4DGP | Genus

Total Genus 154

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	154
sequence length	526
structure length	499
Chain Sequence	SRRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSKSNPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHHGQLKEKNGDVIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESQSHPGDFVLSVRTGDDKGESNDGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDSDYINANIIMPEKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRSGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETLQRR

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4321132285866591__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4321132285866591__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DGP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4321132285866591__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4321132285866591","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DGP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4321132285866591__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural and Mechanistic Insights into LEOPARD Syndrome-Associated SHP2 Mutations. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
total genus	154
structure length	499
sequence length	526
ec nomenclature	ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date	2012-01-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00017	SH2	SH2 domain
A	PF00102	Y_phosphatase	Protein-tyrosine phosphatase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.505.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	SHC Adaptor Protein	SH2 domain	4dgpA01
3.30.505.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	SHC Adaptor Protein	SH2 domain	4dgpA02
3.90.190.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A	Protein tyrosine phosphatase superfamily	4dgpA03

1P15A 5D0JA 3D9CA 3S3HA 2RVFA 4HJQA 5HKYA 3ZM1A 2HDVA 4R30A 2XP1A 2MQIA 1SHBA 1BM2A 1O4NA 1YGUA 1LKLA 1O45A 3IN8A 2L6KA 3O4UA 3WA4A 4YR8B 4DGXA 1FPZA 1NL9A 1YTWA 2CNGA 1LQFA 2H8HA 1RJAA 4LUEA 1O42A 2DCRA 1O44A 1D5RA 2NTAA 2VEUA 3I80A 3RGOA 1BZHA 3U96A 3T04A 5EHRA 1AYBA 2HCMA 2L3TA 3MXCA 4JGHA 1KAKA 1Q6SA 2CFVA 2MC1A 4U17A 2QCJA 3N84A 5KACA 1A1CA 3EAXA 1LUKA 4OHEA 2VEVA 1KA6A 4ZRTA 3V0HA 1MW4A 1YVHA 3VRYA 1I57A 2FH7A 3SR9A 1M61A 1KSWA 1C86A 1O48A 4GL9E 1A1BA 2OZ5A 2QDMA 2B3OA 4JMKA 3D42A 4IKCA 4ZI4A 1SKJA 2LNXA 1XXPA 4NWGA 4D3PA 2BBUA 2IMGA 2J16A 4D8KA 5KABA 3AWEA 1GFYA 5KAZA 1D1ZA 2NT2A 3VGOA 1O4PA 2CNEA 1O46A 4WTYA 3OVEA 4AZ1A 2PNAA 1BF5A 3BLTA 1R1QA 3S3EA 3OLRA 3QKQA 2H4VA 1O4HA 1CWDL 5BX1A 2FO0A 2VEYA 3BLUA 3QCHA 3C7IA 2B4PA 4LUDA 1U26A 2I6JA 2ZMMA 4RI5A 4BJOA 1X6CA 5IBSA 1C83A 3V0FA 3VRQA 2C0TA 2CM3A 2MRJA 1O4MA 3V0JA 1A08A 5AULA 3CWGA 5BO4A 3S8NA 2P6XA 1LARA 2HY3A 2QBPA 4QAHA 4D3RA 3MMJA 3D1QA 3D1OA 1FBVA 1T4JA 1GRIA 2KNOA 2CNFA 1O4BA 3EZZA 1O4QA 3UYOA 5EEQA 1RQQC 1FMKA 5AWXA 3TL0A 4GS0A 1SPSA 3PQZA 1G1GA 1OETA 3VS6A 5BZXA 2I6OA 2QEPA 4F59A 4GE5A 3ZMPA 1YZ4A 2I4GA 3S4EA 2MK2A 4FL2A 1EEOA 3TKZA 1WCHA 4QBWA 1BZCA 1O49A 2VEXA 4WOHA 1OPKA 4OHLA 3CWEA 2GSBA 3S9KA 1ECVA 4DGPA 4QBEA 2P4DA 3MOZA 4E93A 1HCSB 1U25A 3MXYA 1MKPA 2LCTA 3GXGA 5K24A 2F46A 1CJ1A 2NV5A 1AYCA 2HNPA 1NZLA 3M4UA 3QCDA 4WU3A 1O4OA 3PSJA 5K25A 2I4EA 3O4TA 3F99A 1WRMA 3GXWA 1LYVA 4F5BA 3VRPA 2ECDA 2I6MA 2I42A 1IS0A 2LQWA 4KYRA 3QCEA 1I9SA 3HIZB 1JLNA 1G7FA 1R6HA 2CMAA 3AWGA 1FU5A 2L4KA 2I1YA 3V0IA 2B07A 1B47A 2A8BA 4QUMA 3HHMB 2PQ5A 3BUMB 3O5XA 3QCNA 1PA9A 2A3KA 3QCBA 1OEOX 1NNYA 2LNWA 1P13A 4OHDA 4J51A 2CS0A 2C0IA 5KA2A 5J3XA 2AZRA 4XZ1A 1AYDA 1A07A 1Q6JA 3I7ZA 4B04A 5LXQB 1MILA 1O4IA 1UURA 1F2FA 3VS5A 2CR4A 2QCTA 1OPLA 3IN7A 1O4DA 4RI4A 2H46E 5HKWA 4RHGA 2DLYA 5GTJA 2K7AB 4F5AA 2IZVA 3VS3A 2E0TA 1YVLA 1PTTA 3BUXB 1PTYA 1G1HA 1G7GA 3I36A 5KA7A 2LQNA 2PSZA 1PXHA 2HUWA 4BPCA 3H2XA 3BKBA 1OHEA 2B4SA 2FJNA 4H1OA 1O4AA 4P9VA 1BHHB 3D1HA 1A81A 3S8LA 5GJIA 2B4OA 2GWOA 3S3FA 3VROA 2DLZA 1O47A 3IMDA 2CIAA 3S3KA 4X6SA 4JBCA 2CI9A 2EO6A 2YSXA 2Y1MA 2GE9A 2RSYA 2YDUA 2EO3A 1PA1A 3A5JA 1QXKA 3B7OA 3VRNA 2F6TA 4M4ZA 2IUHA 3PSKA 3F41A 3N7YA 3UF4A 2H04A 1C87A 5K22A 4XZ0A 1Q1MA 2HC2A 1Q6TA 1K9AA 1JU5A 2HMHA 1VHRA 1FYRA 4HRFA 2OOQA 3O4SA 1A1EA 5HKZA 5KA8A 1NRVA 1Q6NA 2BZLA 2QBRA 1O43A 1R1SA 2F71A 2H03A 1XM2A 5EELA 1O4JA 1AOUF 1A09A 3OB1B 2RMXA 3ZMQA 1A5YA 3D44A 1X27A 1OO3A 2GP0A 2H02A 3CXLA 1YTSA 4QSYA 1LUNA 1JYRA 2Q05A 2DX0A 2I75A 3US4A 3NMEA 5J8RA 1A1AA 2I4HA 4GE6A 1OEMX 4FL3A 1ONYA 1NWEA 3VS4A 2QBQA 2G6ZA 2J16B 3QCJA 3AWFA 2Y96A 2C0OA 1J4XA 4Z6BA 1G4WR 2H4KA 1O4LA 2GJTA 2F6WA 1LCKA 1BHFA 1SHAA 1Q6PA 2BV5A 2EYZA 3ZV2A 2EKXA 3QWYA 3GQIB 2PNBA 1OHCA 3VS1A 1RXDA 4WU2A 1V3AA 3RO1A 2MBCA 2BGDA 2IUGA 1UUSA 3SMEA 1BG1A 3ZM2A 2DVJA 3PFVA 3ZNIA 1C85A 1O41A 2VEWA 1AYAA 4MBBA 1Y57A 1G4US 2F6VA 1F1WA 1KAVA 1FQ1A 3N0AA 2AOBA 3BRHA 4PVGA 3EAZA 3N8MA 2PLDA 3S8OA 2HVLA 1ZFPE 3CD3A 1RPMA 3EB1A 1NO6A 3MOWA 1R1PA 2CM8A 3OV1A 1QG1E 3BUWB 2B4UA 2HCKA 3OP0A 4GFVA 3PJPA 4ROJA 2KK6A 1RPYA 1PYNA 4K44A 2ESBA 5I6VA 3O3LA 5KA1A 2F70A 3F9AA 2Q47A 4NX8A 3VRZA 3LJ8A 3QCMA 1BKLA 3VS0A 2F6ZA 2J17A 2OZOA 2MRKA 4EY0A 4JMJA 4NNDA 1CWEA 3V0GA 1XXVA 4RKKA 4WWQA 5DC0B 2EYYA 1LKKA 1O4GA 2ZN7A 1Z3KA 2F6YA 2QDCA 1ZCLA 1FU6A 2M3VA 1Q6MA 4R0TA 1NWLA 4A4BA 2I5XA 3ZM0A 2B49A 3M7FA 4H34A 1GWZA 3RZ2A 1BLKA 2CJZA 1JYUA 1YPTA 1AAXA 3OB2B 1BHHA 2CM2A 1BKMA 1PTVA 5K23A 2QMSA 1BMBA 3K2MA 3EACA 4NWFA 2I6IA 1I9TA 1C84A 1YN9A 2NZ6A 3QWXX 2H4GA 4E68A 1OO4A 4Y14A 4GE2A 4OHIA 3QCFA 5DF6A 2HDXA 1QADA 4QUNA 1X0NA 1BFJA 2CNHA 1D4TA 1BZJA 1WQUA 2H5KA 1ZZWA 3OMHA 3EMUA 2G59A 2WGPA 1SUGA 4U1PA 4QAPA 5BZZA 1LUMA 3QCLA 1PTUA 2ABLA 4RH5A 1G83A 1JYQA 2EL8A 1O4FA 3KFJA 2EU0A 1QZ0A 2HC1A 1L8KA 2I3UA 2SRCA 1Y1UA 2CNIA 1ZC0A 3VS2A 1G1FA 1D4WA 1NZVA 4GRYA 1X24A 1ZCKA 2BIJA 3HCKA 4KYQA 1O4RA 3QCKA 4OHHA 4K11A 3CM3A 2HXPA 2DM0A 1NZ7A 2QBSA 3GXXA 2OUDA 2CMBA 2NLKA 2NT7A 1AOTF 5BUGA 1LUIA 2EOBA 2JJDA 1HCTB 1PICA 5K9WA 2PLEA 2CMCA 4ZN5A 4FBNA 3F81A 5KA3A 3NHNA 1IJRA 5KADA 4HJPA 4S0GA 1AD5A 4GFUA 4RDDA 1FHSA 5KA9A 4K2RA 3EU0A 2PT0A 1WAXA 4ICZA 4RH9A 2AUGA 2I6PA 3QCGA 2K79B 2PI7A 1I3ZA 1FPRA 3VS7A 4GWFA 1YWFA 4EIHA 5MMZB 1TCEA 5GJHA 2SHPA 1SHDA 2I3RA 2C9WA 4GRZA 2RF6A 2HNQA 2R0BA 5K9VA 1JWOA 4NYHA 2AHSA 1PH0A 4D3QA 3V0DA 4P9ZA 2HB1A 1OEUA 4K45A 2QDPA 2EYVA 1T48A 3ZM3A 1XRIA 3CBLA 1YGRA 3BM8A 1ONZA 1O4EA 3MAZA 1O4KA 1C88A 4Y2EA 1YTNA 5KA0A 5KAAA 1H9OA 3PLFB 4L1BB 3QKPA 4GPLB 1EENA 4YAAA 5HDEA 4JNBA 1LCJA 2CM7A 1YFOA 2F6FA 1FBZA 1QCFA 2Y3AB 2OC3A 4R0SA 1AB2A 5M43A 1KA7A 2PBNA 2JYQA 4JEGA 5AXIA 1O4CA 5KA4A 4KI9A 3VRRA 1KC2A 2PTKA 3QCIA 4PYHA 1CSYA 2AOAA 3A5KA 2CI8A 3QCCA 2ETZA 1BFIA 3BUNB 2CBLA 2VIFA 1L8GA 1XA6A 2CRHA 2IUIA 4TVVA 1CSZA 1BLJA 3GXHA 3V0EA 4TZIA 4JE4A 2OQ1A 1OHDA 3PS5A 1XBOA 1OESA 2RORA 4A4CA 5EG3B 2Y1NA 5DC9A 1JF7A 2PA5A 1SPRA 2DXPA 1U24A 2BGEA 4I8NA 3BUOB 2FCIA 2YU7A 1GHUA 1OEVA 3RGQA 1M3GA 5DC4A 2Y2FA 1M27A 3F9BA 2FJMA 3IMJA 1TZEE 2C46A 3S4OA 4ERCA 1T49A 5CDWA 5IBMA 2C7SA 5EHPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1P15A 5D0JA 1GQQA 3D9CA 3S3HA 2RVFA 4HJQA 5HKYA 3ZM1A 2HDVA 4R30A 2XP1A 2MQIA 1SHBA 1BM2A 1O4NA 1YGUA 1LKLA 1O45A 3IN8A 2L6KA 3O4UA 3WA4A 3PYZA 4YR8B 4DGXA 1FPZA 1NL9A 1YTWA 2CNGA 1LQFA 2H8HA 1RJAA 4LUEA 1O42A 2DCRA 1O44A 1D5RA 1E8CA 2GCBA 2NTAA 2VEUA 3I80A 3RGOA 1BZHA 3U96A 3T04A 5EHRA 1AYBA 2HCMA 2L3TA 3MXCA 4JGHA 1KAKA 1Q6SA 2CFVA 2MC1A 4U17A 2QCJA 3N84A 5KACA 4ZIYA 1A1CA 3EAXA 1LUKA 4OHEA 2VEVA 1KA6A 4ZRTA 3V0HA 1MW4A 1YVHA 3VRYA 1I57A 2FH7A 3SR9A 1M61A 1KSWA 1C86A 1O48A 4GL9E 1A1BA 2OZ5A 2QDMA 2B3OA 4JMKA 3D42A 4IKCA 4ZI4A 1SKJA 2LNXA 1XXPA 4NWGA 4D3PA 2BBUA 2IMGA 2J16A 2VOSA 4D8KA 5KABA 3AWEA 1GFYA 5KAZA 1D1ZA 2NT2A 3VGOA 1O4PA 2CNEA 2Y66A 4BUBA 1O46A 4WTYA 3OVEA 4C13A 4AZ1A 2PNAA 1BF5A 2VTEA 3BLTA 1R1QA 3S3EA 3OLRA 3QKQA 2H4VA 4BUCA 1O4HA 1CWDL 5BX1A 2FO0A 2VEYA 3BLUA 3QCHA 3C7IA 2B4PA 4LUDA 1U26A 2I6JA 2ZMMA 4RI5A 4BJOA 1X6CA 5IBSA 1C83A 3V0FA 3VRQA 2C0TA 2CM3A 2MRJA 2UUOA 1O4MA 1O5ZA 3V0JA 1A08A 5AULA 3CWGA 5BO4A 3S8NA 2P6XA 1LARA 2HY3A 2QBPA 4QAHA 4D3RA 2KGYA 3HN7A 3MMJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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