1CC2 | Genus

Total Genus 163

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	163
sequence length	498
structure length	498
Chain Sequence	GYVPAVVIGTGYGAAVSALRLGEAGVQTLMLEMGQLWNQPGPDGNIFCGMLNPDKRSSWFKNRTEAPLGSFLWLDVVNRNIDPYAGVLDRVNYDQMSVYVGRGVGGGSLVNGGMAVEPKRSYFEEILPRVDSSEMYDRYFPRANSMLRVNHIDTKWFEDTEWYKFARVSREQAGKAGLGTVFVPNVYDFGYMQREAAGEVPKSALATEVIYGNNHGKQSLDKTYLAAALGTGKVTIQTLHQVKTIRQTKDGGYALTVEQKDTDGKLLATKEISCRYLFLGAGSLGSTELLVRARDTGTLPNLNSEVGAGWGPNGNIMTARANHMWNPTGAHQSSIPALGIDAWDNSDSSVFAEIAPMPAGLETWVSLYLAITKNPQRGTFVYDAATDRAKLNWTRDQNAPAVNAAKALFDRINKANGTIYRYDLFGTQLKAFADDFCYQPLGGCVLGKATDDYGRVAGYKNLYVTDGSLIPGSVGVNPFVTITALAERNVERIIKQDV

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__50011946797281936__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__50011946797281936__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1CC2/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__50011946797281936__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"50011946797281936","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1CC2/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__50011946797281936__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Streptomyces sp.
publication title	Crystal structure determination of cholesterol oxidase from Streptomyces and structural characterization of key active site mutants. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROTEIN (CHOLESTEROL OXIDASE)
total genus	163
structure length	498
sequence length	498
ec nomenclature	ec 1.1.3.6: Cholesterol oxidase.
pdb deposition date	1999-03-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00732	GMC_oxred_N	GMC oxidoreductase
A	PF05199	GMC_oxred_C	GMC oxidoreductase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.410.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Cholesterol Oxidase; domain 2	Cholesterol Oxidase; domain 2	1cc2A02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	1cc2A01

4REKA 2WHDA 3G5SA 4GUVA 1GT8A 1OJTA 3H8IA 1TDKA 2AAQA 2AR8A 2QA2A 1IUXA 3AE4A 3KD9A 4DNAA 1O94A 4RG3A 5FS8A 1JU2A 2H89A 1ELIA 4I59A 2WDQA 4YSZA 4OCGA 2VQBA 2W0HA 3IF9A 1TRBA 2GR2A 2E5VA 3ITJA 4H7UA 4NTEA 2VQ7A 4OPDA 3DGHA 3NTAA 1XANA 1N4VA 2WP9A 2YLRA 3OC4A 1VG9A 4YSYA 1KFYA 3ZDNA 1ZDLA 3O0HA 3ABVA 4H50A 3VQRA 4EQWA 3LXDA 4J56A 2X50A 2GR3A 2V61A 1FCDA 4Z25A 2C67A 1GV4A 2X8CA 2X8GA 4B65A 3EAOA 1Q9IA 3QVPA 1NHSA 1YQ4A 1PS9A 3ATQA 3QVRA 3M12A 1NHPA 2XFNA 3KU9A 1PBDA 1FL2A 3EANA 1O95A 1TYTA 3D8XA 4U8KA 1GERA 3VR9A 4BURA 2ZZCA 1GOSA 2BS4A 3NK2X 4KPRA 5JCLA 5GRTA 3DK8A 4O5QA 3S61A 1Y0PA 1NG4A 1E6EA 4YTPA 1TDNA 2C73A 1DOBA 1PJ7A 1GRAA 4H4RA 2RGHA 2TMDA 3ALLA 1N4WA 5DBJA 3CPIG 3AEDA 2YVFA 2JB3A 2V5ZA 3AXBA 4UDQA 5JCMA 4C3XA 3NIXA 2XVJA 2ZBWA 4YXDA 3ISHA 3QFAA 2Z5YA 4LIIA 1H86A 2WU5A 4OPIA 3ATRA 2WPCA 1LQUA 4Y4LA 1MXTA 2XVEA 1CL0A 2YG7A 4U8JA 2UZZA 1NEKA 3CN8A 4J36A 4BK3A 1DODA 2YM2A 1E7PA 1COYA 3KLJA 1H84A 2CULA 1EL8A 1IJHA 3K7MX 1CHUA 1ONFA 3ALMA 3KVEA 4A6NB 3P4SA 1PN0A 1DOCA 3QSEA 5J7XA 3CNJA 5FS7A 3REDA 3SGLA 5JCIA 1MOKA 1D5TA 2GH5A 1LV0A 4C5OA 4CNJA 3AEEA 1FEAA 2B7RA 1CF3A 3ICTA 1N4UA 4LA1A 1JRZA 2BXRA 1IUWA 1H7XA 3COXA 2C65A 5KVIA 4FX9A 3UKLA 2VOUA 4Y4NA 3UOYA 4IA6A 3IHMA 4DSGA 2BXSA 3ZYXA 3BNUA 4BK1A 1BGNA 5KXJA 1M6IA 4H4QA 2OLNA 2FJAA 1M64A 1JRXA 3AD9B 3GDPA 4BV6A 2FJBA 2R9ZA 5KOXA 3KPFA 2Y6QA 3UKFA 4P9SA 3UKHA 3V3OA 3ICSA 4TM4A 4Z2UA 2TPRA 3FBSA 3I3LA 2FJEA 3AEFA 4OPCA 4PABA 5HHFA 1VDCA 5U1OA 1CC4A 2YR6A 3BI5A 4YWOA 4C77A 3P1WA 4GDEA 2GRTA 2ARDA 2YAUA 3AD7B 3GD4A 1Y56A 5CQFA 1PXAA 4YKFA 2C76A 3UCLA 1OJ9A 1D4DA 2A8XA 4U2TA 4K5RA 2Q6UA 4CY8A 4TM3A 3AE5A 4TM1A 1Q1WA 2F5ZA 3IHGA 5U63A 1H83A 3AYIA 4H4ZA 2WP5A 3NH3X 4C74A 2B9XA 3NRNA 1NHRA 5KOWA 2GEWA 2C72A 3AEGA 3HZLA 3H4KA 4EIQA 2XYOA 3DGZA 3GWDA 5EOWA 5GSNA 4H4PA 1Z6LA 3G5RA 3KKJA 3UKPA 5BVAA 4MJWA 1YQ3A 1L9CA 4NEWA 2YVJA 3NG7X 2WP6A 1PBBA 1ZX9A 3GMBA 3M0OA 4USRA 4Z44A 3FPZA 4EMIA 1NG3A 3UKAA 2VVLG 2YLXA 1BF3A 1JRYA 3LJPA 2R4EA 3GDNA 1BWCA 1DOEA 4H2QA 4CBQA 1ZP0A 3ALJA 2OALA 4A65A 2J3NA 3QFBA 1ZMCA 5KWFA 4GRTA 2YLTA 2YLZA 4YTNA 4U8IA 3DJDA 4HB9A 4I58A 2GV8A 2ZZ0A 2V3AA 2B9YA 2GF3A 3P4RA 3FMWA 1DJNA 1QO8A 2BK5A 2C66A 1W4XA 2QCUA 3UKKA 4YT0A 1HYUA 4H2RA 1DJQA 2BK3A 4OPTA 3LZWA 3ICRA 4FK1C 2CVJA 2BC1A 3UOXA 1GRBA 2A89A 3DJGX 2Y6RA 1BGJA 3C96A 1GRGA 3L1RA 4NEVA 3AD8B 1KNRA 4AT2A 1NAAA 2R0PA 2YM1A 2NVKX 2R0CA 3R9UA 3NLCA 3PO7A 4NZHA 2WDVA 5IPYA 5BRTA 2XFQA 2X99A 3CPHG 3DA1A 3NT6A 1BZLA 2X3NA 1D7LA 1CC2A 4GCMA 3PVCA 1B37A 2IVDA 1IUVA 1L9EA 1PXBA 2HQMA 3GD3A 1DNCA 4U8OA 2WBAA 3RP7A 3AYJA 2C3CA 3UTHA 1XHCA 5HY5A 4Z2TA 3GWFA 4YSHA 4IVMB 1GESA 1K4QA 5M0ZA 4UP3A 2V3BA 3AE8A 3QSMA 1L0VA 1OJAA 1NPXA 2EQ9A 1ZMDA 2YQUA 3Q6JA 2DKHA 1GEUA 4EMJA 5HYMA 3NK0X 2RABA 2GQFA 3P9UA 1NENA 1ZKQA 2IVEA 2R4JA 1Q1RA 3GMCA 4J31A 3ADAB 4HA6A 1PJ5A 1YQZA 2XFPA 4USQA 1GETA 1E1LA 3V76A 2VVLA 3GRSA 4H2NA 1B4VA 3NYFA 5C2TA 2BCPA 4EM3A 2GR1A 3DK9A 3UOZA 4XWZA 1ZOVA 2VRMA 3NYCA 2FBWA 3AYLA 4E0VA 5FS9A 3AE6A 4A99A 2APGA 1E1KA 1VG0A 2C70A 3DJEA 3WE0A 1GPEA 3GYJA 5IQ1A 3NN6X 3F8PA 1OJCA 4H4SA 3P4QA 3UKQA 3RHAA 5BULA 5M10A 3C4NA 1IUTA 2XCGA 4EMWA 4EM4A 4KX6A 3SM8A 4U8LA 4AP3A 1CJ3A 5KVHA 3I6DA 4TLZA 1L9DA 2YR4A 2YLSA 4EQRA 3UP5A 4JDRA 1S2QA 4Z24A 3VRDB 1RP0A 5L46A 4JN9A 3IC9A 4ECHA 3EPTA 1K0LA 2QAEA 4IA5A 1V59A 4UDPA 2I0ZA 2FJDA 3E1TA 3NNEA 3H8LA 2GB0A 2XVHA 4AP1A 2Q7VA 4A6NA 4AOXA 2GAGB 4ZCDA 3NK1X 1S2YA 4XWRA 4Y4MA 1EL5A 4U8PA 3M13A 2Q0LA 4ZCCA 1P2HA 2OAMA 2WDRA 3CNPA 3AE7A 1MO9A 3VRAA 4PAAA 4U2LA 1H82A 5EBKA 2Z5XA 3UP4A 3AE3A 1KSSA 2ACZA 2XLTA 3DMEA 3JSKA 5CKUA 4JNQA 3S5WA 4A5LA 5C3JA 1GRHA 4B66A 2VZ2A 4X4JA 4U2SA 4JNAA 2E4GA 2GQWA 3NN0X 3G5QA 5JCNA 2WOWA 4H2PA 1UKVG 2WESA 4NTCA 2BK4A 1QJDA 4A79A 1KNPA 1GRTA 3CGCA 4B68A 4B64A 1S3EA 4JY3A 3CNTA 4K5SA 2R46A 4H4YA 4B67A 3CNSA 2IIDA 5HXIA 1YKJA 5FS6A 4CY6A 3SFDA 4JQ9A 4UDRA 1RSGA 2R45A 3SQPA 4TM0A 1X31B 3CPJG 1GREA 1H81A 2B9WA 2YG3A 4DGKA 1OJDA 4Z26A 1F6MA 2E1MA 2XLPA 1O5WA 2WPEA 3QJ4A 2WOIA 2GR0A 2JB2A 4OVIA 2RGOA 3DH9A 3AE1A 2EQ7A 3AWIA 3LZXA 1IUUA 4EIPA 2PHHA 1QLBA 1TYPA 3PS9A 1EL7A 1JOAA 3LADA 3LB8A 2YR5A 3BHFA 2DKIA 3NGCX 3II4A 2A87A 3URHA 4CCRA 1JEHA 1KDGA 1IUSA 2WU2A 4TLXA 4K22A 3CGDA 4EQSA 4RG4A 1TDFA 3NHOX 4K2XA 4X9MA 4CRTA 1NDAA 4DSHA 5EB5A 1FEBA 2WQYA 2OA1A 4H4UA 3CIRA 1BKWA 3C4AA 1LVLA 1E39A 3UTFA 3VR8A 4BJYA 5J60A 1CJCA 1SEZA 1ZK7A 2C3DA 3FG2P 4AOSA 4B69A 2BACA 4H4XA 2BA9A 3NKSA 2GMHA 1K0IA 3RP6A 4U8NA 2RGJA 3GYIA 3T37A 3UOVA 2BCGG 4ADWA 2YG4A 1CJ2A 4WCTA 5IQ4A 1PJ6A 4GF7A 1KSUA 2XLRA 2JBVA 1K0JA 2C7GA 1REOA 2WEUA 1TDEA 4OPLA 4EQXA 3BI2A 4D04A 2C75A 3GSIA 1VQWA 1JNZA 4Z2RA 1E1MA 2V60A 4LU6A 1H7WA 2PYXA 3SFEA 1PXCA 4BK2A 4D03A 1DXLA 1S3BA 1P2EA 2YLWA 3RP8A 4CNKA 1YY5A 4J57A 3DK4A 2WPFA 1CJ4A 1PBCA 3B6DA 2XLUA 3D1CA 1GTEA 4BJZA 1EL9A 3K7TA 4ICYA 3BHKA 3UTEA 3VRBA 4J33A 1F8WA 3IWAA 4B63A 1VRQB 4A9WA 1D7YA 4GDPA 1EBDA 3AE9A 3GRTA 4WX1A 3RNMA 2X8HA 1LJ1A 1CC6A 4O5UA 2WETA 4H4VA 5KRQA 1F8RA 1XPQA 2QA1A 3AEBA 2XVIA 1PBFA 3AEAA 3L8KA 2CFYA 1LPFA 1Y56B 2XFUA 2YG6A 3AB1A 1NHQA 2NPXA 3BNMA 2Q0KA 4A7AA 1XDIA 2O9ZA 2AQJA 5LV9A 2XDOA 5JCKA 3OZ2A 3BI4A 4OPGA 4J2WA 1D4CA 1GRFA 3EF6A 1JNRA 4X9NA 1ZOYA 1ZY8A 4JY2A 1F8SA 1AOGA 2XFOA 4K7ZA 4GR1A 1TDOA 4APNA 1PBEA 3NYEA 5FMHA 4B1BA 4IV9A 1GNDA 2ZZBA 4K8DA 1CBOA 4U8MA 3V3NA 4OPUA 3KA7A 3K7QX 1KF6A 2H88A 2WOVA 2JAEA 2VVMA 3AE2A 3LOVA 3B3RA 1RYIA 4FK1A 3F8DA 4XXGA 3NTDA 4ZN0A 2BS2A 2YG5A 1N1PA 1B5QA 1GALA 4YTMA 4H4WA 2BYBA 2R0GA 2YWLA 4J34A 2JK6A 1FOHA 2B76A 5ER0A 3CNDA 4CCQA 1LQTA 3CGEA 3P4PA 3UTGA 2BABA 3CTYA 3DJJA 3QSSA 1B8SA 1GSNA 2EQ8A 2XVFA 1D4EA 3FIMB 2CDUA 4M52A 5EB4A 4YKGA 1LTXR 1H6VA 2EQ6A 2C64A 2V6OA 2GMJA 2B7SA 4N9XA 2WS3A 2JKCA 2GVCA 3K30A 2GAHB 2BS3A 4RSLA 5TR3A 4AT0A 1GTHA 3Q9TA 2VRLA 1PDHA 4FDCB 3CGBA 4C3YA 2JB1A 2BC0A 2OLOA 2XLSA 4NTDA 4YSXA 1PHHA 1E1NA 1F3PA 4IVOB 1FECA 4Z43A 3AECA 2YVGA 3F8RA 5U25A 1GXFA 4H4TA 5BUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4REKA 2WHDA 3G5SA 4GUVA 1GT8A 1OJTA 3H8IA 1TDKA 2AAQA 2AR8A 2QA2A 1IUXA 3AE4A 3KD9A 4DNAA 1O94A 4RG3A 5FS8A 1JU2A 2H89A 1ELIA 4I59A 2WDQA 4YSZA 4OCGA 4II3A 2VQBA 2W0HA 3IF9A 1TRBA 2GR2A 2E5VA 3ITJA 4H7UA 4NTEA 2VQ7A 4OPDA 3DGHA 3NTAA 1XANA 1N4VA 2WP9A 2YLRA 3OC4A 1VG9A 4YSYA 1KFYA 3ZDNA 1ZDLA 3O0HA 3ABVA 4H50A 3VQRA 4EQWA 3LXDA 4J56A 2X50A 2GR3A 2V61A 1FCDA 4Z25A 2C67A 1GV4A 2X8CA 2X8GA 4B65A 3EAOA 1Q9IA 3QVPA 1NHSA 1YQ4A 1PS9A 3ATQA 3QVRA 3M12A 1NHPA 2XFNA 3KU9A 1PBDA 1FL2A 3EANA 1O95A 1TYTA 3D8XA 4U8KA 1GERA 5KMQA 3VR9A 4BURA 2ZZCA 1GOSA 2BS4A 3NK2X 4KPRA 5JCLA 5GRTA 3DK8A 4O5QA 3S61A 1Y0PA 1NG4A 1E6EA 4YTPA 1TDNA 2C73A 1DOBA 1PJ7A 1GRAA 4H4RA 2RGHA 2TMDA 3ALLA 1N4WA 5DBJA 3CPIG 3AEDA 2YVFA 2JB3A 2V5ZA 3AXBA 4UDQA 5JCMA 4C3XA 3NIXA 2XVJA 2ZBWA 4YXDA 3ISHA 3QFAA 5KMSA 2Z5YA 4LIIA 1H86A 2WU5A 4OPIA 3ATRA 2WPCA 1LQUA 4Y4LA 1MXTA 2XVEA 1CL0A 2YG7A 4U8JA 2UZZA 1NEKA 3CN8A 4J36A 4BK3A 1DODA 2YM2A 1E7PA 1COYA 3KLJA 1H84A 2CULA 1EL8A 1IJHA 3K7MX 5KNLA 1CHUA 1ONFA 3ALMA 3KVEA 4A6NB 3P4SA 1PN0A 1DOCA 3QSEA 5J7XA 3CNJA 3REDA 5FS7A 3SGLA 5JCIA 1MOKA 1D5TA 2GH5A 1LV0A 4C5OA 4CNJA 3AEEA 4G6HA 1FEAA 2B7RA 1CF3A 3ICTA 1N4UA 4LA1A 1JRZA 2BXRA 1IUWA 1H7XA 3COXA 2C65A 5KVIA 4FX9A 3UKLA 2VOUA 4Y4NA 3UOYA 4IA6A 3IHMA 4DSGA 2BXSA 3ZYXA 4G73A 3BNUA 4BK1A 1BGNA 5KXJA 1M6IA 4H4QA 2OLNA 2FJAA 1M64A 3GDPA 1JRXA 3AD9B 4GAPA 2FJBA 2R9ZA 4BV6A 5KOXA 3KPFA 2Y6QA 3UKFA 4P9SA 3UKHA 3V3OA 5KMPA 3ICSA 4TM4A 4Z2UA 2TPRA 3FBSA 3I3LA 2FJEA 3AEFA 4OPCA 4PABA 5HHFA 1VDCA 5U1OA 1CC4A 2YR6A 3BI5A 4YWOA 4C77A 3P1WA 4GDEA 2GRTA 2ARDA 2YAUA 3AD7B 3GD4A 1Y56A 5CQFA 1PXAA 4YKFA 2C76A 3UCLA 1OJ9A 1D4DA 2A8XA 4U2TA 4K5RA 2Q6UA 4CY8A 4TM3A 3AE5A 4TM1A 1Q1WA 2F5ZA 3IHGA 5U63A 1H83A 3AYIA 4H4ZA 2WP5A 3NH3X 4C74A 2B9XA 3NRNA 1NHRA 5KOWA 2GEWA 2C72A 3AEGA 3HZLA 3H4KA 4G6GA 3T0KA 4EIQA 2XYOA 3DGZA 3GWDA 5EOWA 5GSNA 4H4PA 1Z6LA 3G5RA 3KKJA 3UKPA 5BVAA 4MJWA 1YQ3A 1L9CA 4NEWA 2YVJA 3NG7X 2WP6A 1PBBA 1ZX9A 3GMBA 3M0OA 4GAVA 4USRA 3FPZA 4Z44A 1NG3A 4EMIA 3UKAA 3LJPA 2VVLG 1BF3A 1JRYA 2YLXA 2R4EA 3GDNA 1BWCA 1DOEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1CC2A

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