The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
127
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sequence length |
431
|
structure length |
431
|
Chain Sequence |
VLCTNPLDIGELRSFKSKQCVDIVGNQGSGNIATYDCDGLSDQQIIICGDGTIRNEARNYCFTPDGSGNANVMSSPCTLYPEIPSSQRWRQGRRKTFTDNGGIEQVATEIINLASGKCLDIEGSDGTGDIGVYDCQNLDDQYFYVRSRGPELFYGRLRNEKSDLCLDVEGSDGKGNVLMYSCEDNLDQWFRYYENGEIVNAKSGMCLDVEGSDGSGNVGIYRCDDLRDQMWSRPNAYCNGDYCSFLNKESNKCLDVSGDQGTGDVGTWQCDGLPDQRFKWVFDDWEVPTATWNMVGCDQNGKVSQQISNTISFSSTVTAGVAVEVSSTIEKGVIFAKATVSVKVTASLSKAWTNSQSGTTAITYTCDNYDSDEEFTRGCMWQLAIETTEVKSGDLLVWNPQIVKCTRSNTAPGCAPFTKCANEDCTFCTDI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
C-type lectin-like carbohydrate-recognition of the hemolytic lectin CEL-III containing ricin-type beta-trefoil folds
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemolytic lectin CEL-III
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| molecule tags |
Toxin
|
| source organism |
Cucumaria echinata
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| total genus |
127
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| structure length |
431
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| sequence length |
431
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00652 | Ricin_B_lectin | Ricin-type beta-trefoil lectin domain |
| A | PF18054 | CEL_III_C | CEL-III C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Mainly Beta | Trefoil | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | hemolytic lectin cel-iii, domain 3 | Hemolytic lectin CEL-III, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3POK A; 3A23 A; 4P0L A; 4GOV A; 5DZU A; 4EFQ A; 2NVH A; 2FO1 A; 1AVU A; 4QC4 A; 1DQG A; 1AVX B; 3CRG A; 4GOY A; 1BLA A; 4J23 B; 4OW4 A; 2GZB A; 3OBR A; 1ONK B; 4F83 A; 4P6A A; 1CE7 B; 2ET2 A; 3CRI A; 4I1B A; 1RG8 A; 3VWC A; 2KH2 A; 1EPW A; 1SR4 C; 3FFZ A; 1G9B A; 4I37 A; 4IZX A; 3RMX A; 1W3F A; 3BAV A; 4DEN A; 1G82 A; 4J2K A; 1A8D A; 3BAD A; 3PUB A; 3AH4 A; 3BA5 A; 4USO A; 3HN1 A; 1FV2 A; 4ZFY B; 1RY7 A; 4D0Z A; 1XYF A; 4A7K A; 1XHB A; 4J2S A; 1AFC A; 4IQP A; 4LO3 C; 3ZXG A; 3H6Q A; 1M2T B; 5EC5 A; 4Z8S B; 2KKI A; 4GP0 A; 3BAH A; 4DCK C; 1M16 A; 4ISQ A; 1W3G A; 5GAQ A; 1S0C A; 1Z4S A; 1MC9 A; 1V6V A; 5I1B A; 2ESU A; 4IHZ A; 2X2T A; 3AKI A; 4G9N A; 4LO0 A; 5EG6 C; 1HCE A; 31BI A; 1NZK A; 1R8O A; 2VSE A; 4Q9P A; 4IZE A; 2QN4 A; 1NUN A; 3BA4 A; 3BAG A; 3FJH A; 1N4K A; 4KBB A; 3UDA A; 3PME A; 41BI A; 1QQL A; 4EKX B; 3FJ9 A; 1FQ9 A; 3FJK A; 3VSF A; 2D22 A; 4X3A A; 1AVW B; 4R6U B; 1S0D A; 4I4Y A; 3SNV A; 1YBI A; 2NYY A; 1YTO A; 2LIQ A; 7I1B A; 5BVP I; 1BAS A; 2D1Z A; 2WBC A; 4QD2 B; 2HW9 A; 4FVV A; 3O4C A; 5F8W A; 3LTQ A; 2ERM A; 5FNX A; 4AN6 A; 4I4V A; 1EYL A; 3CA0 A; 4LO7 B; 3K1X A; 2AQZ A; 4ZOT A; 3VT0 A; 2J3P A; 3B9U A; 4I6I A; 1V6U A; 1DLL A; 3FJE A; 4KEK A; 4X37 A; 1ITB A; 2AFG A; 3OJM A; 3FJF A; 4OWJ A; 1Q04 A; 5BQU A; 4TLP A; 2Y9F A; 2FFV A; 2UUS A; 3BAQ A; 3CA4 A; 3UD8 A; 4EFP A; 5JLV A; 1G9A A; 5FZU A; 3BA7 A; 4QKR A; 4ZGR B; 1FWU A; 1II4 A; 3AZW A; 3WO3 A; 3AKF A; 4L4H A; 1EV2 A; 1PC8 B; 3WA1 A; 1UPS A; 2DS0 A; 1RML A; 1K5U A; 5G00 A; 3O3Q A; 1AXM A; 3P6J A; 3HBW A; 2Y9W C; 5D61 A; 4LO0 C; 1Z2V A; 1I1B A; 3N7L A; 2HWA A; 4ZBV B; 2RQ9 A; 2KI6 B; 3CA5 A; 1V6W A; 4END A; 1WD4 A; 3OGG A; 1ILR 1; 2D7I A; 3IM7 A; 1EVT A; 3BAO A; 3VT1 A; 4P0J A; 2HZ9 A; 4HJJ A; 2AAI B; 3O44 A; 3WO2 A; 2XOA A; 4JKX B; 9ILB A; 1HWN B; 2NM1 A; 2D43 A; 3NBD A; 2KI4 A; 1BFC A; 5DVH A; 4IYB A; 3F1R A; 3MAL A; 5DSS B; 2RG9 B; 4ZKT B; 1XZZ A; 4QD2 C; 1G9D A; 4HR6 C; 1PZZ A; 4I4S A; 4WBC A; 1YYN A; 1ISY A; 3CU1 B; 1HWP B; 3FJJ A; 3Q7W A; 1S0G A; 3OBT A; 2D23 A; 2HWM A; 4OWK A; 2FFU A; 1YF8 B; 3AZV A; 4OUJ A; 1Q1U A; 1JLX A; 4OEE A; 4USP A; 1Q03 A; 4JAW A; 1HIB A; 1XG6 A; 2FDB M; 3FJA A; 3V0B A; 2BEA A; 3CAH A; 3V0B B; 5BQU C; 3O4B A; 5D63 A; 3NBC A; 4KEJ A; 2Y9G A; 1HWM B; 2VLC A; 2F2F A; 5JMC A; 3FJI A; 1ISW A; 1YXW A; 1WD3 A; 4I4U A; 1TOO A; 1AVA C; 4FGF A; 1DFQ A; 3NBN A; 1FWV A; 2BEB A; 1JT5 A; 3F62 B; 2E4M A; 2LIE A; 1HCD A; 3RTI B; 3WMU A; 1GGP B; 4QO3 A; 2FGF A; 3FJ8 A; 3C9Z A; 4I1E A; 3BX1 C; 2IWT B; 1JT4 A; 5FZZ A; 4JRA A; 2VXR A; 1J0S A; 3FUO A; 3CA3 A; 1ISX A; 4II0 A; 3AJ5 A; 4I4Q A; 1DFC A; 4ZA3 B; 4I3N A; 5FZY A; 2P23 A; 3PG0 A; 1FMM S; 1BLD A; 4G1R A; 2M49 A; 4OWL A; 6I1B A; 1S0E A; 2MC2 A; 1Z0H A; 3QYD A; 4EEE B; 1JQZ A; 1TFM B; 2VUA A; 5F90 A; 1L2H A; 4L4I A; 3VEQ A; 2L5X A; 2AXM A; 2ZR1 B; 4I8M A; 3BRD A; 3N0K A; 1S0B A; 4F34 A; 3UD9 A; 3CA1 A; 3FUQ A; 3HAL A; 4D8H A; 3QR5 A; 5BOW A; 2I1B A; 2VSA A; 1IOB A; 1VCL A; 2VU9 A; 4I4R A; 1ISV A; 1JY0 A; 4X39 A; 1TIE A; 1HWO B; 5B2H A; 4LO1 A; 3H6S E; 2R9K B; 1V6X A; 3I2X A; 3Q7X A; 1IT0 A; 1TTU A; 4ION A; 3RSJ A; 3ZC8 A; 3IM6 A; 1QXM A; 4I0Y A; 4YOL A; 1QQK A; 2NP0 A; 4JQ0 A; 3R4S A; 3TC2 A; 3WMV A; 2MLL B; 4ZFW B; 1IIL A; 3A21 A; 4I7I A; 1S0L A; 1MD6 A; 1IRP A; 3NJ5 A; 3AJ6 A; 4KEI A; 2F2F C; 2DRZ A; 3E8L C; 3ILA A; 1BAR A; 1JT7 A; 3BTA A; 2P39 A; 4GAI A; 3AH2 A; 5E24 E; 1T4Q A; 4Q9G A; 3A22 A; 5BP5 A; 2QYI B; 1DJS B; 2E4M C; 3N7J A; 3D7W B; 3WIN A; 5D62 A; 4CJM A; 5BXS A; 3V0A B; 1HKN A; 3ZC9 A; 3FJD A; 2Z49 A; 4AN7 B; 3HMY A; 4P0K A; 4A7Z A; 3PHZ A; 1E0O A; 3S8K A; 4D0T A; 5HPZ A; 4PC4 A; 2X2S A; 2RST A; 1TP0 A; 4QKS A; 1D0H A; 4I4O A; 3UJ4 A; 4KC3 A; 4I2S A; 2MIB A; 3OJV A; 5FNW A; 3V79 C; 3OJ2 A; 4JP0 A; 3R4U A; 1WBC A; 4LO7 C; 4HA2 A; 3UD7 A; 2GO2 A; 1FN0 A; 1I1E A; 1S0F A; 3H6R A; 3H6R B; 4OEG A; 2F8X C; 5BXP A; 2WRY A; 1K5V A; 2D7R A; 3I2A A; 2VXT I; 3OGF A; 3CRH A; 3Q7Y A; 3RMY A; 1BA7 A; 1PUM B; 4XFU A; 1P63 A; 3O5W B; 3P6I A; 3A07 A; 3BB2 A; 2Y9X E; 4LO1 C; 8I1B A; 2D44 A; 4QBC A; 4LO2 A; 3UJ0 A; 4OEF A; 1BFF A; 4Z9W B; 3JRR A; 1IHK A; 1BFB A; 1TWM A; 2K4A B; 1FGA A; 2K43 A; 4A7Y A; 3N7M A; 3O4A A; 1KNM A; 4QAL A; 1IRA X; 3HOM A; 4JPZ A; 1WBA A; 3MPP G; 3IM5 A; 3IAG C; 2ZQN A; 3JUT A; 1OQL B; 3S8J A; 1PUU B; 2K8R A; 4Q91 A; 5BP5 C; 3VUO A; 5BXT A; 2NZ9 A; 1DIW A; 2D24 A; 3WIN C; 1FMZ A; 2ZQO A; 3KMV A; 1F31 A; 2NTD A; 3BRG C; 4ISR A; 4DEP A; 3WO4 A; 2Q9X A; 4GP3 A; 3O49 A; 3FJB A; 4X38 A; 1SR4 A; 4EFR A; 2KLL A; 2BFH A; 4H9W A; 1DZC A; 3P53 A; 3FJC A; 4QBV A; 1T9F A; 4ZFU B; 3N7K A; 3LLP A; 1IJT A; 4G6J A; 4G9M A; 5F8S A; 1FV3 A; 4XKI A; 2DRY A; 2IHO A; 4LO3 A; 1ISZ A; 1JLY A; 4G6M A; 4I4P A; 2Z48 A; 4XFT A; 3VSZ A; 3BRF A; 4H04 A; 4I4X A; 4ZLB B; 3RTJ B; 3AKH A; 21BI A; 3CA6 A; 4IY9 A; 5DUY A; 3W9T A; 4IY8 A; 3NBE A; 5BXR A; 1RZO B; 3ZX7 A; 1W3A A; 1ABR B; 1DZD A; 2YUG A; 3AKG A; 1PWA A; 3CQA A; 3BAU A; 4JKQ A; 3HSM A; 3T8S A; 1SZ6 B; 1JTC A; 1AF9 A; 5F8Y A; 1JT3 A; 3FGM A; 3ZXD A; 4GAF A; 4LO2 C; 3I29 B; 5EHA A; 3AH1 A; 2Q3N B; 4J2X A; 3O4D A; 4XFS A; 2DRE A; 3V0A A; 1DQO A; 3VT2 A; 1BFG A; 3O4O A; 1R8N A; 3EF2 A; 4EB2 B; 1TWE A; 4LO8 B; 4J2Y A; 1G9C A; 1CVS A; 4I96 A; 3IIR A; 2D20 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3POK A; 3A23 A; 4P0L A; 4EN9 A; 4GOV A; 5DZU A; 4EN9 B; 4EFQ A; 2NVH A; 2FO1 A; 1AVU A; 4QC4 A; 1DQG A; 1AVX B; 3CRG A; 4GOY A; 1BLA A; 4J23 B; 4OW4 A; 2GZB A; 3OBR A; 1ONK B; 4F83 A; 4EN7 A; 4P6A A; 1CE7 B; 2ET2 A; 3CRI A; 4I1B A; 1RG8 A; 3VWC A; 2KH2 A; 1EPW A; 1SR4 C; 3FFZ A; 1G9B A; 4I37 A; 4IZX A; 3RMX A; 1W3F A; 3BAV A; 4DEN A; 1G82 A; 4J2K A; 1A8D A; 3BAD A; 3PUB A; 3AH4 A; 3BA5 A; 4USO A; 3HN1 A; 1FV2 A; 4ZFY B; 1RY7 A; 4D0Z A; 1XYF A; 4A7K A; 1XHB A; 4J2S A; 1AFC A; 4MZF B; 4IQP A; 4LO3 C; 3ZXG A; 3H6Q A; 1M2T B; 5EC5 A; 4Z8S B; 2KKI A; 4GP0 A; 3BAH A; 2NS2 A; 4DCK C; 1M16 A; 4ISQ A; 1W3G A; 5GAQ A; 1S0C A; 1Z4S A; 1MC9 A; 1V6V A; 4LO5 A; 5I1B A; 2ESU A; 4IHZ A; 2X2T A; 3AKI A; 4G9N A; 4LO0 A; 5EG6 C; 1HCE A; 31BI A; 1NZK A; 1R8O A; 2VSE A; 4Q9P A; 4IZE A; 2QN4 A; 1NUN A; 3BA4 A; 3BAG A; 3FJH A; 1N4K A; 4KBB A; 3UDA A; 3PME A; 41BI A; 1QQL A; 4EKX B; 3FJ9 A; 1FQ9 A; 4EN6 A; 3WIN D; 3FJK A; 3VSF A; 2D22 A; 4X3A A; 1AVW B; 4R6U B; 1S0D A; 4I4Y A; 3SNV A; 1YBI A; 2NYY A; 1YTO A; 2LIQ A; 7I1B A; 5BVP I; 1BAS A; 2D1Z A; 2WBC A; 4QD2 B; 2HW9 A; 4FVV A; 3O4C A; 5F8W A; 3LTQ A; 2ERM A; 5FNX A; 4AN6 A; 2ZOE A; 4I4V A; 1EYL A; 3CA0 A; 4LO7 B; 3K1X A; 2AQZ A; 4P5H A; 4ZOT A; 3VT0 A; 2J3P A; 3B9U A; 4I6I A; 1V6U A; 1DLL A; 3FJE A; 4KEK A; 4X37 A; 1ITB A; 2AFG A; 3OJM A; 3FJF A; 4OWJ A; 1Q04 A; 5BQU A; 4TLP A; 2Y9F A; 2FFV A; 2UUS A; 3BAQ A; 3CA4 A; 3UD8 A; 4EFP A; 5JLV A; 1G9A A; 5FZU A; 3BA7 A; 4QKR A; 4ZGR B; 1FWU A; 1II4 A; 3AZW A; 3WO3 A; 3AKF A; 4L4H A; 1EV2 A; 1PC8 B; 3WA1 A; 1UPS A; 2DS0 A; 1RML A; 1K5U A; 5G00 A; 3O3Q A; 1AXM A; 3P6J A; 4LO4 A; 3HBW A; 2Y9W C; 5D61 A; 4LO0 C; 1Z2V A; 1I1B A; 3N7L A; 3AM2 A; 2HWA A; 4ZBV B; 2RQ9 A; 2KI6 B; 3CA5 A; 1V6W A; 4END A; 1WD4 A; 3OGG A; 1ILR 1; 2D7I A; 3IM7 A; 1EVT A; 3BAO A; 3VT1 A; 4P0J A; 2HZ9 A; 4HJJ A; 2AAI B; 3O44 A; 3WO2 A; 2XOA A; 4JKX B; 9ILB A; 1HWN B; 2NM1 A; 2D43 A; 2ZS6 B; 3NBD A; 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