 2QN4 A; 4OWL A; 3RSJ A; 4AN7 B; 2Q9X A; 4G6J A; 1MC9 A; 4QO3 A; 3O4B A; 1M16 A; 1FV2 A; 4J2Y A; 4KEJ A; 7I1B A; 3VEQ A; 4ZLB B; 3ZC8 A; 3E8L C; 1YTO A; 3VT2 A; 4GP3 A; 4L4H A; 4YOL A; 2XOA A; 3I2X A; 3FJK A; 1T4Q A; 1KNM A; 4QC4 A; 4X39 A; 3V0A A; 5JMC A; 1S0C A; 2Q3N B; 2Z49 A; 4Z8S B; 1G9C A; 4P0J A; 3P6J A; 4P6A A; 3HAL A; 2DRZ A; 1IIL A; 2MLL B; 1FQ9 A; 4I96 A; 2HZ9 A; 4I2S A; 1FWV A; 4IY9 A; 1SZ6 B; 3VUO A; 4I4O A; 4QAL A; 1YF8 B; 3LLP A; 2FFV A; 5BXT A; 4ZBV B; 1FMZ A; 2K4A B; 3O5W B; 3UD7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2L5X A; 2QYI B; 2F8X C; 1AVA C; 3N7L A; 4XKI A; 4QBC A; 5DUY A; 3BTA A; 2NVH A; 2P39 A; 3ZC9 A; 4HA2 A; 9ILB A; 3BAU A; 1BLA A; 4JKX B; 2ESU A; 5I1B A; 1NUN A; 1BAS A; 4LO7 B; 3CA6 A; 5DSS B; 5JLV A; 3PME A; 5BVP I; 4OEE A; 4KBB A; 1YBI A; 2WBC A; 4IZE A; 5FZU A; 1HWM B; 3D7W B; 4MZG B; 1Z2V A; 3MAL A; 2AFG A; 3BAO A; 5D63 A; 3W9T A; 3I29 B; 4OEG A; 1J0S A; 3BA5 A; 1G9A A; 1VCL A; 4JP0 A; 3FJB A; 4ION A; 3VSF A; 3S8K A; 2WRY A; 3CRI A; 3AKG A; 1QQL A; 1Q03 A; 4WBC A; 3PHZ A; 21BI A; 2D1Z A; 4A7Y A; 1W3A A; 4MZF B; 3NJ5 A; 3Q7W A; 4L4I A; 1A8D A; 3ZX7 A; 4LO2 C; 3FFZ A; 2R9K B; 3POK A; 1WD4 A; 2P23 A; 3BAV A; 1R8O A; 3H6R B; 1UPS A; 1IOB A; 3HMY A; 4OEF A; 1WBC A; 1YYN A; 4DEP A; 3O44 A; 1TIE A; 2M49 A; 4FGF A; 1CE7 B; 3AKF A; 8I1B A; 1JQZ A; 4JPZ A; 4IZX A; 5F8S A; 1JTC A; 3FJ8 A; 1N4K A; 1JT7 A; 5DVH A; 2K43 A; 2YUG A; 4I4P A; 1DJS B; 2FFU A; 3V0B B; 1TFM B; 5FNX A; 2KKI A; 4EEE B; 1ISW A; 3CA5 A; 1T9F A; 3Q7X A; 5BOW A; 4ZGR B; 3FJF A; 2X2T A; 4I4Y A; 4GP0 A; 4DEN A; 4XFU A; 1WBA A; 5BQU C; 3R4U A; 3IM5 A; 3BB2 A; 3IAG C; 1V6U A; 2Y9W C; 1TTU A; 5FZZ A; 1I1E A; 2ET2 A; 2K8R A; 3ILA A; 4ZFY B; 4ZFW B; 1IT0 A; 1XG6 A; 4IYB A; 1RG8 A; 2DRY A; 4J2S A; 3NBN A; 3OJM A; 4KEI A; 1QQK A; 4CJM A; 4ISR A; 2UUS A; 3N7J A; 4JKQ A; 3PUB A; 3MPP G; 2ERM A; 1S0F A; 3HSM A; 1NZK A; 4D0T A; 3RMX A; 5BQU A; 2BEA A; 1FN0 A; 4I4R A; 5EC5 A; 5HPZ A; 3CRH A; 4ZA3 B; 3VT0 A; 1WD3 A; 3BA7 A; 4G6M A; 2KI6 B; 3AZW A; 3AZV A; 3PG0 A; 3A07 A; 4J23 B; 2HWM A; 1HWO B; 4I7I A; 1HWN B; 3OJ2 A; 4QKR A; 6I1B A; 2RG9 B; 3O3Q A; 4LO8 B; 4J2K A; 4LO7 C; 3IIR A; 3O4A A; 4OWJ A; 3P6I A; 1BFC A; 4F34 A; 2DRE A; 1HIB A; 4USO A; 3CAH A; 1PUM B; 2ZQN A; 1AFC A; 4JAW A; 1CVS A; 3WMU A; 3JRR A; 1BFF A; 1JLX A; 4I8M A; 1G9D A; 2VSA A; 3A22 A; 4DCK C; 1EYL A; 3QR5 A; 2VLC A; 5F8Y A; 2KLL A; 3SNV A; 2NYY A; 3A23 A; 4I4S A; 1V6X A; 1S0D A; 1HKN A; 5BXP A; 2GO2 A; 1HCD A; 2BFH A; 1FMM S; 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1RY7 A; 2E4M A; 1BAR A; 3FJH A; 1PWA A; 1IJT A; 3CU1 B; 4ZFU B; 4LO1 C; 4Q9P A; 2Y9G A; 2AAI B; 4G9M A; 2D23 A; 1FGA A; 3HN1 A; 3P53 A; 3UD8 A; 3H6Q A; 1S0G A; 2D7R A; 3IM6 A; 2BEB A; 1AVX B; 4GOY A; 4H9W A; 41BI A; 4EFP A; 3A21 A; 2F2F A; 3VT1 A; 3FJD A; 4HJJ A; 1SR4 C; 2NS2 A; 1XHB A; 1PZZ A; 1Q04 A; 3IM7 A; 4I4V A; 4Q9G A; 5BP5 C; 2KI4 A; 1K5U A; 4LO1 A; 1Q1U A; 4EFR A; 2FO1 A; 3CA3 A; 3WO4 A; 3OBR A; 5BXR A; 4KEK A; 1HCE A; 3V0A B; 2LIQ A; 5GAQ A; 3HOM A; 1S0E A; 1IHK A; 4EB2 B; 3O4D A; 2D43 A; 3AJ6 A; 1SR4 A; 1RML A; 3VSZ A; 4I3N A; 1ONK B; 4LO3 C; 4QD2 C; 1IRP A; 4A7K A; 5BP5 A; 4F83 A; 3ZXD A; 4GOV A; 1EV2 A; 1BA7 A; 3CQA A; 1E0O A; 1V6V A; 2Z48 A; 3FJJ A; 2VU9 A; 3OGG A; 2ZQO A; 1TOO A; 1JLY A; 2VXT I; 4D8H A; 1ISX A; 1ISY A; 1K5V A; 1RZO B; 2MIB A; 5EHA A; 4IQP A; 3AH2 A; 4LO3 A; 2ZR1 B; 2AQZ A; 3CA4 A; 1P63 A; 2IHO A; 4H75 A; 2J3P A; 4A7Z A; 4QD2 B; 3N7M A; 4I0Y A; 3V79 C; 1F31 A; 1FWU A; 3BAQ A; 3TC2 A; 4XFT A; 4D0Z A; 3F62 B; 3FGM A; 4G9N A; 4IY8 A; 2GZB A; 3AKI A; 1JT4 A; 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