The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
82
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sequence length |
257
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structure length |
257
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Chain Sequence |
TSFTRNIVGRDGLCVDVRNGYDTDGTPLQLWPCGTQRNQRWTFDSDDTIRSMGKCMTANGLNNGSNIVIFNCSTAAENAIKWEVPIDGSIINPSSGLVMTAPRAASRTILLLEDNIYAASQGWTVTNNVKPIVASIVGYKEMCLQSNGENNGVWMEDCEATSLQQQWALYGDRTIRVNSTRGLCVTTNGYNSKDLIIILKCQGLPSQRWFFNSDGAIVNPKSRLVMDVRASNVSLREIIIFPATGNPNQQWVTQVLP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for sugar recognition, including the Tn carcinoma antigen, by the lectin SNA-II from Sambucus nigra
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Agglutinin II
|
| molecule tags |
Sugar binding protein, plant protein
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| total genus |
82
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| structure length |
257
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| sequence length |
257
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| ec nomenclature |
ec
3.2.2.22: rRNA N-glycosylase. |
| pdb deposition date | 2008-02-19 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00652 | Ricin_B_lectin | Ricin-type beta-trefoil lectin domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V0B B; 3D7W B; 5DUY A; 1HWO B; 2F2F C; 2UUS A; 2Y9G A; 2FO1 A; 4I4P A; 2VU9 A; 1FV3 A; 1FGA A; 4G9M A; 1PC8 B; 3ZXD A; 4R6U B; 3FJD A; 5GAQ A; 3Q7W A; 5FZZ A; 3FJ9 A; 4IHZ A; 1TWE A; 3N7M A; 4QKR A; 4I4Y A; 4ZFW B; 4H9W A; 2DS0 A; 1IIL A; 4X3A A; 2MC2 A; 3O4A A; 1HKN A; 2I1B A; 1XYF A; 21BI A; 4QAL A; 1KNM A; 1PUM B; 1OQL B; 3CRH A; 4GP3 A; 5E24 E; 3PME A; 4J23 B; 1RY7 A; 1JY0 A; 4EFP A; 2KI4 A; 3BAV A; 3A23 A; 4A7K A; 1TP0 A; 1JTC A; 4Z9W B; 3HN1 A; 3RTI B; 3LTQ A; 1BLA A; 3JRR A; 3KMV A; 4LO0 C; 2Q3N B; 1TOO A; 1W3A A; 1R8N A; 1V6X A; 4IZX A; 5FNX A; 3BAQ A; 4QBV A; 2LIQ A; 3H6R B; 6I1B A; 3T8S A; 4ISQ A; 2BEB A; 2D43 A; 3V0A B; 4XFS A; 1A8D A; 3WO3 A; 2D44 A; 3BX1 C; 3OGG A; 3EF2 A; 3Q7X A; 1QXM A; 1DZC A; 3BTA A; 1R8O A; 1T9F A; 3BA4 A; 1IHK A; 2ZR1 B; 3O4B A; 4X38 A; 2HZ9 A; 3CA5 A; 3HMY A; 1G9C A; 4ZLB B; 3N0K A; 1BLD A; 1AVU A; 2NZ9 A; 4I4S A; 4IZE A; 3VSF A; 1DQG A; 4I4O A; 4QKS A; 3WIN C; 3I29 B; 4EKX B; 3BAO A; 3AKG A; 1BFG A; 3IM7 A; 4I4U A; 4AN6 A; 4END A; 4GAF A; 3RMX A; 4I1B A; 5DZU A; 3UD7 A; 1V6W A; 1XZZ A; 3N7L A; 3R4S A; 4KEJ A; 5FNW A; 3V79 C; 1II4 A; 3CQA A; 2D1Z A; 3O5W B; 2K43 A; 1ISW A; 1V6V A; 3VEQ A; 4TLP A; 4I4R A; 5EHA A; 1S0D A; 1IJT A; 4IY8 A; 2VXT I; 4GOV A; 5BOW A; 3F62 B; 1YF8 B; 7I1B A; 1NZK A; 3FJK A; 4LO2 A; 3F1R A; 4ZA3 B; 2Z48 A; 3VUO A; 3NBC A; 3FJB A; 4I4X A; 3FFZ A; 3VWC A; 3FJ8 A; 2VLC A; 1PZZ A; 2D22 A; 3P6I A; 4LO1 C; 4J2S A; 2E4M C; 4ION A; 3OJV A; 2F8X C; 3FJI A; 1QQL A; 3UDA A; 1CE7 B; 1SZ6 B; 2L5X A; 1IRA X; 1SR4 C; 3O4C A; 3JUT A; 5D62 A; 5F8Y A; 1TTU A; 1BFC A; 4KEK A; 4QD2 C; 5BP5 A; 4F83 A; 3VSZ A; 3FGM A; 4L4I A; 5D63 A; 1W3G A; 3CA1 A; 1EYL A; 3V0B A; 3QYD A; 4KBB A; 3OBT A; 31BI A; 3POK A; 3R4U A; 3PHZ A; 4OWK A; 4QC4 A; 4XFT A; 1AXM A; 1W3F A; 2KH2 A; 4Q91 A; 3BAH A; 3WO2 A; 3A21 A; 4DEP A; 4HJJ A; 3I2X A; 1PUU B; 1BAR A; 2M49 A; 4ZKT B; 1E0O A; 4A7Y A; 3VT0 A; 1RG8 A; 1I1E A; 1DFC A; 4LO3 C; 4LO1 A; 2IWT B; 3MPP G; 9ILB A; 4I6I A; 3NBD A; 3Q7Y A; 4KC3 A; 2NYY A; 5BXS A; 3BA5 A; 4Z8S B; 3ZX7 A; 2NTD A; 1K5U A; 3HBW A; 4HA2 A; 3O4O A; 4OWL A; 1JLY A; 1T4Q A; 4G6J A; 2AXM A; 3CA4 A; 4I96 A; 2F2F A; 2HWM A; 4JAW A; 2GZB A; 4Q9P A; 1HCE A; 2KLL A; 3ZC9 A; 4D0T A; 3FJF A; 2ZQO A; 2Y9X E; 3K1X A; 1BAS A; 5JLV A; 1FMZ A; 4D0Z A; 4A7Z A; 4P0J A; 2J3P A; 1S0E A; 3H6R A; 3AJ6 A; 4I4Q A; 3V0A A; 3O44 A; 4JQ0 A; 3OBR A; 3W9T A; 4I8M A; 3CA6 A; 5D61 A; 1G9A A; 1M2T B; 1YYN A; 4IQP A; 1EV2 A; 2RQ9 A; 1AF9 A; 3CAH A; 2XOA A; 2X2T A; 5BVP I; 2P39 A; 2ERM A; 4GOY A; 4YOL A; 2D23 A; 3AZV A; 3LLP A; 3RTJ B; 4OEE A; 4G1R A; 2WRY A; 1IOB A; 4I2S A; 4LO0 A; 2ESU A; 3OJM A; 5BQU C; 3UJ0 A; 1TFM B; 1IT0 A; 4OUJ A; 1Z2V A; 3CA3 A; 1BFF A; 1K5V A; 1YTO A; 4ZOT A; 1J0S A; 1JT7 A; 4I37 A; 2AFG A; 2Y9W C; 2K8R A; 1JT5 A; 3BRF A; 1CVS A; 3S8J A; 3TC2 A; 2Q9X A; 1D0H A; 1HWM B; 1HWP B; 4P0K A; 2X2S A; 4EFR A; 3WMV A; 5F8W A; 4J2K A; 1S0B A; 3AH1 A; 4G6M A; 4CJM A; 5BXP A; 3PG0 A; 1MC9 A; 4F34 A; 3ZXG A; 2WBC A; 1WD3 A; 1FQ9 A; 4P6A A; 1M16 A; 3B9U A; 3WA1 A; 1FWU A; 1DLL A; 4J2X A; 4IYB A; 2RST A; 2DRZ A; 4ZBV B; 3N7K A; 2P23 A; 3PUB A; 3WIN A; 1P63 A; 3AH2 A; 1FV2 A; 2BFH A; 4IY9 A; 3BB2 A; 1FN0 A; 2Z49 A; 4I3N A; 3IM5 A; 4X39 A; 4LO7 C; 4ISR A; 1ITB A; 2AAI B; 3H6Q A; 1Q03 A; 2Y9F A; 1ISX A; 5FZU A; 3UD8 A; 4D8H A; 4EEE B; 4L4H A; 3NBE A; 4XKI A; 1RML A; 2GO2 A; 1G9D A; 3BA7 A; 3P6J A; 2DRY A; 1YXW A; 2VSE A; 3I2A A; 1FMM S; 3CU1 B; 3RMY A; 4ZGR B; 3OJ2 A; 1Z0H A; 1RZO B; 3AKF A; 3BAG A; 1DQO A; 3P53 A; 3SNV A; 4DEN A; 3O3Q A; 3NBN A; 3NJ5 A; 2KKI A; 2R9K B; 4I7I A; 3UD9 A; 2VUA A; 2D24 A; 5DSS B; 5B2H A; 1ISV A; 1HCD A; 4JP0 A; 4USO A; 3O49 A; 4OEG A; 3E8L C; 2E4M A; 3HSM A; 4LO7 B; 1JT4 A; 3QR5 A; 1L2H A; 1EPW A; 4EB2 B; 4JRA A; 4QD2 B; 4II0 A; 1HWN B; 1ISZ A; 1S0L A; 1SR4 A; 1V6U A; 3VT2 A; 4XFU A; 5G00 A; 1G82 A; 4JKX B; 3S8K A; 5HPZ A; 2FDB M; 3OGF A; 1PWA A; 2QN4 A; 2IHO A; 5I1B A; 1UPS A; 2K4A B; 4JKQ A; 1JT3 A; 2NM1 A; 2LIE A; 1XG6 A; 3ILA A; 4JPZ A; 3FJC A; 1VCL A; 4X37 A; 5F8S A; 3FJE A; 3H6S E; 3A07 A; 2ZQN A; 3C9Z A; 1ILR 1; 4H04 A; 3VT1 A; 2NP0 A; 3CRG A; 3AZW A; 2QYI B; 1ISY A; 4FVV A; 3BAU A; 2D7I A; 4LO3 A; 1S0F A; 1WD4 A; 4QBC A; 4I0Y A; 1XHB A; 1S0C A; 4LO8 B; 1NUN A; 1Q1U A; 4KEI A; 1QQK A; 1S0G A; 2VSA A; 4QO3 A; 3WMU A; 1WBC A; 3AKI A; 2HW9 A; 1G9B A; 2NVH A; 1AVW B; 1FWV A; 4I4V A; 5F90 A; 1Q04 A; 3IAG C; 1DIW A; 2MIB A; 4LO2 C; 1HIB A; 4ZFU B; 1DJS B; 4FGF A; 5JMC A; 3A22 A; 3WO4 A; 1N4K A; 1WBA A; 1AVA C; 1BA7 A; 2ET2 A; 2D7R A; 3ZC8 A; 5BXR A; 4EFQ A; 4OWJ A; 41BI A; 3AKH A; 2BEA A; 3FJA A; 3AH4 A; 4Q9G A; 3CRI A; 5FZY A; 1F31 A; 4GP0 A; 2RG9 B; 3IIR A; 4OW4 A; 2KI6 B; 1TWM A; 1DFQ A; 4OEF A; 5BXT A; 1DZD A; 4G9N A; 3CA0 A; 3HAL A; 3O4D A; 3FUO A; 4I1E A; 1AFC A; 5BP5 C; 2FGF A; 3BRG C; 4ZFY B; 4WBC A; 5BQU A; 2HWA A; 3RSJ A; 1GGP B; 2VXR A; 3AJ5 A; 8I1B A; 2YUG A; 4J2Y A; 1MD6 A; 2FFV A; 5DVH A; 5EC5 A; 4HR6 C; 3N7J A; 5EG6 C; 4AN7 B; 1IRP A; 4P0L A; 2DRE A; 1ABR B; 3BRD A; 4GAI A; 2MLL B; 3FJH A; 2FFU A; 1JLX A; 3FUQ A; 1EVT A; 1AVX B; 1I1B A; 3BAD A; 4USP A; 1YBI A; 3FJJ A; 1JQZ A; 1ONK B; 1Z4S A; 3HOM A; 3IM6 A; 3MAL A; 4DCK C; 2D20 A; 4PC4 A; 1TIE A; 2AQZ A; 1BFB A; 3UJ4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3V0B B; 3D7W B; 5DUY A; 1HWO B; 2F2F C; 2UUS A; 2Y9G A; 2FO1 A; 4I4P A; 2VU9 A; 1FV3 A; 1FGA A; 4G9M A; 1PC8 B; 3ZXD A; 4R6U B; 3FJD A; 5GAQ A; 3Q7W A; 5FZZ A; 3FJ9 A; 4IHZ A; 1TWE A; 3N7M A; 4QKR A; 4I4Y A; 4ZFW B; 4H9W A; 2DS0 A; 1IIL A; 4X3A A; 2MC2 A; 3O4A A; 1HKN A; 2I1B A; 1XYF A; 21BI A; 4QAL A; 1KNM A; 1PUM B; 1OQL B; 3CRH A; 4GP3 A; 5E24 E; 3PME A; 4J23 B; 1RY7 A; 1JY0 A; 4EFP A; 2KI4 A; 3BAV A; 3A23 A; 4A7K A; 1TP0 A; 1JTC A; 4Z9W B; 3HN1 A; 3RTI B; 3LTQ A; 1BLA A; 3JRR A; 3KMV A; 4LO0 C; 2Q3N B; 1TOO A; 1W3A A; 1R8N A; 1V6X A; 4IZX A; 5FNX A; 3BAQ A; 4QBV A; 2LIQ A; 3H6R B; 6I1B A; 3T8S A; 4ISQ A; 2BEB A; 2D43 A; 3V0A B; 4XFS A; 1A8D A; 3WO3 A; 2D44 A; 3BX1 C; 3OGG A; 3EF2 A; 3Q7X A; 1QXM A; 1DZC A; 3BTA A; 1R8O A; 4MZF B; 1T9F A; 3BA4 A; 4MZG B; 1IHK A; 2ZR1 B; 3O4B A; 4X38 A; 2HZ9 A; 3CA5 A; 3HMY A; 1G9C A; 4ZLB B; 3N0K A; 1BLD A; 1AVU A; 2NZ9 A; 4I4S A; 4IZE A; 3VSF A; 1DQG A; 4I4O A; 4QKS A; 3WIN C; 3I29 B; 4EKX B; 3BAO A; 3AKG A; 1BFG A; 3IM7 A; 4I4U A; 4AN6 A; 4END A; 4GAF A; 3RMX A; 4I1B A; 5DZU A; 3UD7 A; 1V6W A; 1XZZ A; 3N7L A; 3R4S A; 4KEJ A; 5FNW A; 3V79 C; 1II4 A; 3CQA A; 2D1Z A; 3O5W B; 2K43 A; 1ISW A; 1V6V A; 3VEQ A; 4TLP A; 4I4R A; 5EHA A; 1S0D A; 1IJT A; 4IY8 A; 2VXT I; 4GOV A; 5BOW A; 3F62 B; 1YF8 B; 7I1B A; 1NZK A; 3FJK A; 4LO2 A; 3F1R A; 4ZA3 B; 2Z48 A; 3VUO A; 3NBC A; 3FJB A; 4I4X A; 3FFZ A; 3VWC A; 3FJ8 A; 2VLC A; 1PZZ A; 2D22 A; 3P6I A; 4LO1 C; 4J2S A; 2E4M C; 4ION A; 3OJV A; 2F8X C; 3FJI A; 1QQL A; 3UDA A; 1CE7 B; 1SZ6 B; 2L5X A; 1IRA X; 4MZH A; 1SR4 C; 3O4C A; 3JUT A; 5D62 A; 5F8Y A; 1TTU A; 1BFC A; 4KEK A; 4QD2 C; 5BP5 A; 4F83 A; 3VSZ A; 3FGM A; 4L4I A; 5D63 A; 1W3G A; 3CA1 A; 1EYL A; 3V0B A; 3QYD A; 4KBB A; 3OBT A; 31BI A; 3POK A; 3R4U A; 3PHZ A; 4OWK A; 4QC4 A; 4XFT A; 1AXM A; 1W3F A; 2KH2 A; 4Q91 A; 3BAH A; 3WO2 A; 3A21 A; 4DEP A; 4HJJ A; 3I2X A; 1PUU B; 1BAR A; 2M49 A; 4ZKT B; 1E0O A; 4A7Y A; 3VT0 A; 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