4GWFA

Crystal structure of the tyrosine phosphatase shp-2 with y279c mutation
Total Genus 157
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
157
sequence length
534
structure length
497
Chain Sequence
TSRRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSNPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEGQLKEVIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESQSHPGDFVLSVRTGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRCKNILPFDHTRVVLHDGDPNEPVSDYINANIIMPEKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRSGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETLQRRIEEEQKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the tyrosine phosphatase SHP-2 with Y279C mutation
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
total genus 157
structure length 497
sequence length 534
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2012-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00102 Y_phosphatase Protein-tyrosine phosphatase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4gwfA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 4gwfA02
3.90.190.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A Protein tyrosine phosphatase superfamily 4gwfA03
3PSJA 4B04A 2CIAA 1PTYA 3S3FA 2BGDA 1PTVA 2I6OA 5EELA 3QCLA 3D1QA 2JYQA 1FU5A 1O4FA 2F71A 2RF6A 3VS0A 3MAZA 2B4PA 1P13A 1O46A 3UYOA 4TZIA 2VEUA 4GE5A 3S4OA 1YZ4A 2HC2A 3NHNA 3OV1A 3HCKA 4F59A 3PJPA 2EYYA 2BGEA 2SHPA 3AWGA 2B49A 3VS2A 1KAVA 3QCCA 1X0NA 1WCHA 4GE6A 2EO6A 2C9WA 1QADA 2DLYA 2C0OA 1O47A 4FBNA 1CWDL 2HDVA 1OESA 3ZMPA 2HMHA 5IBSA 2ABLA 3H2XA 2CNGA 3ZM3A 5EG3B 5AWXA 1G7GA 1OEOX 4GRZA 2BZLA 5J3XA 2HDXA 2F6FA 2HUWA 1BF5A 3CWGA 1YVLA 1BG1A 1BMBA 1O4JA 2HCKA 1UUSA 2I4GA 1GRIA 2QCJA 1OPKA 3CBLA 3QCNA 4K44A 2AHSA 1O4CA 2A3KA 1Q6JA 3MOWA 2MRKA 2BIJA 5K23A 1NZLA 2H8HA 2GWOA 2QCTA 2G59A 1FQ1A 3UF4A 3VGOA 1ONZA 1KAKA 4GFVA 4BJOA 4JNBA 1BLJA 3QCDA 2GSBA 2HNQA 1I57A 2J17A 1YFOA 4JMJA 5KA7A 2QBSA 2K7AB 4H34A 1QXKA 2H46E 1EEOA 2LQWA 1I9SA 1X24A 1G4US 1R1SA 2OZ5A 1SHBA 2LNXA 5BUGA 3GXGA 3VS3A 1SUGA 3CM3A 1HCTB 4K45A 1AB2A 4OHIA 1LARA 4QAHA 5K25A 5KADA 4F5AA 1BLKA 4HJQA 2I6PA 2CNHA 3SMEA 1JYRA 5BX1A 2FJMA 1R1PA 3QCGA 2F6WA 2H4GA 2B3OA 1NO6A 3QCEA 5K9VA 4RKKA 5GJHA 2MK2A 2BV5A 1K9AA 2K79B 4EIHA 5BZXA 1JYQA 3A5KA 1OETA 3EAXA 2LCTA 1BHHA 2CMCA 2QEPA 2FJNA 2CMBA 5DF6A 1A5YA 2R0BA 2GE9A 3QCIA 1AOUF 3O5XA 1BKMA 3PFVA 1XM2A 4Z6BA 4WTYA 1SHAA 2C0TA 4GE2A 4ZI4A 2BBUA 3PS5A 3V0GA 3RZ2A 4D3RA 3MXYA 2DLZA 2DCRA 4K11A 1WQUA 1O42A 1O4KA 3BUMB 2A8BA 2I3UA 1OO3A 4ZN5A 4RH5A 1LUIA 2NT2A 1BKLA 2MQIA 3AWFA 1OO4A 3QCMA 4OHDA 3BUOB 3VRQA 4D3PA 2CJZA 1F1WA 2CFVA 1SKJA 3N8MA 3ZM2A 2F46A 2ECDA 2QBQA 3VS7A 4TVVA 5LXQB 1Q6MA 1YVHA 3QKQA 2QBPA 2H03A 2CNEA 2CNFA 4KI9A 3O4TA 1MILA 2PLDA 3VROA 4RI4A 1XRIA 4NX8A 2ETZA 1D4WA 2F70A 2IUHA 1BZHA 1NZVA 1LKLA 1KC2A 1M27A 3GXWA 1YN9A 1AAXA 2ESBA 1G83A 4RHGA 1Z3KA 4NWGA 2OC3A 3IN7A 2H02A 4NNDA 1ZFPE 2SRCA 1WAXA 4QBEA 1AYCA 1P15A 4BPCA 2Y2FA 2I4EA 1O49A 3I7ZA 3ZM0A 2L3TA 2B07A 4RI5A 4HRFA 3PLFB 4QSYA 1BHHB 3F99A 3S3KA 1FPZA 2KK6A 2NT7A 2C46A 1Q6NA 1PA9A 1VHRA 1R1QA 3V0DA 3KFJA 2VIFA 4K2RA 1X6CA 1X27A 3S8LA 2AZRA 4KYQA 4E68A 2FH7A 3N0AA 4XZ0A 2OUDA 2MC1A 3VRRA 1C83A 2JJDA 3EU0A 3QCBA 1CWEA 3ZMQA 3EB1A 4D8KA 1XBOA 5HDEA 1LKKA 4HJPA 2OZOA 3S4EA 2EL8A 2QDMA 4QUMA 2OOQA 1A1EA 1O4QA 4E93A 4OHEA 3D9CA 5MMZB 1V3AA 2NV5A 2Y3AB 3BLTA 2B4SA 3MXCA 3SR9A 1T49A 1NRVA 2Y1MA 1YTWA 4WU2A 2DVJA 3IMJA 1T48A 2WGPA 3O4UA 4Y2EA 1O43A 1O4BA 3VRNA 4GL9E 2HB1A 1O48A 1JU5A 1C88A 1RXDA 1CSZA 1FBVA 2EYZA 3S8NA 5K22A 1UURA 5IBMA 2HNPA 4ERCA 2FO0A 3ZM1A 3N7YA 1YWFA 2F6YA 2IUGA 1JYUA 3BRHA 1AD5A 1OPLA 2NZ6A 5K24A 2NLKA 2RORA 1XA6A 1LUMA 5BZZA 1ONYA 3EMUA 3S3EA 2Y96A 1O4DA 1FBZA 3VRYA 2PI7A 1AYAA 2I75A 3OP0A 1Q6TA 4F5BA 2HXPA 2MRJA 1O41A 4LUDA 1U24A 3D1HA 2L4KA 1NZ7A 1RPMA 2H04A 2CBLA 4S0GA 4FL3A 4R30A 3EZZA 4PVGA 3RO1A 1YTSA 1YPTA 5GTJA 1FU6A 2B4OA 3U96A 1L8GA 2PT0A 4QBWA 1SPRA 2CR4A 2EKXA 3OLRA 3CWEA 5GJIA 1OEVA 3BUXB 2HVLA 1FYRA 1O4OA 2CI8A 3IMDA 1BM2A 2CI9A 4P9VA 4JE4A 4WWQA 1BHFA 1G1HA 3TL0A 2J16A 4X6SA 4QAPA 4GFUA 4JEGA 1TZEE 1I3ZA 1YGRA 3BLUA 4RH9A 2RMXA 1A1AA 2EYVA 1JLNA 1CSYA 5KA3A 3M7FA 5KABA 1KSWA 2M3VA 2CNIA 2CS0A 1BZCA 3M4UA 4WOHA 1PXHA 5EHPA 1JWOA 3I80A 2PLEA 2AOBA 2F6TA 1ZZWA 5EHRA 3F9AA 2QMSA 4ZRTA 5KA0A 1LUKA 2I3RA 3D42A 4DGPA 1ZC0A 1MKPA 1OHDA 4R0SA 1BFIA 4A4BA 1Y57A 1I9TA 2PA5A 3NMEA 1C84A 1H9OA 3C7IA 2MBCA 3D1OA 2DX0A 2ZN7A 3QWYA 2I6JA 5HKWA 2Q05A 4PYHA 1LCKA 1Q6SA 1XXVA 4KYRA 4RDDA 1CJ1A 5I6VA 3US4A 2VEWA 1PA1A 2LNWA 5M43A 3VS6A 2L6KA 4YAAA 2QDCA 3QCKA 1SHDA 3RGOA 5DC0B 1A08A 1AOTF 1G7FA 2I5XA 1GHUA 2KNOA 3MMJA 3QCHA 4JGHA 3WA4A 2CM3A 3QCFA 4FL2A 1JF7A 1G4WR 3I36A 1Q1MA 2CRHA 1BZJA 2H5KA 3V0FA 1OHEA 4Y14A 1O4LA 1O45A 1SPSA 4I8NA 2F6ZA 3CD3A 5AXIA 5HKYA 2J16B 5KACA 3S3HA 1O4RA 4EY0A 3QKPA 4U17A 3RGQA 4JBCA 5K9WA 2PSZA 3CXLA 4YR8B 1BFJA 3GQIB 3GXXA 2IMGA 5KA2A 1RPYA 4ICZA 2H4VA 2HC1A 3F9BA 1GWZA 2DXPA 4NYHA 1PYNA 1ZCLA 1A81A 4U1PA 1C85A 1A07A 1LYVA 4DGXA 1D5RA 4J51A 1R6HA 4GWFA 5CDWA 2AUGA 3K2MA 1QZ0A 1O4AA 1FHSA 2P6XA 4P9ZA 1A1CA 4GPLB 3IN8A 4L1BB 3GXHA 1OEMX 5KAAA 2Q47A 3LJ8A 1FPRA 3MOZA 3HIZB 3S8OA 2OQ1A 4D3QA 3ZV2A 3F81A 1NWEA 1TCEA 1O4MA 1J4XA 2C0IA 3OB2B 2I42A 2PQ5A 2I6MA 3V0HA 4WU3A 1YGUA 1L8KA 2P4DA 3O3LA 4A4CA 3OVEA 3VRZA 2C7SA 4M4ZA 1AYBA 1F2FA 1AYDA 2LQNA 3N84A 1O4PA 4ROJA 2EO3A 1B47A 1IJRA 1IS0A 2RSYA 2RVFA 3VS4A 1KA6A 3S9KA 1GFYA 1OHCA 1U26A 3VS1A 2EU0A 2PBNA 4XZ1A 1PTTA 2CM7A 4MBBA 5KA4A 1RQQC 2QDPA 2DM0A 1O4IA 3D44A 1QG1E 1PTUA 5AULA 5DC9A 1M3GA 2PNAA 1KA7A 1Q6PA 4QUNA 2GP0A 1NNYA 1G1FA 3OMHA 3V0EA 3V0JA 4OHLA 2IUIA 2B4UA 4GRYA 3B7OA 5DC4A 1C86A 3A5JA 3O4SA 2HY3A 2XP1A 1Y1UA 1WRMA 5KA1A 1PH0A 2IZVA 2NTAA 2PTKA 1XXPA 2I1YA 3AWEA 5KA9A 1O4EA 1O4HA 1U25A 4JMKA 2E0TA 2I6IA 2YSXA 2AOAA 1A1BA 1D4TA 3HHMB 3PSKA 2GJTA 4OHHA 3V0IA 5EEQA 4AZ1A 1D1ZA 2CMAA 3ZNIA 5KAZA 1O4GA 2YU7A 2VEVA 5BO4A 5J8RA 3BUWB 4R0TA 2VEXA 3OB1B 1QCFA 1FMKA 1T4JA 1YTNA 2CM2A 1O44A 2G6ZA 1LUNA 3EAZA 3EACA 3QWXX 2FCIA 1PICA 5HKZA 5KA8A 1G1GA 2PNBA 1LCJA 1ZCKA 3BKBA 4IKCA 2QBRA 3VRPA 3BM8A 1HCSB 2H4KA 3T04A 1MW4A 1LQFA 4NWFA 2I4HA 1A09A 2VEYA 2HCMA 2ZMMA 3F41A 3PQZA 4H1OA 1C87A 2CM8A 2Y1NA 2YDUA 4GS0A 1M61A 1NL9A 1ECVA 1NWLA 3TKZA 2EOBA 3BUNB 4LUEA 5D0JA 1OEUA 2F6VA 3QCJA 1O4NA 3VS5A 1EENA 1RJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3PSJA 4B04A 2CIAA 1FGSA 1PTYA 3S3FA 2BGDA 2GCAA 1PTVA 2I6OA 5EELA 3QCLA 3D1QA 2JYQA 1FU5A 1O4FA 2F71A 3ZM5A 2RF6A 3VS0A 3MAZA 2B4PA 1P13A 1O46A 3UYOA 4TZIA 2VEUA 4GE5A 3S4OA 1YZ4A 2HC2A 3NHNA 3OV1A 3HCKA 4F59A 3PJPA 2EYYA 2BGEA 2SHPA 3AWGA 2B49A 3VS2A 1KAVA 4CVLA 3QCCA 1X0NA 1WCHA 4GE6A 2EO6A 2C9WA 3ZM6A 1QADA 2DLYA 2C0OA 1O47A 4FBNA 1P3DA 1CWDL 2HDVA 1OESA 3ZMPA 2Y1OA 2HMHA 5IBSA 2ABLA 3H2XA 2CNGA 3ZM3A 5EG3B 5AWXA 1G7GA 1OEOX 4GRZA 2BZLA 5J3XA 2HDXA 2F6FA 2HUWA 1BF5A 3CWGA 1YVLA 1BG1A 1BMBA 1O4JA 2HCKA 1UUSA 2I4GA 1GRIA 2QCJA 1OPKA 3CBLA 3QCNA 4K44A 2AHSA 1O4CA 2A3KA 1Q6JA 4ZIYA 3ZL8A 3MOWA 2MRKA 2BIJA 5K23A 2F00A 1NZLA 2H8HA 2GWOA 2QCTA 2G59A 1FQ1A 3UF4A 3VGOA 1ONZA 2Y66A 1KAKA 4GFVA 4BJOA 4JNBA 1BLJA 3QCDA 2GSBA 2HNQA 1I57A 2J17A 1YFOA 4JMJA 5KA7A 2QBSA 2K7AB 4H34A 1QXKA 2H46E 1EEOA 2LQWA 1I9SA 1X24A 1G4US 1R1SA 2OZ5A 1SHBA 2LNXA 5BUGA 3GXGA 2VORA 3VS3A 1SUGA 3CM3A 1HCTB 4K45A 1AB2A 4OHIA 1LARA 4QAHA 5K25A 5KADA 4F5AA 1BLKA 4HJQA 2I6PA 2CNHA 3SMEA 1JYRA 5BX1A 2FJMA 1R1PA 3QCGA 2F6WA 2H4GA 2B3OA 1NO6A 3QCEA 1P31A 5K9VA 4RKKA 5GJHA 2MK2A 2BV5A 1K9AA 2K79B 4EIHA 5BZXA 1JYQA 3A5KA 1OETA 1O5ZA 2LCTA 3EAXA 1BHHA 2CMCA 4BUBA 2QEPA 2FJNA 1W7KA 2CMBA 5DF6A 1A5YA 2R0BA 2GE9A 3QCIA 1AOUF 3O5XA 2LRAA 1BKMA 3PFVA 1XM2A 4Z6BA 4WTYA 1SHAA 2C0TA 2UAGA 4GE2A 3UAGA 4ZI4A 2BBUA 3PS5A 3V0GA 3RZ2A 4D3RA 3MXYA 2DLZA 2DCRA 4K11A 1WQUA 1O42A 1O4KA 3BUMB 2A8BA 2I3UA 1OO3A 1W78A 4ZN5A 4RH5A 1EEHA 1LUIA 1JBVA 2NT2A 1BKLA 2MQIA 3AWFA 1OO4A 3QCMA 4OHDA 3BUOB 3VRQA 4D3PA 2CJZA 1F1WA 2CFVA 1SKJA 3N8MA 3ZM2A 2F46A 2ECDA 2QBQA 3VS7A 4TVVA 5LXQB 1Q6MA 1YVHA 3QKQA 2QBPA 2H03A 2CNEA 2CNFA 2JFGA 4KI9A 3O4TA 1MILA 2PLDA 3VROA 4RI4A 2VTDA 1XRIA 4NX8A 2GC6A 3PYZA 2ETZA 1D4WA 2F70A 2IUHA 1BZHA 1NZVA 1LKLA 1KC2A 1M27A 3GXWA 1YN9A 1AAXA 2ESBA 1G83A 4RHGA 1Z3KA 4NWGA 2OC3A 3IN7A 2H02A 4NNDA 1ZFPE 2SRCA 1WAXA 4QBEA 3NRSA 1AYCA 1P15A 4BPCA 2Y2FA 2I4EA 1O49A 3I7ZA 3ZM0A 2VTEA 2L3TA 2B07A 4RI5A 4HRFA 3PLFB 4QSYA 1BHHB 3F99A 3S3KA 1FPZA 2KK6A 2NT7A 2C46A 3N2AA 1Q6NA 1PA9A 1VHRA 1R1QA 3V0DA 3KFJA 2VIFA 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 2ZMM A;  3F41 A;  3PQZ A;  4H1O A;  1C87 A;  2CM8 A;  2Y1N A;  2YDU A;  4GS0 A;  1M61 A;  1NL9 A;  1ECV A;  1NWL A;  3TKZ A;  2EOB A;  3BUN B;  4LUE A;  5D0J A;  1OEU A;  2F6V A;  3QCJ A;  1O4N A;  3VS5 A;  1EEN A;  1RJA A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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