The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
235
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structure length |
235
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Chain Sequence |
VPNDILEEQLYNSVVVADYDSAVEKSKHLYEEKKSEVITNVVNKLIRNNKMNCMEYAYQLWLQGSKDIVRDCFPVEFRLIFAENAIKLMYKRDGLALTLSNDVQGDDGRPAYGDGKDKTSPRVSWKLIALWENNKVYFKILNTERNQYLVLGVGTNWNGDHMAFGVNSVDSFRAQWYLQPAKYDNDVLFYIYNREYSKALTLSRTVEPSGHRMAWGYNGRVIGSPEHYAWGIKAF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Two Crystal Structures of Bombyx mori Lipoprotein 3 - Structural Characterization of a New 30-kDa Lipoprotein Family Member.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lipid binding protein
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| molecule keywords |
30K protein 1
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| total genus |
65
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| structure length |
235
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| sequence length |
235
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-01-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3O4O A; 1BAR A; 4JRA A; 3ZC9 A; 3QR5 A; 2MLL B; 1VCL A; 4ZA3 B; 4GAI A; 4J2S A; 3T8S A; 2D44 A; 1QQK A; 4G9N A; 4A7Y A; 4TLP A; 3RMX A; 1Q1U A; 1V6U A; 3O44 A; 5BQU A; 3BX1 C; 1S0G A; 4I4Y A; 3S8J A; 7I1B A; 1TIE A; 3NJ5 A; 1G9D A; 4J23 B; 2ZR1 B; 4END A; 3ZXD A; 2VSA A; 5FNX A; 1E0O A; 2K43 A; 3R4S A; 1S0C A; 3AKG A; 3N7L A; 1BFC A; 4I2S A; 4LO2 A; 4X3A A; 3O4C A; 3LTQ A; 3H6Q A; 5BP5 A; 2UUS A; 3VT1 A; 1AVX B; 3KMV A; 1Z0H A; 3HOM A; 2K8R A; 4ISQ A; 4JAW A; 3FJJ A; 41BI A; 2NM1 A; 1FN0 A; 3VEQ A; 2HZ9 A; 3RMY A; 4QKR A; 2Y9F A; 3BB2 A; 4A7K A; 4XKI A; 4JQ0 A; 4QAL A; 2D7I A; 1PZZ A; 3ZC8 A; 4GOV A; 1IRP A; 1WBC A; 1JT3 A; 3PME A; 3O4A A; 1PUM B; 2MIB A; 5DSS B; 5F8W A; 2D7R A; 1DQG A; 3CA1 A; 2F8X C; 2VXT I; 1RY7 A; 4LO0 C; 4LO3 C; 3O5W B; 3IAG C; 3WA1 A; 1G9B A; 3JRR A; 5D63 A; 4KEJ A; 1YYN A; 3BAD A; 2QYI B; 1QXM A; 4JPZ A; 4OWK A; 1FWU A; 1RG8 A; 4I0Y A; 4HJJ A; 1JLY A; 5E24 E; 3BRG C; 1WD3 A; 1GGP B; 1DZD A; 2X2S A; 2FGF A; 3I29 B; 1EYL A; 2ZQO A; 2IHO A; 3AH2 A; 4YOL A; 4X37 A; 2Y9W C; 5GAQ A; 5FZZ A; 1CE7 B; 4F34 A; 1F31 A; 1HWM B; 3FUO A; 3WIN C; 4GAF A; 1YXW A; 4IQP A; 4ZFU B; 1NUN A; 3V0A A; 2D23 A; 2Z49 A; 4QO3 A; 4Z9W B; 1IJT A; 1EV2 A; 3K1X A; 3FJH A; 1AVA C; 1I1B A; 3AJ5 A; 1HKN A; 1RZO B; 2DS0 A; 2DRE A; 2D22 A; 1CVS A; 2VXR A; 3CA5 A; 4I4R A; 4OW4 A; 1XG6 A; 4OEE A; 2GZB A; 1HIB A; 2BEB A; 3WO2 A; 2NYY A; 1L2H A; 3FGM A; 4X39 A; 4LO1 A; 1ONK B; 4QC4 A; 3CQA A; 3WMU A; 4Z8S B; 3VT0 A; 3UD8 A; 1PWA A; 31BI A; 5BP5 C; 21BI A; 5FNW A; 4EB2 B; 1HCE A; 3V0A B; 5BXR A; 4JP0 A; 1WD4 A; 4KC3 A; 2HW9 A; 1DQO A; 4XFS A; 1J0S A; 4A7Z A; 4ZGR B; 1D0H A; 1PC8 B; 5JLV A; 3FJE A; 3F1R A; 2DRY A; 2ET2 A; 1S0E A; 5EHA A; 4Q9G A; 3OJV A; 1ISW A; 4I4X A; 3A21 A; 3FJA A; 4I4O A; 3BTA A; 2IWT B; 3FJI A; 3OJ2 A; 4P6A A; 2LIQ A; 3HSM A; 1UPS A; 4P0J A; 3FJB A; 1DIW A; 3JUT A; 1TWE A; 3H6R A; 1BFG A; 3IM6 A; 4I3N A; 3OGG A; 2AQZ A; 4OWL A; 1W3A A; 3HN1 A; 4H04 A; 4USP A; 1SR4 C; 3Q7Y A; 3BRF A; 5JMC A; 4I8M A; 2FO1 A; 4IZE A; 1BAS A; 1M2T B; 1FMZ A; 4Q9P A; 4I4U A; 1V6W A; 4ZLB B; 1BFB A; 1TOO A; 3P6I A; 3FJC A; 5F90 A; 2FFU A; 4I4S A; 3AZV A; 3N0K A; 1A8D A; 4IYB A; 1XYF A; 3V0B A; 1QQL A; 1N4K A; 3H6R B; 3R4U A; 3W9T A; 3CA4 A; 4FVV A; 2QN4 A; 4J2Y A; 1BA7 A; 3UJ4 A; 2P39 A; 1IIL A; 1RML A; 4EFP A; 4JKX B; 3OBT A; 3PG0 A; 4IY9 A; 1ISX A; 4GP3 A; 2Z48 A; 4USO A; 5DUY A; 3VSZ A; 1JT7 A; 2NP0 A; 4G6J A; 4L4I A; 4KEK A; 1I1E A; 4G6M A; 3VSF A; 3S8K A; 1ISY A; 2E4M C; 4P0L A; 1AVU A; 3E8L C; 1V6X A; 2KKI A; 3AH1 A; 1DLL A; 3BA7 A; 3I2A A; 3A07 A; 4DEP A; 4LO8 B; 2F2F C; 2XOA A; 3V0B B; 3A22 A; 2YUG A; 3BA5 A; 2Q9X A; 2VLC A; 2BEA A; 3AKI A; 4OUJ A; 4J2K A; 3EF2 A; 3MAL A; 3CU1 B; 3P53 A; 3N7M A; 2Q3N B; 2NVH A; 4I4V A; 2D43 A; 4G1R A; 4ZBV B; 1T9F A; 4QKS A; 5BQU C; 4GOY A; 5EG6 C; 4OEG A; 3SNV A; 2P23 A; 3IM7 A; 4XFU A; 3BAG A; 1AVW B; 4IY8 A; 3AJ6 A; 4ZFW B; 1DFQ A; 3MPP G; 3NBN A; 3FUQ A; 2RST A; 1HWO B; 1W3F A; 1T4Q A; 2D20 A; 2KI6 B; 1IRA X; 1W3G A; 1FQ9 A; 3CRG A; 3O3Q A; 4LO2 C; 2BFH A; 3AKH A; 2NTD A; 5FZU A; 3UJ0 A; 3FJF A; 3H6S E; 3FFZ A; 1JQZ A; 4KEI A; 1YF8 B; 1ISV A; 1FV3 A; 3OGF A; 3UD9 A; 3QYD A; 2Y9G A; 3UDA A; 4OEF A; 1HWP B; 1S0L A; 1MC9 A; 3IM5 A; 4F83 A; 4JKQ A; 2D24 A; 4R6U B; 1JY0 A; 3D7W B; 4LO0 A; 4ISR A; 4LO3 A; 3PHZ A; 1FWV A; 4WBC A; 4QBV A; 2WRY A; 4I1E A; 2LIE A; 3FJ9 A; 5BOW A; 4LO7 B; 3A23 A; 4DCK C; 2Y9X E; 4ZKT B; 4J2X A; 3I2X A; 2I1B A; 1Z2V A; 1TTU A; 3BAH A; 3N7K A; 3BAO A; 3N7J A; 3AZW A; 4EFR A; 3BRD A; 2HWA A; 3HMY A; 1II4 A; 3WIN A; 1ABR B; 3HBW A; 4G9M A; 1ILR 1; 4AN6 A; 3Q7X A; 3B9U A; 1TP0 A; 5F8S A; 1FGA A; 1JT4 A; 1G9C A; 1JTC A; 1DZC A; 3NBE A; 5DVH A; 4I4P A; 3O4B A; 4FGF A; 1Q03 A; 2WBC A; 3CA6 A; 4I7I A; 1K5V A; 4I4Q A; 3NBC A; 3VT2 A; 1AF9 A; 4HR6 C; 2NZ9 A; 1IHK A; 2KI4 A; 5I1B A; 2M49 A; 3VWC A; 4DEN A; 1FV2 A; 1Z4S A; 1DFC A; 4I96 A; 1TWM A; 3ZXG A; 1YTO A; 3ZX7 A; 1S0D A; 5G00 A; 1PUU B; 4H9W A; 6I1B A; 8I1B A; 2ZQN A; 1AFC A; 3AKF A; 1G9A A; 4ZFY B; 3FJ8 A; 3FJD A; 3CA0 A; 3CRH A; 4LO1 C; 4QBC A; 1EPW A; 2AFG A; 4L4H A; 4P0K A; 1OQL B; 3BAQ A; 5B2H A; 2J3P A; 3BAV A; 4PC4 A; 4I37 A; 1DJS B; 1YBI A; 2AXM A; 4KBB A; 4LO7 C; 3VUO A; 1IT0 A; 4IZX A; 5D61 A; 4IHZ A; 5EC5 A; 4II0 A; 3WO3 A; 1AXM A; 1IOB A; 3POK A; 4CJM A; 5FZY A; 2KH2 A; 4D0T A; 2X2T A; 3LLP A; 3RTI B; 1JT5 A; 4HA2 A; 4I6I A; 4OWJ A; 5HPZ A; 2K4A B; 1KNM A; 3RSJ A; 1BFF A; 2RG9 B; 4QD2 B; 5D62 A; 1HCD A; 1TFM B; 1G82 A; 3P6J A; 1P63 A; 5BXT A; 1Q04 A; 4EKX B; 1WBA A; 1SR4 A; 2R9K B; 3CA3 A; 5F8Y A; 1XZZ A; 3ILA A; 1XHB A; 2HWM A; 4EFQ A; 5BVP I; 3TC2 A; 2RQ9 A; 1HWN B; 1ISZ A; 2DRZ A; 3O4D A; 5BXP A; 1M16 A; 3RTJ B; 5BXS A; 3C9Z A; 2VSE A; 1R8N A; 1JLX A; 9ILB A; 2D1Z A; 2VUA A; 3CAH A; 1EVT A; 3V79 C; 3OJM A; 3O49 A; 1BLD A; 2VU9 A; 3CRI A; 4D0Z A; 4ZOT A; 1S0B A; 2MC2 A; 4X38 A; 1V6V A; 2FDB M; 1R8O A; 4D8H A; 3F62 B; 2FFV A; 4XFT A; 3AH4 A; 3BAU A; 1MD6 A; 3NBD A; 3UD7 A; 4AN7 B; 3Q7W A; 2ERM A; 3BA4 A; 4EEE B; 1SZ6 B; 3WMV A; 3WO4 A; 4Q91 A; 2E4M A; 2GO2 A; 2KLL A; 2L5X A; 1K5U A; 3PUB A; 4ION A; 3FJK A; 2F2F A; 4QD2 C; 1S0F A; 3OBR A; 1BLA A; 4GP0 A; 5DZU A; 1ITB A; 3HAL A; 1FMM S; 4I1B A; 2ESU A; 2AAI B; 1NZK A; 3IIR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3O4O A; 1BAR A; 4JRA A; 3ZC9 A; 3QR5 A; 2MLL B; 1VCL A; 4ZA3 B; 4GAI A; 4J2S A; 3T8S A; 2D44 A; 1QQK A; 4G9N A; 4A7Y A; 4TLP A; 3RMX A; 1Q1U A; 1V6U A; 3O44 A; 5BQU A; 4UY4 A; 3BX1 C; 1S0G A; 4I4Y A; 3S8J A; 7I1B A; 1TIE A; 3NJ5 A; 1G9D A; 4J23 B; 2ZR1 B; 4END A; 3ZXD A; 2VSA A; 5FNX A; 1E0O A; 2K43 A; 3R4S A; 1S0C A; 3AKG A; 3N7L A; 1BFC A; 4I2S A; 4LO2 A; 4X3A A; 3O4C A; 3LTQ A; 3H6Q A; 5BP5 A; 2UUS A; 3VT1 A; 1AVX B; 3KMV A; 1Z0H A; 3HOM A; 2K8R A; 4ISQ A; 4JAW A; 3FJJ A; 41BI A; 2NM1 A; 1FN0 A; 3VEQ A; 2HZ9 A; 3RMY A; 4QKR A; 2Y9F A; 3BB2 A; 4A7K A; 4XKI A; 4JQ0 A; 4QAL A; 2D7I A; 1PZZ A; 3ZC8 A; 4GOV A; 1IRP A; 1WBC A; 1JT3 A; 3PME A; 3O4A A; 1PUM B; 2MIB A; 5DSS B; 5F8W A; 2D7R A; 1DQG A; 3CA1 A; 2F8X C; 2VXT I; 1RY7 A; 4LO0 C; 4LO3 C; 3O5W B; 3IAG C; 3WA1 A; 1G9B A; 3JRR A; 5D63 A; 4KEJ A; 1YYN A; 3BAD A; 2QYI B; 1QXM A; 4JPZ A; 4OWK A; 1FWU A; 1RG8 A; 4I0Y A; 4HJJ A; 1JLY A; 5E24 E; 3BRG C; 1WD3 A; 1GGP B; 1DZD A; 2X2S A; 2FGF A; 3I29 B; 1EYL A; 2ZQO A; 2IHO A; 3AH2 A; 4YOL A; 4X37 A; 2Y9W C; 5GAQ A; 5FZZ A; 1CE7 B; 4F34 A; 1F31 A; 1HWM B; 3FUO A; 3WIN C; 4GAF A; 1YXW A; 4IQP A; 4ZFU B; 1NUN A; 3V0A A; 2D23 A; 2Z49 A; 4QO3 A; 4Z9W B; 1IJT A; 1EV2 A; 3K1X A; 3FJH A; 1AVA C; 1I1B A; 3AJ5 A; 1HKN A; 1RZO B; 2DS0 A; 2DRE A; 2D22 A; 1CVS A; 2VXR A; 3CA5 A; 4I4R A; 4OW4 A; 1XG6 A; 4OEE A; 2GZB A; 1HIB A; 2BEB A; 3WO2 A; 2NYY A; 1L2H A; 3FGM A; 4X39 A; 4LO1 A; 1ONK B; 4QC4 A; 3CQA A; 3WMU A; 4Z8S B; 3VT0 A; 3UD8 A; 1PWA A; 31BI A; 5BP5 C; 21BI A; 5FNW A; 4EB2 B; 1HCE A; 3V0A B; 5BXR A; 4JP0 A; 1WD4 A; 4KC3 A; 2HW9 A; 1DQO A; 4XFS A; 1J0S A; 4A7Z A; 4ZGR B; 1D0H A; 1PC8 B; 5JLV A; 3FJE A; 3F1R A; 2DRY A; 2ET2 A; 1S0E A; 5EHA A; 4Q9G A; 3OJV A; 1ISW A; 4I4X A; 3A21 A; 3FJA A; 4I4O A; 3BTA A; 2IWT B; 3FJI A; 3OJ2 A; 4P6A A; 2LIQ A; 3HSM A; 1UPS A; 4P0J A; 3FJB A; 1DIW A; 3JUT A; 1TWE A; 3H6R A; 1BFG A; 3IM6 A; 4I3N A; 3OGG A; 2AQZ A; 4OWL A; 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