5IBMA

Structure of s502p, a cancer-associated mutation of the oncogenic phosphatase shp2
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
522
structure length
480
Chain Sequence
RRWFHPNITGVEAENLLLTRGVDGSFLARPSPGDFTLSVRRNGAVTHIKIQNTGDYYDLYGGEKFATLAELVQYYMEHQLKEIELKYPLNCADPTSERWFHGHLSGKEAEKLLTEKGKHGSFLVRESHPGDFVLSVRTGKSKVTHVMIRCQELKYDVGGGERFDSLTDLVEHYKKNPMVETLGTVLQLKQPLNTTRINAAEIESRVRELSKGFWEEFETLQQQECKLLYSRKEGQRQENKNKNRYKNILPFDHTRVVLHDGDPPVSDYINANIIMPEFKKSYIATQGCLQNTVNDFWRMVFQENSRVIVMTTKEVERGKSKCVKYWPDEYALKEYGVMRVRNVKESAAHDYTLRELKLSKVGQGNTERTVWQYHFRTWPDHGVPSDPGGVLDFLEEVHHKQESIMDAGPVVVHCSAGIGRTGTFIVIDILIDIIREKGVDCDIDVPKTIQMVRSQRPGMVQTEAQYRFIYMAVQHYIETL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural and Functional Consequences of Three Cancer-Associated Mutations of the Oncogenic Phosphatase SHP2.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 11
total genus 153
structure length 480
sequence length 522
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.3.48: Protein-tyrosine-phosphatase.
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00017 SH2 SH2 domain
A PF00102 Y_phosphatase Protein-tyrosine phosphatase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 5ibmA01
3.30.505.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich SHC Adaptor Protein SH2 domain 5ibmA02
3.90.190.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A Protein tyrosine phosphatase superfamily 5ibmA03
1LUMA 1AD5A 3V0JA 3BUWB 1QADA 3S8NA 3N84A 4ZI4A 3VS7A 3GXGA 5DC4A 4YAAA 1LUIA 1SPRA 2PI7A 4JE4A 1A1EA 2I3RA 1FPRA 4K44A 1NRVA 2HY3A 3CWGA 5IBSA 2EOBA 1Q6NA 4E93A 5AULA 2CMAA 1U25A 3V0FA 3UF4A 2QMSA 1I3ZA 4Y14A 3N8MA 2AHSA 5LXQB 5GJHA 2C7SA 3V0HA 1X27A 4F5AA 4JMJA 2CMBA 3VRYA 2NTAA 4QBWA 1BMBA 2QDMA 1Q6TA 3QCNA 3CWEA 3S9KA 1AYAA 4HRFA 4QUMA 1YZ4A 5KAAA 2P4DA 1O4KA 5MMZB 3S8LA 3D9CA 2F71A 2CJZA 1F1WA 1B47A 4P9VA 3MMJA 3PFVA 2B4OA 3QKPA 1D1ZA 4JNBA 2VEUA 2J17A 3CBLA 4M4ZA 1R6HA 2B49A 3IN8A 3GXHA 1OEVA 5AWXA 3C7IA 2Q05A 1K9AA 2PLEA 5D0JA 4RHGA 1GWZA 3EB1A 5K23A 1NWEA 2YU7A 3K2MA 1RQQC 3EZZA 4OHLA 3S3FA 3I36A 1C87A 2QCJA 4QAHA 3VS6A 1YFOA 2R0BA 4TVVA 4KI9A 2QDCA 2PLDA 4WU3A 5I6VA 1OHEA 3N7YA 4WTYA 3QCLA 3US4A 1RXDA 1FPZA 2ETZA 5HKYA 1NZ7A 2CM3A 2H03A 5KADA 1PTUA 2HB1A 4JBCA 3ZNIA 2NLKA 4NWFA 3QCMA 1NNYA 3CM3A 3F41A 1CWDL 3M4UA 2C46A 1LCKA 1L8GA 1QCFA 3S8OA 4WU2A 1FYRA 1BF5A 2XP1A 2GWOA 2VEVA 1RJAA 2AZRA 5AXIA 1MW4A 1O4BA 1SPSA 3CXLA 3O4SA 5DC0B 1MKPA 2QBSA 3BLTA 3F99A 2PNAA 5K9WA 1I9TA 4GL9E 2HDVA 2GP0A 3QCFA 4GS0A 1ZFPE 1PA9A 1WAXA 3VS1A 2LCTA 4J51A 1LQFA 3VRRA 4RI5A 3VRNA 4ICZA 2OZOA 1NWLA 2NT2A 1LKLA 2I6MA 5KABA 1G7FA 5HKZA 2CBLA 5CDWA 3QCJA 3A5JA 5HKWA 1A5YA 4WOHA 3F9BA 4H1OA 3QCHA 1NO6A 1R1QA 1KSWA 2EO3A 1JWOA 1P13A 3NHNA 5J3XA 1BZJA 4JEGA 1U24A 1O4CA 3ZM1A 4Z6BA 2CNGA 3D1QA 3QKQA 4OHHA 2OZ5A 1QG1E 2Y1MA 2P6XA 2Y96A 1R1PA 4Y2EA 2VEYA 5K24A 3SR9A 1Q6MA 1OPLA 4WWQA 2A3KA 1G7GA 2Q47A 4NWGA 4K45A 1BZHA 3O3LA 5BZZA 3N0AA 4B04A 1XBOA 1F2FA 4YR8B 3MXCA 3QCIA 1O48A 3F81A 1YWFA 5KA8A 4QUNA 4JMKA 2IZVA 2H02A 4RI4A 4GRZA 2F6ZA 1CSYA 3H2XA 1PH0A 2KK6A 2F6WA 3D1HA 1BHHA 2E0TA 4HJQA 3RGOA 1M27A 2QBQA 1FBVA 2C0IA 3OB2B 5K22A 2HC2A 1O4OA 1R1SA 5M43A 2EYYA 2MC1A 4ZRTA 5EELA 1OETA 3AWFA 1O4JA 1PYNA 3BUMB 1JF7A 1OO4A 1NL9A 1SKJA 2MRKA 1Y57A 1XM2A 5KA9A 3OVEA 2H4GA 1FU6A 2CMCA 3QCCA 4E68A 4U17A 1JLNA 2HDXA 1O4PA 1BFJA 4QBEA 5GTJA 1OEUA 4BPCA 1AYCA 1A1BA 4EY0A 3EAZA 4FBNA 2H04A 3BKBA 2GE9A 3HHMB 4A4BA 1BLKA 4AZ1A 3S3HA 1QXKA 2I1YA 2GJTA 3SMEA 2F70A 1UUSA 3A5KA 3OLRA 1A1CA 3EU0A 2HNPA 4I8NA 1G4US 1CJ1A 1G1FA 5EG3B 2I6PA 3VS4A 2FJMA 1SHDA 2AUGA 2I6JA 1BM2A 3GXXA 1ZZWA 2OQ1A 4EIHA 4GE2A 4L1BB 5KA0A 2MRJA 3MXYA 2BGEA 3ZV2A 1O49A 1P15A 1FQ1A 5J8RA 5EHPA 3WA4A 2LNXA 1Q1MA 3VS2A 1J4XA 2YSXA 1BG1A 3LJ8A 3VS0A 2DVJA 1D4TA 4S0GA 2EU0A 3QWXX 3QWYA 3NMEA 3O5XA 2ZMMA 2CNFA 4PVGA 1PTYA 1RPMA 3AWGA 2HUWA 2AOBA 3V0GA 1C88A 2PBNA 1OEOX 4X6SA 5KAZA 2G6ZA 1O4FA 2CI9A 1KA7A 1BKMA 2Y2FA 4GRYA 3ZM3A 3ZMQA 4F59A 1OHCA 3PSJA 2PTKA 1CWEA 1O47A 3BUOB 1KAVA 2C0OA 2DCRA 2VEWA 4RDDA 4U1PA 1ECVA 4FL3A 2H46E 4ROJA 1G1HA 3PJPA 1UURA 1ZC0A 1A08A 2OUDA 2QDPA 1XRIA 1MILA 3EMUA 3OB1B 1V3AA 1O46A 2LQNA 1C84A 2PQ5A 2EYZA 3D44A 3VRZA 3MAZA 3RO1A 4TZIA 3ZM2A 2L4KA 1LCJA 2JYQA 1FBZA 5EHRA 4NNDA 2I75A 2VIFA 2FH7A 1CSZA 1AAXA 1KAKA 2I4EA 3PS5A 1OHDA 3S4EA 2DM0A 2CM8A 2H4KA 4GPLB 2FJNA 1O4IA 3S3EA 4D3RA 5BZXA 2SRCA 4FL2A 3TKZA 2IUIA 4KYQA 1X0NA 4PYHA 2JJDA 3IMJA 2M3VA 1AOUF 4XZ1A 4GWFA 1FU5A 2FO0A 2YDUA 2KNOA 2QBRA 2HCKA 5KA1A 4GFUA 1TZEE 3CD3A 2PA5A 1Z3KA 4R30A 3ZM0A 2HMHA 1VHRA 1BHFA 2H5KA 1BHHB 2I3UA 5KA2A 3GQIB 2H8HA 1C86A 1X6CA 2GSBA 2BIJA 5BX1A 3O4TA 1O41A 1OO3A 2Y3AB 2B07A 2F6TA 2PSZA 3VRPA 4D8KA 4RKKA 5KA7A 1GFYA 3VS3A 1GHUA 2RVFA 1I57A 4QAPA 5BUGA 3PSKA 2C0TA 2IUHA 2B4PA 2CS0A 2L6KA 2I4GA 4K2RA 3MOZA 2ECDA 2LQWA 1O4EA 1HCSB 2RMXA 3VRQA 5KA4A 1C85A 4BJOA 1PICA 4K11A 2J16A 3QCGA 1AYDA 3T04A 5DC9A 2F6FA 2NZ6A 1WRMA 1YGRA 1I9SA 1O4HA 3HCKA 1PTTA 1M61A 2MQIA 2PT0A 1O42A 3OMHA 2CRHA 3M7FA 2CM2A 2CM7A 3OP0A 1BFIA 2HVLA 4D3PA 3V0DA 1OEMX 1G83A 2ZN7A 3BM8A 3QCKA 2CNEA 3EAXA 3QCDA 2MBCA 2MK2A 1BZCA 2EYVA 1LARA 2BZLA 4MBBA 4NX8A 3S4OA 3S3KA 3D42A 1YPTA 1YGUA 1WQUA 1KA6A 2CFVA 1A09A 2I42A 1L8KA 3I80A 1ONZA 2I4HA 1LYVA 2QBPA 3QCBA 1T4JA 4R0TA 3VGOA 1O45A 2NV5A 3I7ZA 1C83A 5BO4A 4OHEA 1JYQA 2CNIA 2DXPA 2G59A 3BUNB 1PXHA 5K9VA 3O4UA 2PNBA 4DGXA 2F6VA 5IBMA 1BLJA 2FCIA 1T49A 3D1OA 1JYRA 2L3TA 3ZMPA 3B7OA 4LUEA 1RPYA 1AOTF 1O4GA 1YVHA 2HNQA 2K79B 1AB2A 3PQZA 1QZ0A 1SHBA 4KYRA 3BLUA 1OPKA 3PLFB 1EEOA 2QEPA 2I6OA 1G4WR 2B3OA 3IN7A 1YN9A 1A1AA 2I5XA 3RZ2A 2DLYA 4ZN5A 2EL8A 5K25A 2HXPA 2HC1A 2QCTA 3VROA 3BRHA 4XZ0A 4HJPA 1O4QA 2Y1NA 3UYOA 4NYHA 2BGDA 2A8BA 3RGQA 1KC2A 1NZVA 4F5BA 2OOQA 4A4CA 3VS5A 2SHPA 4GFVA 2F6YA 3KFJA 4R0SA 3TL0A 1A07A 2EKXA 1Q6PA 1H9OA 1NZLA 1O4RA 1ZCKA 3MOWA 4LUDA 1ZCLA 1HCTB 1SUGA 5KA3A 5KACA 1Q6JA 1AYBA 4GE5A 2CNHA 1JYUA 1WCHA 3EACA 2RF6A 1LKKA 4GE6A 5EEQA 4QSYA 5DF6A 4RH5A 1G1GA 4RH9A 3BUXB 4OHIA 2F46A 4DGPA 2IMGA 1SHAA 1PA1A 2CR4A 3HIZB 2WGPA 3V0IA 1FMKA 3OV1A 4ERCA 1D4WA 1O4AA 1YTWA 1OESA 2BBUA 5GJIA 1YVLA 1FHSA 2CI8A 1PTVA 1IS0A 1BKLA 2K7AB 1GRIA 1O4MA 1O4DA 3QCEA 1LUKA 2ABLA 3IMDA 1LUNA 2DLZA 2HCMA 2LNWA 3AWEA 1A81A 2RSYA 2DX0A 3V0EA 1Q6SA 2C9WA 2CIAA 2AOAA 1O4LA 1JU5A 2H4VA 4IKCA 1O43A 2IUGA 2BV5A 4JGHA 3U96A 3GXWA 2EO6A 1X24A 1M3GA 5HDEA 2I6IA 4OHDA 2B4UA 2OC3A 1O4NA 1D5RA 1T48A 4H34A 1XXVA 1Y1UA 1ONYA 1U26A 1YTSA 2J16B 1O44A 2ESBA 1XA6A 4P9ZA 1XXPA 2B4SA 2RORA 1YTNA 1IJRA 4D3QA 1TCEA 3F9AA 2NT7A 1EENA 2VEXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LUMA 1AD5A 3V0JA 3BUWB 1QADA 2GCBA 3S8NA 2GCAA 3N84A 2X5OA 3PYZA 4ZI4A 3VS7A 3GXGA 5DC4A 4YAAA 1LUIA 1SPRA 2PI7A 4JE4A 1A1EA 2I3RA 1FPRA 4K44A 1NRVA 2HY3A 3CWGA 5IBSA 4UAGA 2EOBA 1Q6NA 4E93A 5AULA 2CMAA 1U25A 3V0FA 3UF4A 2QMSA 1I3ZA 3MVNA 4Y14A 3N8MA 2AHSA 5LXQB 5GJHA 2C7SA 3V0HA 1X27A 4F5AA 1GQQA 4JMJA 2CMBA 3VRYA 2NTAA 4QBWA 1BMBA 2QDMA 1Q6TA 3QCNA 3CWEA 3S9KA 1AYAA 1GQYA 4HRFA 4QUMA 1YZ4A 5KAAA 2P4DA 1O4KA 5MMZB 3S8LA 2WTZA 3D9CA 2F71A 2CJZA 1F1WA 1B47A 4P9VA 3MMJA 2VTDA 3PFVA 2B4OA 3QKPA 4BUBA 1D1ZA 4JNBA 2VEUA 1FGSA 2XPCA 2J17A 3CBLA 4M4ZA 1JBVA 1R6HA 3IN8A 2B49A 3GXHA 1OEVA 5AWXA 3C7IA 2Q05A 1K9AA 2PLEA 5D0JA 4RHGA 1GWZA 3EB1A 5K23A 1NWEA 2YU7A 3K2MA 1RQQC 3EZZA 4OHLA 3S3FA 3I36A 1C87A 2QCJA 2VORA 4QAHA 3VS6A 1YFOA 2R0BA 4TVVA 4KI9A 2LRAA 2QDCA 2PLDA 4WU3A 5I6VA 1J6UA 1OHEA 3N7YA 1EEHA 4WTYA 3QCLA 3US4A 1RXDA 1FPZA 2ETZA 5HKYA 1NZ7A 2CM3A 2H03A 5KADA 4ZIYA 1PTUA 2HB1A 4JBCA 3ZNIA 2NLKA 4NWFA 3QCMA 1NNYA 3CM3A 3F41A 1CWDL 3M4UA 2C46A 1E8CA 1LCKA 1L8GA 1QCFA 3S8OA 4WU2A 1FYRA 1BF5A 2XP1A 2GWOA 2VEVA 1RJAA 2AZRA 5AXIA 1MW4A 1O4BA 1SPSA 3CXLA 3O4SA 5DC0B 1MKPA 2QBSA 3BLTA 3F99A 2PNAA 5K9WA 1I9TA 4GL9E 2HDVA 2GP0A 3QCFA 4GS0A 1ZFPE 1PA9A 1WAXA 3VS1A 2LCTA 4J51A 1LQFA 3VRRA 4RI5A 3VRNA 4ICZA 2OZOA 1NWLA 2NT2A 1LKLA 2I6MA 5KABA 1G7FA 5HKZA 2CBLA 5CDWA 3QCJA 3A5JA 5HKWA 1A5YA 4WOHA 3F9BA 4H1OA 3QCHA 1NO6A 1R1QA 1KSWA 2EO3A 2KGYA 1JWOA 1P13A 3NHNA 5J3XA 5A5FA 1BZJA 4JEGA 1U24A 1O4CA 3ZM1A 4Z6BA 2CNGA 3D1QA 3QKQA 4OHHA 2OZ5A 1QG1E 2Y1MA 2P6XA 2Y96A 1R1PA 4Y2EA 2VEYA 5K24A 3SR9A 1Q6MA 1OPLA 4WWQA 2A3KA 1G7GA 2Q47A 4NWGA 4K45A 1BZHA 3O3LA 5BZZA 3N0AA 4B04A 1XBOA 1F2FA 3LK7A 4YR8B 3MXCA 3QCIA 1O48A 3F81A 1YWFA 5KA8A 4QUNA 1P3DA 4JMKA 2IZVA 2H02A 2JFFA 4GRZA 2F6ZA 1CSYA 4RI4A 1GG4A 2Y67A 3H2XA 1PH0A 2KK6A 2F6WA 3D1HA 1BHHA 2E0TA 4HJQA 3RGOA 1M27A 2QBQA 1FBVA 2C0IA 3OB2B 5K22A 2HC2A 1O4OA 1R1SA 5M43A 2EYYA 2MC1A 4ZRTA 5EELA 1OETA 3AWFA 1O4JA 1PYNA 3BUMB 1JF7A 2Y66A 1OO4A 5A5EA 1NL9A 1SKJA 2MRKA 2GC6A 1Y57A 1XM2A 5KA9A 3OVEA 2H4GA 1FU6A 2CMCA 3QCCA 2VTEA 4E68A 4U17A 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 1O4N A;  1D5R A;  1T48 A;  4H34 A;  1XXV A;  1Y1U A;  1ONY A;  1U26 A;  1YTS A;  2J16 B;  1O44 A;  2ESB A;  1XA6 A;  4P9Z A;  1XXP A;  2B4S A;  2ROR A;  1YTN A;  1IJR A;  4D3Q A;  1TCE A;  3F9A A;  2NT7 A;  1EEN A;  2VEX A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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