4NWG | Genus

Total Genus 155

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	155
sequence length	533
structure length	498
Chain Sequence	TSRRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSNPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHHGQLKEKNGDVIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGAEKLLTEKGKHGSFLVRDSQSHPGDFVLSVRTGDSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDGDPNPVSDYINANIIMPEKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRSGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETLQRRIEEEQK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__394578074140884__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__394578074140884__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4NWG/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__394578074140884__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"394578074140884","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4NWG/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__394578074140884__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0087b63665ad2917f00310/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0087b63665ad2917f00310/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0087b63665ad2917f00310/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0087b63665ad2917f00310/pdb.gz): 72 ms

reading 498 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

498 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:497});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of the tyrosine phosphatase SHP-2 with E139D mutation rcsb
molecule keywords	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
total genus	155
structure length	498
sequence length	533
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date	2013-12-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00017	SH2	SH2 domain
A	PF00102	Y_phosphatase	Protein-tyrosine phosphatase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.505.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	SHC Adaptor Protein	SH2 domain	4nwgA01
3.30.505.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	SHC Adaptor Protein	SH2 domain	4nwgA02
3.90.190.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A	Protein tyrosine phosphatase superfamily	4nwgA03

4ROJA 3S4EA 2QEPA 1Y1UA 1C83A 3S3FA 5KA7A 1BMBA 2MQIA 3HIZB 1C84A 4P9VA 3EZZA 1CJ1A 1F2FA 3H2XA 2VEYA 1FPZA 4S0GA 3QCCA 2CM7A 1RPYA 1YFOA 3VRQA 1A81A 1AB2A 1YTNA 2I4GA 4GL9E 4RI5A 3V0DA 3ZM2A 3OVEA 5BZXA 4K11A 3RZ2A 1KSWA 1AYDA 3QCKA 2SHPA 1OO3A 2CI9A 4MBBA 4QBWA 2ZN7A 3VS2A 2I6JA 2Q05A 1F1WA 3BUWB 4WWQA 1G1GA 4RHGA 1FU5A 1Q6MA 3ZM3A 2B3OA 4BPCA 2JYQA 2EYZA 1FU6A 1PTYA 4I8NA 4R30A 1LUKA 5HKZA 2QMSA 1LCJA 1M61A 1QZ0A 2QBSA 1XXPA 3N84A 3OB1B 3AWGA 2GE9A 1U24A 4HJQA 1GHUA 1WQUA 1JU5A 1NO6A 3BLTA 3TL0A 1QADA 2HXPA 5EHPA 3EU0A 3F81A 2JJDA 5I6VA 1LUIA 1WAXA 4XZ1A 3RGQA 4EY0A 3ZM1A 5LXQB 1A1EA 1Q6TA 4GFVA 1XBOA 1KAVA 5DC9A 1O44A 1P15A 1PA9A 2J16A 2GWOA 1MKPA 2DVJA 5KACA 1L8KA 4PYHA 4QUMA 3IN8A 2I6IA 4GWFA 1T4JA 1XRIA 1T49A 5K25A 3CBLA 1NL9A 1O4EA 1OEMX 4OHEA 1O4RA 2OC3A 1G4US 4TVVA 1O48A 4M4ZA 5KA8A 3VRNA 2I75A 5K23A 4KYRA 1O46A 2QDMA 3VRRA 5BX1A 3CXLA 3PLFB 2PLDA 4QAHA 1P13A 2RSYA 3QCFA 3AWEA 2RORA 4JGHA 4F5BA 5KA2A 2PA5A 1U25A 3O3LA 1CWEA 1FYRA 1OESA 2PT0A 1KA7A 1LYVA 1SKJA 3CWGA 4TZIA 5KADA 4E68A 4WU2A 2LQNA 2QBPA 3CWEA 4D3QA 3QCNA 3ZMQA 2HDVA 4X6SA 5BO4A 2QDPA 5J8RA 2BBUA 2NTAA 3VS5A 1X27A 2CFVA 1AYAA 1AAXA 1O43A 4NWGA 1QXKA 1Q6JA 3GXHA 1UUSA 1Y57A 4GPLB 2I3RA 2DXPA 2HNQA 1SPRA 2G59A 1YWFA 4R0SA 2LCTA 1AOUF 2Y2FA 3QCLA 1RQQC 4RKKA 5EEQA 1ONZA 3D9CA 1X0NA 1M27A 5KAAA 2XP1A 4RI4A 4H1OA 2P4DA 1LKLA 5K9VA 3BLUA 2AHSA 1SHBA 1TZEE 3BUNB 3CM3A 3V0HA 3GXXA 1O4MA 2VIFA 2IUHA 5GJHA 1Q6PA 1O4DA 2PTKA 3QCIA 4ERCA 1X24A 4RDDA 3PSKA 2NT2A 4PVGA 2GJTA 1UURA 2PNBA 1Q1MA 2H5KA 3VRZA 2FH7A 4GRYA 1A1CA 3D42A 2EYYA 1PTVA 2I6MA 1OPLA 2QDCA 3GXGA 1BKMA 1YZ4A 2ESBA 2HNPA 3D1OA 3U96A 1OHCA 5KAZA 1O4NA 3S8LA 3S3EA 1O4FA 1RJAA 5IBMA 1WCHA 2F6YA 3ZV2A 4LUEA 1KC2A 4DGXA 4D3PA 2LNWA 4WU3A 1PICA 1G83A 2FCIA 4LUDA 3UYOA 1G1HA 2AZRA 4QSYA 1T48A 1YPTA 3MAZA 1QG1E 4GRZA 3ZM0A 2F6VA 1HCSB 1BLKA 1EENA 3D1HA 2HB1A 1U26A 1B47A 3IMDA 1MILA 2FJNA 4YAAA 1CWDL 2MRKA 2H4KA 3VS7A 1H9OA 2AOAA 3ZNIA 1L8GA 2HC2A 4RH9A 2CIAA 1ZCKA 4QAPA 3RO1A 4DGPA 3S8NA 3F9AA 1PYNA 3F99A 5J3XA 2VEXA 3MOZA 1NWLA 2QBRA 5DC4A 4EIHA 2HC1A 4Y14A 3N0AA 1JWOA 1O41A 3HCKA 2F6FA 4AZ1A 1BFJA 4F59A 5IBSA 1BZCA 1NZVA 1LCKA 3PJPA 1D4WA 1AD5A 4JMKA 3EMUA 2CI8A 1OO4A 3K2MA 1FPRA 2PQ5A 2CR4A 4JE4A 3O4TA 2CS0A 4WTYA 2I5XA 5EG3B 2EU0A 1KA6A 5DF6A 1JF7A 3OV1A 1ZZWA 1A5YA 2C9WA 2CMAA 2I3UA 4JBCA 2QCTA 4ZN5A 1BFIA 5K9WA 2K79B 2ETZA 3KFJA 1PTUA 3QCEA 1V3AA 2H04A 3PSJA 1SHAA 3BUOB 4NNDA 4FL2A 1LARA 1PH0A 3PQZA 1GWZA 1YTWA 2QBQA 3F9BA 4D8KA 1AOTF 1BKLA 1BG1A 2DX0A 2GSBA 2MBCA 3F41A 5HDEA 1LUMA 2OOQA 1C88A 3QWYA 2NZ6A 1JYRA 1I9SA 1HCTB 5EELA 1G1FA 1YTSA 4GE2A 2I1YA 4KYQA 2VEWA 3MOWA 3VS4A 1JYUA 1FBVA 2KK6A 5AULA 2I4HA 2PI7A 4Y2EA 2RF6A 1RXDA 2I6OA 1PTTA 2CNHA 4JEGA 4NX8A 5GJIA 4QBEA 5K24A 5KA9A 1G7FA 3V0IA 2F70A 3LJ8A 1QCFA 3QCBA 5KA1A 2C0TA 3VRYA 1KAKA 3I36A 1JYQA 1OEVA 3OP0A 2YU7A 4K44A 1YGRA 2PSZA 1O4AA 2EO6A 1CSYA 2BGEA 1ZFPE 2BV5A 1BM2A 1JLNA 4FBNA 1WRMA 2CM2A 1SHDA 1O45A 2PBNA 1GFYA 1RPMA 1BHHB 1IS0A 1O42A 3BUXB 3EB1A 5KA4A 1D5RA 3C7IA 1OPKA 4A4BA 2EL8A 1BZHA 1ZCLA 2R0BA 1O4JA 3T04A 2MK2A 3PS5A 5D0JA 2CNGA 2ECDA 3UF4A 1A09A 1R1QA 2FO0A 3PFVA 3IMJA 3QCMA 4KI9A 3VS1A 2Y96A 2QCJA 2ZMMA 5CDWA 2HCMA 3V0GA 2CNFA 2C7SA 1GRIA 1O4BA 2YSXA 2IZVA 2Y1MA 3SMEA 1OETA 2CM8A 2ABLA 1OHEA 2CMBA 2EYVA 2PNAA 2SRCA 2NV5A 3MMJA 2CNEA 4J51A 1YVHA 4K2RA 2J16B 5M43A 1ONYA 5GTJA 5KA0A 4GS0A 2NT7A 4ZI4A 1LKKA 3QCHA 1AYCA 4WOHA 4OHDA 1C85A 1ZC0A 3MXCA 3AWFA 2RVFA 2GP0A 1R1SA 2L6KA 1R1PA 1O4HA 2HMHA 1A08A 4JMJA 1O4IA 2NLKA 3VROA 3BM8A 3M7FA 3QCJA 1O4PA 2MRJA 1Q6NA 4GFUA 5EHRA 3ZMPA 1BHFA 2IUIA 2B07A 2OUDA 2CRHA 4QUNA 1YGUA 3QCDA 2IMGA 1BZJA 2B4PA 1NNYA 4IKCA 4K45A 2F71A 3IN7A 1J4XA 1O4CA 2YDUA 1XA6A 2H4VA 3QWXX 1TCEA 2OQ1A 2E0TA 1BHHA 4NWFA 2CBLA 2F6TA 1X6CA 1I57A 1O4LA 4FL3A 2KNOA 4A4CA 1M3GA 4GE6A 4YR8B 4B04A 4OHHA 1O4OA 3BRHA 4HRFA 3A5KA 2B4SA 2H4GA 3N7YA 4R0TA 3RGOA 1NRVA 5HKYA 1K9AA 4U1PA 2H03A 4XZ0A 1C87A 2HUWA 4JNBA 2HCKA 1LQFA 4ICZA 1O4GA 2LNXA 1A07A 2OZOA 3SR9A 1FQ1A 5BUGA 1SPSA 3O5XA 5AXIA 2H46E 1C86A 1FHSA 3GQIB 3WA4A 3BKBA 4L1BB 1YN9A 1FMKA 5AWXA 3EACA 3GXWA 2L4KA 3S3HA 1A1BA 3VS3A 2A8BA 4E93A 1O4KA 1O49A 1OEOX 2BZLA 3S3KA 3V0FA 2EO3A 1LUNA 2HVLA 3I7ZA 4GE5A 2PLEA 2P6XA 2F6ZA 2M3VA 4NYHA 2BIJA 4BJOA 2LQWA 2EKXA 4H34A 2B4OA 2CJZA 1G7GA 2HY3A 3B7OA 2IUGA 1IJRA 2HDXA 2CMCA 2DLYA 4HJPA 4P9ZA 3N8MA 3EAXA 2F46A 3QKPA 1NWEA 2WGPA 1AYBA 1CSZA 3OLRA 1R6HA 2EOBA 1EEOA 1OEUA 1A1AA 2C0OA 3O4SA 3V0JA 3D1QA 1BF5A 1Z3KA 4Z6BA 2B4UA 5HKWA 1ECVA 3V0EA 2K7AB 3BUMB 2AUGA 4U17A 1D1ZA 3US4A 1XM2A 3S9KA 2DCRA 3I80A 2A3KA 3VGOA 3VRPA 3VS0A 3NMEA 3HHMB 2VEVA 1G4WR 1PXHA 1MW4A 3NHNA 2C46A 1FBZA 2F6WA 3S4OA 3OMHA 3O4UA 2DM0A 1D4TA 1XXVA 3TKZA 2Q47A 2OZ5A 5DC0B 2I6PA 4RH5A 5K22A 2H8HA 3EAZA 2CM3A 3MXYA 1BLJA 2RMXA 1PA1A 1SUGA 4F5AA 3OB2B 3CD3A 5MMZB 5KABA 2G6ZA 2Y1NA 1I3ZA 2BGDA 4ZRTA 2J17A 4OHLA 2CNIA 1O4QA 3S8OA 1NZ7A 2I4EA 1VHRA 1NZLA 3QKQA 3QCGA 3VS6A 2H02A 5KA3A 2I42A 1Q6SA 2B49A 2MC1A 3M4UA 1YVLA 1I9TA 2L3TA 4OHIA 5BZZA 1OHDA 1O47A 2AOBA 2DLZA 2Y3AB 2FJMA 2VEUA 3D44A 4D3RA 3A5JA 2C0IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4ROJA 3S4EA 2QEPA 1Y1UA 1C83A 3S3FA 5KA7A 1BMBA 2MQIA 3HIZB 1C84A 4P9VA 4ZIYA 3EZZA 1CJ1A 1F2FA 3H2XA 2VEYA 1FPZA 4S0GA 3QCCA 2CM7A 1RPYA 1YFOA 3VRQA 1A81A 1AB2A 1YTNA 2I4GA 4GL9E 4RI5A 3V0DA 3ZM2A 3OVEA 5BZXA 4K11A 3RZ2A 1KSWA 1AYDA 3QCKA 2SHPA 1OO3A 2CI9A 4MBBA 4QBWA 2ZN7A 3VS2A 2I6JA 2Q05A 1F1WA 3BUWB 4WWQA 1G1GA 4RHGA 1FU5A 1Q6MA 3ZM3A 2B3OA 4BPCA 2JYQA 2EYZA 1FU6A 1PTYA 4I8NA 4R30A 1LUKA 1EEHA 5HKZA 2QMSA 1LCJA 1M61A 1QZ0A 2QBSA 1XXPA 3N84A 3OB1B 3AWGA 2GE9A 1U24A 4HJQA 1GHUA 1WQUA 1JU5A 1NO6A 3BLTA 3TL0A 1QADA 2HXPA 5EHPA 3EU0A 3F81A 2JJDA 5I6VA 1LUIA 1WAXA 4XZ1A 3RGQA 4EY0A 3ZM1A 3V0IA 3ZL8A 5LXQB 1A1EA 1Q6TA 4GFVA 1XBOA 1KAVA 5DC9A 1O44A 1P15A 1PA9A 2J16A 2GWOA 1MKPA 2DVJA 3HN7A 5KACA 1L8KA 4PYHA 4QUMA 3IN8A 2I6IA 4GWFA 1T4JA 1XRIA 1T49A 5K25A 3CBLA 1NL9A 1O4EA 1OEMX 4OHEA 1O4RA 2OC3A 1G4US 4TVVA 1O48A 4M4ZA 5KA8A 3VRNA 2I75A 5K23A 4KYRA 4BUCA 1O46A 2QDMA 3VRRA 2XJAA 5BX1A 3CXLA 3PLFB 2PLDA 4QAHA 1P13A 2RSYA 3QCFA 3AWEA 2RORA 4JGHA 4F5BA 5KA2A 2PA5A 1U25A 3O3LA 1CWEA 1FYRA 1OESA 2PT0A 1KA7A 1LYVA 4CVLA 1SKJA 3CWGA 4TZIA 5KADA 4E68A 4WU2A 2LQNA 2QBPA 3CWEA 4D3QA 3QCNA 3ZMQA 2HDVA 4X6SA 5BO4A 2QDPA 5J8RA 2BBUA 2NTAA 3VS5A 1X27A 2CFVA 1AYAA 1AAXA 1O43A 4NWGA 1QXKA 1Q6JA 2VTDA 3GXHA 1UUSA 1Y57A 4GPLB 2I3RA 2DXPA 2HNQA 1SPRA 2G59A 1YWFA 4R0SA 2LCTA 1AOUF 2Y2FA 3QCLA 1RQQC 4RKKA 5EEQA 1ONZA 3D9CA 1X0NA 1M27A 5KAAA 2XP1A 4RI4A 3ZM6A 4H1OA 2P4DA 1LKLA 5K9VA 3BLUA 2AHSA 1SHBA 1TZEE 3BUNB 3CM3A 3V0HA 3GXXA 1O4MA 2VIFA 2IUHA 5GJHA 1Q6PA 1O4DA 2PTKA 3QCIA 4ERCA 1X24A 4RDDA 3PSKA 2NT2A 4PVGA 2GJTA 1UURA 2PNBA 2AM1A 1Q1MA 2H5KA 3VRZA 2FH7A 4GRYA 4UAGA 1A1CA 3D42A 2EYYA 2KGYA 1PTVA 2I6MA 1OPLA 2QDCA 3GXGA 1BKMA 1YZ4A 2ESBA 2HNPA 3D1OA 3U96A 1OHCA 5KAZA 1O4NA 3S8LA 3S3EA 1O4FA 1RJAA 5IBMA 1WCHA 2F6YA 3ZV2A 4LUEA 1KC2A 4DGXA 4D3PA 2LNWA 4WU3A 1PICA 1G83A 2FCIA 4LUDA 3UYOA 1G1HA 2AZRA 4QSYA 1T48A 1YPTA 3QCZA 3MAZA 1QG1E 4GRZA 3ZM0A 2F6VA 1HCSB 1BLKA 1EENA 3D1HA 2HB1A 1U26A 1B47A 3IMDA 1MILA 2FJNA 4YAAA 1CWDL 2MRKA 2H4KA 2UUOA 3VS7A 1H9OA 2AOAA 3ZNIA 1L8GA 2HC2A 4RH9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4NWGA

Total Genus

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